La tuberculose cutanée: observation de six cas confirmés au CHU Souro SANOU (CHUSS) de Bobo-Dioulasso (Burkina Faso)

PubMed Central

Andonaba, Jean Baptiste; Barro-Traoré, Fatou; Yaméogo, Téné; Diallo, Boukary; Korsaga-Somé, Nina; Traoré, Adama

2013-01-01

La localisation cutanée de la maladie tuberculeuse demeure une forme rare et représente seulement 2,1% des localisations. L'objet de cette étude est de rapporter le profil épidémiologique, anatomoclinique et évolutif des cas de tuberculose ganglio-cutanée diagnostiqués dans un CHU au Burkina Faso. La fréquence de la tuberculose cutanée est très faible au CHUSS. Six cas ont été diagnostiqués entre 2004 et 2010, soit une fréquence de un cas par an. La durée d’évolution des cas allait de deux jusqu’à dix ans avant leur diagnostic. Les lésions observées étaient: trois scrofulodermes, trois gommes, une tuberculose testiculaire associée à un mal de Pott, un cas de polyadénopathies et des cicatrices atropho-rétractiles dans la plupart des cas. Sur le plan anatomopathologique, des granulomes tuberculoïdes ont été mis en évidence dans tous les cas avec une forte réaction tuberculinique à l'IDR. Sous antituberculeux pendant six mois, l’évolution a été bonne dans tous les cas mais au prix de séquelles cutanées cicatricielles inesthétiques. Son ampleur reste peut-être encore méconnue. Le renforcement du plateau technique du CHU et une bonne collaboration interdisciplinaire contribuerait à un meilleur diagnostic et prise en charge de cette affection. PMID:24648863

Adenomyose utérine, étude clinique et thérapeutique: à propos de 87 cas

PubMed Central

Kdous, Moez; Ferchiou, Monia; Zhioua, Fethi

2015-01-01

Le but de notre étude est l'analyse des différents aspects épidémiologiques, cliniques, paracliniques et thérapeutiques de l'adénomyose. Il s'agit d'une étude rétrospective sur 87 patientes ayant bénéficié d'une hystérectomie pour des raisons diverses (hors prolapsus) entre le 1er janvier 2000 et 31 décembre 2006 et dont l’étude histologique de la pièce opératoire a révélé la présence d'adénomyose. 586 hystérectomies (hors prolapsus) ont été réalisées pendant la même période d’étude, soit une fréquence de l'adénomyose sur pièce opératoire de 14.85%. L'age moyen de nos patientes est de 43.97 ans (extrêmes: 26-64 ans). 29.88% d'entres-elles sont ménopausées et 41.37% avaient des antécédents de traumatisme utérin. La symptomatologie a été dominée par les ménometrorragies (82.77%) et les douleurs pelviennes (71.22%). Le diagnostic préopératoire a été suspecté sur les données de l'hystéroscopie dans 63.22% des cas, de l'hystérographie dans 58.46% des cas et de l’échographie transvaginale dans 40.5% des cas. Une chirurgie radicale a été indiquée de première intention dans 57 cas, après échec du traitement médical dans 16 cas et après échec d'une réduction endométriale dans 14 cas. L'analyse histologique des pièces d'hystérectomie trouve des myomes associés dans 32.18% des cas, une hyperplasie de l'endomètre dans 13.79%, des polypes dans 5.74% et une atrophie de l'endomètre dans 3.44%. L'adénomyose, maladie énigmatique, échappe toujours à une stratégie thérapeutique bien codifiée, et demeure étroitement liée à l'hystérectomie. Son dépistage chez des femmes de plus en plus jeunes et à des stades moins avancés pourrait éviter l’évolution systématique vers les traitements radicaux. PMID:26834926

Prise en charge des traumatismes graves du rein

PubMed Central

Lakmichi, Mohamed Amine; Jarir, Redouane; Sadiki, Bader; Zehraoui; Bentani; Wakrim, Bader; Dahami, Zakaria; Moudouni; Sarf, Ismail

2015-01-01

Les traumatismes graves du rein de grade III, IV et V selon la classification de l'Amercan Society for Surgery For Trauma (ASST) sont plus rares et se retrouvent dans 5% des cas en moyenne. Leur prise en charge est souvent délicate, nécessitant alors des centres expérimentés dotés de moyen adéquats d'imagerie (scanner spiralé). Cependant, durant ces dernières années, la prise en charge de ces traumatismes a évolué vers une attitude de moins en moins chirurgicale grâce à l’évolution des techniques de la radiologie interventionnelle, de l'endourologie et des moyens de surveillance aux urgences et de réanimation. L'objectif de cette étude est d’évaluer notre expérience dans la prise en charge des traumatismes rénaux de haut grade. Notre étude rétrospective porte sur 25 cas de traumatismes grave du rein de grade III, IV et V selon la classification de l'ASST, colligés entre Janvier 2002 et Juin 2009 au service d'urologie du centre Hospitalier Universitaire Mohammed VI, Université Cadi Ayyad de Marrakech, Maroc. Nous avons étudié les données épidémiologiques, les signes cliniques et biologiques à l'admission (état de choc hémorragique, taux d'hémoglobine), les données radiologiques (échographie et scanner), les lésions associées, la prise en charge thérapeutique et les complications. L’âge moyen de nos patients était de 24,9 ans 15 et 58 ans, avec une prédominance masculine (sex-ratio = 7, 3). Le rein droit était intéressé dans 15 cas (60%). Le traumatisme rénal était fermé dans 15 cas, et ouvert par arme blanche dans 10 cas. Huit patients se sont présentés en état de choc hémorragique (32%). Une anémie inférieur à 10g /100ml a été observée dans 10 cas (40%). L'uroscanner fait systématiquement à l'admission a retrouvé un grade III (10 cas), grade IV (13 cas) et grade V (2 cas). La prise en charge a consisté en une exploration chirurgicale avec néphrectomie chez 2 cas de Grade IV pour une instabilité h

Cancer du sein au Maroc: profil phénotypique des tumeurs

PubMed Central

Khalil, Ahmadaye Ibrahim; Bendahhou, Karima; Mestaghanmi, Houriya; Saile, Rachid; Benider, Abdellatif

2016-01-01

Le cancer du sein est le plus fréquent chez la femme et figure parmi les principales causes de mortalité liées au cancer. La curabilité de ce type tumoral est en augmentation, grâce aux programmes de dépistage et aux progrès thérapeutiques, qui ont certes augmenté la survie des patients. Mais des défis restent à relever en rapport avec l’instabilité phénotypique des cellules cancéreuses. L’objectif de ce travail est d’étudier le profil phénotypique du cancer du sein chez les patients pris en charge au Centre Mohammed VI pour le traitement des Cancers, durant les années 2013-2014. Il s’agit d’une étude transversale sur deux années, incluant les cas du cancer du sein pris en charge au Centre. Le recueil des données était fait à partir des dossiers des patients et analysés par le logiciel Epi Info. 1277 patients ont été pris en charge au sein de notre centre. 99,5% des cas de sexe féminin, l’âge moyen était 50,20 ± 11,34 ans. Le type histologique le plus fréquent était le carcinome canalaire infiltrant (80,7% des cas). Le stade diagnostic était précoce (56,9%). Le phénotype moléculaire le plus fréquent était le luminal A (41,4% des cas). Le luminal B, le HER2 et les triples négatifs étaient dans respectivement 10,4%, 6,3%, 11,2% des cas. L’étude du phénotype tumoral des patients atteints du cancer du sein permet l’orientation du clinicien dans le choix du traitement, et des décideurs dans la planification de programmes de lutte contre cette pathologie. PMID:28292037

Sacroiliites infectieuses dans le centre tunisien: étude rétrospective de 25 cas

PubMed Central

Bellazreg, Foued; Alaya, Zeineb; Hattab, Zouhour; Lasfar, Nadia Ben; Ayeche, Mohamed Laziz Ben; Bouajina, Elyes; Letaief, Amel; Hachfi, Wissem

2016-01-01

Les sacroiliites infectieuses sont rares mais peuvent se compliquer de séquelles fonctionnelles invalidantes. Décrire les caractéristiques cliniques et bactériologiques des sacroiliites infectieuses chez les patients suivis à Sousse, Centre Tunisien. Etude rétrospective, descriptive, des cas de sacroiliites infectieuses chez les patients hospitalisés à Sousse entre 2000 et 2015. Le diagnostic a été retenu devant des signes cliniques, d'imagerie, et microbiologiques évocateurs. Vingt-cinq patients, 10 hommes et 15 femmes, d’âge moyen 41 ans (19-78) ont été inclus. Les sacroiliites étaient dues à des bactéries pyogènes dans 14 cas (56%), brucelliennes dans 6 cas (24%), et tuberculeuses dans 5 cas (20%). La durée moyenne d’évolution était de 61, 45 et 402 jours respectivement. Les signes cliniques les plus fréquents étaient les douleurs fessières (92%) et la fièvre (88%). La radiographie standard était anormale dans 75% des cas. La TDM et l'IRM sacro-iliaques dans tous les cas. Le diagnostic a été confirmé bactériologiquement dans 24 cas (96%). La durée moyenne d'antibiothérapie était de 83 jours dans les sacroiliites à pyogènes, et de 102 jours dans les SI brucelliennes. L’évolution était favorable chez 12 patients (48%), 9 patients (36%) ont gardé une douleur sacro-iliaque séquellaire, et 4 patients (16%) sont décédés. Dans notre étude, la durée d’évolution de la sacroiliite infectieuse ne permettait pas de prédire la bactérie responsable, d'où la nécessité d'obtenir une documentation bactériologique afin de prescrire une antibiothérapie appropriée. PMID:27583067

Le syndrome de Pepper: à propos de deux cas observés au Centre Hospitalier Universitaire Pédiatrique Charles de Gaulle de Ouagadougou (Burkina Faso)

PubMed Central

Kam, Madibèlè; Douamba, Sonia; Nagalo, Kisito; Dao, Lassina; Kouéta, Fla; Lougué, Claudine; Yé, Diarra

2017-01-01

Le syndrome de Pepper est une forme métastatique hépatique du neuroblastome. C’est une entité spécifique du nourrisson de moins de six mois qui a la particularité de pouvoir régresser de façon spontanée avec un pronostic favorable dans 80% des cas. A cause de sa rareté, nous rapportons deux cas du syndrome de Pepper observés au Centre Hospitalier Universitaire Pédiatrique Charles de Gaulle de Ouagadougou (Burkina Faso). Il s’agissait de deux nourrissons de sexe féminin chez qui la symptomatologie de la maladie se traduisait par une augmentation du volume abdominal, une hépatomégalie et des signes de lutte respiratoire. L'échographie a permis de poser le diagnostic par l’aspect nodulaire du foie dans les deux cas et la détermination de la tumeur primitive dans un cas. Le dosage des catécholamines urinaires a confirmé un cas. L’évolution était fatale chez les deux patientes du fait des complications de compression par le foie, des complications de la chimiothérapie dans l’un des cas et l’absence de traitement dans l’autre cas. PMID:29599887

Rupture prématurée des membranes à terme: facteurs pronostiques et conséquences néonatales

PubMed Central

Yasmina, Asmama; Barakat, Amina

2017-01-01

La rupture prématurée des membranes (RPM) à terme survient dans 5 à 10% des grossesses. Elle rend compte d'une part importante de morbidité et de mortalité néonatales. Le but de cette étude est de déterminer les facteurs pronostiques maternels et obstétricaux ainsi que le devenir des nouveau-nés à terme issus d'une grossesse compliquée de rupture prématurée des membranes ayant été hospitalisés au service ou gérés à la consultation externe. Etude rétrospective, analysant toutes les observations de nouveau-nés à terme issus de grossesses compliquées de RPM, enregistrées au service de néonatologie de l'hôpital d'enfants de Rabat entre le 1er janvier et le 31 juillet 2014. Au cours de la période d'étude nous avons colligé 144 cas de RPM isolée sur un total de 2400 naissances vivantes (NV) soit une prévalence de 6% NV, répartis comme suit : 06 cas de RPM (4%) entre 6 et 12 heures, 14 cas (9,7%) entre 12 et 18 heures, 28 cas (19,4%) entre 18 et 24 heures et 96 cas (66,6%) supérieure à 24 heures. La majorité de nos parturientes étaient dans la tranche d'âge de 25 à 35ans avec un taux de 52%. Une chorioamniotite associée a été retenue dans 8,3% des cas. Les parturientes ont été mises sous antibiothérapie prophylactique par voie orale ou parentérale dans 28% des cas, avec un liquide amniotique clair dans 81% des cas. Le diagnostic d'IMF probable a été retenu dans 46 cas dont 65.2 % dans le sous groupesupérieur à 18 h versus respectivement 26% et 8,7% dans les sous groupe 12 à 18 h et inférieur à 12 h. A l'admission, on a noté une prédominance masculine avec 58,3%, les nouveau-nés étaient asymptomatiques dans 76% des cas et ils présentaient une détresse respiratoire dans 42,8% des cas, un ictère dans 31,45% des cas, une fièvre dans 14,2% des cas et des signes de souffrance neurologique dans 11,5% des cas. Tous les nouveau-nés hospitalisés, soit dans 72% des cas, ont été mis sous antibiothérapie pendant une

Tuberculome de Bouchut dans la tuberculose multi focale: à propos de quatre cas

PubMed Central

Janah, Hicham; Alami, Ahmed; Souhi, Hicham; Zegmout, Adil; Naji-Amrani, Hicham; Raoufi, Mohamed; Elouazzani, Hanane; Rhorfi, Ismail Abderrahmani; Abid, Ahmed

2014-01-01

La tuberculose multifocale a connu un regain de fréquence avec la pandémie du SIDA, elle s'observe encore chez des sujets non infectés par le VIH surtout dans les pays en voie de développement notamment au Maroc. Nous rapportons quatre observations de tuberculose multifocale chez trois patients immunocompétents et un patient immunodéprimé. Quatre patients ont bénéficié d'un bilan phtisiologique, biologique, sérologique(HIV), radiologique et d'angiographie à la fluorescéine pour suspicion de tuberculose multifocale. Il s'agit de trois hommes et une femme, d’âge moyen de 44 ans, trois patients sont immunocompétents et un patient séropositif. La tuberculose intéressait trois localisations chez les quatre patients: pulmonaire dans quatre cas, ophtalmique dans quatre cas, digestive dans un cas, urinaire dans un cas, cérébrale dans un cas et un cas d'atteinte de la moelle osseuse. L'atteinte ophtalmologique est représentée par des nodules choroïdiens de Bouchut dans quatre cas et un nodule papillaire de Bouchut dans un cas; aucun des ces patients ne présentait une uvéite granulomateuse. Nos malades ont reçu un traitement anti-tuberculeux d'une durée de neuf mois avec une bonne évolution clinique, biologique, radiologique et angiographique. Au Maroc, la tuberculose continue à surprendre aussi bien par son extension touchant le sujet débilité et le sujet immunocompétent, que par ses présentations diverses y compris l'atteinte oculaire qu'elle faut rechercher par un examen ophtalmologique soigneux et systématique. PMID:25478047

Apport des moyens endoscopiques dans la dilatation des sténoses caustiques de l’œsophage

PubMed Central

Seydou, Togo; Abdoulaye, Ouattara Moussa; xing, Li; Zi, Sanogo Zimogo; sekou, Koumaré; Wen, Yang Shang; Ibrahim, Sankare; Sekou, Toure Cheik Ahmed; Boubacar, Maiga Ibrahim; Saye, Jacque; Jerome, Dakouo Dodino; Dantoumé, Toure Ousmane; Sadio, Yena

2016-01-01

Introduction Toutes les sténoses symptomatiques de l’œsophage peuvent être dilatées par voie endoscopique. Nous évaluons l'apport des moyens endoscopiques dans la prise en charge de la dilatation œsophagienne pour sténose caustique de l’œsophage (SCO) au Mali. Méthodes IL s'agissait d'une étude descriptive et prospective réalisée dans le service de chirurgie thoracique à l'hôpital du Mali. Au total 46 dossiers cliniques de patients on été enregistrés et subdivisés en 4 groupes en fonction de la topographie des lésions cicatricielles. Le nombre de cas d'assistance endoscopique réalisé a été déterminé afin de comprendre l'apport des moyens endoscopiques dans le succès de la dilatation des SCO. Pour les 2 différentes méthodes de dilatation utilisées, le résultat du traitement et le coût ont comparés. Résultats La FOGD a été utilisée dans 19 cas (41.30%) de dilatation avec la bougie de Savary Guillard et dans 47.82% des cas dans la dilatation de Lerut. La vidéo-laryngoscopie a été utilisé 58.69% des cas de dilatation à la bougie de Lerut. Le passage de guide métallique et / ou de fil-guide a été réalisée dans 39.13% avec la vidéo laryngoscopie et dans 58.68% avec la FOGD. Dans la comparaison des deux méthodes, il existe une différence significative dans la survenue des complications (p=0.04075), l'anesthésie générale (p=0.02287), l'accessibilité à la méthode (p=0.04805) et la mortalité (p=0.00402). Conclusion La SCO est une pathologie grave et sous évaluée au Mali. Les moyens endoscopiques contribuent considérablement au succès de la dilatation œsophagienne pour sténose caustique dans les différentes méthodes utilisées. PMID:27200129

Les ruptures traumatiques du tendon quadricipital: à propos de 3 cas

PubMed Central

Benyass, Youssef; Chafry, Bouchaib; Koufagued, Kaldadak; Bouabid, Salim; Chagar, Belkacem

2015-01-01

Les ruptures traumatiques du tendon quadricipital sont rares, elles surviennent préférentiellement après 40 ans, suite à un traumatisme indirect chez le sportif (flexion contrariée du genou) ou traumatisme banal chez le sédentaire. La tendinopathie préexistante est fréquente. La rupture est le plus souvent totale et siège au corps du tendon 60% des cas ou décallotement quadricipital au bord supérieur de la rotule (40% des cas). Le diagnostic est essentiellement clinique. Les examens complémentaires (échographie et imagerie par résonance magnétique) sont utiles et appuient le diagnostique, mais sont souvent faussement rassurants hormis la radiographie qui montre une rotule basse. Le traitement essentiellement chirurgical associé à la rééducation fonctionnelle donne des résultats largement meilleurs. Le délai d'intervention est un facteur pronostic très important. Les auteurs rapportent 03cas de rupture de tendon quadricipital. L’âge moyen est de 50ans. Ils ont été traités chirurgicalement et revus régulièrement, avec un recul de 16 mois pour apprécier l’évolution. Les résultats ont été très bons chez 02 cas et bon chez 01 cas. L'amélioration a été très nette selon les critères: marche, douleur et reprise d'activité physique. PMID:26985261

Concordance et apports de l'hystérosalpingographie et de la cœlioscopie dans l'exploration tubaire et pelvienne en cas d'infertilité

PubMed Central

Kehila, Mehdi; Ben Hmid, Rim; Ben Khedher, Sonia; Mahjoub, Sami; Channoufi, Mohamed Bedis

2014-01-01

Introduction La coelioscopie et l'hystérosalpingographie sont les deux procédures usuellement admises pour l'exploration tubaire et pelvienne en cas d'infertilité. Les objectifs de ce travail etaient de comparer les données de l'Hystérosalpingographie à celles de la coelioscopie chez des patientes explorées pour infertilité et voir l'apport de l'une par rapport à l'autre. Méthodes Etude prospective menée au service C du centre de maternité et de néonatologie de Tunis, s’étendant sur 15 mois, colligeant 120 patientes suivies pour infertilité ayant bénéficié d'une HSG suivie d'une coelioscopie. Résultats L’âge moyen de nos patientes était de 35,3 ans. L'infertilité était primaire dans 56,7% des cas et secondaire dans 43,7% des cas. Sa durée moyenne était de 48,9 mois. Le test statistique de concordance Kappa entre les 2 examens était de 0.42 pour les obstructions tubaires en général, de 0.48 pour les obstructions tubaires proximales et de 0.53 pour les obstructions tubaires distales indiquant une concordance modérée dans tous les cas. La coelioscopie a permis d'objectiver en plus une endométriose pelvienne dans 7% des cas, des adhérences pelviennes dans 33% des cas et des trompes perméables mais d'aspect pathologique dans 20% des cas. Conclusion Il existe un intérêt d′associer, chaque fois que c′est possible, l'HSG et la coelioscopie dans l'exploration du pelvis féminin dans le cadre de l'infertilité. Aucun de ces deux examens n'est parfait. Leurs résultats sont complémentaires. PMID:25374631

Tumeurs Stromales Gastro-Intestinales «GIST»: état des lieux et actualités à travers notre expérience portant sur 54 cas et une Revue de littérature

PubMed Central

Taoufiq, Nezha; Naim, Asmaa; Bouchbika, Zineb; Benchekroune, Nadia; Jouhadi, Hassan; Sahraoui, Souha; Benider, Abdelatif

2017-01-01

Les Tumeurs Stromales Gastro-intestinales « GIST » sont une forme très rare de cancers du tube digestif appartenant à la famille des sarcomes. Le but de ce travail est d'établir le profil épidémiologique et évolutif ainsi que les difficultés diagnostique et thérapeutique de cette pathologie maligne prise en charge dans un pays en développement. Une Etude rétrospective étalée sur 8 ans de Janvier 2002 à Mars 2010, a été mené au Service de Radiothérapie et d'Oncologie du CHU de Casablanca (Maroc) ayant colligée 54 cas de tumeurs stromales gastro-intestinales. L'âge moyen de nos patients était de 55 ans. Le délai moyen d'évolution était de 11 mois (0-72 mois). La biopsie a permis de confirmer le diagnostic dans 14 cas et la chirurgie dans 40 cas. La principale forme histologique était fusiforme (92,6%). Les GIST dans notre série avaient une taille tumorale moyenne de 12,5 cm avec un C-Kit positif dans 52 cas. Le risque évolutif a pu être établi dans 47 cas dont 39 avaient un risque élevé. La chirurgie était le principal traitement des patients de notre sérieAprès un recul moyen de 31 mois, la moitié des patients évaluables de notre série (n=19) est en rémission complète maintenue, le tiers (n=13) est décédé alors que le quart (n=8) présente une récidive locale et /ou métastatique. Quoique les recommandations soient éditées pour la prise en charge de ces tumeurs, ces dernières soulèvent encore de nombreux problèmes aussi bien diagnostiques que thérapeutiques dans notre contexte. PMID:28904693

Tuberculose pelvi-péritoneale pseudotumorale: à propos de quatre cas

PubMed Central

Saadi, Hanane; Mamouni, Nissrine; Errarhay, Sanaa; Bouchikhi, Chahrazed; Banani, Abdelaziz; Ammor, Hicham; Sqalli, Nadia; Tizniti, Siham; Benmajdoube, Karim; Maazaze, Khalid; Fatmi, Hind; Amarti, Afaf

2012-01-01

La tuberculose pelvienne pseudo tumorale est une maladie infectieuse curable. Son tableau clinique est souvent trompeur simulant une tumeur ovarienne ou tubaire. Le but de notre travail est de préciser les caractéristiques cliniques, biologiques et radiologiques de cette pathologie et sa prise en charge. Nous rapportons une étude rétrospective à propos de quatre observations. L’âge moyen de nos patientes est de 24 ans (16 ans, 40 ans), trois parmi elles étaient célibataires. Le motif de consultation est dominé par les douleurs abdominopelviennes chroniques. Les résultats des explorations radiologiques (échographie pelvienne associé à la TDM ou IRM pelvienne) ont été en faveur d'une tumeur ovarienne dans trois cas et d'un hydrosapinx bilatéral pour un cas. L'ascite a été présente dans tous les cas. Le dosage de la Ca 125 a été élevé. La prise en charge a été l'exploration chirurgicale soit par c'lioscopie ou laparotomie. Deux cas ont bénéficié seulement des biopsies et deux patientes ont eu une salpingectomie bilatérale devant l'aspect pseudo tumoral très suspect. L’étude histologique a confirmé des lésions graulomateuses avec nécrose caséeuse. Le traitement par les antibacillaires a été instauré selon le protocole 2ERHZ/ 4RH. La tuberculose pelvienne pseudo tumorale est l'apanage de la femme jeune. Son pronostic est lié à l'infertilité séquellaire. PMID:23330043

Apport de la biopsie radioguidée dans le diagnostic histopathologique des tumeurs de l'enfant: expérience de l'Hôpital d'Enfant de Rabat

PubMed Central

El Ochi, Mohamed Réda; Bellarbi, Salma; Rouas, Lamiae; Lamalmi, Najat; Malihy, Abderrahmane; Alhamany, Zaitouna; Cherradi, Nadia

2015-01-01

La biopsie radioguidée constitue une alternative à la biopsie chirurgicale invasive et à la cytologie pour le diagnostic des tumeurs pédiatriques. L'intérêt de notre étude est d’évaluer la valeur diagnostique des biopsies radioguidées examinées au laboratoire d'anatomopathologie de l'hôpital d'Enfants de Rabat (HER). L’étude a porté sur 78 biopsies radioguidées recueillies dans notre laboratoire entre janvier 2008 et décembre 2011. l’âge moyen des patients était de 5 ans et 10 mois avec une prédominance masculine (65,4%). La tumeur était abdominale dans 80% des cas, thoracique dans 15% cas, thoracique et abdominale dans 2,5% et sacrée dans 1,2%. Les biopsies étaient écho-guidées dans 90% des cas et scannoguidées dans 10% des cas. Le diagnostic histopathologique était posé dans 89% des cas. L'immuno-histochimie a été indiquée dans 35% des cas. Les diagnostics les plus fréquents étaient: tumeurs neuroblastiques (42 cas), lymphomes non hodgkiniens (10 cas), rhabdomyosarcomes (6 cas), autres (sarcome d'Ewing, néphroblastomes, tumeur myofibroblastique inflammatoire, maladies de Hodgkin, leucémie aiguë, hépatoblastome et ostéosarcome). Dans notre série, la biopsie radioguidée a permis un diagnostic histopathologique certain dans 89% des cas. Elle nécessite une étroite collaboration entre clinicien, radiologue et anatomopathologiste pour discuter son indication, afin de diminuer le nombre de biopsies peu ou non représentatives. PMID:26587165

Eversion congénitale bilatérale des paupières: prise en charge d’un cas selon l’approche conservatrice au Centre Hospitalier Universitaire de Yaoundé, Cameroun

PubMed Central

Monebenimp, Francisca; Kagmeni, Gilles; Chelo, David; Bilong, Yannick; Moukouri, Ernest

2012-01-01

L’éversion congénitale des paupières est une affection rare. Son traitement en première intention est généralement conservateur, constitué de lubrifiant, d’antibiotiques, de manœuvres d’inversion de la paupière éversée et d’une éducation des parents. Nous présentons le cas d’un nouveau-né de huit heures de vie ayant une éversion congénitale bilatérale des paupières avec surinfection bactérienne. La ponction à l’aiguille de la conjonctive œdémateuse associée au traitement topique avec du sérum salé isotonique et des antibiotiques ont accéléré le processus de guérison. Une récidive n’a pas été observée lors des pleurs après trois semaines d’inversion des paupières. PMID:22514768

Anoplastie périnéale simple pour le traitement des malformations anorectales basses chez l'adulte, à propos de deux cas

PubMed Central

Echchaoui, Abdelmoughit; Benyachou, Malika; Hafidi, Jawad; Fathi, Nahed; Mohammadine, Elhamid; ELmazouz, Samir; Gharib, Nour-eddine; Abbassi, Abdellah

2014-01-01

Les malformations anorectales chez l'adulte sont des anomalies congénitales rares du tube digestif qui prédominent chez le sexe féminin. Notre étude porte sur deux observations de malformation anorectale basses vues et traitées au stade adulte par les 2 équipes (plasticiens et viscéralistes) à l'Hôpital Avicenne à Rabat. Il s'agit d'un homme de 24 ans avec une dyschésie anale l'autre cas est une femme de 18 ans avec une malformation anovulvaire Les caractéristiques cliniques combinées avec les imageries radiologiques (lavement baryté, et la manométrie anorectale) ont confirmé qu'il s'agit d'une malfomation anorectale basse. Les deux cas sont corrigés par une reconstruction sphinctérienne, réimplantation anale avec anoplastie périnéale. Les suites opératoires étaient simples, pas de souffrance cutanée ou nécrose, avec changement de pansement gras chaque jour. Le résultat fonctionnel (la continence) était favorable pour les 2 patients. La présentation des MAR à l’âge adulte est rare, d’étiologie mal connu, elles apparaissent selon le mode sporadique. Les caractéristiques cliniques, couplées à l'imagerie (lavement baryté, IRM pelvienne), l'endoscopie et la manométrie anorectale, permettent de confirmer le diagnostic et classer ces anomalies en 3 types: basses, intermédiaires, et hautes. Les formes basses sont traités d'emblée par une réimplantation anale et anoplastie périnéale simple tels nos deux cas, elles peuvent être traités dans certains cas par un abaissement anorectale associé à une plastie V-Y permettant ainsi un emplacement anatomique correct de l'anus; alors que les formes hautes ou intermédiaires relèvent d'une chirurgie complexe avec souvent une dérivation digestive transitoire. Contrairement aux autres formes, Les formes basses ont un pronostic fonctionnel favorable. PMID:25667689

Epidémiologie des PFA et les performances du système de surveillance en Mauritanie de 2008 à 2012

PubMed Central

Doumtsop, Jean Gérard Tatou; Khalef, Ishagh; Diakite, Med Lemine Brahim; Boubker, Naouri

2014-01-01

Introduction La Commission Régionale de Certification de l'Eradication de la poliomyélite pour l'Afrique(CRCA) en session à Brazzaville du 8 au 10 octobre 2007 avait déclaré la Mauritanie « libérée de la poliomyélite ». Objectif Décrire l’épidémiologie des PFA (Paralysies flasques aigues) et évaluer les indicateurs de performance du système de surveillance pour la période de 2008 à 2012 ayant suivi cette déclaration. Méthodes Les données du service de surveillance épidémiologique ont été nettoyées et analysées à l'aide du logiciel Epi-infoversion 3.4.3 (CDC Atlanta). Résultats 319 cas de PFA ont été notifié soit une incidence moyenne de 4.61/100000 enfants de moins de 15 ans par an. La distribution des cas cumulés par mois montre une importante notification des cas PFA pendant la période de Février à Juillet et à la suite de l’épidémie de 2009 alors que l'incidence des cas confirmés a été plus importante entre Novembre et Février. L’âge moyen était de 4ans (E.T. ±4ans) et 77.4% avaient un âge = 5ans. 18 cas de PFA ont été confirmés poliovirus sauvage(PVS) dont 6 en 2009 et 12 en 2010 et tous d'importation. L’âge moyen était de 3.4 ans (E.T ±2.6 ans). 44,4% étaient des filles et 55.5% garçons. Cette proportion était proche de celle des PFA non polio (45.1% versus 54.9%). 61% avaient reçu au plus une dose de vaccin polio orale (VPO) pour les cas de PFA polio contre 7.4% pour les PFA non polio. Aucune discrimination de genre n'a été observé sur la population des PFA ayant reçu une dose au plus (ratio-sexe= 16/17=0.94). La fièvre était présente pour 90%des cas de PFA non polio contre 85% pour les cas PVS. Cette fièvre à progresser en 3 jours pour tous les cas de PVS et pour 82,7% des cas de PFA non polio. Le taux d'hospitalisation était de 13.6% pour les cas de PFA non polio contre 89% pour les PFA polio. Dans tous les deux groupes, les membres de prédilection étaient d'abord l'un des 2 membres

Les leishmanioses cutanées à Leishmania major et à Leishmania tropica au Maroc: aspects épidémio-cliniques comparatifs de 268 cas

PubMed Central

Chiheb, Soumia; Slaoui, Widad; Mouttaqui, Tarik; Riyad, Meriem; Benchikhi, Hakima

2014-01-01

Introduction Depuis 1995, le Maroc a connu une réactivation des foyers de leishmanioses cutanées (LC) à L. major et une nouvelle répartition géographique des foyers à L. tropica. Le but de cette étude est de comparer les aspects épidémio-cliniques associés aux LC potentiellement dûes à L. major et à L. tropica. Méthodes Une étude rétrospective a colligé 268 cas de LC au service de dermatologie du CHU Ibn Rochd de Casablanca entre Janvier 1995 et Septembre 2010. Les données étaient analysées par Epi info version 3.5.1. Le test X2 était appliqué (Différence significative = p< 0,05). Résultats Deux cent soixante-huit cas de LC ont été colligés, dont 160 femmes et 108 hommes. Ils ont été répartis en 123 patients originaires des foyers à L.major et 145 patients originaires des foyers à L. tropica. L'aspect ulcéronodulaire, ulcérovégétant ou végétant était retrouvé dans 58 cas (47,2%) des cas de LC à L. major versus 24 cas (16,7%) dans la L.C à L. tropica. L'aspect papulonodulaire était retrouvé dans 84 cas (58%) de LC à L. tropica contre 41 cas (33,3%) de LC à L. major. Conclusion Dans la LC à L. major, l'atteinte des membres et les aspects cliniques végétant ou ulcéro-végétant restent toujours prédominants. Dans la L.C à L. tropica, l'atteinte papulonodulaire unique du visage reste prédominante mais des formes ulcéronodulaires, végétantes ou ulcérovégétantes existent également dans les foyers récents à L. tropica, prêtant à confusion cliniquement avec des LC à L. major. PMID:25810796

Les complications tardives de prothèse totale de la hanche: à propos de 42 cas

PubMed Central

Azarkane, Mohamed; Boussakri, Hassan; Shimi, Mohamed; Elibrahimi, Abdlehalim; Elmrini, Abdlemeji

2013-01-01

L'arthroplastie de la hanche est un moyen fiable dans le traitement des affections de la hanche. En lui rendant sa mobilité sa stabilité et son indolence. Cependant cette chirurgie prothétique expose au risque de la survenue des complications qui peuvent engager le pronostic fonctionnel. Nous avons réalisé une étude rétrospective sur une durée de 8 ans de janvier 2004 au janvier 2012 au service de traumatologie-orthopédie de CHU HASSAN II FEZ. Pendant cette période nous avons opéré 240 patients pour PTH. Après un recul moyen de 5 ans nous avons noté chez 42 (17,4%) patients une complication tardive. Nous noté 13 cas de descellement aseptique soit 5,4%. Cette complication a été survenue dans notre série sur une prothèse cimentée dans 8 cas et non cimentée dans 5 cas. Le traitement que nous avons adopté dans notre série a été une reprise de PTH sans greffe osseuse ni anneau de reconstruction dans 4 cas, reprise avec mise en place d'anneau de Kerboull dans 7 cas et reprise avec greffe osseuse et anneau de kerboull dans 2 cas. Nous avons trouvé 11 cas de sepsis tardive soit 4,6% des cas. Nous avons le diabète comme facteur de risque chez 3 malades. L'agent causal a été staphylococcus épdermidis dans 5 cas, colibacille dans 2 cas et association staphylococcus-BGN dans 1 cas. Les différentes modalités que nous avons utilisé pour traiter l'infection dans notre ont été un lavage simple, système d'irrigation-drainage et réimplantation simple en un seul temps ou en 2 temps avec couverture systématique par une antibiothérapie adaptée selon l'antibiogramme. Nous avons noté également 11 cas de fracture sur PTH intéressant dans tous les cas le fémur, nous avons traité ce type de fracture dans notre série par une tige fémorale prothétique longue dans 4 cas, une plaque vissée cerclée dans 3 cas et cerclage simple dans 4 cas. La consolidation a été obtenue chez 9 patients avec 2 cas de pseudarthrose. Nous avons noté 7 cas de

Comprendre la maltraitance des aînés en pratique familiale

PubMed Central

Yaffe, Mark J.; Tazkarji, Bachir

2012-01-01

Résumé Objectif Présenter ce qui constitue la maltraitance des aînés, ce dont les médecins de famille devraient être au courant, les signes et les symptômes laissant présager de mauvais traitements chez des adultes plus âgés, comment l’outil Elder Abuse Suspicion Index peut aider à détecter la maltraitance et les options qui existent pour réagir en cas de soupçons de maltraitance. Sources des données On a fait une recension dans MEDLINE, PsycINFO et Social Work Abstracts pour trouver des publications en français ou en anglais, de 1970 à 2011, à l’aide des expressions elder abuse, elder neglect, elder mistreatment, seniors, older adults, violence, identification, detection tools et signs and symptoms. Les publications pertinentes ont fait l’objet d’un examen. Message principal La maltraitance des aînés est une cause importante de morbidité et de mortalité chez les adultes plus âgés. Si les médecins de famille sont bien placés pour détecter des mauvais traitements infligés aux aînés, leurs taux réels de signalement de cas de maltraitance sont plus faibles que dans d’autres professions. Cette situation pourrait s’améliorer s’ils comprenaient mieux les genres d’agissements qui constituent de la maltraitance des aînés, ainsi que les signes et les symptômes observés au bureau qui pourraient pointer vers des cas de mauvais traitements. La détection de tels cas pourrait être facilitée par le recours à un court outil validé, comme l’Elder Abuse Suspicion Index. Conclusion Les médecins de famille peuvent jouer un rôle plus important dans la détection d’une éventuelle maltraitance des aînés. Une fois qu’on soupçonne de mauvais traitements, il existe dans la plupart des communautés des services sociaux ou des forces de l’ordre accessibles pour effectuer des évaluations plus approfondies et intervenir.

Cardiopathies congénitales: aspects épidémiologiques et échocardiographies à propos de 109 cas au centre hospitalier universitaire pédiatrique Charles de Gaulle (CHUP-CDG) de Ouagadougou, Burkina Faso

PubMed Central

Kinda, Georges; Millogo, Georges Rosario Christian; Koueta, Fla; Dao, Lassina; Talbousouma, Sollimy; Cissé, Hassane; Djiguimdé, Aristide; Yé, Diarra; Sorgho, Claudine Lougue

2015-01-01

Notre travail avait pour objectif d’étudier les aspects épidémiologiques et écho-cardiographiques des cardiopathies congénitales au CHUP-CDG afin d'y faire l’état des lieux. Pour se faire, nous avons mené sur une période de 27 mois d'aout 2009 à mai 2010 et d'octobre 2011 à décembre 2011, une étude rétrospective des comptes rendus d’échocardiographies Doppler des patients admis dans le service d'imagerie médicale. Nous avons utilisé une sonde cardiaque de 5MHz sur appareil Aloka Prosound 4000 Plus. Durant la période d’étude, 380 examens écho-cardiographiques ont été réalisés et ont permis de mettre en évidence 109 cas de cardiopathies congénitales avec 138 entités nosologiques différentes. Les cardiopathies congénitales représentaient 0,98% des 11169 entrées. Les souffles étaient au premier rang des motifs de demande de l’échographie Doppler cardiaque (121 cas sur 380) soit 39,53%. Les CIV étaient au premier plan des cardiopathies congénitales (28,26%), suivies des CIA (23,19%), des sténoses pulmonaires (19,57%), des Tétralogie de Fallot (9,42%). Dans leur forme isolée, les CIA étaient les plus fréquentes avec 21,95% des cas, suivies des CIV avec 20,73%. Sur 138 cas de cardiopathies congénitales (chez 109 enfants), 53 cas ont été observés chez des enfants de sexe féminin et 56 cas chez des enfants de sexe masculin soit un sexe ration de 1,1. La tranche d’âge présentant une fréquence élevée de cardiopathie congénitale est celle de 1mois- 30 mois avec 55% des cas. Les cardiopathies congénitales de l'enfant sont une réalité en Afrique, leurs fréquences dans toutes les séries rapportées sont certainement sous estimées en raison de l'inaccessibilité de l’échocardiographie doppler. PMID:26090039

Aspects épidémiologiques des accidents vasculaires cérébraux (AVC) aux urgences de l'institut de cardiologie d'Abidjan (ICA)

PubMed Central

N'goran, Yves N'da Kouakou; Traore, Fatou; Tano, Micesse; Kramoh, Kouadio Euloge; Kakou, Jean-Baptiste Anzouan; Konin, Christophe; Kakou, Maurice Guikahue

2015-01-01

Introduction L'objectif de notre étude était de décrire les caractéristiques sociodémographiques et les Facteurs de Risque cardio-Vasculaires (FRV) des patients admis pour accidents vasculaires cérébraux (AVC) dans un service autre que celui de la neurologie. Méthodes Étude transversale rétrospective sur une période de 2 ans (janv. 2010 et déc. 2011), réalisée aux urgences de l'institut de cardiologie d'Abidjan. Résultats Il s'agissait de 176 adultes avec un âge moyen de 60 ans, une prédominance féminine. Les facteurs de risque majeurs retrouvés étaient l'hypertension artérielle dans 86,4% des cas, le diabète dans 11,4% des cas, le tabagisme dans 2,2% des cas. Les motifs de consultation étaient la perte de connaissance dans 36,4% des cas, l'hémiplégie dans 31,8% des cas, les céphalées dans 17,4% des cas, les vertiges dans 10,9% et les palpitations dans 2,2% des cas. La tension artérielle systolique moyenne était à 174 mmHg, la tension artérielle diastolique moyenne était à 105 mmHg et la pression pulsée moyenne était à 70 mmHg. Les AVC étaient associés à une arythmie complète par fibrillation auriculaire dans 11,4% des cas. Les AVC ischémiques représentaient 84,1%. L’évolution aux urgences a été marquée par un décès dans 17% (30) des cas. Conclusion Les AVC constituent un problème majeur de santé publique. Malgré sa prédominance féminine, ils (AVC) touchaient 44% des hommes dans notre étude lorsqu'on sait qu'en Afrique l'activité sociale repose sur les hommes. Ils restent une pathologie grave par la forte létalité. PMID:26327997

Cancers biliaires: aspects épidémiologiques cliniques et thérapeutiques à propos de 20 cas

PubMed Central

Ka, Ibrahima; Faye, Magatte; Diop, Papa Saloum; Faye, Amadou Bocar Niang Aliou Coly; Ndoye, Jean Marc; Fall, Babacar

2018-01-01

Les cancers des voies biliaires se répartissent en deux localisations principales: les cancers de la vésicule biliaire qui sont des adénocarcinomes et les cholangiocarcinomes de localisations intra et extra-hépatiques. Il s'agit étude rétrospective portant sur 20 cas de cancers biliaires entre Janvier 2006 et Octobre 2014 à la clinique chirurgicale de l'Hôpital Général de Grand- Yoff. Il s'agissait de 40% de cancer de la vésicule biliaire, 60% de cancer de la voie biliaire principale. Le sex-ratio était de 1. L'âge moyen de nos patients était de 58,1 ans. Le délai diagnostique moyen était de 3,77 mois. La symptomatologie était dominée par le syndrome ictérique et les douleurs de l'hypochondre droit. Tous les patients avaient présenté un syndrome de cholestase biologique. L'échographie abdominale a été réalisée dans 65% des cas, la TDM abdominale dans 85% des cas et L'IRM dans 35% des cas. Les formes avancées étaient prédominantes dans notre série (n=19).La majorité de nos patients a bénéficié d'une chirurgie palliative. Le geste le plus pratiqué était la dérivation biliaire chez 50% des patients. On notait une prédominance des cholangiocarcinomes. La morbidité opératoire globale était de 43,75%. La mortalité globale toutes localisations confondues était de 31,25%. La moyenne de survie est de 4 mois et demi. Les cancers des voies biliaires sont d'expression multiforme, se différenciant essentiellement en un cholangiocarcinome intra, extrahépatique et adénocarcinome de la vésicule biliaire dont l'évolution est globalement différente mais le pronostic spontanément mauvais. PMID:29662598

Characterisation of Fibre Reinforced Titanium Matrix Composites. (La Caracterisation des Materiaux Composites a Matrice de Titane Renforces par Fibres)

DTIC Science & Technology

1994-02-01

devait servir de forum pour un 6change d’informations sur ce sujet important. Dans ce cas. [a caracterisation se ref~re A l’analyse du comportement des...phases de d~veloppement et de mise a l’echelle. mais aussi aux activites de caracterisation et de demonstration des composants. Dans le cas des materiaux

Symetries et integrabilite des equations aux differences finies

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Lafortune, Stephane

2000-09-01

La présente thèse porte sur l'étude des symétries et des propriétés d'intégrabilité des équations aux différences finies. Dans le chapitre 1, le groupe de symétrie ponctuelle d'un système couplé à deux équations différentielles aux différences est étudié. On montre que dans certains cas, la dimension du groupe peut être infinie. Les équations peuvent décrire l'interaction de deux longues chaînes moléculaires, chacune étant composée d'atomes d'un même type. Dans le chapitre 2, une classe de théories de champs avec interaction exponentielle est introduite. L'interaction dépend de deux matrices de ``couplage'' et est suffisamment générale pour inclure toutes les théories de champs de Toda existant dans la littérature. Les symétries de Lie ponctuelles sont obtenues pour les cas où l'on a un nombre fini, infini ou semi-infini de champs. Une attention spéciale est accordée à la présence de l'invariance conforme. Dans le chapitre 3, nous procédons à la classification et à l'étude d'équations linéarisables. Nous examinons tout d'abord l'équation de Gambier continue qui contient, comme réductions, toutes les équations de deuxième ordre intégrables par linéarisation. Nous introduisons par la suite la forme discrète de cette équation et obtenons les conditions d'intégrabilité à l'aide du confinement des singularités. Nous étudions aussi les différentes réductions du cas discret. De plus, nous obtenons des transformations de Schlesinger pour les équations de Gambier discrète et continue. Dans la dernière partie du chapitre, nous étudions une famille d'équations discrètes du deuxième ordre incluant des équations résolubles par linéarisation. Plusieurs cas intégrables sont obtenus. Dans le cas discret, l'étude de l'intégrabilité est faite à l'aide du confinement des singularités. Dans le chapitre 4, nous étudions un autre critère d'intégrabilité: l'entropie algébrique. Nous montrons que les r

Le syndrome néphrotique idiopathique (SNI) de l’enfant à Dakar: à propos de 40 cas

PubMed Central

Keita, Younoussa; Lemrabott, Ahmed Tall; Sylla, Assane; Niang, Babacar; Ka, El Hadji Fary; Dial, Chérif Mohamed; Ndongo, Aliou Abdoulaye; Sow, Amadou; Moreira, Claude; Niang, Abdou; Ndiaye, Ousmane; Diouf, Boucar; Sall, Mouhamadou Guélaye

2017-01-01

Introduction L’objectif de ce travail était d’analyser les caractéristiques diagnostiques, thérapeutiques et évolutives de l’enfant atteint de néphrose dans un service de pédiatrie de Dakar. Méthodes L’étude était réalisée au service de pédiatrie de l’hôpital Aristide Le Dantec. Il s’agissait d’une étude rétrospective sur une période de 03 ans allant du 1er janvier 2012 au 31 décembre 2014. Ont été inclus tous les patients âgés de 02 ans à 12 ans présentant un tableau de Syndrome néphrotique idiopathique. Résultats Quarante cas de néphrose étaient colligés soit une prévalence de 23% parmi les néphropathies prises en charge dans le service. L’âge moyen était de 7,11± 3,14 ans. Le syndrome néphrotique était pur chez 72,5% (n=29) des patients. Les œdèmes des membres inférieurs étaient présents chez 100% des patients, l’oligurie dans 55% (n=22) et l’HTA dans 5% (n=2) des cas. La protéinurie moyenne était de 145,05 ± 85,54 mg/kg/24heures. La protidémie moyenne était de 46,42 ±7,88 g/L et l’albuminémie moyenne de 17,90 ± 7,15 g/L. Trente-neuf patients avaient reçu une corticothérapie à base de prednisone. La corticosensibilité était retenue chez 77% (n=30) des patients et la corticorésistance chez 13% (n=5) des cas. Le facteur de mauvaise réponse à la corticothérapie était un niveau de protéinurie initiale supérieure à 150 mg/kg/jour (p = 0,024). La biopsie rénale était réalisée chez 18% (n=7) des patients et retrouvait dans 57,2% (n=4) des cas une hyalinose segmentaire et focale. Le cyclophosphamide et l’azathioprine étaient associés aux corticoïdes dans 10% (n=4) des cas chacun. Le taux de rémission globale était de 89,8%. L’évolution vers l’insuffisance rénale chronique était notée chez trois (03) des patients. Conclusion La néphrose représentait près du quart des néphropathies prises en charge dans notre service. Le taux de rémission globale était élevé. Le

Apport de l’IRM dans la prise en charge des compressions médullaires lentes non traumatiques

PubMed Central

Badji, Nfally; Deme, Hamidou; Akpo, Geraud; Ndong, Boucar; Toure, Mouhamadou Hamine; Diop, Sokhna Ba; Niang, El Hadji

2016-01-01

Les compressions médullaires lentes sont dues au développement dans le canal médullaire d’une lésion expansive. C’est une pathologie très fréquente dont le diagnostic est essentiellement clinique. L’imagerie par résonnance magnétique occupe une place incontournable dans le diagnostic de localisation et la recherche étiologique. En Europe l’étiologie tumorale est prépondérante. Le but de cette étude était de décrire les aspects IRM des compressions médullaires lentes et de déterminer le profil étiologique. Il s’agit d’une étude rétrospective portant sur 97 observations colligées au service de radiologie du CHUN de Fann sur une période de 30 mois (du 08/03/10 au 29/09/12). On été inclus dans l’étude, tous les patients adressés pour un tableau de compression médullaire lente survenu dans un contexte non traumatique. L’âge moyen des patients était de 42,6 ans avec des extrêmes compris entre 04 mois et 85 ans. Nous avons étudié la topographie des lésions (étage rachidien, compartiments canalaires) leur rehaussement et les critères d’orientation étiologique. Le protocole d’examen permettait la réalisation de séquence pondérées T1 sans avec injection de gado, T2, STIR et T2 DRIVE centrées sur les niveaux lésionnels ou les zones suspectes. L’IRM a permis de préciser le siège exact et l’étendue des lésions. L’atteinte du rachis dorsal représentait 42% des cas, suivi du rachis cervical avec 32% des cas. Les atteintes lombo-sacrées et pluri-étagées représentaient respectivement 18% et 08% des cas. Les lésions extradurales représentaient 87% des cas, suivi des lésions intradurales extramédullaires avec 08% des cas et des lésions intramédullaires dans 05% des cas. La particularité du profil étiologique de notre étude est la prédominance des épidurites infectieuses et la fréquence relative des épidurites métastatiques comparée aux séries occidentales. L’IRM vertébro-médullaire occupe

Épidémiologie des brûlures de la main chez les enfants vus dans le Centre National des Brûlés et de Chirurgie Plastique de Casablanca, Maroc

PubMed Central

Rafik, A.; Lahlou, M.; Diouri, M.; Bahechar, N.; Chlihi, A.

2015-01-01

Summary Les brûlures de la main chez l’enfant constituent une source de séquelles invalidantes. A cet régard, la conservation et la restauration complète de la fonction de la main demeurent le but primordial de la prise en charge. Afin de répertorier les caractéristiques épidémiologiques, cliniques et évolutives des mains brûlées, nous avons réalisé une étude rétrospective étalée sur 4 ans, de janvier 2011 à janvier 2015. Cette étude a permis de colliger les cas de 313 enfants atteints de brûlure de la main vus dans le Centre National des Brulés et de Chirurgie Plastique du CHU Ibn Rochd de Casablanca. La majorité des brûlures touche les enfants de 3 à 6 ans (70% des cas), avec une légère prédominance masculine. La principale cause des brûlures survenant à cet âge est l’ébouillantement. Les brûlures par flamme représentent 33% des cas, celles par électricité 4,5%. Les brûlures chimiques et par contact sont anecdotiques (1 cas chacune). L’accident survient le plus souvent à domicile. Soixante douze pour cent des brûlures ont guéri spontanément. Afin de diminuer l’incidence de ces accidents, une approche préventive faite de sensibilisation et d’éducation devrait faire partie du cursus scolaire. PMID:27777543

Involvement of the CasK/R two-component system in optimal unsaturation of the Bacillus cereus fatty acids during low-temperature growth.

PubMed

Diomandé, Sara Esther; Nguyen-the, Christophe; Abee, Tjakko; Tempelaars, Marcel H; Broussolle, Véronique; Brillard, Julien

2015-11-20

Bacillus cereus sensu lato is composed of a set of ubiquitous strains including human pathogens that can survive a range of food processing conditions, grow in refrigerated food, and sometimes cause food poisoning. We previously identified the two-component system CasK/R that plays a key role in cold adaptation. To better understand the CasK/R-controlled mechanisms that support low-temperature adaptation, we performed a transcriptomic analysis on the ATCC 14579 strain and its isogenic ∆casK/R mutant grown at 12°C. Several genes involved in fatty acid (FA) metabolism were downregulated in the mutant, including desA and desB encoding FA acyl-lipid desaturases that catalyze the formation of a double-bond on the FA chain in positions ∆5 and ∆10, respectively. A lower proportion of FAs presumably unsaturated by DesA was observed in the ΔcasK/R strain compared to the parental strain while no difference was found for FAs presumably unsaturated by DesB. Addition of phospholipids from egg yolk lecithin rich in unsaturated FAs, to growth medium, abolished the cold-growth impairment of ΔcasK/R suggesting that exogenous unsaturated FAs can support membrane-level modifications and thus compensate for the decreased production of these FAs in the B. cereus ∆casK/R mutant during growth at low temperature. Our findings indicate that CasK/R is involved in the regulation of FA metabolism, and is necessary for cold adaptation of B. cereus unless an exogenous source of unsaturated FAs is available. Copyright © 2015 Elsevier B.V. All rights reserved.

Infection respiratoire aigüe et statut nutritionnel chez les enfants de 0-5 ans: cas des cliniques universitaires de Lubumbashi, République Démocratique du Congo

PubMed Central

Ngombe, Léon Kabamba; Mbombo-Ditunga; Kameya, Nduwa; Malingo, Aimé Abasiko; Kayomb, Nathalie Kaj; ea Ngolomba, Jean Ngolomba; Nday, David Kakez; Numbi, Luboya

2014-01-01

Les auteurs rapportent les données d'une étude rétrospective de 153 dossiers d'enfants hospitalisés dans le service de pédiatrie des Cliniques Universitaires de Lubumbashi/RD Congo pour IRA. En ce qui nous concerne, les IRA chez les enfants de moins de 5 ans représentent 26,11% de l'effectif, dont 17,75% âgés de moins d'un an. Le sexe masculin est légèrement prédominant (85 contre 68) et près de 70% des enfants ont un statut nutritionnel précaire. La répartition mensuelle connaît des pics en mars et octobre. Les diagnostiques notifiés sont: rhinite(16,3%),Amygdalite(5,9%),Otite Moyenne Aigue(0,7%),Laryngite (3,3%), Rhinopharyngite (39,2%), Pharyngite (6,5%), Bronchite (7,2%), Bronchopneumonie (5,9%), Pneumonie(2,6%) et Bronchiolite (12,4%).Tous les cas ont bien évolués sous traitement. Le but de ce travail est de déterminer la fréquence des IRA et le statut nutritionnel des enfants ayant été admis dans le service des pédiatries aux C.U.L. PMID:25995789

Evaluation des Connaissances-Attitudes-Pratiques des populations des districts sanitaires de Benoye, Laoukassy, Moundou et N’Djaména Sud sur la rage canine au Tchad

PubMed Central

Mindekem, Rolande; Lechenne, Monique; Alfaroukh, Idriss Oumar; Moto, Daugla Doumagoum; Zinsstag, Jakob; Ouedraogo, Laurent Tinoaga; Salifou, Sahidou

2017-01-01

Introduction La rage canine demeure une préoccupation en Afrique comme au Tchad. La présente étude vise à évaluer les Connaissances-Attitudes-Pratiques des populations pour la prise en charge appropriée des personnes exposées et une lutte efficace. Méthodes C’était une étude transversale descriptive réalisée en juillet et septembre dans quatre districts sanitaires au Tchad en 2015. Les données ont été collectées à l’aide d’un questionnaire auprès des ménages recrutés suivant un sondage aléatoire à 3 degrés. Résultats C’était 2428 personnes enquêtées avec un niveau maximum primaire (54,12%). L’âge moyen était de 36 ± 13,50 ans. Ils étaient cultivateurs (35,17%), commerçants (18,04%), ménagères (12,81%). La rage était définie comme une maladie transmise du chien à l’homme (41,43%), une altération du cerveau (41,27%), une sous-alimentation (10,26%). Le chat était faiblement connu réservoir (13,84%) et vecteur (19,77%) ainsi que la griffure comme moyen de transmission (4,61%) et la vaccination du chat comme mesure préventive (0,49%). Les premiers soins en cas de morsure à domicile étaient les pratiques traditionnelles (47,69%), le lavage des plaies (19,48%) ou aucune action entreprise (20,43%). Les ménages consultaient la santé humaine (78,50%), la santé animale (5,35%) et les guérisseurs traditionnels (27%). Conclusion La communication en rapport avec des premiers soins à la maison en cas de morsure, la connaissance du chat comme réservoir et vecteur, celle de la griffure comme moyen de transmission et la promotion de la consultation des services vétérinaires en cas de morsure sont nécessaires. PMID:28761600

Fiabilité des structures mécaniques adaptatives: effet de la panne des actionneurs ou des capteurs sur la stabilité

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Fall, H.; Charon, W.; Kouta, R.

2002-12-01

Ces dernières décennies, des activités significatives dans le monde étaient dirigées autour du contrôle actif. Le but de ces recherches était essentiellement d'améliorer les performances, la fiabilité et la sécurité des systèmes. Notamment dans le cas des structures soumises à des vibrations aléatoires. D'importants travaux ont été consacré à l'utilisation des “matériaux intelligents” comme capteurs et actionneurs. Cette article propose l'analyse de la fiabilité des systèmes mécaniques en étudiant les pannes des actionneurs ou des capteurs. L'effet de ces pannes sur la stabilité et la performance du système y est démontré. Les méthodologies de conception y sont rappelées. Des exemples numériques sont fournis à travers le contrôle d'un panneau sous chargement dynamique pour illustrer la méthode proposée.

Le contrôle des infections au cabinet du pédiatre

PubMed Central

2008-01-01

RÉSUMÉ La transmission des infections au cabinet du pédiatre est de plus en plus préoccupante. Le présent document expose les voies de transmission des infections et les principes sous-jacents aux mesures actuelles pour contrôler les infections. Pour prévenir les infections, il faut bien concevoir le cabinet et adopter des politiques administratives et de triage convenables, de même que des pratiques de base pour les soins de tous les patients (p. ex., hygiène des mains, port de gants, de masques, de lunettes de protection et d’une blouse d’hôpital pour des interventions précises; nettoyage, désinfection et stérilisation convenables des surfaces et du matériel, y compris les jouets, et techniques d’asepsie en cas d’interventions effractives) et des précautions additionnelles en cas d’infections précises. Le personnel doit avoir reçu les vaccins pertinents, et les personnes infectées doivent respecter les politiques de restriction au travail.

Evaluation des résultats après traitement des lésions intra épithéliales du col utérin par la cryothérapie: étude préliminaire au Centre Hospitalier Universitaire de Yaoundé: A propos de 21 cas

PubMed Central

Ndoua, Claude Cyrille Noa; Tebeu, Pierre Marie; Kemfang, Jean Dupont; Kasia, Jean Marie

2015-01-01

Nous rapportons les résultats d'une série de 21 cas de prise en charge par cryothérapie de lésions intra-épithéliales cervicales au Centre Hospitalier et Universitaire (CHU) de Yaoundé. Notre objectif principal était d’évaluer les résultats préliminaires de la prise en charge des lésions précancéreuses éligibles pour la cryothérapie. Il s'agissait d'une étude transversale descriptive qui s'est étalée sur 24 mois. Etaient inclus dans l’étude toutes les femmes traitées par cryothérapie. Nous avons exclu les patientes traitées par une autre méthode, les patientes perdues de vue et les dossiers incomplets. Le statut cervical a été déterminé à 6 semaines, 6 mois et 12 mois. Les complications précoces et tardives ont également été répertoriées. Au total 95.2% des lésions étaient cicatrisées à 6 semaines. A 6 mois, toutes les lésions avaient disparu et au 12ème mois, la guérison était effective chez 95.2% des patientes. Les saignements et l'hydrorrhée étaient les principales complications tardives avec des fréquences respectives de 66.7% et 95.2%. Aucun cas de sténose cervicale n'a été répertorié. La cryothérapie peut être utilisée comme méthode de traitement pour des lésions précancéreuses du col. PMID:26140068

Hypertension artérielle pulmonaire au cours de la sclérodermie: à propos de 12 cas

PubMed Central

Diao, Maboury; Ndiaye, Mouhamadou Bamba; Kane, Adama; Bodian, Malick; Tchintchui, Nadége Christelle; Mbaye, Alassane; Mounir Dia, Mouhamadoul; Sarr, Moustapha; Kane, Assane; Abdou Ba, Serigne

2012-01-01

Introduction La survenue de l’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) est un tournant dans l’évolution de la sclérodermie. L’objectif de cette étude est de décrire les aspects épidémiologiques et évolutifs de l’HTAP au cours de la sclérodermie systémique. Méthodes Nous avons réalisé une étude descriptive concernant des patients suivis pour sclérodermie systémique, au service de Dermatologie de l’hôpital Aristide Le Dantec entre Janvier 2000 et Août 2009. Ces patients étaient inclus dans l’étude après exploration cardio-vasculaire (ECG, échocardiographie-Doppler). Nous avons étudié les paramètres épidémiologiques, cliniques, paracliniques et évolutifs des patients. Résultats Nous avons enregistré 12 cas d’hypertension artérielle pulmonaire parmi les 83 patients atteints de sclérodermie systémique soit une prévalence de 14,45%. L’âge moyen des patients était de 43,58 ans±12,5 ans et le sex-ratio (H/F) de 0,33. Sur le plan clinique, la dyspnée était quasi constante (75%) et la douleur thoracique présente dans 25% des cas. Le syndrome de Raynaud était observé chez 8 patients soit 66,67% de nos patients. L’électrocardiogramme montrait des signes de surcharge droite chez 4 malades (33,33%) et la radiographie thoracique en faveur d’une fibrose pulmonaire chez 4 patients. L’échocardiographie-Doppler notait une insuffisance tricuspide importante dans 58, 33% des cas (7 patients), une pression artérielle pulmonaire systolique (PAPs) en moyenne de 66,25±29,3 mmHg, une dilatation des cavités cardiaques droites dans 5 cas et un mouvement paradoxal du septum interventriculaire chez 3 malades (33,33%). Il était également noté 3 cas (25%) d’épanchement péricardique. Nous avons déploré 4 décès (33,33%). Conclusion L’hypertension artérielle pulmonaire est une complication fréquente et grave de la sclérodermie. Son dépistage, grâce à l’échocardiographie-Doppler systématique, constitue une �

Traitement intra-artériel des métastases hépatiques de cancer colorectal

PubMed Central

Pellerin, O.; Geschwind, J.-F.

2015-01-01

Le cancer colorectal représente un problème majeur de santé publique. Son incidence annuelle mondiale est d’environ un million de cas et la mortalité annuelle est de plus de 500 000 cas par an. Le foie est l’organe le plus fréquemment touché par les métastases. Leur survenue est observée dans 40 à 60% des cas (contemporaines dans 25% des cas). Bien que la résection chirurgicale soit le seul traitement curatif, nombre de patients ne peuvent en bénéficier en raison de l’importante diffusion des métastases hépatiques. Chimiothérapies et biothérapies systémiques sont les options conventionnelles de la prise en charge des métastases hépatiques multiples. C’est dans ces situations cliniques que les thérapies intra-artérielles peuvent jouer un rôle important. Dans cet article, nous présenterons les différentes thérapies endovasculaires applicables aux métastases hépatiques de cancers colorectaux, avec leurs indications, résultats et complications éventuelles. PMID:21944243

La ponction biopsie hépatique à Dakar: indications, complications et apport diagnostique - à propos de 70 cas

PubMed Central

Touré, Papa Souleymane; Léye, Abdoulaye; Diop, Madoky Maguette; Gueye, Mame Daouda; Léye, Yakham Mohamed; Berthé, Adama; Mourtalla Ka, Mamadou

2014-01-01

Introduction Les objectifs de notre travail étaient de déterminer les indications, les complications et l'apport diagnostique de la ponction biopsie hépatique (PBH) transpariétale. Méthodes Il s'agissait d'une étude rétrospective descriptive allant du janvier 2006 à décembre 2010, réalisée dans le service de Médecine Interne de l'hôpital de Pikine de Dakar. Etaient inclus, tous les malades ayant subi une biopsie hépatique, en ambulatoire ou en hospitalisation. Etaient exclus, tous les patients qui ont bénéficié d'une PBH dont les résultats n'ont pas été retrouvés. Les données suivantes étaient étudié: l’âge, le sexe, les indications, la taille du fragment biopsique, Le nombre de carottes, les complications, la comparaison des diagnostics pré biopsiques avec les comptes rendus histologiques. Résultats Ont été colligées 70 patients atteints d'hépatopathie chronique ayant bénéficiés d'une PBH. Il s'agissait de 46 hommes (65.71%) et 24 femmes (34.29%). L’âge moyen des patients était de 36 ans. Les PBH étaient réalisées en ambulatoire chez 58 patients (82.86%) et chez 12 malades hospitalisés (17,14%). Les indications étaient dominées par les hépatites virales chroniques dans 62,86% (44cas), suivi des processus tumoraux du foie dans 24.29% (17 cas). Les complications survenues chez 15 patients (21.43%) étaient représentées de 14 cas de douleur (20%) et d'un cas de malaise vagal (1.43%). Les 70 PBH effectuées ont ramené une carotte dans 35,71% des cas, 2 à 6 carottes dans 32,87% des cas. La longueur moyenne des fragments biopsiques était de 22 ±8 mm. Soixante-six résultats étaient interprétables et 4 non interprétables soit une performance diagnostique de 94,29%. Conclusion La PBH est de pratique sure, avec un respect des contres indications et une bonne maitrise de la technique. Son acceptabilité a été bonne dans notre pratique et sa rentabilité diagnostique excellente. Elle devrait être beaucoup plus

Nocardiose pulmonaire sur un terrain immunocompétent: à propos de 2 cas

PubMed Central

Rhofir, Yasmina; Zahraoui, Rachida; Tiress, Nabil; Naji-Amrani, Hicham; Soualhi, Mouna; Bourkadi, Jamal Eddine

2017-01-01

La nocardiose est une infection rare, mais sévère, causée par des bactéries du genre nocardia, qui appartiennent à l'ordre des actinomycétales. Si elles peuvent toucher l'adulte immunocompétent, les nocardioses restent des pathologies de l'individu fragilisé sur le plan immunitaire. L'atteinte pulmonaire reste la plus fréquente, sa prise en charge correcte est liée au diagnostic qui est souvent retardé par des présentations non spécifiques et des prélèvements non concluants. Nous rapportons ici deux cas de nocardiose chez des patients immunocompétents. Le premier cas est celui d'un homme de 24 ans, avec notion de tabagisme et d'éthylisme, hospitalisé pour des douleurs thoraciques et des hémoptysies de faible abondance, évoluant depuis deux mois, avec apparition d'abcès sous cutanés dorsaux fistulisés. L'exploration radiologique découvre une masse tissulaire médiastino-pulmonaire droite avec lyse costale adjacente et diffusion aux tissus para vertébraux droits. Les prélèvements bactériologiques restent négatifs motivant une biopsie scannoguidée de la lésion qui est revenue en faveur d'infection à nocardiose. Le second cas concerne un homme de 22 ans, aux antécédents de tuberculose pleurale traitée il y a 8 ans puis une rechute de tuberculose en 2011 (abcès médiastinal). Admis pour suspicion de rechute de tuberculose devant une toux chronique avec altération de l'état général et une hépatosplénomégalie. Le scanner thoracique montre des condensations alvéolaires avec pleurésie. Au cours de son hospitalisation, apparition de tuméfactions sous cutanées purulentes dont l'étude bactériologique du pus est revenue en faveur de nocardiose avec une souche résistante à tous les antibiotiques sauf colistine et bactrim. Les auteurs illustrent à travers ces deux observations, les aspects cliniques et radiologiques de nocardiose pulmonaire en mettant le point sur les difficultés diagnostiques et thérapeutiques surtout dans un

Le cancer différencié de la thyroïde chez l’enfant et l’adolescent: à propos de 22 cas

PubMed Central

Anajar, Said; Tatari, Mohammed; Lakhbal, Adil; Abada, Reda; Rouadi, Sami; Roubal, Mohammed; Mahtar, Mohammed

2017-01-01

L’obectif était de mettre en relief les particularités du cancer de la thyroïde chez l’enfant et l’adolescent, et d’évaluer nos résultats par rapport à la littérature internationale a travers une série de cas la plus représentatif au Maroc: 22 cas. C'est une étude rétrospective descriptive des patients atteints de cancer différencié de la thyroïde, hospitalisés au service d’ORL et de Chirurgie Cervico-faciale de L’hopital 20 Août de Casablanca-Maroc, sur la période qui s’étend de Janvier 1995 à Mars 2015. Nous avons recueilli les données relatives à 22 cas, qui répondaient à nos critères d’inclusion. L’âge moyen de nos patients était de 14 ans, avec une sex-ratio 3,4, la plupart de nos patients ont consulté pour un nodule thyroïdien, associé dans 22,7% des cas à une adénopathie cervicale, et dans 9,1% à des signes de compression. L’ensemble des patients ont bénéficié d’une thyroïdectomie totale, suivie d’un curage ganglionnaire dans 31,82%. Le diagnostic de cancer thyroïdien a reposé sur l’examen anatomopathologique de la pièce opératoire, qui a objectivé un carcinome papillaire dans 95,4% des cas, et un carcinome vésiculaire dans 4,5%. Le traitement par l’iode radioactif 131 a été réalisé dans 100% des cas. Par la suite tous nos patients ont été mis sous hormonothérapie thyroïdienne. Une surveillance étroite et régulière a permis de détecter des métastases ganglionnaires chez 3 patients, et les métastases à distance chez 4 patients. Le cancer différencié de la thyroïde de l’enfant et l’adolescent est une entité rare mais agressive, son traitement se base sur la chirurgie, associée à l’irathérapie donnant un pronostic excellent. PMID:29255541

Aspects épidemiocliniques et évolutifs chez 157 cas de leishmaniose cutanée au Maroc

PubMed Central

Hjira, Naoufal; Frikh, Rachid; Marcil, Tarik; Lamsyah, Hanane; Oumakhir, Siham; Baba, Noureddine; Boui, Mohammed

2014-01-01

Connue au Maroc depuis la fin du XIX siècle, la leishmaniose cutanée (LC) constitue un problème de santé publique dans notre pays. Le but de notre travail est de décrire le profil épidémioclinique et l’évolution post thérapeutique chez les patients ayant une leishmaniose cutanée dans notre contexte. Nous avons effectué une étude rétrospective, basée sur l'exploitation des dossiers de malades ayant présenté une leishmaniose cutanée confirmée entre janvier 2003 et décembre 2012. Nous avons colligés 157 cas de leishmaniose cutanée. L’âge moyen des patients était de 34.5 ans avec des extrêmes de 6 ans à 63 ans. Le sex-ratio était de 2.34 H/F. La durée d’évolution moyenne des lésions était de 3,6 mois avec des extrêmes de 2 semaines à 10 mois. Les lésions étaient uniques dans 29.5% des cas. Les lésions siégeaient sur membres dans 63%. La forme ulcèro- croûteuse touchait plus de 48%. Le Glucantime était utilisé dans 29.3% des cas, l'azote liquide était utilisé chez 111 autres. L’évolution post-thérapeutique était favorable avec disparition quasi-complète des lésions dans un délai variant de 6 à 10 semaines, au prix de cicatrices inesthétiques chez 14 patients. La leishmaniose cutanée continue à poser un vrai problème de santé publique dans notre pays. L’émergence de formes sévères et résistantes à travers le monde doit inciter à multiplier et renforcer les mesures prophylactiques. PMID:25309671

Apport de la tomodensitométrie dans le diagnostic de la tuberculose vertébrale à propos de 496 cas à Abidjan

PubMed Central

Gbané-Koné, Mariam; Ouattara, Baly; Diomandé, Mohamed; Sessou, Viva; Kaboré, Fulgence; Djoko, Kouadio Flore; Traoré, Moriba; Eti, Edmond; Kouakou, N'zué Marcel

2015-01-01

Introduction Le mal de Pott est la forme la plus fréquente des tuberculoses ostéo articulaires, le diagnostic de certitude reste difficile. L'imagerie tient une place indéniable dans le diagnostic. L'objectif de cette étude était de déterminer la prévalence de la tuberculose vertébrale et l'apport de la TDM dans le diagnostic. Méthodes Nous avons mené une étude rétrospective sur dossiers de tuberculose vertébrale dans le service de Rhumatologie du CHU de Cocody de Janvier 2006 à Décembre 2013. N'ont pas été inclus dans l’étude, tous les dossiers ne comportant pas d'imagerie. Resultats La prévalence hospitalière de la tuberculose vertébrale était de 10,95%, elle représentait 90,2% de la tuberculose ostéoarticulaire. Elle concernait les 2 sexes, l’âge moyen était de 43,27 ans (4-88ans). L'atteinte dorsolombaire était la localisation la plus fréquente (95,13%). L'atteinte du rachis cervical était rare. La spondylodiscite était fréquente (92,14%). La spondylite (6%) et l'atteinte de l'arc postérieur (0,86%) étaient rares. La spondylodiscite était unique le plus souvent (70,05%), les formes multiétagées ont été notées dans 28,65% des cas, les atteintes mutifocales ont été notées dans14, 63% des cas. Les localisations inhabituelles étaient: atteinte sous occipitale (n=3), atteinte concomitante des 3 segments rachidiens (n=3), atteinte du sacrum (n=1), abcès isolés du psoas (n=4). La prévalence des abcès était de 85,91%, celle des épidurites était de 80,17%. La ponction scannoguidée des abcès a été réalisée dans 20 cas, la recherche de BAAR était positive dans 15 cas. Il existait une tuberculose viscérale évolutive dans 20% des cas. Conclusion La TDM est indéniable dans le diagnostic positif et lésionnel de la tuberculose vertébrale. Le retard au diagnostic explique l’étendue des lésions. PMID:26113932

Textilome abdominal: à propos d'un cas

PubMed Central

Serghini, Issam; El Fikri, Abdelghani; Salim Lalaoui, Jaafar; Zoubir, Mohamed; Boui, Mohammed; Boughanem, Mohamed

2011-01-01

Le textilome est une complication postopératoire très rare mais bien connue. Il peut s'agir d'un corps étranger composé de compresse(s) ou champ(s) chirurgicaux laissés au niveau d'un foyer opératoire. La découverte du textilome abdominale est généralement tardive. L'anamnèse est donc essentielle pour diagnostic vu que la clinique n'est pas concluante. La clinique associe des troubles chroniques du transit à des syndromes sub-occlusifs, le cliché d'abdomen sans préparation est peu contributif. L’échographie est fiable. La tomodensitométrie permet un diagnostic topographique précis. Certaines équipes proposent des explorations par IRM. Nous rapportons un cas de textilome intra abdominale, chez une patiente opérée 6 mois auparavant d'un fibrome utérin. PMID:22355422

Hématome sous capsulaire de foie compliquant une pré-éclampsie: à propos de 6 cas

PubMed Central

Mamouni, Nisrine; Derkaoui, Ali; Bougern, Hakima; Bouchikhi, Chehrazad; Chaara, Hikmat; Banani, Abdelaziz; Abdelilah, Melhouf Moulay

2011-01-01

L'hématome sous capsulaire du foie (HSCF) est une complication rare mais gravissime de la grossesse. Devant une symptomatologie clinique souvent non spécifique et un tableau biologique retardé, son diagnostic est basé essentiellement sur les moyens de l'imagerie (échographie, TDM, IRM). Son traitement est fonction de l'intégrité ou non de la capsule de Glisson. Nous rapportons les observations de 6 patientes, à travers une étude rétrospective s’étalant sur la période du Janvier 2005 à Octobre 2008, incluant tous les cas de preeclampsie colligés au service de gynécologie obstétrique du CHU Hassan II. Durant la période d’étude, L'incidence de l'hématome sous capsulaire de foie chez les patientes préeclamptiques admises durant la période d’étude est de 1,49 %. Aucune des patientes n'a benificié d'un suivi prénatal au sein de notre formation. La moyenne d’âge des patientes est de 37,6 ans avec des extrêmes allant de 33 à 45 ans. La gestité moyenne était de 4,8 avec une parité moyenne de 4,5.l'hematome sous capsulaire est survenu en post partum chez tous nos cas avec un délai moyen de 4 jours et des extrêmes allant de J0 et J10 du post partum .Toutes les patientes ont présenté un HELLP syndrome concomitant à la survenue de cette complication gravissime.Le diagnostic positif s'est basé sur les données échographiques dans 5 cas (hemoperitoine –HSCF).l’équipe a opté pour une abstention thérapeutique avec surveillance armée chez 2 cas et l'exploration chirurgicale a été indiquée chez quatre patientes en instabilité hemodynamique.Nous avons déploré deux cas de décès maternel. PMID:22145072

Anesthésie pour prothése totale de la hanche: à propos de 50 cas

PubMed Central

Serghini, Issam; Qamouss, Youssef; Zoubir, Mohamed; Lalaoui, Jaafar Salim; Koulali, Idrissi Khalid; Boughalem, Mohamed

2015-01-01

La chirurgie de la prothèse totale de la hanche (PTH) est une chirurgie fonctionnelle qui consiste en un remplacement d'une articulation endommagée afin d'améliorer la qualité de vie du patient. L'anesthésie pour PTH exige une préparation rigoureuse à l'intervention, la consultation d'anesthésie sera donc la clef de cette réussite. Nous avons réalisé une étude rétrospective concernant 60 arthroplasties totales de la hanche implantées chez 50 patients adultes, colligée au sevice de Traumatologie et de chirurgie orthopédique à l'Hôpital Militaire Avicenne de Marrakech sur une période étalée de Janvier 2010 au Décembre 2012. Nous avons évalué la prise en charge anesthésique: pré, per et postopératoire des patients opérés pour une PTH. La moyenne d’âge était de 56,5 ans, le sex-ratio était de 1,63 en faveur des hommes. L'indication prédominante était la coxarthrose primitive. L'anesthésie générale était la technique anesthésique la plus utilisée (66% des cas), l'intubation difficile était rencontrée chez 6% de nos patients. La durée moyenne de l'acte chirurgical était de 114 +/- 25,33 mn. 12% de nos patients ont présenté une hypotension artérielle peropératoire. L'incidence de la transfusion homologue perop était de 14%. Nous avons noté 08 cas de complications postop: 03 cas d'infection de la PTH 15 jours après l'intervention, 03 cas de descellement aseptique, 01 cas de luxation de PTH et 01 cas de descellement septique avec un recul moyen de 54 mois. PMID:27047619

Atteinte cardiaque au cours de la dystrophie myotonique de Steinert: expérience marocaine, à propos de 18 cas

PubMed Central

Saghi, Ghita; Bouhouch, Rachida; Salaheddine, Loubna; Birouk, Nezha; Nadifi, Salama; Fellat, Ibtissam; Cherti, Mohamed

2015-01-01

La maladie de Steinert ou dystrophie myotonique de type 1 (DM1) est une maladie génétique à transmission autosomique dominante caractérisée par une myotonie et une atteinte de plusieurs organes dont le cœur. L'atteinte cardiaque est la plus grave des atteintes systémiques puisqu'elle conditionne le pronostic vital. Ce travail a pour but de déterminer les anomalies cardiaques rencontrées au cours de la DM1 et de mettre en exergue l'intérêt d'un examen cardiaque rigoureux et régulier, indépendamment de la sévérité de l'atteinte neuromusculaire, ainsi que l'apport des examens cardiaques complémentaires et notamment l'exploration électrophysiologique. 18 patients atteints de DM1 ont bénéficiés d'une exploration cardiaque systématique. Il s'agit de 9 hommes et de 9 femmes, d’âge moyen de 41,8 +/- 16,2 ans. 66 p.100 des patients sont symptomatiques sur le plan cardiovasculaire. Les anomalies électrocardiographiques sont dominées par un trouble de la conduction intra-ventriculaire dans 16 p.100 des cas et un BAV de 1er degré dans 16 p.100 des cas. L'Holter ECG objective une hyperexcitabilité à l’étage atrial et/ou ventriculaire dans 50p.100 des cas. L'ETT est normale chez 95 p.100 des patients. L'exploration électrophysiologique, réalisée chez 4 patients symptomatiques, a objectivé un bloc tronculaire dans un cas ayant conduit à l'implantation d'un PM double chambre. Un seul patient est décédé suite à une détresse respiratoire. Enfin, on n'a pas noté de corrélation entre l'atteinte cardiaque et neuromusculaire. Une exploration cardiaque est indispensable chez tout patient atteint de DM1, en dépit de l'absence de symptômes, et un bilan annuel minimal s'impose pour guetter un éventuel trouble rythmique et/ou conductif, fatal en l'absence de traitement adéquat. PMID:26097635

Schwannome bénin du nerf grand sciatique, à propos de 2 cas

PubMed Central

Chahbouni, Mohammed; Eloukili, Issam; Berrady, Mohamed Ali; Lamrani, Moulay Omar; Kharmaz, Mohamed; Ismail, Farid; Mahfoud, Mustapha; El Bardouni, Ahmed; Berrada, Mohamed Saleh; El Yaacoubi, Mouradh

2014-01-01

Les tumeurs primitives des nerfs périphériques représentent 1 à 2% des tumeurs des tissus mous. Les schwannomes sont en règle des tumeurs isolées de taille modérée et de croissance lente. Il convient de distinguer le schwannomes bénin et le neurofibrome des tumeurs malignes survenant généralement au cours d'une maladie de Recklinghausen. L'IRM permet d'orienter le diagnostic en mettant en évidence une tumeur de même signal que le tissu musculaire. Le traitement idéal de ces tumeurs consiste en une énucléation chirurgicale avec dissection soigneuse des faisceaux nerveux avoisinants. Nous rapportons deux cas d'un schwannome bénin développé aux dépens du nerf grand sciatique. PMID:25489357

Etude du processus de changement vecu par des familles ayant decide d'adopter volontairement des comportements d'attenuation des changements climatiques

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Leger, Michel T.

recension des ecrits sur le changement de comportement en environnement. Nous explorons egalement la famille comme systeme fonctionnel de sorte a mieux comprendre ce contexte d'action environnementale qui est, a notre connaissance, peu etudie. Dans le deuxieme article, nous presentons nos resultats de recherche concernant les facteurs d'influence observes ainsi que les competences manifestees au cours du processus d'adoption de nouveaux comportements environnementaux dans trois familles. Enfin, le troisieme article presente les resultats du cas d'une quatrieme famille ou les membres vivent depuis longtemps des modes de vie ecologique. Dans le cadre d'une demarche d'analyse par theorisation ancree, l'etude de ce cas modele nous a permis d'approfondir les categories conceptuelles identifiees dans le deuxieme article de sorte a produire une modelisation de l'integration de comportements environnementaux dans le contexte de la famille. Les conclusions degagees grace a la recension des ecrits nous ont permis d'identifier les elements qui pourraient influencer l'adoption de comportements environnementaux dans des familles. La recension a aussi permis une meilleure comprehension des divers facteurs qui peuvent affecter l'adoption de comportements environnementaux et, enfin, elle a permis de mieux cerner le phenomene de changement de comportement dans le contexte de la famille consideree comme un systeme. En appliquant un processus d'analyse inductif, a partir de nos donnees qualitatives, les resultats de notre etude multi-cas nous ont indique que deux construits conceptuels semblent influencer l'adoption de comportements environnementaux en famille : 1) les valeurs biospheriques communes au sein de la famille et 2) les competences collectivement mises a profit collectivement durant l'essai de nouveaux comportements environnementaux. Notre modelisation du processus de changement dans des familles indique aussi qu'une dynamique familiale collaborative et la presence d'un groupe de

Forme pseudotumorale de la tuberculose : à propos d’un cas

PubMed Central

Salama, Tarik; Aghoutane, El Mohtadi; Fezzazi, Redouane El

2017-01-01

La tuberculose osseuse peut prendre l'aspect d'une tumeur maligne. Nous présentons le cas d'un enfant de 4 ans porteur d'une tuberculose osseuse ayant simulé un ostéosarcome fémoral. Le diagnostic a été redressé par l'étude anatomopathologique. Ce cas souligne l'importance de connaitre les des différents aspects cliniques et radiologiques de la tuberculose osseuse qui peut simuler une tumeur maligne. Afin d'éviter tout retard diagnostic, chirurgiens pédiatres et radiologues doivent savoir que la tuberculose peut revêtir les tableaux cliniques et radiologiques de nombreuses pathologies. PMID:28533858

Récidive de mélanome malin unguéal achromique: à propos d'un cas

PubMed Central

Benyass, Youssef; Chafry, Bouchaib; Koufagued, Kaldadak; Bouabid, Salim; Benchebba, Driss; Chagar, Belkacem

2015-01-01

Le mélanome malin unguéal représente 1,8 à 8,1% des mélanomes malins cutanés. Sa prise en charge s'adresse aujourd'hui aux praticiens de différentes spécialités. L'acte chirurgical initial est une étape incontournable du traitement curatif. La biopsie de la lésion doit être complète, afin de déterminer de façon exacte la profondeur de l'envahissement en cas de malignité. Nous rapportons un cas de mélanome malin achromique à localisation unguéal chez une femme. La chirurgie initiale consistait en une amputation transphalangienne proximale. L’évolution après deux ans était marquée par une récidive avec extension vers le carpe. Ayant subie une reprise chirurgicale avec une exérèse large. Le traitement des récidives est palliatif et vise à apporter un confort de vie au patient. Le principe du traitement fait appel à l'exérèse chirurgicale des lésions. Des alternatives thérapeutiques sont à l’étude. PMID:26977229

Biophysical properties of intrinsically disordered p130Cas substrate domain--implication in mechanosensing.

PubMed

Hotta, Kinya; Ranganathan, Soumya; Liu, Ruchuan; Wu, Fei; Machiyama, Hiroaki; Gao, Rong; Hirata, Hiroaki; Soni, Neelesh; Ohe, Takashi; Hogue, Christopher W V; Madhusudhan, M S; Sawada, Yasuhiro

2014-04-01

Mechanical stretch-induced tyrosine phosphorylation in the proline-rich 306-residue substrate domain (CasSD) of p130Cas (or BCAR1) has eluded an experimentally validated structural understanding. Cellular p130Cas tyrosine phosphorylation is shown to function in areas without internal actomyosin contractility, sensing force at the leading edge of cell migration. Circular dichroism shows CasSD is intrinsically disordered with dominant polyproline type II conformations. Strongly conserved in placental mammals, the proline-rich sequence exhibits a pseudo-repeat unit with variation hotspots 2-9 residues before substrate tyrosine residues. Atomic-force microscopy pulling experiments show CasSD requires minimal extension force and exhibits infrequent, random regions of weak stability. Proteolysis, light scattering and ultracentrifugation results show that a monomeric intrinsically disordered form persists for CasSD in solution with an expanded hydrodynamic radius. All-atom 3D conformer sampling with the TraDES package yields ensembles in agreement with experiment when coil-biased sampling is used, matching the experimental radius of gyration. Increasing β-sampling propensities increases the number of prolate conformers. Combining the results, we conclude that CasSD has no stable compact structure and is unlikely to efficiently autoinhibit phosphorylation. Taking into consideration the structural propensity of CasSD and the fact that it is known to bind to LIM domains, we propose a model of how CasSD and LIM domain family of transcription factor proteins may function together to regulate phosphorylation of CasSD and effect machanosensing.

Les tumeurs annexielles cutanées: étude anatomopathologique à propos de 96 cas

PubMed Central

El Ochi, Mohamed Réda; Boudhas, Adil; Allaoui, Mohammed; Rharrassi, Issam; Chahdi, Hafsa; Bouzidi, Abderrahman Al; Oukabli, Mohammed

2015-01-01

Les tumeurs annexielles cutanées sont des tumeurs primitives cutanées à la fois rares et hétérogènes. Elles sont le plus souvent bénignes et rarement malignes. Elles sont dominées du point de vu morphologique par leur polymorphisme lésionnel. Le but de cette étude est de relever le profil épidémiologique et les différents aspects anatomopathologiques de ce groupe de tumeurs dans une cohorte de population marocaine et de les comparer avec les données de la littérature. Il s'agit d'une étude rétrospective de 96 cas de tumeurs annexielles cutanées colligées au service d'anatomie et de cytologie pathologique de l'Hôpital Militaire d'Instruction Mohammed V de rabat durant une période de 6 ans, de Janvier 2009 à Décembre 2014. Le pic de fréquence est situé entre 31 et 40 ans. L’âge moyen est de 36 ans avec une prédominance masculine (63,5%). Le siège de prédilection est la région de la tête et cou (47,9%). Les tumeurs bénignes (97,9%) sont plus fréquentes que les tumeurs malignes. La différenciation est folliculaire dans 51% des cas, eccrine/apocrine dans 44,8% des cas et sébacée dans 4,2% des cas. Le type histologique le plus fréquent est le pilomatrixome (33,4%) suivi par l'hidradénome (12,5%) et le spiradénome eccrine (11,5%). Les tumeurs annexielles cutanées sont rares et très variées. Le profil épidémiologique et les aspects anatomopathologiques qui ressortent sont globalement superposables à ceux rapportés dans la littérature. Elles sont majoritairement bénignes, à prédominance masculine et dominées par le pilomatrixome et l'hidradénome nodulaire. Les tumeurs malignes sont rares, agressives et surviennent à un âge plus avancé. PMID:26185579

Formulation de cas dans la psychose débutante : Quels outils pour le travail en équipe?

PubMed Central

Elowe, Julien; Mebdouhi, Nadir; Solida, Alessandra; Conus, Philippe

2017-01-01

Nous présentons d’abord brièvement le programme TIPP et les concepts généraux de la prise en charge précoce dans la psychose débutante. Un des objectifs de l’intervention dans la phase précoce des troubles psychotiques est notamment de proposer des soins spécifiques adaptés à cette phase de la maladie. En début de prise en charge, l’équipe de soins et en particulier le gestionnaire de cas (case manager), chef d’orchestre de la prise en charge, sont confrontés à une quantité importante d’information dont il faut dégager les lignes de forces pour mettre en place une prise en charge adaptée. Cet article propose un modèle qui peut constituer un outil de travail précieux pour les équipes travaillant dans l’intervention précoce pour faire émerger une formulation de cas et synthétiser les situations cliniques des patients, en extraire une histoire qui fasse sens et ainsi faciliter la mise en place d’un projet thérapeutique. PMID:28558256

Etude du strabisme chez des enfants de 0 à 15 ans suivis a Lubumbashi, République Démocratique du Congo: analyse des aspects épidémiologiques et cliniques

PubMed Central

Bienvenu, Yogolelo Asani; Angel, Musau Nkola; Sebastien, Mbuyi Musanzayi; Philippe, Cilundika Mulenga; Léon, Kabamba Ngombe; Eugene, Twite Kabange; Chami, Cham Lubamba; Prosper, Kalenga Muenze Kayamba; Claude, Speeg-Schatz; Gaby, Chenge Borasisi

2015-01-01

Introduction Le strabisme est défini comme un syndrome à double composante: motrice et sensorielle. Le but de ce travail est de décrire les aspects épidémiologiques et cliniques du strabisme chez l'enfant congolais de 0 à 15 ans dans la ville de Lubumbashi. Méthodes Il s'agit d'une étude descriptive longitudinale sur les aspects épidémiologiques et cliniques du strabisme chez l'enfant congolais de 0 à 15 ans dans la ville de Lubumbashi entre Décembre 2012 à Décembre 2013. Nous avons recueilli l’âge des patients, leur sexe, leur provenance, le type de strabisme, la réfraction, le fond d'oeil, les antécédents (hérédité) ainsi que le type de la déviation strabique observé sur 70 patients. Résultats Nous avons observé 70 cas de strabisme manifeste dont 31 cas (44,28%) étaient dans la tranche d’âge comprise entre 0 et 5 ans. L’âge moyen de nos patients était de 6,7 ans avec une prédominance du sexe féminin, soit 51,42%. Le strabisme était convergent dans 65,71%, divergent dans 30%, et vertical dans 4,28%. Les ésotropies représentaient 65 cas (92,85%), quatre cas (5,71%) avaient un antécédent familial de strabisme au premier degré de parenté, 21 cas (30%) au second degré de parenté, 45 cas (64,28%) n'avaient pas cet antécédent. L'oeil gauche était le plus dominé dans 30% des cas. Les facteurs favorisant le strabisme étaient inconnus dans 54 cas (77,14%). Le strabisme était secondaire à l'hypermétropie chez 32 patients (42,71%). Conclusion La fréquence du strabisme dans la ville de Lubumbashi chez les enfants âgés de 0 à 15 ans est de 0,50%. Comme dans la plupart des études sur le strabisme de l'enfant, c'est l’ésotropie qui est la déviation la plus commune. PMID:26834919

Diagnostic et prévalence du syndrome métabolique chez les diabétiques suivis dans un contexte de ressources limitées: cas du Burkina-Faso

PubMed Central

Marceline, Yaméogo Téné; Issiaka, Sombié; Gilberte, Kyélem Carole; Nadège, Rouamba; Macaire, Ouédraogo Sampawindé; Arsène, Yaméogo Aimé; Djingri, Lankoandé; Apollinaire, Sawadogo; Joseph, Drabo Youssouf

2014-01-01

Introduction Les conséquences du syndrome métabolique impliquent son diagnostic effectif pour une prise en charge globale des comorbidités dépistées. Objectif: Déterminer la capacité à diagnostiquer le syndrome métabolique en routine, sa prévalence chez les diabétiques, leurs connaissances et pratiques vis-à-vis du risque cardio-métabolique. Méthodes Il s'est agi d'une étude transversale auprès de 388 diabétiques au CHU de Bobo-Dioulasso. Les critères de la fédération internationale du diabète (2009) ont été utilisés. Résultats l’âge moyen était de 53,5±13,5 ans, le sex ratio de 0,7. L'obésité abdominale était présente dans 61,9% des cas; L'HTA l’était dans 56,4% des cas. La prescription du bilan lipidique a été documentée dans 55,4% des cas pour le HDL et 56,2% pour les triglycérides pour un taux de réalisation de 49,3% et 62,9%. Le taux de dépistage des critères lipidiques était de 26,8%. Un taux de HDL bas a été noté dans 46 cas (43,4%) et une hypertriglycéridémie dans 24 cas (17,6%). In fine, la prévalence du syndrome métabolique était de 48,9% (n = 190). Seuls 27,4% savaient que d'autres facteurs de risque cardiovasculaire pouvaient être associés au diabète et seulement 6,7% pratiquaient une activité physique régulière. Conclusion Malgré la faible contribution du laboratoire, le syndrome métabolique est fréquent parmi nos diabétiques. Les patients sont peu sensibilisés sur le risque vasculaire et la pratique d'une activité physique régulière reste faible. Un programme d’éducation adaptée contribuerait à un meilleur dépistage et à une prise en charge optimale des cas. PMID:25932077

L’érysipèle sur cicatrice post opératoire en traumatologie: à propos d'un cas et revue de la littérature

PubMed Central

Abid, Hatim; El Idrissi, Mohamed; Shimi, Mohamed; El Ibrahimi, Abdelhalim; El Mrini, Abdelmajid; Amraoui, Nissrine; Mernissi, Fatima Zohra

2015-01-01

L’érysipèle sur cicatrice post opératoire est une entité rare, décrite principalement chez des patients présentant les facteurs de risque classiques de la maladie au niveau des sites de veinectomie pour pontage coronarien. En traumatologie orthopédie, nous n'avons que les 3 cas rapportés dans le travail de Dhrif survenus au décours d'une implantation prothétique chez des malades à risque. Nous présentons à travers cet article, le cas d'un érysipèle post opératoire sur une cicatrice d'ostéosynthèse d'une fracture fermée du pilon tibial, ayant la particularité du terrain et des circonstances de survenues, pour enfin conclure aux principes de la prévention primaire à adopter. PMID:26401204

Developpement d'un catalyseur nickel-alumine efficace pour le reformage de diesel a la vapeur d'eau et etude du systeme reactionnel

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Fauteux-Lefebvre, Clemence

Le developpement de sources d'energie alternatives fiables et efficaces est aujourd'hui une necessite. L' interet dans le reformage d'hydrocarbures liquides est ainsi croissant puisqu'il s'agit d'une voie pour l'alimentation des piles a combustible. Les piles a combustible ont une efficacite pour la conversion d'energie en electricite plus grande que celle des moteurs a combustion et font ainsi partie de la recherche de solution en efficacite energetique. Ces piles consomment de l'hydrogene comme combustible pour produire de l'electricite, d'ou l'interet pour le reformage. En effet, cette reaction permet de produire de l'hydrogene et du monoxyde de carbone (un autre combustible des piles a combustible a electrolyte solide) a partir d'hydrocarbure liquide, notamment le diesel. Les piles pourraient donc etre integrees avec une unite de reformage leur fournissant directement le combustible necessaire a partir de diesel. Dans ce projet de recherche, un nouveau catalyseur de nickel sous forme de spinelle nickel-alumine (spinelle NiAl2O4 sur support d'alumine et de zircone stabilisee avec yttria) a ete developpe et teste en laboratoire pour du reformage de propane, d'hydrocarbures liquides et de diesel, a la vapeur d'eau. Par ailleurs, une methode d'ajout des reactifs novatrice a ete utilisee afin de diminuer la pyrolyse precedant le reformage, en utilisant une emulsion. Les resultats de reformage d'hydrocarbures purs ont montre des concentrations tres pres de l'equilibre thermodynamique et une activite constante sans desactivation du catalyseur ni formation de carbone, et ce avec des ratios H2O/C de moins de 2.5 et des temperatures d'operation variant entre 630 °C et 750 °C. Lors de tests effectues en utilisant du diesel fossile, a 705°C, avec un debit volumique des reactifs de plus de 50 000 cm3gcat-1h-1 et un ratio H2O/C de moins de 2.5, l'activite a ete maintenue pendant plus de 15 heures, malgre une operation en cycles. L'analyse du catalyseur apres cette

La Greffe de Peau dans le Traitement des Sequelles de la Main Brulee. A Propos de 152 Cas - Experience du Service de Chirurgie Plastique du Centre Hospitalier Universitaire Ibn-Sina, Rabat, Maroc

PubMed Central

El Mazouz, S.; Fejjal, N.; Hafidi, J.; Cherkab, L.; Mejjati, H.; Belfqih, R.; Gharib, N.; Abbassi, A.

2010-01-01

Summary La main est fréquemment exposée aux brûlures, entraînant des séquelles esthétiques et fonctionnelles. Le traitement de ces séquelles est surtout chirurgical et consiste en la greffe de peau, dont le type dépend de la localisation de la brûlure et du type des séquelles. Dans ce travail rétrospectif, nous rapportons une série de 152 cas de brûlures des mains colligés au service de chirurgie plastique du Centre Hospitalier Universitaire Ibn-Sina de Rabat sur une période de dix ans, allant de 1998 à 2007. Les indications thérapeutiques dépendent du type de séquelles et de la localisation de la brûlure. En tout, 97 patients ont bénéficié d'une greffe cutanée, dont 76% par greffe de peau totale, 21% par greffe de peau demi-épaisse et 3% par peau fine. Les séquelles des brûlures des mains posent un problème thérapeutique majeur, malgré la diversité des procédés chirurgicaux, d'où l'intérêt de la prévention. PMID:21991196

Encéphalopathie pancréatique: à propos de deux cas

PubMed Central

Doghmi, Nawfal; Benakrout, Aziz; Meskine, Amine; Bensghir, Mustaphja; Baite, Abdelouah; Haimeur, Charki

2016-01-01

L'encéphalopathie pancréatique, est une complication rare de la pancréatite aiguë, notre étude porte sur 02 cas d'encéphalopathie pancréatique, hospitalisés et traités au sein du service de Réanimation chirurgicale de l'Hôpital Militaire d'Instruction Mohamed V de Rabat. L'âge des patients était compris entre 43 ans et 54 ans, nos 02 cas sont repartis en une femme et un homme. Le mécanisme physiopathologique de l'EP n'est pas encore bien élucidé, de nombreuses hypothèses ont été rapportées dans la littérature, certains auteurs suggèrent que la lipase et la Phospholipase A2 jouent un rôle dans le processus pathologique de l'EP. D'autres facteurs tels que les infections, les troubles hydroélectrolytiques, l'hypoxémie et la perturbation de la glycémie, peuvent être déclencheurs. Le diagnostic de l'encéphalopathie pancréatique est facile à établir, la symptomatologie clinique se résume le plus souvent à une confusion, avec stupeur, et agitation psychomotrice, Il s'y ajoute parfois des atteintes neurologiques comme des convulsions, une céphalée, des hémiparésies passagères, une dysarthrie, enfin des difficultés d'expression verbale et une amnésie. Les examens paracliniques, notamment L'IRM cérébrale et l'électroencéphalogramme, permettent de confirmer le diagnostic. Le traitement est d'abord symptomatique, il a comme objectif de lutter contre les facteurs qui favorisent l'apparition des signes neurologiques par les mesures de réanimation que réclame la gravité de la situation. L'évolution de l'EP est le plus souvent favorable, avec une disparition progressive des symptômes, cependant la persistance de quelques séquelles, est décrite dans la littérature. Le pronostic est fonction de la gravité de la pancréatite aigüe et des complications associées. Dans notre étude les données sont globalement comparables à celles publiées actuellement par la majorité des auteurs. PMID:28292109

Use Cases for Dynamic Secure Wireless Networking in Coalition Environments (Cas d utilisation de r seau sans fil dynamique et s curis dans des environnements de coalition)

DTIC Science & Technology

2015-05-01

la dénomination « STO », « RTO » ou « AGARD » selon le cas, suivi du numéro de série. Des informations analogues, telles que le titre est la ...supplémentaire de nécessiter moins de déploiement et de ressources de gestion que les réseaux fixes. Néanmoins, les propriétés qui, précisément, rendent...ces réseaux séduisants de prime abord – support ouvert, topologie souple, règles d’adhésion dynamiques, algorithmes simples de formation du

Corrosion and Maintenance Data Sharing (Partage des Donnees de Corrosion et de Maintenance)

DTIC Science & Technology

2011-11-01

la gestion des flottes vieillissantes. Les actions correctives sont généralement considérées comme étant du domaine...conception et la sélection des matériaux adaptés et ont joué un rôle fondamental dans la gestion de la production et la livraison des nouveaux avions. Le même...selon le cas, suivi du numéro de série. Des informations analogues, telles que le titre est la date de publication sont

How type II CRISPR-Cas establish immunity through Cas1-Cas2-mediated spacer integration.

PubMed

Xiao, Yibei; Ng, Sherwin; Nam, Ki Hyun; Ke, Ailong

2017-10-05

CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) and the nearby Cas (CRISPR-associated) operon establish an RNA-based adaptive immunity system in prokaryotes. Molecular memory is created when a short foreign DNA-derived prespacer is integrated into the CRISPR array as a new spacer. Whereas the RNA-guided CRISPR interference mechanism varies widely among CRISPR-Cas systems, the spacer integration mechanism is essentially identical. The conserved Cas1 and Cas2 proteins form an integrase complex consisting of two distal Cas1 dimers bridged by a Cas2 dimer. The prespacer is bound by Cas1-Cas2 as a dual-forked DNA, and the terminal 3'-OH of each 3' overhang serves as an attacking nucleophile during integration. The prespacer is preferentially integrated into the leader-proximal region of the CRISPR array, guided by the leader sequence and a pair of inverted repeats inside the CRISPR repeat. Spacer integration in the well-studied Escherichia coli type I-E CRISPR system also relies on the bacterial integration host factor. In type II-A CRISPR, however, Cas1-Cas2 alone integrates spacers efficiently in vitro; other Cas proteins (such as Cas9 and Csn2) have accessory roles in the biogenesis phase of prespacers. Here we present four structural snapshots from the type II-A system of Enterococcus faecalis Cas1 and Cas2 during spacer integration. Enterococcus faecalis Cas1-Cas2 selectively binds to a splayed 30-base-pair prespacer bearing 4-nucleotide 3' overhangs. Three molecular events take place upon encountering a target: first, the Cas1-Cas2-prespacer complex searches for half-sites stochastically, then it preferentially interacts with the leader-side CRISPR repeat, and finally, it catalyses a nucleophilic attack that connects one strand of the leader-proximal repeat to the prespacer 3' overhang. Recognition of the spacer half-site requires DNA bending and leads to full integration. We derive a mechanistic framework to explain the stepwise spacer

How Type II CRISPR-Cas establish immunity through Cas1-Cas2 mediated spacer integration

PubMed Central

Xiao, Yibei; Ng, Sherwin; Nam, Ki Hyun; Ke, Ailong

2017-01-01

CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and the nearby cas (CRISPR-associated) operon establish an RNA-based adaptive immunity system in prokaryotes1–5. Molecular memory is created when a short foreign DNA-derived prespacer is integrated into the CRISPR array as a new spacer6–9. Whereas the RNA-guided CRISPR interference mechanism varies widely among CRISPR-Cas systems, the spacer integration mechanism is essentially identical7–9. The conserved Cas1 and Cas2 proteins form an integrase complex consisting two distal Cas1 dimers bridged by a Cas2 dimer in the middle6,10. The prespacer is bound by Cas1-Cas2 as a dual forked DNA, and the terminal 3′-OH of each 3′-overhang serves as an attacking nucleophile during integration11–14. Importantly, the prespacer is preferentially integrated into the leader-proximal region of the CRISPR array1,7,10,15, guided by the leader sequence and a pair of inverted repeats (IRs) inside the CRISPR repeat7,15–20. Spacer integration in the most well-studied Escherichia coli Type I-E CRISPR system further relies on the bacterial Integration Host Factor (IHF)21,22. In Type II-A CRISPR, however, Cas1-Cas2 alone integrates spacer efficiently in vitro18; other Cas proteins (Cas9 and Csn2) play accessory roles in prespacer biogenesis17,23. Focusing on the Enterococcus faecalis Type II-A system24, here we report four structure snapshots of Cas1-Cas2 during spacer integration. EfaCas1-Cas2 selectively binds to a splayed 30-bp prespacer bearing 4-nt 3′-overhangs. Three molecular events take place upon encountering a target: Cas1-Cas2/prespacer first searches for half-sites stochastically, then preferentially interacts with the leader-side CRISPR repeat and catalyzes a nucleophilic attack that connects one strand of the leader-proximal repeat to the prespacer 3′-overhang. Recognition of the spacer half-site requires DNA bending and leads to full integration. We derive a mechanistic framework explaining

Consequences experimentales des effets des fluctuations du vide sur la fluorescence parametrique et la generation du second harmonique en milieu confine

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Robichaud, Luc

Les fluctuations du vide, qui consistent en l'apparition momentanee de particules, ce qui est permit par le principe d'incertitude de Heisenberg, joue un role primordial dans les processus photoniques, en particulier les processus non-lineaires. Par la manipulation de ces fluctuations du vide a l'aide de confinement optique, on retrouve deux phenomenes particuliers : l'intensification de la fluorescence parametrique (Walker, 2008) et l'inhibition de la generation du second harmonique (Collette, 2013). Dans ce travail, on presente les resultats dans le cas classique ; c'est-a-dire sans fluctuations du vide et confinement. Par la suite, on presente les effets des fluctuations du vide et du confinement, ce qui mene aux deux effets mentionnes. Dans le cas de la fluorescence parametrique, le bruit quantique sur le champ interne et externe est calcule, le role du desaccord de phase dans le modele est expose et une generalisation tridimensionnelle est etudiee afin de generaliser la conception du modele d'un cas unidimensionnel a un cas tridimensionnel planaire. Dans le cas de la generation du second harmonique, les difficultes d'un modele purement tridimensionnel sont exposees et ensuite le cas limite planaire est etudie.

Rôle de la radiothérapie dans le traitement de l'améloblastome: à propos de deux cas

PubMed Central

El Mazghi, Abderrahman; Bouhafa, Touria; El Kacemi, Hanan; Loukili, Kaoutar; Chbani, Laila; Kebdani, Taieb; Hassouni, Khalid

2014-01-01

L'améloblastome est une tumeur odontogène bénigne mais à pouvoir agressif et invasif local important. C'est une tumeur rare, elle représente 1% des tumeurs des maxillaires. Le rôle de la radiothérapie dans son traitement est actuellement démontré pour les tumeurs inopérables. Nous rapportons 2 cas d'améloblastomes mandibulaires chez deux patients qui ont bénéficié d'une radiothérapie externe à la dose de 60 Gy. L’évolution a été marquée par une rémission complète de la maladie dans les deux cas avec un recul de 2 et 5 ans. PMID:25722762

Transforming plant biology and breeding with CRISPR/Cas9, Cas12 and Cas13.

PubMed

Schindele, Patrick; Wolter, Felix; Puchta, Holger

2018-04-30

Currently, biology is revolutionized by ever growing applications of the CRISPR/Cas system. As discussed in this Review, new avenues have opened up for plant research and breeding by the use of the sequence-specific DNases Cas9 and Cas12 (formerly named Cpf1) and, more recently, the RNase Cas13 (formerly named C2c2). Although double strand break-induced gene editing based on error-prone nonhomologous end joining has been applied to obtain new traits, such as powdery mildew resistance in wheat or improved pathogen resistance and increased yield in tomato, improved technologies based on CRISPR/Cas for programmed change in plant genomes via homologous recombination have recently been developed. Cas9- and Cas12- mediated DNA binding is used to develop tools for many useful applications, such as transcriptional regulation or fluorescence-based imaging of specific chromosomal loci in plant genomes. Cas13 has recently been applied to degrade mRNAs and combat viral RNA replication. By the possibility to address multiple sequences with different guide RNAs and by the simultaneous use of different Cas proteins in a single cell, we should soon be able to achieve complex changes of plant metabolism in a controlled way. © 2018 Federation of European Biochemical Societies.

La tuberculose sternale: à propos de 2 cas

PubMed Central

Ouarssani, Aziz; Atoini, Fouad; Ait Lhou, Fatima; Idrissi Rguibi, Mustapha

2012-01-01

La tuberculose ostéoarticulaire touche surtout le rachis. L’atteinte sternale est rare, elle représente moins de 1% des ostéomyélites tuberculeuses. L’abcès froid compliqué par une fracture pathologique constitue le mode de révélation le plus fréquent. Le traitement chirurgical assure l’évacuation des abcès et permet le diagnostique histologique et bactériologique. On rapporte deux cas de tuberculose sternale âgés respectivement de 45 ans et de 10ans, colligés au service de pneumologie, l’examen histologique et bactériologique ont permis d’affirmer le diagnostic de tuberculose, et le traitement antibacillaire a permis une évolution favorable .A la lumière de ces observations, les auteurs proposent de faire une mise au point sur l’ostéite sternale tuberculeuse. PMID:22514767

Les masques trompeurs de la bipolarité: étude de 100 cas

PubMed Central

Nabih, Fadoua Oueriagli; Benali, Abdesslam; Adali, Imane; Manoudi, Fatiha; Asri, Fatima

2015-01-01

Le trouble bipolaire (TB) est une pathologie dont la prévalence est estimée à 1-2%. Le diagnostic précoce du trouble constitue un enjeu thérapeutique majeur. L'objectif de ce travail est de déterminer les différents diagnostiques attribués aux patients bipolaires avant de recevoir le diagnostic adéquat et de préciser le délai moyen du retard diagnostique. C'est une étude descriptive transversale portant sur 100 patients atteints de TB, inclus selon les critères du DSM V, qui ont été vus en consultation ou bien hospitalisés dans le service de psychiatrie de l'hôpital Militaire Avicenne de Marrakech, durant une période de deux ans. L’âge moyen des patients était de 29,5 ans avec une prédominance masculine (80%). 40% de nos patients ont reçu au début un autre diagnostic que celui du TB et le premier diagnostic retenu était celui de l’épisode dépressif majeur dans 36% des cas, suivi de l'accès psychotique aigu dans 28% des cas, la schizophrénie dans 16,8% et le trouble de personnalité dans 10,2%. Le délai moyen du retard diagnostic était de 64 mois. 50% des patients ayant reçu un autre diagnostic avaient consulté au moins un psychiatre et 60% des patients avaient été hospitalisés au moins une fois avant le diagnostic du TB. Les errances diagnostiques du TB sont bien établies, conduisant forcément à un retard de prise en charge adéquate. Ces données devraient alerter les psychiatres pour favoriser un meilleur dépistage de la manie et de l'hypomanie qui restent les éléments clé du diagnostic du TB. PMID:26587161

Les calculs urinaires de l'enfant au Burkina Faso: à propos de 67 cas

PubMed Central

Ouédraogo, Isso; Napon, Aïcha Madina; Bandré, Emile; Ouédraogo, Francis Somkieta; Tapsoba, Wendlamita Toussaint; Wandaogo, Albert

2015-01-01

L'objectif de cette étude est de déterminer la fréquence, de décrire les circonstances de découverte, les signes cliniques et paracliniques, la composition chimique des calculs prélevés et les difficultés rencontrées dans le traitement des lithiases urinaires. Notre étude a été rétrospective sur une période de six ans (janvier 2005 à décembre 2010) et a eu pour cadre le CHUP-CDG et a concerné 67 patients âgés de moins de 15 ans opérés pour lithiases urinaires. Les calculs de la dernière année au nombre de douze ont fait l'objet d'une analyse spectrophotométrique. La lithiase urinaire figure parmi les dix premières pathologies du service de chirurgie et représente 1,32% des hospitalisations. L’âge moyen de nos patients est de deux ans et varie de 6 mois à 14 ans. La symptomatologie de la lithiase urinaire est polymorphe. Le diagnostic des lithiases urinaires a été essentiellement radiologique (ASP) dans 87, 50 des cas. Les localisations les plus fréquentes sont: vésicales (49,25%) et pyéliques (46,26%). L'ECBU a révélé une infection urinaire chez 9 patients. Les germes le plus fréquemment rencontrés sont: Klebsiella pneumoniae pneumoniae (22,22%) et staphyloccocus aureus (22,22%). Les difficultés du traitement sont dues à la modicité de nos moyens diagnostiques et à la nature chimique des calculs et le traitement a été dans tous les cas chirurgical. La composition chimique est dominée par les sels calciques notamment les oxalates, les phosphates et les carbonates. PMID:26175840

Epithelioma Spinocellulaire sur Cicatrice de Brulure (a Propos de Cinq Cas)

PubMed Central

Tourabi, K.; Mejjati, H.; Ribqg, Y.; Achbouk, A.; Arrob, A.; Moussaoui, A.; Ihrai, H.

2009-01-01

Summary Pour étudier l'ulcère de Marjolin, tous les dossiers des patients qui se sont présentés pendant une période quinquennale à un Service de Chirurgie Plastique et des Brûlés au Maroc ayant un cancer sur cicatrice de brûlure, objectivé par un examen histopathologique, ont été inclus dans une fiche de recueil de données comprenant des paramètres liés à l'identité du malade, à l'inventaire préthérapeutique, au traitement et à l'évolution du cas. Les Auteurs, après avoir présenté les données des cinq patients inclus dans l'étude, considèrent les problèmes posés par les épithéliomas spinocellulaires sur cicatrice de brûlure, qui sont des affections graves et rares. La dégénérescence des cicatrices de brûlures est une évolution dramatique, causée par la négligence. Le traitement préventif par exérèse systématique de toute lésion suspecte doit être fortement souligné puisqu'il garantit la guérison quasi certaine. PMID:21991185

Cas9 specifies functional viral targets during CRISPR-Cas adaptation.

PubMed

Heler, Robert; Samai, Poulami; Modell, Joshua W; Weiner, Catherine; Goldberg, Gregory W; Bikard, David; Marraffini, Luciano A

2015-03-12

Clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) loci and their associated (Cas) proteins provide adaptive immunity against viral infection in prokaryotes. Upon infection, short phage sequences known as spacers integrate between CRISPR repeats and are transcribed into small RNA molecules that guide the Cas9 nuclease to the viral targets (protospacers). Streptococcus pyogenes Cas9 cleavage of the viral genome requires the presence of a 5'-NGG-3' protospacer adjacent motif (PAM) sequence immediately downstream of the viral target. It is not known whether and how viral sequences flanked by the correct PAM are chosen as new spacers. Here we show that Cas9 selects functional spacers by recognizing their PAM during spacer acquisition. The replacement of cas9 with alleles that lack the PAM recognition motif or recognize an NGGNG PAM eliminated or changed PAM specificity during spacer acquisition, respectively. Cas9 associates with other proteins of the acquisition machinery (Cas1, Cas2 and Csn2), presumably to provide PAM-specificity to this process. These results establish a new function for Cas9 in the genesis of prokaryotic immunological memory.

Caractéristiques bactériologiques des infections de liquide de dialyse péritonéale

PubMed Central

Jellouli, Manel; Ferjani, Meriem; Abidi, Kamel; Hammi, Yosra; Abdallah, Taieb Ben; Gargah, Tahar

2015-01-01

La péritonite infectieuse (PI) est la principale complication de la dialyse péritonéale (DP). L'objectif de notre travail était de déterminer l’écologie bactérienne des PI et d'adapter l'antibiothérapie selon les germes isolés et les résistances observées. Étude rétrospective effectuée chez tous les enfants traités par DP et ayant présenté une PI dans le service de pédiatrie de l'hôpital Charles Nicolle de Tunis (2004-2013). Au total, 61 ont développé 97 PI. L'incidence des PI était de 0,75 épisode/patient-année. La culture du LDP était négative dans 40 cas. Les Gram Positif ont été notés dans 56% des cas avec prédominance du Staphylococcus aureus. Les Gram négatif étaient retrouvés en seconde position (40%) représentés principalement par le Klebsiella pneumoniae et le Pseudomonas aeruginosa. Des souches de Staphylocoque méticilline résistant étaient isolées dans 21,4%. Les bactéries à Gram positif étaient résistantes aux céphalosporines de première génération dans 25% des cas et aucune résistance à la vancomycine n'avait été décelée. Les bactéries à Gram négatif avaient une résistance globale de 38% avec des souches β-lactamase à spectre élargi (BLSE). L'antibiothérapie empirique devra couvrir les germes à Gram positif par la vancomycine et les germes à Gram négatif par la ceftazidime. PMID:26893796

Textilome abdominal, à propos d'un cas

PubMed Central

Erguibi, Driss; Hassan, Robleh; Ajbal, Mohamed; Kadiri, Bouchaib

2015-01-01

Le textilome, également appelé gossybipomas, est une complication postopératoire très rare. Il peut s'agir d'un corps étranger composé de compresse(s) ou champ(s) chirurgicaux oubliés au niveau d'un foyer opératoire. Ils sont plus souvent asymptomatiques, et difficile à diagnostiquer. En particulier, les cas chroniques ne présentent pas de signes cliniques et radiologiques spécifiques pour le diagnostic différentiel. L'anamnèse est donc indispensable pour le diagnostic vu que les signes cliniques ne sont pas concluants. Le cliché d'abdomen sans préparation est peu contributif, l’échographie est fiable. La tomodensitométrie permet un diagnostic topographique précis, mais ce n'est pas toujours le cas. Certaines équipes proposent des explorations par IRM. Nous rapportons un cas de textilome intra abdominal, chez une patiente de 31 ans opérée il y a 8 ans pour grossesse extra-utérine, chez qui la TDM abdomino-pelvienne a évoqué un kyste hydatique péritonéale sans localisation du foie. Traitée par extrait d'un petit champ de 25x15cm et adhérant au sigmoïde. Le but de ce travail est de mettre en évidence le problème de diagnostic de cette pathologie et l'importance de la laparotomie exploratrice. PMID:26523184

Reflux gastro œsophagiens du prématuré: à propos d'un cas

PubMed Central

Ndour, Daouda

2016-01-01

Le reflux gastro-œsophagien (RGO) est un problème fréquent en néonatologie. Le RGO est souvent incriminé dans diverses manifestations cliniques survenant chez le prématuré. Diverses réponses reflexes physiologiques fournissent un lien biologique possible entre le reflux gastro-œsophagien; l'apnée et les bradycardies du prématuré sans que lien de causalité ne soit clairement établi. En outre les explorations et le traitement proposés chez le prématuré présentant un reflux sont très discutés. Nous rapportons le cas d'un nouveau-né prématuré admis en soins intensifs néonatals et présentant des épisodes d'apnées et de bradycardies. L'examen clinique et les résultats des explorations étaient normaux. Le diagnostic de reflux gastro œsophagien compliqué d'apnée et de bradycardie a été retenu. Le diagnostic de RGO est difficile à confirmer malgré l'arsenal des examens complémentaires. Le traitement médicamenteux n'a pas montré de réel intérêt pour l'amélioration des symptômes et devrait être réservé aux formes sévères. Nous nous proposons à partir de ce cas clinique de faire une revue de la littérature pour une mise au point sur les différents aspects du problème. PMID:28293359

Folie à Trois à Lubumbashi: à propos d’un cas

PubMed Central

Bugeme, Marcellin; Mukuku, Olivier; Mobambo, Pitchou; Koba, Bora; Muyumba, Emmanuel

2013-01-01

Le trouble psychotique partagé est une entité psychiatrique rare caractérisée par la transmission des idées délirantes d’un patient dit “inducteur”, à un autre dit “induit”, tous vivant en association proche, dans un milieu clos et isolé, partageant des idées délirantes sur le même thème. Nous vous rapportons un cas clinique de “folie à trois” mettant en jeu un délire de persécution à mécanisme hallucinatoire et interprétatif par trois soeurs de même famille biologique, orphelines de père, vivant ensemble, ayant un niveau socio-économique bas après la mort de leur père. Elles ont des relations étroitement liéeset font leurs activités ensemble. L’aînée étant parvenue à partager ses idées délirantes avec ses soeurs et toutes troisse sont retrouvées dans un état d’excitation psychomotrice. PMID:23560130

Le paludisme grave d’importation chez l’adulte: étude rétrospective de treize cas admis en réanimation à Marrakech

PubMed Central

El Mezouari, El Mostafa; Belhadj, Ayoub; Ziani, Mohamed; Boughanem, Mohamed; Moutaj, Redouane

2016-01-01

Le paludisme d’importation est une affection de plus en plus fréquente en zone non endémique. Les formes graves représentent 10 % des cas de paludisme à Plasmodium falciparum. Au Maroc, plus de 50 cas de paludisme sont enregistrés chaque année dont 83 % à P. falciparum. Ont été inclus dans l’étude tous les patients ayant développé un paludisme grave, admis au service de réanimation durant la période comprise entre le 1er Novembre 2009 et le 31 décembre 2015. Les principales données épidémiologiques, les motifs d’admission, la prise en charge et l’évolution ont été étudiés. Treize patients sont retenus. L’âge moyen est de 31 ans. Tous les patients ont séjourné en afrique subsaharienne et étaient non-immuns. La chimioprophylaxie était adéquate dans 33% des cas. Le délai moyen entre le début des symptômes et l’instauration du traitement était de six jours. La parasitémie moyenne initiale était de 12 %. Les motifs d’admission en réanimation étaient un coma (15%), une convulsion (07%), une détresse respiratoire (07%), une prostration (07%), une insuffisance rénale (07%), un choc associé à un ictère et une acidose (07%) et enfin une insuffisance rénale conjuguée à un coma (07%). Tous les patients ont reçu un traitement par la quinine intraveineuse avec une dose de charge dans 100 % des cas. Le taux de mortalité était de 23 %. Les causes du décès étaient dues à la défaillance multi viscérale et au syndrome de détresse respiratoire aigu. La mortalité des formes graves du paludisme reste élevée. L’adéquation de la chimioprophylaxie associée à la précocité du diagnostic et du traitement permettrait d’améliorer significativement le pronostic de cette parasitose. PMID:28292141

Phylogeny of Cas9 determines functional exchangeability of dual-RNA and Cas9 among orthologous type II CRISPR-Cas systems

PubMed Central

Fonfara, Ines; Le Rhun, Anaïs; Chylinski, Krzysztof; Makarova, Kira S.; Lécrivain, Anne-Laure; Bzdrenga, Janek; Koonin, Eugene V.; Charpentier, Emmanuelle

2014-01-01

The CRISPR-Cas-derived RNA-guided Cas9 endonuclease is the key element of an emerging promising technology for genome engineering in a broad range of cells and organisms. The DNA-targeting mechanism of the type II CRISPR-Cas system involves maturation of tracrRNA:crRNA duplex (dual-RNA), which directs Cas9 to cleave invading DNA in a sequence-specific manner, dependent on the presence of a Protospacer Adjacent Motif (PAM) on the target. We show that evolution of dual-RNA and Cas9 in bacteria produced remarkable sequence diversity. We selected eight representatives of phylogenetically defined type II CRISPR-Cas groups to analyze possible coevolution of Cas9 and dual-RNA. We demonstrate that these two components are interchangeable only between closely related type II systems when the PAM sequence is adjusted to the investigated Cas9 protein. Comparison of the taxonomy of bacterial species that harbor type II CRISPR-Cas systems with the Cas9 phylogeny corroborates horizontal transfer of the CRISPR-Cas loci. The reported collection of dual-RNA:Cas9 with associated PAMs expands the possibilities for multiplex genome editing and could provide means to improve the specificity of the RNA-programmable Cas9 tool. PMID:24270795

Formes hémorragiques graves de la fièvre de la vallée du Rift: à propos de 5 cas

PubMed Central

Salem, Mohamed Lemine Ould; Baba, Sidi El Wafi Ould; Fall-Malick, Fatimetou Zahra; Boushab, Boushab Mohamed; Ghaber, Sidi Mohamed; Mokhtar, Abdelwedoud

2016-01-01

La fièvre de la vallée du Rift (FVR) est une arbovirose due à un virus à ARN appartenant à la famille de Bunyaviridae (genre phlebovirus). C'est une zoonose touchant principalement les animaux mais pouvant aussi contaminer l'homme, soit directement par la manipulation des viandes ou avortons d'animaux malades ou indirectement par la piqure de moustiques infectées (Aèdes sp, anophèles sp, Culex sp). Dans la majorité des cas, l'infection humaine à FVR est asymptomatique, mais elle peut également se manifester par un syndrome fébrile modérée d’évolution favorable. Néanmoins, certains patients peuvent développer un syndrome hémorragique et/ou des lésions neurologiques d’évolution mortelle. Nous décrivons l’évolution de cinq cas de patients atteints de la FVR, admis dans le service de médecine interne du Centre Hospitalier National de Nouakchott (Mauritanie), le mois d'Octobre 2015 et présentant tous, un syndrome hémorragique dans un contexte fébrile. L’évolution n’était favorable que pour 2 des cinq patients. Les 3 autres sont décédés, deux dans un tableau de choc hémorragique et dans un état de choc septique. PMID:27642413

Epithéliomas basocellulaires de la face: prise en charge chirurgicale, à propos de 45 cas et revue de la literature

PubMed Central

Ennouhi, Mohamed Amine; Moussaoui, Abdenacer

2014-01-01

L’épithélioma basocellulaire est de loin la tumeur épithéliale maligne la plus répandue. L'atteinte faciale représente plus de 65% des cas et constitue un facteur de risque de récidive. L'objectif de notre travail est de rappeler les principes et modalités du traitement chirurgical. Sur une période de douze mois, nous avons pris en charge quarante-cinq patients atteints de carcinomes basocellulaires de la face. Le traitement chirurgical comprend deux volets: -carcinologique: emportant la tumeur et une marge de tissu sain; -et une chirurgie réparatrice faisant appel à la suture cutanée directe; greffes ou lambeaux loco -régionaux. L'examen histologique systématique des pièces opératoires permet la confirmation du diagnostic, le typage histologique et l'appréciation de la qualité de l'exérèse chirurgicale. Les résultats esthétiques sont jugés satisfaisants. Quant aux résultats carcinologiques, nous déplorons quatre récidives. Le traitement chirurgical des épithéliomas basocellulaires est le seul garant de la guérison. Au niveau de la face, il faut trouver le meilleur compromis entre impératifs carcinologiques et esthétiques. L'amélioration des résultats passe par: la prévention, le dépistage précoce des lésions, la collaboration étroite des anatomo-pathologistes et la création de comités de concertation pluri -disciplinaire pour la prise en charge des cas difficiles. PMID:25709738

Persistance de la veine cave supérieure gauche: à propos d'un cas

PubMed Central

Abidi, Kamel; Jellouli, Manel; Hammi, Yousra; Gargah, Tahar

2015-01-01

La persistance de la veine cave supérieure gauche (PVCSG) est une malformation congénitale rare et bénigne. Elle est souvent asymptomatique et sa découverte est dans la majorité des cas fortuite. Nous rapportons le cas d'un enfant chez lequel on découvre cette anomalie suite à une perte de connaissance. S.M, âgé de 9 ans, sans antécédents pathologiques notables, admis pour perte de connaissance de durée brève, sans mouvements anormaux toniques ou cloniques. L'examen physique à son admission est normal. L’électrocardiogramme est sans anomalies. La radiographie du thorax a montré un arc moyen gauche en double contour. Le Holter rythmique a montré des signes d'hyperréactivité vagale. L’échocardiographie trans-thoracique (ETT) a mis en évidence une dilatation nette du sinus coronaire et a éliminé la présence d'une cardiopathie. Une angio- IRM cardiaque a confirmé le diagnostic de PVCSG. Par ailleurs l'aorte thoracique a été normale dans ces différents segments. PMID:26664537

The CAS Classroom

ERIC Educational Resources Information Center

Garner, Sue

2004-01-01

The Victorian Curriculum and Assessment Authority (VCAA) Computer Algebra System (CAS)Pilot study (2001-2005) is monitoring the use of CAS in senior secondary mathematics. This article explores the author's experiences in the CAS classroom and delineates changes in teaching style, as a result of the introduction of CAS into the senior mathematics…

Les Protheses d'Expansion dans le Traitement des Sequelles de Brulures

PubMed Central

Tourabi, K.; Ribag, Y.; Arrob, A.; Moussaoui, A.; Ihrai, H.

2010-01-01

Summary Les Auteurs présentent leur protocole pour l'expansion cutanée et rapportent quatre cas colligés au service des brûlures de leur hôpital au Maroc. Ils décrivent leur technique opératoire et les résultats obtenus. L'expansion cutanée reste la méthode de choix pour la couverture des pertes de substance étendues et la correction des séquelles de brûlure, et l'expérience rapportée par les Auteurs confirme les bons résultats que l'on peut obtenir avec cette technique, y compris les résultats esthétiques. PMID:21991194

Interactive Visualization of Network Dynamics (Visualisation interactive de la dynamique des reseaux)

DTIC Science & Technology

2014-06-01

la prise de décision du commandement militaire, aux opérations de santé et de sûreté publique...comporter la dénomination « STO », « RTO » ou « AGARD » selon le cas, suivi du numéro de série. Des informations analogues, telles que le titre est la date...Bibliothécaire des ressources du savoir Secretariat General of Defence 061353 Bucharest R et D pour la défense Canada National Armaments

Rhabdomyosarcome paratesticulaire (RMSP) multimétastatique : à propos d’un cas

PubMed Central

Bennani, Hassan; Ziouziou, Imad; El Ghanmi, Jihad; Karmouni, Tarik; El Khader, Khalid; Koutani, Abdellatif; Andaloussi, Ahmed Iben Attya

2014-01-01

Résumé Nous rapportons, dans le présent article, le cas clinique d’un RMSP découvert à un stade tardif chez un adolescent, dans le but de confirmer l’évolution fatale de cette pathologie au potentiel métastatique « affreux ». Nous discutons aussi les causes du retard diagnostique, l’implication du sous-type histologique comme facteur pronostique et la place de la chimiothérapie dans le traitement des formes évoluées de la maladie. PMID:25295143

Kyste épidermoide de la selle turcique: à propos d’un cas

PubMed Central

El Mghari, Ghizlane; Rafiq, Bouchra; El Ansari, Nawal

2017-01-01

Le kyste épidermoïde (KE) ou cholestéatome est une tumeur bénigne d'origine souvent congénitale, survenant dans les espaces sous-arachnoïdiens, son traitement est principalement chirurgical. Nous rapportons le cas d'un patient, âgé de 38 ans, qui a présenté d'une façon progressive, un syndrome d'hypertension intracrânienne, associé à des signes d'insuffisance antéhypophysaire des axe corticotrope, thyréotrope et gonadotrope installés depuis 1an et chez qui l'IRM cérébrale a été en faveur d'un craniopharyngiome, avec révélation de kyste épidermoide sur pièce anatomo-pathologique. PMID:29158862

Rupture utérine sur utérus bicorne à 12 semaines d'aménorrhée: à propos d'un cas

PubMed Central

Itchimouh, Sanaa; Khabtou, Karima; Mahdaoui, Sakher; Boufettal, Houssine; Samouh, Naima

2016-01-01

La fréquence des malformations utérines ayant un impact sur la reproduction est difficile à apprécier. Leur mise en évidence nécessite un bilan spécifique (hystérosalpingographie, hystéroscopie, cœlioscopie). La fertilité spontanée peut être altérée en fonction du type d'anomalie utérine. Toutes ces anomalies peuvent avoir des répercussions sur l’évolution de la conception à type de fausses couches précoces et tardives, de grossesse extra utérine, de menace d'accouchement prématuré, d'accouchement prématuré, de pathologies vasculaires gravidiques et de retard de croissance intra-utérin. L'utérus bicorne est la plus connue des malformations et représente environ la moitié des anomalies de l'utérus. La survenue d'une telle grossesse constitue une situation à risque pouvant entraîner une mort maternelle, mais le diagnostic précoce et un bon suivi peut mener des grossesses à terme sur des utérus malformé. Le dépistage échographique devrait permettre la détection systématique de ce genre de cas afin de prendre préventivement les mesures qui s'imposent. Nous rapportons un cas de rupture utérine sur utérus bicorne unicervical sur grossesse à 12 semaines d'aménorrhée. PMID:27642490

Approche à l’égard des nouveaux anticoagulants oraux en pratique familiale

PubMed Central

Douketis, James; Bell, Alan David; Eikelboom, John; Liew, Aaron

2014-01-01

Résumé Objectif Traiter des différentes éventualités pouvant survenir durant le suivi clinique et la prise en charge prolongés des patients prenant de nouveaux anticoagulants oraux (NACO). Qualité des données Aux fins de cette révision narrative (non systématique), nous avons effectué une recherche dans la base de données PubMed afin de relever des études cliniques récentes (soit de janvier 2008 à la semaine 32 de 2013) portant sur l’emploi des NACO pour la prévention des AVC dans les cas de fibrillation auriculaire et le traitement de la thromboembolie veineuse aiguë. Nous avons utilisé cette base de données probantes pour répondre à nos questions prédéfinies ayant trait à l’emploi des NACO en pratique générale. Message principal Le dabigatran et le rivaroxaban doivent être pris avec les repas afin de limiter la dyspepsie et de favoriser l’absorption, respectivement. Aucun NACO n’est accompagné de restrictions alimentaires, à l’exception de la consommation modérée d’alcool, et le rivaroxaban et l’apixaban peuvent être écrasés, au besoin. Les antiacides ne semblent pas perturber l’efficacité des NACO. Comme c’est le cas avec la warfarine, les patients traités aux NACO doivent éviter l’emploi prolongé d’anti-inflammatoires non stéroïdiens et d’antiplaquettaires. Chez les patients devant subir une chirurgie, il faut interrompre la prise de NACO de 2 à 5 jours avant l’intervention, en fonction du risque de saignement, et le traitement par le NACO doit être habituellement repris au moins 24 heures après la chirurgie. Il n’est habituellement pas nécessaire d’effectuer un test préopératoire de coagulation. Chez les patients qui développent un saignement, un saignement mineur ne justifie habituellement pas un test de laboratoire ni l’interruption du traitement par le NACO; dans le cas des saignements majeurs, il faut se concentrer sur l’application de mesures localisées visant à endiguer le

Profil étiologique des surdités neurosensorielle sévère et profonde de l'enfant dans la région du centre-nord du Maroc

PubMed Central

Ridal, Mohammed; Outtasi, Naouar; Taybi, Zainab; Boulouiz, Redouan; Chaouki, Sanae; Boubou, Meryem; Maaroufi, Mustapha; Benmansour, Najib; Zaki, Zouheir; Ouldim, Karim; Barakat, Hamid; Hida, Mustapha; Tizniti, Siham; El Alami, Mohamed Noreddine

2014-01-01

Introduction Le diagnostic d'une surdité profonde est possible dès les premiers jours de vie. Or, le développement du langage et l'intégration scolaire et professionnelle ne sont pas possible que si la surdité est prise en charge précocement. L’établissement d'un diagnostc étiologique a des implications pronostiques et thérapeutiques. Méthodes C'est une étude rétrospective allant de Juin 2009 au mois de Janvier 2012 ayant recensé 250 cas d'enfants porteurs d'une surdité sévère et profonde. Résultats La moyenne d’âge au moment de l'annonce du diagnostic est de 3.7 ans. Les étiologies prédominantes sont les surdités génétiques dans 35.6% suivies des surdités acquises dans 30.8% des cas. Dans 34.4% des cas aucune étiologie n'a pu être retrouvée. Conclusion Cette étude met en évidence la prédominance éventuelle de causes génétiques de la surdité neurosensorielle de l'enfant au Maroc, et souligne la nécessité d'améliorer les politiques de prévention des maladies infectieuses et de dépistage de la surdité néonatale. Cependant, des analyses moléculaires plus ciblées et la réalisation d'un scanner des rochers systématiques sont nécessaires pour évaluer plus précisément la contribution des étiologies génétiques. PMID:25018837

CasA mediates Cas3-catalyzed target degradation during CRISPR RNA-guided interference.

PubMed

Hochstrasser, Megan L; Taylor, David W; Bhat, Prashant; Guegler, Chantal K; Sternberg, Samuel H; Nogales, Eva; Doudna, Jennifer A

2014-05-06

In bacteria, the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated (Cas) DNA-targeting complex Cascade (CRISPR-associated complex for antiviral defense) uses CRISPR RNA (crRNA) guides to bind complementary DNA targets at sites adjacent to a trinucleotide signature sequence called the protospacer adjacent motif (PAM). The Cascade complex then recruits Cas3, a nuclease-helicase that catalyzes unwinding and cleavage of foreign double-stranded DNA (dsDNA) bearing a sequence matching that of the crRNA. Cascade comprises the CasA-E proteins and one crRNA, forming a structure that binds and unwinds dsDNA to form an R loop in which the target strand of the DNA base pairs with the 32-nt RNA guide sequence. Single-particle electron microscopy reconstructions of dsDNA-bound Cascade with and without Cas3 reveal that Cascade positions the PAM-proximal end of the DNA duplex at the CasA subunit and near the site of Cas3 association. The finding that the DNA target and Cas3 colocalize with CasA implicates this subunit in a key target-validation step during DNA interference. We show biochemically that base pairing of the PAM region is unnecessary for target binding but critical for Cas3-mediated degradation. In addition, the L1 loop of CasA, previously implicated in PAM recognition, is essential for Cas3 activation following target binding by Cascade. Together, these data show that the CasA subunit of Cascade functions as an essential partner of Cas3 by recognizing DNA target sites and positioning Cas3 adjacent to the PAM to ensure cleavage.

Lignes directrices canadiennes sur l’utilisation sécuritaire et efficace des opioïdes pour la douleur chronique non cancéreuse

PubMed Central

Kahan, Meldon; Wilson, Lynn; Mailis-Gagnon, Angela; Srivastava, Anita

2011-01-01

Résumé Objectif Présenter aux médecins de famille un résumé clinique pratique sur la prescription d’opioïdes à des populations particulières en se fondant sur les recommandations faites dans les lignes directrices canadiennes sur l’utilisation sécuritaire et efficace des opioïdes pour la douleur chronique non cancéreuse. Qualité des données Pour produire les lignes directrices, les chercheurs ont effectué une synthèse critique de la littérature médicale en insistant plus précisément sur les études de l’efficacité et de la sécurité des opioïdes dans des populations particulières. Message principal Les médecins de famille peuvent atténuer les risques de surdose, de sédation, d’usage abusif et de dépendance grâce à des stratégies adaptées à l’âge et à l’état de santé des patients. Dans le cas de patients à risque de dépendance, on devrait réserver les opioïdes aux douleurs nociceptives ou neuropathiques bien définies qui n’ont pas répondu aux traitements de première intention. Il faut procéder lentement au titrage des opioïdes, avec des dispensations fréquentes et une étroite surveillance pour dépister tout signe d’usage abusif. Une dépendance aux opioïdes suspectée est prise en charge au moyen d’une thérapie structurée aux opioïdes, d’un traitement à la méthadone ou à la buprénorphine ou encore d’un traitement fondé sur l’abstinence. Les patients souffrant de troubles de l’humeur ou d’anxiété ont tendance à avoir une réponse analgésique atténuée aux opioïdes, sont à risque plus élevé d’usage abusif et prennent souvent des sédatifs qui interagissent défavorablement avec les opioïdes. Il faut prendre des précautions semblables à celles utilisées avec d’autres patients à risque élevé. Il faut faire un sevrage progressif si la douleur du patient demeure sévère même avec un essai adéquat de thérapie aux opioïdes. Chez les personnes âgées, la s

Torsion d'annexe en cours de grossesse: à propos d'un cas à l'Hôpital Central de Yaoundé, Cameroun

PubMed Central

Fouedjio, Jeanne Hortence; Fouogue, Jovanny Tsuala; Fouelifack, Florent Ymele; Nangue, Charlette; Sando, Zacharie; Enow Mbu, Robinson

2014-01-01

Les kystes ovariens sont dans la majorité des cas asymptomatiques et peuvent être de découverte fortuite lors d'une échographie. Ils ne deviennent symptomatiques que lorsque survient une complication. Nous présentons un cas de torsion d'annexe gauche diagnostiqué à 8 semaines et 4 jours de grossesse. Nous avons réalisé une annexectomie Suivie de l'administration de progestérone retard à la dose 500 mg par jour. L'évolution a été marquée par la survenue d'un avortement au cinquième jour post opératoire. L'analyse anatomopathologique de la masse chirurgicale a conclu à une apoplexie ovarienne. L'ablation chirurgicale du corps jaune au premier trimestre de la grossesse pose le problème du maintien de celle - ci et devrait être présente à l'esprit des praticiens avant toute chirurgie pelvienne pendant cette période. PMID:24932350

Gestion de l’anémie des patients hémodialysés chroniques: cas du Service de Néphrologie et d’hémodialyse du CHU du Point G au Mali

PubMed Central

Tounkara, Alhadji Ahmadou; Coulibaly, Abdoul Mahama Sériba; Coulibaly, Nouhoun; Traoré, Békaye; Maïga, Mahamane Kalil

2017-01-01

Introduction L'anémie est une complication fréquente de l'IRC couramment retrouvée chez les patients hémodialysés chroniques. Chez ces derniers, la prise en charge est principalement basée sur l'administration d'érythropoïétine et la supplémentation en fer. Le but de ce travail était d'évaluer la prise en charge de l'anémie des hémodialysés chroniques dans le service de Néphrologie du CHU du Point G. Méthodes Il s'agissait d'une étude transversale réalisée dans ledit service du 1er au 31 Août 2016. Résultats Au total, 63 patients sur 174 participants avaient été retenus, 34 hommes et 29 femmes avec un sex-ratio à 1,17 en faveur des hommes. L'âge moyen des patients était de 48,79 ans ± 11,59, la durée moyenne en hémodialyse était de 3,77ans ± 2,6. La fréquence hospitalière de l'anémie chez nos dialysés était de 84,12%. La transfusion sanguine était retrouvée chez 92,1%, avec une moyenne annuelle de 5,81poches ± 5,91. La supplémentation martiale était notée dans 87,3% des cas. Les moyennes respectives de ferritine et de CST étaient de 1245 ng/ml ± 629,52 et 46,16%±19,12. L'administration occasionnelle d'EPO à des doses n'excédant pas les 4000UI était rapportée par 79,4% des patients. La principale difficulté pour l'utilisation de l' EPO était le coût (74,6%). L'infection au VHC touchait 60,1% des patients ayant réalisé le dit bilan. Conclusion La gestion de l'anémie des dialysés chroniques doit être intégrée dans un cadre politique nationale de la santé. PMID:28674560

Contrôle du marché informel à l’heure de la mondialisation des échanges. Le cas des antirétroviraux au Chili

PubMed Central

Brousselle, Astrid; Morales, Cristián

2013-01-01

Résumé Les nouveaux médicaments pour le VIH/sida ont créé des besoins d’accessibilité aux traitements que les gouvernements n’ont pas toujours réussi à couvrir. Il en résulte l’émergence d’un marché informel des ARV. Par l’analyse de la situation au Chili, nous traitons des différents créneaux d’approvisionnement, des conséquences de l’existence d’un tel marché, ainsi que des moyens envisageables pour réduire les effets indésirables. Les aspects tant microéconomiques que macroéconomiques concernant le marché et l’accessibilité aux médicaments sont abordés. PMID:23997580

Fragmentation of the CRISPR-Cas Type I-B signature protein Cas8b.

PubMed

Richter, Hagen; Rompf, Judith; Wiegel, Julia; Rau, Kristina; Randau, Lennart

2017-11-01

CRISPR arrays are transcribed into long precursor RNA species, which are further processed into mature CRISPR RNAs (crRNAs). Cas proteins utilize these crRNAs, which contain spacer sequences that can be derived from mobile genetic elements, to mediate immunity during a reoccurring virus infection. Type I CRISPR-Cas systems are defined by the presence of different Cascade interference complexes containing large and small subunits that play major roles during target DNA selection. Here, we produce the protein and crRNA components of the Type I-B CRISPR-Cas complex of Clostridium thermocellum and Methanococcus maripaludis. The C. thermocellum Cascade complexes were reconstituted and analyzed via size-exclusion chromatography. Activity of the heterologous M. maripaludis CRISPR-Cas system was followed using phage lambda plaques assays. The reconstituted Type-I-B Cascade complex contains Cas7, Cas5, Cas6b and the large subunit Cas8b. Cas6b can be omitted from the reconstitution protocol. The large subunit Cas8b was found to be represented by two tightly associated protein fragments and a small C-terminal Cas8b segment was identified in recombinant complexes and C. thermocellum cell lysate. Production of Cas8b generates a small C-terminal fragment, which is suggested to fulfill the role of the missing small subunit. A heterologous, synthetic M. maripaludis Type I-B system is active in E. coli against phage lambda, highlighting a potential for genome editing using endogenous Type-I-B CRISPR-Cas machineries. This article is part of a Special Issue entitled "Biochemistry of Synthetic Biology - Recent Developments" Guest Editor: Dr. Ilka Heinemann and Dr. Patrick O'Donoghue. Copyright © 2017 Elsevier B.V. All rights reserved.

Particularités de la cardiomyopathie du péripartum en Afrique: le cas du Togo sur une étude prospective de 41 cas au Centre Hospitalier et Universitaire Sylvanus Olympio de Lomé

PubMed Central

Pio, Machihude; Afassinou, Yaovi; Baragou, Soodougoua; Akue, Edem Goeh; Péssinaba, Souleymane; Atta, Borgatia; Ehlan, Koffi; Alate, Amouzou; Damorou, Findibe

2014-01-01

Introduction La cardiomyopathie du péripartum (CMPP) est une défaillance cardiaque dont l’étiologie demeure encore méconnue. Méthodes Il s'agit d'une étude prospective descriptive réalisée dans le service de cardiologie du CHU Sylvanus olympio de Lomé du 1er janvier 2010 au 30 avril 2012. Elle a concerné 41 patientes ayant présenté une insuffisance cardiaque entre le 8eme mois de la grossesse et les 5 premiers mois du post-partum. Résultats L’âge moyen des patientes était de 31,47 ans (extrêmes 21 et 44ans). L'incidence de la CMPP était de 1/362 grossesses. La parité moyenne était de 3,07 (extrêmes 1 et 6). Les symptômes étaient apparus dans le post-partum dans 90,24% des cas. Un retard important de diagnostic était observé. L'insuffisance cardiaque globale était le mode de décompensation dans 65,85%. Les signes électrocardiographiques étaient essentiellement la tachycardie sinusale (97,56%) et l'hypertrophie ventriculaire gauche (97,56%). L’échographie cardiaque a montré dans tous les cas une cardiomyopathie dilatée. Quatre cas de thrombus intraventriculaire gauche étaient notés. La FEVG était sévèrement altérée. L'HTAP était importante dans 56,09%. Conclusion La cardiomyopathie du péripartum est une complication cardiaque grave de la grossesse de cause inconnue, fréquente dans la population africaine. PMID:25309645

Tératome immature de l’ovaire: à propos d’un cas

PubMed Central

Bouzoubaa, Wail; Jayi, Sofia; Alaoui, Fatima Zohra Fdili; Chaara, Hikmat; Melhouf, Moulay Abdelilah

2017-01-01

Les tératomes ovariens sont des tumeurs issues des cellules germinales pluripotentes, on décrit 3 types de tératomes: tératome mature, immature et monodermique. Le tératome immature constitue moins de 1% des cancers ovariens, et touche préférentiellement les sujets jeunes. Nous rapportons le cas d'une patiente de 25 ans, admise pour prise en charge d'une masse abdomino-pelvienne pour laquelle elle a bénéficiée d'une échographie et d'un scanner pelvien suivie d'un traitement conservateur a base d'une annexectomie gauche, avec multiples biopsies, dont le résultat anatomo-pathologique était en faveur d'un tératome ovarien immature. Par la suite le traitement a été complété par une hystérectomie avec curage lombo-aortique et omentectomie. Nous insistons à travers cette observation et sous la lumière d'une revue de la littérature sur les terrains particuliers prédisposant à ce type de tumeur rare et grave et sur les différents critères radiologiques orientant vers ce type histologique rare des tumeurs ovariennes, afin d'améliorer le pronostic et la prise en charge de cette pathologie qui reste multidisciplinaires. PMID:29187932

Spacer capture and integration by a type I-F Cas1-Cas2-3 CRISPR adaptation complex.

PubMed

Fagerlund, Robert D; Wilkinson, Max E; Klykov, Oleg; Barendregt, Arjan; Pearce, F Grant; Kieper, Sebastian N; Maxwell, Howard W R; Capolupo, Angela; Heck, Albert J R; Krause, Kurt L; Bostina, Mihnea; Scheltema, Richard A; Staals, Raymond H J; Fineran, Peter C

2017-06-27

CRISPR-Cas adaptive immune systems capture DNA fragments from invading bacteriophages and plasmids and integrate them as spacers into bacterial CRISPR arrays. In type I-E and II-A CRISPR-Cas systems, this adaptation process is driven by Cas1-Cas2 complexes. Type I-F systems, however, contain a unique fusion of Cas2, with the type I effector helicase and nuclease for invader destruction, Cas3. By using biochemical, structural, and biophysical methods, we present a structural model of the 400-kDa Cas1 4 -Cas2-3 2 complex from Pectobacterium atrosepticum with bound protospacer substrate DNA. Two Cas1 dimers assemble on a Cas2 domain dimeric core, which is flanked by two Cas3 domains forming a groove where the protospacer binds to Cas1-Cas2. We developed a sensitive in vitro assay and demonstrated that Cas1-Cas2-3 catalyzed spacer integration into CRISPR arrays. The integrase domain of Cas1 was necessary, whereas integration was independent of the helicase or nuclease activities of Cas3. Integration required at least partially duplex protospacers with free 3'-OH groups, and leader-proximal integration was stimulated by integration host factor. In a coupled capture and integration assay, Cas1-Cas2-3 processed and integrated protospacers independent of Cas3 activity. These results provide insight into the structure of protospacer-bound type I Cas1-Cas2-3 adaptation complexes and their integration mechanism.

Infections fongiques des brûlé : revue

PubMed Central

Arnould, JF.; Le Floch, R.

2015-01-01

Summary Les infections fongiques locales ou générales sont souvent d’une extrême gravité chez les brûlés. Les brûlés combinent de nombreux facteurs de risque à une immunodépression induite par la brûlure. Les infections de plaies sont le fait des genres Candida, Aspergillus et des agents de mucormycoses. Ces deux derniers cas sont à l’origine de lésions particulièrement sévères. Leur diagnostic repose sur la biopsie cutanée avec examens mycologique et anatomopathologique. Le traitement est essentiellement chirurgical, associé à une antibiothérapie adaptée. Les septicémies sont le fait de levures, essentiellement du genre Candida. Le diagnostic en est difficile dans le contexte des brûlés et repose souvent sur une forte suspicion clinique. Leur traitement repose sur les échinocandines et plus secondairement sur le fluconazole. PMID:26668558

Ostéo-arthrite tuberculeuse tarsienne: à propos d’un cas

PubMed Central

Yacoubi, Hicham; Erraji, Moncef; Abdelillah, Rachid; Abbassi, Najib; Abdeljawad, Najib; Daoudi, Abdelkrim

2012-01-01

Nous rapportons le cas d’une patiente de 45 ans sans antécédents médicaux particuliers, qui a présenté une atteinte inflammatoire du pied gauche, sans notion de traumatisme ni de fièvre, avec apparition secondaire d’une fistule cutanée purulente à la face externe du cou de pied. Les radiographies standards et la Tomodensitométrie de la cheville mettaient en évidence une ostéite calcanéenne avec atteinte articulaire subtalienne. Une biopsie chirurgicale associée à une excision des tissus inflammatoires et nécrotiques et l’ablation du trajet fistuleux, ont été réalisées. L’analyse histologique montrait une image de granulome épithélio-giganto-cellulaire avec une nécrose caséeuse et les prélèvements bactériologiques (retrouvaient Mycobacterium tuberculosis. Une chimiothérapie antituberculeuse a été administrée pendant 12 mois. À 24 mois, la patiente ne présentait pas de récidive mais une arthropathie dégénérative secondaire subtalienne. Il nous semble intéressant de rappeler que tout tableau clinique traînant ou toute lésion osseuse suspecte et de présentation atypique doit faire évoquer le diagnostic de tuberculose afin d’éviter des retards de diagnostic. Ceci permet une prise en charge thérapeutique précoce de la pathologie. PMID:22655098

Caracterisation des proprietes acoustiques des materiaux poreux a cellules ouvertes et a matrice rigide ou souple

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Salissou, Yacoubou

quatrieme probleme porte sur le developpement d'une nouvelle methode de transmission exacte a 3 microphones applicable a des materiaux ou systemes symetriques ou non. Dans le cas symetrique, on montre que cette approche permet une nette amelioration de la caracterisation des proprietes dynamiques intrinseques d'un materiau. Mots cles. materiaux poreux, tube d'impedance, transmission sonore, absorption sonore, impedance acoustique, symetrie, porosite, matrice de transfert.

Prévention de la transmission mère-enfant du VIH/sida au Bénin: le consentement des femmes au dépistage est-il libre et éclairé ?

PubMed Central

Kêdoté, N.M.; Brousselle, A.; Champagne, F.; Laudy, D.

2016-01-01

Résumé Introduction Dans les politiques internationales et nationales sur le VIH/sida, le consentement libre et éclairé est reconnu comme une composante essentielle des programmes de dépistage. Le consentement libre et éclairé implique pour les femmes enceintes d’obtenir des informations sur le programme de prévention de la transmission du VIH de la mère à l’enfant (PTME), de les comprendre et de faire un choix autonome après avoir évalué les risques et avantages. Cependant, aucune évaluation du programme de PTME ne s’est intéressée au consentement. L’objectif de cet article est d’explorer le caractère libre et éclairé du consentement des femmes enceintes quant au dépistage et à leurs motivations à faire le test. Méthode Nous avons utilisé des données récoltées dans le cadre d’une analyse d’implantation du programme de PTME au Bénin. Cette analyse s’appuie sur un devis d’étude de cas multiples incluant six maternités choisies parmi les 56 sites fonctionnels. Spécifiquement pour l’analyse du consentement, nous avons associé les données provenant d’une enquête à celles d’une recherche qualitative. Résultats Hormis trois cas de dépistage à l’insu, le caractère volontaire du consentement au test est respecté sur les sites de PTME. Vingt-neuf cas de refus ont été identifiés. Les raisons les plus souvent évoquées par les femmes enceintes sont la peur du résultat positif et de ses conséquences sur la vie familiale dans 55,2 % des cas et l’attente de l’accord ou du désaccord du mari dans 27,6 % des cas. Si globalement le consentement a été volontaire sur tous les sites, son caractère éclairé est moins probant. PMID:27840660

Comportement rhéologique des systèmes mixtes biopolymères / protéines

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Rebiha, M.; Moulai-Mostefa, N.; Sadok, A. Hadj; Sabri, N.

2005-05-01

Dans ce travail, on s'est intéressé à l'étude des effets du caséinate de sodium et du xanthane sur les propriétés rhéologiques des solutions aqueuses, préparées suivant un plan d'expériences. Les caractéristiques mécaniques obtenues sont traduites par les coefficients du modèle rhéologique de Casson, en l'occurrence la contrainte seuil, τ 0, et la viscosité plastique, η _c. Ainsi, à l'issue de la modélisation en surface de réponses, il apparaît une interaction répulsive à l'échelle structurale entre le caséinate de sodium et le xanthane, traduite par un abaissement considérable de τ 0. Cet baissement de la rigidité peut conduire à une séparation de phases, phénomène conditionné par la viscosité limite de Casson,η _c.

Notre expérience de méningiome intracrânien à Dakar: à propos de 50 cas

PubMed Central

Thiam, Alioune Badara; Kessely, Yannick Canton; Thioub, Mbaye; Mbaye, Maguette; Faye, Mouhamed; Sy, El Hadj Cheikh Ndiaye; Ndoye, Ndaraw; Ba, Momar Codé; Sakho, Youssoupha; Badiane, Seydou Boubacar

2015-01-01

Les méningiomes sont des tumeurs bénignes extra parenchymateuses développées aux dépens des villosités arachnoïdiennes. Ils tirent leur gravité de leur localisation dans des zones hyperfonctionnelles. Le but de cette étude est d’évaluer la prise en charge des méningiomes intracrâniens depuis la réhabilitation du service de neurochirurgie en 2007. Les auteurs rapportent une série rétrospective portant sur 50 patients admis et opérés d'un méningiome intracrânien d'octobre 2007 à Juin 2013 dans leur service. Ont été inclus les patients ayant un dossier complet. Les patients étaient âgés de 08 à 70 ans avec une moyenne d’âge de 47,3 ans, 68% avaient plus de 40 ans. La sex-ratio était de 0,76. Les manifestations cliniques étaient essentiellement l'hypertension intracrânienne (46%), le déficit moteur (30%) et la comitialité (48%). La tomodensitométrie cérébrale était réalisée chez 41 patients et l'IRM chez 23. Le méningiome était localisé sur la convexité chez 24 patients. L'imagerie postopératoire immédiate était réalisée chez 15 patients. L'exérèse a consisté dans 44% des cas à un Sympson II, et dans 30% des cas à un Sympson III. L'anatomopathologie a conclu à une prédominance du type méningothélial (38%) et 60% des méningiomes étaient de grade I selon la classification de l'O.M.S. Aucun patient n'a bénéficié d'une radiothérapie. La mortalité était de 16%. Les pays d'Afrique subsaharienne continuent d'accuser un retard malgré les efforts réalisés dans les domaines diagnostic et thérapeutique des méningiomes intracrâniens. Le pronostic s'est considérablement amélioré à mesure de l'amélioration du plateau technique dans notre pays. PMID:26185569

Etude des facteurs de risque du retard de croissance intra-utérin à Lubumbashi

PubMed Central

Moyambe, Jules Ngwe Thaba; Bernard, Pierre; Khang'Mate, Faustin; Nkoy, Albert Mwembo Tambwe A; Mukalenge, Faustin Chenge; Makanda, Daudet; Twite, Eugene; Ndudula, Arthur Munkana; Lubamba, Cham; Kadingi, Arnauld Kabulu; Kayomb, Mutach; Kayamba, Prosper Kalenga Muenze

2013-01-01

Introduction Dans notre milieu, il n'existe aucune politique de prévention du Retard de Croissance Intra-Utérin (RCIU) clairement défini. L'objectif de ce travail était d'identifier les facteurs de risque de RCIU afin de proposer une stratégie de lutte contre cette pathologie en agissant surtout sur des facteurs pouvant faire l'objet d'une action préventive. Méthodes Une étude cas-témoins a été menée dans 11 centres hospitaliers de Lubumbashi en République Démocratique du Congo, de Janvier 2010 à Juin 2011, dans le but d'identifier les facteurs de risque du retard de croissance intra-utérin (RCIU). Au total 420 gestantes (cas et témoins) avec grossesse monofoetale d'au moins 24 semaines d'aménorrhée ont été inclues dans l'étude. Les cas correspondaient aux gestantes dont le poids du fœtus était resté inférieur au 10 eme percentile des courbes de référence d'Alexander, après 2 échographies successives réalisées à intervalle de 4 semaines. Les témoins correspondaient aux gestantes dont le poids du fœtus était supérieur ou égal au 10 eme percentile de mêmes courbes. A chaque cas a été apparié un témoin de même parité porteur d'une grossesse de même âge. Résultats L'analyse univariée a identifié comme facteurs de risque: la taille maternelle. Conclusion L'amélioration du niveau socio-économique des populations, la lutte contre le paludisme et les consultations prénatales mieux organisées couplées à une meilleure éducation sanitaire et nutritionnelle peuvent contribuer sensiblement à la réduction de la fréquence du RCIU à Lubumbashi. PMID:23504392

Griffe cubitale d'origine lépreuse traitée par transfert tendineux de Lasso Zancolli: à propos d'un cas

PubMed Central

El Alaoui, Adil; Sbiyaa, Mouhcine; Bah, Aliou; Rabhi, Ilyas; mezzani, Amine; Marzouki, Amine; Boutayeb, Fawzi

2015-01-01

La lèpre est une maladie infectieuse due à une mycobactérie (M. Leprae, Bacille de Hansen, ou BH) dont le tropisme nerveux est destructeur pour les cellules de Schwann. La localisation préférentielle des neuropathies tronculaire secondaire à la lèpre restent dominé par les zones ou les troncs nerveux traversent les défilés ostéo-ligamentaires inextensibles comme le défilé rétro-épitrochléen ou passe le nerf ulnaire. De nombreux travaux ont été consacrés à la souffrance nerveuse secondaire à la lèpre et surtout l'atteinte du nerf ulnaire qui se manifeste par une griffe des doigts. Le traitement dans ce cas est palliatif et fait appel à plusieurs techniques décrites dans la littérature. Nous rapportons dans ce travail un cas de griffe cubitale chez un patient lépreux traité par transfert tendineux de Lasso Zancolli. PMID:26985277

Cas9 versus Cas12a/Cpf1: Structure-function comparisons and implications for genome editing.

PubMed

Swarts, Daan C; Jinek, Martin

2018-05-22

Cas9 and Cas12a are multidomain CRISPR-associated nucleases that can be programmed with a guide RNA to bind and cleave complementary DNA targets. The guide RNA sequence can be varied, making these effector enzymes versatile tools for genome editing and gene regulation applications. While Cas9 is currently the best-characterized and most widely used nuclease for such purposes, Cas12a (previously named Cpf1) has recently emerged as an alternative for Cas9. Cas9 and Cas12a have distinct evolutionary origins and exhibit different structural architectures, resulting in distinct molecular mechanisms. Here we compare the structural and mechanistic features that distinguish Cas9 and Cas12a, and describe how these features modulate their activity. We discuss implications for genome editing, and how they may influence the choice of Cas9 or Cas12a for specific applications. Finally, we review recent studies in which Cas12a has been utilized as a genome editing tool. This article is categorized under: RNA Interactions with Proteins and Other Molecules > Protein-RNA Interactions: Functional Implications Regulatory RNAs/RNAi/Riboswitches > Biogenesis of Effector Small RNAs RNA Interactions with Proteins and Other Molecules > RNA-Protein Complexes. © 2018 Wiley Periodicals, Inc.

[Clustered regularly interspaced short palindromic repeat associated protein genes cas1 and cas2 in Shigella].

PubMed

Xue, Zerun; Wang, Yingfang; Duan, Guangcai; Wang, Pengfei; Wang, Linlin; Guo, Xiangjiao; Xi, Yuanlin

2014-05-01

To detect the distribution of clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) associated protein genes cas1 and cas2 in Shigella and to understand the characteristics of CRISPR with relationship between CRISPR and related characteristics on drug resistance. CRISPR associated protein genes cas1 and cas2 in Shigella were detected by PCR, with its products sequenced and compared. The CRISPR-associated protein genes cas1 and cas2 were found in all the 196 Shigella isolates which were isolated at different times and locations in China. Consistencies showed through related sequencing appeared as follows: cas2, cas1 (a) and cas1 (b) were 96.44%, 97.61% and 96.97%, respectively. There were two mutations including 3177129 site(C→G)and 3177126 site (G→C) of cas1 (b) gene in 2003135 strain which were not found in the corresponding sites of Z23 and 2008113. showed that in terms of both susceptibility and antibiotic-resistance, strain 2003135 was stronger than Z23 and 2008113. CRISPR system widely existed in Shigella, with the level of drug resistance in cas1 (b) gene mutant strains higher than in wild strains. Cas1 (b) gene mutation might be one of the reasons causing the different levels of resistance.

Le HELLP syndrome: à propos de 61 cas et revue de la littérature

PubMed Central

Mamouni, Nisrine; Bougern, Hakima; Derkaoui, Ali; Bendahou, Karima; Fakir, Samira; Bouchikhi, Chehrazad; Chaara, Hikmat; Banani, Abdelaziz; Abdelilah, Moulay Melhouf

2012-01-01

Introduction L’objectif de ce travail etait d’étudier et comparer les paramètres épidémiologiques, cliniques, paracliniques et évolutifs des patientes présentant un HELLP syndrome complet et incomplet. (Hemolysis, Elevated Liver enzymes, Low Platelets count). Méthodes Une enquête rétrospective sur la période du 1er janvier 2005 au 31octobre 2008 et incluant tous les cas de HELLP syndrome colligés au service de Gynécologie obstétrique du CHU HASSAN II de Fès, incluant toutes les patientes ayant présenté un HELLP syndrome. Les patientes ont été classées en deux groupes en fonction de la forme du HELLP syndrome (complète ou incomplète). Résultats 61 patientes ont été incluses, dont 29 ont présenté un HELLP syndrome complet (groupe 1) et 32 ont présenté une forme incomplète de ce syndrome (groupe 2). La moyenne d’âge était de 29,7 ± 7 ans pour le groupe 1 et de 28,5 ± 7 ans pour le groupe 2.La gestité moyenne était de 2,8, Pour le groupe 1et de 2,5 pour le groupe 2.Les complications maternelles ont été notées chez 68,9% des patientes avec HELLP complet et 53% avec HELLP incomplet. On a recensés trois cas de décès maternel dans le groupe HELLP complet contre aucun cas dans la forme incomplète. Conclusion D’après les résultats de notre étude, le HELLP complet n’expose pas les patientes à un risque plus élevé de complications maternelles que dans la forme incomplète. PMID:22514764

Realisation de composants tout-fibre passifs bases sur des fibres optiques a deux coeurs

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Jacob Poulin, Anne C.

2002-01-01

Les composants passifs tout-optique sont des elements de choix dans les systemes de communications optiques. Cette these presente l'utilisation experimentale de fibres a deux coeurs dissimilaires pour la realisation de filtres passe-bande. Les fibres a deux coeurs ont la particularite de favoriser un couplage d'un coeur a l'autre a intervalles reguliers lorsque les coeurs sont exactement identiques. Dans le cas ou une legere difference apparait, ce couplage est rapidement reduit a zero. La premiere partie de la these montre comment, par l'emploi d'une geometrie de fibre appropriee, il est possible de compenser cette desyntonisation et de fabriquer des coupleurs 100%. Les filtres obtenus ayant toutefois une largeur de bande trop grande pour les besoins du marche des communications optiques, il est montre dans la deuxieme partie de la these comment, en alliant la technologie des reseaux de Bragg avec celle des coupleurs, il est possible de realiser des filtres operant en transmission et possedant d'excellentes caracteristiques spectrales, toujours avec ces memes fibres a deux coeurs.

Generic Methodology for Verification and Validation (GM-VV) to Support Acceptance of Models, Simulations and Data (Methodologie generale de verification et de validation (GM-VV) visant a soutenir l acceptation des modeles, simulations et donnees)

DTIC Science & Technology

2015-01-01

RTO ou AGARD doivent comporter la dénomination « STO », « RTO » ou « AGARD » selon le cas, suivi du numéro de série. Des informations analogues...rapports de la STO au fur et à mesure de leur publication, vous pouvez consulter notre site Web (http://www.sto.nato.int/) et vous abonner à ce service...le cas, suivie du numéro de série (par exemple AGARD-AG-315). Des informations analogues, telles que le titre et la date de publication sont

Stratégie transfusionnelle des hémorragies graves du post-partum: étude rétrospective à propos de 47 cas

PubMed Central

Khouadja, Hosni; Rouissi, Wissem; Mahjoub, Mohamed; Sakhri, Jaballah; Beletaifa, Dhafer; Jazia, Khaled Ben

2016-01-01

Introduction L’hémorragie du post-partum est la principale cause de morbi-mortalité maternelle dans le monde. La prise en charge est multidisciplinaire. La stratégie transfusionnelle est capitale jouant un rôle majeur dans le pronostic maternel. L’objectif de ce travail a été de déterminer le rapport PFC/CGR lors de la prise en charge des hémorragies graves du post-partum. Méthodes Une étude Etude rétrospective sur une période de 4 ans (2009-2012) a été réalisée dans un centre de maternité de référence de niveau III du centre-Est tunisien. Elle a inclut les parturientes admises pour une hémorragie sévère du post-partum définit par la nécessité d’une transfusion de plus de 04 CGR durant les 3 premières heures ou de plus de 10 CGR durant les 24 premières heures de prise en charge. Résultats Notre étude a inclut 47 parturientes. Le diagnostic de l’HPP a été fait devant un saignement vaginal dans 28 cas et suite à une césarienne dans 19 cas. En préopératoire le taux d’Hb a été de 6.3 g/dl. Le rapport transfusionnel (PFC/CGR) a été de 1/0.7. Conclusion Au cours de notre prise en charge, le rapport transfusionnel a été plus élevé que les recommandations récentes de la littérature stipulant une administration précoce et massive de PFC avec un ratio PFC/CGR compris entre 1/2 et 1/1. L’administration du fibrinogène (Fbg) et de l’acide tranexamique doit être précoce. L’emploi du facteur VII activé recombinant (rFVIIa) doit rester une solution ultime de prise en charge. PMID:28292131

Epidémiologie et facteurs de risque des complications respiratoires majeures après chirurgie de l'aorte abdominale au CHU Ibn Sina, Maroc

PubMed Central

Awab, Almahdi; Elahmadi, Brahim; Lamkinsi, Tarik; El Moussaoui, Rachid; El Hijri, Ahmed; Azzouzi, Abderrahim; Alilou, Mustapha

2013-01-01

Introduction L'incidence des complications respiratoires postopératoires (CRPO) reste très diversement appréciées selon les critères diagnostiques retenues dans les différentes études, ce qui la fait varier de 5 à plus de 50%. Les CRPO majeurs après chirurgie de l'aorte abdominale sont responsables d'une grande morbi-mortalité pouvant aller jusqu’à 36%, d'une durée d'hospitalisation et d'un coût plus importants. Ainsi dans l'optique d'améliorer notre prise en charge périopératoire de la chirurgie de l'aorte, nous avons décidé de mener une étude pour dresser le profil épidémiologique et déterminer les facteurs de risque des complications respiratoires dans notre contexte Méthodes Il s'agit d'une étude de cohorte rétrospective du mois de Janvier 2007 au mois de décembre 2011 portant sur l'ensemble des patients opérés pour pathologie aortique au bloc opératoire central de l'hôpital Ibn Sina de Rabat, Maroc. Résultats Cent vingt cinq patients ont été inclus dans notre étude, 24 patients ont été opérés pour anévrysme de l'aorte abdominale et 101 patients pour lésion occlusive aortoiliaque. Dans notre série 22 malades soit 17,6% ont présenté une complication respiratoire majeure avec, une reventilation dans 4,8% des cas, une difficulté de sevrage de la ventilation artificielle dans 3,2% des cas, une pneumopathie dans 4% des cas, un syndrome de détresse respiratoire aigue (SDRA) dans 4% des cas et une nécessité de fibroaspiration bronchique dans 1,6% des cas. En analyse univariée: l’âge, la présence d'une BPCO avec dyspnée stade 3 ou 4, la présence d'une anomalie à l'EFR préopératoire, la présence d'un stade avancé (III ou IV) de LOAI et la reprise chirurgicale étaient statistiquement associés à la survenue d'une complication respiratoire postopératoire. En analyse multivariée, seule une anomalie à l'EFR en préopératoire constituait un facteur de risque indépendant de survenue d'une complication

Aspects épidémiologiques des fractures de membres liées à l'exercice de la fonction militaire au Togo

PubMed Central

Akpoto, Yao Messanvi; Abalo, Anani; Gnandi-pio, Faré; Sonhaye, Lantam; Tchaou, Mazamaesso; Sama, Hamza Doles; Assenouwe, Sarakawabalo; Lamboni, Damessane; Amavi, Kossigan Adodossi; Adam, Saliou; Kpelao, Essossinam; Tengue, Kodjo; Songne-Gnamkoulamba, Badjona

2015-01-01

Le but de notre étude était de déterminer la fréquence des fractures de membres liées à l'exercice de la fonction militaire au sein des Forces de Défense et de Sécurité en milieu africain en vue de ressortir l'impact des différentes circonstances de survenue. Nous avons entrepris une étude rétrospective descriptive allant du 1er janvier 2004 au 31 décembre 2013. Elle a concerné les agents des forces de défense et de sécurité traités pour des fractures de membres au cours de cette période. Sept cent quatre (704) cas de fractures de membres ont été dénombrés. L’âge moyen des patients était de 30,57 ans avec des extrêmes de 19 et 55 ans. La prédominance masculine était nette (95,71%). L'Armée de Terre (51,05%) et la Gendarmerie Nationale (38,86%) étaient les plus représentées. Les hommes du rang étaient majoritaires (43,08%), suivis des sous-officiers (32,59%). La fréquence annuelle des fractures de membres en rapport avec la profession militaire était de 63 cas. Les fractures de jambe étaient les lésions les plus recensées (32,96%). Les Formations et les stages militaires ont été les circonstances de survenue les plus rencontrées (42,60%), suivies des accidents de la circulation (39,43%). La perte des journées de service liée à ces lésions était estimée à 14009 jours par an. Les fractures de jambes occupent le premier rang des fractures de membres en rapport avec l'exercice de la profession militaire. Les formations-stages militaires et les accidents de la voie publique en sont les deux grandes circonstances de survenue. PMID:27081434

Syndrome de poland: à propos d’un cas et revue de la litterature

PubMed Central

Benzalim, Meriam; Berghalout, Laila; Elfakir, Sophia; Jalal, Hicham

2017-01-01

Le syndrome de Poland est une malformation congénitale rare associant à des degrés divers des anomalies thoraciques et du membre supérieur homolatéral. Nous rapportons le cas d'une fillette de 7 ans, explorée pour dépression de l'hémithorax gauche avec masse sous claviculaire homolatérale. La tomodensitométrie a montré que la déformation de la paroi thoracique était liée à l'absence des chefs à insertion sterno-costale du muscle pectoralis major gauche avec agénésie du pectoralis minor et hypoplasie des arcs antérieurs des six premières côtes correspondantes. Ces anomalies étaient rapportées à un syndrome de Poland. Un bilan général fait d'échographie abdominale, radiographies des deux mains, a été réalisé chez la patiente n'ayant révélé aucune malformation associée. Le syndrome de Poland résulte d'un défaut d'approvisionnement sanguin des éléments musculosquelettiques de la paroi thoracique pendant la vie fœtale. Il existe de nombreuses variantes du syndrome de Poland qui peuvent être mieux détectées par la TDM qui doit être réalisée chaque fois qu'il est disponible, sans omettre le rôle de la radiologie général dans la détection des malformations associées. La caractéristique de ce syndrome est l'agénésie des faisceaux sternocostaux du muscle pectoralis major. Son étiologie reste inconnue et discutée. Une anomalie vasculaire en serait la cause, sans que le primum movens de cette anomalie vasculaire soit connu. PMID:28450991

Une urgence médico-chirurgicale rare: l’abcès épidural rachidien (à propos de 03 cas)

PubMed Central

Saqui, Abderrazzak El; Aggouri, Mohamed; Benzagmout, Mohamed; Chakour, Khalid; Chaoui, Mohamed El Faiz

2017-01-01

Les infections de l’espace épidural sont de mieux en mieux connues grâce au développement de la neurochirurgie, notamment l’IRM. Les abcès épiduraux rachidiens représentent une pathologie rare mais éminemment grave sur le plan fonctionnel, avec un risque vital potentiel. Nous rapportons trois cas d’abcès épidural rachidien tous diagnostiqués chez des patients de sexe masculin, le premier âgé de 52 ans le deuxième de 57 ans et le troisième de 63ans. Deux patients ont été admis aux urgences neurochirurgicales pour un tableau de compression médullaire lente évoluant dans un contexte infectieux, et le dernier se plaignait d’une sciatique S1 droite rebelle au traitement avec des fuites urinaires. Aucune porte d’entrée n’a été identifiée dans le bilan initial. Tous les patients ont été opérés par voie d’abord postérieure avec décompression médullaire/radiculaire et évacuation de l’abcès épidural. L’étude bactériologique a trouvé un germe pyogène justifiant une antibiothérapie adaptée dans les trois cas. L’évolution a été favorable dans deux cas. Par contre un patient est décédé trois jours en post-opératoire par un sepsis sévère. PMID:28533868

Etude theorique des fluctuations structurales dans les composes organiques a dimensionnalite reduite

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Dumoulin, Benoit

Les systemes a dimensionnalite reduite constituent maintenant une branche entiere de la physique de la matiere condensee. Cette derniere s'est developpee rapidement au cours des dernieres annees, avec la decouverte des materiaux organiques qui presentent, justement, des proprietes physiques fortement anisotropes. Cette these presente une etude en trois parties de plusieurs composes organiques qui, bien que tres differents du point de vue de leurs compositions chimiques et de leurs proprietes physiques a haute temperature, subissent tous une instabilite structurale a tres basse temperature. De plus, dans chacun des cas, l'instabilite structurale est precedee d'un important regime fluctuatif a partir duquel les proprietes physiques changent de maniere significative. Notre etude suit un ordre chronologique inverse puisque nous nous attardons en premier lieu au cas de composes recemment decouverts: les composes de la famille des (BCPTTF)2X (X = PF6 , AsF6). Ces derniers sont des isolants magnetiques a la temperature ambiante et subissent une instabilite structurale de type spin-Peierls a une temperature appelee TSP. En particulier, nous nous interessons a l'etude des proprietes physiques de ces systemes dans le regime fluctuatif, qui precede cette instabilite. Notre etude theorique nous permet de comprendre en detail comment ces systemes s'approchent de l'instabilite struturale. Dans la seconde partie de cette these, nous etudions le regime fluctuatif (pre-transitionnel) observe experimentalement dans le compose de (TMTTF)2PF6. Ce compose organique, dont la structure s'apparente aux sels de Bechgaard, subit une instabilite de type spin-Peierls a une temperature T SP = 19K. Bien que ce compose possede la particularite d'etre un bon conducteur a la temperature ambiante, il subit une transition de type Mott-Hubbard a une temperature Trho ≈ 220K et devient alors un isolant magnetique, analogue aux composes de la famille des (BCPTTF)2X. Le regime fluctuatif precedant l

Poumon du puisatier

PubMed Central

Elidrissi, Amal Moustarhfir; Zaghba, Nahid; Benjelloun, Hanane; Yassine, Najiba

2016-01-01

Le puisatier a pour profession le creusement et l'entretien des puits pour fournir de l'eau. Il est au contact de divers minerais, particulièrement la silice, particule qui présente un risque certain de développement des maladies pulmonaires connues sous le nom de silicose. Le but de notre travail est de préciser le profil épidémiologique, clinique, radiologique et évolutif des patients puisatiers silicotiques. C'est une étude rétrospective concernant 54 cas de puisatiers ayant une silicose, colligés au service des maladies respiratoires du CHU Ibn Rochd de Casablanca, de Mars 1997 à Janvier 2016. Tous les malades étaient des puisatiers, de sexe masculin, avec une moyenne d'âge de 50 ans. Le tabagisme était retrouvé dans 36 cas et un antécédent de tuberculose était noté dans huit cas. La radiographie thoracique retrouvait des grandes opacités dans 39 cas, des petites opacités dans 15 cas, et un épaississement des septats dans 11 cas. Ce tableau de silicose s'était compliqué d'une surinfection bactérienne dans 37% des cas, d' un pneumothorax dans 4% des cas et d'une tuberculose dans 20% des cas. La prise en charge thérapeutique était celle des complications. La déclaration de la maladie professionnelle et de l'indemnisation était faite. L'évolution était bonne dans 12 cas, stationnaire dans 17 cas et mauvaise dans 16 cas. La silicose est une pneumoconiose fréquente chez les puisatiers. Elle retentit sur la fonction respiratoire. Nous soulignons l'association fréquente de tuberculose et nous insistons sur la prévention qui reste le meilleur traitement. PMID:28292119

Etude de la dynamique des porteurs dans des nanofils de silicium par spectroscopie terahertz

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Beaudoin, Alexandre

Ce memoire presente une etude des proprietes de conduction electrique et de la dynamique temporelle des porteurs de charges dans des nanofils de silicium sondes par rayonnement terahertz. Les cas de nanofils de silicium non intentionnellement dopes et dopes type n sont compares pour differentes configurations du montage experimental. Les mesures de spectroscopie terahertz en transmission montre qu'il est possible de detecter la presence de dopants dans les nanofils via leur absorption du rayonnement terahertz (˜ 1--12 meV). Les difficultes de modelisation de la transmission d'une impulsion electromagnetique dans un systeme de nanofils sont egalement discutees. La detection differentielle, une modification au systeme de spectroscopie terahertz, est testee et ses performances sont comparees au montage de caracterisation standard. Les instructions et des recommendations pour la mise en place de ce type de mesure sont incluses. Les resultats d'une experience de pompe optique-sonde terahertz sont egalement presentes. Dans cette experience, les porteurs de charge temporairement crees suite a l'absorption de la pompe optique (lambda ˜ 800 nm) dans les nanofils (les photoporteurs) s'ajoutent aux porteurs initialement presents et augmentent done l'absorption du rayonnement terahertz. Premierement, l'anisotropie de l'absorption terahertz et de la pompe optique par les nanofils est demontree. Deuxiemement, le temps de recombinaison des photoporteurs est etudie en fonction du nombre de photoporteurs injectes. Une hypothese expliquant les comportements observes pour les nanofils non-dopes et dopes-n est presentee. Troisiemement, la photoconductivite est extraite pour les nanofils non-dopes et dopes-n sur une plage de 0.5 a 2 THz. Un lissage sur la photoconductivite permet d'estimer le nombre de dopants dans les nanofils dopes-n. Mots-cles: nanofil, silicium, terahertz, conductivite, spectroscopie, photoconductivite.

Processes for Assessing Outcomes of Multi-national Missions (Processus d’evaluation des resultats de missions multinationales)

DTIC Science & Technology

2013-11-01

la raison d’être du recueil des données relatives aux variables centrales afin de soutenir ces efforts dans...communs utilisés par les pays membres et un ensemble central d’indicateurs complétant les Mesures de Performance (MOP) et Mesures d’Efficacité (MOE...dénomination « STO », « RTO » ou « AGARD » selon le cas, suivi du numéro de série. Des informations analogues, telles que le titre est la date de

Molecular Mechanisms of RNA-Targeting by Cas13-containing Type VI CRISPR-Cas Systems.

PubMed

O'Connell, Mitchell

2018-06-22

Prokaryotic adaptive immune systems use CRISPRs (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and CRISPR associated (Cas) proteins for RNA-guided cleavage of foreign genetic elements. The focus of this review, Type VI CRISPR-Cas systems, include a single protein known as Cas13 (formerly C2c2), that when assembled with a crRNA forms a crRNA-guided RNA-targeting effector complex. Type VI CRISPR-Cas systems can be divided into four subtypes (A-D) based on Cas13 phylogeny. All Cas13 proteins studied to date possess two enzymatically distinct ribonuclease activities that are required for optimal interference. One RNase is responsible for pre-crRNA processing to form mature Type VI interference complexes, while the other RNase activity provided by the two HEPN (Higher Eukaryotes and Prokaryotes Nucleotide-binding) domains, is required for degradation of target RNA during viral interference. In this review, I will compare and contrast what is known about the molecular architecture and behavior of Type VI (A-D) CRISPR-Cas13 interference complexes, how this allows them to carry out their RNA-targeting function, how Type VI accessory proteins are able to modulate Cas13 activity, and how together all of these features have led to the rapid development of a range of RNA-targeting applications. Throughout I will also discuss some of the outstanding questions regarding Cas13's molecular behavior, and its role in bacterial adaptive immunity and RNA-targeting applications. Copyright © 2018. Published by Elsevier Ltd.

Localisation buccale d’un lymphome de Burkitt: à propos d’un cas

PubMed Central

Kissi, Lamia; El Bouihi, Rajaa; Lamchahab, Mouna; Alaoui, Ahmed; Benyahya, Ihsane

2017-01-01

Le lymphome de Burkitt (LB) est une forme de lymphome malin non-Hodgkinien qui provient de l'évolution maligne et de la prolifération de cellules lymphoïdes de type B. Le diagnostic positif repose sur la biopsie d'une masse tumorale ou la ponction de la moelle osseuse révélant la présence de cellules tumorales. Le cas rapporté est celui d'un jeune homme d'une vingtaine d'années qui a été adressé pour des tuméfactions gingivales évoluant depuis 1 mois suite à des extractions dentaires. L'examen anatomopathologique après biopsie complété par l'immunohistochimie conclut à un lymphome de Burkitt. La prise en charge a consisté en une chimiothérapie. Bien que rare, le lymphome de Burkitt est une tumeur agressive qui représente un véritable problème de santé publique d'où la place importante qu'occupe le médecin dentiste dans le diagnostic précoce afin de permettre une prise en charge rapide et appropriée seule garante de la guérison. PMID:28451040

Elaboration de nouvelles approches micromecaniques pour l'optimisation des performances mecaniques des materiaux heterogenes

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Aboutajeddine, Ahmed

Les modeles micromecaniques de transition d'echelles qui permettent de determiner les proprietes effectives des materiaux heterogenes a partir de la microstructure sont consideres dans ce travail. L'objectif est la prise en compte de la presence d'une interphase entre la matrice et le renforcement dans les modeles micromecaniques classiques, de meme que la reconsideration des approximations de base de ces modeles, afin de traiter les materiaux multiphasiques. Un nouveau modele micromecanique est alors propose pour tenir compte de la presence d'une interphase elastique mince lors de la determination des proprietes effectives. Ce modele a ete construit grace a l'apport de l'equation integrale, des operateurs interfaciaux de Hill et de la methode de Mori-Tanaka. Les expressions obtenues pour les modules globaux et les champs dans l'enrobage sont de nature analytique. L'approximation de base de ce modele est amelioree par la suite dans un nouveau modele qui s'interesse aux inclusions enrobees avec un enrobage mince ou epais. La resolution utilisee s'appuie sur une double homogeneisation realisee au niveau de l'inclusion enrobee et du materiau. Cette nouvelle demarche, permettra d'apprehender completement les implications des approximations de la modelisation. Les resultats obtenus sont exploites par la suite dans la solution de l'assemblage de Hashin. Ainsi, plusieurs modeles micromecaniques classiques d'origines differentes se voient unifier et rattacher, dans ce travail, a la representation geometrique de Hashin. En plus de pouvoir apprecier completement la pertinence de l'approximation de chaque modele dans cette vision unique, l'extension correcte de ces modeles aux materiaux multiphasiques est rendue possible. Plusieurs modeles analytiques et explicites sont alors proposee suivant des solutions de differents ordres de l'assemblage de Hashin. L'un des modeles explicite apparait comme une correction directe du modele de Mori-Tanaka, dans les cas ou celui ci echoue a

Le pronostic statural après une pseudo-puberté précoce par déficit en 11ß hydroxylase chez une fille de 7 ans: à propos d'un cas avec revue de la literature

PubMed Central

Latrech, Hanane; Gaouzi, Ahmed

2015-01-01

L'hyperplasie congénitale des surrénales par déficit en 11ß hydroxylase se voit dans 5 à 10% des cas et est diagnostiquée, habituellement, devant des signes de virilisation d'un nouveau né ou d'un fœtus 46 XX et plus tard devant une HTA avec une hypokaliémie. Le pronostic de taille chez ces patients est très souvent compromis. Nous rapportons le cas d'un déficit en 11ß hydroxylase chez une enfant âgée de 7 ans révélé par une pseudo- puberté précoce traitée par hydrocortisone. La survenue d'une puberté précoce centrale complique encore plus la situation par la mise en jeu du pronostic de taille finale et nécessitant une prise en charge thérapeutique particulière. PMID:26113905

Les psychoses de l’épileptique: approche clinique à propos d'un cas

PubMed Central

Charfi, Nada; Trigui, Dorsaf; Ben Thabet, Jihène; Zouari, Nasreddine; Zouari, Lobna; Maalej, Mohamed

2014-01-01

Pour discuter les liens entre épilepsie et psychose, les auteurs rapportent l'observation d'une fille âgée de 22 ans, traitée pour épilepsie fronto-temporale, adressée en psychiatrie pour des hallucinations sensorielles et cénesthésiques et un délire mystique et d'influence, apparus secondairement et non améliorés par le traitement antiépileptique. Les symptômes psychotiques, chez l’épileptique, peuvent entrer dans le cadre de psychoses intercritiques, post-critiques ou alternatives. Pour le cas rapporté, les symptômes psychotiques étaient intercritiques et chroniques. Il s'agissait vraisemblablement d'une psychose schizophréniforme. Dans ce type de psychose, une indifférence affective et une restriction des activités sont rarement rencontrés, alors que les fluctuations rapides de l'humeur sont fréquentes. Les thématiques délirantes sont assez souvent mystiques, alimentées par des hallucinations auditives et par des hallucinations visuelles inhabituelles. Les troubles négatifs sont rares. Les psychoses épileptiques n'ont pas été identifiées comme des entités nosographiques dans les systèmes de classification psychiatrique (DSM-IV et CIM-10), ce qui pose un problème de reconnaissance de ces troubles. Une collaboration entre psychiatre et neurologue devient ainsi nécessaire pour mieux comprendre cette comorbidité complexe, éviter les erreurs diagnostiques et optimiser la prise en charge. PMID:25309665

Spectroscopie Raman et Rayleigh stimulée des mélasses optiques unidimensionnelles (partie I)

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Courtois, Jean-Yves

stimulated Raman lines are homogeneously broadened, and that a stimulated Rayleigh structure appears on the spectra because of the probe-induced time modulation of the cooling force, which induces a modulation of the atomic momentum distribution. In the latter situation, the Raman structures are inhomogeneously broadened, and a recoil-induced resonance is predicted in the center of the spectrum. Its shape corresponds to the derivative of a Gaussian curve and its width is directly proportional to the Doppler width of the molasses. Finally, Section 6 presents a short review about the recent developments in the field of nonlinear spectroscopy of optical molasses. Cet article s'inscrit dans le double contexte de la spectroscopie non linéaire des milieux atomiques et de la physique du refroidissement d'atomes neutres par laser. Il présente une étude détaillée des spectres de transmission d'une onde sonde interagissant avec une mélasse optique unidimensionnelle. Plus précisément, nous montrons que dans chacun des deux cas modèles des mélasses “linperp lin” et “σ^+-σ^-” (ainsi dénommées par référence à la configuration de polarisation des deux faisceaux lasers à l'origine du mécanisme de refroidissement), les spectres pompes-sonde présentent des structures résonnantes pouvant s'interpréter en termes de diffusion Raman ou Rayleigh stimulée, et apportant un grand nombre d'informations sur les propriétés physiques des mélasses optiques. Cet article s'articule autour de deux grandes parties. Destinée à faire ultérieurement ressortir la spécificité des processus de diffusion stimulée se produisant dans les mélasses optiques, la première est consacrée à une présentation générale des processus Raman et Rayleigh stimulés se produisant dans les milieux atomiques et moléculaires conventionnels. L'effet Raman stimulé, lié à l'existence de centres diffuseurs ayant des états d'énergies et de populations différentes, fait l'objet du

Blast pulmonaire primaire chez le brûlé. a propos d’un cas et revue de la littérature

PubMed Central

Siah, S.; Emane, A.; Bertin-Maghit, M.

2016-01-01

Summary Le blast est à l’origine de lésions spécifiques pour lesquelles une prise en charge spécialisée est nécessaire. Après une explosion on peut observer des lésions de blast primaire, liées à l’onde de choc, secondaire par polycriblage et tertiaire par projection du patient. Les blasts secondaire et tertiaire sont plus fréquents que le blast primaire et peuvent entraîner un polytraumatisme. Dans 5% des cas, on retrouve des brûlures pouvant faire partie du blast quaternaire, qui regroupe toutes les lésions d’autres mécanismes que ceux précités. La prise en charge des lésions secondaires et tertiaires de blast est comparable à celle des traumatisés graves. Le blast pulmonaire primaire aggrave le pronostic des blessés les plus graves mais impose rarement une prise en charge spécifique. La connaissance des particularités physiopathologiques et lésionnelles permet de mieux traiter les blastés et brûlés graves survivants. Nous rapportons une observation de blast pulmonaire primaire chez un brûlé. PMID:28149247

Transport de paires EPR dans des structures mesoscopiques

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Dupont, Emilie

Dans cette these, nous nous sommes particulierement interesses a la propagation de paires EPR1 delocalisees et localisees, et a l'influence d'un supraconducteur sur le transport de ces paires. Apres une introduction de cette etude, ainsi que du cadre scientifique qu'est l'informatique quantique dans lequel elle s'inscrit, nous allons dans le chapitre 1 faire un rappel sur le systeme constitue de deux points quantiques normaux entoures de deux fils supraconducteurs. Cela nous permettra d'introduire une methode de calcul qui sera reutilisee par la suite, et de trouver egalement le courant Josephson produit par ce systeme transforme en SQUID-dc par l'ajout d'une jonction auxiliaire. Le SQUID permet de mesurer l'etat de spin (singulet ou triplet), et peut etre forme a partir d'autres systemes que nous etudierons ensuite. Dans le chapitre 2, nous rappellerons l'etude detaillee d'un intricateur d'Andreev faite par un groupe de Bale. La matrice T, permettant d'obtenir le courant dans les cas ou les electrons sont separes spatialement ou non, sera etudiee en detail afin d'en faire usage au chapitre suivant. Le chapitre 3 est consacre a l'etude de l'influence du bruit sur le fonctionnement de l'intricateur d'Andreev. Ce bruit modifie la forme du courant jusqu'a aboutir a d'autres conditions de fonctionnement de l'intricateur. En effet, le bruit present sur les points quantiques peut perturber le transport des paires EPR par l'intermediaire des degres de liberte. Nous montrerons que, du fait de l'"intrication" entre la charge de la paire et le bruit, la paire est detruite pour des temps longs. Cependant, le resultat le plus important sera que le bruit perturbe plus le transport des paires delocalisees, qui implique une resonance de Breit-Wigner a deux particules. Le transport parasite n'implique pour sa part qu'une resonance de Breit-Wigner a une particule. Dans le chapitre 4, nous reviendrons au systeme constitue de deux points quantiques entoures de deux fils

Optimisation thermique de moules d'injection construits par des processus génératifs

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Boillat, E.; Glardon, R.; Paraschivescu, D.

2002-12-01

Une des potentialités les plus remarquables des procédés de production génératifs, comme le frittage sélectif par laser, est leur capacité à fabriquer des moules pour l'injection plastique équipés directement de canaux de refroidissement conformes, parfaitement adaptés aux empreintes Pour que l'industrie de l'injection puisse tirer pleinement parti de cette nouvelle opportunité, il est nécessaire de mettre à la disposition des moulistes des logiciels de simulation capables d'évaluer les gains de productivité et de qualité réalisables avec des systèmes de refroidissement mieux adaptés. Ces logiciels devraient aussi être capables, le cas échéant, de concevoir le système de refroidissement optimal dans des situations où l'empreinte d'injection est complexe. Devant le manque d'outils disponibles dans ce domaine, le but de cet article est de proposer un modèle simple de moules d'injection. Ce modèle permet de comparer différentes stratégies de refroidissement et peut être couplé avec un algorithme d'optimisation.

Detection de la fin de la compaction des anodes par le son

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Sanogo, Bazoumana

ete le lieu de tests finaux a l'usine en fabriquant des anodes avec differents criteres (variation du temps de compaction, taux de brai, arret manuel du compacteur, variation de la pression des ballons du haut du compacteur). Ces anodes ont ete ensuite analysees au laboratoire a l'UQAC. En parallele a ces travaux precites, l'amelioration de l'application d'analyse du son a ete faite avec le choix des parametres d'analyse et leur standardisation. Les resultats des premiers tests au laboratoire et ceux de la campagne de juin 2014 ont montre que la formation des anodes se fait suivant trois etapes : rearrangement des particules et du brai, compaction et consolidation et enfin la finition. Ces travaux ont montre en outre que le temps de compaction joue un role tres important dans la definition des proprietes finales des anodes. Ainsi, en plus du type de brai, du taux de brai et du type de coke, il faut tenir compte du temps de sur-compaction et de sous-compaction. En effet, ceci a ete demontre a travers les deux validations qui ont ete realisees. Les resultats de la caracterisation des echantillons (venant des anodes de la campagne de decembre 2015) ont montre qu'une anode compactee a un temps optimal acquiert une bonne resistance a la compression et sa resistivite electrique baisse. En outre, on note que le temps de compaction dans notre cas a baisse legerement avec l'augmentation de la pression des ballons de haut du vibrocompacteur. Ce qui a eu pour effet d'augmenter la densite crue de l'anode. Toutefois, il faut s'abstenir de generaliser ce constat car le nombre d'anodes testees est faible dans notre cas. Par ailleurs, cette etude montre que le temps necessaire pour le formage d'une anode croit avec l'augmentation du taux de brai et baisse legerement avec l'augmentation de la pression des ballons. (Abstract shortened by ProQuest.).

L'ostéotomie de scarf dans le traitement de l'hallux valgus: à propos de 19 cas

PubMed Central

Boussakri, Hassan; Bachiri, Mohammed; Elidrissi, Mohammed; Shimi, Mohammed; Elibrahimi, Abdelhalim; Elmrini, Abdelmajid

2014-01-01

L'ostéotomie de Scarf constitue une technique chirurgicale bien décrite, grâce à ses résultats excellents, elle est considérée comme un traitement de choix de l'hallux valgus. Le but de ce travail est de décrire le profil épidémiologique et radio-clinique des hallux valgus, ainsi qu’évaluer les résultats radiologiques et fonctionnels des patients traités par la technique classique d'ostéotomie de Scarf. Nous avons mené une étude rétrospective, concernant 22 ostéotomies de Scarf chez 19 patients, opérés d'hallux valgus entre mai 2009 et janvier 2013. Le recul moyen était de 22,5 mois (3-42 mois). L'âge moyen des patients au moment de l'intervention était de 49 ans, avec des extrêmes de 19 et 75 ans. Tous les patients ont bénéficié d'une évaluation clinique et radiologique préopératoire et postopératoire ainsi qu'une analyse statistique. Au dernier recul, selon des critères subjectifs, nos résultats étaient très satisfaisants dans 42%, satisfaisants dans 52% et déçus dans 6%, et en fonction du score de l'AOFAS, les résultats étaient nettement améliorée avec un AOFAS préopératoire de 57% à 84% en postopératoire. Concernant les résultats radiologiques, la déformation métatarsophalangienne (angle M1P1) a été corrigée (43,63 °-12,8°) avec une p très significative (p <0,001). D'autre part une amélioration de l'Angle moyen M1M2, passer de 18,18° préopératoire à 12,95° au dernier recul, avec une correction significative (p <0,001). Le valgus épiphysaire de premier métatarsien (AADM) a été statistiquement amélioré (p <0,001), passer de 24,45° à 7,91°. Concernant les complications nous avons noté un cas de sepsis précoce superficiel géré par une antibiothérapie adaptée, deux cas de névrome et un cas d'ostéonécrose. Par contre on n'a pas noté aucune fracture per opératoire du premier métatarsien. Nous concluons que l'ostéotomie de Scarf est une technique reproductible fiable, en pleine �

Les Cicatrices Retractiles Post-Brulures Du Membre Inferieur Chez L’Enfant

PubMed Central

Sankale, A.A.; Manyacka Ma Nyemb, P.; Coulibaly, N.F.; Ndiaye, A.; Ndoye, M.

2010-01-01

Summary Il s'agit d'une étude faisant ressortir les aspects épidémiologiques, cliniques et thérapeutiques des séquelles de brûlures du membre inférieur chez l'enfant, à propos de 42 cas colligés au service de chirurgie infantile de l'Hôpital Aristide Le Dantec (Sénégal). L'âge moyen retrouvé est de 5 ans et 3 mois, et le sex-ratio garçons/filles de 1,8/1. La brûlure thermique est causée par une flamme dans 33% des cas, par un liquide chaud dans 21% des cas, et par des braises dans 21% des cas. Les cicatrices rétractiles intéressent le genou et le creux poplité dans 47% des cas et le pied dans 45% des cas. Elles sont bilatérales dans 21% des cas, et concernent une autre localisation associée dans 21% des cas. Quant aux brides, 21% ont bénéficié d'une chirurgie, avec un délai moyen de 3 ans et 2 mois après la brûlure. Cette procédure chirurgicale consiste en une plastie en Z dans 91% des cas, à laquelle est associée une greffe de peau dans 54% des cas. Une rééducation fonctionnelle est pratiquée chez 54% des opérés. Parallèlement aux données de la littérature, nos résultats montrent que l'optimisation de la prise en charge passe par une meilleure prévention des accidents domestiques et une bonne codification thérapeutique. PMID:21991202

Crystal Structure of Streptococcus pyogenes Cas1 and Its Interaction with Csn2 in the Type II CRISPR-Cas System.

PubMed

Ka, Donghyun; Lee, Hasup; Jung, Yi-Deun; Kim, Kyunggon; Seok, Chaok; Suh, Nayoung; Bae, Euiyoung

2016-01-05

CRISPRs and Cas proteins constitute an RNA-guided microbial immune system against invading nucleic acids. Cas1 is a universal Cas protein found in all three types of CRISPR-Cas systems, and its role is implicated in new spacer acquisition during CRISPR-mediated adaptive immunity. Here, we report the crystal structure of Streptococcus pyogenes Cas1 (SpCas1) in a type II CRISPR-Cas system and characterize its interaction with S. pyogenes Csn2 (SpCsn2). The SpCas1 structure reveals a unique conformational state distinct from type I Cas1 structures, resulting in a more extensive dimerization interface, a more globular overall structure, and a disruption of potential metal-binding sites for catalysis. We demonstrate that SpCas1 directly interacts with SpCsn2, and identify the binding interface and key residues for Cas complex formation. These results provide structural information for a type II Cas1 protein, and lay a foundation for studying multiprotein Cas complexes functioning in type II CRISPR-Cas systems. Copyright © 2016 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Determination des Parametres Atmospheriques des Etoiles Naines Blanches de Type DB

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Beauchamp, Alain

1995-01-01

Les etoiles naines blanches dont les spectres visibles sont domines par des raies fortes d'helium neutre sont subdivisees en trois classes, DB (raies d'helium neutre seulement), DBA (raies d'helium neutre et d'hydrogene) et DBZ (raies d'helium neutre et d'elements lourds). Nous analysons trois echantillons de spectres observes de ces types de naines blanches. Les echantillons consistent, respectivement, de 48 spectres dans le domaine du visible (3700-5100 A). 24 dans l'ultraviolet (1200-3100 A) et quatre dans la partie rouge du visible (5100-6900) A). Parmi les objets de l'echantillon visible, nous identifions quatre nouvelles DBA, ainsi que deux nouvelles DBZ, auparavant classees DB. L'analyse nous permet de determiner spectroscopiquement les parametres atmospheriques, soit la temperature effective, la gravite de surface, ainsi que l'abondance relative de l'hydrogene, N(H)/N(He), dans le cas des DBA. Pour les objets plus chauds que ~15,000 K, la gravite de surface determinee est fiable, et nous obtenons les masses stellaires avec une relation masse -rayon theorique. Les exigences propres a l'analyse de ces objets ont requis d'importantes ameliorations dans la modelisation de leurs atmospheres et distributions de flux de radiation emis par ces derniers. Nous avons inclus dans les modeles d'atmospheres, pour la premiere fois a notre connaissance, les effets dus a la molecule He_sp{2 }{+}, ainsi que l'equation d'etat de Hummer et Mihalas (1988), qui tient compte des perturbations entre particules dans le calcul des populations des differents niveaux atomiques. Nous traitons la convection dans le cadre de la theorie de la longueur de melange. Trois grilles de modeles d'atmospheres a l'ETL (equilibre thermodynamique local) ont ete produites, pour un ensemble de temperatures effectives, gravites de surface et abondances d'hydrogene couvrant les proprietes des etoiles de nos echantillons; elles sont caracterisees par differentes parametrisations appelees, respectivement

Exploiting CRISPR/Cas systems for biotechnology

PubMed Central

Sampson, Timothy R.; Weiss, David S.

2015-01-01

The Cas9 endonuclease is the central component of the Type II CRISPR/Cas system, a prokaryotic adaptive restriction system against invading nucleic acids, such as those originating from bacteriophages and plasmids. Recently, this RNA-directed DNA endonuclease has been harnessed to target DNA sequences of interest. Here, we review the development of Cas9 as an important tool to not only edit the genomes of a number of different prokaryotic and eukaryotic species, but also as an efficient system for site-specific transcriptional repression or activation. Additionally, a specific Cas9 protein has been observed to target an RNA substrate, suggesting that Cas9 may have the ability to be programmed to target RNA as well. Cas proteins from other CRISPR/Cas subtypes may also be exploited in this regard. Thus, CRISPR/Cas systems represent an effective and versatile biotechnological tool, which will have significant impact on future advancements in genome engineering. PMID:24323919

Exploiting CRISPR/Cas systems for biotechnology.

PubMed

Sampson, Timothy R; Weiss, David S

2014-01-01

The Cas9 endonuclease is the central component of the Type II CRISPR/Cas system, a prokaryotic adaptive restriction system against invading nucleic acids, such as those originating from bacteriophages and plasmids. Recently, this RNA-directed DNA endonuclease has been harnessed to target DNA sequences of interest. Here, we review the development of Cas9 as an important tool to not only edit the genomes of a number of different prokaryotic and eukaryotic species, but also as an efficient system for site-specific transcriptional repression or activation. Additionally, a specific Cas9 protein has been observed to target an RNA substrate, suggesting that Cas9 may have the ability to be programmed to target RNA as well. Cas proteins from other CRISPR/Cas subtypes may also be exploited in this regard. Thus, CRISPR/Cas systems represent an effective and versatile biotechnological tool, which will have significant impact on future advancements in genome engineering. © 2014 WILEY Periodicals, Inc.

Les instabilités antérieures de l’épaule:à propos de 73 cas

PubMed Central

Jamal, Louaste; Bousbaa, Hicham; Cherrad, Taoufik; Wahidi, Mohammed; Amhajji, Larbi; Rachid, Khalid

2016-01-01

Entre 2005 et 2014, 73patients (77 épaules) ont bénéficié d’une intervention de Latarjet pour instabilité antérieure de l’épaule. Nous avons, rétrospectivement, évalué les résultats cliniques et radiologiques de cette technique opératoire. L’intervention a été réalisée pour le traitement d’une luxation récidivante dans 69 cas, subluxation récidivante douloureuse dans 5 cas et 3 épaules douloureuses Tous les patients ont eu une évaluation radiographique avant l’intervention et lors du contrôle le plus récent. Selon le score de Rowe, 73 (94.8 %) des 77 épaules ont obtenu un résultat bon ou excellent. Au plus grand recul, 74 épaules étaient indemnes d’arthrose glénohumérale. PMID:27800066

Facteurs associés à la tuberculose chez l'enfant au Centre Hospitalier Universitaire Mère-Enfant de Tsaralalàna, Antananarivo: une étude cas-témoins

PubMed Central

Randriatsarafara, Fidiniaina Mamy; Vololonarivelo, Barbara Elyan Edwige; Rabemananjara, Nambinina Nirina Gaby; Randrianasolo, Jean Baptiste Olivier; Rakotomanga, Jean de Dieu Marie; Randrianarimanana, Vahiniarison Dieudonné

2014-01-01

Introduction A Madagascar, la tuberculose reste un problème de santé publique majeur, l'incidence s’élevant à 16% depuis 2009. Le présent travail a pour objet d'identifier les facteurs de risque de tuberculose chez l'enfant. Méthodes Nous avons mené une étude rétrospective de type cas-témoins sur les facteurs de risque de la tuberculose chez les enfants de 0 à 15 ans au Centre Hospitalier Universitaire Mère-Enfant de Tsaralalàna, de Janvier 2009 à Décembre 2011. Les enfants diagnostiqués de tuberculose dont le diagnostic a été retenu par des éléments de certitude ou par le score pédiatrique de la tuberculose représentent les cas. Les enfants hospitalisés durant la même période, non tuberculeux et de même âge, sont classés témoins. L'Odds Ratio quantifie les associations. Résultats Au total, 91 cas et 173 témoins ont été inclus. Parmi les cas, 73,62% présentent une malnutrition. De fortes associations sont démontrées avec: la malnutrition sévère (OR=6 (IC95% 2,43-15,61 (p<10-5))); le contage tuberculeux (OR=4,71 (IC95% 1,76-12,7 (p=0,003))); la non vaccination par le BCG (OR=4,21 (IC95% 1,99-8,99 (p < 2.10-5))); le niveau intellectuel maternel bas (OR=4,17 (IC95% 0,67-28,14 (p=0,06))); la taille de la fratrie à partir de 5 (OR=4,5). Des associations faibles sont retrouvées pour les autres facteurs étudiés. Les cas présentent une létalité de 18,7% contre 6,3% chez les témoins (p<10-5); 64,7 % des décès sont dus aux formes méningées. Conclusion La tuberculose reste un fléau chez les enfants, avec une lourde responsabilité de la pauvreté rassemblant presque tous les facteurs sus-cités. PMID:25838852

Evaluation du niveau de connaissance des patients sur la gestion du traitement par les antis vitamines K dans le service de cardiologie de Ouagadougou

PubMed Central

Samadoulougou, André; Temoua Naibe, Dangwé; Mandi, Germain; Yameogo, Relwendé Aristide; Kabore, Elisé; Millogo, Georges; Yameogo, Nobila Valentin; Kologo, Jonas Koudougou; Thiam/Tall, Anna; Toguyeni, Boubacar Jean Yves; Zabsonre, Patrice

2014-01-01

Introduction Les antivitamines K (AVK), traitement anticoagulant oral le plus largement prescrit, posent un réel problème de santé publique du fait de leur risque iatrogène. L'objectif de cette étude était de préciser le niveau de connaissance des patients sur la gestion de leur traitement par les AVK. Méthodes Il s'est agi d'une enquête transversale descriptive réalisée au CHU-Yalgado Ouédraogo, sur une période de 03 mois : du 1er mars au 31 mai 2012. Un questionnaire a été administré aux patients bénéficiant d'un traitement AVK depuis au moins un mois. Résultats Soixante-dix patients ont été inclus dans l'étude dont 30 hommes. L'âge moyen était de 49 ans ± 16 ans. Les cardiopathies et la maladie thromboembolique veineuse justifiant l'institution du traitement AVK étaient retrouvées respectivement dans 58,6% et 41,4% des cas. Le nom de l'AVK et la raison exacte du traitement étaient connus respectivement dans 91,4% et 67,1% des cas. Plus de la moitié des patients (68,6%) savaient que les AVK rendaient le sang plus fluide. Quarante-six patients (65,7%) citaient l'INR comme examen biologique de surveillance du traitement et seulement 28 patients (40%) connaissaient les valeurs cibles. La majorité des patients ne connaissait pas les risques encourus en cas de surdosage (72,8%) et de sous-dosage (71,4%). Une automédication par anti-inflammatoire non stéroïdien était signalée par 18 patients (25,7%). Les choux (74,3%) et la laitue (62,9%), aliments à consommer avec modération, étaient les plus cités. Conclusion Les connaissances des patients sur la gestion des AVK étaient fragmentaires et insuffisantes pour assurer la sécurité et l'efficacité du traitement. La création d'un programme d'éducation thérapeutique sur les AVK s'avère alors nécessaire. PMID:25870741

Facteurs de risque cardiovasculaires au cours du lupus systémique

PubMed Central

Harzallah, Amel; Hajji, Mariem; Kaaroud, Hayet; Hamida, Fethi Ben; Abdallah, Taieb Ben

2015-01-01

Cette étude a pour objectif d’évaluer la fréquence des facteurs de risque cardiovasculaires au cours du lupus et de préciser leur prévalence. Etude rétrospective portant sur 250 patients ayant un lupus, diagnostiqué selon les critères de l'ACR, hospitalisés entre 1970 et 2013. Les données cliniques et para cliniques ont été recueillies à partir des observations médicales. Il s'agit de 228 femmes et 22 hommes d’âge moyen au diagnostic du lupus de 30, 32 ans (extrêmes: 16-69). La durée moyenne du suivi des patients était de 64 mois (extrêmes: 7 jours- 382mois). Quatre vingt dix patients (36%) étaient hypertendus, 74% avaient une hypercholestérolémie et 22% étaient diabétiques. Pour les autres facteurs de risque cardiovasculaire traditionnels, un âge > 50 ans a été retrouvé dans 40% des cas, le sexe masculin dans 8% des cas, l'obésité dans 76% des cas et le tabagisme dans 11% des cas. Les facteurs de risque surajoutés sont représentés par la présence des anticorps antiphospholipides (47% des cas), la néphropathie lupique (49% des cas), l'insuffisance rénale (42% des cas), la corticothérapie au long cours (74% des cas) et la chronicité de la maladie dans 35% des cas. Les complications cardiovasculaires retrouvées dans notre série étaient: les accidents vasculaires cérébraux (2%) et l'insuffisance coronarienne (5,6%). Devant l'importance du risque cardiovasculaire au cours du lupus, une surveillance rapprochée des facteurs de risque cardio-vasculaires semble primordiale chez les lupiques. PMID:27022427

A newly discovered Bordetella species carries a transcriptionally active CRISPR-Cas with a small Cas9 endonuclease

USDA-ARS?s Scientific Manuscript database

The Cas9 endonuclease of the Type II-a clustered regularly interspersed short palindromic repeats (CRISPR), of Streptococcus pyogenes (SpCas9) has been adapted as a widely used tool for genome editing and genome engineering. Herein, we describe a gene encoding a novel Cas9 ortholog (BpsuCas9) and th...

Autre cause de mort subite du nourrisson: à propos d'un cas clinique de syndrome du QT long congenital

PubMed Central

Seka, Zena; Mols, Pierre; Gobin, Eric; Ngatchou, William

2014-01-01

Le syndrome du QT long congénital est une maladie rythmique liée à une mutation génétique et caractérisée par un espace QT allongé sur l’électrocardiogramme, des arythmies malignes type torsade de pointe et fibrillation ventriculaire entraînant une mort subite. Les gènes impliqués dans ces mutations codent pour des sous unités des canaux ioniques responsables de l'activité électrique cardiaque. Le diagnostic est basé sur l’électrocardiogramme, une enquête familiale et l’étude génétique. Le traitement repose sur les bêtabloquants, la sympathectomie et le stimulateur cardiaque. Nous rapportons le cas d'un nourrisson de 2 ans retrouvé en état de mort apparente. Nous discutons de sa prise en charge initiale, de l'enquête familiale et de son suivi ultérieur. PMID:25667708

[Detection of CRSPR-Cas system in Streptococcus thermophiles].

PubMed

Li, Wan; Liang, Hongzhang; Zhang, Danqing; Wang, Nana; Tang, Yaru; Li, Bailiang; Huo, Guicheng

2016-04-14

We aimed to detect the CRSPR-Cas system of six Streptococcus thermophilus. Bioinformatics method was used to predict CRSPR-Cas system of nine S. thermophilus that published in National Center for Biotechnology Information. Four primers were designed according to the flanking sequences of standard strains and the CRISPR-Cas system of six S. thermophilus have been detected by PCR method. S. thermophilus S4 had a Cas9 gene, others all had Cas9 gene, Cas10 gene and Cas9* gene. In addition, 79 and KLDS3.0207 still had Cas3 gene. Signature genes amplification of CRSPR-Cas system could predict the type of CRSPR-Cas system in unsequenced strains, these findings will help establish the foundation for the study of CRSPR-Cas system in lactic acid bacteria.

Kyste épidermoïde du quatrième ventricule: à propos d’un cas

PubMed Central

El Saqui, Abderrazzak; Aggouri, Mohamed; Benzagmout, Mohamed; Chakour, Khalid; Chaoui, Mohamed El Faiz

2017-01-01

Les kystes épidermoïdes sont des tumeurs bénignes rares développées à partir d'inclusions ectodermiques. Ils siègent habituellement au niveau de l'angle ponto-cérébelleux, la région para-sellaire et la fosse temporale. Leur siège au niveau du quatrième ventricule est exceptionnel. Nous rapportons le cas d'une patiente de 47 ans admise pour un syndrome d'hypertension intracrânienne associé à des troubles de la marche. Le diagnostic de kyste épidermoïde du V4 fut évoqué sur les données de l'IRM en séquences de diffusion puis confirmé en per opératoire et en histologie. L'exérèse chirurgicale a été subtotale en raison d'une adhérence de la capsule à la partie supérieure du plancher du V4. Après un recul de 36 mois, la patiente ne manifeste aucun signe de ré-évolution tumorale. PMID:28690753

Enjeux de fin de vie dans les cas de démence avancée

PubMed Central

Arcand, Marcel

2015-01-01

Résumé Objectif Répondre aux questions souvent posées sur la prise en charge de la pneumonie en phase terminale, de l’apport nutritionnel insuffisant et de la déshydratation dans les cas de démence avancée. Sources des données Une recherche a été effectuée dans MEDLINE sur Ovid pour des articles pertinents publiés jusqu’en février 2015. Aucune étude de niveau I n’a été relevée; la plupart des articles fournissaient des preuves de niveaux III. Les suggestions en matière de prise en charge des symptômes s’appuient en partie sur une récente participation à une approche Delphi visant à concevoir une directive pour le soulagement optimal des symptômes chez les patients atteints de pneumonie et de démence. Message principal Les sondes d’alimentation ne sont pas recommandés chez les patients atteints de démence terminale. L’alimentation de confort manuelle est préférable. L’hydratation parentérale pourrait être utile, mais elle peut aussi contribuer à l’inconfort à la fin de la vie. Si les soins buccaux sont adéquats, l’abstention ou la cessation de l’alimentation et de l’hydratation artificielles ne sont généralement pas associées à des manifestations d’inconfort. Puisque la pneumonie est habituellement très inconfortable, les cliniciens doivent être attentifs à la maîtrise des symptômes. La sédation pour maîtriser l’agitation est souvent utile chez les patients atteints de démence terminale. Conclusion Les soins à visée symptomatique sont une option appropriée pour les manifestations terminales de la démence avancée. Les lignes directrices de prise en charge des symptômes proposées s’appuient sur une revue de la littérature et sur un consensus d’experts.

Ulcere de Marjolin: complication redoutable des sequelles de brûlures

PubMed Central

Ouahbi, S.; Droussi, H.; Boukind, S.; Dlimi, M.; Elatiqi, O.K.; Elamrani, M.D.; Benchamkha, Y.; Ettalbi, S.

2013-01-01

Summary L’ulcère de Marjolin désigne la transformation maligne d’une cicatrice de brûlure ou de toute autre plaie ou ulcération chronique. Le type histologique prédominant reste le carcinome épidermoïde, et il est caractérisé par son agressivité locale, des métastases plus fréquentes, un risque de récurrence et une mortalité plus importante que les carcinomes épidermoïdes classiques. Notre travail est une étude rétrospective portant sur 21 cas d’ulcère de Marjolin, colligés au service de chirurgie plastique du CHU Mohammed VI de Marrakech, avec pour but de relever les aspects épidémiologiques, thérapeutiques et évolutifs de cette pathologie. L’amélioration du pronostic nécessite non seulement un diagnostic et un traitement précoce, mais surtout une attitude préventive qui consiste en des greffes cutanées précoces et des soins réguliers de toute cicatrice de brûlure. PMID:24799850

A newly discovered Bordetella species carries a transcriptionally active CRISPR-Cas with a small Cas9 endonuclease.

PubMed

Ivanov, Yury V; Shariat, Nikki; Register, Karen B; Linz, Bodo; Rivera, Israel; Hu, Kai; Dudley, Edward G; Harvill, Eric T

2015-10-26

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated genes (cas) are widely distributed among bacteria. These systems provide adaptive immunity against mobile genetic elements specified by the spacer sequences stored within the CRISPR. The CRISPR-Cas system has been identified using Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) against other sequenced and annotated genomes and confirmed via CRISPRfinder program. Using Polymerase Chain Reactions (PCR) and Sanger DNA sequencing, we discovered CRISPRs in additional bacterial isolates of the same species of Bordetella. Transcriptional activity and processing of the CRISPR have been assessed via RT-PCR. Here we describe a novel Type II-C CRISPR and its associated genes-cas1, cas2, and cas9-in several isolates of a newly discovered Bordetella species. The CRISPR-cas locus, which is absent in all other Bordetella species, has a significantly lower GC-content than the genome-wide average, suggesting acquisition of this locus via horizontal gene transfer from a currently unknown source. The CRISPR array is transcribed and processed into mature CRISPR RNAs (crRNA), some of which have homology to prophages found in closely related species B. hinzii. Expression of the CRISPR-Cas system and processing of crRNAs with perfect homology to prophages present in closely related species, but absent in that containing this CRISPR-Cas system, suggest it provides protection against phage predation. The 3,117-bp cas9 endonuclease gene from this novel CRISPR-Cas system is 990 bp smaller than that of Streptococcus pyogenes, the 4,017-bp allele currently used for genome editing, and which may make it a useful tool in various CRISPR-Cas technologies.

La différence épidémiologique des hémorragies digestives hautes entre les hommes et les femmes

PubMed Central

El Mekkaoui, Amine; Saâda, Kaoutar; Mellouki, Ihssane; El Yousfi, Mounia; Aqodad, Nourdin; El Abkari, Mohammed; Ibrahimi, Adil; Benajah, Dafr-Allah

2012-01-01

Introduction Des différences épidémiologiques, étiologique voire pronostique des hémorragies digestives hautes (HDH) entre les deux sexes opposés ont été cité par différentes études. Méthodes Nous avons essayé de déceler ces différences à travers une analyse rétrospective nichée sur une étude prospective sur les hémorragies digestives hautes ayant inclus 945 patients. Résultats Six cents trente-sept patients étaient des hommes (67,4% Vs 32,6%). Un antécédent d'HDH était trouvé chez 24,2% des cas sans différence significative entre les deux sexes. L'âge de survenue de l'hémorragie était plus élevé chez les femmes que chez les hommes : 51,5 ans ± 18,8 Vs 47,8 ans ± 18,3 (p : 0,003). Les étiologies de l'HDH étaient différentes entre les deux sexes. Alors que l'hémorragie liée à l'HTP était la première cause chez la femme (38 % Vs 23,5 % chez l'homme, p<0,0001), c'est la pathologie ulcéreuse qui venait en premier chez l'homme (62 % Vs 36,7 % chez la femme, p<0,0001). Un besoin transfusionnel était noté chez 42,4 % des patients de sexe masculin contre 35,4 % des patientes avec un p = 0,03. Le taux de récidive et de décès global étaient de 7,5 % et de 5,7 % des cas respectivement, sans différence significative entre les deux sexes. Conclusion L'étude trouve un profil épidémiologique, clinique et étiologique différent selon le sexe des patients. PMID:23077715

All-in-One CRISPR-Cas9/FokI-dCas9 Vector-Mediated Multiplex Genome Engineering in Cultured Cells.

PubMed

Sakuma, Tetsushi; Sakamoto, Takuya; Yamamoto, Takashi

2017-01-01

CRISPR-Cas9 enables highly convenient multiplex genome engineering in cultured cells, because it utilizes generic Cas9 nuclease and an easily customizable single-guide RNA (sgRNA) for site-specific DNA double-strand break induction. We previously established a multiplex CRISPR-Cas9 assembly system for constructing an all-in-one vector simultaneously expressing multiple sgRNAs and Cas9 nuclease or other Cas9 variants including FokI-dCas9, which supersedes the wild-type Cas9 with regard to high specificity. In this chapter, we describe a streamlined protocol to design and construct multiplex CRISPR-Cas9 or FokI-dCas9 vectors, to introduce them into cultured cells by lipofection or electroporation, to enrich the genomically edited cells with a transient puromycin selection, to validate the mutation efficiency by Surveyor nuclease assay, and to perform off-target analyses. We show that our protocol enables highly efficient multiplex genome engineering even in hard-to-transfect HepG2 cells.

Crystal Structure of the Minimal Cas9 from Campylobacter jejuni Reveals the Molecular Diversity in the CRISPR-Cas9 Systems.

PubMed

Yamada, Mari; Watanabe, Yuto; Gootenberg, Jonathan S; Hirano, Hisato; Ran, F Ann; Nakane, Takanori; Ishitani, Ryuichiro; Zhang, Feng; Nishimasu, Hiroshi; Nureki, Osamu

2017-03-16

The RNA-guided endonuclease Cas9 generates a double-strand break at DNA target sites complementary to the guide RNA and has been harnessed for the development of a variety of new technologies, such as genome editing. Here, we report the crystal structures of Campylobacter jejuni Cas9 (CjCas9), one of the smallest Cas9 orthologs, in complex with an sgRNA and its target DNA. The structures provided insights into a minimal Cas9 scaffold and revealed the remarkable mechanistic diversity of the CRISPR-Cas9 systems. The CjCas9 guide RNA contains a triple-helix structure, which is distinct from known RNA triple helices, thereby expanding the natural repertoire of RNA triple helices. Furthermore, unlike the other Cas9 orthologs, CjCas9 contacts the nucleotide sequences in both the target and non-target DNA strands and recognizes the 5'-NNNVRYM-3' as the protospacer-adjacent motif. Collectively, these findings improve our mechanistic understanding of the CRISPR-Cas9 systems and may facilitate Cas9 engineering. Copyright © 2017 Elsevier Inc. All rights reserved.

Profil bactériologique du pied diabétique et son impact sur le choix des antibiotiques

PubMed Central

Zemmouri, Adil; Tarchouli, Mohamed; Benbouha, Abdellatif; Lamkinsi, Tarik; Bensghir, Mustapha; Elouennass, Mostafa; Haimeur, Cherqui

2015-01-01

Introduction Analyse du profil bactériologique des pieds diabétiques pris en charge à l'hôpital militaire de Rabat et son influence sur l'antibiothérapie de première intention. Méthodes Etude prospective non randomisée étalée sur 18 mois, ayant concerné 105 patients. Après recueil des données et en attente des résultats bactériologiques nos patients ont été divisés en deux groupes: un groupe a été mis sous Amoxicilline + Acide clavulanique + Gentamycine (59 patients) et un groupe sous Ertapénème±Gentamycine (46 patients). Résultats L’étude a regroupé 85 hommes et 20 femmes (sexe ratio = 4.26). L’âge moyen est de 64.4 ans. La gangrène a été observée chez 79% des malades; elle était humide-donc surinfectée en principe- dans 43% des cas. Par ailleurs, 67% des malades ont un chiffre de globules blancs 12000 définissant une infection sévère. L'ostéolyse a été mise en évidence chez 27% de nos patients. Parmi les différentes techniques de prélèvements: 81% ont été profonds dont 21% de biopsie osseuse per opératoire et 14% de prélèvements combinés. 42% de ces prélèvements sont poly microbiens et 21% sont stériles. Les résultats bactériologiques viennent confirmer la prédominance des bactéries aérobies à Gram positif. Le taux de remplacement de l'Ertapénème est de 22% contre un taux de 50% pour l'Amoxiclav. Conclusion L'antibiothérapie ne doit être instaurée qu'en cas d'infection du pied diabétique diagnostiquée sur les critères cliniques établis par les consensus internationaux récents. Le respect des mesures de lutte contre la diffusion de la résistance bactérienne s'avère primordiale. PMID:27386024

A Broad-Spectrum Inhibitor of CRISPR-Cas9.

PubMed

Harrington, Lucas B; Doxzen, Kevin W; Ma, Enbo; Liu, Jun-Jie; Knott, Gavin J; Edraki, Alireza; Garcia, Bianca; Amrani, Nadia; Chen, Janice S; Cofsky, Joshua C; Kranzusch, Philip J; Sontheimer, Erik J; Davidson, Alan R; Maxwell, Karen L; Doudna, Jennifer A

2017-09-07

CRISPR-Cas9 proteins function within bacterial immune systems to target and destroy invasive DNA and have been harnessed as a robust technology for genome editing. Small bacteriophage-encoded anti-CRISPR proteins (Acrs) can inactivate Cas9, providing an efficient off switch for Cas9-based applications. Here, we show that two Acrs, AcrIIC1 and AcrIIC3, inhibit Cas9 by distinct strategies. AcrIIC1 is a broad-spectrum Cas9 inhibitor that prevents DNA cutting by multiple divergent Cas9 orthologs through direct binding to the conserved HNH catalytic domain of Cas9. A crystal structure of an AcrIIC1-Cas9 HNH domain complex shows how AcrIIC1 traps Cas9 in a DNA-bound but catalytically inactive state. By contrast, AcrIIC3 blocks activity of a single Cas9 ortholog and induces Cas9 dimerization while preventing binding to the target DNA. These two orthogonal mechanisms allow for separate control of Cas9 target binding and cleavage and suggest applications to allow DNA binding while preventing DNA cutting by Cas9. Copyright © 2017 Elsevier Inc. All rights reserved.

Annotation and Classification of CRISPR-Cas Systems

PubMed Central

Makarova, Kira S.; Koonin, Eugene V.

2018-01-01

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas (CRISPR-associated proteins) is a prokaryotic adaptive immune system that is represented in most archaea and many bacteria. Among the currently known prokaryotic defense systems, the CRISPR-Cas genomic loci show unprecedented complexity and diversity. Classification of CRISPR-Cas variants that would capture their evolutionary relationships to the maximum possible extent is essential for comparative genomic and functional characterization of this theoretically and practically important system of adaptive immunity. To this end, a multipronged approach has been developed that combines phylogenetic analysis of the conserved Cas proteins with comparison of gene repertoires and arrangements in CRISPR-Cas loci. This approach led to the current classification of CRISPR-Cas systems into three distinct types and ten subtypes for each of which signature genes have been identified. Comparative genomic analysis of the CRISPR-Cas systems in new archaeal and bacterial genomes performed over the 3 years elapsed since the development of this classification makes it clear that new types and subtypes of CRISPR-Cas need to be introduced. Moreover, this classification system captures only part of the complexity of CRISPR-Cas organization and evolution, due to the intrinsic modularity and evolutionary mobility of these immunity systems, resulting in numerous recombinant variants. Moreover, most of the cas genes evolve rapidly, complicating the family assignment for many Cas proteins and the use of family profiles for the recognition of CRISPR-Cas subtype signatures. Further progress in the comparative analysis of CRISPR-Cas systems requires integration of the most sensitive sequence comparison tools, protein structure comparison, and refined approaches for comparison of gene neighborhoods. PMID:25981466

Annotation and Classification of CRISPR-Cas Systems.

PubMed

Makarova, Kira S; Koonin, Eugene V

2015-01-01

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas (CRISPR-associated proteins) is a prokaryotic adaptive immune system that is represented in most archaea and many bacteria. Among the currently known prokaryotic defense systems, the CRISPR-Cas genomic loci show unprecedented complexity and diversity. Classification of CRISPR-Cas variants that would capture their evolutionary relationships to the maximum possible extent is essential for comparative genomic and functional characterization of this theoretically and practically important system of adaptive immunity. To this end, a multipronged approach has been developed that combines phylogenetic analysis of the conserved Cas proteins with comparison of gene repertoires and arrangements in CRISPR-Cas loci. This approach led to the current classification of CRISPR-Cas systems into three distinct types and ten subtypes for each of which signature genes have been identified. Comparative genomic analysis of the CRISPR-Cas systems in new archaeal and bacterial genomes performed over the 3 years elapsed since the development of this classification makes it clear that new types and subtypes of CRISPR-Cas need to be introduced. Moreover, this classification system captures only part of the complexity of CRISPR-Cas organization and evolution, due to the intrinsic modularity and evolutionary mobility of these immunity systems, resulting in numerous recombinant variants. Moreover, most of the cas genes evolve rapidly, complicating the family assignment for many Cas proteins and the use of family profiles for the recognition of CRISPR-Cas subtype signatures. Further progress in the comparative analysis of CRISPR-Cas systems requires integration of the most sensitive sequence comparison tools, protein structure comparison, and refined approaches for comparison of gene neighborhoods.

Lupus systémique et atteinte rénale: apport des anticorps anti-SSA

PubMed Central

Baline, Kenza; Zaher, Karim; Fellah, Hassan; Benchikhi, Hakima

2015-01-01

Le but de notre travail est de déterminer le profil des auto-anticorps chez 30 patients ayant un lupus systémique avec ou sans atteinte rénale afin d’établir une corrélation clinico-immunologique entre la néphropathie lupique et ces auto-anticorps. Il s'agit d'une étude transversale de 30 patients atteints de lupus érythémateux systémique diagnostiqués au service de dermatologie durant la période de Décembre 2010 à Décembre 2012 et réalisée conjointement avec le laboratoire d'immunologie. Les anticorps anti-ADN étaient retrouvés chez 17 patients (56.7%) suivis des anti-SSA dans 12 cas (40%). Cinq patients (62.5%) ayant une atteinte rénale avaient des anticorps anti DNA négatifs. Parmi ces patients avec atteinte rénale, 37.5% avaient des anticorps anti SSA sans anticorps anti DNA. La moitié des patients ayant une atteinte rénale (50%) avaient des anticorps anti SSA positifs. Notre série montre l'importance des anticorps anti-SSA surtout chez des patients avec des anticorps anti-DNA négatifs non seulement pour le diagnostic du lupus systémique mais aussi pour déceler certaines manifestations systémiques comme l'atteinte rénale. PMID:26029328

Naturally occurring off-switches for CRISPR-Cas9

PubMed Central

Pawluk, April; Amrani, Nadia; Zhang, Yan; Garcia, Bianca; Hidalgo-Reyes, Yurima; Lee, Jooyoung; Edraki, Alireza; Shah, Megha; Sontheimer, Erik J.; Maxwell, Karen L.; Davidson, Alan R.

2017-01-01

Summary CRISPR-Cas9 technology would be enhanced by the ability to inhibit Cas9 function spatially, temporally, or conditionally. Previously, we discovered small proteins encoded by bacteriophages that inhibit the CRISPR-Cas systems of their host bacteria. These “anti-CRISPRs” were specific to type I CRISPR-Cas systems that do not employ the Cas9 protein. We posited that nature would also yield Cas9 inhibitors in response to the evolutionary arms race between bacteriophages and their hosts. Here, we report the discovery of three distinct families of anti-CRISPRs that specifically inhibit the CRISPR-Cas9 system of Neisseria meningitidis. We show that these proteins bind directly to N. meningitidis Cas9 (NmeCas9), and can be used as potent inhibitors of genome editing by this system in human cells. These anti-CRISPR proteins now enable “off-switches” for CRISPR-Cas9 activity, and provide a genetically-encodable means to inhibit CRISPR-Cas9 genome editing in eukaryotes. PMID:27984730

Coagulopathie aigue précoce des traumatismes crâniens graves: mortalité et facteurs pronostiques

PubMed Central

Hachimi, Abdelhamid; Elkhayari, Mina; Chaibi, Ibtissam; Razine, Rachid; Ziadi, Amra; Samkaoui, Mohamed Abdenasser

2014-01-01

Introduction Le but de ce travail était d'étudier la mortalité et les facteurs pronostiques de la Coagulopathie Traumatique (CoT) aigue précoce. Méthodes Il s'agissait d'une étude prospective sur 21 mois, incluant tous les traumatisés crâniens graves > 16 ans. Les données clinico-démographiques, biologiques et radiologiques ont été collectées à l'admission. La CoT a été définie par une thrombopénie < 120 000 /mm3 t/ou un Taux de Prothrombine (TP) < 70% et/ou un International Normalized Ratio (INR) > 1,3 et/ou un Temps de Céphaline Activé (TCA) > 40 sec. Résultats Nous avons colligé 69 patients ayant une CoT avec une médiane d'âge à 29 ans avec un intervalle interquartile à (23-41), et une prédominance masculine dans 87% des cas (60 patients). L'ISS médian à 56 avec un intervalle interquartile à (42-75). La mortalité était de 52,2% des cas (36 patients) suite à une souffrance cérébrale dans 74,3% des cas (26 patients). La durée médiane de séjour était de 10 jours avec un intervalle interquartile à (5-19). Les facteurs associés à la mortalité en analyse univariée étaient: le passager de véhicule, le délai de prise en charge, l'hématome sous dural aigu, l'AIS tête et l'ISS à l'admission; alors qu'en analyse multivariée c'étaient le délai de prise en charge (OR: 1,01; IC à 95%: 1,001-1,02) et l'ISS à l'admission (OR: 1,1; IC à 95%: 1,04-1,15) étaient des facteurs pronostiques indépendants. Conclusion L'amélioration du pronostic de ces patients repose essentiellement sur un développement de la médecine pré-hospitalière. PMID:25018842

Modélisation macroscopique des milieux stratifiés conducteurs

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Matagne, E.; Conard, J. Ph.

1997-11-01

Many laminated structures are recognised in Electrotechnics : magnetic cores, flat conductors windings, slotted surfaces... These structures exhibit macroscopic properties, as magnetic than electric ones. This paper shows how these characteristics can be obtained by homogenisation. It deals with linear materials but taking into account the effect of eddy currents, as well on the macroscopic magnetic permeability as on the macroscopic electric conductivity, which become then complex numbers. An example of use of the macroscopic properties is provided. On peut identifier en électrotechnique de nombreuses structures stratifiées: noyaux magnétiques, bobinages formés de conducteurs plats, surfaces encochées... Ces structures présentent des propriétés macroscopiques tant magnétiques qu'électriques. Cet article montre comment ces caractéristiques peuvent être obtenues par homogénéisation. Il se limite au cas de matériaux linéaires mais en prenant en compte l'effet des courants de Foucault aussi bien sur la perméabilité magnétique macroscopique que sur la conductivité électrique macroscopique, grandeurs qui deviennent alors des nombres complexes. Un exemple d'utilisation des caractéristiques macroscopiques est fourni.

CRISPR-Cas: Adapting to change.

PubMed

Jackson, Simon A; McKenzie, Rebecca E; Fagerlund, Robert D; Kieper, Sebastian N; Fineran, Peter C; Brouns, Stan J J

2017-04-07

Bacteria and archaea are engaged in a constant arms race to defend against the ever-present threats of viruses and invasion by mobile genetic elements. The most flexible weapons in the prokaryotic defense arsenal are the CRISPR-Cas adaptive immune systems. These systems are capable of selective identification and neutralization of foreign DNA and/or RNA. CRISPR-Cas systems rely on stored genetic memories to facilitate target recognition. Thus, to keep pace with a changing pool of hostile invaders, the CRISPR memory banks must be regularly updated with new information through a process termed CRISPR adaptation. In this Review, we outline the recent advances in our understanding of the molecular mechanisms governing CRISPR adaptation. Specifically, the conserved protein machinery Cas1-Cas2 is the cornerstone of adaptive immunity in a range of diverse CRISPR-Cas systems. Copyright © 2017, American Association for the Advancement of Science.

Qualité des certificats de coups et blessures volontaires sur adultes à Dakar et Diourbel, Sénégal

PubMed Central

Soumah, Mohamed Maniboliot; Ngwa, Hugues Elie Elame; Ndiaye, Mor; Sow, Mamadou Lamine

2011-01-01

Introduction Le certificat médical est une attestation écrite, destinée à constater un fait d'ordre médical. L'intérêt de cette étude résultait de la fréquence du contentieux entre représentants de la loi et médecins à propos des certificats médicaux descriptifs de coups et blessures volontaires. Les objectifs étaient d’étudier les critères d’établissement des certificats médicaux dans les cas de coups et blessures volontaires, d’évaluer la qualité des certificats médicaux dans les procédures judiciaires dans les régions de Dakar et de Diourbel, d'apprécier l’évaluation de l'Incapacité Totale de Travail fixée par les médecins et leurs implications judiciaires. Méthodes Nous avons étudié 201 certificats descriptifs de constatation de coups et blessures volontaires. L'incapacité totale de travail (ITT) au sens pénal a été revue par un médecin légiste. Les données recueillies ont été saisies et analysées par logiciel Epi Data version 3.1 et Epi Info 6.04. Résultats Le nom et les prénoms du médecin étaient mentionnés sur les 201 certificats. Sur les 201 certificats étudiés, 170 mentionnaient les faits rapportés par la victime. En proposant de manière comparative pour chacune des ITT fixées par le médecin, une ITT pénale, nous trouvions des erreurs entre ITT pénale et ITT civile (dans 95% des cas). Conclusion Les certificats médicaux délivrés sont incomplets. Les recommandations concernent la création d'unités médico-judiciaires et de centres d'accueil des victimes d'agression. PMID:22384305

New CRISPR-Cas systems from uncultivated microbes

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Burstein, David; Harrington, Lucas B.; Strutt, Steven C.; Probst, Alexander J.; Anantharaman, Karthik; Thomas, Brian C.; Doudna, Jennifer A.; Banfield, Jillian F.

2017-02-01

CRISPR-Cas systems provide microbes with adaptive immunity by employing short DNA sequences, termed spacers, that guide Cas proteins to cleave foreign DNA. Class 2 CRISPR-Cas systems are streamlined versions, in which a single RNA-bound Cas protein recognizes and cleaves target sequences. The programmable nature of these minimal systems has enabled researchers to repurpose them into a versatile technology that is broadly revolutionizing biological and clinical research. However, current CRISPR-Cas technologies are based solely on systems from isolated bacteria, leaving the vast majority of enzymes from organisms that have not been cultured untapped. Metagenomics, the sequencing of DNA extracted directly from natural microbial communities, provides access to the genetic material of a huge array of uncultivated organisms. Here, using genome-resolved metagenomics, we identify a number of CRISPR-Cas systems, including the first reported Cas9 in the archaeal domain of life, to our knowledge. This divergent Cas9 protein was found in little-studied nanoarchaea as part of an active CRISPR-Cas system. In bacteria, we discovered two previously unknown systems, CRISPR-CasX and CRISPR-CasY, which are among the most compact systems yet discovered. Notably, all required functional components were identified by metagenomics, enabling validation of robust in vivo RNA-guided DNA interference activity in Escherichia coli. Interrogation of environmental microbial communities combined with in vivo experiments allows us to access an unprecedented diversity of genomes, the content of which will expand the repertoire of microbe-based biotechnologies.

Ostéogenèse imparfaite type III de découverte tardive: à propos d'un cas

PubMed Central

Rachidi, Wafae; Nassar, Kawtar; Janani, Saadia; Mkinsi, Ouafa

2015-01-01

Patient âgé de 52 ans, était admis dans notre établissement pour des polyarthralgies chroniques, plutôt mécaniques, touchant spécialement les articulations du membre inférieur. L'interrogatoire retrouvait l'antécédent de fractures répétées depuis l'enfance, pour des traumatismes minimes, suite à des chutes par glissement. Les signes cliniques et radiologiques, notamment, les fractures récurrentes, sclérotiques bleues, hyperlaxité ligamentaire, dentinogenèse imparfaite, syndrome dysmorphique, ostéoporose densitométrique importante, plaidaient tous en faveur d'une ostéogénèse imparfaite type III. Le patient a initié le traitement, par prise régulière du calcium (1g/jour), supplémentation en vitamine D, et il est programmé pour perfusion de Bisphosphonate (Pamidronate 60mg). Ce cas illustre une forme rare de découverte tardive d'ostéogénèse imparfaite type III. PMID:25995811

Naturally Occurring Off-Switches for CRISPR-Cas9.

PubMed

Pawluk, April; Amrani, Nadia; Zhang, Yan; Garcia, Bianca; Hidalgo-Reyes, Yurima; Lee, Jooyoung; Edraki, Alireza; Shah, Megha; Sontheimer, Erik J; Maxwell, Karen L; Davidson, Alan R

2016-12-15

CRISPR-Cas9 technology would be enhanced by the ability to inhibit Cas9 function spatially, temporally, or conditionally. Previously, we discovered small proteins encoded by bacteriophages that inhibit the CRISPR-Cas systems of their host bacteria. These "anti-CRISPRs" were specific to type I CRISPR-Cas systems that do not employ the Cas9 protein. We posited that nature would also yield Cas9 inhibitors in response to the evolutionary arms race between bacteriophages and their hosts. Here, we report the discovery of three distinct families of anti-CRISPRs that specifically inhibit the CRISPR-Cas9 system of Neisseria meningitidis. We show that these proteins bind directly to N. meningitidis Cas9 (NmeCas9) and can be used as potent inhibitors of genome editing by this system in human cells. These anti-CRISPR proteins now enable "off-switches" for CRISPR-Cas9 activity and provide a genetically encodable means to inhibit CRISPR-Cas9 genome editing in eukaryotes. VIDEO ABSTRACT. Copyright © 2016 Elsevier Inc. All rights reserved.

Lignes directrices sur l’aiguillage des cas soupçonnés de cancer du poumon par un médecin de famille ou autre professionnel des soins primaires

PubMed Central

Del Giudice, M. Elisabeth; Young, Sheila-Mae; Vella, Emily T.; Ash, Marla; Bansal, Praveen; Robinson, Andrew; Skrastins, Roland; Ung, Yee; Zeldin, Robert; Levitt, Cheryl

2014-01-01

Résumé Objectif Les présentes lignes directrices visent à aider les médecins de famille et autres généralistes à reconnaître les manifestations cliniques devant éveiller les soupçons quant à la présence d’un cancer du poumon chez les patients. Composition du comité Les membres du comité ont été choisis parmi les leaders régionaux en soins primaires du Réseau provincial des soins primaires et de la lutte contre le cancer d’Action Cancer Ontario et parmi les membres du Groupe sur le siège de la maladie, Cancer du poumon d’Action Cancer Ontario. Méthodes Les présentes lignes directrices sont le fruit d’une revue systématique des données probantes, d’une synthèse des données et d’un examen externe formel effectué par des intervenants canadiens qui ont validé la pertinence des recommandations. Rapport Ces lignes directrices fondées sur des données probantes ont été formulées pour améliorer la prise en charge en contexte canadien des patients qui présentent des manifestations cliniques du cancer du poumon. Conclusion Le dépistage et l’aiguillage précoces des patients atteints de cancer du poumon pourraient en fin de compte aider à réduire les morbidités et mortalités liées au cancer. Ces lignes directrices pourraient aussi s’avérer utiles dans la mise sur pied de programmes de diagnostic du cancer du poumon et pour aider les décideurs à veiller à ce que les ressources appropriées soient en place.

Correction partielle des Effets de la Turbulence atmosphérique en Interférométrie optique: Traitement des Données et Développement d'Optiques adaptatives pour l'Interféromètre GI2T

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Vérinaud, Christophe

2000-11-01

Dans le domaine de la haute résolution angulaire en astronomie, les techniques de l'interférométrie optique et de l'optique adaptative sont en plein essor. La principale limitation de l'interférométrie est laturbulence atmosphérique qui entraîne des pertes de cohérence importantes, préjudiciables à la sensibilité et à la précision des mesures. L'optique adaptative appliquée à l'interférométrie va permettre un gain en sensibilité considérable. Le but de cette thèse est l'étude de l'influence de l'optique adaptative sur les mesures interférométriques et son application au Grand Interféromètre à DeuxTélescopes (GI2T) situé sur le Mont Calern dans le sud de la France. Deux problèmes principaux sont étudiés de manière théorique par des développements analytiques et des simulations numériques: le premier est le contrôle en temps réel de la variation des différences de marche optique, encore appelée piston différentiel, induite par l'optique adaptative ; le deuxième problème important est la calibration des mesures de contraste des franges dans le cas de la correction partielle. Je limite mon étude au cas d'un interféromètre multi-modes en courtes poses, mode de fonctionnement principal du GI2T également prévu sur le Very Large Telescope Interferometer installé au Cerro Paranal au Chili. Je développe une méthode de calibration des pertes de cohérence spatio-temporelles connaissant la fonction de structure des fronts d'onde corrigés. Je montre en particulier qu'il est possible d'estimer fréquence par fréquence la densité spectrale des images en courtes poses, méthode très utile pour augmenter la couverture du plan des fréquences spatiales dans l'observation d'objets étendus. La dernière partie de ce mémoire est consacrée au développements instrumentaux auxquels j'ai participé. J'ai développé un banc de qualification du système d'optique adaptative à courbure destiné au GI2T et j'ai étudié l

RNA targeting with CRISPR-Cas13.

PubMed

Abudayyeh, Omar O; Gootenberg, Jonathan S; Essletzbichler, Patrick; Han, Shuo; Joung, Julia; Belanto, Joseph J; Verdine, Vanessa; Cox, David B T; Kellner, Max J; Regev, Aviv; Lander, Eric S; Voytas, Daniel F; Ting, Alice Y; Zhang, Feng

2017-10-12

RNA has important and diverse roles in biology, but molecular tools to manipulate and measure it are limited. For example, RNA interference can efficiently knockdown RNAs, but it is prone to off-target effects, and visualizing RNAs typically relies on the introduction of exogenous tags. Here we demonstrate that the class 2 type VI RNA-guided RNA-targeting CRISPR-Cas effector Cas13a (previously known as C2c2) can be engineered for mammalian cell RNA knockdown and binding. After initial screening of 15 orthologues, we identified Cas13a from Leptotrichia wadei (LwaCas13a) as the most effective in an interference assay in Escherichia coli. LwaCas13a can be heterologously expressed in mammalian and plant cells for targeted knockdown of either reporter or endogenous transcripts with comparable levels of knockdown as RNA interference and improved specificity. Catalytically inactive LwaCas13a maintains targeted RNA binding activity, which we leveraged for programmable tracking of transcripts in live cells. Our results establish CRISPR-Cas13a as a flexible platform for studying RNA in mammalian cells and therapeutic development.

New CRISPR–Cas systems from uncultivated microbes

DOE PAGES

Burstein, David; Harrington, Lucas B.; Strutt, Steven C.; ...

2016-12-22

We present that CRISPR-Cas systems provide microbes with adaptive immunity by employing short DNA sequences, termed spacers, that guide Cas proteins to cleave foreign DNA. Class 2 CRISPR-Cas systems are streamlined versions, in which a single RNA-bound Cas protein recognizes and cleaves target sequences. The programmable nature of these minimal systems has enabled researchers to repurpose them into a versatile technology that is broadly revolutionizing biological and clinical research. However, current CRISPR-Cas technologies are based solely on systems from isolated bacteria, leaving the vast majority of enzymes from organisms that have not been cultured untapped. Metagenomics, the sequencing of DNAmore » extracted directly from natural microbial communities, provides access to the genetic material of a huge array of uncultivated organisms. Here, using genome-resolved metagenomics, we identify a number of CRISPR-Cas systems, including the first reported Cas9 in the archaeal domain of life, to our knowledge. This divergent Cas9 protein was found in little-studied nanoarchaea as part of an active CRISPR-Cas system. In bacteria, we discovered two previously unknown systems, CRISPR-CasX and CRISPR-CasY, which are among the most compact systems yet discovered. Notably, all required functional components were identified by metagenomics, enabling validation of robust in vivo RNA-guided DNA interference activity in Escherichia coli. Lastly, interrogation of environmental microbial communities combined with in vivo experiments allows us to access an unprecedented diversity of genomes, the content of which will expand the repertoire of microbe-based biotechnologies.« less

New CRISPR–Cas systems from uncultivated microbes

DOE Office of Scientific and Technical Information (OSTI.GOV)

Burstein, David; Harrington, Lucas B.; Strutt, Steven C.

We present that CRISPR-Cas systems provide microbes with adaptive immunity by employing short DNA sequences, termed spacers, that guide Cas proteins to cleave foreign DNA. Class 2 CRISPR-Cas systems are streamlined versions, in which a single RNA-bound Cas protein recognizes and cleaves target sequences. The programmable nature of these minimal systems has enabled researchers to repurpose them into a versatile technology that is broadly revolutionizing biological and clinical research. However, current CRISPR-Cas technologies are based solely on systems from isolated bacteria, leaving the vast majority of enzymes from organisms that have not been cultured untapped. Metagenomics, the sequencing of DNAmore » extracted directly from natural microbial communities, provides access to the genetic material of a huge array of uncultivated organisms. Here, using genome-resolved metagenomics, we identify a number of CRISPR-Cas systems, including the first reported Cas9 in the archaeal domain of life, to our knowledge. This divergent Cas9 protein was found in little-studied nanoarchaea as part of an active CRISPR-Cas system. In bacteria, we discovered two previously unknown systems, CRISPR-CasX and CRISPR-CasY, which are among the most compact systems yet discovered. Notably, all required functional components were identified by metagenomics, enabling validation of robust in vivo RNA-guided DNA interference activity in Escherichia coli. Lastly, interrogation of environmental microbial communities combined with in vivo experiments allows us to access an unprecedented diversity of genomes, the content of which will expand the repertoire of microbe-based biotechnologies.« less

Comparison of Various Nuclear Localization Signal-Fused Cas9 Proteins and Cas9 mRNA for Genome Editing in Zebrafish.

PubMed

Hu, Peinan; Zhao, Xueying; Zhang, Qinghua; Li, Weiming; Zu, Yao

2018-03-02

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 system has been proven to be an efficient and precise genome editing technology in various organisms. However, the gene editing efficiencies of Cas9 proteins with a nuclear localization signal (NLS) fused to different termini and Cas9 mRNA have not been systematically compared. Here, we compared the ability of Cas9 proteins with NLS fused to the N-, C-, or both the N- and C-termini and N-NLS-Cas9-NLS-C mRNA to target two sites in the tyr gene and two sites in the gol gene related to pigmentation in zebrafish. Phenotypic analysis revealed that all types of Cas9 led to hypopigmentation in similar proportions of injected embryos. Genome analysis by T7 Endonuclease I (T7E1) assays demonstrated that all types of Cas9 similarly induced mutagenesis in four target sites. Sequencing results further confirmed that a high frequency of indels occurred in the target sites ( tyr1 > 66%, tyr2 > 73%, gol1 > 50%, and gol2 > 35%), as well as various types (more than six) of indel mutations observed in all four types of Cas9-injected embryos. Furthermore, all types of Cas9 showed efficient targeted mutagenesis on multiplex genome editing, resulting in multiple phenotypes simultaneously. Collectively, we conclude that various NLS-fused Cas9 proteins and Cas9 mRNAs have similar genome editing efficiencies on targeting single or multiple genes, suggesting that the efficiency of CRISPR/Cas9 genome editing is highly dependent on guide RNAs (gRNAs) and gene loci. These findings may help to simplify the selection of Cas9 for gene editing using the CRISPR/Cas9 system. Copyright © 2018 Hu et al.

Comparison of Various Nuclear Localization Signal-Fused Cas9 Proteins and Cas9 mRNA for Genome Editing in Zebrafish

PubMed Central

Hu, Peinan; Zhao, Xueying; Zhang, Qinghua; Li, Weiming; Zu, Yao

2018-01-01

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 system has been proven to be an efficient and precise genome editing technology in various organisms. However, the gene editing efficiencies of Cas9 proteins with a nuclear localization signal (NLS) fused to different termini and Cas9 mRNA have not been systematically compared. Here, we compared the ability of Cas9 proteins with NLS fused to the N-, C-, or both the N- and C-termini and N-NLS-Cas9-NLS-C mRNA to target two sites in the tyr gene and two sites in the gol gene related to pigmentation in zebrafish. Phenotypic analysis revealed that all types of Cas9 led to hypopigmentation in similar proportions of injected embryos. Genome analysis by T7 Endonuclease I (T7E1) assays demonstrated that all types of Cas9 similarly induced mutagenesis in four target sites. Sequencing results further confirmed that a high frequency of indels occurred in the target sites (tyr1 > 66%, tyr2 > 73%, gol1 > 50%, and gol2 > 35%), as well as various types (more than six) of indel mutations observed in all four types of Cas9-injected embryos. Furthermore, all types of Cas9 showed efficient targeted mutagenesis on multiplex genome editing, resulting in multiple phenotypes simultaneously. Collectively, we conclude that various NLS-fused Cas9 proteins and Cas9 mRNAs have similar genome editing efficiencies on targeting single or multiple genes, suggesting that the efficiency of CRISPR/Cas9 genome editing is highly dependent on guide RNAs (gRNAs) and gene loci. These findings may help to simplify the selection of Cas9 for gene editing using the CRISPR/Cas9 system. PMID:29295818

Approche à l’endroit des blessures traumatiques à la main en soins primaires

PubMed Central

Cheung, Kevin; Hatchell, Alexandra; Thoma, Achilleas

2013-01-01

Résumé Objectif Passer en revue la prise en charge initiale des blessures traumatiques communes à la main que voient les médecins de soins primaires. Sources des données Nous avons examiné les données cliniques probantes et les ouvrages spécialisés récents cernés par des recherches dans la base de données électronique MEDLINE. Nous avons utilisé l’opinion d’experts pour compléter les recommandations dans les domaines où les données scientifiques étaient rares. Message principal Les médecins de soins primaires sont couramment appelés à prendre en charge des patients victimes de blessures traumatiques à la main. Dans le contexte d’un cas clinique, nous examinons l’évaluation, le diagnostic et la prise en charge initiale des traumatismes communs à la main. La présentation et la prise en charge des blessures au lit de l’ongle, des amputations de l’extrémité du doigt, des doigts en maillet, des fractures à la main, des lacérations de tendons, des morsures et de la ténosynovite infectieuse seront aussi discutées. Les principes de la prise en charge des blessures traumatiques à la main comportent la réduction et l’immobilisation des fractures, la prescription d’imagerie radiographique post-réduction, l’obtention d’un recouvrement par les tissus mous, la prévention et le traitement des infections et l’assurance d’une prophylaxie antitétanique. Conclusion Il est essentiel d’assurer une évaluation et une prise en charge appropriées des blessures traumatiques à la main pour prévenir une morbidité considérable à long terme dans une population autrement en santé. La reconnaissance sans délai des blessures qui nécessitent une demande de consultation urgente ou rapide auprès d’un chirurgien spécialiste de la main est également critique.

Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9

PubMed Central

Hirano, Hisato; Gootenberg, Jonathan S.; Horii, Takuro; Abudayyeh, Omar O.; Kimura, Mika; Hsu, Patrick D.; Nakane, Takanori; Ishitani, Ryuichiro; Hatada, Izuho; Zhang, Feng; Nishimasu, Hiroshi; Nureki, Osamu

2016-01-01

Summary The RNA-guided endonuclease Cas9 cleaves double-stranded DNA targets complementary to the guide RNA, and has been applied to programmable genome editing. Cas9-mediated cleavage requires a protospacer adjacent motif (PAM) juxtaposed with the DNA target sequence, thus constricting the range of targetable sites. Here, we report the 1.7 Å resolution crystal structures of Cas9 from Francisella novicida (FnCas9), one of the largest Cas9 orthologs, in complex with a guide RNA and its PAM-containing DNA targets. A structural comparison of FnCas9 with other Cas9 orthologs revealed striking conserved and divergent features among distantly related CRISPR-Cas9 systems. We found that FnCas9 recognizes the 5′-NGG-3′ PAM, and used the structural information to create a variant that can recognize the more relaxed 5′-YG-3′ PAM. Furthermore, we demonstrated that pre-assembled FnCas9 ribonucleoprotein complexes can be microinjected into mouse zygotes to edit endogenous sites with the 5′-YG-3′ PAMs, thus expanding the target space of the CRISPR-Cas9 toolbox. PMID:26875867

Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9.

PubMed

Hirano, Hisato; Gootenberg, Jonathan S; Horii, Takuro; Abudayyeh, Omar O; Kimura, Mika; Hsu, Patrick D; Nakane, Takanori; Ishitani, Ryuichiro; Hatada, Izuho; Zhang, Feng; Nishimasu, Hiroshi; Nureki, Osamu

2016-02-25

The RNA-guided endonuclease Cas9 cleaves double-stranded DNA targets complementary to the guide RNA and has been applied to programmable genome editing. Cas9-mediated cleavage requires a protospacer adjacent motif (PAM) juxtaposed with the DNA target sequence, thus constricting the range of targetable sites. Here, we report the 1.7 Å resolution crystal structures of Cas9 from Francisella novicida (FnCas9), one of the largest Cas9 orthologs, in complex with a guide RNA and its PAM-containing DNA targets. A structural comparison of FnCas9 with other Cas9 orthologs revealed striking conserved and divergent features among distantly related CRISPR-Cas9 systems. We found that FnCas9 recognizes the 5'-NGG-3' PAM, and used the structural information to create a variant that can recognize the more relaxed 5'-YG-3' PAM. Furthermore, we demonstrated that the FnCas9-ribonucleoprotein complex can be microinjected into mouse zygotes to edit endogenous sites with the 5'-YG-3' PAM, thus expanding the target space of the CRISPR-Cas9 toolbox. Copyright © 2016 Elsevier Inc. All rights reserved.

Apport de l'orientation clinique dans le diagnostic des hypertensions arterielles endocriniennes

PubMed Central

El Aziz, Siham; Chadli, Asma; Louda, Fatima; El Ghomari, Hassan; Farouqi, Ahmed

2014-01-01

L'hypertension artérielle d'origine endocrinienne représente une cause curable d'hypertension artérielle (HTA), ce qui en justifie le dépistage. Une orientation clinique est souhaitable afin de prescrire les bilans adéquats, notamment dans les pays en voie de développement. L'objectif de notre étude est décrire les aspects cliniques des patients ayant une HTA endocrinienne diagnostiquée au CHU de Casablanca. Méthodes: Il s'agit d'une étude descriptive rétrospective de 2004 à 2011, incluant tout patient ayant une HTA endocrinienne (en dehors des dysthyroïdies) admis en Endocrinologie. Les données concernant les facteurs cliniques, paracliniques et thérapeutiques ont été colligées. Au cours de la période étudiée, 53 cas d'HTA endocrinienne ont été admis, avec une age moyen au diagnostic de 39,3 ans et un sex-ratio F/H de 3,9. Trente patients (56.6%) ont un age ont un âge inférieur à 40 ans. On ne retrouve pas d'hérédité tensionelle chez 88.7% des patients. Les étiologies sont le Syndrome de cushing (41.5%), le phéochromocytome (32%), les adénomes somatotropes (15%) et les hyperaldostéronismes primaire (7.5%). L'HTA est essentiellement de grade un ou deux (69.8%), avec un retentissement cardio-vasculaire chez 11 patients (20.7%). Les patients ayant un SC avaient tous des signes cutanés spécifiques. Il s'agissait de sujets jeunes avec plusieurs facteurs de risque cardiovasculaire. Nous avons retrouvé un amaigrissement chez 37.5% des patients ayant un phéochromocytome avec un indice de masse corporel moyen de 20 kg/m2. L'HTA était permanente dans 5 cas de phéochromocytomes. Il n'existait pas d'hypokaliémie chez 50% des patients ayant un hyperaldostéronisme. Les signes cliniques des patients ayant une acromégalie étaient francs, avec un age moyen plus élevé de 50 ans. Nous avons noté une régression de l'HTA chez 59% de ces patients après guérison de l'endocrinopathie en cause. Plusieurs signes cliniques peuvent nous

Not all predicted CRISPR-Cas systems are equal: isolated cas genes and classes of CRISPR like elements.

PubMed

Zhang, Quan; Ye, Yuzhen

2017-02-06

The CRISPR-Cas systems in prokaryotes are RNA-guided immune systems that target and deactivate foreign nucleic acids. A typical CRISPR-Cas system consists of a CRISPR array of repeat and spacer units, and a locus of cas genes. The CRISPR and the cas locus are often located next to each other in the genomes. However, there is no quantitative estimate of the co-location. In addition, ad-hoc studies have shown that some non-CRISPR genomic elements contain repeat-spacer-like structures and are mistaken as CRISPRs. Using available genome sequences, we observed that a significant number of genomes have isolated cas loci and/or CRISPRs. We found that 11%, 22% and 28% of the type I, II and III cas loci are isolated (without CRISPRs in the same genomes at all or with CRISPRs distant in the genomes), respectively. We identified a large number of genomic elements that superficially reassemble CRISPRs but don't contain diverse spacers and have no companion cas genes. We called these elements false-CRISPRs and further classified them into groups, including tandem repeats and Staphylococcus aureus repeat (STAR)-like elements. This is the first systematic study to collect and characterize false-CRISPR elements. We demonstrated that false-CRISPRs could be used to reduce the false annotation of CRISPRs, therefore showing them to be useful for improving the annotation of CRISPR-Cas systems.

Atrophie cérébrale diffuse au cours d'un syndrome de Goldenhar: à propos d'un cas

PubMed Central

Asani, Yogolelo; Mulenga, Cilundika; Ngombe, Léon Kabamba; Mbuyi-Musansayi; Muenze, Kalenga; Borasisi, Chenge; Speeg-Schatz

2014-01-01

Les auteurs rapportent un cas d'un syndrome de Goldenhar non décris dans la littérature chez un nourrisson de 3 mois, de sexe féminin présentant une atrophie cérébrale diffuse. Cette observation permet de décrire cette malformation rare et d'attirer l'attention de l'opinion scientifique à mettre en marche des études poussées afin de comprendre la survenue de cette pathologie. PMID:25767659

Profil épidémiologique des fibromes utérins dans la région de Sidi Bel Abbes, Algérie

PubMed Central

Chalal, Nourelhouda; Demmouche, Abbassia

2013-01-01

Introduction Les léiomyomes ou fibromyomes plus communément dénommés fibromes, sont les tumeurs les plus répandues du tractus génital féminin. Ils affectent 20 à 25% des femmes en activité génitale. Notre étude vise à élucider la réalité de ce type de pathologie dans la région de sidi bel Abbes, nord-ouest d'Algérie. Méthodes A travers une étude rétrospective allant du 1er janvier 2008 au 1 mai 2011 portant sur les patientes opérées pour fibrome au sein de la maternité de Sidi Bel Abbes, nous avons relevé les particularités épidémiologiques et cliniques de cette pathologie. Résultats Au total 323 cas de fibromes ont été recensés. La tranche d'âge la plus touchée varie de 40 à 44 ans dans une fourchette d'âge comprise entre 20 et 74 ans. 37.83% des patientes étaient nullipares. Une prédominance des patientes dont l'âge de la ménarche est précoce, a été retenue (60.3%). 3% des femmes ont présenté un terrain familial prédisposant. La symptomatologie était dominée par les hémorragies génitales (35%). La majorité des patientes (51.70%) présentaient un utérus polymyomateux dont la localisation des fibromes était principalement corporéale (96%), sous séreuse (43%). Le traitement était conservateur dans 71.82% des cas. Conclusion Sur la base des résultats obtenus, la mise au point d'un programme national de sensibilisation et de dépistage précoce, s'impose PMID:23847704

Inhibition of CRISPR-Cas9 with Bacteriophage Proteins.

PubMed

Rauch, Benjamin J; Silvis, Melanie R; Hultquist, Judd F; Waters, Christopher S; McGregor, Michael J; Krogan, Nevan J; Bondy-Denomy, Joseph

2017-01-12

Bacterial CRISPR-Cas systems utilize sequence-specific RNA-guided nucleases to defend against bacteriophage infection. As a countermeasure, numerous phages are known that produce proteins to block the function of class 1 CRISPR-Cas systems. However, currently no proteins are known to inhibit the widely used class 2 CRISPR-Cas9 system. To find these inhibitors, we searched cas9-containing bacterial genomes for the co-existence of a CRISPR spacer and its target, a potential indicator for CRISPR inhibition. This analysis led to the discovery of four unique type II-A CRISPR-Cas9 inhibitor proteins encoded by Listeria monocytogenes prophages. More than half of L. monocytogenes strains with cas9 contain at least one prophage-encoded inhibitor, suggesting widespread CRISPR-Cas9 inactivation. Two of these inhibitors also blocked the widely used Streptococcus pyogenes Cas9 when assayed in Escherichia coli and human cells. These natural Cas9-specific "anti-CRISPRs" present tools that can be used to regulate the genome engineering activities of CRISPR-Cas9. Copyright © 2017 Elsevier Inc. All rights reserved.

La fibrose rétropéritonéale: à propos de 12 cas

PubMed Central

Majdoub, Aziz El; Khallouk, Abdelhak; Farih, Moulay Hassan

2017-01-01

patients. A travers cette étude nous avons confirmé la rareté de la fibrose rétropéritonéale, la difficulté de son diagnostic, la fréquence de la douleur, du syndrome inflammatoire et de l'insuffisance rénale. La TDM abdominale sans injection du produit de contraste confirme le diagnostic. Le drainage urinaire est indispensable dans la plupart des cas et le suivi régulier des malades est nécessaire. PMID:29610632

Breaking-Cas-interactive design of guide RNAs for CRISPR-Cas experiments for ENSEMBL genomes.

PubMed

Oliveros, Juan C; Franch, Mònica; Tabas-Madrid, Daniel; San-León, David; Montoliu, Lluis; Cubas, Pilar; Pazos, Florencio

2016-07-08

The CRISPR/Cas technology is enabling targeted genome editing in multiple organisms with unprecedented accuracy and specificity by using RNA-guided nucleases. A critical point when planning a CRISPR/Cas experiment is the design of the guide RNA (gRNA), which directs the nuclease and associated machinery to the desired genomic location. This gRNA has to fulfil the requirements of the nuclease and lack homology with other genome sites that could lead to off-target effects. Here we introduce the Breaking-Cas system for the design of gRNAs for CRISPR/Cas experiments, including those based in the Cas9 nuclease as well as others recently introduced. The server has unique features not available in other tools, including the possibility of using all eukaryotic genomes available in ENSEMBL (currently around 700), placing variable PAM sequences at 5' or 3' and setting the guide RNA length and the scores per nucleotides. It can be freely accessed at: http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/breakingcas, and the code is available upon request. © The Author(s) 2016. Published by Oxford University Press on behalf of Nucleic Acids Research.

La carence en vitamine D chez l'adulte au Gabon: cas isolé ou problème méconnu?

PubMed Central

Ntyonga-Pono, Marie-Pierrette

2014-01-01

La carence en vitamine D chez l'adulte est un sujet d'actualité à cause de ses multiples effets et de son extension de par le monde. Cependant elle est peu explorée au Gabon et en Afrique centrale en général. Le but de cet article qui rapporte trois cas documentés de carence en vitamine D chez l'adulte au Gabon, est d'attirer l'attention sur l'existence de ce problème même en zone équatoriale ensoleillée. Vu les implications de cette carence dans diverses pathologies osseuses, cardio-vasculaires, métaboliques, infectieuses, auto-immunes, néoplasiques..., des recherches plus approfondies sont nécessaires pour cerner le problème et prendre des mesures appropriées. PMID:25815104

CAS-Induced Difficulties in Learning Mathematics?

ERIC Educational Resources Information Center

Jankvist, Uffe Thomas; Misfeldt, Morten

2015-01-01

In recent years computer algebra systems (CAS) have become an integrated part of the upper secondary school mathematics program. Despite the many positive possibilities of CAS, there also seems to be a flip side of the coin in relation to actual difficulties in learning mathematics, not least because a strong dependence on CAS for mathematical…

[CAS General Standards 2012

ERIC Educational Resources Information Center

Council for the Advancement of Standards in Higher Education, 2011

2011-01-01

The mission of the Council for the Advancement of Standards in Higher Education (CAS) is to promote the improvement of programs and services to enhance the quality of student learning and development. CAS is a consortium of professional associations who work collaboratively to develop and promulgate standards and guidelines and to encourage…

Facteurs de risque de l'inobservance thérapeutique chez les patients schizophrènes: étude cas- témoins'

PubMed Central

Aarab, Chadya; Elghazouani, Fatima; Aalouane, Rachid; Rammouz, Ismail

2015-01-01

Les progrès réalisés dans le traitement de la schizophrénie n'ont jusqu'ici pas modifié de manière radicale l'importance de l'adhésion des patients à leur médication. L'objectif de ce travail est d'identifier les facteurs de risque de l'abandon du traitement sur un échantillon marocain de malades schizophrènes. C'est une étude transversale menée au centre psychiatrique universitaire de Fès sur une période de 4 mois. Les malades inclus présentaient une schizophrénie ou un trouble schizo-affectif, sélectionnés en deux groupes observant et non observant. L’évaluation de l'observance a été faite par un hétéro-questionnaire comprenant une liste de causes d'abandon du traitement avec des réponses par oui ou non et à l'aide de l’échelle MARS (Medication Adherence Rating Scale). Le traitement statistique des résultats a été réalisé par le logiciel Epi Info version 3.5.1. On a recruté 164 participants, 112 étaient des malades non observants à leur traitement (cas) et 52 patients bien observants (témoins). L’âge moyen est 31 ans, avec une prédominance masculine. Les facteurs de risque d'inobservance thérapeutique sont: l’âge jeune, le sexe masculin, le célibat, les troubles addictifs. Les principales raisons d'abandon du traitement sont le changement fréquent du médecin, le manque d'informations sur la maladie, un mauvais insight et les effets secondaires des antipsychotiques. Le groupe de schizophrènes non adhérents à leur traitement pharmacologique avait un score élevé à l’échelle MARS dans 80% cas. Ces résultats doivent être pris en considération par le personnel soignant pour optimiser l'observance thérapeutique chez les patients souffrant de schizophrénie. PMID:26161196

Diagnostics différentiels d'images d'hypofixations sur une scintigraphie du squelette: à propos d'un cas de leucémie aigue lymphoblastique

PubMed Central

Bahadi, Nisrine; Biyi, Abdelhamid; Oueriagli, Salah Nabih; Doudouh, Abderrahim

2016-01-01

Si les hyperfixations sont la traduction scintigraphique habituelle de nombreuses pathologies osseuses, les hypofixations sont un événement rare et suscitent souvent analyse minutieuse afin d’éviter des interprétations erronés. Nous rapportons ici l'observation d'un adolescent de 17 ans admis pour douleurs osseuses diffuses, une hypercalcémie et une thrombopénie. La scintigraphie du squelette a montré des foyers d'hypofixations. L’étude de la moelle osseuse a conclu au diagnostic de leucémie aigue lymphoblastique. A travers ce cas clinique, nous discutons les principaux diagnostics différentiels soulevés par de telles anomalies scintigraphiques. PMID:27642484

Analyse Pharmaceutique de la prescription des antibiotiques au service des brules et chirurgie plastique de l'Hopital Militaire d'Instruction Mohammed V, Maroc

PubMed Central

Benziane, H.; Karfo, R.; Siah, S.; Taoufik, J.

2011-01-01

Summary L'infection est longtemps restée la principale cause de mortalité chez le brûlé grave. Ce travail a pour but d'évaluer la prescription des antibiotiques dans notre Service des Brûlés et Chirurgie Plastique, au regard du dossier d'autorisation de mise sur le marché (Résumé des caractéristiques du produit). Tous les patients sous antibiothérapie, au Service des Brûlés et Chirurgie Plastique de l'Hôpital Militaire d'Instruction Mohammed V de Rabat, Maroc, durant la période janvier 2008/mai 2009, ont été inclus. Il s'agit d'une étude rétrospective qui a analysé 41 dossiers de patients. Les antibiotiques utilisés par le service appartiennent à différentes familles. Les plus utilisés sont les bêta-lactamines (65%), glycopeptides (10,5%), aminosides (9%), quinolones (7%) et colistine (4,3%), avec 4,2% pour les autres classes d'antibiotiques (métronidazole 500 mg en perfusion, fluconazole injectable 100 mg/50 ml, rifampicine 600 mg en perfusion, sulfadiazine argentique crème, acide fusidique 2% crème, etc.); 70% des prescriptions sont non documentées. La voie injectable est prépondérante (89%). En tout, 227 ordonnances nominatives d'antibiothérapie ont été analysées: la posologie et les contre-indications ont été respectées par rapport à l'autorisation de mise sur le marché. Trois cas d'interactions médicamenteuses ont été relevés (fluconazole-rifampicine, fluconazole-Saccharomyces boulardii, amikacine-vancomycine). Ce constat montre l'importance de l'analyse pharmaceutique des prescriptions des antibiotiques dans un service utilisant des antibiotiques de la réserve hospitalière, donc actifs mais très toxiques. PMID:22396670

L’offre des services de vaccination en milieu urbain, au Cameroun: étude de cas du District de Santé de Djoungolo

PubMed Central

Ngomba, Armelle Viviane; Kollo, Basile; Bita, André Fouda; Djouma, Fabrice Nembot; Edengue, Jean Marie; Elongue, Marie Josée; Adiogo, Dieudonné

2016-01-01

Introduction Les métropoles camerounaises concentrent un nombre croissant d'enfants cibles, non atteints par les services de vaccination de routine. Méthodes Une étude transversale descriptive, basée sur échantillonnage exhaustif des formations sanitaires légales offrant en routine des services de vaccination a été réalisée dans le district de santé de Djoungolo, (ville de Yaoundé). L'évaluation de l'offre des services de vaccination a été calquée sur l'approche « Atteindre Chaque District ». Résultats Des 70 formations sanitaires ayant participé à l'étude, 3 (4,3%) disposaient d'un micro plan actualisé pour la vaccination de routine. Des 63 (89,4%) formations sanitaires possédant un réfrigérateur fonctionnel, 12 (19,0%) vaccinaient au quotidien en stratégie fixe. Cinquante-sept (81,0%) formations sanitaires ne conduisaient pas des sessions de vaccination en stratégies avancées. La participation des membres de la communauté aux activités de vaccination de routine étaient effective dans 1 aire de santé sur les 12 que compte le district. Une courbe de suivi des couvertures vaccinales correctement renseignée étaient disponible dans 6 (8,5%) formations sanitaires. Conclusion L'approche « Atteindre Chaque District » telle que mise en œuvre dans le district de santé de Djoungolo limite l'atteinte d'un maximum d'enfants cibles. L'effectivité d'une micro planification réaliste, la régularité des sessions de vaccination en stratégie fixes et avancées, le suivi des données orienté vers l'action, la redynamisation communautaire en faveur de la vaccination sont des voies d'amélioration des prestations des services de vaccination, dans ce district. PMID:28292168

Using CRISPR-Cas systems as antimicrobials.

PubMed

Bikard, David; Barrangou, Rodolphe

2017-06-01

Although CRISPR-Cas systems naturally evolved to provide adaptive immunity in bacteria and archaea, Cas nucleases can be co-opted to target chromosomal sequences rather than invasive genetic elements. Although genome editing is the primary outcome of self-targeting using CRISPR-based technologies in eukaryotes, self-targeting by CRISPR is typically lethal in bacteria. Here, we discuss how DNA damage introduced by Cas nucleases in bacteria can efficiently and specifically lead to plasmid curing or drive cell death. Specifically, we discuss how various CRISPR-Cas systems can be engineered and delivered using phages or phagemids as vectors. These principles establish CRISPR-Cas systems as potent and programmable antimicrobials, and open new avenues for the development of CRISPR-based tools for selective removal of bacterial pathogens and precise microbiome composition alteration. Copyright © 2017 Elsevier Ltd. All rights reserved.

L'Apport de la Greffe de Peau Totale dans le Traitement des Sequelles des Brulures de la Main: a Propos de 14 Cas

PubMed Central

Ettalbi, S.; Ibnouzahir, M.; Rachid, M.; Bahaichar, N.; Boukind, H.

2007-01-01

Summary La main est fréquemment exposée aux brûlures, ce qui entraîne des séquelles cutanées. A partir d'une série de 14 patients suivis dans notre service sur une année, nous avons essayé d'établir la simplicité, l'efficacité et le rôle de la greffe de peau totale dans le traitement de ces séquelles (les organes nobles ne sont pas mis à nu). La greffe de peau totale associée à une rééducation efficace permet aux patients de reprendre la mobilité des mains dans les brefs délais. PMID:21991094

Evolution and classification of the CRISPR-Cas systems

PubMed Central

S. Makarova, Kira; H. Haft, Daniel; Barrangou, Rodolphe; J. J. Brouns, Stan; Charpentier, Emmanuelle; Horvath, Philippe; Moineau, Sylvain; J. M. Mojica, Francisco; I. Wolf, Yuri; Yakunin, Alexander F.; van der Oost, John; V. Koonin, Eugene

2012-01-01

The CRISPR–Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats–CRISPR-associated proteins) modules are adaptive immunity systems that are present in many archaea and bacteria. These defence systems are encoded by operons that have an extraordinarily diverse architecture and a high rate of evolution for both the cas genes and the unique spacer content. Here, we provide an updated analysis of the evolutionary relationships between CRISPR–Cas systems and Cas proteins. Three major types of CRISPR–Cas system are delineated, with a further division into several subtypes and a few chimeric variants. Given the complexity of the genomic architectures and the extremely dynamic evolution of the CRISPR–Cas systems, a unified classification of these systems should be based on multiple criteria. Accordingly, we propose a `polythetic' classification that integrates the phylogenies of the most common cas genes, the sequence and organization of the CRISPR repeats and the architecture of the CRISPR–cas loci. PMID:21552286

Gestion des ressources hydriques adaptee aux changements climatiques pour la production optimale d'hydroelectricite. Etude de cas: Bassin versant de la riviere Manicouagan

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Haguma, Didier

Il est dorenavant etabli que les changements climatiques auront des repercussions sur les ressources en eau. La situation est preoccupante pour le secteur de production d'energie hydroelectrique, car l'eau constitue le moteur pour generer cette forme d'energie. Il sera important d'adapter les regles de gestion et/ou les installations des systemes hydriques, afin de minimiser les impacts negatifs et/ou pour capitaliser sur les retombees positives que les changements climatiques pourront apporter. Les travaux de la presente recherche s'interessent au developpement d'une methode de gestion des systemes hydriques qui tient compte des projections climatiques pour mieux anticiper les impacts de l'evolution du climat sur la production d'hydroelectricite et d'etablir des strategies d'adaptation aux changements climatiques. Le domaine d'etude est le bassin versant de la riviere Manicouagan situe dans la partie centrale du Quebec. Une nouvelle approche d'optimisation des ressources hydriques dans le contexte des changements climatiques est proposee. L'approche traite le probleme de la saisonnalite et de la non-stationnarite du climat d'une maniere explicite pour representer l'incertitude rattachee a un ensemble des projections climatiques. Cette approche permet d'integrer les projections climatiques dans le probleme d'optimisation des ressources en eau pour une gestion a long terme des systemes hydriques et de developper des strategies d'adaptation de ces systemes aux changements climatiques. Les resultats montrent que les impacts des changements climatiques sur le regime hydrologique du bassin de la riviere Manicouagan seraient le devancement et l'attenuation de la crue printaniere et l'augmentation du volume annuel d'apports. L'adaptation des regles de gestion du systeme hydrique engendrerait une hausse de la production hydroelectrique. Neanmoins, une perte de la performance des installations existantes du systeme hydrique serait observee a cause de l'augmentation des

CRISPR/Cas9-mediated gene editing in human zygotes using Cas9 protein.

PubMed

Tang, Lichun; Zeng, Yanting; Du, Hongzi; Gong, Mengmeng; Peng, Jin; Zhang, Buxi; Lei, Ming; Zhao, Fang; Wang, Weihua; Li, Xiaowei; Liu, Jianqiao

2017-06-01

Previous works using human tripronuclear zygotes suggested that the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/Cas9 system could be a tool in correcting disease-causing mutations. However, whether this system was applicable in normal human (dual pronuclear, 2PN) zygotes was unclear. Here we demonstrate that CRISPR/Cas9 is also effective as a gene-editing tool in human 2PN zygotes. By injection of Cas9 protein complexed with the appropriate sgRNAs and homology donors into one-cell human embryos, we demonstrated efficient homologous recombination-mediated correction of point mutations in HBB and G6PD. However, our results also reveal limitations of this correction procedure and highlight the need for further research.

Tuberculose pulmonaire révélée par un purpura thrombopénique chez l'enfant-à propos d'un cas clinique observé au service de pédiatrie des Cliniques Universitaires de Lubumbashi

PubMed Central

Lubala, Toni Kasole; Mutombo, Augustin Mulangu; Munkana, Arthur Ndundula; Manika, Michel Muteya

2012-01-01

Nous rapportons le cas d'un enfant de 7 ans, de sexe masculin ayant présenté un purpura thrombopénique avec épistaxis, hématémèse, otorragies et pétéchies généralisées. Durant la même hospitalisation, nous avons mis en évidence une tuberculose pulmonaire documentée par la présence de bacilles acido-alcoolo résistants à l'examen des crachats. Nous avons observé une majoration du taux de plaquettes en une semaine de corticothérapie intraveineuse à haute dose, avant l'instauration d'une poly chimiothérapie antituberculeuse. Nous rappelons également la controverse que suscite la prise en charge de cette association rarement rapportée. PMID:23077696

CRISPR-Cas9 Structures and Mechanisms.

PubMed

Jiang, Fuguo; Doudna, Jennifer A

2017-05-22

Many bacterial clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated (Cas) systems employ the dual RNA-guided DNA endonuclease Cas9 to defend against invading phages and conjugative plasmids by introducing site-specific double-stranded breaks in target DNA. Target recognition strictly requires the presence of a short protospacer adjacent motif (PAM) flanking the target site, and subsequent R-loop formation and strand scission are driven by complementary base pairing between the guide RNA and target DNA, Cas9-DNA interactions, and associated conformational changes. The use of CRISPR-Cas9 as an RNA-programmable DNA targeting and editing platform is simplified by a synthetic single-guide RNA (sgRNA) mimicking the natural dual trans-activating CRISPR RNA (tracrRNA)-CRISPR RNA (crRNA) structure. This review aims to provide an in-depth mechanistic and structural understanding of Cas9-mediated RNA-guided DNA targeting and cleavage. Molecular insights from biochemical and structural studies provide a framework for rational engineering aimed at altering catalytic function, guide RNA specificity, and PAM requirements and reducing off-target activity for the development of Cas9-based therapies against genetic diseases.

CRISPR-Cas: biology, mechanisms and relevance

PubMed Central

Hille, Frank

2016-01-01

Prokaryotes have evolved several defence mechanisms to protect themselves from viral predators. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their associated proteins (Cas) display a prokaryotic adaptive immune system that memorizes previous infections by integrating short sequences of invading genomes—termed spacers—into the CRISPR locus. The spacers interspaced with repeats are expressed as small guide CRISPR RNAs (crRNAs) that are employed by Cas proteins to target invaders sequence-specifically upon a reoccurring infection. The ability of the minimal CRISPR-Cas9 system to target DNA sequences using programmable RNAs has opened new avenues in genome editing in a broad range of cells and organisms with high potential in therapeutical applications. While numerous scientific studies have shed light on the biochemical processes behind CRISPR-Cas systems, several aspects of the immunity steps, however, still lack sufficient understanding. This review summarizes major discoveries in the CRISPR-Cas field, discusses the role of CRISPR-Cas in prokaryotic immunity and other physiological properties, and describes applications of the system as a DNA editing technology and antimicrobial agent. This article is part of the themed issue ‘The new bacteriology’. PMID:27672148

CRISPR-Cas: biology, mechanisms and relevance.

PubMed

Hille, Frank; Charpentier, Emmanuelle

2016-11-05

Prokaryotes have evolved several defence mechanisms to protect themselves from viral predators. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their associated proteins (Cas) display a prokaryotic adaptive immune system that memorizes previous infections by integrating short sequences of invading genomes-termed spacers-into the CRISPR locus. The spacers interspaced with repeats are expressed as small guide CRISPR RNAs (crRNAs) that are employed by Cas proteins to target invaders sequence-specifically upon a reoccurring infection. The ability of the minimal CRISPR-Cas9 system to target DNA sequences using programmable RNAs has opened new avenues in genome editing in a broad range of cells and organisms with high potential in therapeutical applications. While numerous scientific studies have shed light on the biochemical processes behind CRISPR-Cas systems, several aspects of the immunity steps, however, still lack sufficient understanding. This review summarizes major discoveries in the CRISPR-Cas field, discusses the role of CRISPR-Cas in prokaryotic immunity and other physiological properties, and describes applications of the system as a DNA editing technology and antimicrobial agent.This article is part of the themed issue 'The new bacteriology'. © 2016 The Authors.

Influence du comportement des accompagnants sur le vécu des patients admis pour hémorragies digestives hautes au CHU campus de Lomé (Togo)

PubMed Central

Bagny, Aklesso; Dusabe, Angelique; Bouglouga, Oumboma; Lawson-ananisoh, Mawuli Late; Kaaga, Yeba Laconi; Djibril, Mohaman Awalou; Soedje, Kokou Mensah; Dassa, Simliwa Kolou; Redah, Datouda

2014-01-01

Introduction L'hémorragie digestive haute est une urgence, qui constitue souvent pour les patients un danger mortel suscitant inquiétude et agitation. Dans cet état, le patient dépend de ses accompagnants pour ses soins et pour honorer le traitement; mais souvent, il a été observé une discordance entre l'urgence et les comportements des accompagnants. Le but de cette étude était de décrire les facteurs socioéconomiques et psychologiques pouvant influencer les comportements des accompagnants des patients admis pour HDH, estimer l'indice de relation entre ces comportements et les facteurs associés d'une part et le vécu des patients admis pour HDH d'autre part. Méthodes Il s'agit d'une étude prospective menée de Septembre 2010 à Juin 2011 (soit 10 mois). Nous avions utilisé l'entretien semi-dirigé et l'observation directe pour collecter nos données, ces dernières avaient été traitées par les méthodes statistiques et d'analyse de contenu. Résultats Dans la présente étude, les comportements des accompagnants des patients admis pour HDH sont en majorité marqués par l'abandon (84%) et le manque de sollicitude (80,2%). Ces comportements sont souvent stimulés par les facteurs socioéconomiques tels que les difficultés économiques (83,2%), des conflits intrafamiliaux (85,1%) et des représentations (maladie incurable ou envoûtement) de la maladie par les accompagnants (73,3%) des cas. Quant aux patients, ils vivent ces comportements comme étant des menaces de mort ou des rejets (77,20%) et comme étant une dévalorisation ou une humiliation de la part de leurs accompagnants (70,30%). Les résultats confirment l'existence de lien significatif entre les comportements des accompagnants et les facteurs socio économiques, entre les comportements des accompagnants et des facteurs psychologiques, et entre le vécu des patients admis pour l'HDH et les comportements des accompagnants. Conclusion Des études ultérieures devraient aborder les points

Dislocations et propriétés mécaniques des matériaux céramiques: Quelques problèmes

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Castaing, J.; Dominguez Rodriguez, A.

1995-11-01

The study of plastic deformation of ceramic materials raised new problems on low temperature dislocation glide and high temperature dislocation climb. Mechanical behaviour can be explained. In this paper, we review some examples related to oxides which are linked to the activity of J. Philibert. L'étude de la déformation plastique de matériaux céramiques monocristallins a donné l'occasion de poser des nouveaux problèmes sur le glissement des dislocations à basse température et sur leur montée à haute température. Le comportement mécanique peut ainsi être expliqué. Nous passons en revue des cas concernant les oxydes dans lesquels J. Philibert a joué un rôle important.

L'Infection Nosocomiale en Reanimation des Brules

PubMed Central

Siah, S.; Belefqih, R.; Elouennass, M.; Fouadi, F.E.; Ihrai, I.

2009-01-01

Summary L'infection nosocomiale bactérienne étant l'une des principales causes de morbidité et de mortalité chez le brûlé, nous avons réalisé une étude rétrospective portant sur 84 patients hospitalisés au sein du service de réanimation des brûlés de l'Hôpital Militaire d'Instruction Mohammed V de Rabat, sur une période de 3 ans, du premier janvier 2001 au 31 décembre 2003. Les critères d'infection nosocomiale étaient ceux du Center for Disease Control d'Atlanta de 1988. Les taux d'incidence ont été calculés. La population infectée a été comparée à celle non infectée. L'écologie bactérienne du service a été décrite comme aussi l'antibiotype. Il ressort de cette étude la survenue de 87 infections nosocomiales chez 27 patients. L'incidence cumulative était de 103 infections pour 1000 jours de traitement. Pour ce qui est des caractéristiques des infections bactériennes, les sites infectés étaient la peau (77%), le sang (13,8%), les voies urinaires (8%) et les poumons (1,1%). Les principaux germes étaient: Staphylococcus sp. (33,3%), Pseudomonas aeruginosa (23%), Enterococcus faecalis et Acinetobacter (8%). Les staphylocoques étaient méticillo-résistants dans 22,2% des cas. Le Pseudomonas et l'Acinetobacter étaient multirésistants (60%). Dans notre étude les facteurs prédictifs de survenue des infections nosocomiales que nous avons retenus après l'étude comparative des populations infectées et non infectées ont été l'âge, le body mass index, l'abbreviated burn severity index et le remplissage initial. En isolant ces paramètres, nous avons pu établir une équation à valeur prédictive de survenue d'infection nosocomiale chez le patient brûlé. PMID:21991158

Rational Design of Mini-Cas9 for Transcriptional Activation.

PubMed

Ma, Dacheng; Peng, Shuguang; Huang, Weiren; Cai, Zhiming; Xie, Zhen

2018-04-20

Nuclease dead Cas9 (dCas9) has been widely used for modulating gene expression by fusing with different activation or repression domains. However, delivery of the CRISPR/Cas system fused with various effector domains in a single adeno-associated virus (AAV) remains challenging due to the payload limit. Here, we engineered a set of downsized variants of Cas9 including Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9) that retained DNA binding activity by deleting conserved functional domains. We demonstrated that fusing FokI nuclease domain to the N-terminal of the minimal SaCas9 (mini-SaCas9) or to the middle of the split mini-SaCas9 can trigger efficient DNA cleavage. In addition, we constructed a set of compact transactivation domains based on the tripartite VPR activation domain and self-assembled arrays of split SpyTag:SpyCatch peptides, which are suitable for fusing to the mini-SaCas9. Lastly, we produced a single AAV containing the mini-SaCas9 fused with a downsized transactivation domain along with an optimized gRNA expression cassette, which showed efficient transactivation activity. Our results highlighted a practical approach to generate down-sized CRISPR/Cas9 and gene activation systems for in vivo applications.

48 CFR 30.201-1 - CAS applicability.

Code of Federal Regulations, 2011 CFR

2011-10-01

... 48 Federal Acquisition Regulations System 1 2011-10-01 2011-10-01 false CAS applicability. 30.201-1 Section 30.201-1 Federal Acquisition Regulations System FEDERAL ACQUISITION REGULATION GENERAL CONTRACTING REQUIREMENTS COST ACCOUNTING STANDARDS ADMINISTRATION CAS Program Requirements 30.201-1 CAS...

Fusion of SpCas9 to E. coli Rec A protein enhances CRISPR-Cas9 mediated gene knockout in mammalian cells.

PubMed

Lin, Lin; Petersen, Trine Skov; Jensen, Kristopher Torp; Bolund, Lars; Kühn, Ralf; Luo, Yonglun

2017-04-10

Mammalian cells repair double-strand DNA breaks (DSB) by a range of different pathways following DSB induction by the engineered clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated protein Cas9. While CRISPR-Cas9 thus enables predesigned modifications of the genome, applications of CRISPR-Cas9-mediated genome-editing are frequently hampered by the unpredictable and varying pathways for DSB repair in mammalian cells. Here we present a strategy of fusing Cas9 to recombinant proteins for fine-tuning of the DSB repair preferences in mammalian cells. By fusing Streptococcus Pyogenes Cas9 (SpCas9) to the recombinant protein A (Rec A, NP_417179.1) from Escherichia coli, we create a recombinant Cas9 protein (rSpCas9) which enhances the generation of indel mutations at DSB sites in mammalian cells, increases the frequency of DSB repair by homology-directed single-strand annealing (SSA), and represses homology-directed gene conversion by approximately 33%. Our study thus proves for the first time that fusing SpCas9 to recombinant proteins can influence the balance between DSB repair pathways in mammalian cells. This approach may form the basis for further investigations of the applications of recombinant Cas9 proteins to fine-tuning DSB repair pathways in eukaryotic cells. Copyright © 2017 Elsevier B.V. All rights reserved.

RNA Editing with CRISPR-Cas13

PubMed Central

Cox, David B.T.; Gootenberg, Jonathan S.; Abudayyeh, Omar O.; Franklin, Brian; Kellner, Max J.; Joung, Julia; Zhang, Feng

2017-01-01

Nucleic acid editing holds promise for treating genetic disease, particularly at the RNA level, where disease-relevant sequences can be rescued to yield functional protein products. Type VI CRISPR-Cas systems contain the programmable single-effector RNA-guided RNases Cas13. Here, we profile Type VI systems to engineer a Cas13 ortholog capable of robust knockdown and demonstrate RNA editing by using catalytically-inactive Cas13 (dCas13) to direct adenosine to inosine deaminase activity by ADAR2 to transcripts in mammalian cells. This system, referred to as RNA Editing for Programmable A to I Replacement (REPAIR), has no strict sequence constraints, can be used to edit full-length transcripts containing pathogenic mutations. We further engineer this system to create a high specificity variant, REPAIRv2, that is 919 times more specific than REPAIRv1 as well as minimize the system to ease viral delivery. REPAIR presents a promising RNA editing platform with broad applicability for research, therapeutics, and biotechnology. PMID:29070703

The Reverse Transcriptases Associated with CRISPR-Cas Systems.

PubMed

Toro, Nicolás; Martínez-Abarca, Francisco; González-Delgado, Alejandro

2017-08-02

CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) and associated proteins (Cas) act as adaptive immune systems in bacteria and archaea. Some CRISPR-Cas systems have been found to be associated with putative reverse transcriptases (RT), and an RT-Cas1 fusion associated with a type III-B system has been shown to acquire RNA spacers in vivo. Nevertheless, the origin and evolutionary relationships of these RTs and associated CRISPR-Cas systems remain largely unknown. We performed a comprehensive phylogenetic analysis of these RTs and associated Cas1 proteins, and classified their CRISPR-Cas modules. These systems were found predominantly in bacteria, and their presence in archaea may be due to a horizontal gene transfer event. These RTs cluster into 12 major clades essentially restricted to particular phyla, suggesting host-dependent functioning. The RTs and associated Cas1 proteins may have largely coevolved. They are, therefore, subject to the same selection pressures, which may have led to coadaptation within particular protein complexes. Furthermore, our results indicate that the association of an RT with a CRISPR-Cas system has occurred on multiple occasions during evolution.

The CRISPR/Cas revolution reaches the RNA world: Cas13, a new Swiss Army knife for plant biologists.

PubMed

Wolter, Felix; Puchta, Holger

2018-06-01

Application of the bacterial CRISPR/Cas systems to eukaryotes is revolutionizing biology. Cas9 and Cas12 (previously called Cpf1) are widely used as DNA nucleases for inducing site-specific DNA breaks for different kinds of genome engineering applications, and in their mutated forms as DNA-binding proteins to modify gene expression. Moreover, histone modifications, as well as cytosine methylation or base editing, were achieved with these systems in plants. Recently, with the discovery of the nuclease Cas13a (previously called C2c2), molecular biologists have obtained a system that enables sequence-specific cleavage of single-stranded RNA molecules. The latest experiments with this and also the alternative Cas13b system demonstrate that these proteins can be used in a similar manner in eukaryotes for RNA manipulation as Cas9 and Cas12 for DNA manipulations. The first application of Cas13a for post-transcriptional regulation of gene expression in plants has been reported. Recent results show that the system is also applicable for combating viral infection in plants. As single-stranded RNA viruses are by far the most abundant class of viruses in plants, the application of this system is of special promise for crops. More interesting applications are imminent for plant biologists, with nuclease dead versions of Cas13 enabling the ability to visualize RNA molecules in vivo, as well as to edit different kinds of RNA molecules at specific bases by deamination or to modify them by conjugation. Moreover, by combining DNA- and RNA-directed systems, the most complex of changes in plant metabolism might be achievable. © 2018 The Authors The Plant Journal © 2018 John Wiley & Sons Ltd.

Developpement des betons semi autoplacants a rheologie adaptee pour des infrastructures

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Sotomayor Cruz, Cristian Daniel

Au cours des dernières décennies, les infrastructures canadiennes et québécoises comportent plusieurs structures en béton armé présentant des problèmes de durabilité dus aux conditions climatiques sévères, à la mauvaise conception des structures, à la qualité des matériaux, aux types des bétons choisis, aux systèmes de construction ou à l'existence d'événements incontrôlables. En ce qui concerne le choix du béton pour la construction des infrastructures, une vaste gamme de béton divisée en deux principaux types peut être utilisée: le béton conventionnel vibré (BCV) et le béton autoplaçant (BAP). Dans le cas d'un BCV, la consolidation inadéquate par vibration a été un problème récurrent, occasionnant des dommages structuraux. Ceci a conduit à une réduction de la durabilité et à une augmentation du coût d'entretien et de réparation des infrastructures. Rien que l'utilisation d'un BAP a des avantages tels que l'élimination de la vibration, la réduction des coûts de main d'oeuvre et l'amélioration de la qualité des structures, néanmoins, le coût initial d'un BAP par rapport à un BCV ne permet pas encore de généraliser son utilisation dans l'industrie de la construction. Ce mémoire présente la conception d'une nouvelle gamme de béton semi-autoplaçant pour la construction des infrastructures (BSAP-I) exigeant une vibration minimale. Il s'agit de trouver un équilibre optimal entre la rhéologie et le coût initial du nouveau béton pour conférer une bonne performance structurale et économique aux structures. Le programme expérimental établi a premièrement permis d'évaluer la faisabilité d'utilisation des BSAP-I pour la mise en place des piliers d'une infrastructure de pont à Sherbrooke. En plus, l'utilisation d'un plan d'expériences a permis l'évaluation de trois paramètres de formulation sur les propriétés des mélanges de BSAP-I à l'état frais et durci. Finalement, l'évaluation de la performance des

Spectroscopic studies of three Cepheids with high positive pulsation period increments: SZ Cas, BY Cas, and RU Sct

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Usenko, I. A.; Klochkova, V. G.

2015-07-01

Three high-resolution spectra have been taken at different times with the 6-m SAO RAS telescope (LYNX and PFES spectrographs) for three Cepheids exhibiting high positive period increments: the small-amplitude (DCEPS) SZ Cas and BY Cas and the classical (DCEP) RU Sct. SZ Cas and RU Sct are members of the Galactic open clusters χ and h Per and Trump 35, respectively. Analysis of the spectra has shown that the interstellar Na I D1 and D2 lines in all objects are considerably stronger than the atmospheric ones and are redshifted in SZ Cas and BY Cas and blushifted in RU Sct. The core of the H α absorption line in BY Cas has an asymmetric knifelike shape, while RU Sct exhibits an intense emission in the blue wing of this line. Such phenomena are observed in long-period Cepheids and bright hypergiants with an extended envelope. In this case, the strong Mg Ib 5183.62 Å and Ba II 5853.67, 6141.713, and 6496.90 Å lines with low χlow in SZ Cas and RU Sct also show characteristic knifelike profiles with an asymmetry in the red region, while the Ba II 4934.095 Å line shows similar profiles in the blue one. The absorption lines of neutral atoms and singly ionized metals with different lowerlevel excitation potentials exhibit different degrees of asymmetry: from a pronounced one with secondary components in BY Cas (similar to those in the small-amplitude Cepheid BG Cru pulsating in the first overtone and having an envelope) to its insignificance or virtual absence in SZ Cas and RU Sct. Analysis of the secular changes in mean T eff determined from photometric color indices and spectra over the last 55 years for these stars has revealed periodic fluctuations of 200 K for SZ Cas and BY Cas and 500 K for RU Sct. For SZ Cas and RU Sct, T eff determined in some years from some color indices show much lower values, which together with the temperature fluctuations can be associated with mass loss and dust formation. Based on these facts, we hypothesize the existence of

Schwannome benin primitif retrovesical: une tumeur très rare à propos d'un cas

PubMed Central

Beddouche, Ali; Fahsi, Othemane; Kallat, Adil; El Bote, Hicham; Ziani, Idriss; El Sayegh, Hachem; Iken, Ali; Benslimane, Lounis; Nouini, Yassine

2016-01-01

Le schwannome est une tumeur le plus souvent bénigne, d'origine nerveuse se développant à partir des cellules de la gaine de Schwann. C'est une tumeur très rare tant par sa fréquence que par sa localisation rétrovésicale. L'examen anatomopathologique et immunohistochimique confirme le type histologique ainsi que le caractère bénin ou malin du schwannome. En raison des récidives, et du risque de transformation maligne, l'exérèse doit être complète. Nous rapportons le cas d'un patient âgé de 39 ans, admis pour une douleur pelvienne chronique à type de pesanteur, des signes irritatifs du bas appareil urinaire, et des troubles de transit. L'imagerie (échographie, TDM, IRM) a révélé la présence d'une masse pelvienne rétrovésicale, à paroi fine, latéralisée à gauche, mesurant 68x70x70 mm, exerçant un effet de masse sur la vessie et le sigmoïde. L'intervention chirurgicale menée par une laparotomie médiane a permis l'exérèse d'une masse retrovésicale bien encapsulée. L'examen anatomopathologique et immunohistochimique ont conclu à un schwannome bénin. La récidive et la transformation maligne bien que rare après chirurgie impose une surveillance post opératoire clinique et tomodensitométrique annuelle. PMID:27217902

Insuffisance aortique syphilitique: à propos d’un cas

PubMed Central

Yaméogo, Aimé Arsène; Andonaba, Jean-Baptiste; Nikiéma, Zakari; Zabsonré, Patrice

2012-01-01

La syphilis tertiaire et ses complications cardiovasculaires sont devenues rares dans les pays développés mais restent encore préoccupante dans nos pays. Les atteintes cardiovasculaires portent fréquemment sur la racine et l’arche aortique. Nous rapportons ici un cas d’insuffisance aortique syphilitique chez un patient de 70 ans admis dans le service de cardiologie du centre hospitalier universitaire de Bobo-Dioulasso. L’examen clinique retrouvait une insuffisance cardiaque globale stade III, un frémissement et un souffle diastolique d’insuffisance aortique importante confirmé à l’échocardiographie Doppler, associés à des douleurs précordiales angineuses. L’examen cutané montrait des lésions à type de gommes syphilitiques à localisations multiples. L’électrocardiogramme objectivait une hypertrophie ventriculaire gauche avec un indice de Sokolov à 49 millimètre et le télécoeur une cardiomégalie avec un index cardio-thoracique à 0,70. La sérologie était positive pour le RPR à 1/8 et le TPHA à 1/640. L’évolution clinique sous la pénicillino-thérapie surveillée et le traitement spécifique de l’insuffisance cardiaque a été favorable. La découverte d’une insuffisance aortique chez les sujets de plus de 60 ans dans nos pays devrait faire rechercher une syphilis tertiaire par une sérologie pour une prise en charge adéquate. PMID:23024828

Cas4 Facilitates PAM-Compatible Spacer Selection during CRISPR Adaptation.

PubMed

Kieper, Sebastian N; Almendros, Cristóbal; Behler, Juliane; McKenzie, Rebecca E; Nobrega, Franklin L; Haagsma, Anna C; Vink, Jochem N A; Hess, Wolfgang R; Brouns, Stan J J

2018-03-27

CRISPR-Cas systems adapt their immunological memory against their invaders by integrating short DNA fragments into clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) loci. While Cas1 and Cas2 make up the core machinery of the CRISPR integration process, various class I and II CRISPR-Cas systems encode Cas4 proteins for which the role is unknown. Here, we introduced the CRISPR adaptation genes cas1, cas2, and cas4 from the type I-D CRISPR-Cas system of Synechocystis sp. 6803 into Escherichia coli and observed that cas4 is strictly required for the selection of targets with protospacer adjacent motifs (PAMs) conferring I-D CRISPR interference in the native host Synechocystis. We propose a model in which Cas4 assists the CRISPR adaptation complex Cas1-2 by providing DNA substrates tailored for the correct PAM. Introducing functional spacers that target DNA sequences with the correct PAM is key to successful CRISPR interference, providing a better chance of surviving infection by mobile genetic elements. Copyright © 2018 The Authors. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.

Disabling Cas9 by an anti-CRISPR DNA mimic.

PubMed

Shin, Jiyung; Jiang, Fuguo; Liu, Jun-Jie; Bray, Nicolas L; Rauch, Benjamin J; Baik, Seung Hyun; Nogales, Eva; Bondy-Denomy, Joseph; Corn, Jacob E; Doudna, Jennifer A

2017-07-01

CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas9 gene editing technology is derived from a microbial adaptive immune system, where bacteriophages are often the intended target. Natural inhibitors of CRISPR-Cas9 enable phages to evade immunity and show promise in controlling Cas9-mediated gene editing in human cells. However, the mechanism of CRISPR-Cas9 inhibition is not known, and the potential applications for Cas9 inhibitor proteins in mammalian cells have not been fully established. We show that the anti-CRISPR protein AcrIIA4 binds only to assembled Cas9-single-guide RNA (sgRNA) complexes and not to Cas9 protein alone. A 3.9 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the Cas9-sgRNA-AcrIIA4 complex revealed that the surface of AcrIIA4 is highly acidic and binds with a 1:1 stoichiometry to a region of Cas9 that normally engages the DNA protospacer adjacent motif. Consistent with this binding mode, order-of-addition experiments showed that AcrIIA4 interferes with DNA recognition but has no effect on preformed Cas9-sgRNA-DNA complexes. Timed delivery of AcrIIA4 into human cells as either protein or expression plasmid allows on-target Cas9-mediated gene editing while reducing off-target edits. These results provide a mechanistic understanding of AcrIIA4 function and demonstrate that inhibitors can modulate the extent and outcomes of Cas9-mediated gene editing.

Transformation of OODT CAS to Perform Larger Tasks

NASA Technical Reports Server (NTRS)

Mattmann, Chris; Freeborn, Dana; Crichton, Daniel; Hughes, John; Ramirez, Paul; Hardman, Sean; Woollard, David; Kelly, Sean

2008-01-01

A computer program denoted OODT CAS has been transformed to enable performance of larger tasks that involve greatly increased data volumes and increasingly intensive processing of data on heterogeneous, geographically dispersed computers. Prior to the transformation, OODT CAS (also alternatively denoted, simply, 'CAS') [wherein 'OODT' signifies 'Object-Oriented Data Technology' and 'CAS' signifies 'Catalog and Archive Service'] was a proven software component used to manage scientific data from spaceflight missions. In the transformation, CAS was split into two separate components representing its canonical capabilities: file management and workflow management. In addition, CAS was augmented by addition of a resource-management component. This third component enables CAS to manage heterogeneous computing by use of diverse resources, including high-performance clusters of computers, commodity computing hardware, and grid computing infrastructures. CAS is now more easily maintainable, evolvable, and reusable. These components can be used separately or, taking advantage of synergies, can be used together. Other elements of the transformation included addition of a separate Web presentation layer that supports distribution of data products via Really Simple Syndication (RSS) feeds, and provision for full Resource Description Framework (RDF) exports of metadata.

Hémophilie B mineure révélée par une hémorragie cérébrale: à propos d'un cas

PubMed Central

Naji, Abdelhalim; Rkain, Maria; Amrani, Rim; Benajiba, Noufissa

2015-01-01

L'hémorragie intracrânienne (HIC) du nouveau-né à terme est une pathologie rare, leur prévalence est estimée à 2% des naissances vivantes. Les manifestations cliniques sont variables et non spécifique. Les causes d'HIC sont multiples et souvent intriquées, les mécanismes physiopathologiques principaux sont la dysrégulation du débit cérébral, une obstruction des vaisseaux ou une coagulation intravasculaire; ou une lésion directe par traumatisme. Nous rapportons le cas d'un nourrisson d'un mois qui a été admis dans notre service pour prendre en charge des convulsions associées à une pâleur cutanéomuqueuse, suite à laquelle l'examen biologique a mis fortuitement en faveur une hémophilie mineure sur une maladie hémorragique tardive. PMID:26491519

Chronic arsenic intoxication diagnostic score (CAsIDS).

PubMed

Dani, Sergio Ulhoa; Walter, Gerhard Franz

2018-01-01

Arsenic and its compounds are well-established, potent, environmentally widespread and persistent toxicants with metabolic, genotoxic, mutagenic, teratogenic, epigenetic and carcinogenic effects. Arsenic occurs naturally in the Earth's crust, but anthropogenic arsenic emissions have surmounted the emissions from important natural sources such as volcanism. Inorganic arsenicals exhibit acute and chronic toxicities in virtually all cell types and tissues, and hence arsenic intoxication affects multiple systems. Whereas acute arsenic intoxication is rare and relatively easy to diagnose, chronic arsenic intoxication (CAsI) is common but goes often misdiagnosed. Based on a review of the literature as well as our own clinical experience, we propose a chronic arsenic intoxication diagnostic score (CAsIDS). A distinctive feature of CAsIDS is the use of bone arsenic load as an essential criterion for the individual risk assessment of chronic arsenic intoxication, combined with a systemic clinical assessment. We present clinical examples where CAsIDS is applied for the diagnosis of CAsI, review the main topics of the toxicity of arsenic in different cell and organ systems and discuss the therapy and prevention of disease caused or aggravated by chronic arsenic intoxication. CAsIDS can help physicians establish the diagnosis of CAsI and associated conditions. Copyright © 2017 John Wiley & Sons, Ltd.

Sulfonamide inhibition studies of two β-carbonic anhydrases from the ascomycete fungus Sordaria macrospora, CAS1 and CAS2.

PubMed

Vullo, Daniela; Lehneck, Ronny; Pöggeler, Stefanie; Supuran, Claudiu T

2018-12-01

The two β-carbonic anhydrases (CAs, EC 4.2.1.1) recently cloned and purified from the ascomycete fungus Sordaria macrospora, CAS1 and CAS2, were investigated for their inhibition with a panel of 39 aromatic, heterocyclic, and aliphatic sulfonamides and one sulfamate, many of which are clinically used agents. CAS1 was efficiently inhibited by tosylamide, 3-fluorosulfanilamide, and 3-chlorosulfanilamide (K I s in the range of 43.2-79.6 nM), whereas acetazolamide, methazolamide, topiramate, ethoxzolamide, dorzolamide, and brinzolamide were medium potency inhibitors (K I s in the range of 360-445 nM). CAS2 was less sensitive to sulfonamide inhibitors. The best CAS2 inhibitors were 5-amino-1,3,4-thiadiazole-2-sulfonamide (the deacetylated acetazolamide precursor) and 4-hydroxymethyl-benzenesulfonamide, with K I s in the range of 48.1-92.5 nM. Acetazolamide, dorzolamide, ethoxzolamide, topiramate, sulpiride, indisulam, celecoxib, and sulthiame were medium potency CAS2 inhibitors (K I s of 143-857 nM). Many other sulfonamides showed affinities in the high micromolar range or were ineffective as CAS1/2 inhibitors. Small changes in the structure of the inhibitor led to important differences of the activity. As these enzymes may show applications for the removal of anthropically generated polluting gases, finding modulators of their activity may be crucial for designing environmental-friendly CO 2 capture processes.

RNA editing with CRISPR-Cas13.

PubMed

Cox, David B T; Gootenberg, Jonathan S; Abudayyeh, Omar O; Franklin, Brian; Kellner, Max J; Joung, Julia; Zhang, Feng

2017-11-24

Nucleic acid editing holds promise for treating genetic disease, particularly at the RNA level, where disease-relevant sequences can be rescued to yield functional protein products. Type VI CRISPR-Cas systems contain the programmable single-effector RNA-guided ribonuclease Cas13. We profiled type VI systems in order to engineer a Cas13 ortholog capable of robust knockdown and demonstrated RNA editing by using catalytically inactive Cas13 (dCas13) to direct adenosine-to-inosine deaminase activity by ADAR2 (adenosine deaminase acting on RNA type 2) to transcripts in mammalian cells. This system, referred to as RNA Editing for Programmable A to I Replacement (REPAIR), which has no strict sequence constraints, can be used to edit full-length transcripts containing pathogenic mutations. We further engineered this system to create a high-specificity variant and minimized the system to facilitate viral delivery. REPAIR presents a promising RNA-editing platform with broad applicability for research, therapeutics, and biotechnology. Copyright © 2017, American Association for the Advancement of Science.

Effects of Using a Computer Algebra System (CAS) on Junior College Students' Attitudes towards CAS and Achievement in Mathematics

ERIC Educational Resources Information Center

Leng, Ng Wee; Choo, Kwee Tiow; Soon, Lau Hock; Yi-Huak, Koh; Sun, Yap Yew

2005-01-01

This study examines the effects of using Texas Instruments' Voyage 200 calculator (V200), a graphing calculator with a built-in computer algebra system (CAS), on attitudes towards CAS and achievement in mathematics of junior college students (17 year olds). Students' attitudes towards CAS were examined using a 40-item Likert-type instrument…

[CRISPR/CAS9, the King of Genome Editing Tools].

PubMed

Bannikov, A V; Lavrov, A V

2017-01-01

The discovery of CRISPR/Cas9 brought a hope for having an efficient, reliable, and readily available tool for genome editing. CRISPR/Cas9 is certainly easy to use, while its efficiency and reliability remain the focus of studies. The review describes the general principles of the organization and function of Cas nucleases and a number of important issues to be considered while planning genome editing experiments with CRISPR/Cas9. The issues include evaluation of the efficiency and specificity for Cas9, sgRNA selection, Cas9 variants designed artificially, and use of homologous recombination and nonhomologous end joining in DNA editing.

Les séquelles de brûlures cervicales: aspects épidémiologique, clinique et thérapeutique au Maroc

PubMed Central

Rafik, Amine; Chabak, Hakim; Diouri, Mounia; Bahechar, Naïma; Chlihi, Abdessamad

2015-01-01

Les séquelles de brûlures cervicales représentent une entité fréquente des séquelles de brûlure, elles affectent la fonction, l'esthétique et l’état psychologique des patients et peuvent être de traitement difficile. Il s'agit d'une étude rétrospective étalée sur 5 ans de Mars 2009 au Octobre2014, réalisée au centre national des brûlés et de chirurgie plastique au CHU Ibn Rochd Casablanca. Nous avons analysé les caractéristiques épidémiologiqueset cliniques ainsi que les indications et les résultats thérapeutiques chez 300 patients présentant des rétractions cervicales post-brûlure, suivis dans notre formation. Les jeunes femmes étaient le plus souvent touchées (56%). la brûlure thermique par flamme de butane dans le cadre d'accident domestique était l’étiologie la plus fréquente (91%).75% des patients ont été pris en charge dans un délai de 18 mois après avoir présenté une incapacité fonctionnelle. Les brides cervicales modérées et sévères sont les plus fréquentes et représentent respectivement 60% et 16% des cas. Le traitement chirurgical a fait appel aux greffes cutanées dans 67%des cas, aux plasties locales dans 24%des cas et aux lambeaux dans 24% des cas, les résultats sont jugés bons dans 75%des cas et moyens dans 18% des cas, tandis que les cas restants (7%) ont nécessité une reprise chirurgicale. Le traitement des brides cervicales doit être associé à un programme de rééducation adapté, afin d'assurer la pérennité des résultats fonctionnels et esthétiques. PMID:26301017

CRISPR/Cas9 for cancer research and therapy.

PubMed

Zhan, Tianzuo; Rindtorff, Niklas; Betge, Johannes; Ebert, Matthias P; Boutros, Michael

2018-04-16

CRISPR/Cas9 has become a powerful method for making changes to the genome of many organisms. First discovered in bacteria as part of an adaptive immune system, CRISPR/Cas9 and modified versions have found a widespread use to engineer genomes and to activate or to repress the expression of genes. As such, CRISPR/Cas9 promises to accelerate cancer research by providing an efficient technology to dissect mechanisms of tumorigenesis, identify targets for drug development, and possibly arm cells for cell-based therapies. Here, we review current applications of the CRISPR/Cas9 technology for cancer research and therapy. We describe novel Cas9 variants and how they are used in functional genomics to discover novel cancer-specific vulnerabilities. Furthermore, we highlight the impact of CRISPR/Cas9 in generating organoid and mouse models of cancer. Finally, we provide an overview of the first clinical trials that apply CRISPR/Cas9 as a therapeutic approach against cancer. Copyright © 2018 The Authors. Published by Elsevier Ltd.. All rights reserved.

Une cause rare de compression médullaire: kyste arachnoïdien épidural rachidien (à propos de 03 cas)

PubMed Central

El Saqui, Abderrazzak; Aggouri, Mohamed; Benzagmout, Mohamed; Chakour, Khalid; Chaoui, Mohamed El Faiz

2017-01-01

Le kyste arachnoïdien épidural rachidien (KAER) est une affection bénigne, de physiopathologie encore incertaine. Il est le plus souvent asymptomatique mais peut causer des séquelles neurologiques graves surtout quand le traitement n'est pas instauré à temps. Nous rapportons l'expérience du service de Neurochirurgie CHU Hassan II- Fès concernant la prise en charge du KAER à travers l'analyse rétrospective de trois cas. Il s'agit de deux patients de sexe masculin et d'une femme, d'âge moyen de 35 ans (Extrêmes: 16 et 56 ans), tous admis pour un tableau de compression médullaire lente. Tous nos patients ont bénéficié d'une IRM médullaire qui a mis en évidence une collection liquidienne de siège épidural, ayant le même signal que le LCR, comprimant la moelle en regard. Le siège de la collection était thoracique dans tous les cas. Tous nos patients ont été opérés par voie postérieure avec exérèse du kyste et ligature du collet dans deux cas et une plastie durale dans un seul cas. L'étude anatomopathologique a conclu en un kyste arachnoïdien. L'évolution postopératoire était favorable dans tous les cas. Ce travail a comme objectif de mettre le point sur cette pathologie tout en insistant sur la nécessité d'une prise en charge précoce, vu la tendance vers l'aggravation progressive en l'absence de thérapie adaptée et rappeler les particularités cliniques, paracliniques et thérapeutiques de cette affection. PMID:28533855

Examination of CRISPR/Cas9 design tools and the effect of target site accessibility on Cas9 activity.

PubMed

Lee, Ciaran M; Davis, Timothy H; Bao, Gang

2018-04-01

What is the topic of this review? In this review, we analyse the performance of recently described tools for CRISPR/Cas9 guide RNA design, in particular, design tools that predict CRISPR/Cas9 activity. What advances does it highlight? Recently, many tools designed to predict CRISPR/Cas9 activity have been reported. However, the majority of these tools lack experimental validation. Our analyses indicate that these tools have poor predictive power. Our preliminary results suggest that target site accessibility should be considered in order to develop better guide RNA design tools with improved predictive power. The recent adaptation of the clustered regulatory interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 (Cas9) system for targeted genome engineering has led to its widespread application in many fields worldwide. In order to gain a better understanding of the design rules of CRISPR/Cas9 systems, several groups have carried out large library-based screens leading to some insight into sequence preferences among highly active target sites. To facilitate CRISPR/Cas9 design, these studies have spawned a plethora of guide RNA (gRNA) design tools with algorithms based solely on direct or indirect sequence features. Here, we demonstrate that the predictive power of these tools is poor, suggesting that sequence features alone cannot accurately inform the cutting efficiency of a particular CRISPR/Cas9 gRNA design. Furthermore, we demonstrate that DNA target site accessibility influences the activity of CRISPR/Cas9. With further optimization, we hypothesize that it will be possible to increase the predictive power of gRNA design tools by including both sequence and target site accessibility metrics. © 2017 The Authors. Experimental Physiology © 2017 The Physiological Society.

Suivi prospectif sur 5 ans des tentatives de suicide en population clinique dans la région de Fès, Maroc

PubMed Central

Aarab, Chadya; Elghazouani, Fatima; Aalouane, Rachid; Rammouz, Ismail

2014-01-01

Au Maroc, les tentatives de suicide (TS) demeurent un sujet mal évalué à cause de considérations socioculturelles et l'absence d'approche longitudinale. L'objectif principal était d’évaluer le devenir des suicidants après 5ans au centre universitaire psychiatrique de Fès, les objectifs secondaires étaient l'estimation de la prévalence des TS, préciser les étiologies les plus fréquentes, et établir une corrélation entre les paramètres sociodémographiques, cliniques et évolutifs. Etude prospective à visée transversale et longitudinale, incluant les suicidants vus à l'hôpital psychiatrique de Fès, avec un suivi longitudinal sur 5ans. L’évaluation a été faite par un hétéro-questionnaire et le Mini International Neuropsychiatric Interview (MINI) cherchant le trouble psychiatrique sous jacent. On a recruté 105 patients suicidants, 62% des femmes, l’âge moyen est de 29,23ans. La prévalence des tentatives de suicide est de 3% sur l'ensemble des consultants à l’établissement. Les troubles de l'humeur, psychotiques et de personnalité ont occupé respectivement 37,6%, 27,7%, et 25,7% des cas. La récidive suicidaire a été notée chez 54% des patients, était significativement corrélée à la vie solitaire (P: 0,039) et à la présence d'antécédents familiaux de TS (P: 0,046). L'utilisation de moyens violents était significativement fréquente chez les patients psychotiques. Après 5ans, 32 patients ont répondu à notre appel. Le taux de récidive était de 15%. On a noté trois cas de décès dont deux suicides confirmés. Les résultats confirment les données de la littérature scientifique avec certaines particularités cliniques et évolutives. PMID:25478042

Advances in therapeutic CRISPR/Cas9 genome editing.

PubMed

Savić, Nataša; Schwank, Gerald

2016-02-01

Targeted nucleases are widely used as tools for genome editing. Two years ago the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated Cas9 nuclease was used for the first time, and since then has largely revolutionized the field. The tremendous success of the CRISPR/Cas9 genome editing tool is powered by the ease design principle of the guide RNA that targets Cas9 to the desired DNA locus, and by the high specificity and efficiency of CRISPR/Cas9-generated DNA breaks. Several studies recently used CRISPR/Cas9 to successfully modulate disease-causing alleles in vivo in animal models and ex vivo in somatic and induced pluripotent stem cells, raising hope for therapeutic genome editing in the clinics. In this review, we will summarize and discuss such preclinical CRISPR/Cas9 gene therapy reports. Copyright © 2016 Elsevier Inc. All rights reserved.

Recent Advances in Genome Editing Using CRISPR/Cas9.

PubMed

Ding, Yuduan; Li, Hong; Chen, Ling-Ling; Xie, Kabin

2016-01-01

The CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)-Cas9 (CRISPR-associated nuclease 9) system is a versatile tool for genome engineering that uses a guide RNA (gRNA) to target Cas9 to a specific sequence. This simple RNA-guided genome-editing technology has become a revolutionary tool in biology and has many innovative applications in different fields. In this review, we briefly introduce the Cas9-mediated genome-editing method, summarize the recent advances in CRISPR/Cas9 technology, and discuss their implications for plant research. To date, targeted gene knockout using the Cas9/gRNA system has been established in many plant species, and the targeting efficiency and capacity of Cas9 has been improved by optimizing its expression and that of its gRNA. The CRISPR/Cas9 system can also be used for sequence-specific mutagenesis/integration and transcriptional control of target genes. We also discuss off-target effects and the constraint that the protospacer-adjacent motif (PAM) puts on CRISPR/Cas9 genome engineering. To address these problems, a number of bioinformatic tools are available to help design specific gRNAs, and new Cas9 variants and orthologs with high fidelity and alternative PAM specificities have been engineered. Owing to these recent efforts, the CRISPR/Cas9 system is becoming a revolutionary and flexible tool for genome engineering. Adoption of the CRISPR/Cas9 technology in plant research would enable the investigation of plant biology at an unprecedented depth and create innovative applications in precise crop breeding.

Recent Advances in Genome Editing Using CRISPR/Cas9

PubMed Central

Ding, Yuduan; Li, Hong; Chen, Ling-Ling; Xie, Kabin

2016-01-01

The CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)-Cas9 (CRISPR-associated nuclease 9) system is a versatile tool for genome engineering that uses a guide RNA (gRNA) to target Cas9 to a specific sequence. This simple RNA-guided genome-editing technology has become a revolutionary tool in biology and has many innovative applications in different fields. In this review, we briefly introduce the Cas9-mediated genome-editing method, summarize the recent advances in CRISPR/Cas9 technology, and discuss their implications for plant research. To date, targeted gene knockout using the Cas9/gRNA system has been established in many plant species, and the targeting efficiency and capacity of Cas9 has been improved by optimizing its expression and that of its gRNA. The CRISPR/Cas9 system can also be used for sequence-specific mutagenesis/integration and transcriptional control of target genes. We also discuss off-target effects and the constraint that the protospacer-adjacent motif (PAM) puts on CRISPR/Cas9 genome engineering. To address these problems, a number of bioinformatic tools are available to help design specific gRNAs, and new Cas9 variants and orthologs with high fidelity and alternative PAM specificities have been engineered. Owing to these recent efforts, the CRISPR/Cas9 system is becoming a revolutionary and flexible tool for genome engineering. Adoption of the CRISPR/Cas9 technology in plant research would enable the investigation of plant biology at an unprecedented depth and create innovative applications in precise crop breeding. PMID:27252719

Assisting Students' Cognitive Strategies with the Use of CAS

ERIC Educational Resources Information Center

Sarvari, Csaba; Lavicza, Zsolt; Klincsik, Mihaly

2010-01-01

This paper examines various cognitive strategies applied while CAS (Computer Algebra System) are used in undergraduate-level engineering mathematics teaching and learning. We posed some questions in relation to such CAS use: What kind of tools can CAS offer to enhance different cognitive strategies of students? How can the use of CAS widen the…

Production of Purified CasRNPs for Efficacious Genome Editing.

PubMed

Lingeman, Emily; Jeans, Chris; Corn, Jacob E

2017-10-02

CRISPR-Cas systems have been harnessed as modular genome editing reagents for functional genomics and show promise to cure genetic diseases. Directed by a guide RNA, a Cas effector introduces a double stranded break in DNA and host cell DNA repair leads to the introduction of errors (e.g., to knockout a gene) or a programmed change. Introduction of a Cas effector and guide RNA as a purified Cas ribonucleoprotein complex (CasRNP) has recently emerged as a powerful approach to alter cell types and organisms. Not only does CasRNP editing exhibit increased efficacy and specificity, it avoids optimization and iteration of species-specific factors such as codon usage, promoters, and terminators. CasRNP editing has been rapidly adopted for research use in many contexts and is quickly becoming a popular method to edit primary cells for therapeutic application. This article describes how to make a Cas9 RNP and outlines its use for gene editing in human cells. © 2017 by John Wiley & Sons, Inc. Copyright © 2017 John Wiley & Sons, Inc.

A Cas9 transgenic Plasmodium yoelii parasite for efficient gene editing.

PubMed

Qian, Pengge; Wang, Xu; Yang, Zhenke; Li, Zhenkui; Gao, Han; Su, Xin-Zhuan; Cui, Huiting; Yuan, Jing

2018-06-01

The RNA-guided endonuclease Cas9 has applied as an efficient gene-editing method in malaria parasite Plasmodium. However, the size (4.2 kb) of the commonly used Cas9 from Streptococcus pyogenes (SpCas9) limits its utility for genome editing in the parasites only introduced with cas9 plasmid. To establish the endogenous and constitutive expression of Cas9 protein in the rodent malaria parasite P. yoelii, we replaced the coding region of an endogenous gene sera1 with the intact SpCas9 coding sequence using the CRISPR/Cas9-mediated genome editing method, generating the cas9-knockin parasite (PyCas9ki) of the rodent malaria parasite P. yoelii. The resulted PyCas9ki parasite displays normal progression during the whole life cycle and possesses the Cas9 protein expression in asexual blood stage. By introducing the plasmid (pYCs) containing only sgRNA and homologous template elements, we successfully achieved both deletion and tagging modifications for different endogenous genes in the genome of PyCas9ki parasite. This cas9-knockin PyCas9ki parasite provides a new platform facilitating gene functions study in the rodent malaria parasite P. yoelii. Copyright © 2018 Elsevier B.V. All rights reserved.

CRISPR/Cas9 in Genome Editing and Beyond.

PubMed

Wang, Haifeng; La Russa, Marie; Qi, Lei S

2016-06-02

The Cas9 protein (CRISPR-associated protein 9), derived from type II CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) bacterial immune systems, is emerging as a powerful tool for engineering the genome in diverse organisms. As an RNA-guided DNA endonuclease, Cas9 can be easily programmed to target new sites by altering its guide RNA sequence, and its development as a tool has made sequence-specific gene editing several magnitudes easier. The nuclease-deactivated form of Cas9 further provides a versatile RNA-guided DNA-targeting platform for regulating and imaging the genome, as well as for rewriting the epigenetic status, all in a sequence-specific manner. With all of these advances, we have just begun to explore the possible applications of Cas9 in biomedical research and therapeutics. In this review, we describe the current models of Cas9 function and the structural and biochemical studies that support it. We focus on the applications of Cas9 for genome editing, regulation, and imaging, discuss other possible applications and some technical considerations, and highlight the many advantages that CRISPR/Cas9 technology offers.

Structural and functional insights into the interaction between the Cas family scaffolding protein p130Cas and the focal adhesion-associated protein paxillin

DOE Office of Scientific and Technical Information (OSTI.GOV)

Zhang, Chi; Miller, Darcie J.; Guibao, Cristina D.

The Cas family scaffolding protein p130Cas is a Src substrate localized in focal adhesions (FAs) and functions in integrin signaling to promote cell motility, invasion, proliferation, and survival. p130Cas targeting to FAs is essential for its tyrosine phosphorylation and downstream signaling. Although the N-terminal SH3 domain is important for p130Cas localization, it has also been reported that the C-terminal region is involved in p130Cas FA targeting. The C-terminal region of p130Cas or Cas family homology domain (CCHD) has been reported to adopt a structure similar to that of the focal adhesion kinase C-terminal focal adhesion-targeting domain. The mechanism by whichmore » the CCHD promotes FA targeting of p130Cas, however, remains unclear. In this study, using a calorimetry approach, we identified the first LD motif (LD1) of the FA-associated protein paxillin as the binding partner of the p130Cas CCHD (in a 1:1 stoichiometry with a Kd ~4.2 μM) and elucidated the structure of the p130Cas CCHD in complex with the paxillin LD1 motif by X-ray crystallography. Of note, a comparison of the CCHD/LD1 complex with a previously solved structure of CCHD in complex with the SH2-containing protein NSP3 revealed that LD1 had almost identical positioning of key hydrophobic and acidic residues relative to NSP3. Because paxillin is one of the key scaffold molecules in FAs, we propose that the interaction between the p130Cas CCHD and the LD1 motif of paxillin plays an important role in p130Cas FA targeting.« less

RNA-dependent RNA targeting by CRISPR-Cas9

PubMed Central

Strutt, Steven C; Torrez, Rachel M; Kaya, Emine; Negrete, Oscar A

2018-01-01

Double-stranded DNA (dsDNA) binding and cleavage by Cas9 is a hallmark of type II CRISPR-Cas bacterial adaptive immunity. All known Cas9 enzymes are thought to recognize DNA exclusively as a natural substrate, providing protection against DNA phage and plasmids. Here, we show that Cas9 enzymes from both subtypes II-A and II-C can recognize and cleave single-stranded RNA (ssRNA) by an RNA-guided mechanism that is independent of a protospacer-adjacent motif (PAM) sequence in the target RNA. RNA-guided RNA cleavage is programmable and site-specific, and we find that this activity can be exploited to reduce infection by single-stranded RNA phage in vivo. We also demonstrate that Cas9 can direct PAM-independent repression of gene expression in bacteria. These results indicate that a subset of Cas9 enzymes have the ability to act on both DNA and RNA target sequences, and suggest the potential for use in programmable RNA targeting applications. PMID:29303478

The Revolution Continues: Newly Discovered Systems Expand the CRISPR-Cas Toolkit.

PubMed

Murugan, Karthik; Babu, Kesavan; Sundaresan, Ramya; Rajan, Rakhi; Sashital, Dipali G

2017-10-05

CRISPR-Cas systems defend prokaryotes against bacteriophages and mobile genetic elements and serve as the basis for revolutionary tools for genetic engineering. Class 2 CRISPR-Cas systems use single Cas endonucleases paired with guide RNAs to cleave complementary nucleic acid targets, enabling programmable sequence-specific targeting with minimal machinery. Recent discoveries of previously unidentified CRISPR-Cas systems have uncovered a deep reservoir of potential biotechnological tools beyond the well-characterized Type II Cas9 systems. Here we review the current mechanistic understanding of newly discovered single-protein Cas endonucleases. Comparison of these Cas effectors reveals substantial mechanistic diversity, underscoring the phylogenetic divergence of related CRISPR-Cas systems. This diversity has enabled further expansion of CRISPR-Cas biotechnological toolkits, with wide-ranging applications from genome editing to diagnostic tools based on various Cas endonuclease activities. These advances highlight the exciting prospects for future tools based on the continually expanding set of CRISPR-Cas systems. Copyright © 2017 Elsevier Inc. All rights reserved.

Cas4-Dependent Prespacer Processing Ensures High-Fidelity Programming of CRISPR Arrays.

PubMed

Lee, Hayun; Zhou, Yi; Taylor, David W; Sashital, Dipali G

2018-04-05

CRISPR-Cas immune systems integrate short segments of foreign DNA as spacers into the host CRISPR locus to provide molecular memory of infection. Cas4 proteins are widespread in CRISPR-Cas systems and are thought to participate in spacer acquisition, although their exact function remains unknown. Here we show that Bacillus halodurans type I-C Cas4 is required for efficient prespacer processing prior to Cas1-Cas2-mediated integration. Cas4 interacts tightly with the Cas1 integrase, forming a heterohexameric complex containing two Cas1 dimers and two Cas4 subunits. In the presence of Cas1 and Cas2, Cas4 processes double-stranded substrates with long 3' overhangs through site-specific endonucleolytic cleavage. Cas4 recognizes PAM sequences within the prespacer and prevents integration of unprocessed prespacers, ensuring that only functional spacers will be integrated into the CRISPR array. Our results reveal the critical role of Cas4 in maintaining fidelity during CRISPR adaptation, providing a structural and mechanistic model for prespacer processing and integration. Copyright © 2018 Elsevier Inc. All rights reserved.

La tuberculose pulmonaire et le tabac: à propos de 100 cas

PubMed Central

Janah, Hicham; Souhi, Hicham; Kouissmi, Hatim; Marc, Karima; Zahraoui, Rachida; Benamor, Jouda; Soualhi, Mona; Bourkadi, Jamal Eddine

2014-01-01

Le tabagisme et la tuberculose sont deux enjeux majeurs de santé publique au niveau mondial, en particulier dans les pays émergents. Pour déterminer les particularités cliniques, radiologiques, bactériologiques et thérapeutiques de la tuberculose pulmonaire chez les sujets tabagiques nous avons mené une étude prospective au service de phtisiologie de l'hôpital Moulay Youssef sur une période de 10 mois, portant sur 100 nouveaux cas de tuberculose pulmonaire, répartis en 2 groupes, 50 patients tabagiques: Groupe A et 50 patients non tabagiques: Groupe B. Tous nos patients étaient de sexe masculin, l’âge moyen était de 41 ans ± 12 chez le groupe A et de 36 ans ± 16 chez le groupe B. Le délai de consultation était plus long chez les tabagiques, la médiane était de 60j (30; 98) contre 40j (30; 60), la symptomatologie clinique était variable chez les deux groupes, dominée par les expectorations chez les tabagiques 96% contre 60%. Les lésions radiologiques étaient similaires chez les deux groupes ainsi que la charge bacillaire. Tous les patients ont été mis sous traitement antituberculeux. Après un mois du traitement, la Bacilloscopie était négative chez 50% du groupe A contre 66% chez le groupe B. la régression des lésions radiologiques était similaire chez les deux groupes. Le retard diagnostique et le retard de négativation des frottis sont les principales particularités de la tuberculose pulmonaire du sujet tabagique. Le sevrage tabagique doit faire partie intégrante de la prise en charge des patients atteints de tuberculose. PMID:25821545

Nucleosome breathing and remodeling constrain CRISPR-Cas9 function

PubMed Central

Isaac, R Stefan; Jiang, Fuguo; Doudna, Jennifer A; Lim, Wendell A; Narlikar, Geeta J; Almeida, Ricardo

2016-01-01

The CRISPR-Cas9 bacterial surveillance system has become a versatile tool for genome editing and gene regulation in eukaryotic cells, yet how CRISPR-Cas9 contends with the barriers presented by eukaryotic chromatin is poorly understood. Here we investigate how the smallest unit of chromatin, a nucleosome, constrains the activity of the CRISPR-Cas9 system. We find that nucleosomes assembled on native DNA sequences are permissive to Cas9 action. However, the accessibility of nucleosomal DNA to Cas9 is variable over several orders of magnitude depending on dynamic properties of the DNA sequence and the distance of the PAM site from the nucleosome dyad. We further find that chromatin remodeling enzymes stimulate Cas9 activity on nucleosomal templates. Our findings imply that the spontaneous breathing of nucleosomal DNA together with the action of chromatin remodelers allow Cas9 to effectively act on chromatin in vivo. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.13450.001 PMID:27130520

CRISPR/Cas9 Based Genome Editing of Penicillium chrysogenum.

PubMed

Pohl, C; Kiel, J A K W; Driessen, A J M; Bovenberg, R A L; Nygård, Y

2016-07-15

CRISPR/Cas9 based systems have emerged as versatile platforms for precision genome editing in a wide range of organisms. Here we have developed powerful CRISPR/Cas9 tools for marker-based and marker-free genome modifications in Penicillium chrysogenum, a model filamentous fungus and industrially relevant cell factory. The developed CRISPR/Cas9 toolbox is highly flexible and allows editing of new targets with minimal cloning efforts. The Cas9 protein and the sgRNA can be either delivered during transformation, as preassembled CRISPR-Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) or expressed from an AMA1 based plasmid within the cell. The direct delivery of the Cas9 protein with in vitro synthesized sgRNA to the cells allows for a transient method for genome engineering that may rapidly be applicable for other filamentous fungi. The expression of Cas9 from an AMA1 based vector was shown to be highly efficient for marker-free gene deletions.

Single-stranded DNA cleavage by divergent CRISPR-Cas9 enzymes

PubMed Central

Ma, Enbo; Harrington, Lucas B.; O’Connell, Mitchell R.; Zhou, Kaihong; Doudna, Jennifer A.

2015-01-01

Summary Double-stranded DNA (dsDNA) cleavage by Cas9 is a hallmark of type II CRISPR-Cas immune systems. Cas9–guide RNA complexes recognize 20-base-pair sequences in DNA and generate a site-specific double-strand break, a robust activity harnessed for genome editing. DNA recognition by all studied Cas9 enzymes requires a protospacer adjacent motif (PAM) next to the target site. We show that Cas9 enzymes from evolutionarily divergent bacteria can recognize and cleave single-stranded DNA (ssDNA) by an RNA-guided, PAM-independent recognition mechanism. Comparative analysis shows that in contrast to the type II-A S. pyogenes Cas9 that is widely used for genome engineering, the smaller type II-C Cas9 proteins have limited dsDNA binding and unwinding activity and promiscuous guide-RNA specificity. These results indicate that inefficiency of type II-C Cas9 enzymes for genome editing results from a limited ability to cleave dsDNA, and suggest that ssDNA cleavage was an ancestral function of the Cas9 enzyme family. PMID:26545076

Les accidents aux AVK: étude rétrospective à propos de 30 cas

PubMed Central

Serghini, Issam; Aissaoui, Younés; Quamouss, Youssef; Sedikki, Rachid; Taj, Nourredine; Salim Alaoui, Jaafar; Zoubir, Mohamed; Boughanem, Mohamed

2012-01-01

Les accidents hémorragiques sous AVK (antivitamines K) sont la première cause d’hospitalisation iatrogène. Le but de cette étude est de ressortir les caractéristiques des patients présentant des accidents hémorragiques graves sous AVK et de mettre le point sur la prise en charge. Nous avons réalisé une étude rétrospective portant sur 30 malades, réalisée au service de réanimation de l’hôpital militaire Avicenne de Marrakech. L’âge moyen de nos patients est de 59, 6 avec un sexe ratio de 1,5 (18 femmes et 12 femmes). On note dans notre série le terrain multi-taré des patients sous AVK avec plusieurs antécédents en cause. La fibrillation auriculaire était la principale indication recensée. Plus que la moitié ne bénéficiaient pas d’une bonne surveillance biologique à base d’INR (international normalized ratio). Le saignement d’origine gastro-intestinal était le plus fréquent. La conduite était différente en fonction des cas mais axée sur l’arrêt des AVK, l’administration de vit K, la transfusion de culots globulaires et plasma frais congelé. Plus du quart des patients admis sont décédés. L’index de Landefeld s’est avéré utile, il permet de classer les patients selon le risque prédictif de saignement (élevé moyen ou faible), ce qui concordait avec les résultats de notre étude. Son importance est d’ autant plus qu’il est facile à mesurer et à appliquer par le médecin en ambulatoire et permet de définir les patients nécessitant une surveillance accrue. La polymédication et les antécédents de saignement digestif sont apparus comme facteur de risque de saignement sous AVK. La prévention de la survenue de ces accidents est le pilier de la prise en charge, d’où l’importance de l’information et de l’éducation des différents intervenants dans cette complication iatrogène potentiellement mortelle. PMID:22514758

Fluctuations Magnetiques des Gaz D'electrons Bidimensionnels: Application AU Compose Supraconducteur LANTHANE(2-X) Strontium(x) Cuivre OXYGENE(4)

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Benard, Pierre

Nous presentons une etude des fluctuations magnetiques de la phase normale de l'oxyde de cuivre supraconducteur La_{2-x}Sr _{x}CuO_4 . Le compose est modelise par le Hamiltonien de Hubbard bidimensionnel avec un terme de saut vers les deuxiemes voisins (modele tt'U). Le modele est etudie en utilisant l'approximation de la GRPA (Generalized Random Phase Approximation) et en incluant les effets de la renormalisation de l'interaction de Hubbard par les diagrammes de Brueckner-Kanamori. Dans l'approche presentee dans ce travail, les maximums du facteur de structure magnetique observes par les experiences de diffusion de neutrons sont associes aux anomalies 2k _{F} de reseau du facteur de structure des gaz d'electrons bidimensionnels sans interaction. Ces anomalies proviennent de la diffusion entre particules situees a des points de la surface de Fermi ou les vitesses de Fermi sont tangentes, et conduisent a des divergences dont la nature depend de la geometrie de la surface de Fermi au voisinage de ces points. Ces resultats sont ensuite appliques au modele tt'U, dont le modele de Hubbard usuel tU est un cas particulier. Dans la majorite des cas, les interactions ne determinent pas la position des maximums du facteur de structure. Le role de l'interaction est d'augmenter l'intensite des structures du facteur de structure magnetique associees a l'instabilite magnetique du systeme. Ces structures sont souvent deja presentes dans la partie imaginaire de la susceptibilite sans interaction. Le rapport d'intensite entre les maximums absolus et les autres structures du facteur de structure magnetique permet de determiner le rapport U_ {rn}/U_{c} qui mesure la proximite d'une instabilite magnetique. Le diagramme de phase est ensuite etudie afin de delimiter la plage de validite de l'approximation. Apres avoir discute des modes collectifs et de l'effet d'une partie imaginaire non-nulle de la self-energie, l'origine de l'echelle d'energie des fluctuations magnetiques est examinee

Nouvelles approches en theorie du champ moyen dynamique: le cas du pouvoir thermoelectrique et celui de l'effet orbital d'un champ magnetique

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Arsenault, Louis-Francois

Les applications reliees a la generation d'energie motivent la recherche de materiaux ayant un fort pouvoir thermoelectrique (S). De plus, S nous renseigne sur certaines proprietes fondamentales des materiaux, comme, par exemple, la transition entre l'etat coherent et incoherent des quasi-particules lorsque la temperature augmente. Empiriquement, la presence de fortes interactions electron-electron peut mener a un pouvoir thermoelectrique geant. Nous avons donc etudie le modele le plus simple qui tient compte de ces fortes interactions, le modele de Hubbard. La theorie du champ moyen dynamique (DMFT) est tout indiquee dans ce cas. Nous nous sommes concentres sur un systeme tridimensionnel (3d) cubique a face centree (fcc), et ce, pour plusieurs raisons. A) Ce type de cristal est tres commun dans la nature. B) La DMFT donne de tres bons resultats en 3d et donc ce choix sert aussi de preuve de principe de la methode. C) Finalement, a cause de la frustration electronique intrinseque au fcc, celui-ci ne presente pas de symetrie particule-trou, ce qui est tres favorable a l'apparition d'une grande valeur de S. Ce travail demontre que lorsque le materiau est un isolant a demi-remplissage a cause des fortes interactions (isolant de Mott), il est possible d'obtenir de grands pouvoirs thermoelectriques en le dopant legerement. C'est un resultat pratique important. Du point de vue methodologique, nous avons montre comment la limite de frequence infinie de S et l'approche dite de Kelvin, qui considere la limite de frequence nulle avant la limite thermodynamique pour S, donnent des estimations fiables de la vraie limite continue (DC) dans les domaines de temperature appropriee. Ces deux approches facilitent grandement les calculs en court-circuit ant la necessite de recourir a de problematiques prolongements analytiques. Nous avons trouve que la methode de calcul a frequence infinie fonctionne bien lorsque les echelles d'energie sont relativement faibles. En d'autres termes

Application of CRISPR/Cas9 in plant biology.

PubMed

Liu, Xuan; Wu, Surui; Xu, Jiao; Sui, Chun; Wei, Jianhe

2017-05-01

The CRISPR/Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated proteins) system was first identified in bacteria and archaea and can degrade exogenous substrates. It was developed as a gene editing technology in 2013. Over the subsequent years, it has received extensive attention owing to its easy manipulation, high efficiency, and wide application in gene mutation and transcriptional regulation in mammals and plants. The process of CRISPR/Cas is optimized constantly and its application has also expanded dramatically. Therefore, CRISPR/Cas is considered a revolutionary technology in plant biology. Here, we introduce the mechanism of the type II CRISPR/Cas called CRISPR/Cas9, update its recent advances in various applications in plants, and discuss its future prospects to provide an argument for its use in the study of medicinal plants.

Anesthésie d’un greffé cardiaque en chirurgie non cardiaque: à propos d’un cas clinique et revue de la littérature

PubMed Central

Nassirou, Oumarou Mahamane Mamane; Jaafari, Abdelhamid; Chlouchi, Abdellatif; Bensghir, Mustapha; Haimeur, Charki

2016-01-01

Le nombre et la durée de survie des patients transplantés cardiaque sont en augmentation. Une partie de ces patients se présentent régulièrement pour une chirurgie générale en dehors de la transplantation cardiaque. L’anesthésie chez ces patients peut être difficile en raison des particularités physiologiques du cœur dénervé et de la gestion du traitement immunosuppresseur avec le risque de rejet et d’infection. Nous discutons la prise en charge anesthésique à travers un cas d’un patient âgé de 60 ans transplanté cardiaque devant subir une chirurgie de cure d’éventration abdominale et une revue de la littérature. PMID:28154639

CRISPR-Cas Genome Surgery in Ophthalmology

PubMed Central

DiCarlo, James E.; Sengillo, Jesse D.; Justus, Sally; Cabral, Thiago; Tsang, Stephen H.; Mahajan, Vinit B.

2017-01-01

Genetic disease affecting vision can significantly impact patient quality of life. Gene therapy seeks to slow the progression of these diseases by treating the underlying etiology at the level of the genome. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated systems (Cas) represent powerful tools for studying diseases through the creation of model organisms generated by targeted modification and by the correction of disease mutations for therapeutic purposes. CRISPR-Cas systems have been applied successfully to the visual sciences and study of ophthalmic disease – from the modification of zebrafish and mammalian models of eye development and disease, to the correction of pathogenic mutations in patient-derived stem cells. Recent advances in CRISPR-Cas delivery and optimization boast improved functionality that continues to enhance genome-engineering applications in the eye. This review provides a synopsis of the recent implementations of CRISPR-Cas tools in the field of ophthalmology. PMID:28573077

RNA-dependent RNA targeting by CRISPR-Cas9

DOE Office of Scientific and Technical Information (OSTI.GOV)

Strutt, Steven C.; Torrez, Rachel M.; Kaya, Emine

Double-stranded DNA (dsDNA) binding and cleavage by Cas9 is a hallmark of type II CRISPR-Cas bacterial adaptive immunity. All known Cas9 enzymes are thought to recognize DNA exclusively as a natural substrate, providing protection against DNA phage and plasmids. Here, we show that Cas9 enzymes from both subtypes II-A and II-C can recognize and cleave single-stranded RNA (ssRNA) by an RNA-guided mechanism that is independent of a protospacer-adjacent motif (PAM) sequence in the target RNA. RNA-guided RNA cleavage is programmable and site-specific, and we find that this activity can be exploited to reduce infection by single-stranded RNA phage in vivo.more » We also demonstrate that Cas9 can direct PAM-independent repression of gene expression in bacteria. In conclusion, these results indicate that a subset of Cas9 enzymes have the ability to act on both DNA and RNA target sequences, and suggest the potential for use in programmable RNA targeting applications.« less

RNA-dependent RNA targeting by CRISPR-Cas9

DOE PAGES

Strutt, Steven C.; Torrez, Rachel M.; Kaya, Emine; ...

2018-01-05

Double-stranded DNA (dsDNA) binding and cleavage by Cas9 is a hallmark of type II CRISPR-Cas bacterial adaptive immunity. All known Cas9 enzymes are thought to recognize DNA exclusively as a natural substrate, providing protection against DNA phage and plasmids. Here, we show that Cas9 enzymes from both subtypes II-A and II-C can recognize and cleave single-stranded RNA (ssRNA) by an RNA-guided mechanism that is independent of a protospacer-adjacent motif (PAM) sequence in the target RNA. RNA-guided RNA cleavage is programmable and site-specific, and we find that this activity can be exploited to reduce infection by single-stranded RNA phage in vivo.more » We also demonstrate that Cas9 can direct PAM-independent repression of gene expression in bacteria. In conclusion, these results indicate that a subset of Cas9 enzymes have the ability to act on both DNA and RNA target sequences, and suggest the potential for use in programmable RNA targeting applications.« less

Editing plants for virus resistance using CRISPR-Cas.

PubMed

Green, J C; Hu, J S

This minireview summarizes recent advancements using the clustered regularly interspaced palindromic repeats-associated nuclease systems (CRISPR-Cas) derived from prokaryotes to breed plants resistant to DNA and RNA viruses. The CRISPR-Cas system represents a powerful tool able to edit and insert novel traits into plants precisely at chosen loci offering enormous advantages to classical breeding. Approaches to engineering plant virus resistance in both transgenic and non-transgenic plants are discussed. Iterations of the CRISPR-Cas system, FnCas9 and C2c2 capable of editing RNA in eukaryotic cells offer a particular advantage for providing resistance to RNA viruses which represent the great majority of known plant viruses. Scientists have obtained conflicting results using gene silencing technology to produce transgenic plants resistant to geminiviruses. CRISPR-Cas systems engineered in plants to target geminiviruses have consistently reduced virus accumulation providing increased resistance to virus infection. CRISPR-Cas may provide novel and reliable approaches to control geminiviruses and other ssDNA viruses such as Banana bunchy top virus (BBTV).

Versatile High-Throughput Fluorescence Assay for Monitoring Cas9 Activity.

PubMed

Seamon, Kyle J; Light, Yooli K; Saada, Edwin A; Schoeniger, Joseph S; Harmon, Brooke

2018-06-05

The RNA-guided DNA nuclease Cas9 is now widely used for the targeted modification of genomes of human cells and various organisms. Despite the extensive use of Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats (CRISPR) systems for genome engineering and the rapid discovery and engineering of new CRISPR-associated nucleases, there are no high-throughput assays for measuring enzymatic activity. The current laboratory and future therapeutic uses of CRISPR technology have a significant risk of accidental exposure or clinical off-target effects, underscoring the need for therapeutically effective inhibitors of Cas9. Here, we develop a fluorescence assay for monitoring Cas9 nuclease activity and demonstrate its utility with S. pyogenes (Spy), S. aureus (Sau), and C. jejuni (Cje) Cas9. The assay was validated by quantitatively profiling the species specificity of published anti-CRISPR (Acr) proteins, confirming the reported inhibition of Spy Cas9 by AcrIIA4 and Cje Cas9 by AcrIIC1 and no inhibition of Sau Cas9 by either anti-CRISPR. To identify drug-like inhibitors, we performed a screen of 189 606 small molecules for inhibition of Spy Cas9. Of 437 hits (0.2% hit rate), six were confirmed as Cas9 inhibitors in a direct gel electrophoresis secondary assay. The high-throughput nature of this assay makes it broadly applicable for the discovery of additional Cas9 inhibitors or the characterization of Cas9 enzyme variants.

Versatile High-Throughput Fluorescence Assay for Monitoring Cas9 Activity

DOE Office of Scientific and Technical Information (OSTI.GOV)

Seamon, Kyle Jeffrey; Light, Yooli Kim; Saada, Edwin A.

Here, the RNA-guided DNA nuclease Cas9 is now widely used for the targeted modification of genomes of human cells and various organisms. Despite the extensive use of Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats (CRISPR) systems for genome engineering and the rapid discovery and engineering of new CRISPR-associated nucleases, there are no high-throughput assays for measuring enzymatic activity. The current laboratory and future therapeutic uses of CRISPR technology have a significant risk of accidental exposure or clinical off-target effects, underscoring the need for therapeutically effective inhibitors of Cas9. Here, we develop a fluorescence assay for monitoring Cas9 nuclease activity and demonstrate itsmore » utility with S. pyogenes (Spy), S. aureus (Sau), and C. jejuni (Cje) Cas9. The assay was validated by quantitatively profiling the species specificity of published anti-CRISPR (Acr) proteins, confirming the reported inhibition of Spy Cas9 by AcrIIA4 and Cje Cas9 by AcrIIC1 and no inhibition of Sau Cas9 by either anti-CRISPR. To identify drug-like inhibitors, we performed a screen of 189 606 small molecules for inhibition of Spy Cas9. Of 437 hits (0.2% hit rate), six were confirmed as Cas9 inhibitors in a direct gel electrophoresis secondary assay. The high-throughput nature of this assay makes it broadly applicable for the discovery of additional Cas9 inhibitors or the characterization of Cas9 enzyme variants.« less

Versatile High-Throughput Fluorescence Assay for Monitoring Cas9 Activity

DOE PAGES

Seamon, Kyle Jeffrey; Light, Yooli Kim; Saada, Edwin A.; ...

2018-05-14

Here, the RNA-guided DNA nuclease Cas9 is now widely used for the targeted modification of genomes of human cells and various organisms. Despite the extensive use of Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats (CRISPR) systems for genome engineering and the rapid discovery and engineering of new CRISPR-associated nucleases, there are no high-throughput assays for measuring enzymatic activity. The current laboratory and future therapeutic uses of CRISPR technology have a significant risk of accidental exposure or clinical off-target effects, underscoring the need for therapeutically effective inhibitors of Cas9. Here, we develop a fluorescence assay for monitoring Cas9 nuclease activity and demonstrate itsmore » utility with S. pyogenes (Spy), S. aureus (Sau), and C. jejuni (Cje) Cas9. The assay was validated by quantitatively profiling the species specificity of published anti-CRISPR (Acr) proteins, confirming the reported inhibition of Spy Cas9 by AcrIIA4 and Cje Cas9 by AcrIIC1 and no inhibition of Sau Cas9 by either anti-CRISPR. To identify drug-like inhibitors, we performed a screen of 189 606 small molecules for inhibition of Spy Cas9. Of 437 hits (0.2% hit rate), six were confirmed as Cas9 inhibitors in a direct gel electrophoresis secondary assay. The high-throughput nature of this assay makes it broadly applicable for the discovery of additional Cas9 inhibitors or the characterization of Cas9 enzyme variants.« less

Programmable RNA recognition and cleavage by CRISPR/Cas9.

PubMed

O'Connell, Mitchell R; Oakes, Benjamin L; Sternberg, Samuel H; East-Seletsky, Alexandra; Kaplan, Matias; Doudna, Jennifer A

2014-12-11

The CRISPR-associated protein Cas9 is an RNA-guided DNA endonuclease that uses RNA-DNA complementarity to identify target sites for sequence-specific double-stranded DNA (dsDNA) cleavage. In its native context, Cas9 acts on DNA substrates exclusively because both binding and catalysis require recognition of a short DNA sequence, known as the protospacer adjacent motif (PAM), next to and on the strand opposite the twenty-nucleotide target site in dsDNA. Cas9 has proven to be a versatile tool for genome engineering and gene regulation in a large range of prokaryotic and eukaryotic cell types, and in whole organisms, but it has been thought to be incapable of targeting RNA. Here we show that Cas9 binds with high affinity to single-stranded RNA (ssRNA) targets matching the Cas9-associated guide RNA sequence when the PAM is presented in trans as a separate DNA oligonucleotide. Furthermore, PAM-presenting oligonucleotides (PAMmers) stimulate site-specific endonucleolytic cleavage of ssRNA targets, similar to PAM-mediated stimulation of Cas9-catalysed DNA cleavage. Using specially designed PAMmers, Cas9 can be specifically directed to bind or cut RNA targets while avoiding corresponding DNA sequences, and we demonstrate that this strategy enables the isolation of a specific endogenous messenger RNA from cells. These results reveal a fundamental connection between PAM binding and substrate selection by Cas9, and highlight the utility of Cas9 for programmable transcript recognition without the need for tags.

Programmable RNA recognition and cleavage by CRISPR/Cas9

PubMed Central

O’Connell, Mitchell R.; Oakes, Benjamin L.; Sternberg, Samuel H.; East-Seletsky, Alexandra; Kaplan, Matias; Doudna, Jennifer A.

2014-01-01

The CRISPR-associated protein Cas9 is an RNA-guided DNA endonuclease that uses RNA:DNA complementarity to identify target sites for sequence-specific doublestranded DNA (dsDNA) cleavage1-5. In its native context, Cas9 acts on DNA substrates exclusively because both binding and catalysis require recognition of a short DNA sequence, the protospacer adjacent motif (PAM), next to and on the strand opposite the 20-nucleotide target site in dsDNA4-7. Cas9 has proven to be a versatile tool for genome engineering and gene regulation in many cell types and organisms8, but it has been thought to be incapable of targeting RNA5. Here we show that Cas9 binds with high affinity to single-stranded RNA (ssRNA) targets matching the Cas9-associated guide RNA sequence when the PAM is presented in trans as a separate DNA oligonucleotide. Furthermore, PAM-presenting oligonucleotides (PAMmers) stimulate site-specific endonucleolytic cleavage of ssRNA targets, similar to PAM-mediated stimulation of Cas9-catalyzed DNA cleavage7. Using specially designed PAMmers, Cas9 can be specifically directed to bind or cut RNA targets while avoiding corresponding DNA sequences, and we demonstrate that this strategy enables the isolation of a specific endogenous mRNA from cells. These results reveal a fundamental connection between PAM binding and substrate selection by Cas9, and highlight the utility of Cas9 for programmable and tagless transcript recognition. PMID:25274302

DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases.

PubMed

Hsu, Patrick D; Scott, David A; Weinstein, Joshua A; Ran, F Ann; Konermann, Silvana; Agarwala, Vineeta; Li, Yinqing; Fine, Eli J; Wu, Xuebing; Shalem, Ophir; Cradick, Thomas J; Marraffini, Luciano A; Bao, Gang; Zhang, Feng

2013-09-01

The Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) nuclease can be efficiently targeted to genomic loci by means of single-guide RNAs (sgRNAs) to enable genome editing. Here, we characterize SpCas9 targeting specificity in human cells to inform the selection of target sites and avoid off-target effects. Our study evaluates >700 guide RNA variants and SpCas9-induced indel mutation levels at >100 predicted genomic off-target loci in 293T and 293FT cells. We find that SpCas9 tolerates mismatches between guide RNA and target DNA at different positions in a sequence-dependent manner, sensitive to the number, position and distribution of mismatches. We also show that SpCas9-mediated cleavage is unaffected by DNA methylation and that the dosage of SpCas9 and sgRNA can be titrated to minimize off-target modification. To facilitate mammalian genome engineering applications, we provide a web-based software tool to guide the selection and validation of target sequences as well as off-target analyses.

La connectivite mixte: prévalence et caractéristiques cliniques chez le noir africain, étude de 7 cas au Gabon et revue de la littérature

PubMed Central

Missounga, Landry; Ba, Josaphat Iba; Nseng Nseng Ondo, Ingrid Rosalie; Nziengui Madjinou, Maria Ines Carine; Malekou, Doris; Mouendou Mouloungui, Emeline Gracia; Nzengue, Emmanuel Ecke; Boguikouma, Jean Bruno; Kombila, Moussavou

2017-01-01

La littérature rapporte que la connectivite mixte semble plus fréquente dans la population noire et chez les asiatiques. Le but de l'étude était de déterminer la prévalence de la connectivite mixte (CM) parmi les connectivites et l'ensemble des pathologies rhumatologiques dans une population hospitalière au Gabon; de décrire ensuite les caractéristiques cliniques de la maladie. Il s'agissait d'une étude rétrospective des dossiers de patients suivis pour connectivite mixte (critères de Kasukawa) et les autres entités de connectivites (critères ACR) en rhumatologie au CHU de Libreville entre janvier 2010 et décembre 2015. Pour chaque cas de CM, les manifestations articulaires et extra-articulaires, le taux d'anticorps anti-U1RNP, l'évolution, étaient les paramètres étudiés. Sept cas ont été colligés en 6 ans parmi 6050 patients et 67 cas de connectivites soit une prévalence de 0,11% et de 10,44% respectivement. Il s'agissait de 7 femmes (100%), d'âge moyen de 39,5 ans. Les signes articulaires comprenaient: polyarthrite, myalgies, doits boudinés et phénomène de Raynaud dans 87,5%, 87,5%, 28,6% et 14% respectivement. Les 7 patients avaient un taux d'anti-U1RNP élevé entre 5 et 35N (N≤7 UI). Un cas de décès par HTAP était constaté. Il s'agit de la série de CM la plus importante rapportée en Afrique noire. La maladie semble rare chez le noir africain, la raison pourrait être génétique. Les aspects démographiques et cliniques paraissent similaires chez les caucasiens, les asiatiques et les noirs hormis une faible fréquence du phénomène de Raynaud chez les noirs. PMID:28904690

Genome Editing with CRISPR-Cas9: Can It Get Any Better?

PubMed Central

Haeussler, Maximilian; Concordet, Jean-Paul

2017-01-01

The CRISPR-Cas revolution is taking place in virtually all fields of life sciences. Harnessing DNA cleavage with the CRISPR-Cas9 system of Streptococcus pyogenes has proven to be extraordinarily simple and efficient, relying only on the design of a synthetic single guide RNA (sgRNA) and its co-expression with Cas9. Here, we review the progress in the design of sgRNA from the original dual RNA guide for S. pyogenes and Staphylococcus aureus Cas9 (SpCas9 and SaCas9). New assays for genome-wide identification of off-targets have provided important insights into the issue of cleavage specificity in vivo. At the same time, the on-target activity of thousands of guides has been determined. These data have led to numerous online tools that facilitate the selection of guide RNAs in target sequences. It appears that for most basic research applications, cleavage activity can be maximized and off-targets minimized by carefully choosing guide RNAs based on computational predictions. Moreover, recent studies of Cas proteins have further improved the flexibility and precision of the CRISPR-Cas toolkit for genome editing. Inspired by the crystal structure of the complex of sgRNA-SpCas9 bound to target DNA, several variants of SpCas9 have recently been engineered, either with novel protospacer adjacent motifs (PAMs) or with drastically reduced off-targets. Novel Cas9 and Cas9-like proteins called Cpf1 have also been characterized from other bacteria and will benefit from the insights obtained from SpCas9. Genome editing with CRISPR-Cas9 may also progress with better understanding and control of cellular DNA repair pathways activated after Cas9-induced DNA cleavage. PMID:27210042

Genome Editing with CRISPR-Cas9: Can It Get Any Better?

PubMed

Haeussler, Maximilian; Concordet, Jean-Paul

2016-05-20

The CRISPR-Cas revolution is taking place in virtually all fields of life sciences. Harnessing DNA cleavage with the CRISPR-Cas9 system of Streptococcus pyogenes has proven to be extraordinarily simple and efficient, relying only on the design of a synthetic single guide RNA (sgRNA) and its co-expression with Cas9. Here, we review the progress in the design of sgRNA from the original dual RNA guide for S. pyogenes and Staphylococcus aureus Cas9 (SpCas9 and SaCas9). New assays for genome-wide identification of off-targets have provided important insights into the issue of cleavage specificity in vivo. At the same time, the on-target activity of thousands of guides has been determined. These data have led to numerous online tools that facilitate the selection of guide RNAs in target sequences. It appears that for most basic research applications, cleavage activity can be maximized and off-targets minimized by carefully choosing guide RNAs based on computational predictions. Moreover, recent studies of Cas proteins have further improved the flexibility and precision of the CRISPR-Cas toolkit for genome editing. Inspired by the crystal structure of the complex of sgRNA-SpCas9 bound to target DNA, several variants of SpCas9 have recently been engineered, either with novel protospacer adjacent motifs (PAMs) or with drastically reduced off-targets. Novel Cas9 and Cas9-like proteins called Cpf1 have also been characterized from other bacteria and will benefit from the insights obtained from SpCas9. Genome editing with CRISPR-Cas9 may also progress with better understanding and control of cellular DNA repair pathways activated after Cas9-induced DNA cleavage. Copyright © 2016 Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, and Genetics Society of China. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Multidrug-resistant enterococci lack CRISPR-cas.

PubMed

Palmer, Kelli L; Gilmore, Michael S

2010-10-12

Clustered, regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) provide bacteria and archaea with sequence-specific, acquired defense against plasmids and phage. Because mobile elements constitute up to 25% of the genome of multidrug-resistant (MDR) enterococci, it was of interest to examine the codistribution of CRISPR and acquired antibiotic resistance in enterococcal lineages. A database was built from 16 Enterococcus faecalis draft genome sequences to identify commonalities and polymorphisms in the location and content of CRISPR loci. With this data set, we were able to detect identities between CRISPR spacers and sequences from mobile elements, including pheromone-responsive plasmids and phage, suggesting that CRISPR regulates the flux of these elements through the E. faecalis species. Based on conserved locations of CRISPR and CRISPR-cas loci and the discovery of a new CRISPR locus with associated functional genes, CRISPR3-cas, we screened additional E. faecalis strains for CRISPR content, including isolates predating the use of antibiotics. We found a highly significant inverse correlation between the presence of a CRISPR-cas locus and acquired antibiotic resistance in E. faecalis, and examination of an additional eight E. faecium genomes yielded similar results for that species. A mechanism for CRISPR-cas loss in E. faecalis was identified. The inverse relationship between CRISPR-cas and antibiotic resistance suggests that antibiotic use inadvertently selects for enterococcal strains with compromised genome defense.

Signes cliniques rencontrés chez l'enfant malnutri dans un milieu minier: cas de la ville de Lubumbashi et ses environs

PubMed Central

Musimwa, Aimée Mudekereza; Kanteng, Gray Wakamb; Kitoko, Hermann Tamubango; Luboya, Oscar Numbi

2016-01-01

Introduction La malnutrition reste à ce jour un problème majeur de santé publique, notamment dans les pays en voie de développement. Cette étude a eu pour objectif de déterminer les signes cliniques observés chez l'enfant mal nourri, admis dans une unité de prise en charge. Méthodes Il s'agit d'une étude descriptive transversale, effectuée de juillet 2013 à décembre 2014. 311 cas ont été colligés (182 malnutris et 129 biens nourris), par échantillonnage exhaustif, avec un dépistage actif des enfants malnutris et biens nourris. Le diagnostic est fait cliniquement associé à l'anthropométrie. Résultats Les signes les plus enregistrés chez les enfants malnutris étaient dominés par la toux ou pneumopathie dans 42,50%, la gastroentérite dans 38,55%, les lésions dermatologiques ont présenté 22,91% de cas, la fièvre dans 22,35% de cas, 19,0% des enfants ont présenté les œdèmes, 8,38% d'enfants ont présenté la pâleur, enfin hépatomégalie et splénomégalie sont les signes les moins fréquents avec respectivement 1,68% et 2,89%. Tandis que les enfants en bonne état nutritionnel ont présenté plus la splénomégalie et la fièvre qui seraient liés au paludisme. Conclusion Les enfants malnutris vivant dans un milieu minier présentent une symptomatologie qui ne pas différents de autres enfants mal nourris à l'exception de l'hépatomégalie et splénomégalie qui sont très rare chez nos mal nourris. PMID:27642407

The role of Cas8 in type I CRISPR interference.

PubMed

Cass, Simon D B; Haas, Karina A; Stoll, Britta; Alkhnbashi, Omer S; Sharma, Kundan; Urlaub, Henning; Backofen, Rolf; Marchfelder, Anita; Bolt, Edward L

2015-05-05

CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) systems provide bacteria and archaea with adaptive immunity to repel invasive genetic elements. Type I systems use 'cascade' [CRISPR-associated (Cas) complex for antiviral defence] ribonucleoprotein complexes to target invader DNA, by base pairing CRISPR RNA (crRNA) to protospacers. Cascade identifies PAMs (protospacer adjacent motifs) on invader DNA, triggering R-loop formation and subsequent DNA degradation by Cas3. Cas8 is a candidate PAM recognition factor in some cascades. We analysed Cas8 homologues from type IB CRISPR systems in archaea Haloferax volcanii (Hvo) and Methanothermobacter thermautotrophicus (Mth). Cas8 was essential for CRISPR interference in Hvo and purified Mth Cas8 protein responded to PAM sequence when binding to nucleic acids. Cas8 interacted physically with Cas5-Cas7-crRNA complex, stimulating binding to PAM containing substrates. Mutation of conserved Cas8 amino acid residues abolished interference in vivo and altered catalytic activity of Cas8 protein in vitro. This is experimental evidence that Cas8 is important for targeting Cascade to invader DNA. © 2015 Authors.

Aspects cliniques et thérapeutiques des anomalies de la jonction pyélo-urétérale au CHU du point G

PubMed Central

Tembely, Aly; Kassogué, Amadou; Berthé, Honoré; Ouattara, Zanafon

2016-01-01

Cette étude a été faite pour analyser les aspects cliniques et thérapeutiques des anomalies de la jonction pyélo-urétérale. Etude transversale et descriptive portant sur 35 cas d'anomalies de la jonction pyélo-urétérale (AJPU) colligés au service d'Urologie du CHU du Point G durant une période de 4 ans (Janvier 2010 au Décembre 2014). Les données ont été recueillies sur les fiches d'enquête, les dossiers médicaux et les registres du bloc. Les données sociodémographique, clinique et thérapeutique ont été saisies sur Microsoft Word 2007 et analysées sur Excel 2007 et SPSS 18.0. 35 cas d'AJPU ont été colligés en 4 ans. La moyenne d’âge était de 29,3 ans. La douleur lombaire était le motif de consultation le plus fréquent soit 40%. 20% des patients ont été en consultation pour la première fois 10 ans d’évolution symptomatique. Une destruction rénale avait été observée dans 28,6%. Le couple Echographie + UIV a permis d’établir le diagnostic chez 37,1%. La complication lithiasique était présente chez 17,1% des patients. 51,4% des patients ont reçu une pyéloplastie à ciel ouvert selon Anderson KUSS. L'anomalie de la jonction pyélo-urétérale dans notre étude a été caractérisée par un retard de consultation avec des complications redoutables. La chirurgie à ciel ouvert a été le gold standard avec des résultats satisfaisants. L'endopyéloplastie, la cure de la jonction coelioscopique sont des chirurgies mini invasives non disponible chez nous mais à encourager et à intégrer dans l'arsenal thérapeutique. PMID:27516821

Exploiting CRISPR-Cas to manipulate Enterococcus faecalis populations.

PubMed

Hullahalli, Karthik; Rodrigues, Marinelle; Palmer, Kelli L

2017-06-23

CRISPR-Cas provides a barrier to horizontal gene transfer in prokaryotes. It was previously observed that functional CRISPR-Cas systems are absent from multidrug-resistant (MDR) Enterococcus faecalis , which only possess an orphan CRISPR locus, termed CRISPR2, lacking cas genes. Here, we investigate how the interplay between CRISPR-Cas genome defense and antibiotic selection for mobile genetic elements shapes in vitro E. faecalis populations. We demonstrate that CRISPR2 can be reactivated for genome defense in MDR strains. Interestingly, we observe that E. faecalis transiently maintains CRISPR targets despite active CRISPR-Cas systems. Subsequently, if selection for the CRISPR target is present, toxic CRISPR spacers are lost over time, while in the absence of selection, CRISPR targets are lost over time. We find that forced maintenance of CRISPR targets induces a fitness cost that can be exploited to alter heterogeneous E. faecalis populations.

48 CFR 9903.201-2 - Types of CAS coverage.

Code of Federal Regulations, 2010 CFR

2010-10-01

.... 9903.201-2 Section 9903.201-2 Federal Acquisition Regulations System COST ACCOUNTING STANDARDS BOARD... ACCOUNTING STANDARDS CONTRACT COVERAGE CAS Program Requirements 9903.201-2 Types of CAS coverage. (a) Full... net CAS-covered awards during its preceding cost accounting period. (b) Modified coverage. (1...

NSP-CAS Protein Complexes: Emerging Signaling Modules in Cancer.

PubMed

Wallez, Yann; Mace, Peter D; Pasquale, Elena B; Riedl, Stefan J

2012-05-01

The CAS (CRK-associated substrate) family of adaptor proteins comprises 4 members, which share a conserved modular domain structure that enables multiple protein-protein interactions, leading to the assembly of intracellular signaling platforms. Besides their physiological role in signal transduction downstream of a variety of cell surface receptors, CAS proteins are also critical for oncogenic transformation and cancer cell malignancy through associations with a variety of regulatory proteins and downstream effectors. Among the regulatory partners, the 3 recently identified adaptor proteins constituting the NSP (novel SH2-containing protein) family avidly bind to the conserved carboxy-terminal focal adhesion-targeting (FAT) domain of CAS proteins. NSP proteins use an anomalous nucleotide exchange factor domain that lacks catalytic activity to form NSP-CAS signaling modules. Additionally, the NSP SH2 domain can link NSP-CAS signaling assemblies to tyrosine-phosphorylated cell surface receptors. NSP proteins can potentiate CAS function by affecting key CAS attributes such as expression levels, phosphorylation state, and subcellular localization, leading to effects on cell adhesion, migration, and invasion as well as cell growth. The consequences of these activities are well exemplified by the role that members of both families play in promoting breast cancer cell invasiveness and resistance to antiestrogens. In this review, we discuss the intriguing interplay between the NSP and CAS families, with a particular focus on cancer signaling networks.

Optimization of genome editing through CRISPR-Cas9 engineering.

PubMed

Zhang, Jian-Hua; Adikaram, Poorni; Pandey, Mritunjay; Genis, Allison; Simonds, William F

2016-04-01

CRISPR (Clustered Regularly-Interspaced Short Palindromic Repeats)-Cas9 (CRISPR associated protein 9) has rapidly become the most promising genome editing tool with great potential to revolutionize medicine. Through guidance of a 20 nucleotide RNA (gRNA), CRISPR-Cas9 finds and cuts target protospacer DNA precisely 3 base pairs upstream of a PAM (Protospacer Adjacent Motif). The broken DNA ends are repaired by either NHEJ (Non-Homologous End Joining) resulting in small indels, or by HDR (Homology Directed Repair) for precise gene or nucleotide replacement. Theoretically, CRISPR-Cas9 could be used to modify any genomic sequences, thereby providing a simple, easy, and cost effective means of genome wide gene editing. However, the off-target activity of CRISPR-Cas9 that cuts DNA sites with imperfect matches with gRNA have been of significant concern because clinical applications require 100% accuracy. Additionally, CRISPR-Cas9 has unpredictable efficiency among different DNA target sites and the PAM requirements greatly restrict its genome editing frequency. A large number of efforts have been made to address these impeding issues, but much more is needed to fully realize the medical potential of CRISPR-Cas9. In this article, we summarize the existing problems and current advances of the CRISPR-Cas9 technology and provide perspectives for the ultimate perfection of Cas9-mediated genome editing.

Optimization of genome editing through CRISPR-Cas9 engineering

PubMed Central

Zhang, Jian-Hua; Adikaram, Poorni; Pandey, Mritunjay; Genis, Allison; Simonds, William F.

2016-01-01

ABSTRACT CRISPR (Clustered Regularly-Interspaced Short Palindromic Repeats)-Cas9 (CRISPR associated protein 9) has rapidly become the most promising genome editing tool with great potential to revolutionize medicine. Through guidance of a 20 nucleotide RNA (gRNA), CRISPR-Cas9 finds and cuts target protospacer DNA precisely 3 base pairs upstream of a PAM (Protospacer Adjacent Motif). The broken DNA ends are repaired by either NHEJ (Non-Homologous End Joining) resulting in small indels, or by HDR (Homology Directed Repair) for precise gene or nucleotide replacement. Theoretically, CRISPR-Cas9 could be used to modify any genomic sequences, thereby providing a simple, easy, and cost effective means of genome wide gene editing. However, the off-target activity of CRISPR-Cas9 that cuts DNA sites with imperfect matches with gRNA have been of significant concern because clinical applications require 100% accuracy. Additionally, CRISPR-Cas9 has unpredictable efficiency among different DNA target sites and the PAM requirements greatly restrict its genome editing frequency. A large number of efforts have been made to address these impeding issues, but much more is needed to fully realize the medical potential of CRISPR-Cas9. In this article, we summarize the existing problems and current advances of the CRISPR-Cas9 technology and provide perspectives for the ultimate perfection of Cas9-mediated genome editing. PMID:27340770

Control of gene expression by CRISPR-Cas systems

PubMed Central

2013-01-01

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) loci and their associated cas (CRISPR-associated) genes provide adaptive immunity against viruses (phages) and other mobile genetic elements in bacteria and archaea. While most of the early work has largely been dominated by examples of CRISPR-Cas systems directing the cleavage of phage or plasmid DNA, recent studies have revealed a more complex landscape where CRISPR-Cas loci might be involved in gene regulation. In this review, we summarize the role of these loci in the regulation of gene expression as well as the recent development of synthetic gene regulation using engineered CRISPR-Cas systems. PMID:24273648

Editing Citrus Genome via SaCas9/sgRNA System

PubMed Central

Jia, Hongge; Xu, Jin; Orbović, Vladimir; Zhang, Yunzeng; Wang, Nian

2017-01-01

SaCas9/sgRNA, derived from Staphylococcus aureus, is an alternative system for genome editing to Streptococcus pyogenes SpCas9/sgRNA. The smaller SaCas9 recognizes a different protospacer adjacent motif (PAM) sequence from SpCas9. SaCas9/sgRNA has been employed to edit the genomes of Arabidopsis, tobacco and rice. In this study, we aimed to test its potential in genome editing of citrus. Transient expression of SaCas9/sgRNA in Duncan grapefruit via Xcc-facilitated agroinfiltration showed it can successfully modify CsPDS and Cs2g12470. Subsequently, binary vector GFP-p1380N-SaCas9/35S-sgRNA1:AtU6-sgRNA2 was developed to edit two target sites of Cs7g03360 in transgenic Carrizo citrange. Twelve GFP-positive Carrizo transformants were successfully established, designated as #Cz1 to #Cz12. Based on targeted next generation sequencing results, the mutation rates for the two targets ranged from 15.55 to 39.13% for sgRNA1 and 49.01 to 79.67% for sgRNA2. Therefore, SaCas9/sgRNA can be used as an alternative tool to SpCas9/sgRNA for citrus genome editing. PMID:29312390

Cas9 Variants Expand the Target Repertoire in Caenorhabditis elegans

PubMed Central

Bell, Ryan T.; Fu, Becky X. H.; Fire, Andrew Z.

2016-01-01

The proliferation of CRISPR/Cas9-based methods in Caenorhabditis elegans has enabled efficient genome editing and precise genomic tethering of Cas9 fusion proteins. Experimental designs using CRISPR/Cas9 are currently limited by the need for a protospacer adjacent motif (PAM) in the target with the sequence NGG. Here we report the characterization of two modified Cas9 proteins in C. elegans that recognize NGA and NGCG PAMs. We found that each variant could stimulate homologous recombination with a donor template at multiple loci and that PAM specificity was comparable to that of wild-type Cas9. To directly compare effectiveness, we used CRISPR/Cas9 genome editing to generate a set of assay strains with a common single-guide RNA (sgRNA) target sequence, but that differ in the juxtaposed PAM (NGG, NGA, or NGCG). In this controlled setting, we determined that the NGA PAM Cas9 variant can be as effective as wild-type Cas9. We similarly edited a genomic target to study the influence of the base following the NGA PAM. Using four strains with four NGAN PAMs differing only at the fourth position and adjacent to the same sgRNA target, we observed that efficient homologous replacement was attainable with any base in the fourth position, with an NGAG PAM being the most effective. In addition to demonstrating the utility of two Cas9 mutants in C. elegans and providing reagents that permit CRISPR/Cas9 experiments with fewer restrictions on potential targets, we established a means to benchmark the efficiency of different Cas9::PAM combinations that avoids variations owing to differences in the sgRNA sequence. PMID:26680661

Functional Insights Revealed by the Kinetic Mechanism of CRISPR/Cas9.

PubMed

Raper, Austin T; Stephenson, Anthony A; Suo, Zucai

2018-02-28

The discovery of prokaryotic adaptive immunity prompted widespread use of the RNA-guided clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated (Cas) endonuclease Cas9 for genetic engineering. However, its kinetic mechanism remains undefined, and details of DNA cleavage are poorly characterized. Here, we establish a kinetic mechanism of Streptococcus pyogenes Cas9 from guide-RNA binding through DNA cleavage and product release. Association of DNA to the binary complex of Cas9 and guide-RNA is rate-limiting during the first catalytic turnover, while DNA cleavage from a pre-formed ternary complex of Cas9, guide-RNA, and DNA is rapid. Moreover, an extremely slow release of DNA products essentially restricts Cas9 to be a single-turnover enzyme. By simultaneously measuring the contributions of the HNH and RuvC nuclease activities of Cas9 to DNA cleavage, we also uncovered the kinetic basis by which HNH conformationally regulates the RuvC cleavage activity. Together, our results provide crucial kinetic and functional details regarding Cas9 which will inform gene-editing experiments, guide future research to understand off-target DNA cleavage by Cas9, and aid in the continued development of Cas9 as a biotechnological tool.

CRISPR/Cas9: Transcending the Reality of Genome Editing.

PubMed

Chira, Sergiu; Gulei, Diana; Hajitou, Amin; Zimta, Alina-Andreea; Cordelier, Pierre; Berindan-Neagoe, Ioana

2017-06-16

With the expansion of the microbiology field of research, a new genome editing tool arises from the biology of bacteria that holds the promise of achieving precise modifications in the genome with a simplicity and versatility that surpasses previous genome editing methods. This new technique, commonly named CRISPR/Cas9, led to a rapid expansion of the biomedical field; more specifically, cancer characterization and modeling have benefitted greatly from the genome editing capabilities of CRISPR/Cas9. In this paper, we briefly summarize recent improvements in CRISPR/Cas9 design meant to overcome the limitations that have arisen from the nuclease activity of Cas9 and the influence of this technology in cancer research. In addition, we present challenges that might impede the clinical applicability of CRISPR/Cas9 for cancer therapy and highlight future directions for designing CRISPR/Cas9 delivery systems that might prove useful for cancer therapeutics. Copyright © 2017 The Author(s). Published by Elsevier Inc. All rights reserved.

CRISPR/Cas9-mediated correction of human genetic disease.

PubMed

Men, Ke; Duan, Xingmei; He, Zhiyao; Yang, Yang; Yao, Shaohua; Wei, Yuquan

2017-05-01

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) protein 9 system (CRISPR/Cas9) provides a powerful tool for targeted genetic editing. Directed by programmable sequence-specific RNAs, this system introduces cleavage and double-stranded breaks at target sites precisely. Compared to previously developed targeted nucleases, the CRISPR/Cas9 system demonstrates several promising advantages, including simplicity, high specificity, and efficiency. Several broad genome-editing studies with the CRISPR/Cas9 system in different species in vivo and ex vivo have indicated its strong potential, raising hopes for therapeutic genome editing in clinical settings. Taking advantage of non-homologous end-joining (NHEJ) and homology directed repair (HDR)-mediated DNA repair, several studies have recently reported the use of CRISPR/Cas9 to successfully correct disease-causing alleles ranging from single base mutations to large insertions. In this review, we summarize and discuss recent preclinical studies involving the CRISPR/Cas9-mediated correction of human genetic diseases.

Lambeau Expanse du Cuir Chevelu dans la Couverture des Alopecies Cicatricielles sur Sequelles de Brulures. A Propos d'une Observation

PubMed Central

El Mazouz, S.; Hafidi, J.; Fejjal, N.; Mejjati, H.; Cherkab, L.; Gharib, N.; Abbassi, A.

2010-01-01

Summary Les séquelles esthétiques des alopécies cicatricielles sur séquelles de brûlures sont responsables de préjudices empêchant parfois la réinsertion sociale du patient, surtout chez les sujets de sexe féminin. Le cuir chevelu permet la réalisation de lambeaux permettant de couvrir ces alopécies. Les Auteurs décrivent le cas d'une jeune patiente victime d'une alopécie cicatricielle sur séquelles de brûlures chez qui ils ont réalisé un lambeau expansé du cuir chevelu et mettent le point sur la prise en charge de ces lésions à travers ce cas clinique et une revue de littérature. PMID:21991195

Les traumatismes de l’étage antérieur de la base du crane: à propos d'une série de 136 cas

PubMed Central

Bouchaouch, Abdelali; Hassani, Fahd Derkaoui; Abboud, Hilal; Mukengeshay, Jeff Ntalaja; El Fatemi, Nizare; Gana, Rachid; El Maaqili, Moulay Rchid; El Abbadi, Najia; Bellakhdar, Fouad

2015-01-01

Les traumatismes de l’étage antérieur de la base du crâne représentent 15 à 20% des traumatismes crâniens en général. Ils menacent les structures neuro-encéphaliques sus jacentes et sont très souvent responsables de brèches ostéo-méningées exposant au risque infectieux. Notre travail a concerné 136 dossiers exploitables de traumatisme de l’étage antérieur de la base du crâne colligés sur une période de 10 ans entre janvier 2003 et décembre 2012. Le diagnostic a été suspecté devant les signes cliniques évocateurs (ecchymose péri-orbitaire, rhinorrhée…) et a été confirmé dans la plupart des cas par la TDM. Le traitement idéal est la fermeture chirurgicale de la brèche en association aux moyens médicaux (vaccination, anti-épileptiques, mesures de réanimation…) Le moment idéal de la réparation est au-delà de la 72ème heure après la diminution de l'oedème cérébral en cas d'absence d'une lésion intracrânienne nécessitant une intervention en urgence. Notre équipe ne pratiquant pas la voie endoscopique, l'abord frontal est souvent indiqué. Le pronostic dépend des lésions cérébrales associées et surtout de la présence d'une brèche dont le diagnostic et la réparation doivent être les plus rapides et les plus précis possibles. Ainsi toute rhinorrhée post-traumatique nécessite une exploration systématique, le timing idéal: c'est la disparition de l'oedème cérébral pour faciliter l'exploration, ceci est en général possible à partir de la 72ème heure sauf dans les cas associés à une autre lésion intra crânienne nécessitant une exploration en urgence. PMID:26327992

CRISPR-Cas9-Edited Site Sequencing (CRES-Seq): An Efficient and High-Throughput Method for the Selection of CRISPR-Cas9-Edited Clones.

PubMed

Veeranagouda, Yaligara; Debono-Lagneaux, Delphine; Fournet, Hamida; Thill, Gilbert; Didier, Michel

2018-01-16

The emergence of clustered regularly interspaced short palindromic repeats-Cas9 (CRISPR-Cas9) gene editing systems has enabled the creation of specific mutants at low cost, in a short time and with high efficiency, in eukaryotic cells. Since a CRISPR-Cas9 system typically creates an array of mutations in targeted sites, a successful gene editing project requires careful selection of edited clones. This process can be very challenging, especially when working with multiallelic genes and/or polyploid cells (such as cancer and plants cells). Here we described a next-generation sequencing method called CRISPR-Cas9 Edited Site Sequencing (CRES-Seq) for the efficient and high-throughput screening of CRISPR-Cas9-edited clones. CRES-Seq facilitates the precise genotyping up to 96 CRISPR-Cas9-edited sites (CRES) in a single MiniSeq (Illumina) run with an approximate sequencing cost of $6/clone. CRES-Seq is particularly useful when multiple genes are simultaneously targeted by CRISPR-Cas9, and also for screening of clones generated from multiallelic genes/polyploid cells. © 2018 by John Wiley & Sons, Inc. Copyright © 2018 John Wiley & Sons, Inc.

Interference activity of a minimal Type I CRISPR–Cas system from Shewanella putrefaciens

PubMed Central

Dwarakanath, Srivatsa; Brenzinger, Susanne; Gleditzsch, Daniel; Plagens, André; Klingl, Andreas; Thormann, Kai; Randau, Lennart

2015-01-01

Type I CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)–Cas (CRISPR-associated) systems exist in bacterial and archaeal organisms and provide immunity against foreign DNA. The Cas protein content of the DNA interference complexes (termed Cascade) varies between different CRISPR-Cas subtypes. A minimal variant of the Type I-F system was identified in proteobacterial species including Shewanella putrefaciens CN-32. This variant lacks a large subunit (Csy1), Csy2 and Csy3 and contains two unclassified cas genes. The genome of S. putrefaciens CN-32 contains only five Cas proteins (Cas1, Cas3, Cas6f, Cas1821 and Cas1822) and a single CRISPR array with 81 spacers. RNA-Seq analyses revealed the transcription of this array and the maturation of crRNAs (CRISPR RNAs). Interference assays based on plasmid conjugation demonstrated that this CRISPR-Cas system is active in vivo and that activity is dependent on the recognition of the dinucleotide GG PAM (Protospacer Adjacent Motif) sequence and crRNA abundance. The deletion of cas1821 and cas1822 reduced the cellular crRNA pool. Recombinant Cas1821 was shown to form helical filaments bound to RNA molecules, which suggests its role as the Cascade backbone protein. A Cascade complex was isolated which contained multiple Cas1821 copies, Cas1822, Cas6f and mature crRNAs. PMID:26350210

CRISPR-Cas Technologies and Applications in Food Bacteria.

PubMed

Stout, Emily; Klaenhammer, Todd; Barrangou, Rodolphe

2017-02-28

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) and CRISPR-associated (Cas) proteins form adaptive immune systems that occur in many bacteria and most archaea. In addition to protecting bacteria from phages and other invasive mobile genetic elements, CRISPR-Cas molecular machines can be repurposed as tool kits for applications relevant to the food industry. A primary concern of the food industry has long been the proper management of food-related bacteria, with a focus on both enhancing the outcomes of beneficial microorganisms such as starter cultures and probiotics and limiting the presence of detrimental organisms such as pathogens and spoilage microorganisms. This review introduces CRISPR-Cas as a novel set of technologies to manage food bacteria and offers insights into CRISPR-Cas biology. It primarily focuses on the applications of CRISPR-Cas systems and tools in starter cultures and probiotics, encompassing strain-typing, phage resistance, plasmid vaccination, genome editing, and antimicrobial activity.

Diversity and evolution of class 2 CRISPR–Cas systems

PubMed Central

Shmakov, Sergey; Smargon, Aaron; Scott, David; Cox, David; Pyzocha, Neena; Yan, Winston; Abudayyeh, Omar O.; Gootenberg, Jonathan S.; Makarova, Kira S.; Wolf, Yuri I.; Severinov, Konstantin; Zhang, Feng; Koonin, Eugene V.

2018-01-01

Class 2 CRISPR–Cas systems are characterized by effector modules that consist of a single multidomain protein, such as Cas9 or Cpf1. We designed a computational pipeline for the discovery of novel class 2 variants and used it to identify six new CRISPR–Cas subtypes. The diverse properties of these new systems provide potential for the development of versatile tools for genome editing and regulation. In this Analysis article, we present a comprehensive census of class 2 types and class 2 subtypes in complete and draft bacterial and archaeal genomes, outline evolutionary scenarios for the independent origin of different class 2 CRISPR–Cas systems from mobile genetic elements, and propose an amended classification and nomenclature of CRISPR–Cas. PMID:28111461

CRISPR/Cas9 for genome editing: progress, implications and challenges.

PubMed

Zhang, Feng; Wen, Yan; Guo, Xiong

2014-09-15

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) protein 9 system provides a robust and multiplexable genome editing tool, enabling researchers to precisely manipulate specific genomic elements, and facilitating the elucidation of target gene function in biology and diseases. CRISPR/Cas9 comprises of a nonspecific Cas9 nuclease and a set of programmable sequence-specific CRISPR RNA (crRNA), which can guide Cas9 to cleave DNA and generate double-strand breaks at target sites. Subsequent cellular DNA repair process leads to desired insertions, deletions or substitutions at target sites. The specificity of CRISPR/Cas9-mediated DNA cleavage requires target sequences matching crRNA and a protospacer adjacent motif locating at downstream of target sequences. Here, we review the molecular mechanism, applications and challenges of CRISPR/Cas9-mediated genome editing and clinical therapeutic potential of CRISPR/Cas9 in future. © The Author 2014. Published by Oxford University Press. All rights reserved. For Permissions, please email: journals.permissions@oup.com.

Cas5d Protein Processes Pre-crRNA and Assembles into a Cascade-like Interference Complex in Subtype I-C/Dvulg CRISPR-Cas System

DOE Office of Scientific and Technical Information (OSTI.GOV)

Nam, Ki Hyun; Haitjema, Charles; Liu, Xueqi

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs), together with an operon of CRISPR-associated (Cas) proteins, form an RNA-based prokaryotic immune system against exogenous genetic elements. Cas5 family proteins are found in several type I CRISPR-Cas systems. Here, we report the molecular function of subtype I-C/Dvulg Cas5d from Bacillus halodurans. We show that Cas5d cleaves pre-crRNA into unit length by recognizing both the hairpin structure and the 3 single stranded sequence in the CRISPR repeat region. Cas5d structure reveals a ferredoxin domain-based architecture and a catalytic triad formed by Y46, K116, and H117 residues. We further show that after pre-crRNA processing,more » Cas5d assembles with crRNA, Csd1, and Csd2 proteins to form a multi-sub-unit interference complex similar to Escherichia coli Cascade (CRISPR-associated complex for antiviral defense) in architecture. Our results suggest that formation of a crRNA-presenting Cascade-like complex is likely a common theme among type I CRISPR subtypes.« less

Cas9 in Genetically Modified Food Is Unlikely to Cause Food Allergy.

PubMed

Nakajima, Osamu; Nishimaki-Mogami, Tomoko; Kondo, Kazunari

2016-01-01

Genome editing has undergone rapid development during the last three years. It is anticipated that genetically modified organisms (GMOs) for food purposes will be widely produced using the clustered regularly interspaced short palindromic repeat/Cas9 (CRISPR)/Cas9 system in the near future. However, the Cas9 gene may then enter the genomes of GMOs for food if the breeding process is not strictly managed, which could lead to the Cas9 protein or associated peptides being produced within these organisms. A variety of peptides could theoretically be produced from the Cas9 gene by using open reading frames different from that of Cas9 in the GMOs. In this study, Cas9 and the peptides potentially encoded by Cas9 genes were studied regarding their immunogenicity, in terms of the digestibility of Cas9 and the homology of the peptides to food allergens. First, the digestibility and thermal stability of Cas9 were studied. Digestibility was tested with natural or heat-denatured Cas9 in simulated gastric fluid in vitro. The two types of Cas9 were digested rapidly. Cas9 was also gradually degraded during heat treatment. Second, the peptides potentially encoded by Cas9 genes were examined for their homology to food allergens. Specifically, an 8-mer exact match search and a sliding 80-mer window search were performed using allergen databases. One of the peptides was found to have homology with a food allergen.

Recruitment of CRISPR-Cas systems by Tn7-like transposons.

PubMed

Peters, Joseph E; Makarova, Kira S; Shmakov, Sergey; Koonin, Eugene V

2017-08-29

A survey of bacterial and archaeal genomes shows that many Tn7-like transposons contain minimal type I-F CRISPR-Cas systems that consist of fused cas8f and cas5f , cas7f , and cas6f genes and a short CRISPR array. Several small groups of Tn7-like transposons encompass similarly truncated type I-B CRISPR-Cas. This minimal gene complement of the transposon-associated CRISPR-Cas systems implies that they are competent for pre-CRISPR RNA (precrRNA) processing yielding mature crRNAs and target binding but not target cleavage that is required for interference. Phylogenetic analysis demonstrates that evolution of the CRISPR-Cas-containing transposons included a single, ancestral capture of a type I-F locus and two independent instances of type I-B loci capture. We show that the transposon-associated CRISPR arrays contain spacers homologous to plasmid and temperate phage sequences and, in some cases, chromosomal sequences adjacent to the transposon. We hypothesize that the transposon-encoded CRISPR-Cas systems generate displacement (R-loops) in the cognate DNA sites, targeting the transposon to these sites and thus facilitating their spread via plasmids and phages. These findings suggest the existence of RNA-guided transposition and fit the guns-for-hire concept whereby mobile genetic elements capture host defense systems and repurpose them for different stages in the life cycle of the element.

Multiple mechanisms for CRISPR-Cas inhibition by anti-CRISPR proteins.

PubMed

Bondy-Denomy, Joseph; Garcia, Bianca; Strum, Scott; Du, Mingjian; Rollins, MaryClare F; Hidalgo-Reyes, Yurima; Wiedenheft, Blake; Maxwell, Karen L; Davidson, Alan R

2015-10-01

The battle for survival between bacteria and the viruses that infect them (phages) has led to the evolution of many bacterial defence systems and phage-encoded antagonists of these systems. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and the CRISPR-associated (cas) genes comprise an adaptive immune system that is one of the most widespread means by which bacteria defend themselves against phages. We identified the first examples of proteins produced by phages that inhibit a CRISPR-Cas system. Here we performed biochemical and in vivo investigations of three of these anti-CRISPR proteins, and show that each inhibits CRISPR-Cas activity through a distinct mechanism. Two block the DNA-binding activity of the CRISPR-Cas complex, yet do this by interacting with different protein subunits, and using steric or non-steric modes of inhibition. The third anti-CRISPR protein operates by binding to the Cas3 helicase-nuclease and preventing its recruitment to the DNA-bound CRISPR-Cas complex. In vivo, this anti-CRISPR can convert the CRISPR-Cas system into a transcriptional repressor, providing the first example-to our knowledge-of modulation of CRISPR-Cas activity by a protein interactor. The diverse sequences and mechanisms of action of these anti-CRISPR proteins imply an independent evolution, and foreshadow the existence of other means by which proteins may alter CRISPR-Cas function.

48 CFR 9903.201-2 - Types of CAS coverage.

Code of Federal Regulations, 2012 CFR

2012-10-01

... later award of a CAS-covered contract. Full coverage applies to contractor business units that— (1) Receive a single CAS-covered contract award of $50 million or more; or (2) Received $50 million or more in net CAS-covered awards during its preceding cost accounting period. (b) Modified coverage. (1...

48 CFR 9903.201-2 - Types of CAS coverage.

Code of Federal Regulations, 2014 CFR

2014-10-01

... later award of a CAS-covered contract. Full coverage applies to contractor business units that— (1) Receive a single CAS-covered contract award of $50 million or more; or (2) Received $50 million or more in net CAS-covered awards during its preceding cost accounting period. (b) Modified coverage. (1...

Interference activity of a minimal Type I CRISPR-Cas system from Shewanella putrefaciens.

PubMed

Dwarakanath, Srivatsa; Brenzinger, Susanne; Gleditzsch, Daniel; Plagens, André; Klingl, Andreas; Thormann, Kai; Randau, Lennart

2015-10-15

Type I CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)-Cas (CRISPR-associated) systems exist in bacterial and archaeal organisms and provide immunity against foreign DNA. The Cas protein content of the DNA interference complexes (termed Cascade) varies between different CRISPR-Cas subtypes. A minimal variant of the Type I-F system was identified in proteobacterial species including Shewanella putrefaciens CN-32. This variant lacks a large subunit (Csy1), Csy2 and Csy3 and contains two unclassified cas genes. The genome of S. putrefaciens CN-32 contains only five Cas proteins (Cas1, Cas3, Cas6f, Cas1821 and Cas1822) and a single CRISPR array with 81 spacers. RNA-Seq analyses revealed the transcription of this array and the maturation of crRNAs (CRISPR RNAs). Interference assays based on plasmid conjugation demonstrated that this CRISPR-Cas system is active in vivo and that activity is dependent on the recognition of the dinucleotide GG PAM (Protospacer Adjacent Motif) sequence and crRNA abundance. The deletion of cas1821 and cas1822 reduced the cellular crRNA pool. Recombinant Cas1821 was shown to form helical filaments bound to RNA molecules, which suggests its role as the Cascade backbone protein. A Cascade complex was isolated which contained multiple Cas1821 copies, Cas1822, Cas6f and mature crRNAs. © The Author(s) 2015. Published by Oxford University Press on behalf of Nucleic Acids Research.

Cas9-nickase-mediated genome editing corrects hereditary tyrosinemia in rats.

PubMed

Shao, Yanjiao; Wang, Liren; Guo, Nana; Wang, Shengfei; Yang, Lei; Li, Yajing; Wang, Mingsong; Yin, Shuming; Han, Honghui; Zeng, Li; Zhang, Ludi; Hui, Lijian; Ding, Qiurong; Zhang, Jiqin; Geng, Hongquan; Liu, Mingyao; Li, Dali

2018-05-04

Hereditary tyrosinemia type I (HTI) is a metabolic genetic disorder caused by mutation of fumarylacetoacetate hydrolase (FAH). Because of the accumulation of toxic metabolites, HTI causes severe liver cirrhosis, liver failure, and even hepatocellular carcinoma. HTI is an ideal model for gene therapy, and several strategies have been shown to ameliorate HTI symptoms in animal models. Although CRISPR/Cas9-mediated genome editing is able to correct the Fah mutation in mouse models, WT Cas9 induces numerous undesired mutations that have raised safety concerns for clinical applications. To develop a new method for gene correction with high fidelity, we generated a Fah mutant rat model to investigate whether Cas9 nickase (Cas9n)-mediated genome editing can efficiently correct the Fah First, we confirmed that Cas9n rarely induces indels in both on-target and off-target sites in cell lines. Using WT Cas9 as a positive control, we delivered Cas9n and the repair donor template/single guide (sg)RNA through adenoviral vectors into HTI rats. Analyses of the initial genome editing efficiency indicated that only WT Cas9 but not Cas9n causes indels at the on-target site in the liver tissue. After receiving either Cas9n or WT Cas9-mediated gene correction therapy, HTI rats gained weight steadily and survived. Fah-expressing hepatocytes occupied over 95% of the liver tissue 9 months after the treatment. Moreover, CRISPR/Cas9-mediated gene therapy prevented the progression of liver cirrhosis, a phenotype that could not be recapitulated in the HTI mouse model. These results strongly suggest that Cas9n-mediated genome editing is a valuable and safe gene therapy strategy for this genetic disease. © 2018 by The American Society for Biochemistry and Molecular Biology, Inc.

Circulating leptin and inflammatory response in esophageal cancer, esophageal cancer-related cachexia-anorexia syndrome (CAS) and non-malignant CAS of the alimentary tract.

PubMed

Diakowska, Dorota; Krzystek-Korpacka, Malgorzata; Markocka-Maczka, Krystyna; Diakowski, Witold; Matusiewicz, Malgorzata; Grabowski, Krzysztof

2010-08-01

We investigated the association between esophageal cancer and cachexia-anorexia syndrome (CAS) of the alimentary tract and leptin, an adipocytokine crucial for body weight regulation, a modulator of inflammatory/immune response, implication of which in cancer and CAS development remains debatable. Circulating leptin was measured in 135 esophageal cancer patients (51 non-cachectic and 84 cachectic) and 83 controls (63 non-cachectic and 20 cachectic) and referred to cancer stage, CAS, and inflammatory and nutritional indices. Leptin was down-regulated in cancer patients and cachectic controls as compared to non-cachectic controls, with more pronounced hypoleptinemia in advanced cancers. Leptin correlated directly with BMI, TNF-alpha, albumin, and hemoglobin and indirectly with IL-6, IL-8, and hsCRP. The correlations, except for hsCRP, were more pronounced in females. BMI alone (females) and BMI and hsCRP (males) were independent predictors of leptin explaining over 60% of its variability. Following adjustment for BMI and gender, cancer-related CAS but not cancer itself negatively affected leptin. Leptin and BMI were independently associated with cancer-related and non-malignant CAS with diagnostic accuracy of 93% in identifying subjects with CAS. Pro-inflammatory, angiogenic and mitogenic properties of leptin do not seem to be important for esophageal cancer development but hypoleptinemia, independently from co-occurring reduction of adiposity, appears to be strongly associated with esophageal cancer-related CAS and non-malignant CAS of the alimentary tract. Copyright 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

The CRISPR-Cas system in Enterobacteriaceae.

PubMed

Medina-Aparicio, Liliana; Dávila, Sonia; Rebollar-Flores, Javier E; Calva, Edmundo; Hernández-Lucas, Ismael

2018-02-01

In nature, microorganisms are constantly exposed to multiple viral infections and thus have developed many strategies to survive phage attack and invasion by foreign DNA. One of such strategies is the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated proteins (Cas) bacterial immunological system. This defense mechanism is widespread in prokaryotes including several families such as Enterobacteriaceae. Much knowledge about the CRISPR-Cas system has been generated, including its biological functions, transcriptional regulation, distribution, utility as a molecular marker and as a tool for specific genome editing. This review focuses on these aspects and describes the state of the art of the CRISPR-Cas system in the Enterobacteriaceae bacterial family. © FEMS 2018. All rights reserved. For permissions, please e-mail: journals.permissions@oup.com.

Aptitude visuelle à la conduite automobile: exemple des candidats au permis de conduire à Libreville

PubMed Central

Souhail, Hassane; Assoumou, Prudence; Birinda, Hilda; Mengome, Emmanuel Mve

2015-01-01

L'objectif était d’évaluer l'aptitude visuelle à la conduite automobile des candidats au permis de conduire à Libreville. Il s'agissait d'une étude transversale, descriptive et analytique, qui s'est déroulée à Libreville pendant la période du 4 avril 2012 au 14 juillet 2012 (soit 4 mois et 10 jours). La population d’étude concernait les candidats soumis aux épreuves d'obtention du permis de conduire. Nous avons inclus dans notre travail, les candidats, ayant donné leur consentement par écrit et exclus ceux refusant d'adhérer à l'enquête. Les variables étudiées concernaient l’âge, le sexe, la population d’étude, l'activité professionnelle, l'acuité visuelle de loin et de près, la vision des couleurs, la catégorie du permis de conduire, et l'aptitude visuelle à la conduite automobile. La saisie et l'analyse des données ont été collectées au moyen d'une fiche d'enquête standardisée; après vérification et validation, elles ont été saisies sur le logiciel Excel Windows et analysées sur le logiciel Epi Info version 3.5.1. L’âge moyen des 406 candidats était de 29 ans ± 6,65 ans avec des extrêmes allant de 17 ans à 52 ans. Les hommes représentaient 283 (69,7%) et les femmes 123 (30,3%), soit un ratio de 2,3. Les fonctionnaires étaient retrouvés dans 39,4 % des cas, suivi des élèves-étudiants dans 33,5%. Dans notre population d’étude, 71 sur 406 candidats avaient une baisse de l'acuité visuelle de loin, soit 17,5%. Dans notre série, nous avons retrouvés 34 candidats âgés de 40 ans et plus, et seulement 14 candidats (41,2%) avaient une baisse de l'acuité visuelle de près. La quasi-totalité des patients avaient une vision de couleurs normale (99,5%), cependant 2 candidats avaient une vision de couleurs anormale, soit une prévalence de 0,5%. Dans notre échantillon, 403 (99,3%) sollicitaient un permis de conduire de catégorie léger (perms A, A1, B, F) et 3 (0,7%) sollicitaient un permis de conduire de type

Rational design of a split-Cas9 enzyme complex.

PubMed

Wright, Addison V; Sternberg, Samuel H; Taylor, David W; Staahl, Brett T; Bardales, Jorge A; Kornfeld, Jack E; Doudna, Jennifer A

2015-03-10

Cas9, an RNA-guided DNA endonuclease found in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bacterial immune systems, is a versatile tool for genome editing, transcriptional regulation, and cellular imaging applications. Structures of Streptococcus pyogenes Cas9 alone or bound to single-guide RNA (sgRNA) and target DNA revealed a bilobed protein architecture that undergoes major conformational changes upon guide RNA and DNA binding. To investigate the molecular determinants and relevance of the interlobe rearrangement for target recognition and cleavage, we designed a split-Cas9 enzyme in which the nuclease lobe and α-helical lobe are expressed as separate polypeptides. Although the lobes do not interact on their own, the sgRNA recruits them into a ternary complex that recapitulates the activity of full-length Cas9 and catalyzes site-specific DNA cleavage. The use of a modified sgRNA abrogates split-Cas9 activity by preventing dimerization, allowing for the development of an inducible dimerization system. We propose that split-Cas9 can act as a highly regulatable platform for genome-engineering applications.

Applications of CRISPR/Cas System to Bacterial Metabolic Engineering.

PubMed

Cho, Suhyung; Shin, Jongoh; Cho, Byung-Kwan

2018-04-05

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated (CRISPR/Cas) adaptive immune system has been extensively used for gene editing, including gene deletion, insertion, and replacement in bacterial and eukaryotic cells owing to its simple, rapid, and efficient activities in unprecedented resolution. Furthermore, the CRISPR interference (CRISPRi) system including deactivated Cas9 (dCas9) with inactivated endonuclease activity has been further investigated for regulation of the target gene transiently or constitutively, avoiding cell death by disruption of genome. This review discusses the applications of CRISPR/Cas for genome editing in various bacterial systems and their applications. In particular, CRISPR technology has been used for the production of metabolites of high industrial significance, including biochemical, biofuel, and pharmaceutical products/precursors in bacteria. Here, we focus on methods to increase the productivity and yield/titer scan by controlling metabolic flux through individual or combinatorial use of CRISPR/Cas and CRISPRi systems with introduction of synthetic pathway in industrially common bacteria including Escherichia coli . Further, we discuss additional useful applications of the CRISPR/Cas system, including its use in functional genomics.

Rational design of a split-Cas9 enzyme complex

DOE PAGES

Wright, Addison V.; Sternberg, Samuel H.; Taylor, David W.; ...

2015-02-23

Cas9, an RNA-guided DNA endonuclease found in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bacterial immune systems, is a versatile tool for genome editing, transcriptional regulation, and cellular imaging applications. Structures of Streptococcus pyogenes Cas9 alone or bound to single-guide RNA (sgRNA) and target DNA revealed a bilobed protein architecture that undergoes major conformational changes upon guide RNA and DNA binding. To investigate the molecular determinants and relevance of the interlobe rearrangement for target recognition and cleavage, we designed a split-Cas9 enzyme in which the nuclease lobe and α-helical lobe are expressed as separate polypeptides. The lobes do not interactmore » on their own, the sgRNA recruits them into a ternary complex that recapitulates the activity of full-length Cas9 and catalyzes site-specific DNA cleavage. The use of a modified sgRNA abrogates split-Cas9 activity by preventing dimerization, allowing for the development of an inducible dimerization system. We propose that split-Cas9 can act as a highly regulatable platform for genome-engineering applications.« less

Rational design of a split-Cas9 enzyme complex

DOE Office of Scientific and Technical Information (OSTI.GOV)

Wright, Addison V.; Sternberg, Samuel H.; Taylor, David W.

Cas9, an RNA-guided DNA endonuclease found in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bacterial immune systems, is a versatile tool for genome editing, transcriptional regulation, and cellular imaging applications. Structures of Streptococcus pyogenes Cas9 alone or bound to single-guide RNA (sgRNA) and target DNA revealed a bilobed protein architecture that undergoes major conformational changes upon guide RNA and DNA binding. To investigate the molecular determinants and relevance of the interlobe rearrangement for target recognition and cleavage, we designed a split-Cas9 enzyme in which the nuclease lobe and α-helical lobe are expressed as separate polypeptides. The lobes do not interactmore » on their own, the sgRNA recruits them into a ternary complex that recapitulates the activity of full-length Cas9 and catalyzes site-specific DNA cleavage. The use of a modified sgRNA abrogates split-Cas9 activity by preventing dimerization, allowing for the development of an inducible dimerization system. We propose that split-Cas9 can act as a highly regulatable platform for genome-engineering applications.« less

CRISPR/Cas9 Inhibits Multiple Steps of HIV-1 Infection.

PubMed

Yin, Lijuan; Hu, Siqi; Mei, Shan; Sun, Hong; Xu, Fengwen; Li, Jian; Zhu, Weijun; Liu, Xiaoman; Zhao, Fei; Zhang, Di; Cen, Shan; Liang, Chen; Guo, Fei

2018-05-09

CRISPR/Cas9 is an adaptive immune system where bacteria and archaea have evolved to resist the invading viruses and plasmid DNA by creating site-specific double-strand breaks in DNA. This study tested this gene editing system in inhibiting human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infection by targeting the viral long terminal repeat and the gene coding sequences. Strong inhibition of HIV-1 infection by Cas9/gRNA was observed, which resulted not only from insertions and deletions (indels) that were introduced into viral DNA due to Cas9 cleavage, but also from the marked decrease in the levels of the late viral DNA products and the integrated viral DNA. This latter defect might have reflected the degradation of viral DNA that has not been immediately repaired after Cas9 cleavage. It was further observed that Cas9, when solely located in the cytoplasm, inhibits HIV-1 as strongly as the nuclear Cas9, except that the cytoplasmic Cas9 does not act on the integrated HIV-1 DNA and thus cannot be used to excise the latent provirus. Together, the results suggest that Cas9/gRNA is able to target and edit HIV-1 DNA both in the cytoplasm and in the nucleus. The inhibitory effect of Cas9 on HIV-1 is attributed to both the indels in viral DNA and the reduction in the levels of viral DNA.

Analysis of microsatellite instability in CRISPR/Cas9 editing mice.

PubMed

Huo, Xueyun; Du, Yating; Lu, Jing; Guo, Meng; Li, Zhenkun; Zhang, Shuangyue; Li, Xiaohong; Chen, Zhenwen; Du, Xiaoyan

2017-03-01

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR- associated (Cas) protein 9 system is a novel and powerful tool which is widely used for genome editing. CRISPR/Cas9 is RNA-guided and can lead to desired genomic modifications. However, whether the CRISPR/Cas9-mediated genome editing causes genomic alterations and genomic instability, such as microsatellite instability (MSI), is still unknown. Here we detected MSI in 21 CRISPR/Cas9 mouse strains using a panel of 42 microsatellite loci which were selected from our previous studies. Surprisingly, MSI occurrence was common in CRISPR/Cas9 modified genome, and most of the strains (19/21, 90.5%) examined showed MSI. Of 42 loci examined, 8 loci (8/42, 19.05%) exhibited MSI in the Cas9 editing mice. The Ttll9 (4/42, 9.5%) were the most unstable strains, and D10Mit3 and D10Mit198 (9/21, 42.9%) were considered to be the most "hot" loci in the Cas9 strains we tested. Through analyzing the mutation of microsatellite loci, we provide new insights into the genomic alterations of CRISPR/Cas9 models and it will help us for a better understanding of this powerful technology. Copyright © 2017 Elsevier B.V. All rights reserved.

DNA interrogation by the CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9.

PubMed

Sternberg, Samuel H; Redding, Sy; Jinek, Martin; Greene, Eric C; Doudna, Jennifer A

2014-03-06

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated enzyme Cas9 is an RNA-guided endonuclease that uses RNA-DNA base-pairing to target foreign DNA in bacteria. Cas9-guide RNA complexes are also effective genome engineering agents in animals and plants. Here we use single-molecule and bulk biochemical experiments to determine how Cas9-RNA interrogates DNA to find specific cleavage sites. We show that both binding and cleavage of DNA by Cas9-RNA require recognition of a short trinucleotide protospacer adjacent motif (PAM). Non-target DNA binding affinity scales with PAM density, and sequences fully complementary to the guide RNA but lacking a nearby PAM are ignored by Cas9-RNA. Competition assays provide evidence that DNA strand separation and RNA-DNA heteroduplex formation initiate at the PAM and proceed directionally towards the distal end of the target sequence. Furthermore, PAM interactions trigger Cas9 catalytic activity. These results reveal how Cas9 uses PAM recognition to quickly identify potential target sites while scanning large DNA molecules, and to regulate scission of double-stranded DNA.

DNA interrogation by the CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Sternberg, Samuel H.; Redding, Sy; Jinek, Martin; Greene, Eric C.; Doudna, Jennifer A.

2014-03-01

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated enzyme Cas9 is an RNA-guided endonuclease that uses RNA-DNA base-pairing to target foreign DNA in bacteria. Cas9-guide RNA complexes are also effective genome engineering agents in animals and plants. Here we use single-molecule and bulk biochemical experiments to determine how Cas9-RNA interrogates DNA to find specific cleavage sites. We show that both binding and cleavage of DNA by Cas9-RNA require recognition of a short trinucleotide protospacer adjacent motif (PAM). Non-target DNA binding affinity scales with PAM density, and sequences fully complementary to the guide RNA but lacking a nearby PAM are ignored by Cas9-RNA. Competition assays provide evidence that DNA strand separation and RNA-DNA heteroduplex formation initiate at the PAM and proceed directionally towards the distal end of the target sequence. Furthermore, PAM interactions trigger Cas9 catalytic activity. These results reveal how Cas9 uses PAM recognition to quickly identify potential target sites while scanning large DNA molecules, and to regulate scission of double-stranded DNA.

Potential pitfalls of CRISPR/Cas9-mediated genome editing.

PubMed

Peng, Rongxue; Lin, Guigao; Li, Jinming

2016-04-01

Recently, a novel technique named the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated protein (Cas)9 system has been rapidly developed. This genome editing tool has improved our ability tremendously with respect to exploring the pathogenesis of diseases and correcting disease mutations, as well as phenotypes. With a short guide RNA, Cas9 can be precisely directed to target sites, and functions as an endonuclease to efficiently produce breaks in DNA double strands. Over the past 30 years, CRISPR has evolved from the 'curious sequences of unknown biological function' into a promising genome editing tool. As a result of the incessant development in the CRISPR/Cas9 system, Cas9 co-expressed with custom guide RNAs has been successfully used in a variety of cells and organisms. This genome editing technology can also be applied to synthetic biology, functional genomic screening, transcriptional modulation and gene therapy. However, although CRISPR/Cas9 has a broad range of action in science, there are several aspects that affect its efficiency and specificity, including Cas9 activity, target site selection and short guide RNA design, delivery methods, off-target effects and the incidence of homology-directed repair. In the present review, we highlight the factors that affect the utilization of CRISPR/Cas9, as well as possible strategies for handling any problems. Addressing these issues will allow us to take better advantage of this technique. In addition, we also review the history and rapid development of the CRISPR/Cas system from the time of its initial discovery in 2012. © 2015 FEBS.

CAS as Environments for Implementing Mathematical Microworlds.

ERIC Educational Resources Information Center

Alpers, Burkhard

2002-01-01

Investigates whether computer algebra systems (CAS) are suitable environments for implementing mathematical microworlds. Recalls what constitutes a microworld and explores how CAS can be used for implementation, stating potentials as well as limitations. Provides as an example the microworld "Formula 1", implemented in Maple Software. (Author/KHR)

Coinfection pulmonaire par pneumocystis jirovecii et pseudomonas aeruginosa au cours du SIDA: à propos de deux cas

PubMed Central

Mamoudou, Savadogo; Bellaud, Guillaume; Ana, Canestri; Gilles, Pialoux

2015-01-01

Rapporter deux cas cliniques de coinfections pulmonaires par Pneumocystis jirovecii et par Pseudomonas aeruginosa chez des patients vivant avec le VIH. Les deux patients étaient âgés respectivement de 32 ans et 46 ans. Un patient a été pris en charge à l'hôpital Yalgado Ouédraogo de Ouagadougou au Burkina Faso et l'autre a été pris en charge à l'hôpital Ténon de Paris, en France. Les deux souffraient de pneumopathie confirmée à la radiographie et à la tomodensitométrie. L'un des patients était sévèrement immuno déprimé, contrairement à l'autre. L'examen bactériologique dans les crachats avait permis d'isoler Pseudomonas aeruginosa et Pneumocystis jirovecii chez les deux patients. Sous traitement, l’évolution a été favorable. Les coinfections morbides sont relativement fréquentes chez les patients vivant avec le VIH. Devant une symptomatologie respiratoire du sujet vivant avec le VIH, il faut savoir rechercher en plus du Bacille de Koch, Pneumocystis jirovecii et Pseudomonas aeruginosa par un lavage broncho alvéolaire. PMID:26516396

La réflexion des ondes électromagnétiques du milieu de gyrotropie anisotrope, avec un axe d'anisotropie et un angle d'incidence arbitraires

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Tchalyk, A.

1994-01-01

The interaction of plane electromagnetic wave with half-infinit gyrotropic media for different directions of propagation of incident microwave radiation and various directions of gyrotropic axis are investigated. The equations for calculation of wave's parameters exited in media and reflected from media-surface are obtained. On étudie l'interaction d'une onde électromagnétique plane avec un milieu gyrotrope à demi-infini dans le cas d'une direction arbitraire de propagation de la radiation électromagnétique incidente et de l'axe de gyrotropie. On a obtenu des expressions permettant de calculer les caractéristiques des ondes excitées dans et par le milieu.

Single step production of Cas9 mRNA for zygote injection.

PubMed

Redel, Bethany K; Beaton, Benjamin P; Spate, Lee D; Benne, Joshua A; Murphy, Stephanie L; O'Gorman, Chad W; Spate, Anna M; Prather, Randall S; Wells, Kevin D

2018-03-01

Production of Cas9 mRNA in vitro typically requires the addition of a 5´ cap and 3´ polyadenylation. A plasmid was constructed that harbored the T7 promoter followed by the EMCV IRES and a Cas9 coding region. We hypothesized that the use of the metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1 (Malat1) triplex structure downstream of an IRES/Cas9 expression cassette would make polyadenylation of in vitro produced mRNA unnecessary. A sequence from the mMalat1 gene was cloned downstream of the IRES/Cas9 cassette described above. An mRNA concentration curve was constructed with either commercially available Cas9 mRNA or the IRES/ Cas9/triplex, by injection into porcine zygotes. Blastocysts were genotyped to determine if differences existed in the percent of embryos modified. The concentration curve identified differences due to concentration and RNA type injected. Single step production of Cas9 mRNA provides an alternative source of Cas9 for use in zygote injections.

Mutations in Cas9 Enhance the Rate of Acquisition of Viral Spacer Sequences during the CRISPR-Cas Immune Response.

PubMed

Heler, Robert; Wright, Addison V; Vucelja, Marija; Bikard, David; Doudna, Jennifer A; Marraffini, Luciano A

2017-01-05

CRISPR loci and their associated (Cas) proteins encode a prokaryotic immune system that protects against viruses and plasmids. Upon infection, a low fraction of cells acquire short DNA sequences from the invader. These sequences (spacers) are integrated in between the repeats of the CRISPR locus and immunize the host against the matching invader. Spacers specify the targets of the CRISPR immune response through transcription into short RNA guides that direct Cas nucleases to the invading DNA molecules. Here we performed random mutagenesis of the RNA-guided Cas9 nuclease to look for variants that provide enhanced immunity against viral infection. We identified a mutation, I473F, that increases the rate of spacer acquisition by more than two orders of magnitude. Our results highlight the role of Cas9 during CRISPR immunization and provide a useful tool to study this rare process and develop it as a biotechnological application. Copyright © 2017 Elsevier Inc. All rights reserved.

Survey of clustered regularly interspaced short palindromic repeats and their associated Cas proteins (CRISPR/Cas) systems in multiple sequenced strains of Klebsiella pneumoniae.

PubMed

Ostria-Hernández, Martha Lorena; Sánchez-Vallejo, Carlos Javier; Ibarra, J Antonio; Castro-Escarpulli, Graciela

2015-08-04

In recent years the emergence of multidrug resistant Klebsiella pneumoniae strains has been an increasingly common event. This opportunistic species is one of the five main bacterial pathogens that cause hospital infections worldwide and multidrug resistance has been associated with the presence of high molecular weight plasmids. Plasmids are generally acquired through horizontal transfer and therefore is possible that systems that prevent the entry of foreign genetic material are inactive or absent. One of these systems is CRISPR/Cas. However, little is known regarding the clustered regularly interspaced short palindromic repeats and their associated Cas proteins (CRISPR/Cas) system in K. pneumoniae. The adaptive immune system CRISPR/Cas has been shown to limit the entry of foreign genetic elements into bacterial organisms and in some bacteria it has been shown to be involved in regulation of virulence genes. Thus in this work we used bioinformatics tools to determine the presence or absence of CRISPR/Cas systems in available K. pneumoniae genomes. The complete CRISPR/Cas system was identified in two out of the eight complete K. pneumoniae genomes sequences and in four out of the 44 available draft genomes sequences. The cas genes in these strains comprises eight cas genes similar to those found in Escherichia coli, suggesting they belong to the type I-E group, although their arrangement is slightly different. As for the CRISPR sequences, the average lengths of the direct repeats and spacers were 29 and 33 bp, respectively. BLAST searches demonstrated that 38 of the 116 spacer sequences (33%) are significantly similar to either plasmid, phage or genome sequences, while the remaining 78 sequences (67%) showed no significant similarity to other sequences. The region where the CRISPR/Cas systems were located is the same in all the Klebsiella genomes containing it, it has a syntenic architecture, and is located among genes encoding for proteins likely involved in

A non-inheritable maternal Cas9-based multiple-gene editing system in mice.

PubMed

Sakurai, Takayuki; Kamiyoshi, Akiko; Kawate, Hisaka; Mori, Chie; Watanabe, Satoshi; Tanaka, Megumu; Uetake, Ryuichi; Sato, Masahiro; Shindo, Takayuki

2016-01-28

The CRISPR/Cas9 system is capable of editing multiple genes through one-step zygote injection. The preexisting method is largely based on the co-injection of Cas9 DNA (or mRNA) and guide RNAs (gRNAs); however, it is unclear how many genes can be simultaneously edited by this method, and a reliable means to generate transgenic (Tg) animals with multiple gene editing has yet to be developed. Here, we employed non-inheritable maternal Cas9 (maCas9) protein derived from Tg mice with systemic Cas9 overexpression (Cas9 mice). The maCas9 protein in zygotes derived from mating or in vitro fertilization of Tg/+ oocytes and +/+ sperm could successfully edit the target genome. The efficiency of such maCas9-based genome editing was comparable to that of zygote microinjection-based genome editing widely used at present. Furthermore, we demonstrated a novel approach to create "Cas9 transgene-free" gene-modified mice using non-Tg (+/+) zygotes carrying maCas9. The maCas9 protein in mouse zygotes edited nine target loci simultaneously after injection with nine different gRNAs alone. Cas9 mouse-derived zygotes have the potential to facilitate the creation of genetically modified animals carrying the Cas9 transgene, enabling repeatable genome engineering and the production of Cas9 transgene-free mice.

Chemical and Biophysical Modulation of Cas9 for Tunable Genome Engineering.

PubMed

Nuñez, James K; Harrington, Lucas B; Doudna, Jennifer A

2016-03-18

The application of the CRISPR-Cas9 system for genome engineering has revolutionized the ability to interrogate genomes of mammalian cells. Programming the Cas9 endonuclease to induce DNA breaks at specified sites is achieved by simply modifying the sequence of its cognate guide RNA. Although Cas9-mediated genome editing has been shown to be highly specific, cleavage events at off-target sites have also been reported. Minimizing, and eventually abolishing, unwanted off-target cleavage remains a major goal of the CRISPR-Cas9 technology before its implementation for therapeutic use. Recent efforts have turned to chemical biology and biophysical approaches to engineer inducible genome editing systems for controlling Cas9 activity at the transcriptional and protein levels. Here, we review recent advancements to modulate Cas9-mediated genome editing by engineering split-Cas9 constructs, inteins, small molecules, protein-based dimerizing domains, and light-inducible systems.

Excision of Nucleopolyhedrovirus Form Transgenic Silkworm Using the CRISPR/Cas9 System.

PubMed

Dong, Zhanqi; Dong, Feifan; Yu, Xinbo; Huang, Liang; Jiang, Yaming; Hu, Zhigang; Chen, Peng; Lu, Cheng; Pan, Minhui

2018-01-01

The CRISPR/Cas9-mediated genome engineering has been shown to efficiently suppress infection by disrupting genes of the pathogen. We recently constructed transgenic lines expressing CRISPR/Cas9 and the double sgRNA target Bombyx mori nucleopolyhedrovirus (BmNPV) immediate early-1 ( ie-1 ) gene in the silkworm, respectively, and obtained four transgenic hybrid lines by G1 generation hybridization: Cas9(-)/sgRNA(-), Cas9(+)/sgRNA(-), Cas9(-)/sgRNA(+), and Cas9(+)/sgRNA(+). We demonstrated that the Cas9(+)/sgRNA(+) transgenic lines effectively edited the target site of the BmNPV genome, and large fragment deletion was observed after BmNPV infection. Further antiviral analysis of the Cas9(+)/sgRNA(+) transgenic lines shows that the median lethal dose (LD50) is 1,000-fold higher than the normal lines after inoculation with occlusion bodies. The analysis of economic characters and off-target efficiency of Cas9(+)/sgRNA(+) transgenic hybrid line showed no significant difference compared with the normal lines. Our findings indicate that CRISPR/Cas9-mediated genome engineering more effectively targets the BmNPV genomes and could be utilized as an insect antiviral treatment.

Excision of Nucleopolyhedrovirus Form Transgenic Silkworm Using the CRISPR/Cas9 System

PubMed Central

Dong, Zhanqi; Dong, Feifan; Yu, Xinbo; Huang, Liang; Jiang, Yaming; Hu, Zhigang; Chen, Peng; Lu, Cheng; Pan, Minhui

2018-01-01

The CRISPR/Cas9-mediated genome engineering has been shown to efficiently suppress infection by disrupting genes of the pathogen. We recently constructed transgenic lines expressing CRISPR/Cas9 and the double sgRNA target Bombyx mori nucleopolyhedrovirus (BmNPV) immediate early-1 (ie-1) gene in the silkworm, respectively, and obtained four transgenic hybrid lines by G1 generation hybridization: Cas9(-)/sgRNA(-), Cas9(+)/sgRNA(-), Cas9(-)/sgRNA(+), and Cas9(+)/sgRNA(+). We demonstrated that the Cas9(+)/sgRNA(+) transgenic lines effectively edited the target site of the BmNPV genome, and large fragment deletion was observed after BmNPV infection. Further antiviral analysis of the Cas9(+)/sgRNA(+) transgenic lines shows that the median lethal dose (LD50) is 1,000-fold higher than the normal lines after inoculation with occlusion bodies. The analysis of economic characters and off-target efficiency of Cas9(+)/sgRNA(+) transgenic hybrid line showed no significant difference compared with the normal lines. Our findings indicate that CRISPR/Cas9-mediated genome engineering more effectively targets the BmNPV genomes and could be utilized as an insect antiviral treatment. PMID:29503634

Cas9 gRNA engineering for genome editing, activation and repression

DOE PAGES

Kiani, Samira; Chavez, Alejandro; Tuttle, Marcelle; ...

2015-09-07

Here we demonstrate that by altering the length of Cas9-associated guide RNA(gRNA) we were able to control Cas9 nuclease activity and simultaneously perform genome editing and transcriptional regulation with a single Cas9 protein. We exploited these principles to engineer mammalian synthetic circuits with combined transcriptional regulation and kill functions governed by a single multifunctional Cas9 protein.

CRISPR-Cas9 technology and its application in haematological disorders

PubMed Central

Zhang, Han; McCarty, Nami

2018-01-01

Summary The recent advent of the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-CRISPR associated protein 9 (Cas9) system for precise genome editing has revolutionized methodologies in haematology and oncology studies. CRISPR-Cas9 technology can be used to remove and correct genes or mutations, and to introduce site-specific therapeutic genes in human cells. Inherited haematological disorders represent ideal targets for CRISPR-Cas9-mediated gene therapy. Correcting disease-causing mutations could alleviate disease-related symptoms in the near future. The CRISPR-Cas9 system is also a useful tool for delineating molecular mechanisms involving haematological malignancies. Prior to the use of CRISPR-Cas9-mediated gene correction in humans, appropriate delivery systems with higher efficiency and specificity must be identified, and ethical guidelines for applying the technology with controllable safety must be established. Here, the latest applications of CRISPR-Cas9 technology in haematological disorders, current challenges and future directions are reviewed and discussed. PMID:27619566

CRISPR-Cas9 technology and its application in haematological disorders.

PubMed

Zhang, Han; McCarty, Nami

2016-10-01

The recent advent of the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-CRISPR associated protein 9 (Cas9) system for precise genome editing has revolutionized methodologies in haematology and oncology studies. CRISPR-Cas9 technology can be used to remove and correct genes or mutations, and to introduce site-specific therapeutic genes in human cells. Inherited haematological disorders represent ideal targets for CRISPR-Cas9-mediated gene therapy. Correcting disease-causing mutations could alleviate disease-related symptoms in the near future. The CRISPR-Cas9 system is also a useful tool for delineating molecular mechanisms involving haematological malignancies. Prior to the use of CRISPR-Cas9-mediated gene correction in humans, appropriate delivery systems with higher efficiency and specificity must be identified, and ethical guidelines for applying the technology with controllable safety must be established. Here, the latest applications of CRISPR-Cas9 technology in haematological disorders, current challenges and future directions are reviewed and discussed. © 2016 John Wiley & Sons Ltd.

Profiling of engineering hotspots identifies an allosteric CRISPR-Cas9 switch.

PubMed

Oakes, Benjamin L; Nadler, Dana C; Flamholz, Avi; Fellmann, Christof; Staahl, Brett T; Doudna, Jennifer A; Savage, David F

2016-06-01

The clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats (CRISPR)-associated protein Cas9 from Streptococcus pyogenes is an RNA-guided DNA endonuclease with widespread utility for genome modification. However, the structural constraints limiting the engineering of Cas9 have not been determined. Here we experimentally profile Cas9 using randomized insertional mutagenesis and delineate hotspots in the structure capable of tolerating insertions of a PDZ domain without disruption of the enzyme's binding and cleavage functions. Orthogonal domains or combinations of domains can be inserted into the identified sites with minimal functional consequence. To illustrate the utility of the identified sites, we construct an allosterically regulated Cas9 by insertion of the estrogen receptor-α ligand-binding domain. This protein showed robust, ligand-dependent activation in prokaryotic and eukaryotic cells, establishing a versatile one-component system for inducible and reversible Cas9 activation. Thus, domain insertion profiling facilitates the rapid generation of new Cas9 functionalities and provides useful data for future engineering of Cas9.

Mr.CAS-A minimalistic (pure) Ruby CAS for fast prototyping and code generation

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Ragni, Matteo

There are Computer Algebra System (CAS) systems on the market with complete solutions for manipulation of analytical models. But exporting a model that implements specific algorithms on specific platforms, for target languages or for particular numerical library, is often a rigid procedure that requires manual post-processing. This work presents a Ruby library that exposes core CAS capabilities, i.e. simplification, substitution, evaluation, etc. The library aims at programmers that need to rapidly prototype and generate numerical code for different target languages, while keeping separated mathematical expression from the code generation rules, where best practices for numerical conditioning are implemented. The library is written in pure Ruby language and is compatible with most Ruby interpreters.

Note des Éditeurs scientifiques

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Averbuch, P.

Cette série d'articles est une revue de résultats expérimentaux sur différents "fluides" moléculaires, dans lesquels la cohésion est due à des forces de Van der Waals et à des liaisons hydrogène, l'eau étant un de ces fluides. Ces résultats sont présentés de façon à justifier expérimentalement un modèle original, non extensif, des propriétés de ces fluides, et l'ensemble se présente sous la forme de trois articles décrivant le modèle, suivis chacun par un article le comparant aux résultats expérimentaux publiés par de nombreux auteurs. Le caractère non extensif des propriétés physiques des fluides est choquant, contraire à beaucoup d'idées établies, il semble n'avoir en sa faveur qu'un argument, la comparaison avec un nombre de résultats expérimentaux assez grand pour que l'effet du hasard soit difficilement soupçonnable. En particulier, les écarts entre des résultats de mesures faits par des auteurs différents dans des conditions différentes sont expliqués, le sérieux et la compétence des différents expérimentateurs ne sont plus mis en doute : mais l'interprétation de ces résultats avec un modèle extensif non adapté est seule mise en cause. Les modèles extensifs étant utilisés systématiquement, au delà des expériences de physiciens, dans les calculs d'ingénieurs, et dans la modélisation d'appareils qui fonctionnent et de phénomènes naturels observés par tout le monde, il fallait expliquer pourquoi on pouvait renoncer à l'extensivité. Les raisons du succès pratique des modèles extensifs sont données, d'abord dans le cas des nématiques, puis dans celui des liquides ordinaires, et c'est ce qui rend l'ensemble cohérent, tant avec les mesures physiques fines qu'avec les observations quotidiennes. Il n'en reste pas moins que si l'interprétation donnée dans cette série d'articles est généralisable, une justification théorique du modèle utilisé devient nécessaire. Pour ce qui est des propriétés d

Cas9-mediated targeting of viral RNA in eukaryotic cells.

PubMed

Price, Aryn A; Sampson, Timothy R; Ratner, Hannah K; Grakoui, Arash; Weiss, David S

2015-05-12

Clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats-CRISPR associated (CRISPR-Cas) systems are prokaryotic RNA-directed endonuclease machineries that act as an adaptive immune system against foreign genetic elements. Using small CRISPR RNAs that provide specificity, Cas proteins recognize and degrade nucleic acids. Our previous work demonstrated that the Cas9 endonuclease from Francisella novicida (FnCas9) is capable of targeting endogenous bacterial RNA. Here, we show that FnCas9 can be directed by an engineered RNA-targeting guide RNA to target and inhibit a human +ssRNA virus, hepatitis C virus, within eukaryotic cells. This work reveals a versatile and portable RNA-targeting system that can effectively function in eukaryotic cells and be programmed as an antiviral defense.

Cas9-mediated targeting of viral RNA in eukaryotic cells

PubMed Central

Price, Aryn A.; Sampson, Timothy R.; Ratner, Hannah K.; Grakoui, Arash; Weiss, David S.

2015-01-01

Clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats–CRISPR associated (CRISPR-Cas) systems are prokaryotic RNA-directed endonuclease machineries that act as an adaptive immune system against foreign genetic elements. Using small CRISPR RNAs that provide specificity, Cas proteins recognize and degrade nucleic acids. Our previous work demonstrated that the Cas9 endonuclease from Francisella novicida (FnCas9) is capable of targeting endogenous bacterial RNA. Here, we show that FnCas9 can be directed by an engineered RNA-targeting guide RNA to target and inhibit a human +ssRNA virus, hepatitis C virus, within eukaryotic cells. This work reveals a versatile and portable RNA-targeting system that can effectively function in eukaryotic cells and be programmed as an antiviral defense. PMID:25918406

An updated evolutionary classification of CRISPR–Cas systems

PubMed Central

Makarova, Kira S.; Wolf, Yuri I.; Alkhnbashi, Omer S.; Costa, Fabrizio; Shah, Shiraz A.; Saunders, Sita J.; Barrangou, Rodolphe; Brouns, Stan J. J.; Charpentier, Emmanuelle; Haft, Daniel H.; Horvath, Philippe; Moineau, Sylvain; Mojica, Francisco J. M.; Terns, Rebecca M.; Terns, Michael P.; White, Malcolm F.; Yakunin, Alexander F.; Garrett, Roger A.; van der Oost, John; Backofen, Rolf; Koonin, Eugene V.

2017-01-01

The evolution of CRISPR–cas loci, which encode adaptive immune systems in archaea and bacteria, involves rapid changes, in particular numerous rearrangements of the locus architecture and horizontal transfer of complete loci or individual modules. These dynamics complicate straightforward phylogenetic classification, but here we present an approach combining the analysis of signature protein families and features of the architecture of cas loci that unambiguously partitions most CRISPR–cas loci into distinct classes, types and subtypes. The new classification retains the overall structure of the previous version but is expanded to now encompass two classes, five types and 16 subtypes. The relative stability of the classification suggests that the most prevalent variants of CRISPR–Cas systems are already known. However, the existence of rare, currently unclassifiable variants implies that additional types and subtypes remain to be characterized. PMID:26411297

Cornerstones of CRISPR-Cas in drug development and therapy

PubMed Central

Fellmann, Christof; Gowen, Benjamin G.; Lin, Pei-Chun; Doudna, Jennifer A.; Corn, Jacob E.

2017-01-01

The recent development of CRISPR-Cas systems as easily accessible and programmable tools for genome editing and regulation is spurring a revolution in biology. Paired with the rapid expansion of personalized and reference genomic sequence information, technologies based on CRISPR-Cas are enabling nearly unlimited genetic manipulation even in previously difficult contexts, including human cells. Although much attention has focused on the potential of CRISPR-Cas to cure Mendelian diseases, the technology also holds promise to transform the development of therapies to treat complex heritable and somatic disorders. Here we discuss how CRISPR-Cas can impact the next generation of drugs through accelerating the identification and validation of high-value targets, uncovering high confidence biomarkers and developing differentiated breakthrough therapies. We focus on the promises, pitfalls and hurdles of this revolutionary gene editing technology, and also discuss key aspects of different CRISPR-Cas screening platforms and offer our perspectives on the best practices in genome engineering. PMID:28008168

Temperature effect on CRISPR-Cas9 mediated genome editing.

PubMed

Xiang, Guanghai; Zhang, Xingying; An, Chenrui; Cheng, Chen; Wang, Haoyi

2017-04-20

Zinc-finger nuclease (ZFN), transcription activator-like effector nuclease (TALEN), and clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9 (CRISPR-Cas9) are the most commonly used genome editing tools. Previous studies demonstrated that hypothermia treatment increased the mutation rates induced by ZFNs and TALENs in mammalian cells. Here, we characterize the effect of different culture temperatures on CRISPR-Cas9 mediated genome editing and find that the genome editing efficiency of CRISPR-Cas9 is significantly hampered by hypothermia treatment, unlike ZFN and TALEN. In addition, hyperthermia culture condition enhances genome editing by CRISPR-Cas9 in some cell lines, due to the higher enzyme activity and sgRNA expression level at higher temperature. Our study has implications on CRISPR-Cas9 applications in a broad spectrum of species, many of which do not live at 37°C. Copyright © 2017 Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, and Genetics Society of China. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Cas9, Cpf1 and C2c1/2/3-What's next?

PubMed

Nakade, Shota; Yamamoto, Takashi; Sakuma, Tetsushi

2017-05-04

Since the rapid emergence of clustered regulatory interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated protein 9 (Cas9) system, developed as a genome engineering tool in 2012-2013, most researchers in the life science field have had a fixated interest in this fascinating technology. CRISPR-Cas9 is an RNA-guided DNA endonuclease system, which consists of Cas9 nuclease defining a few targeting base via protospacer adjacent motif complexed with easily customizable single guide RNA targeting around 20-bp genomic sequence. Although Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9), one of the Cas9 proteins that applications in genome engineering were first demonstrated, still has wide usage because of its high nuclease activity and broad targeting range, there are several limitations such as large molecular weight and potential off-target effect. In this commentary, we describe various improvements and alternatives of CRISPR-Cas systems, including engineered Cas9 variants, Cas9 homologs, and novel Cas proteins other than Cas9. These variations enable flexible genome engineering with high efficiency and specificity, orthogonal genetic control at multiple gene loci, gene knockdown, or fluorescence imaging of transcripts mediated by RNA targeting, and beyond.

Efficient CRISPR/Cas9-based gene knockout in watermelon.

PubMed

Tian, Shouwei; Jiang, Linjian; Gao, Qiang; Zhang, Jie; Zong, Mei; Zhang, Haiying; Ren, Yi; Guo, Shaogui; Gong, Guoyi; Liu, Fan; Xu, Yong

2017-03-01

CRISPR/Cas9 system can precisely edit genomic sequence and effectively create knockout mutations in T0 generation watermelon plants. Genome editing offers great advantage to reveal gene function and generate agronomically important mutations to crops. Recently, RNA-guided genome editing system using the type II clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated protein 9 (Cas9) has been applied to several plant species, achieving successful targeted mutagenesis. Here, we report the genome of watermelon, an important fruit crop, can also be precisely edited by CRISPR/Cas9 system. ClPDS, phytoene desaturase in watermelon, was selected as the target gene because its mutant bears evident albino phenotype. CRISPR/Cas9 system performed genome editing, such as insertions or deletions at the expected position, in transfected watermelon protoplast cells. More importantly, all transgenic watermelon plants harbored ClPDS mutations and showed clear or mosaic albino phenotype, indicating that CRISPR/Cas9 system has technically 100% of genome editing efficiency in transgenic watermelon lines. Furthermore, there were very likely no off-target mutations, indicated by examining regions that were highly homologous to sgRNA sequences. Our results show that CRISPR/Cas9 system is a powerful tool to effectively create knockout mutations in watermelon.

[CAS in rhino-surgical procedures in the growing age].

PubMed

Schipper, J; Maier, W; Gellrich, N-C; Arapakis, I; Hochmuth, A; Laszig, R

2005-01-01

Rhinosurgery in children and adolescents meets special requirements: Limited cooperation and reduced limits for the organ dose for ionizing radiological examinations aggravate diagnostics. On the other side, bone sutures and bone growth areas have to be respected intraoperatively, and regions of bones not yet calcified have to be distinguished from possible tumor infiltration. Computer assisted surgery (CAS) can help to identify these areas safely. 5 patients, from the first to the 20 (th) year of life, suffering from tumors, malformation syndromes or therapy resistant nasal polyposis were treated with CAS in rhinosurgery. In addition to radiological diagnostics, we performed 3D computed tomography of the skull for CAS. CAS enabled us to intraoperatively respect possible areas of bone growth, to identify regions with thin, not bonily developed cranial vault and to safely distinguish bone sutures from ethmoidal cells. CAS helped the surgeon to navigate in the not yet developed paranasal sinus system. CAS is a useful complementary method in rhinosurgery of the developing skull of the child. In spite of the additional 3D computed tomography, the calculated organ dose of the ocular lense amounted to 5 millisievert, so a recommended maximal organ dose for the ocular lense of 15 millisievert was not exceeded.

Relationship between drug resistance and the clustered, regularly interspaced, short, palindromic repeat-associated protein genes cas1 and cas2 in Shigella from giant panda dung

PubMed Central

Ren, Lu; Deng, Lin-Hua; Zhang, Ri-Peng; Wang, Cheng-Dong; Li, De-Sheng; Xi, Li-Xin; Chen, Zhen-rong; Yang, Rui; Huang, Jie; Zeng, Yang-ru; Wu, Hong-Lin; Cao, San-Jie; Wu, Rui; Huang, Yong; Yan, Qi-Gui

2017-01-01

Abstract Background: To detect drug resistance in Shigella obtained from the dung of the giant panda, explore the factors leading to drug resistance in Shigella, understand the characteristics of clustered, regularly interspaced, short, palindromic repeats (CRISPR), and assess the relationship between CRISPR and drug resistance. Methods: We collected fresh feces from 27 healthy giant pandas in the Giant Panda Conservation base (Wolong, China). We identified the strains of Shigella in the samples by using nucleotide sequence analysis. Further, the Kirby-Bauer paper method was used to determine drug sensitivity of the Shigella strains. CRISPR-associated protein genes cas1 and cas2 in Shigella were detected by polymerase chain reaction (PCR), and the PCR products were sequenced and compared. Results: We isolated and identified 17 strains of Shigella from 27 samples, including 14 strains of Shigella flexneri, 2 strains of Shigella sonnei, and 1 strain of Shigella dysenteriae. Further, drug resistance to cefazolin, imipenem, and amoxicillin–clavulanic acid was identified as a serious problem, as multidrug-resistant strains were detected. Further, cas1 and cas2 showed different degrees of point mutations. Conclusion: The CRISPR system widely exists in Shigella and shares homology with that in Escherichia coli. The cas1 and cas 2 mutations contribute to the different levels of resistance. Point mutations at sites 3176455, 3176590, and 3176465 in cas1 (a); sites 3176989, 3176992, and 3176995 in cas1 (b); sites 3176156 and 3176236 in cas2 may affect the resistance of bacteria, cause emergence of multidrug resistance, and increase the types of drug resistance. PMID:28207509

Relationship between drug resistance and the clustered, regularly interspaced, short, palindromic repeat-associated protein genes cas1 and cas2 in Shigella from giant panda dung.

PubMed

Ren, Lu; Deng, Lin-Hua; Zhang, Ri-Peng; Wang, Cheng-Dong; Li, De-Sheng; Xi, Li-Xin; Chen, Zhen-Rong; Yang, Rui; Huang, Jie; Zeng, Yang-Ru; Wu, Hong-Lin; Cao, San-Jie; Wu, Rui; Huang, Yong; Yan, Qi-Gui

2017-02-01

To detect drug resistance in Shigella obtained from the dung of the giant panda, explore the factors leading to drug resistance in Shigella, understand the characteristics of clustered, regularly interspaced, short, palindromic repeats (CRISPR), and assess the relationship between CRISPR and drug resistance. We collected fresh feces from 27 healthy giant pandas in the Giant Panda Conservation base (Wolong, China). We identified the strains of Shigella in the samples by using nucleotide sequence analysis. Further, the Kirby-Bauer paper method was used to determine drug sensitivity of the Shigella strains. CRISPR-associated protein genes cas1 and cas2 in Shigella were detected by polymerase chain reaction (PCR), and the PCR products were sequenced and compared. We isolated and identified 17 strains of Shigella from 27 samples, including 14 strains of Shigella flexneri, 2 strains of Shigella sonnei, and 1 strain of Shigella dysenteriae. Further, drug resistance to cefazolin, imipenem, and amoxicillin-clavulanic acid was identified as a serious problem, as multidrug-resistant strains were detected. Further, cas1 and cas2 showed different degrees of point mutations. The CRISPR system widely exists in Shigella and shares homology with that in Escherichia coli. The cas1 and cas 2 mutations contribute to the different levels of resistance. Point mutations at sites 3176455, 3176590, and 3176465 in cas1 (a); sites 3176989, 3176992, and 3176995 in cas1 (b); sites 3176156 and 3176236 in cas2 may affect the resistance of bacteria, cause emergence of multidrug resistance, and increase the types of drug resistance.

Comparative analysis of CRISPR-Cas systems in Klebsiella genomes.

PubMed

Shen, Juntao; Lv, Li; Wang, Xudong; Xiu, Zhilong; Chen, Guoqiang

2017-04-01

Prokaryotic CRISPR-Cas system provides adaptive immunity against invasive genetic elements. Bacteria of the genus Klebsiella are important nosocomial opportunistic pathogens. However, information of CRISPR-Cas system in Klebsiella remains largely unknown. Here, we analyzed the CRISPR-Cas systems of 68 complete genomes of Klebsiella representing four species. All the elements for CRISPR-Cas system (cas genes, repeats, leader sequences, and PAMs) were characterized. Besides the typical Type I-E and I-F CRISPR-Cas systems, a new Subtype I system located in the ABC transport system-glyoxalase region was found. The conservation of the new subtype CRISPR system between different species showed new evidence for CRISPR horizontal transfer. CRISPR polymorphism was strongly correlated both with species and multilocus sequence types. Some results indicated the function of adaptive immunity: most spacers (112 of 124) matched to prophages and plasmids and no matching housekeeping genes; new spacer acquisition was observed within the same sequence type (ST) and same clonal complex; the identical spacers were observed only in the ancient position (far from the leader) between different STs and clonal complexes. Interestingly, a high ratio of self-targeting spacers (7.5%, 31 of 416) was found in CRISPR-bearing Klebsiella pneumoniae (61%, 11 of 18). In some strains, there even were multiple full matching self-targeting spacers. Some self-targeting spacers were conserved even between different STs. These results indicated that some unknown mechanisms existed to compromise the function of self-targets of CRISPR-Cas systems in K. pneumoniae. © 2017 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.

CRISPR/Cas9-mediated noncoding RNA editing in human cancers.

PubMed

Yang, Jie; Meng, Xiaodan; Pan, Jinchang; Jiang, Nan; Zhou, Chengwei; Wu, Zhenhua; Gong, Zhaohui

2018-01-02

Cancer is characterized by multiple genetic and epigenetic alterations, including a higher prevalence of mutations of oncogenes and/or tumor suppressors. Mounting evidences have shown that noncoding RNAs (ncRNAs) are involved in the epigenetic regulation of cancer genes and their associated pathways. The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated nuclease 9 (CRISPR/Cas9) system, a revolutionary genome-editing technology, has shed light on ncRNA-based cancer therapy. Here, we briefly introduce the classifications and mechanisms of CRISPR/Cas9 system. Importantly, we mainly focused on the applications of CRISPR/Cas9 system as a molecular tool for ncRNA (microRNA, long noncoding RNA and circular RNA, etc.) editing in human cancers, and the novel techniques that are based on CRISPR/Cas9 system. Additionally, the off-target effects and the corresponding solutions as well as the challenges toward CRISPR/Cas9 were also evaluated and discussed. Long- and short-ncRNAs have been employed as targets in precision oncology, and CRISPR/Cas9-mediated ncRNA editing may provide an excellent way to cure cancer.

Douleurs induites par les soins: la réalité au Centre Hospitalier Universitaire de Befelatanana Antananarivo, Madagascar

PubMed Central

Mahavivola, Ernestho-Ghoud Indretsy; Olivah, Razanaparany Miarisoa Mireille; Mihary, Dodo; Hendriniaina, Rakotoharivelo; Lalao, Randriamboavonjy Rado; Henintsoa, Rakotonirainy Oliva; Fahafahantsoa, Rapelanoro Rabenja

2014-01-01

La douleur induite par les soins correspond à la douleur survenant lors des actes à visé diagnostique et/ou thérapeutique. A notre connaissance, nous n'avons pas encore des données disponibles pour les douleurs induites par les soins à l'Hôpital de Befelatanana. Nos objectifs étaient de décrire le profil épidémiologique de la douleur induite par les soins, d'identifier les principaux facteurs influençant sur l'intensité de la douleur et leurs retentissements chez les patients. Il s'agissait d'une étude rétrospective, transversale type un jour donné menée dans les douze services de Médecines au Centre Hospitalier Universitaire de Befelatanana en Novembre 2013. Cent deux patients ont été retenus dans l’étude et trois cent vingt trois actes douloureux étaient enregistrés. La fréquence de la douleur induite par les soins était de 69,86%. Le genre féminin prédominait dans 52% des cas (n = 53) avec un sex-ratio à 0,92. L’âge moyen était de 46 ans. Les ponctions vasculaires étaient l'acte prédominant dans 49,54% (n = 109) des cas. Les infirmiers réalisaient les soins dans 47,05% (n = 48) des cas. L'information verbale était la mesure préventive utilisée dans 57,84% des cas (n = 59). Le transport par marche à pied et au dos représentait 16,67% des cas (n = 17). Les patients naïfs des gestes étaient plus anxieux. Ces patients gardaient de mauvais souvenir dans 64,71% des cas (n = 66). La fréquence de douleur induite par les soins était trop élevée. Un effort important est nécessaire pour réduire la douleur induite par les soins PMID:25932071

CAS or Pen-and-Paper: Factors That Influence Students' Choices

ERIC Educational Resources Information Center

Cameron, Scott; Ball, Lynda

2015-01-01

This paper reports on a study of choices about the use of a computer algebra system (CAS) or pen-and-paper (p&p) by a class of seven Year 11 Mathematical Methods (CAS) students as they completed a calculus worksheet. Factors that influenced students' choices are highlighted by comparing and contrasting the use of CAS and p&p between…

Using CRISPR-Cas9 to Study ERK Signaling in Drosophila.

PubMed

Forés, Marta; Papagianni, Aikaterini; Rodríguez-Muñoz, Laura; Jiménez, Gerardo

2017-01-01

Genome engineering using the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR associated nuclease 9 (Cas9) technology is revolutionizing biomedical research. CRISPR-Cas9 enables precise editing of genes in a wide variety of cells and organisms, thereby accelerating molecular studies via targeted mutagenesis, epitope tagging, and other custom genetic modifications. Here, we illustrate the CRISPR-Cas9 methodology by focusing on Capicua (Cic), a nuclear transcriptional repressor directly phosphorylated and inactivated by ERK/MAPK. Specifically, we use CRISPR-Cas9 for targeting an ERK docking site of Drosophila Cic, thus generating ERK-insensitive mutants of this important signaling sensor.

Promoting Cas9 degradation reduces mosaic mutations in non-human primate embryos

PubMed Central

Tu, Zhuchi; Yang, Weili; Yan, Sen; Yin, An; Gao, Jinquan; Liu, Xudong; Zheng, Yinghui; Zheng, Jiezhao; Li, Zhujun; Yang, Su; Li, Shihua; Guo, Xiangyu; Li, Xiao-Jiang

2017-01-01

CRISPR-Cas9 is a powerful new tool for genome editing, but this technique creates mosaic mutations that affect the efficiency and precision of its ability to edit the genome. Reducing mosaic mutations is particularly important for gene therapy and precision genome editing. Although the mechanisms underlying the CRSIPR/Cas9-mediated mosaic mutations remain elusive, the prolonged expression and activity of Cas9 in embryos could contribute to mosaicism in DNA mutations. Here we report that tagging Cas9 with ubiquitin-proteasomal degradation signals can facilitate the degradation of Cas9 in non-human primate embryos. Using embryo-splitting approach, we found that shortening the half-life of Cas9 in fertilized zygotes reduces mosaic mutations and increases its ability to modify genomes in non-human primate embryos. Also, injection of modified Cas9 in one-cell embryos leads to live monkeys with the targeted gene modifications. Our findings suggest that modifying Cas9 activity can be an effective strategy to enhance precision genome editing. PMID:28155910

CRISPR-Cas-Mediated Phage Resistance Enhances Horizontal Gene Transfer by Transduction.

PubMed

Watson, Bridget N J; Staals, Raymond H J; Fineran, Peter C

2018-02-13

A powerful contributor to prokaryotic evolution is horizontal gene transfer (HGT) through transformation, conjugation, and transduction, which can be advantageous, neutral, or detrimental to fitness. Bacteria and archaea control HGT and phage infection through CRISPR-Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated proteins) adaptive immunity. Although the benefits of resisting phage infection are evident, this can come at a cost of inhibiting the acquisition of other beneficial genes through HGT. Despite the ability of CRISPR-Cas to limit HGT through conjugation and transformation, its role in transduction is largely overlooked. Transduction is the phage-mediated transfer of bacterial DNA between cells and arguably has the greatest impact on HGT. We demonstrate that in Pectobacterium atrosepticum , CRISPR-Cas can inhibit the transduction of plasmids and chromosomal loci. In addition, we detected phage-mediated transfer of a large plant pathogenicity genomic island and show that CRISPR-Cas can inhibit its transduction. Despite these inhibitory effects of CRISPR-Cas on transduction, its more common role in phage resistance promotes rather than diminishes HGT via transduction by protecting bacteria from phage infection. This protective effect can also increase transduction of phage-sensitive members of mixed populations. CRISPR-Cas systems themselves display evidence of HGT, but little is known about their lateral dissemination between bacteria and whether transduction can contribute. We show that, through transduction, bacteria can acquire an entire chromosomal CRISPR-Cas system, including cas genes and phage-targeting spacers. We propose that the positive effect of CRISPR-Cas phage immunity on enhancing transduction surpasses the rarer cases where gene flow by transduction is restricted. IMPORTANCE The generation of genetic diversity through acquisition of DNA is a powerful contributor to microbial evolution and occurs through

[Application of CRISPR/Cas9 mediated genome editing in farm animals].

PubMed

Xing, Yu-yun; Yang, Qiang; Ren, Jun

2016-03-01

CRISPR (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/Cas (CRISPR associated proteins) is an acquired immune system found in bacteria and archaea that fight against invasion of viruses or plasmids. CRISPR/Cas systems are currently classified into three main types: I, II and III, of which type II has relatively simple components. The CRISPR/Cas9 technology modified from type II CRISPR/Cas system has been developed as an efficient genome editing tool. Since the initial application of the CRISPR/Cas9 technology in mammals in 2013, the reports of this system for genomic editing has skyrocketed. Farm animals are not only economically important animals, but also ideal animal models for human diseases and biomedical studies. In this review, we summarize the applications of CRISPR/Cas9 in farm animals, briefly describe the off-target effects and the main solutions, and finally highlight the future perspectives of this technology.

CRISPR-Cas systems: prokaryotes upgrade to adaptive immunity

PubMed Central

Barrangou, Rodolphe; Marraffini, Luciano A.

2014-01-01

Summary Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR), and associated proteins (Cas) comprise the CRISPR-Cas system, which confers adaptive immunity against exogenic elements in many bacteria and most archaea. CRISPR-mediated immunization occurs through the uptake of DNA from invasive genetic elements such as plasmids and viruses, followed by its integration into CRISPR loci. These loci are subsequently transcribed and processed into small interfering RNAs that guide nucleases for specific cleavage of complementary sequences. Conceptually, CRISPR-Cas shares functional features with the mammalian adaptive immune system, while also exhibiting characteristics of Lamarckian evolution. Because immune markers spliced from exogenous agents are integrated iteratively in CRISPR loci, they constitute a genetic record of vaccination events and reflect environmental conditions and changes over time. Cas endonucleases, which can be reprogrammed by small guide RNAs have shown unprecedented potential and flexibility for genome editing, and can be repurposed for numerous DNA targeting applications including transcriptional control. PMID:24766887

CRISPR-Cas systems: Prokaryotes upgrade to adaptive immunity.

PubMed

Barrangou, Rodolphe; Marraffini, Luciano A

2014-04-24

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR), and associated proteins (Cas) comprise the CRISPR-Cas system, which confers adaptive immunity against exogenic elements in many bacteria and most archaea. CRISPR-mediated immunization occurs through the uptake of DNA from invasive genetic elements such as plasmids and viruses, followed by its integration into CRISPR loci. These loci are subsequently transcribed and processed into small interfering RNAs that guide nucleases for specific cleavage of complementary sequences. Conceptually, CRISPR-Cas shares functional features with the mammalian adaptive immune system, while also exhibiting characteristics of Lamarckian evolution. Because immune markers spliced from exogenous agents are integrated iteratively in CRISPR loci, they constitute a genetic record of vaccination events and reflect environmental conditions and changes over time. Cas endonucleases, which can be reprogrammed by small guide RNAs have shown unprecedented potential and flexibility for genome editing and can be repurposed for numerous DNA targeting applications including transcriptional control. Copyright © 2014 Elsevier Inc. All rights reserved.

Intérêt de l’imagerie dans les tumeurs osseuses bénignes chez l’enfant

PubMed Central

Traoré, Ousmane; Chban, Kamilia; Hode, Alzavine Fleur; Diarra, Yaya; Salam, Siham; Ouzidane, Lachen

2016-01-01

Les tumeurs osseuses bénignes sont beaucoup plus fréquentes que les tumeurs malignes en milieu pédiatrique. L’exostose (ostéchondrome) en est la plus fréquente. Les différentes techniques d'imagerie occupent une place déterminante dans l'étude de ses tumeurs notamment la radiographie standard. Le but de ce travail est de souligner l’intérêt de l’imagerie dans la prise en charge diagnostique des tumeurs bénignes osseuses chez l’enfant à travers une étude rétrospective portant sur 169 patients. Tous ces patients ont été explorés par la radiographie standard, un complément scanner avec reconstruction multiplanaires avant et après injection de PDC et/ouune IRM 1.5 Tesla a été réalisé en fonction de l’indication. L’âge moyen est de 6 ans avec une légère prédominance masculine. Cliniquement, la tuméfaction est présente dans 35% des cas. La douleur dans 29 %des cas. La localisation la plus fréquente est la métaphyse sur les os long: fémur: 25% des cas, humérus: 17 % des cas, tibia: 21% des cas. Les principales tumeurs bénignes retrouvées sont l’exostose (20,12 %), le kyste osseux (31,95%) et l’ostéoblastome (16, 57%). L’imagerie permet de préciser la topographie et l’extension de la lésion dans l’os, apporter des arguments en faveur de la bénignité et parfois, en faveur de l’origine de la lésion. La radiographie standard seule permet souvent de poser un diagnostic de certitude dans certains cas. PMID:27795776

Profil épidémiologique et prise en charge des exacerbations d'asthme chez l'enfant à l'hôpital d'enfants de Rabat au Maroc

PubMed Central

Boubkraoui, Mohamed El Mahdi; Benbrahim, Fadoua; Assermouh, Abdellah; El Hafidi, Naima; Benchekroun, Soumia; Mahraoui, Chafiq

2015-01-01

Introduction L'exacerbation d'asthme est un phénomène paroxystique qui peut mettre en jeu le pronostic vital. Le but de l’étude est d’évaluer le profil épidémiologique et les modalités de prise en charge de l'exacerbation d'asthme chez les enfants âgés de 2 à 15 ans dans l'unité de pneumoallergologie pédiatrique de l'hôpital d'enfants de Rabat au Maroc. Méthodes Il s'agit d'une étude rétrospective qui a concerné 1461 enfants hospitalisés pour exacerbation d'asthme modérée à sévère durant une période d'un an allant de décembre 2011 à novembre 2012, les exacerbations légères étant traitées en ambulatoire. Résultats Les hospitalisations pour exacerbation d'asthme chez les enfants ont représenté 34% de l'ensemble des hospitalisations avec trois pics en mai, septembre et décembre. L’âge moyen de survenue était de 3 ans et demi avec une prédominance masculine nette. L'exacerbation d'asthme était inaugurale dans 22% des cas. Les infections respiratoires virales dominaient les facteurs déclenchants des exacerbations d'asthme. Le séjour hospitalier était en moyenne de 3 jours. Un transfert en réanimation a été nécessaire dans 2% des cas. L’évolution sous traitement a toujours été favorable et la mortalité a été nulle. Conclusion La prévalence des hospitalisations pour exacerbation d'asthme suit un profil saisonnier lié aux effets environnementaux. La plupart de ces hospitalisations pourraient cependant être évitées grâce à un meilleur contrôle de l'asthme et à l'amélioration de l’éducation thérapeutique de l'enfant asthmatique et de son entourage. PMID:26090031

Déprescription des agonistes des récepteurs des benzodiazépines

PubMed Central

Pottie, Kevin; Thompson, Wade; Davies, Simon; Grenier, Jean; Sadowski, Cheryl A.; Welch, Vivian; Holbrook, Anne; Boyd, Cynthia; Swenson, Robert; Ma, Andy; Farrell, Barbara

2018-01-01

Résumé Objectif Formuler des lignes directrices fondées sur les données probantes visant à aider les cliniciens à décider du moment et de la façon sécuritaire de réduire la dose des agonistes des récepteurs des benzodiazépines (BZRA) pour mettre fin au traitement; se concentrer sur le niveau le plus élevé des données disponibles et obtenir les commentaires des professionnels de première ligne durant le processus de rédaction, de révision et d’adoption des lignes directrices. Méthodes L’équipe comptait 8 cliniciens (1 médecin de famille, 2 psychiatres, 1 psychologue clinique, 1 pharmacologue clinique, 2 pharmaciennes cliniques et 1 gériatre) et une spécialiste de la méthodologie; les membres ont divulgué tout conflit d’intérêts. Nous avons eu recours à un processus systématique, y compris l’approche GRADE (Grading of Recommendations Assessment, Development and Evaluation) pour formuler les lignes directrices. Les données ont été générées par une revue systématique d’études portant sur la déprescription des BZRA contre l’insomnie, de même que par une revue des revues sur les torts liés à la poursuite du traitement par BZRA et des synthèses narratives sur les préférences des patients et les répercussions sur les ressources. Ces données et le score GRADE de qualité des données ont servi à formuler les recommandations. L’équipe a peaufiné le texte sur le contenu et les recommandations des lignes directrices par consensus et a synthétisé les considérations cliniques afin de répondre aux questions des cliniciens de première ligne. Une version préliminaire des lignes directrices a été révisée par les cliniciens et les intervenants. Recommandations Nous recommandons d’offrir la déprescription (réduction lente de la dose) des BZRA à tous les patients âgés (≥ 65 ans) sous un BZRA, sans égard à la durée de l’usage, et suggérons d’offrir la déprescription (réduction lente de la dose) �

Choroïdopathie du lupus érythémateux systémique, à propos d'un cas

PubMed Central

Idriss, Benatiya Andaloussi; Fouad, Chraibi; Salima, Bhallil; Meryem, Abdellaoui; Hicham, Tahri

2013-01-01

Le lupus érythémateux systémique (LES) est une maladie auto-immune multi systémique d’étiologie inconnue. Nous rapportons une manifestation très rare du LES représentée par une choroidopathie bilatérale sans hypertension artérielle associée. Il s'agit d'une patiente âgée de 45 ans, suivie pour un LES depuis 5 ans, qui présente une baisse de l'acuité visuelle bilatérale et progressive depuis 3 mois. L'examen du fond d’œil, complété l'angiographie à la fluorescéine et la tomographie en cohérence optique, retrouve un décollement séreux rétinien (DSR) multifocal et bilatéral. L’évolution après corticothérapie systémique est marquée par une amélioration de l'acuité visuelle et une régression du DSR. L'atteinte oculaire au cours du LED est dominée par la kérato-conjonctivite sèche (1/4 à 1/3 des cas). La choroïdopathie est plus rare: seulement une trentaine de cas sont rapportés dans littérature. Elle se manifeste par un décollement séreux rétinien et est habituellement observée chez les patients présentant une néphropathie ou une hypertension artérielle, ce qui n'est pas le cas de notre observation. L'apparition d'une atteinte oculaire au cours du LES peut annoncer une poussée d'atteinte systémique et doit susciter une enquête appropriée. PMID:23717732

Retour vers le futur: l'expérience des patients et le lien avec la qualité, la sécurité et le rendement financier.

PubMed

Cochrane, Bonnie S; Hagins, Mitch; King, John A; Picciano, Gino; McCafferty, Maureen M; Nelson, Brian

2015-11-01

Au Canada, l'amélioration de l'expérience des patients est devenue une priorité des politiques de santé. Le perfectionnement et la normalisation des outils et systèmes pour surveiller les mesures de l'expérience des patients augmentent, tandis que la tendance vers une plus grande reddition de compte sur des améliorations durables et abordables se confirme. Pour de nombreux professionnels de la santé, ce phénomène fait foi d'un intérêt renouvelé pour les besoins et priorités fondamentaux des patients, après des décennies où les changements structurels et technologiques ont dominé les programmes de santé. Pour les leaders en santé canadiens, l'amélioration de l'expérience des patients comporte actuellement de grands défis et de belles possibilités. À cet égard, l'expérience des organisations partenaires du groupe Studer au Canada est à la fois pertinente et instructive. Ces organisations ont adopté un modèle, du nom de Evidence-Based Leadership (EBL, ou leadership fondé sur des données probantes), qui favorise et soutient l'harmonisation de l'ensemble des activités et des comportements, conformément à des objectifs organisationnels précis, y compris des améliorations mesurables de l'expérience des patients. Le présent article expose des études de cas d'organisations qui ont adopté l'EBL. Ces organisations ont réalisé des progrès rapides en matière d'indicateurs de l'expérience des patients, ainsi que dans des secteurs essentiels comme les résultats cliniques, la sécurité et le rendement financier. Les données émergentes sur les facteurs et processus qui sous-tendent ces améliorations sont également abordées. © 2015 Collège canadien des leaders en santé

Advancing chimeric antigen receptor T cell therapy with CRISPR/Cas9.

PubMed

Ren, Jiangtao; Zhao, Yangbing

2017-09-01

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated 9 (CRISPR/Cas9) system, an RNA-guided DNA targeting technology, is triggering a revolution in the field of biology. CRISPR/Cas9 has demonstrated great potential for genetic manipulation. In this review, we discuss the current development of CRISPR/Cas9 technologies for therapeutic applications, especially chimeric antigen receptor (CAR) T cell-based adoptive immunotherapy. Different methods used to facilitate efficient CRISPR delivery and gene editing in T cells are compared. The potential of genetic manipulation using CRISPR/Cas9 system to generate universal CAR T cells and potent T cells that are resistant to exhaustion and inhibition is explored. We also address the safety concerns associated with the use of CRISPR/Cas9 gene editing and provide potential solutions and future directions of CRISPR application in the field of CAR T cell immunotherapy. As an integration-free gene insertion method, CRISPR/Cas9 holds great promise as an efficient gene knock-in platform. Given the tremendous progress that has been made in the past few years, we believe that the CRISPR/Cas9 technology holds immense promise for advancing immunotherapy.

Dynamique de nanobulles et nanoplasmas generes autour de nanoparticules plasmoniques irradiees par des impulsions ultracourtes

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Dagallier, Adrien

L'emergence des lasers a impulsion ultrabreves et des nanotechnologies a revolutionne notre perception et notre maniere d'interagir avec l'infiniment petit. Les gigantesques intensites generees par ces impulsions plus courtes que les temps de relaxation ou de diffusion du milieu irradie induisent de nombreux phenomenes non-lineaires, du doublement de frequence a l'ablation, dans des volumes de dimension caracteristique de l'ordre de la longueur d'onde du laser. En biologie et en medecine, ces phenomenes sont utilises a des fins d'imagerie multiphotonique ou pour detruire des tissus vivants. L'introduction de nanoparticules plasmoniques, qui concentrent le champ electromagnetique incident dans des regions de dimensions nanometriques, jusqu'a une fraction de la longueur d'onde, amplifie les phenomenes non-lineaires tout en offrant un controle beaucoup plus precis de la deposition d'energie, ouvrant la voie a la detection de molecules individuelles en solution et a la nanochirurgie. La nanochirurgie repose principalement sur la formation d'une bulle de vapeur a proximite d'une membrane cellulaire. Cette bulle de vapeur perce la membrane de maniere irreversible,entrainant la cellule a sa mort, ou la perturbe temporairement, ce qui permet d'envisager de faire penetrer dans la cellule des medicaments ou des brins d'ADN pour de la therapie genique. C'est principalement la taille de la bulle qui va decider de l'issue de l'irradiation laser. Il est donc necessaire de controler finement les parametres du laser et la geometrie de la nanoparticule afin d'atteindre l'objectif fixe. Le moyen le plus direct a l'heure actuelle de valider un ensemble de conditions experimentales est de realiser l'experience en laboratoire,ce qui est long et couteux. Les modeles de dynamique de bulle existants ne prennent pas en compte les parametres de l'irradiation et ajustent souvent leurs conditions initiales a partir de leurs mesures experimentales, ce qui limite la portee du modele au cas pour

Caracterisation environnementale des emissions atmospheriques d'une source fixe et creation d'un outil de gestion dynamique =

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Fournier, Marie-Claude

moyen pour sensibiliser le personnel a leur consommation energetique ainsi qu'a leur role dans la lutte contre les emissions polluantes et les gaz a effets de serre. En outre, ce type d'outil a pour principale fonction de generer des rapports dynamiques pouvant s'adapter a des besoins precis. Le decoupage coherent de l'information associe a un developpement par modules offre la perspective d'application de l'outil pour d'autres types d'activites. Dans ce cas, il s'agit de definir la part commune avec les modules existants et planifier les activites de developpement specifiques selon la meme demarche que celle presentee dans le present document.

CRISPR/Cas9 Platforms for Genome Editing in Plants: Developments and Applications.

PubMed

Ma, Xingliang; Zhu, Qinlong; Chen, Yuanling; Liu, Yao-Guang

2016-07-06

The clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated protein9 (Cas9) genome editing system (CRISPR/Cas9) is adapted from the prokaryotic type II adaptive immunity system. The CRISPR/Cas9 tool surpasses other programmable nucleases, such as ZFNs and TALENs, for its simplicity and high efficiency. Various plant-specific CRISPR/Cas9 vector systems have been established for adaption of this technology to many plant species. In this review, we present an overview of current advances on applications of this technology in plants, emphasizing general considerations for establishment of CRISPR/Cas9 vector platforms, strategies for multiplex editing, methods for analyzing the induced mutations, factors affecting editing efficiency and specificity, and features of the induced mutations and applications of the CRISPR/Cas9 system in plants. In addition, we provide a perspective on the challenges of CRISPR/Cas9 technology and its significance for basic plant research and crop genetic improvement. Copyright © 2016 The Author. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.

Intrinsic sequence specificity of the Cas1 integrase directs new spacer acquisition

PubMed Central

Rollie, Clare; Schneider, Stefanie; Brinkmann, Anna Sophie; Bolt, Edward L; White, Malcolm F

2015-01-01

The adaptive prokaryotic immune system CRISPR-Cas provides RNA-mediated protection from invading genetic elements. The fundamental basis of the system is the ability to capture small pieces of foreign DNA for incorporation into the genome at the CRISPR locus, a process known as Adaptation, which is dependent on the Cas1 and Cas2 proteins. We demonstrate that Cas1 catalyses an efficient trans-esterification reaction on branched DNA substrates, which represents the reverse- or disintegration reaction. Cas1 from both Escherichia coli and Sulfolobus solfataricus display sequence specific activity, with a clear preference for the nucleotides flanking the integration site at the leader-repeat 1 boundary of the CRISPR locus. Cas2 is not required for this activity and does not influence the specificity. This suggests that the inherent sequence specificity of Cas1 is a major determinant of the adaptation process. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.08716.001 PMID:26284603

Les brulures electriques chez les voleurs de cuivre

PubMed Central

Belmir, R.; Fejjal, N.; Achbouk, H.; El Mazouz, S.; Gharib, N.; Abassi, A.; Belmahi, A.

2011-01-01

Summary Les vols de biens fabriqués avec le cuivre semblent en hausse depuis un certain temps du fait de son prix élevé de revente, ce qui est à l’origine d’une augmentation du nombre d’accidents électriques par haut voltage (AEHV) qui sont graves du fait des brûlures profondes qu’elles provoquent le long des axes vasculo-nerveux. Les Auteurs rapportent une série de neuf cas d’AEHV traités au service de chirurgie plastique et de brûlés de l’Hôpital Ibn Sina de Rabat, Maroc, à travers laquelle ils étudient les caractéristiques épidémiologiques, cliniques et thérapeutiques. La population intéressée était jeune et active. Les brûlures étaient secondaires à un contact avec des câbles à haute tension lors de tentatives de vol par arrachement de conducteurs en cuivre dans les transformateurs dans 67% des cas, et lors de tentatives de coupure de caténaires alimentant les trains électriques sur le réseau ferroviaire dans 33% des cas. Le traitement des lésions électrothermiques a nécessité des interventions itératives avec amputation et désarticulation des segments de membres nécrosés dans 66% des cas, dont les suites étaient marquées par des séquelles fonctionnelles invalidantes. La prévention de ce type d’AEHV reste fondamentale. PMID:22262961

Exploiting CRISPR/Cas: Interference Mechanisms and Applications

PubMed Central

Richter, Hagen; Randau, Lennart; Plagens, André

2013-01-01

The discovery of biological concepts can often provide a framework for the development of novel molecular tools, which can help us to further understand and manipulate life. One recent example is the elucidation of the prokaryotic adaptive immune system, clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) that protects bacteria and archaea against viruses or conjugative plasmids. The immunity is based on small RNA molecules that are incorporated into versatile multi-domain proteins or protein complexes and specifically target viral nucleic acids via base complementarity. CRISPR/Cas interference machines are utilized to develop novel genome editing tools for different organisms. Here, we will review the latest progress in the elucidation and application of prokaryotic CRISPR/Cas systems and discuss possible future approaches to exploit the potential of these interference machineries. PMID:23857052

Exploiting CRISPR/Cas: interference mechanisms and applications.

PubMed

Richter, Hagen; Randau, Lennart; Plagens, André

2013-07-12

The discovery of biological concepts can often provide a framework for the development of novel molecular tools, which can help us to further understand and manipulate life. One recent example is the elucidation of the prokaryotic adaptive immune system, clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) that protects bacteria and archaea against viruses or conjugative plasmids. The immunity is based on small RNA molecules that are incorporated into versatile multi-domain proteins or protein complexes and specifically target viral nucleic acids via base complementarity. CRISPR/Cas interference machines are utilized to develop novel genome editing tools for different organisms. Here, we will review the latest progress in the elucidation and application of prokaryotic CRISPR/Cas systems and discuss possible future approaches to exploit the potential of these interference machineries.

Cas9, Cpf1 and C2c1/2/3―What's next?

PubMed Central

Yamamoto, Takashi; Sakuma, Tetsushi

2017-01-01

ABSTRACT Since the rapid emergence of clustered regulatory interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated protein 9 (Cas9) system, developed as a genome engineering tool in 2012–2013, most researchers in the life science field have had a fixated interest in this fascinating technology. CRISPR-Cas9 is an RNA-guided DNA endonuclease system, which consists of Cas9 nuclease defining a few targeting base via protospacer adjacent motif complexed with easily customizable single guide RNA targeting around 20-bp genomic sequence. Although Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9), one of the Cas9 proteins that applications in genome engineering were first demonstrated, still has wide usage because of its high nuclease activity and broad targeting range, there are several limitations such as large molecular weight and potential off-target effect. In this commentary, we describe various improvements and alternatives of CRISPR-Cas systems, including engineered Cas9 variants, Cas9 homologs, and novel Cas proteins other than Cas9. These variations enable flexible genome engineering with high efficiency and specificity, orthogonal genetic control at multiple gene loci, gene knockdown, or fluorescence imaging of transcripts mediated by RNA targeting, and beyond. PMID:28140746

Cell-type-specific genome editing with a microRNA-responsive CRISPR–Cas9 switch

PubMed Central

Hirosawa, Moe; Fujita, Yoshihiko; Parr, Callum J. C.; Hayashi, Karin; Kashida, Shunnichi; Hotta, Akitsu; Woltjen, Knut

2017-01-01

Abstract The CRISPR–Cas9 system is a powerful genome-editing tool useful in a variety of biotechnology and biomedical applications. Here we developed a synthetic RNA-based, microRNA (miRNA)-responsive CRISPR–Cas9 system (miR-Cas9 switch) in which the genome editing activity of Cas9 can be modulated through endogenous miRNA signatures in mammalian cells. We created miR-Cas9 switches by using a miRNA-complementary sequence in the 5΄-UTR of mRNA encoding Streptococcus pyogenes Cas9. The miR-21-Cas9 or miR-302-Cas9 switches selectively and efficiently responded to miR-21-5p in HeLa cells or miR-302a-5p in human induced pluripotent stem cells, and post-transcriptionally attenuated the Cas9 activity only in the target cells. Moreover, the miR-Cas9 switches could differentially control the genome editing by sensing endogenous miRNA activities within a heterogeneous cell population. Our miR-Cas9 switch system provides a promising framework for cell-type selective genome editing and cell engineering based on intracellular miRNA information. PMID:28525578

Genetic and epigenetic control of gene expression by CRISPR–Cas systems

PubMed Central

Lo, Albert; Qi, Lei

2017-01-01

The discovery and adaption of bacterial clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)–CRISPR-associated (Cas) systems has revolutionized the way researchers edit genomes. Engineering of catalytically inactivated Cas variants (nuclease-deficient or nuclease-deactivated [dCas]) combined with transcriptional repressors, activators, or epigenetic modifiers enable sequence-specific regulation of gene expression and chromatin state. These CRISPR–Cas-based technologies have contributed to the rapid development of disease models and functional genomics screening approaches, which can facilitate genetic target identification and drug discovery. In this short review, we will cover recent advances of CRISPR–dCas9 systems and their use for transcriptional repression and activation, epigenome editing, and engineered synthetic circuits for complex control of the mammalian genome. PMID:28649363

Hématome spontané du méso de l'angle colique droit et du colon transverse compliquant un traitement par anti vitamine K: à propos d'un cas et revue de la littérature

PubMed Central

Traoré, Ibrahim Alain; Zaré, Cyprien; Barro, Sié Drissa; Guibla, Ismaël

2016-01-01

L'hématome spontané du méso de l'angle colique droit et du transverse est une complication rare du traitement anticoagulant par antivitamine K. Nous rapportons un cas d'hématome spontané du méso de l'angle colique droit et du transverse associé à un hémopéritoine de grande abondance chez un patient traité par antivitamine K pour embolie pulmonaire consécutive à une fracture des plateaux tibiaux droits. Le diagnostic doit être fait en urgence. L’échographie abdominale et la tomodensitométrie confirment le diagnostic. Le traitement non opératoire est la règle. Le traitement chirurgical est indiqué en cas de complications telles que la rupture de l'hématome. PMID:27217878

CRISPR-Cas: evolution of an RNA-based adaptive immunity system in prokaryotes.

PubMed

Koonin, Eugene V; Makarova, Kira S

2013-05-01

The CRISPR-Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR-associated genes) is an adaptive immunity system in bacteria and archaea that functions via a distinct self-non-self recognition mechanism that is partially analogous to the mechanism of eukaryotic RNA interference (RNAi). The CRISPR-Cas system incorporates fragments of virus or plasmid DNA into the CRISPR repeat cassettes and employs the processed transcripts of these spacers as guide RNAs to cleave the cognate foreign DNA or RNA. The Cas proteins, however, are not homologous to the proteins involved in RNAi and comprise numerous, highly diverged families. The majority of the Cas proteins contain diverse variants of the RNA recognition motif (RRM), a widespread RNA-binding domain. Despite the fast evolution that is typical of the cas genes, the presence of diverse versions of the RRM in most Cas proteins provides for a simple scenario for the evolution of the three distinct types of CRISPR-cas systems. In addition to several proteins that are directly implicated in the immune response, the cas genes encode a variety of proteins that are homologous to prokaryotic toxins that typically possess nuclease activity. The predicted toxins associated with CRISPR-Cas systems include the essential Cas2 protein, proteins of COG1517 that, in addition to a ligand-binding domain and a helix-turn-helix domain, typically contain different nuclease domains and several other predicted nucleases. The tight association of the CRISPR-Cas immunity systems with predicted toxins that, upon activation, would induce dormancy or cell death suggests that adaptive immunity and dormancy/suicide response are functionally coupled. Such coupling could manifest in the persistence state being induced and potentially providing conditions for more effective action of the immune system or in cell death being triggered when immunity fails.

Production of genome-edited pluripotent stem cells and mice by CRISPR/Cas.

PubMed

Horii, Takuro; Hatada, Izuho

2016-01-01

Clustered regularly at interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated (Cas) nucleases, so-called CRISPR/Cas, was recently developed as an epoch-making genome engineering technology. This system only requires Cas9 nuclease and single-guide RNA complementary to a target locus. CRISPR/Cas enables the generation of knockout cells and animals in a single step. This system can also be used to generate multiple mutations and knockin in a single step, which is not possible using other methods. In this review, we provide an overview of genome editing by CRISPR/Cas in pluripotent stem cells and mice.

Antiviral Goes Viral: Harnessing CRISPR/Cas9 to Combat Viruses in Humans.

PubMed

Soppe, Jasper Adriaan; Lebbink, Robert Jan

2017-10-01

The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated (Cas) systems are RNA-guided sequence-specific prokaryotic antiviral immune systems. In prokaryotes, small RNA molecules guide Cas effector endonucleases to invading foreign genetic elements in a sequence-dependent manner, resulting in DNA cleavage by the endonuclease upon target binding. A rewired CRISPR/Cas9 system can be used for targeted and precise genome editing in eukaryotic cells. CRISPR/Cas has also been harnessed to target human pathogenic viruses as a potential new antiviral strategy. Here, we review recent CRISPR/Cas9-based approaches to combat specific human viruses in humans and discuss challenges that need to be overcome before CRISPR/Cas9 may be used in the clinic as an antiviral strategy. Copyright © 2017 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Analyse de l'effet des courants induits sur l'impédance d'un système électromagnétique alimenté en tension BF ou HF. Utilisation de la méthode des circuits couplés

NASA Astrophysics Data System (ADS)

Maouche, B.; Feliachi, M.

1997-10-01

In this paper, a study of the interaction between the inductor and the load of an axisymmetrical induction device is proposed. This interaction concerns the effect of the eddy current on both the excitation current and on the system impedance. A half analytical model, based on a numerical discretization of the electromagnetic solution domain, is used. In each cell of the numerical discretization, an analytical calculation using the Moment Method (MM) is considered. In the case of strong skin effect (High Frequency: HF), the formulation makes use of the Impedance Boundary Condition (IBC); in the contrary case (Low Frequency: LF), the interior domain is discretized. Dans cet article nous proposons l'étude de l'influence d'une charge (induit) conductrice sur la répartition du courant inducteur ainsi que sur l'impédance du système. L'inducteur est à géométrie axisymétrique de forme solénoïdale ou pancake destiné au chauffage par induction. Une méthode semi-analytique, basée sur une discrétisation du domaine en mailles élémentaires auxquelles s'applique une formulation intégrale (Méthode des Circuits Couplés : MCC) des grandeurs électromagnétiques, est utilisée. Dans le cas où l'effet de peau est important (Haute Fréquence:HF), la formulation associe la Condition d'Impédance de Surface; dans le cas contraire (Basse Fréquence : BF), un maillage du domaine interne est pratiqué.

Methods for decoding Cas9 protospacer adjacent motif (PAM) sequences: A brief overview.

PubMed

Karvelis, Tautvydas; Gasiunas, Giedrius; Siksnys, Virginijus

2017-05-15

Recently the Cas9, an RNA guided DNA endonuclease, emerged as a powerful tool for targeted genome manipulations. Cas9 protein can be reprogrammed to cleave, bind or nick any DNA target by simply changing crRNA sequence, however a short nucleotide sequence, termed PAM, is required to initiate crRNA hybridization to the DNA target. PAM sequence is recognized by Cas9 protein and must be determined experimentally for each Cas9 variant. Exploration of Cas9 orthologs could offer a diversity of PAM sequences and novel biochemical properties that may be beneficial for genome editing applications. Here we briefly review and compare Cas9 PAM identification assays that can be adopted for other PAM-dependent CRISPR-Cas systems. Copyright © 2017 Elsevier Inc. All rights reserved.

Sequelles de Brulures au Centre Hospitalier Universitaire Ibn Rochd de Casablanca: Aspects Epidemio-Cliniques

PubMed Central

Chafiki, N.; Fassi Fihri, J.; Boukind, E.H.

2007-01-01

Summary Il s'agit d'une étude épidémiologique des séquelles de brûlures à propos de 100 cas colligés au service de chirurgie réparatrice et de brûlés du centre hospitalier universitaire Ibn Rochd (Casablanca). Les adultes représentent 55% de la population étudiée, l'âge moyen global est de 20 ans. Le sexe féminin est le plus touché avec 61% des cas. Les brûlures survenues à domicile sont les plus fréquentes avec 80%. L'agent causal le plus incriminé est la petite bouteille de butane avec 44,4%. Plus de la moitié de la population brûlée (55%) sont accueillis initialement au niveau d'hôpitaux régionaux. Le délai de cicatrisation moyen de 7 mois et 11 jours et par conséquent les séquelles mineures (dyschromie dans 90% des cas et prurit dans 49% des cas) et majeures (rétractions dans 86% et l'hypertrophie dans 51%) sont fréquentes. La répartition globale des séquelles montre une prédominance du segment cervicocéphalique avec 89% des cas et des membres supérieurs dans 82% des cas. Les différents aspects anatomocliniques essentiels ont été décrits au niveau de chaque segment corporel. Nos résultats ont été comparés aux données de la littérature, ce qui nous amène à considérer qu'une large campagne de prévention couplée à une meilleure prise en charge initiale, précoce, bien conduite et multidisciplinaire permet non seulement de réduire le nombre de séquelles mais aussi de diminuer leur sévérité. PMID:21991060

[Not Available].

PubMed

Chafiki, N; Fassi Fihri, J; Boukind, E H

2007-03-31

Il s'agit d'une étude épidémiologique des séquelles de brûlures à propos de 100 cas colligés au service de chirurgie réparatrice et de brûlés du centre hospitalier universitaire Ibn Rochd (Casablanca). Les adultes représentent 55% de la population étudiée, l'âge moyen global est de 20 ans. Le sexe féminin est le plus touché avec 61% des cas. Les brûlures survenues à domicile sont les plus fréquentes avec 80%. L'agent causal le plus incriminé est la petite bouteille de butane avec 44,4%. Plus de la moitié de la population brûlée (55%) sont accueillis initialement au niveau d'hôpitaux régionaux. Le délai de cicatrisation moyen de 7 mois et 11 jours et par conséquent les séquelles mineures (dyschromie dans 90% des cas et prurit dans 49% des cas) et majeures (rétractions dans 86% et l'hypertrophie dans 51%) sont fréquentes. La répartition globale des séquelles montre une prédominance du segment cervicocéphalique avec 89% des cas et des membres supérieurs dans 82% des cas. Les différents aspects anatomocliniques essentiels ont été décrits au niveau de chaque segment corporel. Nos résultats ont été comparés aux données de la littérature, ce qui nous amène à considérer qu'une large campagne de prévention couplée à une meilleure prise en charge initiale, précoce, bien conduite et multidisciplinaire permet non seulement de réduire le nombre de séquelles mais aussi de diminuer leur sévérité.

Kyste hydatique de la surrénale: à propos d'un cas

PubMed Central

Mahmoudi, Ammar; Maâtouk, Mezri; Noomen, Faouzi; Nasr, Mohamed; Zouari, Khadija; Hamdi, Abdelaziz

2015-01-01

Le kyste hydatique de la surrénale reste une affection exceptionnelle et une localisation inhabituelle du kyste hydatique, même dans les pays où l'hydatidose sévit à l’état endémique. Nous rapportons un cas de kyste hydatique surrénalien révélé par des douleurs de l'hypochondre droit. Le diagnostic a été évoqué en préopératoire sur les données de la tomodensitométrie abdominale qui avait objectivé une masse kystique surrénalienne droite. La sérologie hydatique était positive. Le traitement chirurgical avait consisté en une résection du dôme saillant et avait permis de conserver la glande. Le kyste était univésiculaire contenant un liquide eau de roche avec une membrane proligère. Les suites opératoires étaient simples. La surveillance à distance, échographique et immunologique, n'avait pas décelé de récidive avec un recul de deux ans PMID:26587122

Delivery strategies of the CRISPR-Cas9 gene-editing system for therapeutic applications.

PubMed

Liu, Chang; Zhang, Li; Liu, Hao; Cheng, Kun

2017-11-28

The CRISPR-Cas9 genome-editing system is a part of the adaptive immune system in archaea and bacteria to defend against invasive nucleic acids from phages and plasmids. The single guide RNA (sgRNA) of the system recognizes its target sequence in the genome, and the Cas9 nuclease of the system acts as a pair of scissors to cleave the double strands of DNA. Since its discovery, CRISPR-Cas9 has become the most robust platform for genome engineering in eukaryotic cells. Recently, the CRISPR-Cas9 system has triggered enormous interest in therapeutic applications. CRISPR-Cas9 can be applied to correct disease-causing gene mutations or engineer T cells for cancer immunotherapy. The first clinical trial using the CRISPR-Cas9 technology was conducted in 2016. Despite the great promise of the CRISPR-Cas9 technology, several challenges remain to be tackled before its successful applications for human patients. The greatest challenge is the safe and efficient delivery of the CRISPR-Cas9 genome-editing system to target cells in human body. In this review, we will introduce the molecular mechanism and different strategies to edit genes using the CRISPR-Cas9 system. We will then highlight the current systems that have been developed to deliver CRISPR-Cas9 in vitro and in vivo for various therapeutic purposes. Copyright © 2017 Elsevier B.V. All rights reserved.

CATO--A Guided User Interface for Different CAS

ERIC Educational Resources Information Center

Janetzko, Hans-Dieter

2017-01-01

CATO is a new user interface, written in Java and developed by the author as a response to the significant difficulties faced by students who only sporadically use computer algebra systems (CAS). The usage of CAS in mathematical lectures should be an integral part of mathematical instruction. However, difficulties arise for those students who have…

The CRISPR-Associated Gene cas2 of Legionella pneumophila Is Required for Intracellular Infection of Amoebae

PubMed Central

Gunderson, Felizza F.; Cianciotto, Nicholas P.

2013-01-01

ABSTRACT Recent studies have shown that the clustered regularly interspaced palindromic repeats (CRISPR) array and its associated (cas) genes can play a key role in bacterial immunity against phage and plasmids. Upon analysis of the Legionella pneumophila strain 130b chromosome, we detected a subtype II-B CRISPR-Cas locus that contains cas9, cas1, cas2, cas4, and an array with 60 repeats and 58 unique spacers. Reverse transcription (RT)-PCR analysis demonstrated that the entire CRISPR-Cas locus is expressed during 130b extracellular growth in both rich and minimal media as well as during intracellular infection of macrophages and aquatic amoebae. Quantitative reverse transcription-PCR (RT-PCR) further showed that the levels of cas transcripts, especially those of cas1 and cas2, are elevated during intracellular growth relative to exponential-phase growth in broth. Mutants lacking components of the CRISPR-Cas locus were made and found to grow normally in broth and on agar media. cas9, cas1, cas4, and CRISPR array mutants also grew normally in macrophages and amoebae. However, cas2 mutants, although they grew typically in macrophages, were significantly impaired for infection of both Hartmannella and Acanthamoeba species. A complemented cas2 mutant infected the amoebae at wild-type levels, confirming that cas2 is required for intracellular infection of these host cells. PMID:23481601