Science.gov

Sample records for du site cas

  1. Preliminary Assessment for CAU 485: Cactus Spring Ranch Pu and Du Site, CAS No. TA-39-001-TAGR: Soil Contamination, Tonapah Test Range, Nevada

    SciTech Connect

    ITLV

    1998-07-01

    Corrective Action Unit 485, Corrective Action Site TA-39-001-TAGR, the Cactus Spring Ranch Soil Contamination Area, is located approximately six miles southwest of the Area 3 Compound at the eastern mouth of Sleeping Column Canyon in the Cactus Range on the Tonopah Test Range. This site was used in conjunction with animal studies involving the biological effects of radionuclides (specifically plutonium) associated with Operation Roller Coaster. According to field records, a hardened layer of livestock feces ranging from 2.54 centimeters (cm) (1 inch [in.]) to 10.2 cm (4 in.) thick is present in each of the main sheds. IT personnel conducted a field visit on December 3, 1997, and noted that the only visible feces were located within the east shed, the previously fenced area near the east shed, and a small area southwest of the west shed. Other historical records indicate that other areas may still be covered with animal feces, but heavy vegetation now covers it. It is possible that radionuclides are present in this layer, given the history of operations in this area. Chemicals of concern may include plutonium and depleted uranium. Surface soil sampling was conducted on February 18, 1998. An evaluation of historical documentation indicated that plutonium should not be and depleted uranium could not be present at levels significantly above background as the result of test animals being penned at the site. The samples were analyzed for isotopic plutonium using method NAS-NS-3058. The results of the analysis indicated that plutonium levels of the feces and surface soil were not significantly elevated above background.

  2. Preliminary Assessment for CAU 485: Cactus Spring Ranch Pu and DU Site CAS No. TA-39-001-TAGR: Soil Contamination, Tonopah Test Range, Nevada

    SciTech Connect

    1998-07-01

    Corrective Action Unit 485, Corrective Action Site TA-39-001-TAGR, the Cactus Spring Ranch Soil Contamination Area, is located approximately six miles southwest of the Area 3 Compound at the eastern mouth of Sleeping Column Canyon in the Cactus Range on the Tonopah Test Range. This site was used in conjunction with animal studies involving the biological effects of radionuclides (specifically plutonium) associated with Operation Roofer Coaster. The location had been used as a ranch by private citizens prior to government control of the area. According to historical records, Operation Roofer Coaster activities involved assessing the inhalation uptake of plutonium in animals from the nonnuclear detonation of nuclear weapons. Operation Roofer Coaster consisted of four nonnuclear destruction tests of a nuclear device. The four tests all took place during May and June 1963 and consisted of Double Tracks and Clean Slate 1, 11, and 111. Eighty-four dogs, 84 burros, and 136 sheep were used for the Double Tracks test, and ten sheep and ten dogs were used for Clean Slate 11. These animals were housed at Cactus Spring Ranch. Before detonation, all animals were placed in cages and transported to the field. After the shot, they were taken to the decontamination area where some may have been sacrificed immediately. All animals, including those sacrificed, were returned to Cactus Spring Ranch at this point to have autopsies performed or to await being sacrificed at a later date. A description of the Cactus Spring Ranch activities found in project files indicates the ranch was used solely for the purpose of the Roofer Coaster tests and bioaccumulation studies and was never used for any other project. No decontamination or cleanup had been conducted at Cactus Spring Ranch prior to the start of the project. When the project was complete, the pits at Cactus Spring Ranch were filled with soil, and trailers where dogs were housed and animal autopsies had been performed were removed

  3. Tumeur du sac vitellin du testicule au stade IIIc métastatique : à propos d’un cas

    PubMed Central

    Zizi, Mohamed; Ziouziou, Imad; El Yacoubi, Souhail; Khmou, Mouna; Jahid, Ahmed; Mahassini, Najat; Karmouni, Tariq; El Khader, Khalid; Koutani, Abdellatif; Andaloussi, Ahmed Iben Attya

    2014-01-01

    Résumé Les tumeurs du sac vitellin du testicule sont rares chez l’adulte. Ces tumeurs se caractérisent par un mauvais pronostic à un stade métastatique avancé. Cependant, nous rapportons, dans le présent article, le cas clinique d’un adulte de 32 ans qui présentait une tumeur du sac vitellin du testicule au stade IIIc métastatique. Ce patient a subi une orchidectomie haute, accompagnée de quatre cycles de chimiothérapie à base de bléomycine, d’étoposide et de cisplatine. Il a répondu complètement au traitement, moyennant un recul de deux ans. PMID:25295144

  4. Léiomyosarcome du pancréas: une tumeur de mauvais pronostic - cas clinique et revue de la littérature

    PubMed Central

    Laalim, Said Ait; Hijri, Fatim Zahra; Kamaoui, Imane; Hassani, Karim Ibn Majdoub; Toughai, Imane; Mazaz, Khalid

    2012-01-01

    Le léiomyosarcome (LMS) primitif du pancréas est une tumeur mésenchymateuse rare (0,1% des tumeurs pancréatiques), seulement 47 cas ont été publiés la littérature depuis 1951. Le diagnostique est basée sur l’immunohistochimie. C’est une tumeur très agressive et souvent découverte à un stade avancé. Nous rapportant le cas d’un patient de 40 ans qui présentait un léiomyosarcome primitif du pancréas de la queue du pancréas avec envahissement de la rate et la partie gauche du colon transverse. Une spléno-pancréatectomie caudale carcinologique avec une colectomie segmentaire était réalisée. Des nodules péritonéaux ont apparus 2 mois après l’intervention au niveau du site opératoire et le paient est décédé 3 mois en postopératoire. Le LMS primitif du pancréas doit être évoqués devant les volumineuses tumeurs du pancréas. Une chirurgie carcinologique est le seul traitement curatif. Le pronostic de ces tumeurs est mauvais et la médiane de survie de ces tumeurs ne dépasse pas 2 ans. PMID:23024830

  5. Carcinome colloïde du sein: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Laabadi, Kamilia; Jayi, Sofia; Alaoui, Fatimazohra Fdili; Bouguern, Hakima; Chaara, Hikmat; Melhouf, My Abdelilah

    2013-01-01

    Nous rapportons le cas d'une tumeur colloïde du sein chez un homme. Cette situation rare interpelle par son mode de découverte. Nous avons pris en charge un homme de 60 ans atteint d'une lésion rétro-aréolaire droite classée cliniquement T4b N1 M0 et suspecte radiologiquement. L'analyse histologique (microbiopsie) a conclu à un carcinome colloïde muqueux associé à une petite composante canalaire classique de grade I de SBR du sein. Les traitements complémentaires associent mastectomie, curage, chimiothérapie, radiothérapie et hormonothérapie. Le cancer du sein est rare chez l'homme. Le carcinome colloïde est exceptionnel puisqu'il représente seulement 1 à 6% de l'ensemble des cancers du sein. Il est encore plus rare chez l'homme. Ces tumeurs touchent une population spécifique et ont un meilleur pronostic que les autres types prépondérant dans les cancers du sein chez l'homme. A travers cette observation et une revue de la littérature, nous essaierons de discuter les principales caractéristiques anatomo-cliniques et évolutives de cette forme rare du cancer du sein. PMID:24772222

  6. Les ruptures traumatiques du tendon quadricipital: à propos de 3 cas

    PubMed Central

    Benyass, Youssef; Chafry, Bouchaib; Koufagued, Kaldadak; Bouabid, Salim; Chagar, Belkacem

    2015-01-01

    Les ruptures traumatiques du tendon quadricipital sont rares, elles surviennent préférentiellement après 40 ans, suite à un traumatisme indirect chez le sportif (flexion contrariée du genou) ou traumatisme banal chez le sédentaire. La tendinopathie préexistante est fréquente. La rupture est le plus souvent totale et siège au corps du tendon 60% des cas ou décallotement quadricipital au bord supérieur de la rotule (40% des cas). Le diagnostic est essentiellement clinique. Les examens complémentaires (échographie et imagerie par résonance magnétique) sont utiles et appuient le diagnostique, mais sont souvent faussement rassurants hormis la radiographie qui montre une rotule basse. Le traitement essentiellement chirurgical associé à la rééducation fonctionnelle donne des résultats largement meilleurs. Le délai d'intervention est un facteur pronostic très important. Les auteurs rapportent 03cas de rupture de tendon quadricipital. L’âge moyen est de 50ans. Ils ont été traités chirurgicalement et revus régulièrement, avec un recul de 16 mois pour apprécier l’évolution. Les résultats ont été très bons chez 02 cas et bon chez 01 cas. L'amélioration a été très nette selon les critères: marche, douleur et reprise d'activité physique. PMID:26985261

  7. Cancer du sein de l'homme: à propos de 6 cas

    PubMed Central

    Laabadi, Kamilia; Jayi, Sofia; Alaoui, Fatimazohra Fdili; Bouguern, Hakima; Chaara, Hikmat; Melhouf, My Abdelilah; Hassani, Karim Ibn Majdoub; Laalim, Said Ait; Anoun, Hicham; Toughrai, Imane; Mazaz, Khalid

    2013-01-01

    Le but de ce travail était d'analyser les caractéristiques cliniques, histologiques, thérapeutiques et pronostiques du cancer du sein chez l'homme. Il s'agissait d'une étude rétrospective portant sur six patients colligés au service de gynécologie obstétrique II, CHU Hassan II durant la période 2009-2012. L’âge moyen de nos patients est de 65.3 ans. Il s'agit dans 83.3% des cas, d'une tumeur rétroaréolaire dont la taille moyenne est de 44.16 mm. Nous avons retrouvé 4 (66.7%) T4, 1 (16.7%) T3 et dans un cas, une tumeur inclassable. Le type histologique le plus représenté est le carcinome canalaire infiltrant (66.7%). Le taux d'envahissement ganglionnaire axillaire est de 66.7%. L'hormonodépendance de ces tumeurs est prouvée dans 100% des cas. La survie à cinq ans est en cours d’évaluation. L'envahissement ganglionnaire, l'invasion du derme, le stade clinique TNM sont des facteurs qui influencent significativement la survenue de métastases. Aucun de ces facteurs de risque n'est apparu significatif en termes de survie globale. Le cancer du sein chez l'homme est une maladie rare (environ 1% des cancers du sein) au pronostic sombre. Le diagnostic est le plus souvent tardif et les lésions sont traitées à des stades avancés. PMID:24711870

  8. Cancer du sein au Cameroun, profil histo-épidémiologique: à propos de 3044 cas

    PubMed Central

    Engbang, Jean Paul Ndamba; Essome, Henri; Koh, Valère Mve; Simo, Godefroy; Essam, Jean Daniel Sime; Mouelle, Albert Sone; Essame, Jean Louis Oyono

    2015-01-01

    Décrire les caractéristiques épidémiologiques et histo-pathologiques des tumeurs malignes du sein au Cameroun. Il s'agissait d'une étude rétrospective descriptive portant sur les tumeurs malignes du sein, colligées, dans les registres des différents laboratoires d'Anatomie Pathologique publiques et privés repartis dans cinq régions (centre, littoral, Ouest, Nord-ouest, Sud-ouest), pendant une période de 10 ans (2004-2013). Les paramètres étudiés étaient la fréquence, l’âge, le sexe, la localisation, le type et le grade histologique, et les récepteurs hormonaux. Un total de 3044 cas de cancers du sein a été recensé, soit une fréquence annuelle de 304,4 cas en moyenne. Le sexe féminin était le plus représenté avec 2971 cas (97,60%) et les hommes avec 73 cas (2,40%), soit un sexe ratio (H/F) de 0,02. L’âge moyen des patients était de 46±15,87 ans, avec des extrêmes de 13 et 95 ans. Selon la localisation, le sein gauche était atteint dans 1244 cas (52%) et le sein droit dans 1115 cas (47%). Au plan histologique, on retrouvait essentiellement des carcinomes avec 96,50% des cas, des sarcomes 1,39%, des lymphomes 1,07% et la maladie de Paget du mamelon, 1,03%. Les tumeurs épithéliales étaient infiltrantes dans 2049 cas (84,46%), avec une prédominance du carcinome canalaire infiltrant (1870 cas) et non infiltrantes dans 377 cas (15,54%). Le grade histo-pronostic de SBR avait révélé une prédominance du grade II dans 66% des cas. Les cancers du sein restent une pathologie fréquente au Cameroun et atteignent principalement la population féminine en âge de procréer. Ils sont caractérisés par la prédominance du carcinome canalaire infiltrant. PMID:26523182

  9. Oncoplastie avec conservation mammaire dans le traitement du cancer du sein: à propos de 16 cas

    PubMed Central

    Bouzoubaa, Wail; Laadioui, Meryam; Jayi, Sofia; Alaoui, Fatime Zahra Fdili; Bouguern, Hakima; Chaara, Hikmat; Melhouf, Moulay Abdelilah

    2015-01-01

    Le cancer du sein est actuellement le cancer le plus fréquent chez la femme, et pose un véritable problème diagnostique et thérapeutique. Le dépistage des lésions à un stade de plus en plus précoce, a permis une extension des indications du traitement conservateur radiochirurgical, qui était initialement limitées aux tumeurs de moins de 3 cm, unifocales, non inflammatoires. Par ailleurs, l'utilisation de traitements préopératoires permet d’étendre les indications du traitement conservateur à des tumeurs plus volumineuses. Parallèlement à cette extension des indications de conservation mammaire, on a observé le développement de nouvelles approches thérapeutiques notamment la chirurgie oncoplastique, technique du ganglion sentinelle et chirurgie stéréotaxique, dont les résultats initiaux sont très encouragent. A travers cette étude réalisée dans le service de gynécologie et obstétrique II du CHU HASSAN II de FES au MAROC, après l'analyse rétrospective de 16 patientes traitées par traitement conservateur et oncoplastie, nous avons voulus montrer notre aptitude a réalisé ses techniques chirurgicales et a bien prendre en charge ces patientes, mais aussi évaluer ces techniques en termes de résultat carcinologique et de résultat esthétique, aussi en terme de survie globale, survie sans métastase et en termes de récidive locale entre les plasties mammaires et les traitements usuels: mastectomie et traitement conservateur classique. PMID:26430477

  10. Rupture simultanée du ligament croisé antérieur et du ligament patellaire: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Achkoun, Abdessalam; Houjairi, Khalid; Quahtan, Omar; Hassoun, Jalal; Arssi, Mohamed; Rahmi, Mohamed; Garch, Abdelhak

    2016-01-01

    La rupture simultanée du tendon rotulien et du ligament croisé antérieur est une lésion relativement rare. Son diagnostic peut facilement manquer lors de l'examen initial. Les options de traitement incluent la réparation immédiate du tendon rotulien avec soit la reconstruction simultanée ou différée de ligament croisé antérieur. Nous rapportons le cas d'une rupture combinée du tendon rotulien et du ligament croisé antérieur chez un jeune footballeur de 22 ans. Une approche de traitement en deux temps a été effectuée avec un excellent résultat fonctionnel. PMID:27366288

  11. SSFinder: high throughput CRISPR-Cas target sites prediction tool.

    PubMed

    Upadhyay, Santosh Kumar; Sharma, Shailesh

    2014-01-01

    Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated protein (Cas) system facilitates targeted genome editing in organisms. Despite high demand of this system, finding a reliable tool for the determination of specific target sites in large genomic data remained challenging. Here, we report SSFinder, a python script to perform high throughput detection of specific target sites in large nucleotide datasets. The SSFinder is a user-friendly tool, compatible with Windows, Mac OS, and Linux operating systems, and freely available online. PMID:25089276

  12. Kyste hydatique du rein : Étude monocentrique de 15 cas

    PubMed Central

    Harrech, Youness El; Abakka, Najib; Anzaoui, Jihad El; Ghoundale, Omar; Touiti, Driss

    2014-01-01

    Objectif : Étudier le profil épidémiologique ainsi que les caractéristiques cliniques, radiologiques, et thérapeutiques du kyste hydatique du rein (KHR). Méthodologie : Quinze cas de KHR colligés de 2004 à 2010 ont été revus. Les données cliniques, radiologiques (arbre urinaire sans préparation, échographie, tomodensitométrie [TDM]) et biologiques (éosinophilie et sérologie hydatique) ont été analysées, et le traitement instauré. L’évolution et les complications ont fait l’objet d’un suivi attentif. Résultats : L’âge moyen de découverte du KHR est de 56,13 ans, avec une prédominance masculine (12 hommes, 3 femmes). La symptomatologie clinique est dominée par les lombalgies (60 % des cas). Une analyse de la sérologie hydatique a été demandée pour six patients et s’est révélée positive pour trois d’entre eux. L’abstention thérapeutique a été l’attitude adoptée par deux malades ayant un kyste hydatique de type 5. Aucun patient n’a reçu de traitement médical seul. Treize patients (86,66 %) ont subi une intervention chirurgicale, dont une résection du dôme saillant pour 11 patients, une néphrectomie partielle pour 1 patient et une néphrectomie totale pour 1 autre patient dont le rein était totalement détruit. Aucune complication peropératoire ou postopératoire n’a été signalée, qu’il s’agisse de fistule urinaire ou d’infection de la cavité résiduelle. Aucune récidive n’a été constatée sur une période moyenne de deux ans. Conclusion : Le KHR est une pathologie rare sans sémiologie spécifique. Si la chirurgie occupe une place primordiale dans le traitement de ces kystes, de nouvelles perspectives mini-invasives restent à explorer, tout particulièrement les traitements percutané et laparoscopique. PMID:25210557

  13. Pneumonie varicelleuse du nouveau-né: à propos ďun cas

    PubMed Central

    Noubiap, Jean Jacques Nzeale; Tene, Ulrich Gaël; Bongoe, Adamo

    2012-01-01

    La varicelle est une maladie contagieuse fréquente chez ľenfant, mais rare chez la femme enceinte. La survenue de varicelle pendant la grossesse peut entrainer des complications périnatales dont la pneumonie varicelleuse du nouveau-né. Cette atteinte pulmonaire est accompagnée ďun taux élevé de décès. Nous rapportons un cas de pneumonie varicelleuse grave chez un nouveau-né qui a été contaminé par le virus de la varicelle par voie transplacentaire. Le tableau clinique associait un syndrome infectieux, une détresse respiratoire sévère avec coma, des râles sous-crépitants diffus aux deux champs pulmonaires, et une éruption cutanée disséminée faite de macules, vésicules, croûtes, évocatrice de la varicelle. La radiographie du thorax montrait un syndrome interstitiel diffus aux deux poumons. Un traitement par ľaciclovir injectable associé à ľoxygénothérapie continue a permis une évolution vers la guérison. La pneumonie varicelleuse du nouveau-né est situation associée à une forte mortalité mais dont le traitement par ľaciclovir injectable peut permettre la guérison. La prophylaxie par administration intraveineuse ďaciclovir ou ďimmunoglobulines polyvalentes chez le nouveau-né permet de diminuer la sévérité et la mortalité de la varicelle périnatale. PMID:23308330

  14. Sirénomélie (Mermaid Syndrome): description du premier cas Congolais et revue de la literature

    PubMed Central

    Lubala, Toni Kasole; Mukuku, Olivier; Mutombo, Augustin Mulangu

    2014-01-01

    La sirénomélie est une forme rare de dysgénésie caudale généralement incompatible avec la vie du fait des malformations rénales graves qui y sont associées. En Afrique, elle est associée à des considérations mystico-religieuses et à la sorcellerie et expose la famille à une stigmatisation violente. Son étiologie est encore très controversée. A notre connaissance, il s'agit du premier cas congolais rapporté dans la littérature. PMID:25120875

  15. Particularités de la cardiomyopathie du péripartum en Afrique: le cas du Togo sur une étude prospective de 41 cas au Centre Hospitalier et Universitaire Sylvanus Olympio de Lomé

    PubMed Central

    Pio, Machihude; Afassinou, Yaovi; Baragou, Soodougoua; Akue, Edem Goeh; Péssinaba, Souleymane; Atta, Borgatia; Ehlan, Koffi; Alate, Amouzou; Damorou, Findibe

    2014-01-01

    Introduction La cardiomyopathie du péripartum (CMPP) est une défaillance cardiaque dont l’étiologie demeure encore méconnue. Méthodes Il s'agit d'une étude prospective descriptive réalisée dans le service de cardiologie du CHU Sylvanus olympio de Lomé du 1er janvier 2010 au 30 avril 2012. Elle a concerné 41 patientes ayant présenté une insuffisance cardiaque entre le 8eme mois de la grossesse et les 5 premiers mois du post-partum. Résultats L’âge moyen des patientes était de 31,47 ans (extrêmes 21 et 44ans). L'incidence de la CMPP était de 1/362 grossesses. La parité moyenne était de 3,07 (extrêmes 1 et 6). Les symptômes étaient apparus dans le post-partum dans 90,24% des cas. Un retard important de diagnostic était observé. L'insuffisance cardiaque globale était le mode de décompensation dans 65,85%. Les signes électrocardiographiques étaient essentiellement la tachycardie sinusale (97,56%) et l'hypertrophie ventriculaire gauche (97,56%). L’échographie cardiaque a montré dans tous les cas une cardiomyopathie dilatée. Quatre cas de thrombus intraventriculaire gauche étaient notés. La FEVG était sévèrement altérée. L'HTAP était importante dans 56,09%. Conclusion La cardiomyopathie du péripartum est une complication cardiaque grave de la grossesse de cause inconnue, fréquente dans la population africaine. PMID:25309645

  16. Sarcome à cellules claires du rein : À propos d’un cas chez un jeune de 17 ans

    PubMed Central

    Mazdar, Adil; Sakel, Adil Ait; Essatara, Younes; Beddouche, Ali; Elsayegh, Hachem; Iken, Ali; Benslimane, Lounis; Nouini, Yassine

    2014-01-01

    Résumé Le sarcome à cellules claires du rein (SCCR) se voit très rarement chez les jeunes. Il est caractérisé par une évolution agressive marquée par un taux élevé de récidive et de mortalité. Nous rapportons le cas d’un SCCR chez un patient de 17 ans et nous discutons de son apport et de son intérêt médical en vue d’une bonne prise en charge thérapeutique. L’agressivité du SCCR et la prolifération de métastases surtout osseuses impliquent qu’il ne faut pas méconnaître ce diagnostic afin de mettre en place un traitement adapté. PMID:24940474

  17. Complications du diverticule de Meckel (DM) chez l'adulte: à propos de 11 cas au CHU-Yalgado Ouédraogo au Burkina Faso

    PubMed Central

    Ouangré, Edgar; Zida, Maurice; Bazongo, Moussa; Sanou, Adama; Bonkoungou, Gilbert Patindé; Doamba, Rodrigue Namékinsba; Sawadogo, Elie Yamba; Ouédraogo, Sidziguin; Zongo, Nayi; Traore, Si Simon

    2015-01-01

    Le diverticule de Meckel (DM) est la persistance partielle du canal omphalomésentérique. Ses complications sont rares. Le diagnostic est le plus souvent per opératoire. L'objectif a été de décrire les complications du diverticule de Meckel chez l'adulte dans le service de chirurgie générale et digestive du CHU Yalgado Ouédraogo. Il s'est agi d'une étude transversale descriptive sur 10 ans (janvier 2004-décembre 2013) portant sur les dossiers des patients âgés de plus de 15 ans ayant présenté un DM compliqué. Durant la période d’étude, 11 cas ont été colligés. L'incidence annuelle a été de 11 cas. Nous avons noté une prédominance masculine avec un sex-ratio de 4,5. L’âge moyen des patients était de 29,8 ans. Le diagnostic préopératoire a été dans huit cas une occlusion intestinale aiguë, une appendicite aiguë dans deux cas, une péritonite aiguë généralisée dans un cas. Il a été diagnostiqué en peropératoire une occlusion intestinale dans neuf cas; une diverticulite dans un cas et un cas de perforation du DM. Tous les DM avaient été réséqués dont huit résections segmentaires iléales emportant le DM et trois résections cunéiformes. Tous les DM étaient situés à moins d'un mètre de la jonction iléo-caecale. L'histologie réalisée dans deux cas avait conclu à une diverticulite. Les suites opératoires ont été simples dans neuf cas, compliquées dans deux cas dont une éventration et un décès. Les complications du diverticule de Meckel sont rares. Le diagnostic préopératoire est difficile. Le traitement est essentiellement chirurgical. PMID:26958137

  18. PAM multiplicity marks genomic target sites as inhibitory to CRISPR-Cas9 editing

    PubMed Central

    Malina, Abba; Cameron, Christopher J. F.; Robert, Francis; Blanchette, Mathieu; Dostie, Josée; Pelletier, Jerry

    2015-01-01

    In CRISPR-Cas9 genome editing, the underlying principles for selecting guide RNA (gRNA) sequences that would ensure for efficient target site modification remain poorly understood. Here we show that target sites harbouring multiple protospacer adjacent motifs (PAMs) are refractory to Cas9-mediated repair in situ. Thus we refine which substrates should be avoided in gRNA design, implicating PAM density as a novel sequence-specific feature that inhibits in vivo Cas9-driven DNA modification. PMID:26644285

  19. Kyste hydatique du foie compliqué d'un accident vasculaire cérébral ischémique: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Turki, Olfa; Bahloul, Mabrouk; Chtara, Kamilia; Regaieg, Kais; Haddar, Sondes; Bouaziz, Mounir

    2015-01-01

    Le kyste hydatique du foie (KHF) est une maladie assez répandue dans les pays nord-africains. La rupture post-traumatique ou spontanée du kyste compliquée d'un choc anaphylactique et d'un AVC ischémique a été exceptionnellement rapportée. Nous rapportons un cas d'un kyste hydatique du foie (KHF) fissuré et compliqué d'un choc anaphylactique et d'un AVC ischémique. PMID:26985273

  20. Méningite à streptocoque du groupe A chez le nouveau né: à propos d'un cas

    PubMed Central

    El Youssi, Hind; Touaoussa, Aziz; Deham, Hanouf; Yahyaoui, Ghita; Mahmoud, Mustapha

    2015-01-01

    Bien qu'une augmentation de l'incidence et de la sévérité des infections invasives au streptocoque du groupe A (SGA) durant ces dernières décades ait été constatée par plusieurs auteurs, les méningites dues à cette bactérie restent exceptionnelles chez le nouveau né et leur physiopathologie est encore mal connue. A travers ce travail nous allons rapporter le cas d'une méningite néonatale à SGA diagnostiquée au sein de notre formation, avec revue de la littérature s'intéressant à ces méningites. PMID:26185565

  1. Gliosarcome: tumeur rare du système nerveux central - présentation de deux cas

    PubMed Central

    Alami, Zenab; Bouhafa, Touria; Farhane, Fatimazahra; Elmazghi, Abderahmane; Hassouni, Khalid

    2015-01-01

    Le gliosarcome est une tumeur primitive mixte du système nerveux central, caractérisée par une prolifération biphasique associant un contingent glial de type glioblastome et un contingent sarcomateux. L’âge moyen de survenue de cette tumeur varie de 40 à 60 ans, avec un sex-ratio homme/femme de 1,8/1. Nous rapportons ici deux cas de gliosarcome traités dans notre service Le traitement standard consiste en une résection chirurgicale de la tumeur suivie d'une radiothérapie externe et parfois d'une chimiothérapie. PMID:26966501

  2. Nouvelles approches en theorie du champ moyen dynamique: le cas du pouvoir thermoelectrique et celui de l'effet orbital d'un champ magnetique

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Arsenault, Louis-Francois

    Les applications reliees a la generation d'energie motivent la recherche de materiaux ayant un fort pouvoir thermoelectrique (S). De plus, S nous renseigne sur certaines proprietes fondamentales des materiaux, comme, par exemple, la transition entre l'etat coherent et incoherent des quasi-particules lorsque la temperature augmente. Empiriquement, la presence de fortes interactions electron-electron peut mener a un pouvoir thermoelectrique geant. Nous avons donc etudie le modele le plus simple qui tient compte de ces fortes interactions, le modele de Hubbard. La theorie du champ moyen dynamique (DMFT) est tout indiquee dans ce cas. Nous nous sommes concentres sur un systeme tridimensionnel (3d) cubique a face centree (fcc), et ce, pour plusieurs raisons. A) Ce type de cristal est tres commun dans la nature. B) La DMFT donne de tres bons resultats en 3d et donc ce choix sert aussi de preuve de principe de la methode. C) Finalement, a cause de la frustration electronique intrinseque au fcc, celui-ci ne presente pas de symetrie particule-trou, ce qui est tres favorable a l'apparition d'une grande valeur de S. Ce travail demontre que lorsque le materiau est un isolant a demi-remplissage a cause des fortes interactions (isolant de Mott), il est possible d'obtenir de grands pouvoirs thermoelectriques en le dopant legerement. C'est un resultat pratique important. Du point de vue methodologique, nous avons montre comment la limite de frequence infinie de S et l'approche dite de Kelvin, qui considere la limite de frequence nulle avant la limite thermodynamique pour S, donnent des estimations fiables de la vraie limite continue (DC) dans les domaines de temperature appropriee. Ces deux approches facilitent grandement les calculs en court-circuit ant la necessite de recourir a de problematiques prolongements analytiques. Nous avons trouve que la methode de calcul a frequence infinie fonctionne bien lorsque les echelles d'energie sont relativement faibles. En d'autres termes

  3. The casposon-encoded Cas1 protein from Aciduliprofundum boonei is a DNA integrase that generates target site duplications.

    PubMed

    Hickman, Alison B; Dyda, Fred

    2015-12-15

    Many archaea and bacteria have an adaptive immune system known as CRISPR which allows them to recognize and destroy foreign nucleic acid that they have previously encountered. Two CRISPR-associated proteins, Cas1 and Cas2, are required for the acquisition step of adaptation, in which fragments of foreign DNA are incorporated into the host CRISPR locus. Cas1 genes have also been found scattered in several archaeal and bacterial genomes, unassociated with CRISPR loci or other cas proteins. Rather, they are flanked by nearly identical inverted repeats and enclosed within direct repeats, suggesting that these genetic regions might be mobile elements ('casposons'). To investigate this possibility, we have characterized the in vitro activities of the putative Cas1 transposase ('casposase') from Aciduliprofundum boonei. The purified Cas1 casposase can integrate both short oligonucleotides with inverted repeat sequences and a 2.8 kb excised mini-casposon into target DNA. Casposon integration occurs without target specificity and generates 14-15 basepair target site duplications, consistent with those found in casposon host genomes. Thus, Cas1 casposases carry out similar biochemical reactions as the CRISPR Cas1-Cas2 complex but with opposite substrate specificities: casposases integrate specific sequences into random target sites, whereas CRISPR Cas1-Cas2 integrates essentially random sequences into a specific site in the CRISPR locus. PMID:26573596

  4. The casposon-encoded Cas1 protein from Aciduliprofundum boonei is a DNA integrase that generates target site duplications

    PubMed Central

    Hickman, Alison B.; Dyda, Fred

    2015-01-01

    Many archaea and bacteria have an adaptive immune system known as CRISPR which allows them to recognize and destroy foreign nucleic acid that they have previously encountered. Two CRISPR-associated proteins, Cas1 and Cas2, are required for the acquisition step of adaptation, in which fragments of foreign DNA are incorporated into the host CRISPR locus. Cas1 genes have also been found scattered in several archaeal and bacterial genomes, unassociated with CRISPR loci or other cas proteins. Rather, they are flanked by nearly identical inverted repeats and enclosed within direct repeats, suggesting that these genetic regions might be mobile elements (‘casposons’). To investigate this possibility, we have characterized the in vitro activities of the putative Cas1 transposase (‘casposase’) from Aciduliprofundum boonei. The purified Cas1 casposase can integrate both short oligonucleotides with inverted repeat sequences and a 2.8 kb excised mini-casposon into target DNA. Casposon integration occurs without target specificity and generates 14–15 basepair target site duplications, consistent with those found in casposon host genomes. Thus, Cas1 casposases carry out similar biochemical reactions as the CRISPR Cas1-Cas2 complex but with opposite substrate specificities: casposases integrate specific sequences into random target sites, whereas CRISPR Cas1-Cas2 integrates essentially random sequences into a specific site in the CRISPR locus. PMID:26573596

  5. Léiomyosarcome gastrique simulant une tumeur du hile splénique: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Tarchouli, Mohamed; Bounaim, Ahmed; Ratbi, Moulay Brahim; Belhamidi, Mohamed Said; Bensal, Abdelhak; Aitidir, Badr; Boudhas, Adil; Ali, Abdelmounaim Ait; Sair, Khalid

    2015-01-01

    Depuis la découverte de leur phénotype particulier, les tumeurs stromales gastro-intestinales représentent les tumeurs mésenchymateuses les plus fréquentes du tractus digestif et ne sont plus confondues avec les vrais léiomyosarcomes gastriques devenant ainsi exceptionnellement rencontrés dans la pratique médicale. Nous rapportons le cas d'une jeune femme de 32 ans admise pour une masse douloureuse de l'hypochondre gauche et chez qui le bilan radiologique objectivait une volumineuse tumeur occupant le hile splénique. Une résection monobloc emportant la masse, la rate, le grand épiploon et une collerette de la paroi gastrique a été effectuée et l'examen histologique a confirmé le diagnostic d'un léiomyosarcome gastrique. Il est extrêmement important de différencier les autres tumeurs mésenchymateuses du tractus digestif des léiomyosarcomes gastriques dont l'exérèse chirurgicale complète reste, jusqu’à présent, le seul traitement à visée curative. PMID:26526400

  6. Coinfection pulmonaire par pneumocystis jirovecii et pseudomonas aeruginosa au cours du SIDA: à propos de deux cas

    PubMed Central

    Mamoudou, Savadogo; Bellaud, Guillaume; Ana, Canestri; Gilles, Pialoux

    2015-01-01

    Rapporter deux cas cliniques de coinfections pulmonaires par Pneumocystis jirovecii et par Pseudomonas aeruginosa chez des patients vivant avec le VIH. Les deux patients étaient âgés respectivement de 32 ans et 46 ans. Un patient a été pris en charge à l'hôpital Yalgado Ouédraogo de Ouagadougou au Burkina Faso et l'autre a été pris en charge à l'hôpital Ténon de Paris, en France. Les deux souffraient de pneumopathie confirmée à la radiographie et à la tomodensitométrie. L'un des patients était sévèrement immuno déprimé, contrairement à l'autre. L'examen bactériologique dans les crachats avait permis d'isoler Pseudomonas aeruginosa et Pneumocystis jirovecii chez les deux patients. Sous traitement, l’évolution a été favorable. Les coinfections morbides sont relativement fréquentes chez les patients vivant avec le VIH. Devant une symptomatologie respiratoire du sujet vivant avec le VIH, il faut savoir rechercher en plus du Bacille de Koch, Pneumocystis jirovecii et Pseudomonas aeruginosa par un lavage broncho alvéolaire. PMID:26516396

  7. Diagnostic et prévalence du syndrome métabolique chez les diabétiques suivis dans un contexte de ressources limitées: cas du Burkina-Faso

    PubMed Central

    Marceline, Yaméogo Téné; Issiaka, Sombié; Gilberte, Kyélem Carole; Nadège, Rouamba; Macaire, Ouédraogo Sampawindé; Arsène, Yaméogo Aimé; Djingri, Lankoandé; Apollinaire, Sawadogo; Joseph, Drabo Youssouf

    2014-01-01

    Introduction Les conséquences du syndrome métabolique impliquent son diagnostic effectif pour une prise en charge globale des comorbidités dépistées. Objectif: Déterminer la capacité à diagnostiquer le syndrome métabolique en routine, sa prévalence chez les diabétiques, leurs connaissances et pratiques vis-à-vis du risque cardio-métabolique. Méthodes Il s'est agi d'une étude transversale auprès de 388 diabétiques au CHU de Bobo-Dioulasso. Les critères de la fédération internationale du diabète (2009) ont été utilisés. Résultats l’âge moyen était de 53,5±13,5 ans, le sex ratio de 0,7. L'obésité abdominale était présente dans 61,9% des cas; L'HTA l’était dans 56,4% des cas. La prescription du bilan lipidique a été documentée dans 55,4% des cas pour le HDL et 56,2% pour les triglycérides pour un taux de réalisation de 49,3% et 62,9%. Le taux de dépistage des critères lipidiques était de 26,8%. Un taux de HDL bas a été noté dans 46 cas (43,4%) et une hypertriglycéridémie dans 24 cas (17,6%). In fine, la prévalence du syndrome métabolique était de 48,9% (n = 190). Seuls 27,4% savaient que d'autres facteurs de risque cardiovasculaire pouvaient être associés au diabète et seulement 6,7% pratiquaient une activité physique régulière. Conclusion Malgré la faible contribution du laboratoire, le syndrome métabolique est fréquent parmi nos diabétiques. Les patients sont peu sensibilisés sur le risque vasculaire et la pratique d'une activité physique régulière reste faible. Un programme d’éducation adaptée contribuerait à un meilleur dépistage et à une prise en charge optimale des cas. PMID:25932077

  8. La pubalgie du sportif de haut niveau: place du traitement chirurgical, à propos d'une série continue de 100 cas

    PubMed Central

    Boukhris, Jalal; Mojib, Rifi; Mezghani, Sami; Jaeger, Jean Henri

    2014-01-01

    Parmi tous les syndromes de surmenage liés à la pratique sportive, la pubalgie est certainement un des plus invalidants. C'est un syndrome douloureux de la région inguino-pubienne qui touche particulièrement le joueur du football. Les formes inguino-pariètales sont de loin les plus fréquentes. Le traitement médical est entrepris dans la majorité des cas, mais il semble être moins efficace dans ce sport en particulier. La chirurgie occupe une place prédominante dans la prise en charge. Nous rapportons l'expérience de la prise en charge chirurgicale de 100 sportifs de haut niveau au sein de notre établissement, selon la technique de Nesovic, ainsi que leurs devenirs sportifs et nous discutons nos résultats en se comparant aux données de la littérature récente. PMID:25574333

  9. Place de la chirurgie dans la prise en charge des cancers du sein chez la femme au Centre Hospitalier Universitaire Yalgado Ouedraogo: à propos de 81 cas

    PubMed Central

    Zongo, Nayi; Millogo-Traore, Timonga Françoise Danielle; Bagre, Sidpawalmdé Carine; Bagué, Abdoul-Halim; Ouangre, Edgar; Zida, Maurice; Bambara, Aboubacar; Bambara, Tozoula Augustin; Traoré, Si Simon

    2015-01-01

    Etudier la place de la chirurgie dans la prise en charge des cancers du sein au centre hospitalier universitaire Yalgado Ouédraogo. Nous avons réalisé une étude prospective et descriptive sur dix (10) mois portant sur la place de la chirurgie dans le cancer du sein. Elle a eu pour cadre les services de gynécologie-obstétrique et de chirurgie viscérale et digestive du centre hospitalier universitaire Yalgado Ouédraogo. Ont été pris en compte les indications, les gestes et les résultats de la chirurgie. Nous avons colligé 81 cancers mammaires. Le délai moyen de consultation a été de 14,26 mois. Les tumeurs T3 à T4 représentaient 82,71% des cas. Trente-huit patientes (46,91%) ont été opérées. La chimiothérapie néo adjuvante a été réalisée dans 29,63% des cas. Trente-quatre patientes (41,97%) étaient opérables d'emblée. Il s'agissait de mastectomie selon Madden dans 94,74% des cas et de chirurgie de propreté dans 2 cas (5,26% des cas). Une chimiothérapie adjuvante a été réalisée chez 52,63% des patientes opérées. Des complications à type de lymphocèle ont été notées dans 23,68% des cas. Leur traitement a consisté en des ponctions évacuatrices. Les indications de la chirurgie sont limitées par le retard diagnostique corollaire de stades avancés des cancers du sein. L'absence de la radiothérapie rend délicate la pratique de la chirurgie conservatrice et la mastectomie occupe toujours une place importante. Un diagnostic précoce permettrait d'augmenter les indications chirurgicales. PMID:26848364

  10. La gigantomastie gravidique à l'Institut du Cancer de Dakar: à propos de 2 cas

    PubMed Central

    Ka, Sidy; Thiam, Jaafar; Mane, Maimouna; Some, Rolland; Niang, Rokhaya; Goudiaby, Céline; Dem, Ahmadou

    2015-01-01

    La gigantomastie gravidique est une augmentation exagérée et invalidante de la taille des seins survenant pendant la grossesse chez une patiente aux seins préalablement normaux. Sa physiopathologie est mal cernée. Elle pose localement des problèmes trophiques et rend difficile la grossesse. Le traitement est médical anti hormonal et chirurgical sur la base d'une réduction mammaire. Il est difficile et peut compromettre l'avenir esthétique et fonctionnel de la glande mammaire. Nous rapportons 2 cas de gigantomasties gravidiques suivies et traitées à l'Institut Joliot Curie de Dakar. PMID:26977223

  11. CRISPR/Cas9 genome editing technique and its application in site-directed genome modification of animals.

    PubMed

    Jinwei, Zhou; Qipin, Xu; Jing, Yao; Shumin, Yu; Suizhong, Cao

    2015-10-01

    CRISPR/Cas system, which uses CRISPR RNAs (crRNAs) to guide Cas nuclease to silence invading nucleic acids, is self-defense system against exogenous virus or plasmid in bacteria and archaea. Through molecular modification, the typeⅡCRISPR/Cas system has become a highly efficient site-directed genome editing technique, which is simpler than zinc-finger nucleases (ZFNs) and transcription activator like effector nucleases (TALENs) and easier to be designed and applied. In this review, we summarize the evolutionary history of CRISPR/Cas9 system, the working principle and modification process of type Ⅱ CRISPR/Cas and its application in animal genome modification. We also analyze the existing problems and improvement program of the CRISPR/Cas9 system as well as its application prospect combined with successful cases, which may provide innovative perspectives on improving animal traits and establishing animal models of human diseases. PMID:26496753

  12. Hématome vulvaire massif du post-partum: à propos d'un cas à l'Hôpital Central de Yaoundé (Cameroun)

    PubMed Central

    Fouelifack, Florent Ymele; Fouogue, Jovanny Tsuala; Fouedjio, Jeanne Hortence; Sando, Zacharie; Mbu, Robinson Enow

    2014-01-01

    Les hématomes puerpéraux sont une cause rare d'hémorragie du post partum. Leur prise en charge adéquate nécessite une compétence et un plateau technique particulier. A notre connaissance, aucun cas n'a été publié au Cameroun. Nous rapportons le cas d'une femme de 37 ans, G3P2013, référée d'un dispensaire vers la maternité de l'hôpital Central de Yaoundé, en état de choc hémorragique survenu une heure après un accouchement facilité par des manœuvres digitales de dilatation vaginale. Elle a été prise en charge chirurgicalement pour un hématome vulvaire expansif. Ce cas nous permet d'attirer l'attention des praticiens sur la gravité et la singularité de cette pathologie hautement morbide qui pourrait être due à des manœuvres de dilatation digitale du vagin pendant le travail. PMID:25810803

  13. Cancer métaplasique du sein: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Babahabib, Moulay Abdellah; Chennana, Adil; Hachi, Aymen; Kouach, Jaoud; Moussaoui, Driss; Dhayni, Mohammed

    2014-01-01

    Les carcinomes métaplasiques du sein sont des tumeurs rares. Ils constituent un groupe hétérogène de tumeurs définis selon l'organisation mondiale de la santé comme étant un carcinome canalaire infiltrant mais comportant des zones de remaniements métaplasiques (de type épidermoïde, à cellules fusiformes, chondroïde et osseux ou mixte), qui varient de quelques foyers microscopiques à un remplacement glandulaire complet. Les aspects cliniques et radiologiques ne sont pas spécifiques. Le traitement associe la chirurgie, la radiothérapie et la chimiothérapie. L'hormonothérapie n'a pas de place. Le pronostic est sombre. L'histopathologie combinée à l'immunohistochimie permet de poser un diagnostic sure. Etant donné que la prise en charge thérapeutique est limitée, une nouvelle approche moléculaire pourrait modifier cette contribution faible et mal cernée des traitements systémiques classiques. Les patientes atteintes de carcinome métaplasique mammaire pourraient bénéficier de traitements ciblés, ce qui reste à confirmer par des essais cliniques. PMID:25870723

  14. Radionécrose cérébrale chez des patients irradiés pour cancers du nasopharynx: à propos de 3 cas

    PubMed Central

    El Mazghi, Abderrahman; Lalya, Issam; Loukili, Kaoutar; El Kacemi, Hanan; Kebdani, Taieb; Hassouni, Khalid

    2014-01-01

    La radionécrose cérébrale est une complication tardive, iatrogène, relativement rare de la radiothérapie qui survient après plus de six mois suivant le début du traitement. Elle pourrait s'expliquer par la conjonction de lésions vasculaires, gliales et d'ordre immunologiques. Elle peut mettre en jeu le pronostic fonctionnel et vital du malade. La prévention de cette affection redoutable est fondamentale vu l'absence de traitement potentiellement efficace. Nous rapportons 03 nouveaux cas, chez des patients traités par chimiothérapie d'induction puis radio- chimiothérapie concomitante pour des cancers localement avancés du nasopharynx. Le diagnostic a été orienté par l'IRM spectroscopique et l’évolution était favorable sous corticothérapie dans les 03 cas. PMID:25722784

  15. Induction of site-specific chromosomal translocations in embryonic stem cells by CRISPR/Cas9

    PubMed Central

    Jiang, Junfeng; Zhang, Li; Zhou, Xingliang; Chen, Xi; Huang, Guanyi; Li, Fengsheng; Wang, Ruizhe; Wu, Nancy; Yan, Youzhen; Tong, Chang; Srivastava, Sankalp; Wang, Yue; Liu, Houqi; Ying, Qi-Long

    2016-01-01

    Chromosomal translocation is the most common form of chromosomal abnormality and is often associated with congenital genetic disorders, infertility, and cancers. The lack of cellular and animal models for chromosomal translocations, however, has hampered our ability to understand the underlying disease mechanisms and to develop new therapies. Here, we show that site-specific chromosomal translocations can be generated in mouse embryonic stem cells (mESCs) via CRISPR/Cas9. Mouse ESCs carrying translocated chromosomes can be isolated and expanded to establish stable cell lines. Furthermore, chimeric mice can be generated by injecting these mESCs into host blastocysts. The establishment of ESC-based cellular and animal models of chromosomal translocation by CRISPR/Cas9 provides a powerful platform for understanding the effect of chromosomal translocation and for the development of new therapeutic strategies. PMID:26898344

  16. CRISPR/Cas-Mediated Site-Specific Mutagenesis in Arabidopsis thaliana Using Cas9 Nucleases and Paired Nickases.

    PubMed

    Schiml, Simon; Fauser, Friedrich; Puchta, Holger

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas system has recently become the most important tool for genome engineering due to its simple architecture that allows for rapidly changing the target sequence and its applicability to organisms throughout all kingdoms of life. The need for an easy-to-use and reliable nuclease is especially high in plant research, as precise genome modifications are almost impossible to achieve by Agrobacterium-mediated transformation and the regeneration of plants from protoplast cultures is very labor intensive. Here, we describe the application of the Cas9 nuclease to Arabidopsis thaliana for the induction of heritable targeted mutations, which may also be used for other plant species. To cover the concern for off-target activity, we also describe the generation of stable mutants using paired Cas9 nickases. PMID:27557689

  17. Technique de Blount dans le traitement des fractures supra condyliennes du coude chez l'enfant: à propos de 68 cas

    PubMed Central

    Chagou, Aniss; Rhanim, Abdelkarim; Zanati, Rachid; Kharmaz, Mohammed; Lamrani, Moulay Omar; Berrada, Mohammed Saleh; El Yaacoubi, Moradh; Ettaybi, Fouad

    2014-01-01

    La fracture de la palette humérale est la plus fréquente des fractures du coude de l'enfant. La méthode de BLOUNT, constitue une perspective thérapeutique longtemps connue. Elle consiste en une réduction sous contrôle scopique de la fracture et une contention en hyper flexion du coude. Notre série a porté sur l’étude de 68 cas de fractures supra condyliennes chez des enfants traités dans le service des urgences chirurgicales pédiatriques de l'hôpital d'enfant de Rabat entre janvier 2009 et janvier 2012. Nous comparons nos résultats avec les données de la littérature. PMID:25667714

  18. CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites

    PubMed Central

    Naito, Yuki; Hino, Kimihiro; Bono, Hidemasa; Ui-Tei, Kumiko

    2015-01-01

    Summary: CRISPRdirect is a simple and functional web server for selecting rational CRISPR/Cas targets from an input sequence. The CRISPR/Cas system is a promising technique for genome engineering which allows target-specific cleavage of genomic DNA guided by Cas9 nuclease in complex with a guide RNA (gRNA), that complementarily binds to a ∼20 nt targeted sequence. The target sequence requirements are twofold. First, the 5′-NGG protospacer adjacent motif (PAM) sequence must be located adjacent to the target sequence. Second, the target sequence should be specific within the entire genome in order to avoid off-target editing. CRISPRdirect enables users to easily select rational target sequences with minimized off-target sites by performing exhaustive searches against genomic sequences. The server currently incorporates the genomic sequences of human, mouse, rat, marmoset, pig, chicken, frog, zebrafish, Ciona, fruit fly, silkworm, Caenorhabditis elegans, Arabidopsis, rice, Sorghum and budding yeast. Availability: Freely available at http://crispr.dbcls.jp/. Contact: y-naito@dbcls.rois.ac.jp Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online. PMID:25414360

  19. La perforation stercorale du côlon: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Mahmoudi, Ammar; Maâtouk, Mezri; Noomen, Faouzi; Nasr, Mohamed; Zouari, Khadija; Hamdi, Abdelaziz

    2015-01-01

    Affection rare, la perforation stercorale du côlon touche des malades âgés souvent fragiles ayant une longue histoire de constipation chronique et sévère. Elle constitue une urgence chirurgicale dont le pronostic, souvent sombre, dépend du terrain et de la rapidité de la prise en charge. Nous rapportons le cas d'une perforation stercorale du côlon survenu chez une patiente âgée de 74 ans. La symptomatologie clinique était celle d'une péritonite aiguë évoluant depuis quatre jours. Le diagnostic n’était posé qu'en peropératoire. Le geste avait consisté en une intervention de Hartmann. Les suites étaient malheureusement marquées par un état de choc septique résistant aboutissant au décès de la patiente à J 2 postopératoire. Le diagnostic de perforation stercorale du côlon, souvent difficile et retardé, doit être connu par tous les médecins qui prennent en charge une population de patients de plus en plus âgés. PMID:26958112

  20. Genome-Wide Assessment of Efficiency and Specificity in CRISPR/Cas9 Mediated Multiple Site Targeting in Arabidopsis.

    PubMed

    Peterson, Brenda A; Haak, David C; Nishimura, Marc T; Teixeira, Paulo J P L; James, Sean R; Dangl, Jeffery L; Nimchuk, Zachary L

    2016-01-01

    Simultaneous multiplex mutation of large gene families using Cas9 has the potential to revolutionize agriculture and plant sciences. The targeting of multiple genomic sites at once raises concerns about the efficiency and specificity in targeting. The model Arabidopsis thaliana is widely used in basic plant research. Previous work has suggested that the Cas9 off-target rate in Arabidopsis is undetectable. Here we use deep sequencing on pooled plants simultaneously targeting 14 distinct genomic loci to demonstrate that multiplex targeting in Arabidopsis is highly specific to on-target sites with no detectable off-target events. In addition, chromosomal translocations are extremely rare. The high specificity of Cas9 in Arabidopsis makes this a reliable method for clean mutant generation with no need to enhance specificity or adopt alternate Cas9 variants. PMID:27622539

  1. Cost-Effective Remediation of Depleted Uranium (DU) at Environmental Restoration Sites

    SciTech Connect

    MILLER,MARK; GALLOWAY,ROBERT B.; VANDERPOEL,GLENN; JOHNSON,ED; COPLAND,JOHN; SALAZAR,MICHAEL

    1999-11-03

    Numerous sites in the United States and around the world are contaminated with depleted uranium (DU) in various forms. A prevalent form is fragmented DU originating from various scientific tests involving high explosives and DU during weapon-development programs, at firing practice ranges, or in war theaters where DU was used in armor-piercing projectiles. The contamination at these sites is typically very heterogeneous, with discrete, visually identifiable DU fragments mixed with native soil. The bulk-averaged DU activity is quite low, whereas DU fragments, which are distinct from the soil matrix, have much higher specific activity. DU is best known as a dark metal that is nearly twice as dense as lead, but DU in the environment readily weathers (oxidizes) to a distinctive bright yellow color that is quite visible. While the specific activity (amount of radioactivity per mass of soil) of DU is relatively low and presents only a minor radiological hazard, the fact that DU is radioactive and visually identifiable makes it desirable to remove the DU ''contamination'' from the environment. The typical approach to conducting this DU remediation is to use radiation-detection instruments to identify the contaminant and then to separate it from the adjacent soil, packaging it for disposal as radioactive waste. This process can be performed manually or by specialized, automated equipment. Alternatively, a more cost-effective approach might be simple mechanical or gravimetric separation of the DU fragments from the host soil matrix. At SNL/NM, both the automated and simple mechanical approaches have recently been employed. This paper discusses the pros/cons of the two approaches.

  2. Hématome post traumatique du muscle iléopsoas avec paralysie du nerf fémoral: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Sallahi, Hicham; Margad, Omar; Lamkhantar, Adil; idrissi, Khalid Koulali

    2015-01-01

    L'hématome compressif du muscle iliopsoas dans le petit bassin est une complication connue des traitements anticoagulants, mais reste rare en post-traumatique. La présente observation illustre un cas de cet hématome chez un adolescent de 14 ans qui s'est présenté avec une douleur post-traumatique de la cuisse et un déficit actif d'extension de la jambe évoluant depuis plus de 3 mois. Un examen clinique a montré l'existence d'une paralysie complète du quadriceps. Une IRM du petit bassin a retrouvé un volumineux hématome du muscle iliopsoas comprimant le nerf fémoral. Un drainage chirurgical de l'hématome a été réalisé. La récupération musculaire était partielle après six mois de recul. PMID:26113929

  3. Hématome spontané du méso de l'angle colique droit et du colon transverse compliquant un traitement par anti vitamine K: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Traoré, Ibrahim Alain; Zaré, Cyprien; Barro, Sié Drissa; Guibla, Ismaël

    2016-01-01

    L'hématome spontané du méso de l'angle colique droit et du transverse est une complication rare du traitement anticoagulant par antivitamine K. Nous rapportons un cas d'hématome spontané du méso de l'angle colique droit et du transverse associé à un hémopéritoine de grande abondance chez un patient traité par antivitamine K pour embolie pulmonaire consécutive à une fracture des plateaux tibiaux droits. Le diagnostic doit être fait en urgence. L’échographie abdominale et la tomodensitométrie confirment le diagnostic. Le traitement non opératoire est la règle. Le traitement chirurgical est indiqué en cas de complications telles que la rupture de l'hématome. PMID:27217878

  4. Tumeur stromale du mésentère: à propos d'un cas rare et revue de la littérature

    PubMed Central

    Seck, Mamadou; Ka, Ibrahima; Cissé, Mamadou; Touré, Alpha Oumar; Thiam, Ousmane; Gueye, Mohamadou Lamine; Dieng, Madieng; Touré, Cheikh Tidiane

    2015-01-01

    Les tumeurs stromales du mésentère sont des sarcomes rares du tube digestif. Nous rapportons un cas rare de tumeur stromale dans sa localisation mésentérique. Il s'agit d'un patient admis aux urgences pour abdomen aigu. La tomodensitométrie a objectivé un kyste abcédé du mésentère. L'exploration chirurgicale a retrouvé une tumeur du mésentère. Une exérèse monobloc de la tumeur a été réalisée. L'histologie avec immunohistochimie de la pièce opératoire a mis en évidence une tumeur stromale à risque intermédiaire de malignité. Un traitement adjuvant à base d'imatinib a été ensuite instauré. L’évolution a été simple, sans récidive, avec un recul de 8 mois. Au plan pronostique, selon les critères de Fletcher et de l'AFIP (Armed Forces Institute of Pathology), la tumeur était classée à un risque élevé de récidive. Les tumeurs stromales du mésentère sont exceptionnelles surtout dans leur présentation clinique d'abdomen aigu. Le diagnostic repose sur l'immunohistochimie et le traitement des formes localisées sur la chirurgie, associée à l'imatinib en traitement adjuvant. PMID:26587154

  5. Traitement orthopédique d'une fracture pathologique du fémur sur malformation veineuse: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Guelzim, Soufiane; Lamrani, Omar; Kharmaz, Mohammed; Lahlou, Abdo; Elouadghiri, Mohammed; El Bardouni, Ahmed; Mahfoud, Mustapha; Berrada, Mohammed Saleh; El Yaccoubi, Mouradh

    2015-01-01

    Les malformations vasculaires artérioveineuse, veineuse ou lymphatique représentent des défects localisés dans la morphogénèse vasculaire. Elles peuvent survenir dans tous les organes, mais prédominent au niveau de membres, plus souvent dans la peau, les espaces celluleux ou les muscles. Le bilan de nombreuses malformations a été transformé par l'utilisation de l'angioscanner avec reconstruction ou de l'IRM. Les auteurs rapportent un cas de fracture pathologique du fémur proximal gauche sur malformation veineuse, chez une patiente de 35 ans. Le diagnostic a été porté sur un faisceau d'arguments cliniques et paracliniques. La radiographie standard a montré une fracture diaphysaire du tiers supérieur du fémur gauche sur os pathologique. L'IRM de la cuisse gauche ainsi qu'un phléboscanner des membres inférieurs ont objectivé un aspect en faveur d'une malformation veineuse. Vu le déplacement minime de la fracture et le risque très important de saignement peropératoire, la patiente a bénéficié d'un traitement orthopédique; l’évolution a été simple, marquée par une consolidation au sixième mois. PMID:26600903

  6. La pseudarthrose du col fémoral traitée par prothèse totale de la hanche: à propos de 15 cas

    PubMed Central

    Chagou, Aniss; Bassir, Réda Allah; Rhanim, Abdelkarim; Lahlou, Abdou; Bardouni, Ahmed; Mahfoud, Moustapha; Saleh Berrada, Mohammed; El Yaacoubi, Moradh

    2014-01-01

    La pseudarthrose du col fémoral est une complication redoutée de la facture du col fémoral, elle est due soit à une négligence thérapeutique, soit à une ostéosynthèse imparfaite. Plusieurs facteurs sont incriminés dans sa genèse, l’âge, les caractéristiques de la fracture, l’état de la tête fémorale, et une ostéosynthèse non solide. Le diagnostic des pseudarthroses est essentiellement radiologique. Le traitement reste encore difficile et mal codifié, les limites entre traitement conservateur et arthroplastie de la hanche ne sont pas encore bien définies. Nous rapportons une série de 15 cas de pseudarthrose du col fémoral traités par arthroplastie de la hanche au service de traumato-orthopédie du Centre Hospitalier Universitaire de Rabat de 2008 à 2014 soit un recul de 40 mois en moyenne. Nos patients ont bénéficié d'une évaluation clinique et radiologique. L’âge de nos patients varie entre 48 et 81 ans, avec une moyenne de 69,2 ans. 85% d'entre eux sont âgés de plus de 60 ans. Nous avons dans notre série une prédominance féminine, soit 8 femmes pour 7 hommes. La négligence thérapeutique est la cause de la majorité des pseudarthroses du col du fémur traitées dans notre série. Par ailleurs, nous avons utilisé exclusivement la voie d'abord postéro externe de Moore. Nous avons mis en place une prothèse totale de couple polyéthylène-métal chez tous les patients, ces prothèses étaient cimentées chez 12 patients. Le résultat fonctionnel a été coté selon la classification de Merle d'Aubigné. Nos résultats ont été jugés bons selon cette cotation. L'arthroplastie totale de la hanche a une place importante dans le traitement des pseudarthroses du col fémoral et peut donner des résultats satisfaisants en permettant de récupérer une hanche mobile et indolore. PMID:25667720

  7. Targeted Mutagenesis, Precise Gene Editing, and Site-Specific Gene Insertion in Maize Using Cas9 and Guide RNA.

    PubMed

    Svitashev, Sergei; Young, Joshua K; Schwartz, Christine; Gao, Huirong; Falco, S Carl; Cigan, A Mark

    2015-10-01

    Targeted mutagenesis, editing of endogenous maize (Zea mays) genes, and site-specific insertion of a trait gene using clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated (Cas)-guide RNA technology are reported in maize. DNA vectors expressing maize codon-optimized Streptococcus pyogenes Cas9 endonuclease and single guide RNAs were cointroduced with or without DNA repair templates into maize immature embryos by biolistic transformation targeting five different genomic regions: upstream of the liguleless1 (LIG1) gene, male fertility genes (Ms26 and Ms45), and acetolactate synthase (ALS) genes (ALS1 and ALS2). Mutations were subsequently identified at all sites targeted, and plants containing biallelic multiplex mutations at LIG1, Ms26, and Ms45 were recovered. Biolistic delivery of guide RNAs (as RNA molecules) directly into immature embryo cells containing preintegrated Cas9 also resulted in targeted mutations. Editing the ALS2 gene using either single-stranded oligonucleotides or double-stranded DNA vectors as repair templates yielded chlorsulfuron-resistant plants. Double-strand breaks generated by RNA-guided Cas9 endonuclease also stimulated insertion of a trait gene at a site near LIG1 by homology-directed repair. Progeny showed expected Mendelian segregation of mutations, edits, and targeted gene insertions. The examples reported in this study demonstrate the utility of Cas9-guide RNA technology as a plant genome editing tool to enhance plant breeding and crop research needed to meet growing agriculture demands of the future. PMID:26269544

  8. La Greffe de Peau dans le Traitement des Sequelles de la Main Brulee. A Propos de 152 Cas - Experience du Service de Chirurgie Plastique du Centre Hospitalier Universitaire Ibn-Sina, Rabat, Maroc

    PubMed Central

    El Mazouz, S.; Fejjal, N.; Hafidi, J.; Cherkab, L.; Mejjati, H.; Belfqih, R.; Gharib, N.; Abbassi, A.

    2010-01-01

    Summary La main est fréquemment exposée aux brûlures, entraînant des séquelles esthétiques et fonctionnelles. Le traitement de ces séquelles est surtout chirurgical et consiste en la greffe de peau, dont le type dépend de la localisation de la brûlure et du type des séquelles. Dans ce travail rétrospectif, nous rapportons une série de 152 cas de brûlures des mains colligés au service de chirurgie plastique du Centre Hospitalier Universitaire Ibn-Sina de Rabat sur une période de dix ans, allant de 1998 à 2007. Les indications thérapeutiques dépendent du type de séquelles et de la localisation de la brûlure. En tout, 97 patients ont bénéficié d'une greffe cutanée, dont 76% par greffe de peau totale, 21% par greffe de peau demi-épaisse et 3% par peau fine. Les séquelles des brûlures des mains posent un problème thérapeutique majeur, malgré la diversité des procédés chirurgicaux, d'où l'intérêt de la prévention. PMID:21991196

  9. Nœud intracardiaque du cathéter de Swan-Ganz: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Chemchik, Heithem; Hassen, Mohamed Ben; Turki, Mohamed; Aissaoui, Ghazi; Gahbiche, Karim; Naija, Walid; Mgarrech, Imen; Kortas, Chokri; Said, Rachid

    2013-01-01

    Le monitorage hémodynamique par cathéter de Swan-Ganz est utile surtout en cas de fonction cardiaque altérée. La mise en place de ce cathéter peut être accompagnée par des complications sévères dans 3 à 4,4% des cas tel que la rupture de l'artère pulmonaire, l'atteinte valvulaire, les troubles de la conduction, le pneumothorax, l'hémothorax et rarement la formation d'un nœud intracardiaque. Nous rapportons un cas de cathéter de Swan-Ganz compliqué d'un nœud formé à son extrémité et nous discutons les éventuels moyens diagnostiques et thérapeutiques de cette complication. PMID:23785542

  10. Les infections à Pseudomonas aeruginosa au service des maladies infectieuses du CHU YO, Burkina Faso: à propos deux cas

    PubMed Central

    Mamoudou, Savadogo; Lassina, Dao; Fla, Koueta

    2015-01-01

    Nous rapportons deux cas d'infection à Pseudomonas aeruginosa: un cas de méningite et un cas d'infection urinaire. Les auteurs rappellent qu’à côté des étiologies classiques des méningites et des infections urinaires, des germes résistants comme Pseudomonas aeruginosa peuvent être responsables d'infections à localisation méningées et urinaires et dont il faut connaître pour une bonne prise en charge. Le traitement de ces infections requiert un antibiogramme au regard de la grande capacité de résistance de Pseudomonas aeruginosa en milieu hospitalier. La limitation des gestes invasifs et l'application rigoureuse des mesures de prévention des infections en milieu hospitalier contribueront à lutter efficacement contre ces infections en milieu de soins. PMID:26491521

  11. Ossification du ligament de Hoffa: évolution finale de la maladie de Hoffa (à propos d'un cas avec revue de la littérature)

    PubMed Central

    Boukhris, Jalal; Boussouga, Mostapha; Benchakroune, Mohammed; Jaafar, Abdelouahab; Chagar, Belkacem

    2014-01-01

    La responsabilité de la bourse graisseuse sous rotulienne dans certains dérangements internes du genou est connue depuis les observations originales rapportées par Hoffa en 1904. En peropératoire, Hoffa retrouvait une frange graisseuse qui occupait l'interligne articulaire, dont l'ablation faisait disparaître les symptômes. Depuis cette date, peu de publications ont été consacrées à la maladie de Hoffa, et à notre connaissance, aucune grande série n'a été publiée récemment dans la littérature. Ce travail comprend une revue bibliographiqe associée à l’étude des différents aspects sémiologiques, étiopathogéniques et thérapeutiques de ce type d'affection, en rapportant un cas d'ossification du ligament de Hoffa qui ne serait en fait que l’évolution finale de la maladie. PMID:25852801

  12. Carcinome épidermoïde du sein: à propos de 3cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Alaoui, Fatima Zohra Fdili; Benkirane, Saad; Chaara, Hekmat; Bouguern, Hakima; Melhouf, Moulay Abdilah

    2012-01-01

    Les carcinomes épidermoides du sein sont rares. Ils sont d'origine métaplasiques. Leur histogénèse est controversée. La présentation clinique et mammographique n'est pas spécifique, l'aspect kystisé des lésions et la présence de nécrose sont recherchés à l’échographie mammaire. Le diagnostic est histologique. Ce cancer est réputé être peu lymphophile et non hormonodépendant. Le traitement rejoint celui des carcinomes infiltrants canalaires et repose sur la chirurgie, la radiothérapie et la chimiothérapie. Le pronostic est péjoratif. Nous rapportons trois cas de carcinome épidermoide du sein colligés au service de Gynécologie obstétrique II au CHU Hassan II de Fès et une revue de la littérature. PMID:22891096

  13. Les traumatismes de l’étage antérieur de la base du crane: à propos d'une série de 136 cas

    PubMed Central

    Bouchaouch, Abdelali; Hassani, Fahd Derkaoui; Abboud, Hilal; Mukengeshay, Jeff Ntalaja; El Fatemi, Nizare; Gana, Rachid; El Maaqili, Moulay Rchid; El Abbadi, Najia; Bellakhdar, Fouad

    2015-01-01

    Les traumatismes de l’étage antérieur de la base du crâne représentent 15 à 20% des traumatismes crâniens en général. Ils menacent les structures neuro-encéphaliques sus jacentes et sont très souvent responsables de brèches ostéo-méningées exposant au risque infectieux. Notre travail a concerné 136 dossiers exploitables de traumatisme de l’étage antérieur de la base du crâne colligés sur une période de 10 ans entre janvier 2003 et décembre 2012. Le diagnostic a été suspecté devant les signes cliniques évocateurs (ecchymose péri-orbitaire, rhinorrhée…) et a été confirmé dans la plupart des cas par la TDM. Le traitement idéal est la fermeture chirurgicale de la brèche en association aux moyens médicaux (vaccination, anti-épileptiques, mesures de réanimation…) Le moment idéal de la réparation est au-delà de la 72ème heure après la diminution de l'oedème cérébral en cas d'absence d'une lésion intracrânienne nécessitant une intervention en urgence. Notre équipe ne pratiquant pas la voie endoscopique, l'abord frontal est souvent indiqué. Le pronostic dépend des lésions cérébrales associées et surtout de la présence d'une brèche dont le diagnostic et la réparation doivent être les plus rapides et les plus précis possibles. Ainsi toute rhinorrhée post-traumatique nécessite une exploration systématique, le timing idéal: c'est la disparition de l'oedème cérébral pour faciliter l'exploration, ceci est en général possible à partir de la 72ème heure sauf dans les cas associés à une autre lésion intra crânienne nécessitant une exploration en urgence. PMID:26327992

  14. Les fractures luxations du cotyle: prise en charge et pronostic à long terme; étude rétrospective portant sur 40 cas

    PubMed Central

    Chagou, Aniss; Hmouri, Ismail; Rhanim, Abdelkarim; Lahlou, Abdou; Berrada, Mohammed Saleh; Yaacoubi, Moradh

    2014-01-01

    Les fractures luxations du cotyle sont le plus souvent dues à des traumatismes de haute énergie. Elles constituent une urgence thérapeutique, l'association de la luxation à une fracture du cotyle fait apparaître la question du choix thérapeutique entre traitement orthopédique et traitement médical. L'objectif de l’étude est de mettre le point sur l'aspect thérapeutique dans ces lésions mais aussi leurs pronostics à long terme. Nous rapportons une étude rétrospective portant sur 40 cas colligés au service d'orthopédie du centre hospitalier universitaire de Rabat. Nous avons évalué les résultats de notre prise en charge mais aussi le pronostic à court et à long terme. Dans notre série, vingt cinq patients ont bénéficié d'un traitement orthopédique alors que les quinze restants ont été opérés, la voie d'abord la plus utilisée est la voie postérieure. Les résultats fonctionnels ont été évalués, après un recul de 3 à 8 ans, selon la cotation de Merle d'Aubigné. Nous avons obtenu 90% de résultats satisfaisants. La comparaison de nos résultats à ceux de la littérature montre que le résultat des traitements orthopédiques et chirurgicaux dépend essentiellement du type de fracture. Le pronostic à long terme reste imprévisible. La survenue des complications tardives telle que la nécrose céphalique et de l'arthrose reste toujours imprévisible, ce qui impose un suivi régulier et prolongé des patients. PMID:25722763

  15. Communication interventriculaire post infarctus du myocarde circonférentiel: à propos d'un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    M'hamdi, Ilham; Benjelloune, Halima

    2015-01-01

    Malgré la réduction importante de la mortalité des infarctus aigus durant ces dernières décennies grâce a une prise en charge médicale adéquate; monitoring cardiaque, une reperfusion précoce; le taux de mortalité suite à une rupture du septum interventriculaire (communication interventriculaire CIV) reste considérable. Les facteurs de risques de cette complications a fait l'objet de plusieurs études: l'HTA, l’âge avancé, le sexe féminin, l'absence d'angine de poitrine et la localisation antérieure de l'ischémie. Les techniques de réparation chirurgicales ont évolué au fil du temps, mais le pronostic demeure très sombre avec un taux de mortalité inchangé depuis 1990. C'est pourquoi, il est très important d'en connaître les manifestations cliniques de façon à préciser le diagnostic par échocardiographie et permettre une prise en charge médico-chirurgicale urgente. Nous allons illustrer cette complication mortelle de l'infarctus du myocarde et mettre le point sur les différents facteurs prédictifs de son développement à travers un cas clinique et une revue de la littérature. PMID:26161233

  16. Reprogrammable CRISPR/Cas9-based system for inducing site-specific DNA methylation

    PubMed Central

    McDonald, James I.; Celik, Hamza; Rois, Lisa E.; Fishberger, Gregory; Fowler, Tolison; Rees, Ryan; Kramer, Ashley; Martens, Andrew; Edwards, John R.

    2016-01-01

    ABSTRACT Advances in sequencing technology allow researchers to map genome-wide changes in DNA methylation in development and disease. However, there is a lack of experimental tools to site-specifically manipulate DNA methylation to discern the functional consequences. We developed a CRISPR/Cas9 DNA methyltransferase 3A (DNMT3A) fusion to induce DNA methylation at specific loci in the genome. We induced DNA methylation at up to 50% of alleles for targeted CpG dinucleotides. DNA methylation levels peaked within 50 bp of the short guide RNA (sgRNA) binding site and between pairs of sgRNAs. We used our approach to target methylation across the entire CpG island at the CDKN2A promoter, three CpG dinucleotides at the ARF promoter, and the CpG island within the Cdkn1a promoter to decrease expression of the target gene. These tools permit mechanistic studies of DNA methylation and its role in guiding molecular processes that determine cellular fate. PMID:27170255

  17. Reprogrammable CRISPR/Cas9-based system for inducing site-specific DNA methylation.

    PubMed

    McDonald, James I; Celik, Hamza; Rois, Lisa E; Fishberger, Gregory; Fowler, Tolison; Rees, Ryan; Kramer, Ashley; Martens, Andrew; Edwards, John R; Challen, Grant A

    2016-01-01

    Advances in sequencing technology allow researchers to map genome-wide changes in DNA methylation in development and disease. However, there is a lack of experimental tools to site-specifically manipulate DNA methylation to discern the functional consequences. We developed a CRISPR/Cas9 DNA methyltransferase 3A (DNMT3A) fusion to induce DNA methylation at specific loci in the genome. We induced DNA methylation at up to 50% of alleles for targeted CpG dinucleotides. DNA methylation levels peaked within 50 bp of the short guide RNA (sgRNA) binding site and between pairs of sgRNAs. We used our approach to target methylation across the entire CpG island at the CDKN2A promoter, three CpG dinucleotides at the ARF promoter, and the CpG island within the Cdkn1a promoter to decrease expression of the target gene. These tools permit mechanistic studies of DNA methylation and its role in guiding molecular processes that determine cellular fate. PMID:27170255

  18. An Effective Molecular Target Site in Hepatitis B Virus S Gene for Cas9 Cleavage and Mutational Inactivation

    PubMed Central

    Li, Hao; Sheng, Chunyu; Liu, Hongbo; Liu, Guangze; Du, Xinying; Du, Juan; Zhan, Linsheng; Li, Peng; Yang, Chaojie; Qi, Lihua; Wang, Jian; Yang, Xiaoxia; Jia, Leili; Xie, Jing; Wang, Ligui; Hao, Rongzhang; Xu, Dongping; Tong, Yigang; Zhou, Yusen; Zhou, Jianjun; Sun, Yansong; Li, Qiao; Qiu, Shaofu; Song, Hongbin

    2016-01-01

    Chronic hepatitis B infection remains incurable because HBV cccDNA can persist indefinitely in patients recovering from acute HBV infection. Given the incidence of HBV infection and the shortcomings of current therapeutic options, a novel antiviral strategy is urgently needed. To inactivate HBV replication and destroy the HBV genome, we employed genome editing tool CRISPR/Cas9. Specifically, we found a CRISPR/Cas9 system (gRNA-S4) that effectively targeted the HBsAg region and could suppress efficiently viral replication with minimal off-target effects and impact on cell viability. The mutation mediated by CRISPR/Cas9 in HBV DNA both in a stable HBV-producing cell line and in HBV transgenic mice had been confirmed and evaluated using deep sequencing. In addition, we demonstrated the reduction of HBV replication was caused by the mutation of S4 site through three S4 region-mutated monoclonal cells. Besides, the gRNA-S4 system could also reduce serum surface-antigen levels by 99.91 ± 0.05% and lowered serum HBV DNA level below the negative threshold in the HBV hydrodynamics mouse model. Together, these findings indicate that the S4 region may be an ideal target for the development of innovative therapies against HBV infection using CRISPR/Cas9. PMID:27570484

  19. An Effective Molecular Target Site in Hepatitis B Virus S Gene for Cas9 Cleavage and Mutational Inactivation.

    PubMed

    Li, Hao; Sheng, Chunyu; Liu, Hongbo; Liu, Guangze; Du, Xinying; Du, Juan; Zhan, Linsheng; Li, Peng; Yang, Chaojie; Qi, Lihua; Wang, Jian; Yang, Xiaoxia; Jia, Leili; Xie, Jing; Wang, Ligui; Hao, Rongzhang; Xu, Dongping; Tong, Yigang; Zhou, Yusen; Zhou, Jianjun; Sun, Yansong; Li, Qiao; Qiu, Shaofu; Song, Hongbin

    2016-01-01

    Chronic hepatitis B infection remains incurable because HBV cccDNA can persist indefinitely in patients recovering from acute HBV infection. Given the incidence of HBV infection and the shortcomings of current therapeutic options, a novel antiviral strategy is urgently needed. To inactivate HBV replication and destroy the HBV genome, we employed genome editing tool CRISPR/Cas9. Specifically, we found a CRISPR/Cas9 system (gRNA-S4) that effectively targeted the HBsAg region and could suppress efficiently viral replication with minimal off-target effects and impact on cell viability. The mutation mediated by CRISPR/Cas9 in HBV DNA both in a stable HBV-producing cell line and in HBV transgenic mice had been confirmed and evaluated using deep sequencing. In addition, we demonstrated the reduction of HBV replication was caused by the mutation of S4 site through three S4 region-mutated monoclonal cells. Besides, the gRNA-S4 system could also reduce serum surface-antigen levels by 99.91 ± 0.05% and lowered serum HBV DNA level below the negative threshold in the HBV hydrodynamics mouse model. Together, these findings indicate that the S4 region may be an ideal target for the development of innovative therapies against HBV infection using CRISPR/Cas9. PMID:27570484

  20. Place du traitement chirurgical sous circulation extracorporelle à cœur battant dans les cancers du rein avec envahissement cave supra-diaphragmatique: à propos de sept cas

    PubMed Central

    Lahyani, Mounir; Karmouni, Tarik; Elkhader, Khalid; Koutani, Abdellatif; Andaloussi, Ahmed Ibn Attya

    2014-01-01

    Ce travail vise à analyser les résultats de la néphrectomie avec thrombectomie atrio-cave sous circulation extracorporelle (CEC) chez sept patients ayant un cancer du rein avec envahissement cave supra-diaphragmatique et de discuter les indications opératoires. Sept patients, six hommes et une femme dont l’âge varie entre 46ans et 65ans, ont été opérés d'un cancer du rein avec extension atrio-cave. L’écho-doppler a toujours permis la mise en évidence de l'extension veineuse mais la limite supérieure du thrombus était formellement identifiée par l'examen tomodensitométrique quatre fois, et par la résonance magnétique nucléaire dans tous les cas. Tous les patients ont été opérés sous CEC à cœur battant en normothermie. Un seul décès postopératoire est survenu. La durée du séjour en réanimation a été de 4,5 jours. Cinq patients ont eu à distance une dissémination métastatique. Cinq malades ont eu une médiane de survie de 11,5 mois (de 7 à16). Un malade a subi une métastasectomie pulmonaire 6 mois après la néphrectomie. L'exérèse des thrombi atrio-caves a été facilitée par la CEC avec une mortalité et une morbidité postopératoires acceptables mais les résultats à distance ont été décevants. Cette intervention ne peut être proposée qu'aux patients n'ayant aucune extension locorégionale et générale décelable, ce qui souligne l'importance des examens morphologiques préopératoires. PMID:25995777

  1. Les carcinomes epidermoïdes du scrotum: à propos de 7 cas avec revue de la litterature

    PubMed Central

    Halfya, Ayoub; Elmortaji, Khalid; Redouane, Rabii; fethi, Meziane; Rafik, Amine; Mohamed, Ezzoubi; Abdessamad, Chlihi

    2015-01-01

    Quoique rare le carcinome épidermoïde du scrotum a un mauvais pronostic. Les Carcinomes du scrotum induite et - liées au travail sont moins fréquentes en raison d'une meilleure hygiène, vêtements de protection, et la sensibilisation de la cancérogénicité des huiles industrielles. L’épidémie à l'HPV a induit une augmentation de l'incidence. Le traitement de dépend toujours exérèse locale de la lésion primaire. La radiothérapie a peu de bénéfice thérapeutique dans le traitement d'un carcinome épidermoïde du scrotum. La bléomycine peut être utile comme traitement adjuvant pour les maladies ilio-inguinal généralisée avant la tentative exérèse, même si cela n'a pas encore été prouvé. Entre janvier 2011 au 1er janvier 2013, 7 patients atteints de carcinome épidermoïde ont été pris en charge, Trois patients ont présenté une localisation ganglionnaire. Les sept patients ont eu un traitement chirurgical par exérèse large avec reconstruction, Deux patients ont été adressé pour chimiothérapie.2 patients ont présenté une récidive, dont un est décédé. PMID:26113906

  2. Le naevus bleu cellulaire atypique du poignet: à propos d'un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Boussakri, Hassan; Roux, Jean Luc; Durand, Luc; Elibrahimi, Abdelhalim; Elmrini, Abdelmajid

    2014-01-01

    Le naevus bleu cellulaire atypique est une entité pathologique rare et sa localisation au niveau du poignet est exceptionnelle. Il est Considéré comme une Variante à des caractéristiques intermédiaires entre le naevus bleu cellulaire typique et le naevus bleu malin, dont l’évolution est incertaine. Le but de notre travail est d'attirer l'attention sur cette variété lésionnelle rare et de discuter les diagnostiques différentiels, ainsi que décrire les aspects histologique et les options thérapeutiques possibles. PMID:25426206

  3. Accouchement gémellaire différé: à propos de deux cas observés à la maternité du Centre Hospitalier de Creil

    PubMed Central

    Ndoua, Claude Cyrille Noa; Fattouh, Meyssam; Mirdat, Shamsa; Kemfang, Jean Dupont; Kasia, Jean Marie; Pace, Christophe Di

    2014-01-01

    L'accouchement gémellaire différé définit un accouchement en deux ou plusieurs temps, avec l'expulsion spontanée d'un premier fœtus au deuxième ou au troisième trimestre, et un prolongement de la grossesse pour obtenir un accouchement du ou des fœtus restants en gestation le plus proche possible du terme. Cette technique est mise en œuvre, en cas de grossesse gémellaire pour prévenir la prématurité du fœtus restant après l'expulsion très prématurée d'un premier fœtus. Nous rapportons deux cas observés à la maternité du Centre Hospitalier de Creil avec des latences respectives de 3 et 52 jours pour lesquels nous discutons la prise en charge. PMID:25722777

  4. Résultats radio-anatomiques des prothèses totales du genou (à propos de 30 cas)

    PubMed Central

    El Abdi, Monsef; Ouedraogo, Sidi Lamine; Bassinga, Jonathan; Jaafar, Abdelouahab

    2015-01-01

    La prothèse totale du genou correspond au remplacement prothétique de l'ensemble des compartiments fémoro-tibiaux et fémoro-patellaires. Ce travail est une étude rétrospective portant sur 26 patients pour un total de 30 PTG réalisées dans le service de chirurgie traumatologique et orthopédique de l'hôpital militaire d'instruction Mohammed V de janvier 2010 à décembre 2013 afin d’évaluer les résultats radio-anatomiques à l'aide d'un bilan radiologique « conventionnel » explorant le genou prothèsé dans les trois plans de l'espace et ainsi faire une comparaison avec les séries de la littérature. PMID:26301018

  5. Une étude cas-témoins pour déterminer les facteurs de non-observance du suivi médical chez les patients diabétiques à Kinshasa, en 2010

    PubMed Central

    Mense, Kennedy; Mapatano, Mala Ali; Mutombo, Paulin Beya; Muyer, Marie Claire

    2014-01-01

    Introduction Le diabète est un problème majeur de santé publique et un fardeau économique mondial qui n’épargne pas la RD-Congo. Bien que sa prise en charge soit codifiée, la plupart des diabétiques n'arrivent pas à respecter les rendez-vous de suivi. Cette étude vise principalement à identifier les déterminants de la non-observance du suivi médical chez les diabétiques à Kinshasa. Méthodes Il s'agit d'une étude cas-témoins où les cas sont les patients diabétiques non observant le suivi médical et les témoins, ceux répondant régulièrement au suivi médical. Couvrant la période du 1erjanvier au 31 décembre 2010, l’étude a porté sur un échantillon aléatoire de 154 sujets répartis entre 77 cas et 77 témoins. Résultats Les données indiquent une association entre la non-observance du suivi médical et le revenu (niveau de vie) des ménages. Les cas provenant des ménages à faible revenu courent six fois plus le risque d’être non-observants. Par contre, entre le niveau de connaissance et la non-observance l'association notée n’était pas statistiquement significative. Le respect des rendez-vous pourrait être amélioré de 77% si le revenu des ménages des diabétiques était augmenté. Le coût total mensuel du suivi médical est estimé à 27,2 USD, alors que le revenu permanant des ménages se situe à 306,6 USD. Conclusion Le bas niveau de vie mais pas celui de l'ignorance est un déterminant de la non-observance des visites de suivi du malade diabétique. PMID:25309658

  6. Targeted Mutagenesis, Precise Gene Editing, and Site-Specific Gene Insertion in Maize Using Cas9 and Guide RNA[OPEN

    PubMed Central

    Schwartz, Christine; Gao, Huirong; Falco, S. Carl; Cigan, A. Mark

    2015-01-01

    Targeted mutagenesis, editing of endogenous maize (Zea mays) genes, and site-specific insertion of a trait gene using clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated (Cas)-guide RNA technology are reported in maize. DNA vectors expressing maize codon-optimized Streptococcus pyogenes Cas9 endonuclease and single guide RNAs were cointroduced with or without DNA repair templates into maize immature embryos by biolistic transformation targeting five different genomic regions: upstream of the liguleless1 (LIG1) gene, male fertility genes (Ms26 and Ms45), and acetolactate synthase (ALS) genes (ALS1 and ALS2). Mutations were subsequently identified at all sites targeted, and plants containing biallelic multiplex mutations at LIG1, Ms26, and Ms45 were recovered. Biolistic delivery of guide RNAs (as RNA molecules) directly into immature embryo cells containing preintegrated Cas9 also resulted in targeted mutations. Editing the ALS2 gene using either single-stranded oligonucleotides or double-stranded DNA vectors as repair templates yielded chlorsulfuron-resistant plants. Double-strand breaks generated by RNA-guided Cas9 endonuclease also stimulated insertion of a trait gene at a site near LIG1 by homology-directed repair. Progeny showed expected Mendelian segregation of mutations, edits, and targeted gene insertions. The examples reported in this study demonstrate the utility of Cas9-guide RNA technology as a plant genome editing tool to enhance plant breeding and crop research needed to meet growing agriculture demands of the future. PMID:26269544

  7. World heritage site - Bien du Patrimoine Mondial - Kluane/Wrangell-St. Elias/Glacier Bay/Tatshenshini-Alsek

    USGS Publications Warehouse

    Labay, Keith A.; Wilson, Frederic H.

    2004-01-01

    The four parks depicted on this map make up a single World Heritage Site that covers 24.3 million acres. Together, they comprise the largest internationally protected land-based ecosystem on the planet. The United Nations Educational, Scientific and Cultural Organization (UNESCO) established the World Heritage Program in 1972 for the identification and protection of the world?s irreplaceable natural and cultural resources. World Heritage Sites are important as storehouses of memory and evolution, as anchors for sustainable tourism and community, and as laboratories for the study and understanding of the earth and culture. This World Heritage Site protects the prominent mountain ranges of Kluane, Wrangell, Saint Elias, and Chugach. It includes many of the tallest peaks on the continent, the world's largest non-polar icefield, extensive glaciers, vital watersheds, and expanses of dramatic wilderness. [Les quatre parcs figurant sur cette carte ne constituent qu?un seul site du patrimoine mondial recouvrant plus de 99 millions de km2, ce qui en fait le plus grand ecosysteme terrestre protege par loi internationale. En 1972, L?UNESCO (l?organisation des Nations Unies pour les sciences, l'education et la culture) a etabli le programme du patrimoine mondial afin d?identifier et de proteger les ressources naturelles et culturelles irremplacables de notre plan?te. Si les sites du patrimoine mondial sont si importants c'est parce qu'ils representent a la fois des livres ouverts sur l?histoire de la Terre, le point de depart du tourisme durable et du developpement des collectivites, des laboratoires pour etudier et comprendre la nature et la culture. Ce site du patrimoine mondial assure la protection des chaines de montagnes de Kluane, Wrangell, Saint Elias, et Chugach. On y trouve plusieurs des plus hauts sommets du continent, le plus grand champ de glace non-polaire du monde, d?immenses glaciers, des bassins hydrologiques essentiels, et de la nature sauvage a perte de vue.

  8. Corrective Action Decision Document/Closure Report for Corrective Action Unit 485: Cactus Spring Ranch Pu and DU Site, Tonopah Test Range, Nevada

    SciTech Connect

    US Department of Energy Nevada Operations Office

    1998-09-18

    This Corrective Action Decision Document/Closure Report (CADD/CR) has been prepared for Corrective Action Unit (CAU) 485: Cactus Spring Ranch Plutonium (Pu) and Depleted Uranium (DU) Site, in accordance with the Federal Facility Agreement and Consent Order. Located at the Cactus Spring Ranch on the Tonopah Test Range, Nevada, CAU 485 consists of Corrective Action Site (CAS) TA-39-001-TAGR. This CADD/CR identifies and rationalizes the U.S. Department of Energy, Nevada Operations Office's recommendation that no corrective action is deemed necessary for CAU 485. The Corrective Action Decision Document and Closure Report have been combined into one report because sample data collected during the preliminary assessment investigation (PAI) performed in January and February 1998 showed no evidence of contamination at the site. In the past, this CAU included holding pens which housed sheep and burros used to test inhalation uptake from atmospheric releases of Pu and DU, and the animals were sacrificed after the tests. Specifically, the investigation focused on data to determine: if surface activities of alpha, beta, and gamma-emitting radionuclides were present; if potential contaminants of concern (COCs) such as Pu and DU were present; and if plutonium was present in the soil and dung at levels significantly above background levels. Investigation results concluded that surface radiological activities of alpha, beta, and gamma-emitting radionuclides were within range of typical background levels. Evaluation of process knowledge determined plutonium to be the only potential COC, but soil and dung samples tested were not positive for plutonium-238 and only two samples had positive concentrations of plutonium 239/240 (subsequent plutonium alpha spectroscopy results demonstrated that there was no plutonium contamination in the Cactus Spring surface soil or dung). Therefore, the DOE/NV recommended that no corrective action was required at CAU 485; further, no Corrective Action

  9. La radiothérapie du cancer de l'endomètre: expérience de l'institut national d'oncologie à propos de 52 cas

    PubMed Central

    Mezouri, Imane; Berhili, Soufiane; Mouhajir, Nawal; Bellefqih, Sara; Elkacemi, Hanan; Kebdani, Tayeb; Benjaafar, Noureddine

    2016-01-01

    Le cancer de l'endomètre est le cancer gynécologique le plus fréquent en occident. Il concerne principalement les femmes ménopausées. L'objectif de notre travail est de rapporter l'expérience du service de radiothérapie à l'Institut National d'Oncologie (INO) dans la prise en charge du cancer de l'endomètre. Nous avons analysé rétrospectivement 52 cas de cancer de l'endomètre traités dans le service de radiothérapie de l'INO entre 2007 à 2009. Les données collectées à partir des dossiers médicaux de nos patientes concernaient les aspects épidémiologiques, cliniques, thérapeutiques et évolutifs de ce cancer. La médiane d’âge des patientes était de 57 ans, 87% étaient ménopausées. Le délai moyen de consultation était de six mois. Le maitre symptôme était des métrorragies chez 51 patientes. Le diagnostic histologique a été porté sur un curetage biopsique de l'endomètre dans 51% des cas. L'examen anatomopathologique a montré un adénocarcinome endométrioïde dans 92% des cas. Après le bilan, 27% des patientes étaient stade I, 30% stade II, 20% stade III et 1% stade IVA selon la classification de la Fédération Internationale de Gynécologie Obstétrique (FIGO). Après la chirurgie, 51% des patientes ont reçu une radiothérapie externe. La dose délivrée était de 46 Gray (Gy). Une curiethérapie du fond vaginal a été délivrée chez toutes les patientes. Sur le plan évolutif, 83% des patientes étaient toujours suivies en situation de bon contrôle de leur maladie, 8% ont eu une récidive locorégionale et 4% avaient des métastases à distance. Ainsi, le cancer de l'endomètre est un cancer dont le traitement repose sur la chirurgie. La radiothérapie est le traitement adjuvant principal. PMID:27279969

  10. Integrative Analysis of CRISPR/Cas9 Target Sites in the Human HBB Gene.

    PubMed

    Luo, Yumei; Zhu, Detu; Zhang, Zhizhuo; Chen, Yaoyong; Sun, Xiaofang

    2015-01-01

    Recently, the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) system has emerged as a powerful customizable artificial nuclease to facilitate precise genetic correction for tissue regeneration and isogenic disease modeling. However, previous studies reported substantial off-target activities of CRISPR system in human cells, and the enormous putative off-target sites are labor-intensive to be validated experimentally, thus motivating bioinformatics methods for rational design of CRISPR system and prediction of its potential off-target effects. Here, we describe an integrative analytical process to identify specific CRISPR target sites in the human β-globin gene (HBB) and predict their off-target effects. Our method includes off-target analysis in both coding and noncoding regions, which was neglected by previous studies. It was found that the CRISPR target sites in the introns have fewer off-target sites in the coding regions than those in the exons. Remarkably, target sites containing certain transcriptional factor motif have enriched binding sites of relevant transcriptional factor in their off-target sets. We also found that the intron sites have fewer SNPs, which leads to less variation of CRISPR efficiency in different individuals during clinical applications. Our studies provide a standard analytical procedure to select specific CRISPR targets for genetic correction. PMID:25918715

  11. Integrative Analysis of CRISPR/Cas9 Target Sites in the Human HBB Gene

    PubMed Central

    Luo, Yumei; Zhang, Zhizhuo; Chen, Yaoyong; Sun, Xiaofang

    2015-01-01

    Recently, the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) system has emerged as a powerful customizable artificial nuclease to facilitate precise genetic correction for tissue regeneration and isogenic disease modeling. However, previous studies reported substantial off-target activities of CRISPR system in human cells, and the enormous putative off-target sites are labor-intensive to be validated experimentally, thus motivating bioinformatics methods for rational design of CRISPR system and prediction of its potential off-target effects. Here, we describe an integrative analytical process to identify specific CRISPR target sites in the human β-globin gene (HBB) and predict their off-target effects. Our method includes off-target analysis in both coding and noncoding regions, which was neglected by previous studies. It was found that the CRISPR target sites in the introns have fewer off-target sites in the coding regions than those in the exons. Remarkably, target sites containing certain transcriptional factor motif have enriched binding sites of relevant transcriptional factor in their off-target sets. We also found that the intron sites have fewer SNPs, which leads to less variation of CRISPR efficiency in different individuals during clinical applications. Our studies provide a standard analytical procedure to select specific CRISPR targets for genetic correction. PMID:25918715

  12. Scalable and versatile genome editing using linear DNAs with microhomology to Cas9 Sites in Caenorhabditis elegans.

    PubMed

    Paix, Alexandre; Wang, Yuemeng; Smith, Harold E; Lee, Chih-Yung S; Calidas, Deepika; Lu, Tu; Smith, Jarrett; Schmidt, Helen; Krause, Michael W; Seydoux, Geraldine

    2014-12-01

    Homology-directed repair (HDR) of double-strand DNA breaks is a promising method for genome editing, but is thought to be less efficient than error-prone nonhomologous end joining in most cell types. We have investigated HDR of double-strand breaks induced by CRISPR-associated protein 9 (Cas9) in Caenorhabditis elegans. We find that HDR is very robust in the C. elegans germline. Linear repair templates with short (∼30-60 bases) homology arms support the integration of base and gene-sized edits with high efficiency, bypassing the need for selection. Based on these findings, we developed a systematic method to mutate, tag, or delete any gene in the C. elegans genome without the use of co-integrated markers or long homology arms. We generated 23 unique edits at 11 genes, including premature stops, whole-gene deletions, and protein fusions to antigenic peptides and GFP. Whole-genome sequencing of five edited strains revealed the presence of passenger variants, but no mutations at predicted off-target sites. The method is scalable for multi-gene editing projects and could be applied to other animals with an accessible germline. PMID:25249454

  13. Scalable and Versatile Genome Editing Using Linear DNAs with Microhomology to Cas9 Sites in Caenorhabditis elegans

    PubMed Central

    Paix, Alexandre; Wang, Yuemeng; Smith, Harold E.; Lee, Chih-Yung S.; Calidas, Deepika; Lu, Tu; Smith, Jarrett; Schmidt, Helen; Krause, Michael W.; Seydoux, Geraldine

    2014-01-01

    Homology-directed repair (HDR) of double-strand DNA breaks is a promising method for genome editing, but is thought to be less efficient than error-prone nonhomologous end joining in most cell types. We have investigated HDR of double-strand breaks induced by CRISPR-associated protein 9 (Cas9) in Caenorhabditis elegans. We find that HDR is very robust in the C. elegans germline. Linear repair templates with short (∼30–60 bases) homology arms support the integration of base and gene-sized edits with high efficiency, bypassing the need for selection. Based on these findings, we developed a systematic method to mutate, tag, or delete any gene in the C. elegans genome without the use of co-integrated markers or long homology arms. We generated 23 unique edits at 11 genes, including premature stops, whole-gene deletions, and protein fusions to antigenic peptides and GFP. Whole-genome sequencing of five edited strains revealed the presence of passenger variants, but no mutations at predicted off-target sites. The method is scalable for multi-gene editing projects and could be applied to other animals with an accessible germline. PMID:25249454

  14. Carcinome à cellule vitreuse du col de l'utérus: à propos d'un cas et revue de littérature

    PubMed Central

    Hakimi, Ihssane; Zazi, Abdelghani; Chahdi, Hafsa; Guelzim, Khalid; Kouach, Jaouad; Babahabib, Myabdellah; Elhassani, Myehdi; Rahali, Driss Moussaoui; Dehayni, Mohammed

    2015-01-01

    Le carcinome à cellule vitreuse du col de l'utérus est un type de histologique rare de cancer du col de l'utérus qui survient à un âge plus jeune, et s'associe au risque élevé d’échec thérapeutique et le pronostic est plus mauvais en comparaison au type cellulaire squameux. La radiothérapie est associée au risque diminué de récidive. Le but de cette étude est de récapituler à travers d'une observation et une revue de littérature les données sur l'incidence, le comportement clinique et la survie globale de patients avec le carcinome à cellule vitreuse du col de l'utérus. PMID:26664556

  15. Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan for Corrective Action Unit 484: Surface Debris, Waste Sites, and Burn Area, Tonopah Test Range, Nevada

    SciTech Connect

    Bechel Nevada

    2004-05-01

    This Streamlined Approach for Environmental Restoration plan details the activities necessary to close Corrective Action Unit (CAU) 484: Surface Debris, Waste Sites, and Burn Area (Tonopah Test Range). CAU 484 consists of sites located at the Tonopah Test Range, Nevada, and is currently listed in Appendix III of the Federal Facility Agreement and Consent Order. CAU 484 consists of the following six Corrective Action Sites: (1) CAS RG-52-007-TAML, Davis Gun Penetrator Test; (2) CAS TA-52-001-TANL, NEDS Detonation Area; (3) CAS TA-52-004-TAAL, Metal Particle Dispersion Test; (4) CAS TA-52-005-TAAL, Joint Test Assembly DU Sites; (5) CAS TA-52-006-TAPL, Depleted Uranium Site; and (6) CAS TA-54-001-TANL, Containment Tank and Steel Structure

  16. Luxation latente isolée du scaphoïde carpien chez l'enfant: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Nader, Youssef; Koulali, Khalid Idrissi

    2015-01-01

    La luxation isolé du scaphoïde carpien est une lésion rare en particulier chez l'enfant, passant d'autant plus facilement inaperçue que le squelette du carpe est moins ossifié, dans cette observation ici rapportée, ou le diagnostic fut tardif, L'I.R.M. permet de reconnaitre la lésion, traitée par réduction chirurgicale que les auteurs considèrent essentielle même distance de la lésion. PMID:26113918

  17. Efficient CRISPR/Cas9-mediated biallelic gene disruption and site-specific knockin after rapid selection of highly active sgRNAs in pigs

    PubMed Central

    Wang, Xianlong; Zhou, Jinwei; Cao, Chunwei; Huang, Jiaojiao; Hai, Tang; Wang, Yanfang; Zheng, Qiantao; Zhang, Hongyong; Qin, Guosong; Miao, Xiangnan; Wang, Hongmei; Cao, Suizhong; Zhou, Qi; Zhao, Jianguo

    2015-01-01

    Genetic engineering in livestock was greatly enhanced by the emergence of clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated 9 (Cas9), which can be programmed with a single-guide RNA (sgRNA) to generate site-specific DNA breaks. However, the uncertainties caused by wide variations in sgRNA activity impede the utility of this system in generating genetically modified pigs. Here, we described a single blastocyst genotyping system to provide a simple and rapid solution to evaluate and compare the sgRNA efficiency at inducing indel mutations for a given gene locus. Assessment of sgRNA mutagenesis efficiencies can be achieved within 10 days from the design of the sgRNA. The most effective sgRNA selected by this system was successfully used to induce site-specific insertion through homology-directed repair at a frequency exceeding 13%. Additionally, the highly efficient gene deletion via the selected sgRNA was confirmed in pig fibroblast cells, which could serve as donor cells for somatic cell nuclear transfer. We further showed that direct cytoplasmic injection of Cas9 mRNA and the favorable sgRNA into zygotes could generate biallelic knockout piglets with an efficiency of up to 100%. Thus, our method considerably reduces the uncertainties and expands the practical possibilities of CRISPR/Cas9-mediated genome engineering in pigs. PMID:26293209

  18. Profil de l'hémogramme chez les enfants paludéens de 0 à 5 ans sous quinine, cas de la République Démocratique du Congo

    PubMed Central

    Kabamba, Arsène Tshikongo; Lukumwena, Zet Kalala; Longanga, Albert Otshudi

    2014-01-01

    Le paludisme constitue un des problèmes de santé publique majeur en République Démocratique du Congo (RDC) à cause d'une part des risques d’épidémies dans certaines zones du pays et d'autre part à cause du nombre des malades et des décès qu'il provoque. Cette étude expose les aspects hématologiques liés à la prise de la quinine au cours du paludisme grave chez l'enfant. Pour ce faire, les prises de sang ont été effectuées à deux groupes d'enfants, dans différents centres hospitaliers de Lubumbashi: le premier groupe est constitué d'enfants gravement impaludés et sous traitement à la quinine; tandis que le second groupe, composé d'enfants impaludés aussi mais sans traitement à la quinine et sert de groupe témoin. Ces prélèvements ont été analysés pour une exploration de l'hémogramme par un dosage sérique des paramètres hématologiques ci-après: les globules rouges, l'hémoglobine, l'hématocrite et le volume globulaire moyen. Les résultats obtenus montrent une différence statistiquement significative entre les deux groupes d'enfants examinés. En effet, dans la majorité des cas, une augmentation des taux plasmatiques des paramètres hématologiques analysés a été observée dans le groupe d'enfants impaludés sous traitement à la quinine, traduisant ainsi l'apport de la quinine sur la stabilisation de l'hémogramme au cours d'un paludisme grave chez l'enfant de moins de cinq ans. PMID:25722768

  19. Fréquence, implication clinique et valeur pronostique de la lymphopénie au cours du lupus érythémateux systémique: étude cas témoin

    PubMed Central

    Ha-ou-nou, Fatima Zahra; Essaadouni, Lamiaa

    2015-01-01

    Le lupus érythémateux systémique (LES) est une maladie auto-immune dotée d'un grand polymorphisme clinique et caractérisée par la production d'une grande variété d'autoanticorps. Sa définition repose sur les critères de l'ACR dont fait partie la lymphopénie. Afin de déterminer s'il existe une corrélation entre la présence de la lymphopénie d'une part et les manifestations cliniques, immunologiques et l'activité du lupus érythémateux systémique d'autre part, nous avons réalisé une étude rétrospective, comparative portant sur 148 cas de LES colligés dans un service de médecine interne entre 2006 et 2012. Ces patients ont été subdivisés en 2 groupes: Groupe 1 avec lymphopénie (taux de lymphocytes < 1500/mm3) et groupe 2 sans lymphopénie (taux de lymphocytes ≥ 1500/mm3). Les 2 groupes ont été comparés en fonction de la présentation clinique et immunologique et l'activité de la maladie mesurée par le SLEDAI (Systemic Lupus Erythematosus Disease Activity Index). L’âge moyen des patients (134 femmes et 14 hommes) était de 35,64 ans. L'atteinte hématologique était présente dans 81,1% des cas avec une lymphopénie dans 69,2% des cas. Une association statistiquement significative était notée entre la lymphopénie et l'atteinte rénale (p = 0,025), l'atteinte cardiaque (p = 0,004), l'anémie hémolytique (p = 0,020), la présence d'anticorps anti DNA (p = 0,046), le traitement par cyclophosphamide (p = 0.035) et l'activité de la maladie (p < 0,01). En revanche il n'y avait pas de corrélation entre la présence de lymphopénie et les atteintes cutanées, articulaires et neuropsychiatriques. La lymphopénie est une manifestation fréquente du lupus systémique. Notre étude a démontré que sa présence est associée à plusieurs manifestations cliniques graves dont les atteintes cardiaque et rénale. Ceci pourrait faire d'elle un outil utile dans l’évaluation du pronostic de la maladie. PMID:26401197

  20. Site-Directed Genome Knockout in Chicken Cell Line and Embryos Can Use CRISPR/Cas Gene Editing Technology

    PubMed Central

    Zuo, Qisheng; Wang, Yinjie; Cheng, Shaoze; Lian, Chao; Tang, Beibei; Wang, Fei; Lu, Zhenyu; Ji, Yanqing; Zhao, Ruifeng; Zhang, Wenhui; Jin, Kai; Song, Jiuzhou; Zhang, Yani; Li, Bichun

    2016-01-01

    The present study established an efficient genome editing approach for the construction of stable transgenic cell lines of the domestic chicken (Gallus gallus domesticus). Our objectives were to facilitate the breeding of high-yield, high-quality chicken strains, and to investigate gene function in chicken stem cells. Three guide RNA (gRNAs) were designed to knockout the C2EIP gene, and knockout efficiency was evaluated in DF-1 chicken fibroblasts and chicken ESCs using the luciferase single-strand annealing (SSA) recombination assay, T7 endonuclease I (T7EI) assay, and TA clone sequencing. In addition, the polyethylenimine-encapsulated Cas9/gRNA plasmid was injected into fresh fertilized eggs. At 4.5 d later, frozen sections of the embryos were prepared, and knockout efficiency was evaluated by the T7EI assay. SSA assay results showed that luciferase activity of the vector expressing gRNA-3 was double that of the control. Results of the T7EI assay and TA clone sequencing indicated that Cas9/gRNA vector-mediated gene knockdown efficiency was approximately 27% in both DF-1 cells and ESCs. The CRISPR/Cas9 vector was also expressed in chicken embryos, resulting in gene knockdown in three of the 20 embryos (gene knockdown efficiency 15%). Taken together, our results indicate that the CRISPR/Cas9 system can mediate stable gene knockdown at the cell and embryo levels in domestic chickens. PMID:27172204

  1. Site-Directed Genome Knockout in Chicken Cell Line and Embryos Can Use CRISPR/Cas Gene Editing Technology.

    PubMed

    Zuo, Qisheng; Wang, Yinjie; Cheng, Shaoze; Lian, Chao; Tang, Beibei; Wang, Fei; Lu, Zhenyu; Ji, Yanqing; Zhao, Ruifeng; Zhang, Wenhui; Jin, Kai; Song, Jiuzhou; Zhang, Yani; Li, Bichun

    2016-01-01

    The present study established an efficient genome editing approach for the construction of stable transgenic cell lines of the domestic chicken (Gallus gallus domesticus). Our objectives were to facilitate the breeding of high-yield, high-quality chicken strains, and to investigate gene function in chicken stem cells. Three guide RNA (gRNAs) were designed to knockout the C2EIP gene, and knockout efficiency was evaluated in DF-1 chicken fibroblasts and chicken ESCs using the luciferase single-strand annealing (SSA) recombination assay, T7 endonuclease I (T7EI) assay, and TA clone sequencing. In addition, the polyethylenimine-encapsulated Cas9/gRNA plasmid was injected into fresh fertilized eggs. At 4.5 d later, frozen sections of the embryos were prepared, and knockout efficiency was evaluated by the T7EI assay. SSA assay results showed that luciferase activity of the vector expressing gRNA-3 was double that of the control. Results of the T7EI assay and TA clone sequencing indicated that Cas9/gRNA vector-mediated gene knockdown efficiency was approximately 27% in both DF-1 cells and ESCs. The CRISPR/Cas9 vector was also expressed in chicken embryos, resulting in gene knockdown in three of the 20 embryos (gene knockdown efficiency 15%). Taken together, our results indicate that the CRISPR/Cas9 system can mediate stable gene knockdown at the cell and embryo levels in domestic chickens. PMID:27172204

  2. Tumeur brune du maxillaire révélatrice d'hyperparathyroidie primaire: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Malika, Fassih; Taali, Loubna; Akssim, Mohamed; Reda, Abada; Rouadi, Sami; Mahtar, Mohamed; Roubal, Mohamed; Essaadi, Mustapha; Kadiri, Mohamed Fatmi El

    2013-01-01

    Les tumeurs brunes sont des lésions ostéolytiques rarement révélatrices des hyperparathyroïdies. Elles surviennent habituellement au stade terminal de l'hyperparathyroïdie primaire ou secondaire. Durant les 3 dernières décennies, le diagnostic des hyperparathyroïdies est le plus souvent fait à la phase asymptomatique grâce aux dosages systématiques du calcium et l'avènement des nouvelles techniques, de dosage de la parathormone. Nous rapportons l'observation d'une patiente avec hyperparathyroïdie primaire révélée par une tumeur du maxillaire, dont la TDM avait mis en évidence un processus ostéolytique agressif. L'intervention chirurgicale a consisté en une maxillectomie droite avec reconstruction. Le résultat anatomo-pathologique a conclu en une tumeur à cellule géantes bénigne du maxillaire. Le diagnostic de tumeur brune a été évoqué et confirmé après la réalisation d'un bilan phosphocalcique qui a mis en évidence une hypercalcémie, avec une hypophosphorémie. La recherche étiologique a objectivé à la TDM cervicale un processus en situation rétro et infra thyroïdienne droite en faveur d'un adénome parathyroïdien. Le dosage de la parathormone: 322 pmol/L a confirmé le diagnostic. Nous rappelons à travers cette observation la difficulté d’établir un diagnostic correct chez les patients avec un processus ostéolytique du maxillaire et la nécessité de rechercher une hyperparathyroïdie devant une lésion à cellules géantes vue le caractère insidieux de cette endocrinopathie. PMID:23503933

  3. Exploiting CRISPR/Cas systems for biotechnology

    PubMed Central

    Sampson, Timothy R.; Weiss, David S.

    2015-01-01

    The Cas9 endonuclease is the central component of the Type II CRISPR/Cas system, a prokaryotic adaptive restriction system against invading nucleic acids, such as those originating from bacteriophages and plasmids. Recently, this RNA-directed DNA endonuclease has been harnessed to target DNA sequences of interest. Here, we review the development of Cas9 as an important tool to not only edit the genomes of a number of different prokaryotic and eukaryotic species, but also as an efficient system for site-specific transcriptional repression or activation. Additionally, a specific Cas9 protein has been observed to target an RNA substrate, suggesting that Cas9 may have the ability to be programmed to target RNA as well. Cas proteins from other CRISPR/Cas subtypes may also be exploited in this regard. Thus, CRISPR/Cas systems represent an effective and versatile biotechnological tool, which will have significant impact on future advancements in genome engineering. PMID:24323919

  4. A quantitative analysis of naiad mollusks from the Prairie du Chien, Wisconsin dredge material site on the Mississippi River

    USGS Publications Warehouse

    Havlik, M.E.; Marking, L.L.

    1980-01-01

    The Prairie du Chien dredge material site contains about 100,000 cubic meters of material dredged from the East Channel of the Mississippi Riverin1976. Previous studies in that area suggested a rich molluscan fauna, but most studies were only qualitative or simply observations. Our study of this material was designed to determine the density and diversity of molluscan fauna, to assess changes in the fauna, to identify endemic species previously unreported, and to evaluate the status of the endangered Lampsilis higginsi. Ten cubic meters of dredge material were sieved to recover shells. Molluscan fauna at the site contained38 species of naiades and up to 1,737 identifiable valves per cubic meter. The endangered L. higginsi ranked18th In occurrence, accounted for only 0.52% of the identifiable shells, and averaged about three valves per cubic meter. From a total of 813 kg of naiades and gastropods, 6,339 naiad valves were identified. Five naiad species were collected at the site for the first time, and Eploblasma triquetra had not been reported previously in the Prairie du Chien area. Although the molluscan fauna has changed, the East Channel at Prairie du Chien is obviously suitable for L. higginsi.

  5. Diagnostic et traitement de la Maladie du charbon à localisation palpébrale: à propos d'un cas et revue de littérature

    PubMed Central

    Hafidi, Zouheir; Handor, Hanan; Laghmari, Mina; Handor, Najat; Cherkaoui, Lalla Ouafae; Tachfouti, Samira; Seffar, Myriame; Daoudi, Rajae

    2013-01-01

    L′anthrax est une zoonose causée par le Bacillus anthracis. les humains contractent généralement cette maladie dans des régions endémiques, par contact direct avec des animaux infectés ou avec leurs produits contaminés. Les localisations palpébrales sont rares dans la pratique clinique et posent des problèmes de diagnostic différentiel. Les auteurs rapportent l'observation d'un patient admis dans un tableau de cellulite préseptale, avec escarre noirâtre étendue de la paupière supérieure et œdème extensif de l′hémiface, faisant suspecter une localisation palpébrale de la maladie du charbon. L'examen bactériologique a permis de confirmer le diagnostic. Le patient a bénéficié d′une antibiothérapie à base de pénicilline G avec une bonne évolution. PMID:24171070

  6. Expanding CRISPR/Cas9 Genome Editing Capacity in Zebrafish Using SaCas9

    PubMed Central

    Feng, Yan; Chen, Cheng; Han, Yuxiang; Chen, Zelin; Lu, Xiaochan; Liang, Fang; Li, Song; Qin, Wei; Lin, Shuo

    2016-01-01

    The type II CRISPR/Cas9 system has been used widely for genome editing in zebrafish. However, the requirement for the 5′-NGG-3′ protospacer-adjacent motif (PAM) of Cas9 from Streptococcus pyogenes (SpCas9) limits its targeting sequences. Here, we report that a Cas9 ortholog from Staphylococcus aureus (SaCas9), and its KKH variant, successfully induced targeted mutagenesis with high frequency in zebrafish. Confirming previous findings, the SpCas9 variant, VQR, can also induce targeted mutations in zebrafish. Bioinformatics analysis of these new Cas targets suggests that the number of available target sites in the zebrafish genome can be greatly expanded. Collectively, the expanded target repertoire of Cas9 in zebrafish should further facilitate the utility of this organism for genetic studies of vertebrate biology. PMID:27317783

  7. Expanding CRISPR/Cas9 Genome Editing Capacity in Zebrafish Using SaCas9.

    PubMed

    Feng, Yan; Chen, Cheng; Han, Yuxiang; Chen, Zelin; Lu, Xiaochan; Liang, Fang; Li, Song; Qin, Wei; Lin, Shuo

    2016-01-01

    The type II CRISPR/Cas9 system has been used widely for genome editing in zebrafish. However, the requirement for the 5'-NGG-3' protospacer-adjacent motif (PAM) of Cas9 from Streptococcus pyogenes (SpCas9) limits its targeting sequences. Here, we report that a Cas9 ortholog from Staphylococcus aureus (SaCas9), and its KKH variant, successfully induced targeted mutagenesis with high frequency in zebrafish. Confirming previous findings, the SpCas9 variant, VQR, can also induce targeted mutations in zebrafish. Bioinformatics analysis of these new Cas targets suggests that the number of available target sites in the zebrafish genome can be greatly expanded. Collectively, the expanded target repertoire of Cas9 in zebrafish should further facilitate the utility of this organism for genetic studies of vertebrate biology. PMID:27317783

  8. Analyse des facteurs histo-pronostiques du cancer du rectum non métastatique dans une série ouest Algérienne de 58 cas au CHU-Tlemcen

    PubMed Central

    Mesli, Smain Nabil; Regagba, Derbali; Tidjane, Anisse; Benkalfat, Mokhtar; Abi-Ayad, Chakib

    2016-01-01

    Introduction L'objectif de notre travail est d'analyser les facteurs histo-pronostiques des cancers du rectum non métastatique opérés au service de chirurgie «A» de Tlemcen à ouest Algérien durant une période de six ans. Méthodes Etude rétrospective de 58 patients qui avait un adénocarcinome rectal. Le critère de jugement était la survie. Les paramètres étudiés, le sexe, l’âge, stade tumoral, et les récidives tumorales. Résultats L’âge moyen était de 58 ans. Avec 52% d'hommes contre 48% femmes avec sex-ratio (1,08). Le siège tumoral était: moyen rectum avec 41,37%, 34,48% au bas rectum et dans 24,13% au haut rectum. La classification TNM avec 17,65% au stade I, 18,61% au stade II, 53, 44% au stade III et 7,84% au stade IV. La survie médiane globale était de 40 mois ±2,937 mois. La survie en fonction du stade tumoral, le stade III et IV avait un faible taux de survie (19%) a 3 ans contre le stade I, II avait un taux de survie de (75%) (P = 0,000) (IC 95%). Les patients avec récidives tumorales avaient un taux de survie faible à 3 ans par rapport à ceux n'ayant pas eu de récidive (30,85% Vs 64,30% P = 0,043). Conclusion Dans cette série, l’étude uni varié des différents facteurs pronostiques conditionnant la survie n'a permis de retenir que trois facteurs influençant la survie, à savoir la taille tumorale, le stade, et les récidives tumorales. En analyse multi variée en utilisant le modèle Cox un seul facteur été retenu la récidive tumorale.

  9. CRISPR/Cas9-Mediated Insertion of loxP Sites in the Mouse Dock7 Gene Provides an Effective Alternative to Use of Targeted Embryonic Stem Cells

    PubMed Central

    Bishop, Kathleen A.; Harrington, Anne; Kouranova, Evguenia; Weinstein, Edward J.; Rosen, Clifford J.; Cui, Xiaoxia; Liaw, Lucy

    2016-01-01

    Targeted gene mutation in the mouse is a primary strategy to understand gene function and relation to phenotype. The Knockout Mouse Project (KOMP) had an initial goal to develop a public resource of mouse embryonic stem (ES) cell clones that carry null mutations in all genes. Indeed, many useful novel mouse models have been generated from publically accessible targeted mouse ES cell lines. However, there are limitations, including incorrect targeting or cassette structure, and difficulties with germline transmission of the allele from chimeric mice. In our experience, using a small sample of targeted ES cell clones, we were successful ∼50% of the time in generating germline transmission of a correctly targeted allele. With the advent of CRISPR/Cas9 as a mouse genome modification tool, we assessed the efficiency of creating a conditional targeted allele in one gene, dedicator of cytokinesis 7 (Dock7), for which we were unsuccessful in generating a null allele using a KOMP targeted ES cell clone. The strategy was to insert loxP sites to flank either exons 3 and 4, or exons 3 through 7. By coinjecting Cas9 mRNA, validated sgRNAs, and oligonucleotide donors into fertilized eggs from C57BL/6J mice, we obtained a variety of alleles, including mice homozygous for the null alleles mediated by nonhomologous end joining, alleles with one of the two desired loxP sites, and correctly targeted alleles with both loxP sites. We also found frequent mutations in the inserted loxP sequence, which is partly attributable to the heterogeneity in the original oligonucleotide preparation. PMID:27175020

  10. CRISPR/Cas9-Mediated Insertion of loxP Sites in the Mouse Dock7 Gene Provides an Effective Alternative to Use of Targeted Embryonic Stem Cells.

    PubMed

    Bishop, Kathleen A; Harrington, Anne; Kouranova, Evguenia; Weinstein, Edward J; Rosen, Clifford J; Cui, Xiaoxia; Liaw, Lucy

    2016-01-01

    Targeted gene mutation in the mouse is a primary strategy to understand gene function and relation to phenotype. The Knockout Mouse Project (KOMP) had an initial goal to develop a public resource of mouse embryonic stem (ES) cell clones that carry null mutations in all genes. Indeed, many useful novel mouse models have been generated from publically accessible targeted mouse ES cell lines. However, there are limitations, including incorrect targeting or cassette structure, and difficulties with germline transmission of the allele from chimeric mice. In our experience, using a small sample of targeted ES cell clones, we were successful ∼50% of the time in generating germline transmission of a correctly targeted allele. With the advent of CRISPR/Cas9 as a mouse genome modification tool, we assessed the efficiency of creating a conditional targeted allele in one gene, dedicator of cytokinesis 7 (Dock7), for which we were unsuccessful in generating a null allele using a KOMP targeted ES cell clone. The strategy was to insert loxP sites to flank either exons 3 and 4, or exons 3 through 7. By coinjecting Cas9 mRNA, validated sgRNAs, and oligonucleotide donors into fertilized eggs from C57BL/6J mice, we obtained a variety of alleles, including mice homozygous for the null alleles mediated by nonhomologous end joining, alleles with one of the two desired loxP sites, and correctly targeted alleles with both loxP sites. We also found frequent mutations in the inserted loxP sequence, which is partly attributable to the heterogeneity in the original oligonucleotide preparation. PMID:27175020

  11. Contribution de l'hydrogéomorphologie à l'évaluation du risque d'inondation : le cas du Midi méditerranéen français

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Ballais, Jean-Louis; Garry, Gérald; Masson, Marcel

    2005-09-01

    The hydrogeomorphological method for delimiting flood risk zones in France was developed some twenty years ago. It is based on a simple principle: the outer limits of a stream's flood plain constitute the outer envelope of past floods. These limits are determined with the use of aerial photographs and field surveys of micro-topography as well as analyses of deposit granulometry and colour. Indications of present or past land use (fields, location and distribution of archaeological sites, houses and farm buildings, roads) are also useful. This field-based method long remained ignored, but being reliable, easy to use and inexpensive, it has now been incorporated into the package of methods recommended by French risk-prevention plans (PPRI). The many recent catastrophes that have occurred over the past fifteen years in the Mediterranean regions of southern France demonstrated both the inadequacy of the hydrological-hydraulic method and the reliability of the hydrogeomorphological method, which can, however, be improved by setting observations for the present period against information on the more ancient Holocene evolution of flood plains. To cite this article: J.-L. Ballais et al., C. R. Geoscience 337 (2005).

  12. Cliff stability assessment using electrical resistivity tomography at the historic WWII D-Day invasion site, Pointe du Hoc, France

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Everett, M. E.; Udphuay, S.; Warden, R.

    2007-05-01

    The 1944 D-Day invasion site at Pointe du Hoc, Normandy, France is an important WWII battlefield and cultural resource but is at risk from chalk cliff collapse. The American Battle Monuments Commission tasked us to evaluate the geohazard to the observation post and other cliff-side buildings of historical significance. Geophysical multi-electrode resistivity profiling is used to study cliff stability and the condition of the observation- post foundations. Preliminary 2-D geological interpretations are provided of individual profiles. The copious steel, concrete and void spaces at the site renders hydrogeological interpretation challenging but tractable. The cliff face appears to be relatively intact and well-drained. Several routes taken by groundwater into fractures within the chalk were identified mainly on the western side of the site. The eastern side is drier and somewhat sheltered from the Atlantic storms but may contain large void spaces that could efficiently transmit groundwater flow during heavy precipitation events, thereby imperiling the major antiaircraft gun emplacement occupied by Col. Rudder in the early days of the Allied invasion. The forward German observation post perched close to the sea stack, which now hosts the U.S. Ranger memorial, may be moving with the soil and not securely anchored to bedrock. A complex failure mechanism is identified as a combination of groundwater dissolution of the fractured chalk and sea wave attack at the cliff base.

  13. Grossesse intra murale à propos d'un cas

    PubMed Central

    de Tové, Kofi-Mensa Savi; Salifou, Kabibou; Imorou, Rachidi Sidi; Biaou, Olivier; Boco, Vicentia

    2015-01-01

    La grossesse intra-murale est la variété la plus rare de grossesse extra-utérine. Il s'agit de la localisation de l’œuf dans l’épaisseur du myomètre. En cas de retard diagnostic, l’évolution peut être catastrophique avec rupture utérine et hémorragie cataclysmique. L’échographie permet dans certains cas un diagnostic pré opératoire. Les auteurs rapportent un cas survenu chez une patiente aux antécédents de curetage. PMID:26448812

  14. Engineered CRISPR-Cas9 nucleases with altered PAM specificities.

    PubMed

    Kleinstiver, Benjamin P; Prew, Michelle S; Tsai, Shengdar Q; Topkar, Ved V; Nguyen, Nhu T; Zheng, Zongli; Gonzales, Andrew P W; Li, Zhuyun; Peterson, Randall T; Yeh, Jing-Ruey Joanna; Aryee, Martin J; Joung, J Keith

    2015-07-23

    Although CRISPR-Cas9 nucleases are widely used for genome editing, the range of sequences that Cas9 can recognize is constrained by the need for a specific protospacer adjacent motif (PAM). As a result, it can often be difficult to target double-stranded breaks (DSBs) with the precision that is necessary for various genome-editing applications. The ability to engineer Cas9 derivatives with purposefully altered PAM specificities would address this limitation. Here we show that the commonly used Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) can be modified to recognize alternative PAM sequences using structural information, bacterial selection-based directed evolution, and combinatorial design. These altered PAM specificity variants enable robust editing of endogenous gene sites in zebrafish and human cells not currently targetable by wild-type SpCas9, and their genome-wide specificities are comparable to wild-type SpCas9 as judged by GUIDE-seq analysis. In addition, we identify and characterize another SpCas9 variant that exhibits improved specificity in human cells, possessing better discrimination against off-target sites with non-canonical NAG and NGA PAMs and/or mismatched spacers. We also find that two smaller-size Cas9 orthologues, Streptococcus thermophilus Cas9 (St1Cas9) and Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9), function efficiently in the bacterial selection systems and in human cells, suggesting that our engineering strategies could be extended to Cas9s from other species. Our findings provide broadly useful SpCas9 variants and, more importantly, establish the feasibility of engineering a wide range of Cas9s with altered and improved PAM specificities. PMID:26098369

  15. Engineered CRISPR-Cas9 nucleases with altered PAM specificities

    PubMed Central

    Kleinstiver, Benjamin P.; Prew, Michelle S.; Tsai, Shengdar Q.; Topkar, Ved; Nguyen, Nhu T.; Zheng, Zongli; Gonzales, Andrew P.W.; Li, Zhuyun; Peterson, Randall T.; Yeh, Jing-Ruey Joanna; Aryee, Martin J.; Joung, J. Keith

    2015-01-01

    Although CRISPR-Cas9 nucleases are widely used for genome editing1, 2, the range of sequences that Cas9 can recognize is constrained by the need for a specific protospacer adjacent motif (PAM)3–6. As a result, it can often be difficult to target double-stranded breaks (DSBs) with the precision that is necessary for various genome editing applications. The ability to engineer Cas9 derivatives with purposefully altered PAM specificities would address this limitation. Here we show that the commonly used Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) can be modified to recognize alternative PAM sequences using structural information, bacterial selection-based directed evolution, and combinatorial design. These altered PAM specificity variants enable robust editing of endogenous gene sites in zebrafish and human cells not currently targetable by wild-type SpCas9, and their genome-wide specificities are comparable to wild-type SpCas9 as judged by GUIDE-Seq analysis7. In addition, we identified and characterized another SpCas9 variant that exhibits improved specificity in human cells, possessing better discrimination against off-target sites with non-canonical NAG and NGA PAMs and/or mismatched spacers. We also found that two smaller-size Cas9 orthologues, Streptococcus thermophilus Cas9 (St1Cas9) and Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9), function efficiently in the bacterial selection systems and in human cells, suggesting that our engineering strategies could be extended to Cas9s from other species. Our findings provide broadly useful SpCas9 variants and, more importantly, establish the feasibility of engineering a wide range of Cas9s with altered and improved PAM specificities. PMID:26098369

  16. Consequences experimentales des effets des fluctuations du vide sur la fluorescence parametrique et la generation du second harmonique en milieu confine

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Robichaud, Luc

    Les fluctuations du vide, qui consistent en l'apparition momentanee de particules, ce qui est permit par le principe d'incertitude de Heisenberg, joue un role primordial dans les processus photoniques, en particulier les processus non-lineaires. Par la manipulation de ces fluctuations du vide a l'aide de confinement optique, on retrouve deux phenomenes particuliers : l'intensification de la fluorescence parametrique (Walker, 2008) et l'inhibition de la generation du second harmonique (Collette, 2013). Dans ce travail, on presente les resultats dans le cas classique ; c'est-a-dire sans fluctuations du vide et confinement. Par la suite, on presente les effets des fluctuations du vide et du confinement, ce qui mene aux deux effets mentionnes. Dans le cas de la fluorescence parametrique, le bruit quantique sur le champ interne et externe est calcule, le role du desaccord de phase dans le modele est expose et une generalisation tridimensionnelle est etudiee afin de generaliser la conception du modele d'un cas unidimensionnel a un cas tridimensionnel planaire. Dans le cas de la generation du second harmonique, les difficultes d'un modele purement tridimensionnel sont exposees et ensuite le cas limite planaire est etudie.

  17. Kyste synovial intraosseux du scaphoïde carpien bilatéral révélé par une fracture pathologique: à propos d'un cas et revu de la littérature

    PubMed Central

    Abouchane, Merouane; Belmoubarik, Amine; Benameur, Hamza; Nechad, Mohammed

    2015-01-01

    Nous rapportons l'observation d'un jeune patient qui présente un kyste synovial intraosseux (KSIO) du scaphoïde révélé par une fracture pathologique. Le kyste synovial intraosseux du scaphoïde constitue une étiologie très rare des douleurs du poignet encore plus des fractures et la forme bilatérale associe à une fracture demeure une entité exceptionnelle, non décrite dans la littérature. PMID:26587163

  18. Lignes directrices sur l’aiguillage des cas soupçonnés de cancer du poumon par un médecin de famille ou autre professionnel des soins primaires

    PubMed Central

    Del Giudice, M. Elisabeth; Young, Sheila-Mae; Vella, Emily T.; Ash, Marla; Bansal, Praveen; Robinson, Andrew; Skrastins, Roland; Ung, Yee; Zeldin, Robert; Levitt, Cheryl

    2014-01-01

    Résumé Objectif Les présentes lignes directrices visent à aider les médecins de famille et autres généralistes à reconnaître les manifestations cliniques devant éveiller les soupçons quant à la présence d’un cancer du poumon chez les patients. Composition du comité Les membres du comité ont été choisis parmi les leaders régionaux en soins primaires du Réseau provincial des soins primaires et de la lutte contre le cancer d’Action Cancer Ontario et parmi les membres du Groupe sur le siège de la maladie, Cancer du poumon d’Action Cancer Ontario. Méthodes Les présentes lignes directrices sont le fruit d’une revue systématique des données probantes, d’une synthèse des données et d’un examen externe formel effectué par des intervenants canadiens qui ont validé la pertinence des recommandations. Rapport Ces lignes directrices fondées sur des données probantes ont été formulées pour améliorer la prise en charge en contexte canadien des patients qui présentent des manifestations cliniques du cancer du poumon. Conclusion Le dépistage et l’aiguillage précoces des patients atteints de cancer du poumon pourraient en fin de compte aider à réduire les morbidités et mortalités liées au cancer. Ces lignes directrices pourraient aussi s’avérer utiles dans la mise sur pied de programmes de diagnostic du cancer du poumon et pour aider les décideurs à veiller à ce que les ressources appropriées soient en place.

  19. Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9.

    PubMed

    Hirano, Hisato; Gootenberg, Jonathan S; Horii, Takuro; Abudayyeh, Omar O; Kimura, Mika; Hsu, Patrick D; Nakane, Takanori; Ishitani, Ryuichiro; Hatada, Izuho; Zhang, Feng; Nishimasu, Hiroshi; Nureki, Osamu

    2016-02-25

    The RNA-guided endonuclease Cas9 cleaves double-stranded DNA targets complementary to the guide RNA and has been applied to programmable genome editing. Cas9-mediated cleavage requires a protospacer adjacent motif (PAM) juxtaposed with the DNA target sequence, thus constricting the range of targetable sites. Here, we report the 1.7 Å resolution crystal structures of Cas9 from Francisella novicida (FnCas9), one of the largest Cas9 orthologs, in complex with a guide RNA and its PAM-containing DNA targets. A structural comparison of FnCas9 with other Cas9 orthologs revealed striking conserved and divergent features among distantly related CRISPR-Cas9 systems. We found that FnCas9 recognizes the 5'-NGG-3' PAM, and used the structural information to create a variant that can recognize the more relaxed 5'-YG-3' PAM. Furthermore, we demonstrated that the FnCas9-ribonucleoprotein complex can be microinjected into mouse zygotes to edit endogenous sites with the 5'-YG-3' PAM, thus expanding the target space of the CRISPR-Cas9 toolbox. PMID:26875867

  20. Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9

    PubMed Central

    Hirano, Hisato; Gootenberg, Jonathan S.; Horii, Takuro; Abudayyeh, Omar O.; Kimura, Mika; Hsu, Patrick D.; Nakane, Takanori; Ishitani, Ryuichiro; Hatada, Izuho; Zhang, Feng; Nishimasu, Hiroshi; Nureki, Osamu

    2016-01-01

    Summary The RNA-guided endonuclease Cas9 cleaves double-stranded DNA targets complementary to the guide RNA, and has been applied to programmable genome editing. Cas9-mediated cleavage requires a protospacer adjacent motif (PAM) juxtaposed with the DNA target sequence, thus constricting the range of targetable sites. Here, we report the 1.7 Å resolution crystal structures of Cas9 from Francisella novicida (FnCas9), one of the largest Cas9 orthologs, in complex with a guide RNA and its PAM-containing DNA targets. A structural comparison of FnCas9 with other Cas9 orthologs revealed striking conserved and divergent features among distantly related CRISPR-Cas9 systems. We found that FnCas9 recognizes the 5′-NGG-3′ PAM, and used the structural information to create a variant that can recognize the more relaxed 5′-YG-3′ PAM. Furthermore, we demonstrated that pre-assembled FnCas9 ribonucleoprotein complexes can be microinjected into mouse zygotes to edit endogenous sites with the 5′-YG-3′ PAMs, thus expanding the target space of the CRISPR-Cas9 toolbox. PMID:26875867

  1. Geophysical investigation of the June 6, 1944 D-Day invasion site at Pointe du Hoc, Normandy, France

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Everett, M. E.; Pierce, C. J.; Warden, R. R.; Burt, R. A.

    2005-05-01

    A near-surface geophysical survey at the D-Day invasion site atop the cliffs at Pointe du Hoc, Normandy, France was carried out using ground-penetrating radar, electromagnetic induction, and magnetic gradiometry equipment. The subsurface targets of investigation are predominantly buried concrete and steel structures and earthworks associated with the German coastal fortifications at this stronpoint of Hitler's Atlantic Wall. The targets are readily detectable embedded within the vadose zone of a weakly magnetic, electrically resistive loess soil cover. The radar and electromagnetic induction responses lend themselves to plan-view imaging of the subsurface, while the magnetics data reveal the presence of buried magnetic bodies in a more subtle fashion. Several intriguing geophysical signatures were discovered, including what may be the buried remains of a railway turntable, ordnance fragments in the bomb craters, a buried steel-reinforced concrete trench, and a linear chain of machine gun firing positins. Geophysical prospecting is shown to be a very powerful tool for historical battlefield characterization.

  2. Photoactivatable CRISPR-Cas9 for optogenetic genome editing.

    PubMed

    Nihongaki, Yuta; Kawano, Fuun; Nakajima, Takahiro; Sato, Moritoshi

    2015-07-01

    We describe an engineered photoactivatable Cas9 (paCas9) that enables optogenetic control of CRISPR-Cas9 genome editing in human cells. paCas9 consists of split Cas9 fragments and photoinducible dimerization domains named Magnets. In response to blue light irradiation, paCas9 expressed in human embryonic kidney 293T cells induces targeted genome sequence modifications through both nonhomologous end joining and homology-directed repair pathways. Genome editing activity can be switched off simply by extinguishing the light. We also demonstrate activation of paCas9 in spatial patterns determined by the sites of irradiation. Optogenetic control of targeted genome editing should facilitate improved understanding of complex gene networks and could prove useful in biomedical applications. PMID:26076431

  3. Voie antérieure transversale dans l'ostéosynthèse d'une fracture type III du processus coronoïde chez un adolescent: à propos d'un cas et revue de literature

    PubMed Central

    Belmoubarik, Amine; Ahed, Karim; Abouchane, Marouane; Mahraoui, Mohamed Amine; Elandaloussi, Yassir; Haddoun, Ahmed Reda; Nechad, Mohamed

    2015-01-01

    Les auteurs rapportent une observation rare d'un jeune adolescent de 17 ans qui a présenté une fracture du processus coronoïde du coude survenue suite à un accident de sport. Il s'agit d'une observation décrivant un abord particulier par voie antérieure transversale permettant un contrôle direct et vissage en compression du fragment déplacé; l’évolution radio clinique était satisfaisante. Nous discuterons à la lumière de la littérature, notre attitude thérapeutique, et l’évolution de ce cadre nosologique à travers l'analyse de cette observation. PMID:26113908

  4. Optical Control of CRISPR/Cas9 Gene Editing

    PubMed Central

    Hemphill, James; Borchardt, Erin K.; Brown, Kalyn; Asokan, Aravind; Deiters, Alexander

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas9 system has emerged as an important tool in biomedical research for a wide range of applications, with significant potential for genome engineering and gene therapy. In order to achieve conditional control of the CRISPR/Cas9 system, a genetically encoded light-activated Cas9 was engineered through the site-specific installation of a caged lysine amino acid. Several potential lysine residues were identified as viable caging sites that can be modified to optically control Cas9 function, as demonstrated through optical activation and deactivation of both exogenous and endogenous gene function. PMID:25905628

  5. CRISPR-Cas9-assisted recombineering in Lactobacillus reuteri.

    PubMed

    Oh, Jee-Hwan; van Pijkeren, Jan-Peter

    2014-01-01

    Clustered regularly interspaced palindromic repeats (CRISPRs) and the CRISPR-associated (Cas) nuclease protect bacteria and archeae from foreign DNA by site-specific cleavage of incoming DNA. Type-II CRISPR-Cas systems, such as the Streptococcus pyogenes CRISPR-Cas9 system, can be adapted such that Cas9 can be guided to a user-defined site in the chromosome to introduce double-stranded breaks. Here we have developed and optimized CRISPR-Cas9 function in the lactic acid bacterium Lactobacillus reuteri ATCC PTA 6475. We established proof-of-concept showing that CRISPR-Cas9 selection combined with single-stranded DNA (ssDNA) recombineering is a realistic approach to identify at high efficiencies edited cells in a lactic acid bacterium. We show for three independent targets that subtle changes in the bacterial genome can be recovered at efficiencies ranging from 90 to 100%. By combining CRISPR-Cas9 and recombineering, we successfully applied codon saturation mutagenesis in the L. reuteri chromosome. Also, CRISPR-Cas9 selection is critical to identify low-efficiency events such as oligonucleotide-mediated chromosome deletions. This also means that CRISPR-Cas9 selection will allow identification of recombinant cells in bacteria with low recombineering efficiencies, eliminating the need for ssDNA recombineering optimization procedures. We envision that CRISPR-Cas genome editing has the potential to change the landscape of genome editing in lactic acid bacteria, and other Gram-positive bacteria. PMID:25074379

  6. [CAS General Standards 2012

    ERIC Educational Resources Information Center

    Council for the Advancement of Standards in Higher Education, 2011

    2011-01-01

    The mission of the Council for the Advancement of Standards in Higher Education (CAS) is to promote the improvement of programs and services to enhance the quality of student learning and development. CAS is a consortium of professional associations who work collaboratively to develop and promulgate standards and guidelines and to encourage…

  7. Histoire d’un itinéraire épidémiologique entre le Burkina Faso et la Côte d’Ivoire : le cas des foyers de maladie du sommeil de Koudougou

    PubMed Central

    Kiendrébéogo, D.; Kambiré, R.; Jamonneau, V.; Lingué, K.; Solano, P.; Courtin, F.

    2012-01-01

    Dans la première moitié du XXème siècle, alors que la Haute-Volta (actuel Burkina Faso) subissait une terrible épidémie de maladie du sommeil, l’administration coloniale française a orchestré des déplacements massifs de populations de la Haute-Volta vers la Côte d’Ivoire, pour exploiter le territoire. Cela a conduit à la mise en place de villages de colonisation Mossi en zone forestière ivoirienne, comme ceux de Koudougou, issus de l’une des régions les plus peuplées de Haute-Volta, mais aussi l’une des plus touchées par la maladie du sommeil. Depuis 2000, au Burkina Faso, c’est dans le district sanitaire de Koudougou que sont dépistés passivement le plus grand nombre de trypanosomés en provenance de Côte d’Ivoire. Qui sont-ils ? Où habitent-ils au Burkina Faso ? D’où viennent-ils de Côte d’Ivoire ? Après avoir retracé l’histoire épidémiologique des villages de Koudougou au Burkina Faso et en Côte d’Ivoire, nous avons recherché les trypanosomés dépistés passivement depuis 2000 dans le district sanitaire de Koudougou au Burkina Faso. Au total, dix trypanosomés ont été enquêtés. Le processus de propagation de la maladie du sommeil dans l’espace ivoiro-burkinabé a été mis en évidence et des zones à risque de la maladie identifiées dans ce même espace. PMID:23193525

  8. Characterization of Cas9-Guide RNA Orthologs.

    PubMed

    Braff, Jonathan L; Yaung, Stephanie J; Esvelt, Kevin M; Church, George M

    2016-01-01

    In light of the multitude of new Cas9-mediated functionalities, the ability to carry out multiple Cas9-enabled processes simultaneously and in a single cell is becoming increasingly valuable. Accomplishing this aim requires a set of Cas9-guide RNA (gRNA) pairings that are functionally independent and insulated from one another. For instance, two such protein-gRNA complexes would allow for concurrent activation and editing at independent target sites in the same cell. The problem of establishing orthogonal CRISPR systems can be decomposed into three stages. First, putatively orthogonal systems must be identified with an emphasis on minimizing sequence similarity of the Cas9 protein and its associated RNAs. Second, the systems must be characterized well enough to effectively express and target the systems using gRNAs. Third, the systems should be established as orthogonal to one another by testing for activity and cross talk. Here, we describe the value of these orthogonal CRISPR systems, outline steps for selecting and characterizing potentially orthogonal Cas9-gRNA pairs, and discuss considerations for the desired specificity in Cas9-coupled functions. PMID:27140923

  9. La teneur en iode du sel de cuisine consommé à Lubumbashi et le statut iode des personnes vulnérables: cas de femmes enceintes de milieux défavorisés

    PubMed Central

    Banza, Bienvenue Ilunga; Lumbu, Jean Baptiste Simbi; Donnen, Philippe; Twite, Eugène Kabange; Kwete, Daniel Mikobi; Kazadi, Costa Mwadianvita; Ozoza, Jean Okolonken; Habimana, Laurence; Kalenga, Prosper Muenze Kayamba; Robert, Annie

    2016-01-01

    Introduction La consommation du sel faiblement iodé peut engendrer des troubles divers liés à la carence iodée Ce travail a pour objectif d’évaluer la teneur en iode du sel consommé à Lubumbashi et de déterminer le statut iodé des femmes enceintes, cible privilégiée de la carence iodée. Méthodes Une étude transversale descriptive a été consacrée à une analyse iodométrique d'iode dans 739 échantillons de sel collectés dans les ménages et marchés de Lubumbashi en 2014. Précédemment, l'iode urinaire a été déterminé par la technique de minéralisation au persulfate d'ammonium chez 225 femmes enceintes reçues en consultation du 15 mars 2009 au 25 avril 2011. Résultats Notre enquête a révélé 47,5% des échantillons de sels de cuisine adéquatement iodés (15 à 40 ppm), 36,9% d’échantillons faiblement iodés, 7,4% d’échantillons trop riches en iode et 8,1% des échantillons non iodés. La disponibilité en iode du sel de cuisine analysé était globalement de 54,9%, se trouvant nettement en dessous des normes OMS (90%). En mesurant l'iode urinaire chez la femme enceinte, la carence iodée (iode urinaire <150 µg/l) a été observée dans une proportion de 52%. Conclusion La faible disponibilité en iode du sel consommé à Lubumbashi pourrait être responsable d'une grande proportion de la carence iodée observée chez la femme enceinte, ce qui expose celle-ci aux risques majeurs des troubles dus à la carence en iode. PMID:27279956

  10. Quantifying Contaminant Mass for the Feasibility Study of the DuPont Chambers Works FUSRAP Site - 13510

    SciTech Connect

    Young, Carl; Rahman, Mahmudur; Johnson, Ann; Owe, Stephan

    2013-07-01

    The U.S. Army Corps of Engineers (USACE) - Philadelphia District is conducting an environmental restoration at the DuPont Chambers Works in Deepwater, New Jersey under the Formerly Utilized Sites Remedial Action Program (FUSRAP). Discrete locations are contaminated with natural uranium, thorium-230 and radium-226. The USACE is proposing a preferred remedial alternative consisting of excavation and offsite disposal to address soil contamination followed by monitored natural attenuation to address residual groundwater contamination. Methods were developed to quantify the error associated with contaminant volume estimates and use mass balance calculations of the uranium plume to estimate the removal efficiency of the proposed alternative. During the remedial investigation, the USACE collected approximately 500 soil samples at various depths. As the first step of contaminant mass estimation, soil analytical data was segmented into several depth intervals. Second, using contouring software, analytical data for each depth interval was contoured to determine lateral extent of contamination. Six different contouring algorithms were used to generate alternative interpretations of the lateral extent of the soil contamination. Finally, geographical information system software was used to produce a three dimensional model in order to present both lateral and vertical extent of the soil contamination and to estimate the volume of impacted soil for each depth interval. The average soil volume from all six contouring methods was used to determine the estimated volume of impacted soil. This method also allowed an estimate of a standard deviation of the waste volume estimate. It was determined that the margin of error for the method was plus or minus 17% of the waste volume, which is within the acceptable construction contingency for cost estimation. USACE collected approximately 190 groundwater samples from 40 monitor wells. It is expected that excavation and disposal of

  11. Highly specific targeted mutagenesis in plants using Staphylococcus aureus Cas9

    PubMed Central

    Kaya, Hidetaka; Mikami, Masafumi; Endo, Akira; Endo, Masaki; Toki, Seiichi

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas9 system is an efficient and convenient tool for genome editing in plants. Cas9 nuclease derived from Streptococcus pyogenes (Sp) is commonly used in this system. Recently, Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)-mediated genome editing was reported in human cells and Arabidopsis. Because SaCas9 (1053 a.a.) is smaller than SpCas9 (1368 a.a.), SaCas9 could have substantial advantages for delivering and expressing Cas9 protein, especially using virus vectors. Since the protospacer adjacent motif (PAM) sequence of SaCas9 (5′-NNGRRT-3′) differs from that of SpCas9 (5′-NGG-3′), the use of this alternative Cas9 nuclease could expand the selectivity at potential cleavage target sites of the CRISPR/Cas9 system. Here we show that SaCas9 can mutagenize target sequences in tobacco and rice with efficiencies similar to those of SpCas9. We also analyzed the base preference for ‘T’ at the 6th position of the SaCas9 PAM. Targeted mutagenesis efficiencies in target sequences with non-canonical PAMs (5′-NNGRRV-3′) were much lower than those with a canonical PAM (5′-NNGRRT-3′). The length of target sequence recognized by SaCas9 is one or two nucleotides longer than that recognized by SpCas9. Taken together, our results demonstrate that SaCas9 has higher sequence recognition capacity than SpCas9 and is useful for reducing off-target mutations in crop. PMID:27226350

  12. Highly specific targeted mutagenesis in plants using Staphylococcus aureus Cas9.

    PubMed

    Kaya, Hidetaka; Mikami, Masafumi; Endo, Akira; Endo, Masaki; Toki, Seiichi

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas9 system is an efficient and convenient tool for genome editing in plants. Cas9 nuclease derived from Streptococcus pyogenes (Sp) is commonly used in this system. Recently, Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)-mediated genome editing was reported in human cells and Arabidopsis. Because SaCas9 (1053 a.a.) is smaller than SpCas9 (1368 a.a.), SaCas9 could have substantial advantages for delivering and expressing Cas9 protein, especially using virus vectors. Since the protospacer adjacent motif (PAM) sequence of SaCas9 (5'-NNGRRT-3') differs from that of SpCas9 (5'-NGG-3'), the use of this alternative Cas9 nuclease could expand the selectivity at potential cleavage target sites of the CRISPR/Cas9 system. Here we show that SaCas9 can mutagenize target sequences in tobacco and rice with efficiencies similar to those of SpCas9. We also analyzed the base preference for 'T' at the 6th position of the SaCas9 PAM. Targeted mutagenesis efficiencies in target sequences with non-canonical PAMs (5'-NNGRRV-3') were much lower than those with a canonical PAM (5'-NNGRRT-3'). The length of target sequence recognized by SaCas9 is one or two nucleotides longer than that recognized by SpCas9. Taken together, our results demonstrate that SaCas9 has higher sequence recognition capacity than SpCas9 and is useful for reducing off-target mutations in crop. PMID:27226350

  13. Une angiocholite secondaire à un thrombus tumoral d'une tumeur neuroendocrine primitive du foie

    PubMed Central

    Baba, Hicham; Allaoui, Mohamed; Elfahssi, Mohammed; Bounaim, Ahmed; Ali, Abdelmounaim Ait; Oukabli, Mohamed; Sair, Khalid; Zentar, Aziz

    2015-01-01

    Nous rapportons le cas exceptionnel d'une patiente de 54 ans prise en charge pour une angiocholite due à un thrombus tumoral, d'une tumeur neuroendocrine primitive (TNE Ive) du foie, dans la voie biliaire principale. PMID:26966504

  14. Foreign DNA capture during CRISPR–Cas adaptive immunity

    PubMed Central

    Nuñez, James K.; Harrington, Lucas B.; Kranzusch, Philip J.; Engelman, Alan N.; Doudna, Jennifer A.

    2015-01-01

    Bacteria and archaea generate adaptive immunity against phages and plasmids by integrating foreign DNA of specific 30–40 base pair (bp) lengths into clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) loci as spacer segments1–6. The universally conserved Cas1–Cas2 integrase complex catalyzes spacer acquisition using a direct nucleophilic integration mechanism similar to retroviral integrases and transposases7–13. How the Cas1–Cas2 complex selects foreign DNA substrates for integration remains unknown. Here we present X-ray crystal structures of the Escherichia coli Cas1–Cas2 complex bound to cognate 33 nucleotide (nt) protospacer DNA substrates. The protein complex creates a curved binding surface spanning the length of the DNA and splays the ends of the protospacer to allow each terminal nucleophilic 3′–OH to enter a channel leading into the Cas1 active sites. Phosphodiester backbone interactions between the protospacer and the proteins explain the sequence-nonspecific substrate selection observed in vivo2–4. Our results uncover the structural basis for foreign DNA capture and the mechanism by which Cas1–Cas2 functions as a molecular ruler to dictate the sequence architecture of CRISPR loci. PMID:26503043

  15. Foreign DNA capture during CRISPR-Cas adaptive immunity.

    PubMed

    Nuñez, James K; Harrington, Lucas B; Kranzusch, Philip J; Engelman, Alan N; Doudna, Jennifer A

    2015-11-26

    Bacteria and archaea generate adaptive immunity against phages and plasmids by integrating foreign DNA of specific 30-40-base-pair lengths into clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) loci as spacer segments. The universally conserved Cas1-Cas2 integrase complex catalyses spacer acquisition using a direct nucleophilic integration mechanism similar to retroviral integrases and transposases. How the Cas1-Cas2 complex selects foreign DNA substrates for integration remains unknown. Here we present X-ray crystal structures of the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to cognate 33-nucleotide protospacer DNA substrates. The protein complex creates a curved binding surface spanning the length of the DNA and splays the ends of the protospacer to allow each terminal nucleophilic 3'-OH to enter a channel leading into the Cas1 active sites. Phosphodiester backbone interactions between the protospacer and the proteins explain the sequence-nonspecific substrate selection observed in vivo. Our results uncover the structural basis for foreign DNA capture and the mechanism by which Cas1-Cas2 functions as a molecular ruler to dictate the sequence architecture of CRISPR loci. PMID:26503043

  16. La préservation du capital vasculaire au CHU Ibn Sina de Rabat-Maroc: rôle de l’infirmier

    PubMed Central

    Bouattar, Tarik; Bezzaz, Aicha; Abdellaoui, Khalil; Lamchahab, Fatima Ezzahra; Benamar, Loubna; Ezaitouni, Fatima; Hassam, Badredine; Bayahia, Rabia; Ouzeddoun, Naima

    2012-01-01

    Introduction Tout patient ayant une maladie chronique nécessitant des prélèvements sanguins répétés ou des traitements par voie veineuse ou susceptible d’évoluer vers l’insuffisance rénale chronique, doit bénéficier d’une stratégie de préservation de son réseau veineux. Le but de ce travail etait de déterminer le rôle de l’infirmier dans la protection du réseau veineux superficiel. Méthodes Etude transversale réalisée au mois d’Avril 2010 à l’hôpital Ibn Sina de Rabat ayant intéressée les infirmiers exerçant dans différents services prenant en charge des patients ayant des pathologies rénales chroniques ou une maladie générale susceptible de se compliquer d’atteinte rénale. Résultats Parmi les 80 infirmiers sollicités, 66 ont complété le questionnaire avec un âge moyen de 42,7 ±11ans et un sex-ratio à 0,7. L’ancienneté moyenne en soins était de 227,7 ± 116,7 mois. 37 % des infirmiers n’étaient pas informés sur la préservation du capital veineux. Le membre supérieur droit était ponctionné dans 92,3% des cas. Le site de ponction le plus utilisé était le dos de la main dans 84,6 % des cas. La dilatation des veines par le réchauffement était notée dans 63,3% des cas, par passage d’alcool dans 54,5% des cas et l’emploi du garrot était retrouvé dans 95,5% des cas. Les venojects étaient de 18 gauge dans 18,2 % des cas et de 21 gauge dans 81,8% des cas. Les intranules étaient de 18 gauge dans 78,8% des cas et de 20 gauge dans 21,2 % des cas. Durant les six derniers mois avant l’étude, les complications au niveau du site de ponction étaient notées dans 41 % des cas. Conclusion L’information et l’éducation du personnel paramédical sont obligatoires ainsi que l’utilisation des cathéters veineux de petit calibre afin d’assurer cette protection. PMID:22593793

  17. Optimization of genome editing through CRISPR-Cas9 engineering.

    PubMed

    Zhang, Jian-Hua; Adikaram, Poorni; Pandey, Mritunjay; Genis, Allison; Simonds, William F

    2016-04-01

    CRISPR (Clustered Regularly-Interspaced Short Palindromic Repeats)-Cas9 (CRISPR associated protein 9) has rapidly become the most promising genome editing tool with great potential to revolutionize medicine. Through guidance of a 20 nucleotide RNA (gRNA), CRISPR-Cas9 finds and cuts target protospacer DNA precisely 3 base pairs upstream of a PAM (Protospacer Adjacent Motif). The broken DNA ends are repaired by either NHEJ (Non-Homologous End Joining) resulting in small indels, or by HDR (Homology Directed Repair) for precise gene or nucleotide replacement. Theoretically, CRISPR-Cas9 could be used to modify any genomic sequences, thereby providing a simple, easy, and cost effective means of genome wide gene editing. However, the off-target activity of CRISPR-Cas9 that cuts DNA sites with imperfect matches with gRNA have been of significant concern because clinical applications require 100% accuracy. Additionally, CRISPR-Cas9 has unpredictable efficiency among different DNA target sites and the PAM requirements greatly restrict its genome editing frequency. A large number of efforts have been made to address these impeding issues, but much more is needed to fully realize the medical potential of CRISPR-Cas9. In this article, we summarize the existing problems and current advances of the CRISPR-Cas9 technology and provide perspectives for the ultimate perfection of Cas9-mediated genome editing. PMID:27340770

  18. Résultats du traitement du synovialosarcome des members

    PubMed Central

    Lukulunga, Loubet Unyendje; Moussa, Abdou Kadri; Mahfoud, Mustapha; El Bardouni, Ahmed; Ismail, Farid; Kharmaz, Mohammed; Berrada, Mohamed Saleh; El Yaacoubi, Moradh

    2014-01-01

    Les synovialosarcomes, sarcomes de haut grade, sont de diagnostic tardif et le traitement est complexe et onéreux, nécessitant la mise en œuvre d'une équipe pluridisciplinaire. Le but de ce travail était d'apprécier les résultats de l'association de la chirurgie à la radio chimiothérapie des synovialosarcomes des membres. Il s'agissait d'une étude rétrospective portant sur des patients présentant de synovialosarcomes des membres pris en charge dans le service de chirurgie orthopédique et traumatologique du CHU Ibn SINA de Rabat allant de Janvier 2006 à Décembre 2011 (6 ans). Nous avons inclus les malades présentant de synovialosarcomes des membres dont la clinique et l'imagerie médicale étaient en faveur, confirmés par l'examen anatomopathologique et la prise en charge effectuée dans le service. Les patients ont été revus avec un recul moyen de 3 ans. Nous n'avons pas retenu les patients dont les dossiers étaient incomplets, perdus de vue. Nous avons apprécié les résultats selon les critères carcinologiques et le score MSTS (Musculoskeletal Tumor Society). La saisie et l'analyse des données ont été faites sur le logiciel SPSS Stastic 17.0 Nous avons colligé 20 cas de synovialosarcome des membres dans le Service de Chirurgie Orthopédique et Traumatologique au CHU Ibn SINA de Rabat Le sexe masculin a prédominé avec 65% (n = 13) avec un sex ratio 1,85. L’âge moyen a été de 42,6 ans avec des extrêmes allant de 20 ans et 70 ans. Notre délai moyen de consultation était de 14,42 mois. Tous les malades ont consulté pour une tuméfaction dans 100% (localisée au membre inférieur dans 65% (n = 13), membre supérieur dans 35% (n = 7). La douleur était associée à la tuméfaction dans 55% (n = 11), quant à l'altération de l’état général et l'ulcération de la masse, elles ont été notées dans 3 cas chacune. Nous avons réalisé un bilan d'imagerie médicale comprenant: radiographie standard, échographie, écho doppler

  19. Displacement of p130Cas from focal adhesions links actomyosin contraction to cell migration.

    PubMed

    Machiyama, Hiroaki; Hirata, Hiroaki; Loh, Xia Kun; Kanchi, Madhu Mathi; Fujita, Hideaki; Tan, Song Hui; Kawauchi, Keiko; Sawada, Yasuhiro

    2014-08-15

    Cell adhesion complexes provide platforms where cell-generated forces are transmitted to the extracellular matrix (ECM). Tyrosine phosphorylation of focal adhesion proteins is crucial for cells to communicate with the extracellular environment. However, the mechanisms that transmit actin cytoskeletal motion to the extracellular environment to drive cell migration are poorly understood. We find that the movement of p130Cas (Cas, also known as BCAR1), a mechanosensor at focal adhesions, correlates with actin retrograde flow and depends upon actomyosin contraction and phosphorylation of the Cas substrate domain (CasSD). This indicates that CasSD phosphorylation underpins the physical link between Cas and the actin cytoskeleton. Fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) experiments reveal that CasSD phosphorylation, as opposed to the association of Cas with Src, facilitates Cas displacement from adhesion complexes in migrating cells. Furthermore, the stabilization of Src-Cas binding and inhibition of myosin II, both of which sustain CasSD phosphorylation but mitigate Cas displacement from adhesion sites, retard cell migration. These results indicate that Cas promotes cell migration by linking actomyosin contractions to the adhesion complexes through a dynamic interaction with Src as well as through the phosphorylation-dependent association with the actin cytoskeleton. PMID:24928898

  20. Evaluation des résultats après traitement des lésions intra épithéliales du col utérin par la cryothérapie: étude préliminaire au Centre Hospitalier Universitaire de Yaoundé: A propos de 21 cas

    PubMed Central

    Ndoua, Claude Cyrille Noa; Tebeu, Pierre Marie; Kemfang, Jean Dupont; Kasia, Jean Marie

    2015-01-01

    Nous rapportons les résultats d'une série de 21 cas de prise en charge par cryothérapie de lésions intra-épithéliales cervicales au Centre Hospitalier et Universitaire (CHU) de Yaoundé. Notre objectif principal était d’évaluer les résultats préliminaires de la prise en charge des lésions précancéreuses éligibles pour la cryothérapie. Il s'agissait d'une étude transversale descriptive qui s'est étalée sur 24 mois. Etaient inclus dans l’étude toutes les femmes traitées par cryothérapie. Nous avons exclu les patientes traitées par une autre méthode, les patientes perdues de vue et les dossiers incomplets. Le statut cervical a été déterminé à 6 semaines, 6 mois et 12 mois. Les complications précoces et tardives ont également été répertoriées. Au total 95.2% des lésions étaient cicatrisées à 6 semaines. A 6 mois, toutes les lésions avaient disparu et au 12ème mois, la guérison était effective chez 95.2% des patientes. Les saignements et l'hydrorrhée étaient les principales complications tardives avec des fréquences respectives de 66.7% et 95.2%. Aucun cas de sténose cervicale n'a été répertorié. La cryothérapie peut être utilisée comme méthode de traitement pour des lésions précancéreuses du col. PMID:26140068

  1. Syndrome de Chilaiditi chez un nouveau-né, à propos d'un cas

    PubMed Central

    Cedrick, Sangwa Milindi; Maruis, Kitembo Feruzi; Mireille, Kakinga Zabibu; Nelly, Mukonda Sompo; Patience, Muhau Pfutila; Shem, Mapatano; Chamy, Cham Lubamba; Josephine, Monga Kalenga

    2014-01-01

    L'interposition du colon ou du grêle dans l'espace interhepatodiagramatique est une affection rare. Souvent asymptomatique et de découverte fortuite à la radiographie de l'abdomen, elle est plus rencontrée chez l'adulte de sexe masculin. Dans cet article, les auteurs présentent un cas exceptionnel d'un nouveau- né de sexe féminin porteur de cette anomalie. PMID:25848454

  2. Cas9 Functionally Opens Chromatin.

    PubMed

    Barkal, Amira A; Srinivasan, Sharanya; Hashimoto, Tatsunori; Gifford, David K; Sherwood, Richard I

    2016-01-01

    Using a nuclease-dead Cas9 mutant, we show that Cas9 reproducibly induces chromatin accessibility at previously inaccessible genomic loci. Cas9 chromatin opening is sufficient to enable adjacent binding and transcriptional activation by the settler transcription factor retinoic acid receptor at previously unbound motifs. Thus, we demonstrate a new use for Cas9 in increasing surrounding chromatin accessibility to alter local transcription factor binding. PMID:27031353

  3. Cas9 Functionally Opens Chromatin

    PubMed Central

    Barkal, Amira A.; Srinivasan, Sharanya; Hashimoto, Tatsunori; Gifford, David K.; Sherwood, Richard I.

    2016-01-01

    Using a nuclease-dead Cas9 mutant, we show that Cas9 reproducibly induces chromatin accessibility at previously inaccessible genomic loci. Cas9 chromatin opening is sufficient to enable adjacent binding and transcriptional activation by the settler transcription factor retinoic acid receptor at previously unbound motifs. Thus, we demonstrate a new use for Cas9 in increasing surrounding chromatin accessibility to alter local transcription factor binding. PMID:27031353

  4. 3-D Resistivity Tomography for Cliff Stability Study at the D-Day Pointe du Hoc Historic Site in Normandy, France

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Udphuay, S.; Everett, M. E.; Guenther, T.; Warden, R. R.

    2007-12-01

    The D-Day invasion site at Pointe du Hoc in Normandy, France is one of the most important World War II battlefields. The site remains today a valuable historic cultural resource. However the site is vulnerable to cliff collapses that could endanger the observation post building and U.S. Ranger memorial located just landward of the sea stack, and an anti-aircraft gun emplacement, Col. Rudder's command post, located on the cliff edge about 200 m east of the observation post. A 3-D resistivity tomography incorporating extreme topography is used in this study to provide a detailed site stability assessment with special attention to these two buildings. Multi-electrode resistivity measurements were made across the cliff face and along the top of the cliff around the two at-risk buildings to map major subsurface fracture zones and void spaces that could indicate possible accumulations and pathways of groundwater. The ingress of acidic groundwater through the underlying carbonate formations enlarges pre-existing tectonic fractures via limestone dissolution and weakens the overall structural integrity of the cliff. The achieved 3-D resistivity tomograms provide diagnostic subsurface resistivity distributions. Resistive zones associated with subsurface void spaces have been located. These void spaces constitute a stability geohazard as they become significant drainage routes during and after periods of heavy rainfalls.

  5. Chemical and Biophysical Modulation of Cas9 for Tunable Genome Engineering.

    PubMed

    Nuñez, James K; Harrington, Lucas B; Doudna, Jennifer A

    2016-03-18

    The application of the CRISPR-Cas9 system for genome engineering has revolutionized the ability to interrogate genomes of mammalian cells. Programming the Cas9 endonuclease to induce DNA breaks at specified sites is achieved by simply modifying the sequence of its cognate guide RNA. Although Cas9-mediated genome editing has been shown to be highly specific, cleavage events at off-target sites have also been reported. Minimizing, and eventually abolishing, unwanted off-target cleavage remains a major goal of the CRISPR-Cas9 technology before its implementation for therapeutic use. Recent efforts have turned to chemical biology and biophysical approaches to engineer inducible genome editing systems for controlling Cas9 activity at the transcriptional and protein levels. Here, we review recent advancements to modulate Cas9-mediated genome editing by engineering split-Cas9 constructs, inteins, small molecules, protein-based dimerizing domains, and light-inducible systems. PMID:26857072

  6. Introduction of p130cas signaling complex formation upon integrin-mediated cell adhesion: a role for Src family kinases.

    PubMed Central

    Vuori, K; Hirai, H; Aizawa, S; Ruoslahti, E

    1996-01-01

    Integrin-mediated cell adhesion triggers intracellular signaling cascades, including tyrosine phosphorylation of intracellular proteins. Among these are the focal adhesion proteins p130cas (Cas) and focal adhesion kinase (FAK). Here we identify the kinase(s) mediating integrin-induced Cas phosphorylation and characterize protein-protein interactions mediated by phosphorylated Cas. We found that expression of a constitutively active FAK in fibroblasts results in a consecutive tyrosine phosphorylation of Cas. This effect required the autophosphorylation site of FAK, which is a binding site for Src family kinases. Integrin-mediated phosphorylation of Cas was not, however, compromised in fibroblasts lacking FAK. In contrast, adhesion-induced tyrosine phosphorylation of Cas was reduced in cells lacking Src, whereas enhanced phosphorylation of Cas was observed Csk- cells, in which Src kinases are activated. These results suggest that Src kinases are responsible for the integrin-mediated tyrosine phosphorylation of Cas. FAK seems not to be necessary for phosphorylation of Cas, but when autophosphorylated, FAK may recruit Src family kinases to phosphorylate Cas. Cas was found to form complexes with Src homology 2 (SH2) domain-containing signaling molecules, such as the SH2/SH3 adapter protein Crk, following integrin-induced tyrosine phosphorylation. Guanine nucleotide exchange factors C3G and Sos were found in the Cas-Crk complex upon integrin ligand binding. These observations suggest that Cas serves as a docking protein and may transduce signals to downstream signaling pathways following integrin-mediated cell adhesion. PMID:8649368

  7. Closure Report for Corrective Action Unit 107: Low Impact Soil Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2009-06-01

    Corrective Action Unit (CAU) 107 is identified in the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) as 'Low Impact Soil Sites' and consists of the following 15 Corrective Action Sites (CASs), located in Areas 1, 2, 3, 4, 5, 9, 10, and 18 of the Nevada Test Site: CAS 01-23-02, Atmospheric Test Site - High Alt; CAS 02-23-02, Contaminated Areas (2); CAS 02-23-03, Contaminated Berm; CAS 02-23-10, Gourd-Amber Contamination Area; CAS 02-23-11, Sappho Contamination Area; CAS 02-23-12, Scuttle Contamination Area; CAS 03-23-24, Seaweed B Contamination Area; CAS 03-23-27, Adze Contamination Area; CAS 03-23-28, Manzanas Contamination Area; CAS 03-23-29, Truchas-Chamisal Contamination Area; CAS 04-23-02, Atmospheric Test Site T4-a; CAS 05-23-06, Atmospheric Test Site; CAS 09-23-06, Mound of Contaminated Soil; CAS 10-23-04, Atmospheric Test Site M-10; and CAS 18-23-02, U-18d Crater (Sulky). Closure activities were conducted from February through April 2009 according to the FFACO (1996; as amended February 2008) and Revision 1 of the Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan for CAU 107 (U.S. Department of Energy, National Nuclear Security Administration Nevada Site Office, 2009). The corrective action alternatives included No Further Action and Closure in Place with Administrative Controls. Closure activities are summarized.

  8. CRISPR-Cas9-Mediated Genome Editing in Leishmania donovani

    PubMed Central

    Zhang, Wen-Wei

    2015-01-01

    ABSTRACT The prokaryotic CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)-Cas9, an RNA-guided endonuclease, has been shown to mediate efficient genome editing in a wide variety of organisms. In the present study, the CRISPR-Cas9 system has been adapted to Leishmania donovani, a protozoan parasite that causes fatal human visceral leishmaniasis. We introduced the Cas9 nuclease into L. donovani and generated guide RNA (gRNA) expression vectors by using the L. donovani rRNA promoter and the hepatitis delta virus (HDV) ribozyme. It is demonstrated within that L. donovani mainly used homology-directed repair (HDR) and microhomology-mediated end joining (MMEJ) to repair the Cas9 nuclease-created double-strand DNA break (DSB). The nonhomologous end-joining (NHEJ) pathway appears to be absent in L. donovani. With this CRISPR-Cas9 system, it was possible to generate knockouts without selection by insertion of an oligonucleotide donor with stop codons and 25-nucleotide homology arms into the Cas9 cleavage site. Likewise, we disrupted and precisely tagged endogenous genes by inserting a bleomycin drug selection marker and GFP gene into the Cas9 cleavage site. With the use of Hammerhead and HDV ribozymes, a double-gRNA expression vector that further improved gene-targeting efficiency was developed, and it was used to make precise deletion of the 3-kb miltefosine transporter gene (LdMT). In addition, this study identified a novel single point mutation caused by CRISPR-Cas9 in LdMT (M381T) that led to miltefosine resistance, a concern for the only available oral antileishmanial drug. Together, these results demonstrate that the CRISPR-Cas9 system represents an effective genome engineering tool for L. donovani. PMID:26199327

  9. Breaking-Cas-interactive design of guide RNAs for CRISPR-Cas experiments for ENSEMBL genomes.

    PubMed

    Oliveros, Juan C; Franch, Mònica; Tabas-Madrid, Daniel; San-León, David; Montoliu, Lluis; Cubas, Pilar; Pazos, Florencio

    2016-07-01

    The CRISPR/Cas technology is enabling targeted genome editing in multiple organisms with unprecedented accuracy and specificity by using RNA-guided nucleases. A critical point when planning a CRISPR/Cas experiment is the design of the guide RNA (gRNA), which directs the nuclease and associated machinery to the desired genomic location. This gRNA has to fulfil the requirements of the nuclease and lack homology with other genome sites that could lead to off-target effects. Here we introduce the Breaking-Cas system for the design of gRNAs for CRISPR/Cas experiments, including those based in the Cas9 nuclease as well as others recently introduced. The server has unique features not available in other tools, including the possibility of using all eukaryotic genomes available in ENSEMBL (currently around 700), placing variable PAM sequences at 5' or 3' and setting the guide RNA length and the scores per nucleotides. It can be freely accessed at: http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/breakingcas, and the code is available upon request. PMID:27166368

  10. CRISPR/Cas9 in Genome Editing and Beyond.

    PubMed

    Wang, Haifeng; La Russa, Marie; Qi, Lei S

    2016-06-01

    The Cas9 protein (CRISPR-associated protein 9), derived from type II CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) bacterial immune systems, is emerging as a powerful tool for engineering the genome in diverse organisms. As an RNA-guided DNA endonuclease, Cas9 can be easily programmed to target new sites by altering its guide RNA sequence, and its development as a tool has made sequence-specific gene editing several magnitudes easier. The nuclease-deactivated form of Cas9 further provides a versatile RNA-guided DNA-targeting platform for regulating and imaging the genome, as well as for rewriting the epigenetic status, all in a sequence-specific manner. With all of these advances, we have just begun to explore the possible applications of Cas9 in biomedical research and therapeutics. In this review, we describe the current models of Cas9 function and the structural and biochemical studies that support it. We focus on the applications of Cas9 for genome editing, regulation, and imaging, discuss other possible applications and some technical considerations, and highlight the many advantages that CRISPR/Cas9 technology offers. PMID:27145843

  11. Nucleosome breathing and remodeling constrain CRISPR-Cas9 function

    PubMed Central

    Isaac, R Stefan; Jiang, Fuguo; Doudna, Jennifer A; Lim, Wendell A; Narlikar, Geeta J; Almeida, Ricardo

    2016-01-01

    The CRISPR-Cas9 bacterial surveillance system has become a versatile tool for genome editing and gene regulation in eukaryotic cells, yet how CRISPR-Cas9 contends with the barriers presented by eukaryotic chromatin is poorly understood. Here we investigate how the smallest unit of chromatin, a nucleosome, constrains the activity of the CRISPR-Cas9 system. We find that nucleosomes assembled on native DNA sequences are permissive to Cas9 action. However, the accessibility of nucleosomal DNA to Cas9 is variable over several orders of magnitude depending on dynamic properties of the DNA sequence and the distance of the PAM site from the nucleosome dyad. We further find that chromatin remodeling enzymes stimulate Cas9 activity on nucleosomal templates. Our findings imply that the spontaneous breathing of nucleosomal DNA together with the action of chromatin remodelers allow Cas9 to effectively act on chromatin in vivo. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.13450.001 PMID:27130520

  12. Evaluation du traitement antirétroviral chez les femmes enceintes VIH-1 positif, sur la transmission de l'infection de la mère à l'enfant: cas du Centre Médical Saint Camille de Ouagadougou, au Burkina Faso

    PubMed Central

    Soubeiga, Serge Theophile; Compaore, Rebecca; Djigma, Florencia; Zagre, Nicaise; Assengone, Elsa; Traore, Lassina; Diarra, Birama; Bisseye, Cyrille; Ouermi, Djeneba; Sagna, Tani; Karou, Simplice; Pietra, Virginio; Simpore, Jacques

    2015-01-01

    Introduction L'infection au VIH chez les nouveau-nés par leur mère peut être réduite grâce à des programmes de prévention de transmission mère-enfant du VIH (PTME). L'objectif dans cette étude était d’évaluer le traitement antirétroviral chez les femmes enceintes VIH-1 positif sur la transmission mère-enfant de l'infection au Centre Médical Saint Camille de Ouagadougou, Burkina Faso. Méthodes Des échantillons de spot de sang total ont été collectés chez 160 enfants âgés de 6 semaines, nés de mères VIH-1 positif et chez 40 enfants âgés de 2 à 13 mois provenant d'orphelinats et dont les mères étaient inconnues. Ces échantillons ont été testés avec le kit Abbott Real Time HIV-1 Qualitative. Un questionnaire a permis de connaitre les âges et les fonctions des femmes enceintes. Résultats Les femmes enceintes avaient un âge moyen global de 29,50±5,19 ans. Au total, 50,5% (101/200) ont été mises sous combinaison AZT/3TC/NVP et 29,5% (59/200) étaient sous prophylaxie (AZT/3TC). Le taux de transmission verticale du VIH-1 était de 0,0% (0/160) (p < 0,001) chez les enfants dont les mères étaient sous combinaison AZT/3TC/NVP ou sous prophylaxie AZT/3TC et de 15,0% (6/40) chez les enfants orphelins qui n’étaient pas inclus dans le protocole de la PTME. Conclusion Selon les résultats, le protocole de la PTME est efficace et réduit très significativement le risque de transmission du VIH-1 de la mère à l'enfant. De plus, le dépistage par PCR, des enfants orphelins infectés verticalement par le VIH, permet leur prise en charge thérapeutique précoce. PMID:26301003

  13. Embolie de liquide amniotique: à propos de deux cas

    PubMed Central

    Elbahraoui, Houda; Bouziane, Hanane; Elghanmi, Adil; Lakhdar, Amina; Elhanchi, Zaki; Ferhati, Driss

    2012-01-01

    L’embolie de liquide amniotique (ELA) est une complication imprévisible de l’accouchement, souvent fatale, associant un collapsus cardiovasculaire sévère, un syndrome de détresse respiratoire aiguë et une hémorragie avec coagulation intra vasculaire disséminée (CIVD). Dès l’évocation du diagnostic, la prise en charge doit être multidisciplinaire et intensive. ELA est responsable d’une mortalité maternelle et néonatale importante, son incidence est extrêmement variable selon les études et le taux de mortalité maternelle varie entre 26 et 86 % selon les études. Ces dix dernières années, le pronostic materno-fœtal semble en amélioration grâce aux progrès de prise en charge standardisée multidisciplinaire sur les lieux d’accouchement. Nous rapportons deux cas d’embolie de liquide amniotique. Le premier cas s’est manifesté au cours du travail et le deuxième cas est survenu dans les suites immédiates de l’accouchement. PMID:22655108

  14. Closure Report for Corrective Action Unit 398: Area 25 Spill Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    K. B. Campbell

    2003-04-01

    This Closure Report (CR) documents the activities performed to close Corrective Action Unit (CAU) 398: Area 25 Spill Sites, in accordance with the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) of 1996, and the Nevada Division of Environmental Protection (NDEP)-approved Streamlined Approach for Environmental Restoration (SA4FER) Plan for CAU 398: Area 25 Spill Sites, Nevada Test Site, Nevada (U.S. Department of Energy, Nevada Operations Office [DOEN], 2001). CAU 398 consists of the following thirteen Corrective Action Sites (CASs) all located in Area 25 of the Nevada Test Site (NTS) (Figure 1): CAS 25-25-02, Oil Spills, CAS 25-25-03, Oil Spills, CAS 25-25-04, Oil Spills, CAS 25-25-05, Oil Spills, CAS 25-25-06, Oil Spills, CAS 25-25-07, Hydraulic Oil Spill(s), CAS 25-25-08, Hydraulic Oil Spill(s), CAS 25-25-16, Diesel Spill (from CAS 25-01-02), CAS 25-25-17, Subsurface Hydraulic Oil Spill, CAS 25-44-0 1, Fuel Spill, CAS 25-44-04, Acid Spill (from CAS 25-01-01), CAS 25-44-02, Spill, and CAS 25-44-03, Spill. Copies of the analytical results for the site verification samples are included in Appendix B. Copies of the CAU Use Restriction Information forms are included in Appendix C.

  15. Pilomatricome: étude de 22 cas

    PubMed Central

    Nasreddine, Fatima Zahra; Hali, Fouzia; Chiheb, Soumiya

    2016-01-01

    Le pilomatricome est une tumeur cutanée fréquente et bénigne du follicule pileux chez l'enfant. C'est une tumeur annexielle souvent méconnue et confondue avec d'autres lésions cutanées. Les localisations habituelles sont la tête et le cou. Le but de ce travail est de rapporter une série de 22 cas comportant des formes inhabituelles colligées au service de dermatologie sur une période allant de Janvier 2006 jusqu'au Mai 2015. L’étude a concerné 16 femmes et 6 hommes. La moyenne d’âge était de 23,3 ans (4-80 ans). La localisation cervico faciale a été observée dans 12 cas, 2 patients avaient des localisations multiples, un garçon de 4ans avait une localisation au niveau fronto-temporal et une fillette de 14 ans avait une localisation au niveau du visage et de l'avant-bras, et un patient de 48 ans avait une localisation sous unguéale. L'aspect clinique était typique dans tous les cas avec des nodules sous cutanés de consistance pierreuse. Tous les patients ont bénéficié d'une exérèse des nodules sous anesthésie locale. L’étude histologique était en faveur d'un épithélioma momifié de Malherbe d'exérèse complète sans signes de malignité. Aucun patient n'a présenté de rechute. L'originalité de notre étude réside dans la présence de localisations exceptionnelles au niveau latéro-vertébral, des membres et sous-unguéale, l’âge de survenue inhabituel à 80 ans et la présence de localisations multiples signalées chez 2 enfants. PMID:27516819

  16. Le fibromatosis colli ou torticolis congénital: son diagnostic et sa prise en charge à propos de deux cas

    PubMed Central

    Tchaou, Mazamaesso; Pegbessou, Plaodezina Essobozou; Sonhaye, Lantam; Ahouanssou, Patricia Yékpé; Amadou, Abdoulatif; Kolou, Beresa; Kama, Lidi Bessi; Garba, Nouhou Mahamadou; Koussema, Lama Kegdigoma Agoda; N'dakéna, Koffi

    2015-01-01

    Le fibromatosis colli (FC) est pseudotumeur rare du muscle sterno-cléido-mastoïdien (SCM), à l'origine d'un torticolis dit congénital chez le nouveau-né ou le nourrisson. Le mécanisme étio-pathogénique de sa survenue est sujet à controverse. Son diagnostic fait appel à l’échographie qui permet de mettre en évidence un épaississement caractéristique du muscle. Nous rapportons deux cas diagnostiqués par l’échographie avec pour un cas une notion de malposition intra-utérine et pour l'autre cas une absence totale de malposition et de traumatisme obstétrical qui pourtant est évoqué comme élément du mécanisme de survenue du FC. PMID:26834927

  17. Pyo-pneumothorax tuberculeux: à propos de 18 cas

    PubMed Central

    Hicham, Souhi; Hanane, El Ouazzani; Hicham, Janah; Ismaïl, Rhorfi; Ahmed, Abid

    2016-01-01

    Le pyo-pneumothorax tuberculeux est une complication rare mais grave de la tuberculose pulmonaire évolutive. Nous rapportons une série de 18 cas de pyo-pneumothorax tuberculeux colligés au service de Pneumo-Phtisiologie de l'Hôpital Militaire d'Instruction Mohammed V de Rabat entre janvier 2005 et décembre 2009. Il s'agit de 15 hommes et 3 femmes d’âge moyen de 35 ans ±7 ans. 4 patients étaient diabétiques. Le tabagisme était retrouvé chez 9 cas. Le pyo-pneumothorax était du coté droit dans 13 cas. La radiographie thoracique avait montré des lésions cavitaires chez 15 patients et des lésions étendues et bilatérales chez 8 cas. La recherche de BK dans le liquide de tubage gastrique était positive chez 16 cas. Un drainage thoracique associé à un traitement antituberculeux selon le régime 2SRHZ/7RH et une kinésithérapie respiratoire ont été instaurés chez tous les cas. La durée moyenne de drainage pleural était de 4 semaines. Chez 3 cas on avait noté la persistance de la suppuration pleurale ayant nécessité une toilette pleurale sous thoracoscopie avec pleurectomie et exérèse pulmonaire limitée emportant la lésion parenchymateuse tuberculeuse et la persistance d'une volumineuse poche pleurale avec trouble ventilatoire restrictif ayant nécessité une décortication pleurale chirurgicale chez deux cas. L’évolution était favorable avec pachypleurite séquellaire minime chez le reste des cas. Le pyo-pneumothorax tuberculeux est une forme grave, qui est souvent en rapport avec une tuberculose cavitaire active. L’évolution est généralement trainante malgré le traitement antituberculeux et le drainage thoracique, d'où la nécessité d'un diagnostic et un traitement précoce de toute forme de tuberculose. PMID:27583090

  18. The Structural Biology of CRISPR-Cas Systems

    PubMed Central

    Jiang, Fuguo; Doudna, Jennifer A.

    2015-01-01

    Prokaryotic CRISPR-Cas genomic loci encode RNA-mediated adaptive immune systems that bear some functional similarities with eukaryotic RNA interference. Acquired and heritable immunity against bacteriophage and plasmids begins with integration of ~30 base pair foreign DNA sequences into the host genome. CRISPR-derived transcripts assemble with CRISPR-associated (Cas) proteins to target complementary nucleic acids for degradation. Here we review recent advances in the structural biology of these targeting complexes, with a focus on structural studies of the multisubunit Type I CRISPR RNA-guided surveillance and the Cas9 DNA endonuclease found in Type II CRISPR-Cas systems. These complexes have distinct structures that are each capable of site-specific double-stranded DNA binding and local helix unwinding. PMID:25723899

  19. Methods for Optimizing CRISPR-Cas9 Genome Editing Specificity.

    PubMed

    Tycko, Josh; Myer, Vic E; Hsu, Patrick D

    2016-08-01

    Advances in the development of delivery, repair, and specificity strategies for the CRISPR-Cas9 genome engineering toolbox are helping researchers understand gene function with unprecedented precision and sensitivity. CRISPR-Cas9 also holds enormous therapeutic potential for the treatment of genetic disorders by directly correcting disease-causing mutations. Although the Cas9 protein has been shown to bind and cleave DNA at off-target sites, the field of Cas9 specificity is rapidly progressing, with marked improvements in guide RNA selection, protein and guide engineering, novel enzymes, and off-target detection methods. We review important challenges and breakthroughs in the field as a comprehensive practical guide to interested users of genome editing technologies, highlighting key tools and strategies for optimizing specificity. The genome editing community should now strive to standardize such methods for measuring and reporting off-target activity, while keeping in mind that the goal for specificity should be continued improvement and vigilance. PMID:27494557

  20. Méthotrexate et psoriasis: à propos de 46 cas

    PubMed Central

    Inani, Kawtar; Meziane, Mariame; Mernissi, Fatimazahra

    2014-01-01

    Le psoriasis est une maladie inflammatoire chronique, son traitement peut être local ou général. Le méthotrexate (MTX) est parmi les traitements systémiques du psoriasis modéré à sévère. Le but de notre étude est d’évaluer la place du MTX dans le traitement du psoriasis dans notre contexte marocain. C'est une étude rétrospective menée au service de dermatologie du CHU HASSAN II FES de 2010 à 2013. 46 patients ont répondus aux critères d'inclusions. Il s'agissait de patients de sexe masculin dans 58,7% des cas, de sujets âgés entre 18 et 45 ans dans 45,7% des cas. Le psoriasis vulgaire était la forme la plus répondue (76,1%), 56,5% avaient une surface corporelle(SC) atteinte comprise entre 25 et 50%, L’évolution était marquée par une rémission complète dans 50% des cas. Le MTX a été utilisé depuis plus de 40 ans dans le traitement du psoriasis modéré à sévère. Dans notre série le recours au MTX était nécessaire et ceci après échec d'autres thérapeutiques. Son efficacité a été constatée chez 50% des patients, avec peu d'effets secondaires. Le MTX est une molécule de référence dans le traitement du psoriasis modéré à sévère, avec un meilleur rapport coût/bénéfice/risque. PMID:25709742

  1. Potential pitfalls of CRISPR/Cas9-mediated genome editing.

    PubMed

    Peng, Rongxue; Lin, Guigao; Li, Jinming

    2016-04-01

    Recently, a novel technique named the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated protein (Cas)9 system has been rapidly developed. This genome editing tool has improved our ability tremendously with respect to exploring the pathogenesis of diseases and correcting disease mutations, as well as phenotypes. With a short guide RNA, Cas9 can be precisely directed to target sites, and functions as an endonuclease to efficiently produce breaks in DNA double strands. Over the past 30 years, CRISPR has evolved from the 'curious sequences of unknown biological function' into a promising genome editing tool. As a result of the incessant development in the CRISPR/Cas9 system, Cas9 co-expressed with custom guide RNAs has been successfully used in a variety of cells and organisms. This genome editing technology can also be applied to synthetic biology, functional genomic screening, transcriptional modulation and gene therapy. However, although CRISPR/Cas9 has a broad range of action in science, there are several aspects that affect its efficiency and specificity, including Cas9 activity, target site selection and short guide RNA design, delivery methods, off-target effects and the incidence of homology-directed repair. In the present review, we highlight the factors that affect the utilization of CRISPR/Cas9, as well as possible strategies for handling any problems. Addressing these issues will allow us to take better advantage of this technique. In addition, we also review the history and rapid development of the CRISPR/Cas system from the time of its initial discovery in 2012. PMID:26535798

  2. Traces of DU in samples of environmental bio-monitors (non-flowering plants, fungi) and soil from target sites of the Western Balkan region.

    PubMed

    Zunić, Zora S; Mietelski, Jerzy W; Błazej, Sylwia; Gaca, Paweł; Tomankiewicz, Ewa; Ujić, Predrag; Celiković, Igor; Cuknić, Olivera; Demajo, Miroslav

    2008-08-01

    This paper reports results of gamma and alpha spectrometric measurements for mosses, lichens, fungi and soil samples from areas in the Balkans targeted by depleted uranium (DU). Samples were collected in 2002 and 2003 in the vicinity of several villages, principally Han Pijesak (Bosnia and Herzegovina, hit by DU in 1995) and Bratoselce (South Serbia, hit by DU in 1999) and in lesser numbers from Gornja Stubla, Kosovo (which is identified as a high natural radon/thoron area) and Presevo close to the Kosovo border. In the course of gamma spectrometric measurements some results suggested samples with unusual high uranium contents which might be considered to be a signature for the presence of DU, although many samples had very high detection limits. Alpha spectrometric measurements directly proved the presence of DU for five samples, all from directly targeted places. These were samples of mosses, lichens and soil. For some samples homogeneity tests were applied which showed a rather even distribution of DU in these samples. No trace of DU was found in any sample from a dwelling. PMID:18502546

  3. Plasmocytome costal solitaire: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Razafimanjato, Narindra Njarasoa Mihaja; Ravoatrarilandy, Manjakaniaina; Rakotoarisoa, Andriamihaja Jean Claude; Hasiniatsy, Rodrigue; Hunald, Allen Francis; Rakototiana, Auberlin Felantsoa; Rafaramino, Florine; Rakotovao, Hanitrala Jean Louis

    2014-01-01

    Les auteurs rapportent un cas de plasmocytome solitaire particulière par leur localisation costale. Le diagnostic est basé sur la mise en évidence d'une tumeur localisée, constituée de cellules plasmocytaires monoclonales cytologiquement identiques à celles du myélome multiple, en l'absence d'autres signes en faveur d'une forme disséminée. Nous rapportons un cas de plasmocytome solitaire à localisation costale et nous discutons les aspects diagnostiques et thérapeutiques de cette affection potentiellement menacée dans son évolution par la transformation en myélome multiple. PMID:25419306

  4. L'utilisation de la polarimetrie radar et de la decomposition de Touzi pour la caracterisation et la classification des physionomies vegetales des milieux humides : le cas du lac Saint-Pierre

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Gosselin, Gabriel

    Wetlands fill many important ecological functions and contribute to the biodiversity of fauna and flora. Although there is a growing recognition of the importance to protect these areas, it remains that their integrity is still threatened by the pressure of human activities. The inventory and the systematic monitoring of wetlands are a necessity and remote sensing is the only realistic way to achieve this goal. The primary objective of this thesis is to contribute and improve the wetland characterization using satellite polarimetric data acquired in L (ALOS-PALSAR) and C (RADARSAT-2) band. This thesis is based on two hypotheses (Ch. 1). The first hypothesis stipulate that classes of plant physiognomies, based on plant structure, are more appropriate than classes of plant species because they are best adapted to the information content of polarimetric radar data. The second hypothesis states that polarimetric decomposition algorithms allow an optimal extraction of polarimetric information compared to a multi-polarized approach based on the HH, HV and VV channels (Ch. 3). In particular, the contribution of the incoherent Touzi decomposition for the inventory and monitoring of wetlands is examined in detail. This decomposition allows the characterization of the scattering type, its phase, orientation, symmetry, degree of polarization and the backscattered power of a target with a series of parameters extracted from an analysis of the coherency matrix eigenvectors and eigenvalues. The lake Saint-Pierre region was chosen as the study site because of the great diversity of its wetlands that are covering more than 20 000 ha. One of the challenges posed by this thesis is that there is neither a standard system enumerating all the possible physiognomic classes nor an accurate description of their characteristics and dimensions. Special attention was given to the creation of these classes by combining several data sources and more than 50 plant species were grouped into nine

  5. Closure Report for Corrective Action Unit 350: Miscellaneous Housekeeping Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    R. B. Jackson

    2003-05-01

    This Closure Report documents the closure activities conducted for Corrective Action Unit (CAU) 350: Miscellaneous Housekeeping sites. CAU 350 is listed in Appendix III of the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) (FFACO, 1996) and consists of the following eight Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 12 and 15 of the Nevada Test Site (NTS): CAS 12-26-01, Lead Shot; CAS 15-22-04, Drums(2); CAS 15-22-06, Drums(10); CAS 15-22-16, Drums(3); CAS 15-22-22, Hydrocarbon Impacted Soil; CAS 15-22-29, Drums(2); CAS 15-24-07, Batteries; and CAS 15-99-02, Gas Cylinder. Closure activities consisted of closing each CAS by removing debris and/or material, disposing of the generated waste, and verifying that each site was clean-closed by visual inspection and/or laboratory analysis of soil samples.

  6. An Effective Strategy for Reliably Isolating Heritable and Cas9-Free Arabidopsis Mutants Generated by CRISPR/Cas9-Mediated Genome Editing1[OPEN

    PubMed Central

    Gao, Xiuhua; Chen, Jilin; Dai, Xinhua; Zhang, Da

    2016-01-01

    Mutations generated by CRISPR/Cas9 in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) are often somatic and are rarely heritable. Isolation of mutations in Cas9-free Arabidopsis plants can ensure the stable transmission of the identified mutations to next generations, but the process is laborious and inefficient. Here, we present a simple visual screen for Cas9-free T2 seeds, allowing us to quickly obtain Cas9-free Arabidopsis mutants in the T2 generation. To demonstrate this in principle, we targeted two sites in the AUXIN-BINDING PROTEIN1 (ABP1) gene, whose function as a membrane-associated auxin receptor has been challenged recently. We obtained many T1 plants with detectable mutations near the target sites, but only a small fraction of T1 plants yielded Cas9-free abp1 mutations in the T2 generation. Moreover, the mutations did not segregate in Mendelian fashion in the T2 generation. However, mutations identified in the Cas9-free T2 plants were stably transmitted to the T3 generation following Mendelian genetics. To further simplify the screening procedure, we simultaneously targeted two sites in ABP1 to generate large deletions, which can be easily identified by PCR. We successfully generated two abp1 alleles that contained 1,141- and 711-bp deletions in the ABP1 gene. All of the Cas9-free abp1 alleles we generated were stable and heritable. The method described here allows for effectively isolating Cas9-free heritable CRISPR mutants in Arabidopsis. PMID:27208253

  7. An Effective Strategy for Reliably Isolating Heritable and Cas9-Free Arabidopsis Mutants Generated by CRISPR/Cas9-Mediated Genome Editing.

    PubMed

    Gao, Xiuhua; Chen, Jilin; Dai, Xinhua; Zhang, Da; Zhao, Yunde

    2016-07-01

    Mutations generated by CRISPR/Cas9 in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) are often somatic and are rarely heritable. Isolation of mutations in Cas9-free Arabidopsis plants can ensure the stable transmission of the identified mutations to next generations, but the process is laborious and inefficient. Here, we present a simple visual screen for Cas9-free T2 seeds, allowing us to quickly obtain Cas9-free Arabidopsis mutants in the T2 generation. To demonstrate this in principle, we targeted two sites in the AUXIN-BINDING PROTEIN1 (ABP1) gene, whose function as a membrane-associated auxin receptor has been challenged recently. We obtained many T1 plants with detectable mutations near the target sites, but only a small fraction of T1 plants yielded Cas9-free abp1 mutations in the T2 generation. Moreover, the mutations did not segregate in Mendelian fashion in the T2 generation. However, mutations identified in the Cas9-free T2 plants were stably transmitted to the T3 generation following Mendelian genetics. To further simplify the screening procedure, we simultaneously targeted two sites in ABP1 to generate large deletions, which can be easily identified by PCR. We successfully generated two abp1 alleles that contained 1,141- and 711-bp deletions in the ABP1 gene. All of the Cas9-free abp1 alleles we generated were stable and heritable. The method described here allows for effectively isolating Cas9-free heritable CRISPR mutants in Arabidopsis. PMID:27208253

  8. Closure Report for Corrective Action Unit 346: Areas 8, 10 Housekeeping Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    K. B. Campbell

    2003-08-01

    This Closure Report documents the closure activities conducted for Corrective Action Unit (CAU) 346: Areas 8, 10 Housekeeping Sites. CAU 346 is listed in Appendix III of the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO, 1996) and consists of the following 14 Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 8 and 10 of the Nevada Test Site (NTS): (1) CAS 08-22-04: Drums (2); (2) CAS 08-22-11: Drums; Bucket; (3) CAS 08-24-02: Battery; (4) CAS 10-14-01: Transformer; (5) CAS 10-22-06: Drum (Gas Block); (6) CAS 10-22-10: Drum (Gas Block); (7) CAS 10-22-12: Drum (Gas Block); (8) CAS 10-22-13: Drum (Gas Block); (9) CAS 10-22-16: Drum (Gas Block); (10) CAS 10-22-22: Drum; (11) CAS 10-22-25: Drum; (12) CAS 10-22-36: Paint Can; (13) CAS 10-22-37: Gas Block; and (14) CAS 10-24-11: Battery. Closure activities consisted of closing each CAS by removing debris and/or material, disposing of the generated waste, and verifying that each site was clean-closed by visual inspection and/or laboratory analysis of soil verification samples.

  9. CRISPR/Cas9-induced knockout and knock-in mutations in Chlamydomonas reinhardtii

    PubMed Central

    Shin, Sung-Eun; Lim, Jong-Min; Koh, Hyun Gi; Kim, Eun Kyung; Kang, Nam Kyu; Jeon, Seungjib; Kwon, Sohee; Shin, Won-Sub; Lee, Bongsoo; Hwangbo, Kwon; Kim, Jungeun; Ye, Sung Hyeok; Yun, Jae-Young; Seo, Hogyun; Oh, Hee-Mock; Kim, Kyung-Jin; Kim, Jin-Soo; Jeong, Won-Joong; Chang, Yong Keun; Jeong, Byeong-ryool

    2016-01-01

    Genome editing is crucial for genetic engineering of organisms for improved traits, particularly in microalgae due to the urgent necessity for the next generation biofuel production. The most advanced CRISPR/Cas9 system is simple, efficient and accurate in some organisms; however, it has proven extremely difficult in microalgae including the model alga Chlamydomonas. We solved this problem by delivering Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) comprising the Cas9 protein and sgRNAs to avoid cytotoxicity and off-targeting associated with vector-driven expression of Cas9. We obtained CRISPR/Cas9-induced mutations at three loci including MAA7, CpSRP43 and ChlM, and targeted mutagenic efficiency was improved up to 100 fold compared to the first report of transgenic Cas9-induced mutagenesis. Interestingly, we found that unrelated vectors used for the selection purpose were predominantly integrated at the Cas9 cut site, indicative of NHEJ-mediated knock-in events. As expected with Cas9 RNPs, no off-targeting was found in one of the mutagenic screens. In conclusion, we improved the knockout efficiency by using Cas9 RNPs, which opens great opportunities not only for biological research but also industrial applications in Chlamydomonas and other microalgae. Findings of the NHEJ-mediated knock-in events will allow applications of the CRISPR/Cas9 system in microalgae, including “safe harboring” techniques shown in other organisms. PMID:27291619

  10. Broadening Staphylococcus aureus Cas9 Targeting Range by Modifying PAM Recognition

    PubMed Central

    Kleinstiver, Benjamin P.; Prew, Michelle S.; Tsai, Shengdar Q.; Nguyen, Nhu T.; Topkar, Ved V.; Zheng, Zongli; Joung, J. Keith

    2015-01-01

    CRISPR-Cas9 nucleases are primarily guided by RNA-DNA interactions but also require Cas9-mediated recognition of a protospacer adjacent motif (PAM). While potentially advantageous for specificity, extended PAM sequences limit the targeting range of Cas9 orthologues for genome editing. One possible strategy to relieve this restriction is to relax specificities for certain positions within the PAM. Here we used molecular evolution to modify the NNGRRT PAM specificity of Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9). One variant we identified, referred to as KKH SaCas9, shows robust genome editing activities at endogenous human target sites with NNNRRT PAMs. Importantly, using GUIDE-seq, we show that both wild-type and KKH SaCas9 induce comparable numbers of off-target effects in human cells. KKH SaCas9 increased the targeting range of SaCas9 by nearly two- to four-fold. Our molecular evolution strategy does not require structural information and therefore should be applicable to a wide range of Cas9 orthologues. PMID:26524662

  11. Nucleosomes impede Cas9 access to DNA in vivo and in vitro.

    PubMed

    Horlbeck, Max A; Witkowsky, Lea B; Guglielmi, Benjamin; Replogle, Joseph M; Gilbert, Luke A; Villalta, Jacqueline E; Torigoe, Sharon E; Tjian, Robert; Weissman, Jonathan S

    2016-01-01

    The prokaryotic CRISPR (clustered regularly interspaced palindromic repeats)-associated protein, Cas9, has been widely adopted as a tool for editing, imaging, and regulating eukaryotic genomes. However, our understanding of how to select single-guide RNAs (sgRNAs) that mediate efficient Cas9 activity is incomplete, as we lack insight into how chromatin impacts Cas9 targeting. To address this gap, we analyzed large-scale genetic screens performed in human cell lines using either nuclease-active or nuclease-dead Cas9 (dCas9). We observed that highly active sgRNAs for Cas9 and dCas9 were found almost exclusively in regions of low nucleosome occupancy. In vitro experiments demonstrated that nucleosomes in fact directly impede Cas9 binding and cleavage, while chromatin remodeling can restore Cas9 access. Our results reveal a critical role of eukaryotic chromatin in dictating the targeting specificity of this transplanted bacterial enzyme, and provide rules for selecting Cas9 target sites distinct from and complementary to those based on sequence properties. PMID:26987018

  12. Nucleosomes impede Cas9 access to DNA in vivo and in vitro

    PubMed Central

    Horlbeck, Max A; Witkowsky, Lea B; Guglielmi, Benjamin; Replogle, Joseph M; Gilbert, Luke A; Villalta, Jacqueline E; Torigoe, Sharon E; Tjian, Robert; Weissman, Jonathan S

    2016-01-01

    The prokaryotic CRISPR (clustered regularly interspaced palindromic repeats)-associated protein, Cas9, has been widely adopted as a tool for editing, imaging, and regulating eukaryotic genomes. However, our understanding of how to select single-guide RNAs (sgRNAs) that mediate efficient Cas9 activity is incomplete, as we lack insight into how chromatin impacts Cas9 targeting. To address this gap, we analyzed large-scale genetic screens performed in human cell lines using either nuclease-active or nuclease-dead Cas9 (dCas9). We observed that highly active sgRNAs for Cas9 and dCas9 were found almost exclusively in regions of low nucleosome occupancy. In vitro experiments demonstrated that nucleosomes in fact directly impede Cas9 binding and cleavage, while chromatin remodeling can restore Cas9 access. Our results reveal a critical role of eukaryotic chromatin in dictating the targeting specificity of this transplanted bacterial enzyme, and provide rules for selecting Cas9 target sites distinct from and complementary to those based on sequence properties. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.12677.001 PMID:26987018

  13. CRISPR/Cas9-induced knockout and knock-in mutations in Chlamydomonas reinhardtii.

    PubMed

    Shin, Sung-Eun; Lim, Jong-Min; Koh, Hyun Gi; Kim, Eun Kyung; Kang, Nam Kyu; Jeon, Seungjib; Kwon, Sohee; Shin, Won-Sub; Lee, Bongsoo; Hwangbo, Kwon; Kim, Jungeun; Ye, Sung Hyeok; Yun, Jae-Young; Seo, Hogyun; Oh, Hee-Mock; Kim, Kyung-Jin; Kim, Jin-Soo; Jeong, Won-Joong; Chang, Yong Keun; Jeong, Byeong-Ryool

    2016-01-01

    Genome editing is crucial for genetic engineering of organisms for improved traits, particularly in microalgae due to the urgent necessity for the next generation biofuel production. The most advanced CRISPR/Cas9 system is simple, efficient and accurate in some organisms; however, it has proven extremely difficult in microalgae including the model alga Chlamydomonas. We solved this problem by delivering Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) comprising the Cas9 protein and sgRNAs to avoid cytotoxicity and off-targeting associated with vector-driven expression of Cas9. We obtained CRISPR/Cas9-induced mutations at three loci including MAA7, CpSRP43 and ChlM, and targeted mutagenic efficiency was improved up to 100 fold compared to the first report of transgenic Cas9-induced mutagenesis. Interestingly, we found that unrelated vectors used for the selection purpose were predominantly integrated at the Cas9 cut site, indicative of NHEJ-mediated knock-in events. As expected with Cas9 RNPs, no off-targeting was found in one of the mutagenic screens. In conclusion, we improved the knockout efficiency by using Cas9 RNPs, which opens great opportunities not only for biological research but also industrial applications in Chlamydomonas and other microalgae. Findings of the NHEJ-mediated knock-in events will allow applications of the CRISPR/Cas9 system in microalgae, including "safe harboring" techniques shown in other organisms. PMID:27291619

  14. CRISPR-Cas9 Based Engineering of Actinomycetal Genomes.

    PubMed

    Tong, Yaojun; Charusanti, Pep; Zhang, Lixin; Weber, Tilmann; Lee, Sang Yup

    2015-09-18

    Bacteria of the order Actinomycetales are one of the most important sources of pharmacologically active and industrially relevant secondary metabolites. Unfortunately, many of them are still recalcitrant to genetic manipulation, which is a bottleneck for systematic metabolic engineering. To facilitate the genetic manipulation of actinomycetes, we developed a highly efficient CRISPR-Cas9 system to delete gene(s) or gene cluster(s), implement precise gene replacements, and reversibly control gene expression in actinomycetes. We demonstrate our system by targeting two genes, actIORF1 (SCO5087) and actVB (SCO5092), from the actinorhodin biosynthetic gene cluster in Streptomyces coelicolor A3(2). Our CRISPR-Cas9 system successfully inactivated the targeted genes. When no templates for homology-directed repair (HDR) were present, the site-specific DNA double-strand breaks (DSBs) introduced by Cas9 were repaired through the error-prone nonhomologous end joining (NHEJ) pathway, resulting in a library of deletions with variable sizes around the targeted sequence. If templates for HDR were provided at the same time, precise deletions of the targeted gene were observed with near 100% frequency. Moreover, we developed a system to efficiently and reversibly control expression of target genes, deemed CRISPRi, based on a catalytically dead variant of Cas9 (dCas9). The CRISPR-Cas9 based system described here comprises a powerful and broadly applicable set of tools to manipulate actinomycetal genomes. PMID:25806970

  15. Rational design of a split-Cas9 enzyme complex

    PubMed Central

    Wright, Addison V.; Sternberg, Samuel H.; Taylor, David W.; Staahl, Brett T.; Bardales, Jorge A.; Kornfeld, Jack E.; Doudna, Jennifer A.

    2015-01-01

    Cas9, an RNA-guided DNA endonuclease found in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bacterial immune systems, is a versatile tool for genome editing, transcriptional regulation, and cellular imaging applications. Structures of Streptococcus pyogenes Cas9 alone or bound to single-guide RNA (sgRNA) and target DNA revealed a bilobed protein architecture that undergoes major conformational changes upon guide RNA and DNA binding. To investigate the molecular determinants and relevance of the interlobe rearrangement for target recognition and cleavage, we designed a split-Cas9 enzyme in which the nuclease lobe and α-helical lobe are expressed as separate polypeptides. Although the lobes do not interact on their own, the sgRNA recruits them into a ternary complex that recapitulates the activity of full-length Cas9 and catalyzes site-specific DNA cleavage. The use of a modified sgRNA abrogates split-Cas9 activity by preventing dimerization, allowing for the development of an inducible dimerization system. We propose that split-Cas9 can act as a highly regulatable platform for genome-engineering applications. PMID:25713377

  16. Rational design of a split-Cas9 enzyme complex

    DOE PAGESBeta

    Wright, Addison V.; Sternberg, Samuel H.; Taylor, David W.; Staahl, Brett T.; Bardales, Jorge A.; Kornfeld, Jack E.; Doudna, Jennifer A.

    2015-02-23

    Cas9, an RNA-guided DNA endonuclease found in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bacterial immune systems, is a versatile tool for genome editing, transcriptional regulation, and cellular imaging applications. Structures of Streptococcus pyogenes Cas9 alone or bound to single-guide RNA (sgRNA) and target DNA revealed a bilobed protein architecture that undergoes major conformational changes upon guide RNA and DNA binding. To investigate the molecular determinants and relevance of the interlobe rearrangement for target recognition and cleavage, we designed a split-Cas9 enzyme in which the nuclease lobe and α-helical lobe are expressed as separate polypeptides. The lobes do not interactmore » on their own, the sgRNA recruits them into a ternary complex that recapitulates the activity of full-length Cas9 and catalyzes site-specific DNA cleavage. The use of a modified sgRNA abrogates split-Cas9 activity by preventing dimerization, allowing for the development of an inducible dimerization system. We propose that split-Cas9 can act as a highly regulatable platform for genome-engineering applications.« less

  17. Rational design of a split-Cas9 enzyme complex

    SciTech Connect

    Wright, Addison V.; Sternberg, Samuel H.; Taylor, David W.; Staahl, Brett T.; Bardales, Jorge A.; Kornfeld, Jack E.; Doudna, Jennifer A.

    2015-02-23

    Cas9, an RNA-guided DNA endonuclease found in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bacterial immune systems, is a versatile tool for genome editing, transcriptional regulation, and cellular imaging applications. Structures of Streptococcus pyogenes Cas9 alone or bound to single-guide RNA (sgRNA) and target DNA revealed a bilobed protein architecture that undergoes major conformational changes upon guide RNA and DNA binding. To investigate the molecular determinants and relevance of the interlobe rearrangement for target recognition and cleavage, we designed a split-Cas9 enzyme in which the nuclease lobe and α-helical lobe are expressed as separate polypeptides. The lobes do not interact on their own, the sgRNA recruits them into a ternary complex that recapitulates the activity of full-length Cas9 and catalyzes site-specific DNA cleavage. The use of a modified sgRNA abrogates split-Cas9 activity by preventing dimerization, allowing for the development of an inducible dimerization system. We propose that split-Cas9 can act as a highly regulatable platform for genome-engineering applications.

  18. Generating Mouse Models Using CRISPR-Cas9-Mediated Genome Editing.

    PubMed

    Qin, Wenning; Kutny, Peter M; Maser, Richard S; Dion, Stephanie L; Lamont, Jeffrey D; Zhang, Yingfan; Perry, Greggory A; Wang, Haoyi

    2016-01-01

    The CRISPR-Cas9 system in bacteria and archaea has recently been exploited for genome editing in various model organisms, including mice. The CRISPR-Cas9 reagents can be delivered directly into the mouse zygote to derive a mutant animal carrying targeted genetic modifications. The major components of the system include the guide RNA, which provides target specificity, the Cas9 nuclease that creates the DNA double-strand break, and the donor oligonucleotide or plasmid carrying the intended mutation flanked by sequences homologous to the target site. Here we describe the general considerations and experimental protocols for creating genetically modified mice using the CRISPR-Cas9 system. PMID:26928663

  19. Transcriptional Regulation with CRISPR/Cas9 Effectors in Mammalian Cells.

    PubMed

    Pham, Hannah; Kearns, Nicola A; Maehr, René

    2016-01-01

    CRISPR/Cas9-based regulation of gene expression provides the scientific community with a new high-throughput tool to dissect the role of genes in molecular processes and cellular functions. Single-guide RNAs allow for recruitment of a nuclease-dead Cas9 protein and transcriptional Cas9-effector fusion proteins to specific genomic loci, thereby modulating gene expression. We describe the application of a CRISPR-Cas9 effector system from Streptococcus pyogenes for transcriptional regulation in mammalian cells resulting in activation or repression of transcription. We present methods for appropriate target site selection, sgRNA design, and delivery of dCas9 and dCas9-effector system components into cells through lentiviral transgenesis to modulate transcription. PMID:26463376

  20. Accouchement de jumeaux conjoints de découverte fortuite au cours du travail au CHU de Dakar

    PubMed Central

    Guèye, Mamour; Guèye, Serigne Modou Kane; Guèye, Mame Diarra Ndiaye; Diouf, Abdoul Aziz; Niang, Mouhamadou Mansour; Diallo, Moussa; Cissé, Mamadou Lamine; Moreau, Jean Charles

    2012-01-01

    L'objectif de cette étude était de rapporter 3 cas de jumeaux conjoints, discuter de l'importance du diagnostic anténatal et de décrire les particularités diagnostiques, thérapeutiques et évolutives. Sur 45700 accouchements du 1er Février 2009 au 31 Décembre 2011, 3 cas de jumeaux conjoints ont été enregistrés, soit 1 cas pour 15000 accouchements. Ces cas ont été diagnostiqués au cours du travail au décours d'une dystocie mécanique ou d'une césarienne réalisée pour une autre indication. Il s'agissait d'un cas de jumeaux conjoints thoraco-omphalopages, un cas de diprosopes et un cas de dicéphales. L'accouchement dans les trois cas était fait par voie haute permettant d'extraire des mort-nés frais. Nous insistons sur l'intérêt d'un diagnostic anténatal précoce par le recours à l’échographie afin d’éviter les accidents mécaniques d'un accouchement qui ne saurait s'accomplir par voie basse. PMID:23133702

  1. Host Double Strand Break Repair Generates HIV-1 Strains Resistant to CRISPR/Cas9

    PubMed Central

    Yoder, Kristine E.; Bundschuh, Ralf

    2016-01-01

    CRISPR/Cas9 genome editing has been proposed as a therapeutic treatment for HIV-1 infection. CRISPR/Cas9 induced double strand breaks (DSBs) targeted to the integrated viral genome have been shown to decrease production of progeny virus. Unfortunately HIV-1 evolves rapidly and may readily produce CRISPR/Cas9 resistant strains. Here we used next-generation sequencing to characterize HIV-1 strains that developed resistance to six different CRISPR/Cas9 guide RNAs (gRNAs). Reverse transcriptase (RT) derived base substitution mutations were commonly found at sites encoding unpaired bases of RNA stem-loop structures. In addition to RT mutations, insertion and/or deletion (indel) mutations were common. Indels localized to the CRISPR/Cas9 cleavage site were major contributors to CRISPR gRNA resistance. While most indels at non-coding regions were a single base pair, 3 base pair indels were observed when a coding region of HIV-1 was targeted. The DSB repair event may preserve the HIV-1 reading frame, while destroying CRISPR gRNA homology. HIV-1 may be successfully edited by CRISPR/Cas9, but the virus remains competent for replication and resistant to further CRISPR/Cas9 targeting at that site. These observations strongly suggest that host DSB repair at CRISPR/Cas9 cleavage sites is a novel and important pathway that may contribute to HIV-1 therapeutic resistance. PMID:27404981

  2. Host Double Strand Break Repair Generates HIV-1 Strains Resistant to CRISPR/Cas9.

    PubMed

    Yoder, Kristine E; Bundschuh, Ralf

    2016-01-01

    CRISPR/Cas9 genome editing has been proposed as a therapeutic treatment for HIV-1 infection. CRISPR/Cas9 induced double strand breaks (DSBs) targeted to the integrated viral genome have been shown to decrease production of progeny virus. Unfortunately HIV-1 evolves rapidly and may readily produce CRISPR/Cas9 resistant strains. Here we used next-generation sequencing to characterize HIV-1 strains that developed resistance to six different CRISPR/Cas9 guide RNAs (gRNAs). Reverse transcriptase (RT) derived base substitution mutations were commonly found at sites encoding unpaired bases of RNA stem-loop structures. In addition to RT mutations, insertion and/or deletion (indel) mutations were common. Indels localized to the CRISPR/Cas9 cleavage site were major contributors to CRISPR gRNA resistance. While most indels at non-coding regions were a single base pair, 3 base pair indels were observed when a coding region of HIV-1 was targeted. The DSB repair event may preserve the HIV-1 reading frame, while destroying CRISPR gRNA homology. HIV-1 may be successfully edited by CRISPR/Cas9, but the virus remains competent for replication and resistant to further CRISPR/Cas9 targeting at that site. These observations strongly suggest that host DSB repair at CRISPR/Cas9 cleavage sites is a novel and important pathway that may contribute to HIV-1 therapeutic resistance. PMID:27404981

  3. Dual nuclease activity of a Cas2 protein in CRISPR-Cas subtype I-B of Leptospira interrogans.

    PubMed

    Dixit, Bhuvan; Ghosh, Karukriti Kaushik; Fernandes, Gary; Kumar, Pankaj; Gogoi, Prerana; Kumar, Manish

    2016-04-01

    Leptospira interrogans serovar Copenhageni strain Fiocruz L1-130 carries a set of cas genes associated with CRISPR-Cas subtype I-B. Herein, we report for the first time active transcription of a set of cas genes (cas1 to cas8) of L. interrogans where cas4, cas1, cas2 and cas6, cas3, cas8, cas7, cas5 are clustered together in two independent operons. As an initial step toward comprehensive understanding of CRISPR-Cas system in spirochete, the biochemical study of one of the core Leptospira Cas2 proteins (Lep_Cas2) showed nuclease activity on both DNA and RNA in a nonspecific manner. Additionally, unlike other known Cas2 proteins, Lep_Cas2 showed metal-independent RNase activity and preferential activity on RNA over DNA. These results provide insight for understanding Cas2 diversity existing in the prokaryotic adaptive immune system. PMID:26950513

  4. La gigantomastie: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Mamouni, Nisrine; Erraghay, Sanaa; Oufkir, Aya; Saadi, Hanane; Bouchikhi, Chahrazed; Banani, Abdelaziz

    2014-01-01

    L'hypertrophie virginale ou gigantomastie est une mastopathie rare de cause inconnue. Elle survient au moment de la puberté et se manifeste cliniquement par un accroissement rapide et bilatéral du volume des seins. Les dosages hormonaux sont habituellement normaux et la biopsie du sein montre une accentuation du tissu mésenchymateux. Du fait des complications mécaniques et psychologiques liées aux poids et volume excessifs des seins, un traitement chirurgical rapide et efficace s'impose. Le But est de rapporter un cas rare de gigantomastie juvénile, discuter les éventualités thérapeutiques ainsi que le pronostic. PMID:25419292

  5. XANES and Raman spectrometry on glasses and crystals in the CAS system.

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Neuville, N.; Cormier, C.; Flank, F.; Massiot, M.

    2003-04-01

    XANES and Raman spectrometry on glasses and crystals in the CAS system. DANIEL R. NEUVILLE1, LAURENT CORMIER2 ANNE-MARIE FLANK3 and DOMINIQUE MASSIOT4 1Laboratoire de physico-chimie des fluides géologiques, IPGP-CNRS-UMR7047, 4 place Jussieu, 75252 Paris 2Laboratoire de Minéralogie et de Cristallographie, Universités PARIS 6 et 7, IPGP, UMR CNRS 7590, 4 place Jussieu, 75252 Paris 3Laboratoire pour l’Utilisation du Rayonnement Electromagnétique, Bat. 209D, B.P. 34, 91898, Orsay Cedex France 4UPR 4212, CNRS-CRMHT1d, avenue de la recherche scientifique F-45071 Orléans Cedex 2. Calcium aluminate and aluminosilicate glasses are attractive materials for a wide range of technical applications due to their highly refractory nature, their excellent optical and mechanical properties. The CaO-Al2O3-SiO2 system (CAS) is remarkable since glasses with very few SiO2 content can be synthesized, contrary to alkali or Mg aluminosilicate glasses. We have synthesized more than 40 different glasses in the CAS system using quenching method and 15 glasses using laser heating. These glasses were studied using a Raman spectrometer T64000 from Jobin-Yvon-Dilor company, X-ray absorption spectroscopy at Si, Al, Ca K edges the SA32 and D44 beamlines at LURE and NMR-700MHz. Cormier et al (2000) have shown using X-ray and neutron diffraction that aluminium is in 4-fold coordination in this ternary system. In this present study, we present Raman and XANES obtained at room temperature for these glasses. On the join SiO2-CaAl2O4 glass, we observed a decrease in Raman frequency with increasing CaAl2O4 content for all the bands. In particular, we observed a big decrease in frequency for the T4 band near 1150 cm-1 assigned to T-O0 in T4 units. This decrease suggests that aluminium substitutes principally for Si4+ in the fully polymerized structural units (TO2) according with Neuville and Mysen (1996). On the join SiO2-Ca3Al2O7 (R=CaO/AL2O3=3), we observed a decrease for all bands with

  6. Migration pelvienne de broche guide dans la chirurgie des fractures de hanche: à propos de 3 cas

    PubMed Central

    Guèye, Mohamadou Lamine; Thiam, Ousmane; Touré, Alpha Oumar; Seck, Mamadou; Cissé, Mamadou; Kâ, Ousmane; Dieng, Madieng; Dia, Abderahmane; Touré, Cheikh Tidiane

    2015-01-01

    La migration de matériel d'ostéosynthèse est une complication bien connue du traitement chirurgical des fractures. Toutefois, la migration pelvienne de broche guide dans la chirurgie des fractures de la hanche est un incident rare et potentiellement grave. Nous rapportons 3 observations dans lesquelles on notait une migration de broche guide dans le pelvis lors d'une ostéosynthèse dela hanche de type DHS. L'indication chirurgicale était une fracture per-trochantérienne dans 2 cas et une fracture du col fémoral type 4 de Garden dans 1 cas. Une minilaparotomie permettait d'objectiver une plaie du ligament large gauche et un hématome ligamentaire dans 1 cas, tandis que dans les 2 autres cas, il n'y avait pas de lésion viscérale. L'extraction de la broche a été effectuée dans les 3 cas. Les suites opératoires ont été simples chez tous les patients. PMID:26327949

  7. Pontage fémoro-fémoral croisé avec tunnulisation périnéale sous-scrotale pour une infection grave du triangle de scarpa

    PubMed Central

    Mrad, Melek Ben; Miri, Rim; Kaouel, Karim; Derbel, Bilel; Tarzi, Mariem; Ghedira, Faker; Kalfat, Tawfik; Mizouni, Hbiba; Khayati, Adel

    2015-01-01

    Nous décrivons dans cet article une technique de revascularisation des patients ayant une infection de prothèse vasculaire sus-crurale au niveau dutriangle de scarpa, et qui minimise le risque d'infection récurrente du greffon. Cette technique consiste en un pontage fémoro-fémoral croisé avec un tunnel périnéal sous-cutané loin du scarpa infecté que le tunnel classique sus-pubiensous-cutané ne permet pas. Nous rapportons le cas d'un patient âgé de 52 ans, artéritique, multi-opérés, admis pour infection du scarpa droit sur un pontage fémoro-fémoral prothétique perméable, le patient a eu une explantation de ce pontage et une revascularisation par un pontage périnéal sous-scrotal veineux loin du site infectieux; l’évolution a été excellente et le pontage est encore perméable après deux ans de suivi. Le pontage fémoro-fémoral périnéal est une procédure exceptionnellement réalisée, mais qui peut constituer une vraie option thérapeutique de revascularisation chez les patients avec une infection du scarpa. PMID:26955419

  8. Trans-spliced Cas9 allows cleavage of HBB and CCR5 genes in human cells using compact expression cassettes.

    PubMed

    Fine, Eli J; Appleton, Caleb M; White, Douglas E; Brown, Matthew T; Deshmukh, Harshavardhan; Kemp, Melissa L; Bao, Gang

    2015-01-01

    CRISPR/Cas9 systems have been used in a wide variety of biological studies; however, the large size of CRISPR/Cas9 presents challenges in packaging it within adeno-associated viruses (AAVs) for clinical applications. We identified a two-cassette system expressing pieces of the S. pyogenes Cas9 (SpCas9) protein which splice together in cellula to form a functional protein capable of site-specific DNA cleavage. With specific CRISPR guide strands, we demonstrated the efficacy of this system in cleaving the HBB and CCR5 genes in human HEK-293T cells as a single Cas9 and as a pair of Cas9 nickases. The trans-spliced SpCas9 (tsSpCas9) displayed ~35% of the nuclease activity compared with the wild-type SpCas9 (wtSpCas9) at standard transfection doses, but had substantially decreased activity at lower dosing levels. The greatly reduced open reading frame length of the tsSpCas9 relative to wtSpCas9 potentially allows for more complex and longer genetic elements to be packaged into an AAV vector including tissue-specific promoters, multiplexed guide RNA expression, and effector domain fusions to SpCas9. For unknown reasons, the tsSpCas9 system did not work in all cell types tested. The use of protein trans-splicing may help facilitate exciting new avenues of research and therapeutic applications through AAV-based delivery of CRISPR/Cas9 systems. PMID:26126518

  9. Modulating the Cascade architecture of a minimal Type I-F CRISPR-Cas system.

    PubMed

    Gleditzsch, Daniel; Müller-Esparza, Hanna; Pausch, Patrick; Sharma, Kundan; Dwarakanath, Srivatsa; Urlaub, Henning; Bange, Gert; Randau, Lennart

    2016-07-01

    Shewanella putrefaciens CN-32 contains a single Type I-Fv CRISPR-Cas system which confers adaptive immunity against bacteriophage infection. Three Cas proteins (Cas6f, Cas7fv, Cas5fv) and mature CRISPR RNAs were shown to be required for the assembly of an interference complex termed Cascade. The Cas protein-CRISPR RNA interaction sites within this complex were identified via mass spectrometry. Additional Cas proteins, commonly described as large and small subunits, that are present in all other investigated Cascade structures, were not detected. We introduced this minimal Type I system in Escherichia coli and show that it provides heterologous protection against lambda phage. The absence of a large subunit suggests that the length of the crRNA might not be fixed and recombinant Cascade complexes with drastically shortened and elongated crRNAs were engineered. Size-exclusion chromatography and small-angle X-ray scattering analyses revealed that the number of Cas7fv backbone subunits is adjusted in these shortened and extended Cascade variants. Larger Cascade complexes can still confer immunity against lambda phage infection in E. coli Minimized Type I CRISPR-Cas systems expand our understanding of the evolution of Cascade assembly and diversity. Their adjustable crRNA length opens the possibility for customizing target DNA specificity. PMID:27216815

  10. CRISPR-Cas: New Tools for Genetic Manipulations from Bacterial Immunity Systems.

    PubMed

    Jiang, Wenyan; Marraffini, Luciano A

    2015-01-01

    Prokaryotic CRISPR-Cas loci encode proteins that function as an adaptive immune system against infectious viruses and plasmids. Immunity is mediated by Cas nucleases and small RNA guides, which specify a cleavage site within the genome of the invader. In type II CRISPR-Cas systems, the RNA-guided Cas9 nuclease cleaves the DNA. Cas9 can be reprogrammed to create double-strand DNA breaks in the genomes of a variety of organisms, from bacteria to human cells. Repair of Cas9 lesions by homologous recombination or nonhomologous end joining mechanisms can lead to the introduction of specific nucleotide substitutions or indel mutations, respectively. Furthermore, a nuclease-null Cas9 has been developed to regulate endogenous gene expression and to label genomic loci in living cells. Targeted genome editing and gene regulation mediated by Cas9 are easy to program, scale, and multiplex, allowing researchers to decipher the causal link between genetic and phenotypic variation. In this review, we describe the most notable applications of Cas9 in basic biology, translational medicine, synthetic biology, biotechnology, and other fields. PMID:26209264

  11. Harnessing heterologous and endogenous CRISPR-Cas machineries for efficient markerless genome editing in Clostridium

    PubMed Central

    Pyne, Michael E.; Bruder, Mark R.; Moo-Young, Murray; Chung, Duane A.; Chou, C. Perry

    2016-01-01

    Application of CRISPR-Cas9 systems has revolutionized genome editing across all domains of life. Here we report implementation of the heterologous Type II CRISPR-Cas9 system in Clostridium pasteurianum for markerless genome editing. Since 74% of species harbor CRISPR-Cas loci in Clostridium, we also explored the prospect of co-opting host-encoded CRISPR-Cas machinery for genome editing. Motivation for this work was bolstered from the observation that plasmids expressing heterologous cas9 result in poor transformation of Clostridium. To address this barrier and establish proof-of-concept, we focus on characterization and exploitation of the C. pasteurianum Type I-B CRISPR-Cas system. In silico spacer analysis and in vivo interference assays revealed three protospacer adjacent motif (PAM) sequences required for site-specific nucleolytic attack. Introduction of a synthetic CRISPR array and cpaAIR gene deletion template yielded an editing efficiency of 100%. In contrast, the heterologous Type II CRISPR-Cas9 system generated only 25% of the total yield of edited cells, suggesting that native machinery provides a superior foundation for genome editing by precluding expression of cas9 in trans. To broaden our approach, we also identified putative PAM sequences in three key species of Clostridium. This is the first report of genome editing through harnessing native CRISPR-Cas machinery in Clostridium. PMID:27157668

  12. Modulating the Cascade architecture of a minimal Type I-F CRISPR-Cas system

    PubMed Central

    Gleditzsch, Daniel; Müller-Esparza, Hanna; Pausch, Patrick; Sharma, Kundan; Dwarakanath, Srivatsa; Urlaub, Henning; Bange, Gert; Randau, Lennart

    2016-01-01

    Shewanella putrefaciens CN-32 contains a single Type I-Fv CRISPR-Cas system which confers adaptive immunity against bacteriophage infection. Three Cas proteins (Cas6f, Cas7fv, Cas5fv) and mature CRISPR RNAs were shown to be required for the assembly of an interference complex termed Cascade. The Cas protein-CRISPR RNA interaction sites within this complex were identified via mass spectrometry. Additional Cas proteins, commonly described as large and small subunits, that are present in all other investigated Cascade structures, were not detected. We introduced this minimal Type I system in Escherichia coli and show that it provides heterologous protection against lambda phage. The absence of a large subunit suggests that the length of the crRNA might not be fixed and recombinant Cascade complexes with drastically shortened and elongated crRNAs were engineered. Size-exclusion chromatography and small-angle X-ray scattering analyses revealed that the number of Cas7fv backbone subunits is adjusted in these shortened and extended Cascade variants. Larger Cascade complexes can still confer immunity against lambda phage infection in E. coli. Minimized Type I CRISPR-Cas systems expand our understanding of the evolution of Cascade assembly and diversity. Their adjustable crRNA length opens the possibility for customizing target DNA specificity. PMID:27216815

  13. Harnessing heterologous and endogenous CRISPR-Cas machineries for efficient markerless genome editing in Clostridium.

    PubMed

    Pyne, Michael E; Bruder, Mark R; Moo-Young, Murray; Chung, Duane A; Chou, C Perry

    2016-01-01

    Application of CRISPR-Cas9 systems has revolutionized genome editing across all domains of life. Here we report implementation of the heterologous Type II CRISPR-Cas9 system in Clostridium pasteurianum for markerless genome editing. Since 74% of species harbor CRISPR-Cas loci in Clostridium, we also explored the prospect of co-opting host-encoded CRISPR-Cas machinery for genome editing. Motivation for this work was bolstered from the observation that plasmids expressing heterologous cas9 result in poor transformation of Clostridium. To address this barrier and establish proof-of-concept, we focus on characterization and exploitation of the C. pasteurianum Type I-B CRISPR-Cas system. In silico spacer analysis and in vivo interference assays revealed three protospacer adjacent motif (PAM) sequences required for site-specific nucleolytic attack. Introduction of a synthetic CRISPR array and cpaAIR gene deletion template yielded an editing efficiency of 100%. In contrast, the heterologous Type II CRISPR-Cas9 system generated only 25% of the total yield of edited cells, suggesting that native machinery provides a superior foundation for genome editing by precluding expression of cas9 in trans. To broaden our approach, we also identified putative PAM sequences in three key species of Clostridium. This is the first report of genome editing through harnessing native CRISPR-Cas machinery in Clostridium. PMID:27157668

  14. Efficient Production of Gene-Modified Mice using Staphylococcus aureus Cas9

    PubMed Central

    Zhang, Xiya; Liang, Puping; Ding, Chenhui; Zhang, Zhen; Zhou, Jianwen; Xie, Xiaowei; Huang, Rui; Sun, Ying; Sun, Hongwei; Zhang, Jinran; Xu, Yanwen; Songyang, Zhou; Huang, Junjiu

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas system is an efficient genome-editing tool to modify genes in mouse zygotes. However, only the Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) has been systematically tested for generating gene-modified mice. The protospacer adjacent motif (PAM, 5′-NGG-3′) recognized by SpCas9 limits the number of potential target sites for this system. Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9), with its smaller size and unique PAM (5′-NNGRRT-3′) preferences, presents an alternative for genome editing in zygotes. Here, we showed that SaCas9 could efficiently and specifically edit the X-linked gene Slx2 and the autosomal gene Zp1 in mouse zygotes. SaCas9-mediated disruption of the tyrosinase (Tyr) gene led to C57BL/6J mice with mosaic coat color. Furthermore, multiplex targeting proved efficient multiple genes disruption when we co-injected gRNAs targeting Slx2, Zp1, and Tyr together with SaCas9 mRNA. We were also able to insert a Flag tag at the C-terminus of histone H1c, when a Flag-encoding single-stranded DNA oligo was co-introduced into mouse zygotes with SaCas9 mRNA and the gRNA. These results indicate that SaCas9 can specifically cleave the target gene locus, leading to successful gene knock-out and precise knock-in in mouse zygotes, and highlight the potential of using SaCas9 for genome editing in preimplantation embryos and producing gene-modified animal models. PMID:27586692

  15. Highly efficient heritable plant genome engineering using Cas9 orthologues from Streptococcus thermophilus and Staphylococcus aureus.

    PubMed

    Steinert, Jeannette; Schiml, Simon; Fauser, Friedrich; Puchta, Holger

    2015-12-01

    The application of the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas system of Streptococcus pyogenes (SpCas9) is currently revolutionizing genome engineering in plants. However, synthetic plant biology will require more complex manipulations of genomes and transcriptomes. The simultaneous addressing of different specific genomic sites with independent enzyme activities within the same cell is a key to this issue. Such approaches can be achieved by the adaptation of additional bacterial orthologues of the CRISPR/Cas system for use in plant cells. Here, we show that codon-optimised Cas9 orthologues from Streptococcus thermophilus (St1Cas9) and Staphylococcus aureus (SaCas9) can both be used to induce error-prone non-homologous end-joining-mediated targeted mutagenesis in the model plant Arabidopsis thaliana at frequencies at least comparable to those that have previously been reported for the S. pyogenes CRISPR/Cas system. Stable inheritance of the induced targeted mutations of the ADH1 gene was demonstrated for both St1Cas9- and SaCas9-based systems at high frequencies. We were also able to demonstrate that the SaCas9 and SpCas9 proteins enhance homologous recombination via the induction of double-strand breaks only in the presence of their species-specific single guide (sg) RNAs. These proteins are not prone to inter-species interference with heterologous sgRNA expression constructs. Thus, the CRISPR/Cas systems of S. pyogenes and S. aureus should be appropriate for simultaneously addressing different sequence motifs with different enzyme activities in the same plant cell. PMID:26576927

  16. Efficient Production of Gene-Modified Mice using Staphylococcus aureus Cas9.

    PubMed

    Zhang, Xiya; Liang, Puping; Ding, Chenhui; Zhang, Zhen; Zhou, Jianwen; Xie, Xiaowei; Huang, Rui; Sun, Ying; Sun, Hongwei; Zhang, Jinran; Xu, Yanwen; Songyang, Zhou; Huang, Junjiu

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas system is an efficient genome-editing tool to modify genes in mouse zygotes. However, only the Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) has been systematically tested for generating gene-modified mice. The protospacer adjacent motif (PAM, 5'-NGG-3') recognized by SpCas9 limits the number of potential target sites for this system. Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9), with its smaller size and unique PAM (5'-NNGRRT-3') preferences, presents an alternative for genome editing in zygotes. Here, we showed that SaCas9 could efficiently and specifically edit the X-linked gene Slx2 and the autosomal gene Zp1 in mouse zygotes. SaCas9-mediated disruption of the tyrosinase (Tyr) gene led to C57BL/6J mice with mosaic coat color. Furthermore, multiplex targeting proved efficient multiple genes disruption when we co-injected gRNAs targeting Slx2, Zp1, and Tyr together with SaCas9 mRNA. We were also able to insert a Flag tag at the C-terminus of histone H1c, when a Flag-encoding single-stranded DNA oligo was co-introduced into mouse zygotes with SaCas9 mRNA and the gRNA. These results indicate that SaCas9 can specifically cleave the target gene locus, leading to successful gene knock-out and precise knock-in in mouse zygotes, and highlight the potential of using SaCas9 for genome editing in preimplantation embryos and producing gene-modified animal models. PMID:27586692

  17. CRISPR/Cas9-targeted mutagenesis in Caenorhabditis elegans.

    PubMed

    Waaijers, Selma; Portegijs, Vincent; Kerver, Jana; Lemmens, Bennie B L G; Tijsterman, Marcel; van den Heuvel, Sander; Boxem, Mike

    2013-11-01

    The generation of genetic mutants in Caenorhabditis elegans has long relied on the selection of mutations in large-scale screens. Directed mutagenesis of specific loci in the genome would greatly speed up analysis of gene function. Here, we adapt the CRISPR/Cas9 system to generate mutations at specific sites in the C. elegans genome. PMID:23979586

  18. Le kyste hydatique du cordon spermatique: une localisation exceptionnelle

    PubMed Central

    Hamdane, Mohamed Moncef; Bougrine, Fethi; Msakni, Issam; Dhaoui-Ghozzi, Amen; Bouziani, Ammar

    2011-01-01

    L’ hydatidose est une anthropo-zoonose due au développement chez l'homme de la forme larvaire du taenia Echinococcus granulosis. La plupart des kystes hydatiques se localisent dans le foie et les poumons. Le kyste hydatique du cordon spermatique est extrêmement rare avec seulement 4 cas rapportés dans la littérature. Les auteurs rapportent dans cet article un nouveau cas d'hydatidose du cordon spermatique. Il s'agissait d'un homme de 40 ans qui consultait pour des douleurs scrotales évoluant depuis huit mois. L'examen clinique a mis en évidence une tuméfaction mobile, inguino-scrotale, droite. L’échographie testiculaire a objectivé une hernie inguinale droite associée à deux kystes épididymaires bilatéraux. Le patient a été opéré pour cure de son hernie avec découverte en per-opératoire d'un kyste du cordon spermatique qui a été réséqué. L'examen anatomopathologique a conclu à une hydatidose du cordon spermatique. PMID:22384304

  19. Lentivirus pre-packed with Cas9 protein for safer gene editing.

    PubMed

    Choi, J G; Dang, Y; Abraham, S; Ma, H; Zhang, J; Guo, H; Cai, Y; Mikkelsen, J G; Wu, H; Shankar, P; Manjunath, N

    2016-07-01

    The CRISPR/Cas9 system provides an easy way to edit specific site/s in the genome and thus offers tremendous opportunity for human gene therapy for a wide range of diseases. However, one major concern is off-target effects, particularly with long-term expression of Cas9 nuclease when traditional expression methods such as via plasmid/viral vectors are used. To overcome this limitation, we pre-packaged Cas9 protein (Cas9P LV) in lentiviral particles for transient exposure and showed its effectiveness for gene disruption in cells, including primary T cells expressing specific single guide RNAs (sgRNAs). We then constructed an 'all in one virus' to express sgRNAs in association with pre-packaged Cas9 protein (sgRNA/Cas9P LV). We successfully edited CCR5 in TZM-bl cells by this approach. Using an sgRNA-targeting HIV long terminal repeat, we also were able to disrupt HIV provirus in the J-LAT model of viral latency. Moreover, we also found that pre-packaging Cas9 protein in LV particle reduced off-target editing of chromosome 4:-29134166 locus by CCR5 sgRNA, compared with continued expression from the vector. These results show that sgRNA/Cas9P LV can be used as a safer approach for human gene therapy applications. PMID:27052803

  20. Prolongation anormale d'un bloc fémoral analgésique: cas Clinique

    PubMed Central

    Koné, Joseph; Bensghir, Mustapha; Boutayeb, El Houcine; Haimeur, Charki

    2015-01-01

    La prolongation anormale d'un bloc nerveux peut être définie comme un dépassement du délai habituel de récupération sensitive ou motrice. A travers un cas clinique d'une prolongation anormale d'un bloc analgésique et une revue de la littérature, les auteurs discutent les facteurs de risque et les moyens de prévention de cette complication. PMID:26918085

  1. Pseudarthrose de l'extrémité inférieure du fémur traitée par mégaprothèse: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Elidrissi, Mohammed; Hammou, Nassereddine; Shimi, Mohammed; Elibrahimi, Abdelhalim; Elmrini, Abdelmajid

    2013-01-01

    Les pseudarthroses de l'extrémité distale du fémur sont relativement rares du fait de la qualité de la vascularisation de cette région. La prise en charge d'une telle complication pose un certain nombre de difficultés. Le traitement chirurgical fait appel à plusieurs techniques conservatrices, le traitement par prothèse peut s'avérer utile quand la perte de substance est importante chez le sujet âgé. L'objectif de ce travail est de discuter l'intérêt de la mégaprothèse du genou dans le traitement de la pseudarthrose de l'extrémité distale du fémur, à travers l’étude de l'observation d'une patiente et revue de la littérature. Il s'agit d'une patiente âgée de 62 ans qui présente une pseudarthrose de l'extrémité distale du fémur gauche. Sur le plan clinique la patiente présente des douleurs du genou gauche, avec gène fonctionnelle importante. Le score de l'IKS préopératoire était de 60. Elle a bénéficié d'un remplacement prothétique par une mégaprothèse du genou. En postopératoire la flexion du genou était à 90°, le score de l'IKS était de 130. A travers l’étude de cette observation, et la revue de la littérature, nous pensons que l'utilisation de mégaprothèse du genou, constitue une solution efficace et durable pour le traitement des pseudarthroses du fémur distal et particulièrement chez le sujet âgé. Cette technique permet de répondre aux impératifs d'un tel aléa de la consolidation: lutter contre la douleur et garantir une mobilité satisfaisante permettant de répondre aux besoins de la vie quotidienne du patient et ainsi améliorer sa qualité de vie. PMID:24396555

  2. Anchoring the Distance Scale via X-Ray/Infrared Data for Cepheid Clusters: SU Cas

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Majaess, D.; Turner, D. G.; Gallo, L.; Gieren, W.; Bonatto, C.; Lane, D. J.; Balam, D.; Berdnikov, L.

    2012-07-01

    New X-ray (XMM-Newton) and JHKs (Observatoire du Mont-Mégantic) observations for members of the star cluster Alessi 95, which Turner et al. discovered hosts the classical Cepheid SU Cas, were used in tandem with UCAC3 (proper motion) and Two Micron All Sky Survey observations to determine precise cluster parameters: E(J - H) = 0.08 ± 0.02 and d = 405 ± 15 pc. The ensuing consensus among cluster, pulsation, and trigonometric distances (d=414+/- 5(\\sigma _{\\bar{x}}) +/- 10 (\\sigma) pc) places SU Cas in a select group of nearby fundamental Cepheid calibrators (δ Cep, ζ Gem). High-resolution X-ray observations may be employed to expand that sample as the data proved pertinent for identifying numerous stars associated with SU Cas. Acquiring X-ray observations of additional fields may foster efforts to refine Cepheid calibrations used to constrain H 0.

  3. ANCHORING THE DISTANCE SCALE VIA X-RAY/INFRARED DATA FOR CEPHEID CLUSTERS: SU Cas

    SciTech Connect

    Majaess, D.; Turner, D. G.; Gallo, L.; Lane, D. J.; Gieren, W.; Bonatto, C.; Balam, D.; Berdnikov, L.

    2012-07-10

    New X-ray (XMM-Newton) and JHK{sub s} (Observatoire du Mont-Megantic) observations for members of the star cluster Alessi 95, which Turner et al. discovered hosts the classical Cepheid SU Cas, were used in tandem with UCAC3 (proper motion) and Two Micron All Sky Survey observations to determine precise cluster parameters: E(J - H) = 0.08 {+-} 0.02 and d = 405 {+-} 15 pc. The ensuing consensus among cluster, pulsation, and trigonometric distances (d=414{+-}5({sigma}{sub x}-bar){+-}10 ({sigma}) pc) places SU Cas in a select group of nearby fundamental Cepheid calibrators ({delta} Cep, {zeta} Gem). High-resolution X-ray observations may be employed to expand that sample as the data proved pertinent for identifying numerous stars associated with SU Cas. Acquiring X-ray observations of additional fields may foster efforts to refine Cepheid calibrations used to constrain H{sub 0}.

  4. Structure and activity of the Cas3 HD nuclease MJ0384, an effector enzyme of the CRISPR interference

    SciTech Connect

    Beloglazova, Natalia; Petit, Pierre; Flick, Robert; Brown, Greg; Savchenko, Alexei; Yakunin, Alexander F.

    2012-03-15

    Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) and Cas proteins represent an adaptive microbial immunity system against viruses and plasmids. Cas3 proteins have been proposed to play a key role in the CRISPR mechanism through the direct cleavage of invasive DNA. Here, we show that the Cas3 HD domain protein MJ0384 from Methanocaldococcus jannaschii cleaves endonucleolytically and exonucleolytically (3'-5') single-stranded DNAs and RNAs, as well as 3'-flaps, splayed arms, and R-loops. The degradation of branched DNA substrates by MJ0384 is stimulated by the Cas3 helicase MJ0383 and ATP. The crystal structure of MJ0384 revealed the active site with two bound metal cations and together with site-directed mutagenesis suggested a catalytic mechanism. Our studies suggest that the Cas3 HD nucleases working together with the Cas3 helicases can completely degrade invasive DNAs through the combination of endo- and exonuclease activities.

  5. A Biophysical Model of CRISPR/Cas9 Activity for Rational Design of Genome Editing and Gene Regulation

    PubMed Central

    Farasat, Iman; Salis, Howard M.

    2016-01-01

    The ability to precisely modify genomes and regulate specific genes will greatly accelerate several medical and engineering applications. The CRISPR/Cas9 (Type II) system binds and cuts DNA using guide RNAs, though the variables that control its on-target and off-target activity remain poorly characterized. Here, we develop and parameterize a system-wide biophysical model of Cas9-based genome editing and gene regulation to predict how changing guide RNA sequences, DNA superhelical densities, Cas9 and crRNA expression levels, organisms and growth conditions, and experimental conditions collectively control the dynamics of dCas9-based binding and Cas9-based cleavage at all DNA sites with both canonical and non-canonical PAMs. We combine statistical thermodynamics and kinetics to model Cas9:crRNA complex formation, diffusion, site selection, reversible R-loop formation, and cleavage, using large amounts of structural, biochemical, expression, and next-generation sequencing data to determine kinetic parameters and develop free energy models. Our results identify DNA supercoiling as a novel mechanism controlling Cas9 binding. Using the model, we predict Cas9 off-target binding frequencies across the lambdaphage and human genomes, and explain why Cas9’s off-target activity can be so high. With this improved understanding, we propose several rules for designing experiments for minimizing off-target activity. We also discuss the implications for engineering dCas9-based genetic circuits. PMID:26824432

  6. A Biophysical Model of CRISPR/Cas9 Activity for Rational Design of Genome Editing and Gene Regulation.

    PubMed

    Farasat, Iman; Salis, Howard M

    2016-01-01

    The ability to precisely modify genomes and regulate specific genes will greatly accelerate several medical and engineering applications. The CRISPR/Cas9 (Type II) system binds and cuts DNA using guide RNAs, though the variables that control its on-target and off-target activity remain poorly characterized. Here, we develop and parameterize a system-wide biophysical model of Cas9-based genome editing and gene regulation to predict how changing guide RNA sequences, DNA superhelical densities, Cas9 and crRNA expression levels, organisms and growth conditions, and experimental conditions collectively control the dynamics of dCas9-based binding and Cas9-based cleavage at all DNA sites with both canonical and non-canonical PAMs. We combine statistical thermodynamics and kinetics to model Cas9:crRNA complex formation, diffusion, site selection, reversible R-loop formation, and cleavage, using large amounts of structural, biochemical, expression, and next-generation sequencing data to determine kinetic parameters and develop free energy models. Our results identify DNA supercoiling as a novel mechanism controlling Cas9 binding. Using the model, we predict Cas9 off-target binding frequencies across the lambdaphage and human genomes, and explain why Cas9's off-target activity can be so high. With this improved understanding, we propose several rules for designing experiments for minimizing off-target activity. We also discuss the implications for engineering dCas9-based genetic circuits. PMID:26824432

  7. CRISPR/Cas mutagenesis of soybean and Medicago truncatula using a new web-tool and a modified Cas9 enzyme.

    PubMed

    Michno, Jean-Michel; Wang, Xiaobo; Liu, Junqi; Curtin, Shaun J; Kono, Thomas Jy; Stupar, Robert M

    2015-10-01

    The CRISPR/Cas9 system is rapidly becoming the reagent of choice for targeted mutagenesis and gene editing in crop species. There are currently intense research efforts in the crop sciences to identify efficient CRISPR/Cas9 platforms to carry out targeted mutagenesis and gene editing projects. These efforts typically result in the incremental tweaking of various platform components including the identification of crop-specific promoters and terminators for optimal expression of the Cas9 enzyme and identification of promoters for expression of the CRISPR guide RNA. In this report, we demonstrate the development of an online web tool for fast identification of CRISPR/Cas9 target loci within soybean gene models, and generic DNA sequences. The web-tool described in this work can quickly identify a high number of potential CRISPR/Cas9 target sites, including restriction enzyme sites that can facilitate the detection of new mutations. In conjunction with the web tool, a soybean codon-optimized CRISPR/Cas9 platform was designed to direct double-stranded breaks to the targeted loci in hairy root transformed cells. The modified Cas9 enzyme was shown to successfully mutate target genes in somatic cells of 2 legume species, soybean and Medicago truncatula. These new tools may help facilitate targeted mutagenesis in legume and other plant species. PMID:26479970

  8. Tuberculome de Bouchut dans la tuberculose multi focale: à propos de quatre cas

    PubMed Central

    Janah, Hicham; Alami, Ahmed; Souhi, Hicham; Zegmout, Adil; Naji-Amrani, Hicham; Raoufi, Mohamed; Elouazzani, Hanane; Rhorfi, Ismail Abderrahmani; Abid, Ahmed

    2014-01-01

    La tuberculose multifocale a connu un regain de fréquence avec la pandémie du SIDA, elle s'observe encore chez des sujets non infectés par le VIH surtout dans les pays en voie de développement notamment au Maroc. Nous rapportons quatre observations de tuberculose multifocale chez trois patients immunocompétents et un patient immunodéprimé. Quatre patients ont bénéficié d'un bilan phtisiologique, biologique, sérologique(HIV), radiologique et d'angiographie à la fluorescéine pour suspicion de tuberculose multifocale. Il s'agit de trois hommes et une femme, d’âge moyen de 44 ans, trois patients sont immunocompétents et un patient séropositif. La tuberculose intéressait trois localisations chez les quatre patients: pulmonaire dans quatre cas, ophtalmique dans quatre cas, digestive dans un cas, urinaire dans un cas, cérébrale dans un cas et un cas d'atteinte de la moelle osseuse. L'atteinte ophtalmologique est représentée par des nodules choroïdiens de Bouchut dans quatre cas et un nodule papillaire de Bouchut dans un cas; aucun des ces patients ne présentait une uvéite granulomateuse. Nos malades ont reçu un traitement anti-tuberculeux d'une durée de neuf mois avec une bonne évolution clinique, biologique, radiologique et angiographique. Au Maroc, la tuberculose continue à surprendre aussi bien par son extension touchant le sujet débilité et le sujet immunocompétent, que par ses présentations diverses y compris l'atteinte oculaire qu'elle faut rechercher par un examen ophtalmologique soigneux et systématique. PMID:25478047

  9. Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan for Corrective Action Unit 107: Low Impact Soil Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2008-09-30

    This Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan covers activities associated with Corrective Action Unit (CAU) 107 of the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO, 1996 [as amended February 2008]). CAU 107 consists of the following Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 1, 2, 3, 4, 5, 9, 10, and 18 of the Nevada Test Site. (1) CAS 01-23-02, Atmospheric Test Site - High Alt; (2) CAS 02-23-02, Contaminated Areas (2); (3) CAS 02-23-03, Contaminated Berm; (4) CAS 02-23-10, Gourd-Amber Contamination Area; (5) CAS 02-23-11, Sappho Contamination Area; (6) CAS 02-23-12, Scuttle Contamination Area; (7) CAS 03-23-24, Seaweed B Contamination Area; (8) CAS 03-23-27, Adze Contamination Area; (9) CAS 03-23-28, Manzanas Contamination Area; (10) CAS 03-23-29, Truchas-Chamisal Contamination Area; (11) CAS 04-23-02, Atmospheric Test Site T4-a; (12) CAS 05-23-06, Atmospheric Test Site; (13) CAS 09-23-06, Mound of Contaminated Soil; (14) CAS 10-23-04, Atmospheric Test Site M-10; and (15) CAS 18-23-02, U-18d Crater (Sulky). Based on historical documentation, personnel interviews, site process knowledge, site visits, photographs, engineering drawings, field screening, analytical results, and the results of data quality objectives process (Section 3.0), closure in place with administrative controls or no further action will be implemented for CAU 107. CAU 107 closure activities will consist of verifying that the current postings required under Title 10 Code of Federal Regulations (CFR) Part 835 are in place and implementing use restrictions (URs) at two sites, CAS 03-23-29 and CAS 18-23-02. The current radiological postings combined with the URs are adequate administrative controls to limit site access and worker dose.

  10. Carcinome basocellulaire de la face: à propos de quatre cas rapportés à Madagascar

    PubMed Central

    Razafindrakoto, Rex Mario; Razafindranaivo, Mananjara Nandrianina; Schammirah, Mahamad Rojovolaarivony; Randriamboavonjy, Rado

    2015-01-01

    Les carcinomes basocellulaires, fréquemment rencontrés dans la race blanche, sont plus rares chez les sujets de race noire. Les zones exposées de la tête sont des sites préférentiels, et une intense exposition aux rayons solaires ultraviolets a été évoquée dans leur étiopathogénie. Les métastases sont exceptionnelles. Les objectifs ont été de démontrer l'existence de carcinomes basocellulaires à Madagascar et d'en évaluer la prise en charge. Les auteurs ont rapporté quatre cas de carcinomes basocellulaires faciaux vus au service d'Oto-rhino-laryngologie du Centre Hospitalier Universitaire d'Antananarivo, avec deux hommes et deux femmes, âgés entre 46 et 70 ans (âge moyen= 53,5 ans). Une exérèse chirurgicale a été pratiquée chez trois patients tandis qu'un patient albinos a été traité par radiothérapie. L’épidémiologie, l’étiologie, l'anatomie pathologique et le traitement des carcinomes basocellulaires de la face ont été discutées à travers une revue de la littérature. PMID:26848344

  11. Les garrots de prélèvement, un drame chez le nourrisson: à propos de 3 cas

    PubMed Central

    Ouangré, Edgar; Bazongo, Moussa; Ouédraogo, Isso; Zida, Maurice; Ouedraogo, Daouda; Sanou, Adama; Bonkoungou, Gilbert Patindé; Doamba, Rodrigue Namékinsba; Zongo, Nayi; Traore, Si Simon

    2016-01-01

    Le délai pour la levée d'un garrot sur un membre est limité, tout retard, surtout après la 3ème heure expose à un risque d'amputation de celui-ci. Notre objectif a été de rapporter trois cas de gangrène ischémique de membre par oubli d'un garrot après un prélèvement sanguin, afin d'interpeler le personnel soignant sur ses dangers. Il s'est agi de trois nourrissons dont deux de 3 mois et un de 5 mois, reçus aux urgences viscérales du CHU-Yalgado Ouédraogo pour tuméfaction du membre thoracique gauche. Dans leurs antécédents, on a noté une pose de garrot pour prélèvement de sang qui a été oublié pendant 24 heures dans deux cas et 48 heures dans un cas. L'examen avait retrouvé un œdème diffus associé à un sphacèle du membre supérieur remontant jusqu'au 1/3 moyen du bras; une abolition des pouls ulnaire et radial ainsi que de la sensibilité de la main dans 2 cas. Dans un cas les signes étaient atténués. Le diagnostic de gangrène ischémique de membre a été retenu dans tous les cas. La biologie réalisée était normale. En urgence, il a été réalisé une amputation trans-humérale dans 2 cas et un débridement associé à une amputation de quatre doigts dans un cas. L’évolution a été simple dans tous les cas. La gangrène sèche iatrogène de membre par garrot en milieu hospitalier ne devrait pas se concevoir. Cela passe par la rigueur dans l'administration des soins et une surveillance régulière et attentive des patients. PMID:27217892

  12. Mouse genome engineering using CRISPR-Cas9 for study of immune function

    PubMed Central

    Pelletier, Stephane; Gingras, Sebastien; Green, Douglas R.

    2016-01-01

    Clustered regularly interspaced palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated (Cas9) technology has proven a formidable addition to our armory of approaches for genomic editing. Derived from pathways in archaea and bacteria that mediate the resistance to exogenous genomic material, the CRISPR-Cas9 system utilizes a short single guide RNA (sgRNA) to direct the endonuclease Cas9 to virtually anywhere in the genome. Upon targeting, Cas9 generates DNA double strand breaks (DSBs) and facilitates the repair or insertion of mutations, insertion of recombinase recognition sites or large DNA elements. Here, we discuss the practical advantages of the CRISPR-Cas9 system over conventional and other nuclease-based targeting technologies and provide suggestions for the use of this technology to address immunological questions. PMID:25607456

  13. Chemically modified guide RNAs enhance CRISPR-Cas genome editing in human primary cells.

    PubMed

    Hendel, Ayal; Bak, Rasmus O; Clark, Joseph T; Kennedy, Andrew B; Ryan, Daniel E; Roy, Subhadeep; Steinfeld, Israel; Lunstad, Benjamin D; Kaiser, Robert J; Wilkens, Alec B; Bacchetta, Rosa; Tsalenko, Anya; Dellinger, Douglas; Bruhn, Laurakay; Porteus, Matthew H

    2015-09-01

    CRISPR-Cas-mediated genome editing relies on guide RNAs that direct site-specific DNA cleavage facilitated by the Cas endonuclease. Here we report that chemical alterations to synthesized single guide RNAs (sgRNAs) enhance genome editing efficiency in human primary T cells and CD34(+) hematopoietic stem and progenitor cells. Co-delivering chemically modified sgRNAs with Cas9 mRNA or protein is an efficient RNA- or ribonucleoprotein (RNP)-based delivery method for the CRISPR-Cas system, without the toxicity associated with DNA delivery. This approach is a simple and effective way to streamline the development of genome editing with the potential to accelerate a wide array of biotechnological and therapeutic applications of the CRISPR-Cas technology. PMID:26121415

  14. Kyste hydatique cérébral chez l'enfant: à propos de 5 cas

    PubMed Central

    Belahcen, Mohamed; Khattala, Khalid; Elmadi, Aziz; Bouabdellah, Youssef

    2014-01-01

    Le kyste hydatique cervical est une pathologie rare, mais non exceptionnel chez l'enfant. Nous rapportons rétrospectivement une série de cinq cas de kyste hydatique cérébral opérés, avec une revue de la littérature. Le syndrome d'hypertension intracrânien a été révélateur dans la majorité des cas. Le diagnostic a été posé par la TDM cérébrale, le traitement a été chirurgical dans tout les cas, avec une rupture du kyste dans un seul cas, traité par l'albendazol en post opératoire. L’évolution a été bonne dans 3 cas, dans un cas l'atrophie optique était irréversible, et dans un autre cas l'enfant a présenté un syndrome maniaque stabilisé sous traitement. En conclusion le kyste hydatique cérébral reste une cause non négligeable de manifestations neurologiques dans les pays endémiques, le diagnostic positif est fait par la TDM, le traitement est chirurgical, et le pronostic est généralement bon. PMID:25379117

  15. The Neisseria meningitidis CRISPR-Cas9 System Enables Specific Genome Editing in Mammalian Cells.

    PubMed

    Lee, Ciaran M; Cradick, Thomas J; Bao, Gang

    2016-03-01

    The clustered regularly-interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated (Cas) system from Streptococcus pyogenes (Spy) has been successfully adapted for RNA-guided genome editing in a wide range of organisms. However, numerous reports have indicated that Spy CRISPR-Cas9 systems may have significant off-target cleavage of genomic DNA sequences differing from the intended on-target site. Here, we report the performance of the Neisseria meningitidis (Nme) CRISPR-Cas9 system that requires a longer protospacer-adjacent motif for site-specific cleavage, and present a comparison between the Spy and Nme CRISPR-Cas9 systems targeting the same protospacer sequence. The results with the native crRNA and tracrRNA as well as a chimeric single guide RNA for the Nme CRISPR-Cas9 system were also compared. Our results suggest that, compared with the Spy system, the Nme CRISPR-Cas9 system has similar or lower on-target cleavage activity but a reduced overall off-target effect on a genomic level when sites containing three or fewer mismatches are considered. Thus, the Nme CRISPR-Cas9 system may represent a safer alternative for precision genome engineering applications. PMID:26782639

  16. The Neisseria meningitidis CRISPR-Cas9 System Enables Specific Genome Editing in Mammalian Cells

    PubMed Central

    Lee, Ciaran M; Cradick, Thomas J; Bao, Gang

    2016-01-01

    The clustered regularly-interspaced short palindromic repeats (CRISPR)—CRISPR-associated (Cas) system from Streptococcus pyogenes (Spy) has been successfully adapted for RNA-guided genome editing in a wide range of organisms. However, numerous reports have indicated that Spy CRISPR-Cas9 systems may have significant off-target cleavage of genomic DNA sequences differing from the intended on-target site. Here, we report the performance of the Neisseria meningitidis (Nme) CRISPR-Cas9 system that requires a longer protospacer-adjacent motif for site-specific cleavage, and present a comparison between the Spy and Nme CRISPR-Cas9 systems targeting the same protospacer sequence. The results with the native crRNA and tracrRNA as well as a chimeric single guide RNA for the Nme CRISPR-Cas9 system were also compared. Our results suggest that, compared with the Spy system, the Nme CRISPR-Cas9 system has similar or lower on-target cleavage activity but a reduced overall off-target effect on a genomic level when sites containing three or fewer mismatches are considered. Thus, the Nme CRISPR-Cas9 system may represent a safer alternative for precision genome engineering applications. PMID:26782639

  17. Tuberculose ganglionnaire: aspects épidémiologiques, diagnostiques et thérapeutiques, à propos de 357 cas

    PubMed Central

    Hamzaoui, Ghizlane; Amro, Lamyae; Sajiai, Hafsa; Serhane, Hind; Moumen, Nezha; Ennezari, Abdellah; Yazidi, Abdelhaq Alaoui

    2014-01-01

    La tuberculose ganglionnaire (TG) est la localisation extrapulmonaire la plus fréquente au Maroc. Elle pose encore un problème diagnostique et thérapeutique. Le but du travail est d’ étudier le profil épidémiologique, diagnostique et thérapeutique de la tuberculose ganglionnaire. Il s'agit d'une étude rétrospective portant sur les nouveaux cas de TG suivis au centre spécialisé de tuberculose de Marrakech, entre Janvier 2011 et Décembre 2012. Trois cents cinquante sept cas de TG ont été inclus sur l'ensemble de 1717 cas de tuberculose toute forme confondue, soit une incidence de 20,8%. La moyenne d’âge était de 29,1 ans avec un sex ratio de 0,6 (62,5% de femmes). Le diabète, le contage tuberculeux et l'infection VIH ont été retrouvés respectivement dans 9%, 14,6% et 3,6% des cas. Les adénopathies étaient cervicales dans 95%, médiastinales dans 5,1%, abdominales dans 3,7%, axillaires dans 2,8% et inguinales dans 0,3% des cas. La radiographie du thorax (faite dans 96,4% des cas) a été anormale dans 8,1%. Le diagnostic a été confirmé dans 97,2% des cas. Le régime thérapeutique était 2 RHZE/4RH dans 88% des cas. Dans les cas suivis, l’évolution a été marquée par la disparition des adénopathies dans 95,2% et par l'augmentation du volume ganglionnaire dans 4,8%. 1,4% des cas ont été perdus de vue. La rechute de TG a été notée dans 3,1%. La TG reste fréquente et occupe la 2ème place après l'atteinte pulmonaire et pose un problème diagnostique et thérapeutique. PMID:25767675

  18. CAS-Induced Difficulties in Learning Mathematics?

    ERIC Educational Resources Information Center

    Jankvist, Uffe Thomas; Misfeldt, Morten

    2015-01-01

    In recent years computer algebra systems (CAS) have become an integrated part of the upper secondary school mathematics program. Despite the many positive possibilities of CAS, there also seems to be a flip side of the coin in relation to actual difficulties in learning mathematics, not least because a strong dependence on CAS for mathematical…

  19. "CAS" Statement of Shared Ethical Principles

    ERIC Educational Resources Information Center

    Council for the Advancement of Standards in Higher Education, 2006

    2006-01-01

    The Council for the Advancement of Standards in Higher Education (CAS) has served as a voice for quality assurance and promulgation of standards in higher education for over 25 years. CAS was established to promote inter-association efforts to address quality assurance, student learning, and professional integrity. CAS includes membership of over…

  20. ISC, a Novel Group of Bacterial and Archaeal DNA Transposons That Encode Cas9 Homologs

    PubMed Central

    Kapitonov, Vladimir V.; Makarova, Kira S.

    2015-01-01

    ABSTRACT Bacterial genomes encode numerous homologs of Cas9, the effector protein of the type II CRISPR-Cas systems. The homology region includes the arginine-rich helix and the HNH nuclease domain that is inserted into the RuvC-like nuclease domain. These genes, however, are not linked to cas genes or CRISPR. Here, we show that Cas9 homologs represent a distinct group of nonautonomous transposons, which we denote ISC (insertion sequences Cas9-like). We identify many diverse families of full-length ISC transposons and demonstrate that their terminal sequences (particularly 3′ termini) are similar to those of IS605 superfamily transposons that are mobilized by the Y1 tyrosine transposase encoded by the TnpA gene and often also encode the TnpB protein containing the RuvC-like endonuclease domain. The terminal regions of the ISC and IS605 transposons contain palindromic structures that are likely recognized by the Y1 transposase. The transposons from these two groups are inserted either exactly in the middle or upstream of specific 4-bp target sites, without target site duplication. We also identify autonomous ISC transposons that encode TnpA-like Y1 transposases. Thus, the nonautonomous ISC transposons could be mobilized in trans either by Y1 transposases of other, autonomous ISC transposons or by Y1 transposases of the more abundant IS605 transposons. These findings imply an evolutionary scenario in which the ISC transposons evolved from IS605 family transposons, possibly via insertion of a mobile group II intron encoding the HNH domain, and Cas9 subsequently evolved via immobilization of an ISC transposon. IMPORTANCE Cas9 endonucleases, the effectors of type II CRISPR-Cas systems, represent the new generation of genome-engineering tools. Here, we describe in detail a novel family of transposable elements that encode the likely ancestors of Cas9 and outline the evolutionary scenario connecting different varieties of these transposons and Cas9. PMID:26712934

  1. Efficient fdCas9 Synthetic Endonuclease with Improved Specificity for Precise Genome Engineering

    PubMed Central

    Aouida, Mustapha; Eid, Ayman; Ali, Zahir; Cradick, Thomas; Lee, Ciaran; Deshmukh, Harshavardhan; Atef, Ahmed; AbuSamra, Dina; Gadhoum, Samah Zeineb; Merzaban, Jasmeen; Bao, Gang; Mahfouz, Magdy

    2015-01-01

    The Cas9 endonuclease is used for genome editing applications in diverse eukaryotic species. A high frequency of off-target activity has been reported in many cell types, limiting its applications to genome engineering, especially in genomic medicine. Here, we generated a synthetic chimeric protein between the catalytic domain of the FokI endonuclease and the catalytically inactive Cas9 protein (fdCas9). A pair of guide RNAs (gRNAs) that bind to sense and antisense strands with a defined spacer sequence range can be used to form a catalytically active dimeric fdCas9 protein and generate double-strand breaks (DSBs) within the spacer sequence. Our data demonstrate an improved catalytic activity of the fdCas9 endonuclease, with a spacer range of 15–39 nucleotides, on surrogate reporters and genomic targets. Furthermore, we observed no detectable fdCas9 activity at known Cas9 off-target sites. Taken together, our data suggest that the fdCas9 endonuclease variant is a superior platform for genome editing applications in eukaryotic systems including mammalian cells. PMID:26225561

  2. Biokinetics and dosimetry of depleted uranium (DU) in rats implanted with DU fragments.

    SciTech Connect

    Guilmette, Ray A.; Hahn, Fletcher F.; Durbin, P. W.

    2004-01-01

    A number of U. S. veterans of the Persian Gulf War were wounded with depleted uranium (DU) metal fragments as a result of 'friendly fire' incidents, in which Abrams tanks and Bradley fighting vehicles were struck by DU anti-armor munitions. Some of the crew members who survived were left with multiple small fragments of DU in their muscles and soft tissues. The number, size and location of the fragments made them inoperable in general, and therefore subject to long-term retention. Because there was inadequate data to predict the potential carcinogenicity of DU fragments in soft tissues, Hahn et al. (2003) conducted a lifespan cancer study in rats. As part of that study, a number of rats were maintained to study the biokinetics and dosimetry of DU implanted intramuscularly in male Wistar rats. Typically, four metal fragments, either as cylindrical pellets or square wafers were implanted into the biceps femoris muscles of the rats. Urine samples were collected periodically during their lifespans, and DU was analyzed in kidneys and eviscerated carcass (minus the implant sites) at death. The daily DU urinary excretion rate increased steeply during the first 30 d after implantation peaking at about 90 d at 3-10 x 10{sup -3}%/d. During the first 150 d, the average excretion rate was 2.4 x 10{sup -3}%/d, decreasing thereafter to about 1 x 10{sup -3}%/d. Serial radiographs were made of the wound sites to monitor gross morphologic changes in the DU implant and the surrounding tissue. As early as 1 w after implantation, radiographs showed the presence of surface corrosion and small, dense bodies near the original implant, presumably DU. This corrosion from the surface of the implant continued with time, but did not result in an increasing amount of DU reaching the blood and urine after the first 3 mo. During this 3-mo period, connective tissue capsules formed around the implants, and are hypothesized to have reduced the access of DU to tissue fluids by limiting the diffusion

  3. Cas3 is a single-stranded DNA nuclease and ATP-dependent helicase in the CRISPR/Cas immune system.

    PubMed

    Sinkunas, Tomas; Gasiunas, Giedrius; Fremaux, Christophe; Barrangou, Rodolphe; Horvath, Philippe; Siksnys, Virginijus

    2011-04-01

    Clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) is a recently discovered adaptive prokaryotic immune system that provides acquired immunity against foreign nucleic acids by utilizing small guide crRNAs (CRISPR RNAs) to interfere with invading viruses and plasmids. In Escherichia coli, Cas3 is essential for crRNA-guided interference with virus proliferation. Cas3 contains N-terminal HD phosphohydrolase and C-terminal Superfamily 2 (SF2) helicase domains. Here, we provide the first report of the cloning, expression, purification and in vitro functional analysis of the Cas3 protein of the Streptococcus thermophilus CRISPR4 (Ecoli subtype) system. Cas3 possesses a single-stranded DNA (ssDNA)-stimulated ATPase activity, which is coupled to unwinding of DNA/DNA and RNA/DNA duplexes. Cas3 also shows ATP-independent nuclease activity located in the HD domain with a preference for ssDNA substrates. To dissect the contribution of individual domains, Cas3 separation-of-function mutants (ATPase(+)/nuclease(-) and ATPase(-)/nuclease(+)) were obtained by site-directed mutagenesis. We propose that the Cas3 ATPase/helicase domain acts as a motor protein, which assists delivery of the nuclease activity to Cascade-crRNA complex targeting foreign DNA. PMID:21343909

  4. Closure Report for Corrective Action Unit 166: Storage Yards and Contaminated Materials, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2009-08-01

    Corrective Action Unit (CAU) 166 is identified in the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) as 'Storage Yards and Contaminated Materials' and consists of the following seven Corrective Action Sites (CASs), located in Areas 2, 3, 5, and 18 of the Nevada Test Site: CAS 02-42-01, Condo Release Storage Yd - North; CAS 02-42-02, Condo Release Storage Yd - South; CAS 02-99-10, D-38 Storage Area; CAS 03-42-01, Conditional Release Storage Yard; CAS 05-19-02, Contaminated Soil and Drum; CAS 18-01-01, Aboveground Storage Tank; and CAS 18-99-03, Wax Piles/Oil Stain. Closure activities were conducted from March to July 2009 according to the FF ACO (1996, as amended February 2008) and the Corrective Action Plan for CAU 166 (U.S. Department of Energy, National Nuclear Security Administration Nevada Site Office, 2007b). The corrective action alternatives included No Further Action and Clean Closure. Closure activities are summarized. CAU 166, Storage Yards and Contaminated Materials, consists of seven CASs in Areas 2, 3, 5, and 18 of the NTS. The closure alternatives included No Further Action and Clean Closure. This CR provides a summary of completed closure activities, documentation of waste disposal, and confirmation that remediation goals were met. The following site closure activities were performed at CAU 166 as documented in this CR: (1) At CAS 02-99-10, D-38 Storage Area, approximately 40 gal of lead shot were removed and are currently pending treatment and disposal as MW, and approximately 50 small pieces of DU were removed and disposed as LLW. (2) At CAS 03-42-01, Conditional Release Storage Yard, approximately 7.5 yd{sup 3} of soil impacted with lead and Am-241 were removed and disposed as LLW. As a BMP, approximately 22 ft{sup 3} of asbestos tile were removed from a portable building and disposed as ALLW, approximately 55 gal of oil were drained from accumulators and are currently pending disposal as HW, the portable building was removed and disposed as

  5. Paralysie néonatal unilatérale du nerf radial

    PubMed Central

    Benemmane, Halima; Hali, Fouzia; Marnissi, Farida; Benchikhi, Hakima

    2015-01-01

    La paralysie néonatale unilatérale du nerf radial est rare, son diagnostic est essentiellement clinique, elle peut-être diagnostiquée à tort en tant que paralysie du plexus brachial. Nous rapportons un cas clinique. A l'examen clinique du nouveau-né; l'extension du poignet, du pouce et des articulations métacarpo-phalangiennes était impossible, alors qu'il y avait une conservation de la prono-supination et la flexion du poignet et des mouvements de l’épaule et du coude. Le diagnostic de la paralysie du plexus brachial était écarté cliniquement devant la mobilisation active de l’épaule et la flexion du coude. Notre patient a bénéficié de kinésithérapie pour éviter l'apparition d'attitudes vicieuses et d'amyotrophie. L'extension active du poignet était obtenue après deux mois. PMID:26587133

  6. Facteurs de risque cardiovasculaires au cours du lupus systémique

    PubMed Central

    Harzallah, Amel; Hajji, Mariem; Kaaroud, Hayet; Hamida, Fethi Ben; Abdallah, Taieb Ben

    2015-01-01

    Cette étude a pour objectif d’évaluer la fréquence des facteurs de risque cardiovasculaires au cours du lupus et de préciser leur prévalence. Etude rétrospective portant sur 250 patients ayant un lupus, diagnostiqué selon les critères de l'ACR, hospitalisés entre 1970 et 2013. Les données cliniques et para cliniques ont été recueillies à partir des observations médicales. Il s'agit de 228 femmes et 22 hommes d’âge moyen au diagnostic du lupus de 30, 32 ans (extrêmes: 16-69). La durée moyenne du suivi des patients était de 64 mois (extrêmes: 7 jours- 382mois). Quatre vingt dix patients (36%) étaient hypertendus, 74% avaient une hypercholestérolémie et 22% étaient diabétiques. Pour les autres facteurs de risque cardiovasculaire traditionnels, un âge > 50 ans a été retrouvé dans 40% des cas, le sexe masculin dans 8% des cas, l'obésité dans 76% des cas et le tabagisme dans 11% des cas. Les facteurs de risque surajoutés sont représentés par la présence des anticorps antiphospholipides (47% des cas), la néphropathie lupique (49% des cas), l'insuffisance rénale (42% des cas), la corticothérapie au long cours (74% des cas) et la chronicité de la maladie dans 35% des cas. Les complications cardiovasculaires retrouvées dans notre série étaient: les accidents vasculaires cérébraux (2%) et l'insuffisance coronarienne (5,6%). Devant l'importance du risque cardiovasculaire au cours du lupus, une surveillance rapprochée des facteurs de risque cardio-vasculaires semble primordiale chez les lupiques. PMID:27022427

  7. DNA interrogation by the CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9

    PubMed Central

    Sternberg, Samuel H.; Redding, Sy; Jinek, Martin; Greene, Eric C.; Doudna, Jennifer A.

    2014-01-01

    The CRISPR-associated enzyme Cas9 is an RNA-guided endonuclease that uses RNA:DNA base-pairing to target foreign DNA in bacteria. Cas9:guide RNA complexes are also effective genome engineering agents in animals and plants. Here we use single-molecule and bulk biochemical experiments to determine how Cas9:RNA interrogates DNA to find specific cleavage sites. We show that both binding and cleavage of DNA by Cas9:RNA require recognition of a short trinucleotide protospacer adjacent motif (PAM). Non-target DNA binding affinity scales with PAM density, and sequences fully complementary to the guide RNA but lacking a nearby PAM are ignored by Cas9:RNA. DNA strand separation and RNA:DNA heteroduplex formation initiate at the PAM and proceed directionally towards the distal end of the target sequence. Furthermore, PAM interactions trigger Cas9 catalytic activity. These results reveal how Cas9 employs PAM recognition to quickly identify potential target sites while scanning large DNA molecules, and to regulate dsDNA scission. PMID:24476820

  8. Profiling of engineering hotspots identifies an allosteric CRISPR-Cas9 switch.

    PubMed

    Oakes, Benjamin L; Nadler, Dana C; Flamholz, Avi; Fellmann, Christof; Staahl, Brett T; Doudna, Jennifer A; Savage, David F

    2016-06-01

    The clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats (CRISPR)-associated protein Cas9 from Streptococcus pyogenes is an RNA-guided DNA endonuclease with widespread utility for genome modification. However, the structural constraints limiting the engineering of Cas9 have not been determined. Here we experimentally profile Cas9 using randomized insertional mutagenesis and delineate hotspots in the structure capable of tolerating insertions of a PDZ domain without disruption of the enzyme's binding and cleavage functions. Orthogonal domains or combinations of domains can be inserted into the identified sites with minimal functional consequence. To illustrate the utility of the identified sites, we construct an allosterically regulated Cas9 by insertion of the estrogen receptor-α ligand-binding domain. This protein showed robust, ligand-dependent activation in prokaryotic and eukaryotic cells, establishing a versatile one-component system for inducible and reversible Cas9 activation. Thus, domain insertion profiling facilitates the rapid generation of new Cas9 functionalities and provides useful data for future engineering of Cas9. PMID:27136077

  9. DNA interrogation by the CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Sternberg, Samuel H.; Redding, Sy; Jinek, Martin; Greene, Eric C.; Doudna, Jennifer A.

    2014-03-01

    The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated enzyme Cas9 is an RNA-guided endonuclease that uses RNA-DNA base-pairing to target foreign DNA in bacteria. Cas9-guide RNA complexes are also effective genome engineering agents in animals and plants. Here we use single-molecule and bulk biochemical experiments to determine how Cas9-RNA interrogates DNA to find specific cleavage sites. We show that both binding and cleavage of DNA by Cas9-RNA require recognition of a short trinucleotide protospacer adjacent motif (PAM). Non-target DNA binding affinity scales with PAM density, and sequences fully complementary to the guide RNA but lacking a nearby PAM are ignored by Cas9-RNA. Competition assays provide evidence that DNA strand separation and RNA-DNA heteroduplex formation initiate at the PAM and proceed directionally towards the distal end of the target sequence. Furthermore, PAM interactions trigger Cas9 catalytic activity. These results reveal how Cas9 uses PAM recognition to quickly identify potential target sites while scanning large DNA molecules, and to regulate scission of double-stranded DNA.

  10. [The application of CRISPR/Cas9 genome editing technology in cancer research].

    PubMed

    Wang, Dayong; Ma, Ning; Hui, Yang; Gao, Xu

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas9 (clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein-9 nuclease) genome editing technology has become more and more popular in gene editing because of its simple design and easy operation. Using the CRISPR/Cas9 system, researchers can perform site-directed genome modification at the base level. Moreover, it has been widely used in genome editing in multiple species and related cancer research. In this review, we summarize the application of the CRISPR/Cas9 system in cancer research based on the latest research progresses as well as our understanding of cancer research and genome editing techniques. PMID:26787518

  11. A Non-Stem-Loop CRISPR RNA Is Processed by Dual Binding Cas6.

    PubMed

    Shao, Yaming; Richter, Hagen; Sun, Shengfang; Sharma, Kundan; Urlaub, Henning; Randau, Lennart; Li, Hong

    2016-04-01

    A subclass of recently discovered CRISPR repeat RNA in bacteria contains minimally recognizable structural features that facilitate an unknown mechanism of recognition and processing by the Cas6 family of endoribonucleases. Cocrystal structures of Cas6 from Methanococcus maripaludis (MmCas6b) bound with its repeat RNA revealed a dual site binding structure and a cleavage site conformation poised for phosphodiester bond breakage. Two non-interacting MmCas6b bind to two separate AAYAA motifs within the same repeat, one distal and one adjacent to the cleavage site. This bound structure potentially competes with a stable but non-productive RNA structure. At the cleavage site, MmCas6b supplies a base pair mimic to stabilize a short 2 base pair stem immediately upstream of the scissile phosphate. Complementary biochemical analyses support the dual-AAYAA binding model and a critical role of the protein-RNA base pair mimic. Our results reveal a previously unknown method of processing non-stem-loop CRISPR RNA by Cas6. PMID:26996962

  12. Déformation de Madelung à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Eric, Kouassi Kouame Jean; Blaise, Yao Loukou; Leopold, Krah Koffi; Niaore, Sery Bada Justin Léopold; Innocent, M'bra Kouamé; Arnaud, Assere Yao Aboh Ganyn Robert; Michel, Kodo

    2016-01-01

    La maladie de Madelung est une déformation du poignet due à une atrophie de la partie médiale du cartilage de croissance distal du radius. Il en résulte une subluxation antéro-médiale du carpe,limitant les amplitudes articulaires. Cette dysplasie osseuse est rare et représente 1,7% des anomalies congénitales. Les auteurs rapportent un cas bilatéral chez une fille de 21 ans. L’étude de cette observation nous a permis d’étudier la fréquence, les signes et les moyens de son diagnostic ainsi que les mesures thérapeutiques adéquates afin de pouvoir répondre aux attentes des patientes. PMID:27313821

  13. Étude expérimentale de l'interaction laser-matière dans le cas du soudage d'un acier inoxydable austénitique par laser Nd:YAG continu de 2 kW

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Dumord, E.; Jouvard, J. M.; Grevey, D.; Druetta, M.; Ottavi, P.

    1997-05-01

    The laser-matter interaction acting during cw 2 kW Nd:YAG laser welding of an austenitic stainless steel is studied and particulary the effects linked to the presence of a keyhole in the liquid bath. This is done in order to define parameters useful to the process modelling. The absorption factor of target has been measured in order to better understand the Nd:YAG laser/stainless steel 304 interaction. Then an experimental approach of the keyhole angle value determination is proposed. Values are presented showing the important keyhole angle at the bottom of the bead. Finally a study relative to the plume above the keyhole shows that it is responsible for the formation of the nail-head part, observed on the experimental melting zone, by laser beam scattering. L'interaction laser-matière se produisant lors du soudage par laser Nd:YAG continu de 2kW d'un acier inoxydable austénitique est étudiée, et notamment les effets liés à la présence du capillaire dans le bain liquide, de façon à définir les paramètres utiles à la modélisation du processus. Le facteur d'absorption des cibles utilisées a été mesuré afin de mieux appréhender l'interaction laser Nd:YAG/acier inoxydable austénitique 304. Puis une approche expérimentale de détermination de l'angle d'inclinaison du capillaire est proposée. Des valeurs sont présentées montrant la forte inclinaison du capillaire en fond de cordon. Finalement une étude relative au panache présent audessus du capillaire met en évidence qu'il est responsable de la formation de la partie en tête de clou observée sur les zones fondues expérimentales par diffusion du faisceau laser

  14. CRISPR-Cas9 genome editing in Drosophila

    PubMed Central

    Gratz, Scott J.; Rubinstein, C. Dustin; Harrison, Melissa M.; Wildonger, Jill; O’Connor-Giles, Kate M.

    2015-01-01

    The CRISPR-Cas9 system has transformed genome engineering of model organisms from possible to practical. CRISPR-Cas9 can be readily programmed to generate sequence-specific double-strand breaks that disrupt targeted loci when repaired by error-prone non-homologous end joining or to catalyze precise genome modification through homology-directed repair (HDR). Here we describe a streamlined approach for rapid and highly efficient engineering of the Drosophila genome via CRISPR-Cas9-mediated HDR. In this approach, transgenic flies expressing Cas9 are injected with plasmids to express guide RNAs (gRNAs) and positively marked donor templates. We detail target site selection; gRNA plasmid generation; donor template design and construction; and the generation, identification and molecular confirmation of engineered lines. We also present alternative approaches and highlight key considerations for experimental design. The approach outlined here can be used to rapidly and reliably generate a variety of engineered modifications, including genomic deletions and replacements, precise sequence edits, and incorporation of protein tags. PMID:26131852

  15. Mise à jour sur le nouveau vaccin 9-valent pour la prévention du virus du papillome humain

    PubMed Central

    Yang, David Yi; Bracken, Keyna

    2016-01-01

    Résumé Objectif Informer les médecins de famille quant à l’efficacité, à l’innocuité, aux effets sur la santé publique et à la rentabilité du vaccin 9-valent contre le virus du papillome humain (VPH). Qualité des données Des articles pertinents publiés dans PubMed jusqu’en mai 2015 ont été examinés et analysés. La plupart des données citées sont de niveau I (essais randomisés et contrôlés et méta-analyses) ou de niveau II (études transversales, cas-témoins et épidémiologiques). Des rapports et recommandations du gouvernement sont aussi cités en référence. Message principal Le vaccin 9-valent contre le VPH, qui offre une protection contre les types 6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52 et 58 du VPH, est sûr et efficace et réduira encore plus l’incidence des infections à VPH, de même que les cas de cancer lié au VPH. Il peut également protéger indirectement les personnes non immunisées par l’entremise du phénomène d’immunité collective. Un programme d’immunisation efficace peut prévenir la plupart des cancers du col de l’utérus. Les analyses montrent que la rentabilité du vaccin 9-valent chez les femmes est comparable à celle du vaccin quadrivalent original contre le VPH (qui protège contre les types 6, 11, 16 et 18 du VPH) en usage à l’heure actuelle. Toutefois, il faut investiguer plus en profondeur l’utilité d’immuniser les garçons avec le vaccin 9-valent contre le VPH. Conclusion en plus d’être sûr, le vaccin 9-valent protège mieux contre le VPH que le vaccin quadrivalent. Une analyse coûtefficacité en favorise l’emploi, du moins chez les adolescentes. Ainsi, les médecins devraient recommander le vaccin 9-valent à leurs patients plutôt que le vaccin quadrivalent contre le VPH.

  16. Structure and specificity of the RNA-guided endonuclease Cas9 during DNA interrogation, target binding and cleavage

    PubMed Central

    Josephs, Eric A.; Kocak, D. Dewran; Fitzgibbon, Christopher J.; McMenemy, Joshua; Gersbach, Charles A.; Marszalek, Piotr E.

    2015-01-01

    CRISPR-associated endonuclease Cas9 cuts DNA at variable target sites designated by a Cas9-bound RNA molecule. Cas9's ability to be directed by single ‘guide RNA’ molecules to target nearly any sequence has been recently exploited for a number of emerging biological and medical applications. Therefore, understanding the nature of Cas9's off-target activity is of paramount importance for its practical use. Using atomic force microscopy (AFM), we directly resolve individual Cas9 and nuclease-inactive dCas9 proteins as they bind along engineered DNA substrates. High-resolution imaging allows us to determine their relative propensities to bind with different guide RNA variants to targeted or off-target sequences. Mapping the structural properties of Cas9 and dCas9 to their respective binding sites reveals a progressive conformational transformation at DNA sites with increasing sequence similarity to its target. With kinetic Monte Carlo (KMC) simulations, these results provide evidence of a ‘conformational gating’ mechanism driven by the interactions between the guide RNA and the 14th–17th nucleotide region of the targeted DNA, the stabilities of which we find correlate significantly with reported off-target cleavage rates. KMC simulations also reveal potential methodologies to engineer guide RNA sequences with improved specificity by considering the invasion of guide RNAs into targeted DNA duplex. PMID:26384421

  17. Demonstration of CRISPR/Cas9/sgRNA-mediated targeted gene modification in Arabidopsis, tobacco, sorghum and rice

    PubMed Central

    Jiang, Wenzhi; Zhou, Huanbin; Bi, Honghao; Fromm, Michael; Yang, Bing; Weeks, Donald P.

    2013-01-01

    The type II CRISPR/Cas system from Streptococcus pyogenes and its simplified derivative, the Cas9/single guide RNA (sgRNA) system, have emerged as potent new tools for targeted gene knockout in bacteria, yeast, fruit fly, zebrafish and human cells. Here, we describe adaptations of these systems leading to successful expression of the Cas9/sgRNA system in two dicot plant species, Arabidopsis and tobacco, and two monocot crop species, rice and sorghum. Agrobacterium tumefaciens was used for delivery of genes encoding Cas9, sgRNA and a non-fuctional, mutant green fluorescence protein (GFP) to Arabidopsis and tobacco. The mutant GFP gene contained target sites in its 5′ coding regions that were successfully cleaved by a CAS9/sgRNA complex that, along with error-prone DNA repair, resulted in creation of functional GFP genes. DNA sequencing confirmed Cas9/sgRNA-mediated mutagenesis at the target site. Rice protoplast cells transformed with Cas9/sgRNA constructs targeting the promoter region of the bacterial blight susceptibility genes, OsSWEET14 and OsSWEET11, were confirmed by DNA sequencing to contain mutated DNA sequences at the target sites. Successful demonstration of the Cas9/sgRNA system in model plant and crop species bodes well for its near-term use as a facile and powerful means of plant genetic engineering for scientific and agricultural applications. PMID:23999092

  18. Highly efficient targeted chromosome deletions using CRISPR/Cas9.

    PubMed

    He, Zuyong; Proudfoot, Chris; Mileham, Alan J; McLaren, David G; Whitelaw, C Bruce A; Lillico, Simon G

    2015-05-01

    The CRISPR/Cas9 system has emerged as an intriguing new technology for genome engineering. It utilizes the bacterial endonuclease Cas9 which, when delivered to eukaryotic cells in conjunction with a user-specified small guide RNA (gRNA), cleaves the chromosomal DNA at the target site. Here we show that concurrent delivery of gRNAs designed to target two different sites in a human chromosome introduce DNA double-strand breaks in the chromosome and give rise to targeted deletions of the intervening genomic segment. Predetermined genomic DNA segments ranging from several-hundred base pairs to 1 Mbp can be precisely deleted at frequencies of 1-10%, with no apparent correlation between the size of the deleted fragment and the deletion frequency. The high efficiency of this technique holds promise for large genomic deletions that could be useful in generation of cell and animal models with engineered chromosomes. PMID:25362885

  19. Les masques trompeurs de la bipolarité: étude de 100 cas

    PubMed Central

    Nabih, Fadoua Oueriagli; Benali, Abdesslam; Adali, Imane; Manoudi, Fatiha; Asri, Fatima

    2015-01-01

    Le trouble bipolaire (TB) est une pathologie dont la prévalence est estimée à 1-2%. Le diagnostic précoce du trouble constitue un enjeu thérapeutique majeur. L'objectif de ce travail est de déterminer les différents diagnostiques attribués aux patients bipolaires avant de recevoir le diagnostic adéquat et de préciser le délai moyen du retard diagnostique. C'est une étude descriptive transversale portant sur 100 patients atteints de TB, inclus selon les critères du DSM V, qui ont été vus en consultation ou bien hospitalisés dans le service de psychiatrie de l'hôpital Militaire Avicenne de Marrakech, durant une période de deux ans. L’âge moyen des patients était de 29,5 ans avec une prédominance masculine (80%). 40% de nos patients ont reçu au début un autre diagnostic que celui du TB et le premier diagnostic retenu était celui de l’épisode dépressif majeur dans 36% des cas, suivi de l'accès psychotique aigu dans 28% des cas, la schizophrénie dans 16,8% et le trouble de personnalité dans 10,2%. Le délai moyen du retard diagnostic était de 64 mois. 50% des patients ayant reçu un autre diagnostic avaient consulté au moins un psychiatre et 60% des patients avaient été hospitalisés au moins une fois avant le diagnostic du TB. Les errances diagnostiques du TB sont bien établies, conduisant forcément à un retard de prise en charge adéquate. Ces données devraient alerter les psychiatres pour favoriser un meilleur dépistage de la manie et de l'hypomanie qui restent les éléments clé du diagnostic du TB. PMID:26587161

  20. Maladie de Haglund: à propos de trois cas

    PubMed Central

    Adigo, Amégninou Mawuko Yao; Gnakadja, Néille Gbèssi; Dellanh, Yaovi Yanick; Adambounou, Kokou; Djagnikpo, Oni; Agoda-Kousséma, Lama Kegdigoma; Adoko, Abikou Léon; Adjénou, Komlanvi Victor

    2015-01-01

    La maladie de Haglund est une pathologie relativement sous évaluée. Elle est liée à un conflit calcanéo-achilléen. Nous rapportons les cas de patients âgés de 40, 42 et 37 ans, révélés par des œdèmes douloureux de la cheville. Le diagnostic a été confirmé à la radiographie standard de la cheville en charge et à l’échographie chez tous les patients. Un seul patient avait bénéficié d'une exploration IRM. Le traitement, initialement médical dans tous les cas, s'est soldé par une chirurgie de résection de l'angle postéro-supérieur du calcanéum chez un patient. L’évolution a été favorable chez tous les patients. PMID:26664538

  1. Textilome abdominal, à propos d'un cas

    PubMed Central

    Erguibi, Driss; Hassan, Robleh; Ajbal, Mohamed; Kadiri, Bouchaib

    2015-01-01

    Le textilome, également appelé gossybipomas, est une complication postopératoire très rare. Il peut s'agir d'un corps étranger composé de compresse(s) ou champ(s) chirurgicaux oubliés au niveau d'un foyer opératoire. Ils sont plus souvent asymptomatiques, et difficile à diagnostiquer. En particulier, les cas chroniques ne présentent pas de signes cliniques et radiologiques spécifiques pour le diagnostic différentiel. L'anamnèse est donc indispensable pour le diagnostic vu que les signes cliniques ne sont pas concluants. Le cliché d'abdomen sans préparation est peu contributif, l’échographie est fiable. La tomodensitométrie permet un diagnostic topographique précis, mais ce n'est pas toujours le cas. Certaines équipes proposent des explorations par IRM. Nous rapportons un cas de textilome intra abdominal, chez une patiente de 31 ans opérée il y a 8 ans pour grossesse extra-utérine, chez qui la TDM abdomino-pelvienne a évoqué un kyste hydatique péritonéale sans localisation du foie. Traitée par extrait d'un petit champ de 25x15cm et adhérant au sigmoïde. Le but de ce travail est de mettre en évidence le problème de diagnostic de cette pathologie et l'importance de la laparotomie exploratrice. PMID:26523184

  2. CAS-1 lunar soil simulant

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Zheng, Yongchun; Wang, Shijie; Ouyang, Ziyuan; Zou, Yongliao; Liu, Jianzhong; Li, Chunlai; Li, Xiongyao; Feng, Junming

    2009-02-01

    Lunar soil simulant is a geochemical reproduction of lunar regolith, and is needed for lunar science and engineering researches. This paper describes a new lunar soil simulant, CAS-1, prepared by the Chinese Academy of Sciences, to support lunar orbiter, soft-landing mission and sample return missions of China’s Lunar Exploration Program, which is scheduled for 2004 2020. Such simulants should match the samples returned from the Moon, all collected from the lunar regolith rather than outcrops. The average mineral and chemical composition of lunar soil sample returned from the Apollo 14 mission, which landed on the Fra Mauro Formation, is chosen as the model for the CAS-1 simulant. Source material for this simulant was a low-Ti basaltic scoria dated at 1600 years from the late Quaternary volcanic area in the Changbai Mountains of northeast China. The main minerals of this rock are pyroxene, olivine, and minor plagioclase, and about 20 40% modal glass. The scoria was analyzed by XRF and found to be chemically similar to Apollo 14 lunar sample 14163. It was crushed in an impact mill with a resulting median particle size 85.9 μm, similar to Apollo soils. Bulk density, shear resistance, complex permittivity, and reflectance spectra were also similar to Apollo 14 soil. We conclude that CAS-1 is an ideal lunar soil simulant for science and engineering research of future lunar exploration program.

  3. Rapid and efficient analysis of gene function using CRISPR-Cas9 in Xenopus tropicalis founders.

    PubMed

    Shigeta, Mitsuki; Sakane, Yuto; Iida, Midori; Suzuki, Miyuki; Kashiwagi, Keiko; Kashiwagi, Akihiko; Fujii, Satoshi; Yamamoto, Takashi; Suzuki, Ken-Ichi T

    2016-07-01

    Recent advances in genome editing using programmable nucleases, such as zinc finger nucleases (ZFNs), transcription activator-like effector nucleases (TALENs) and the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas system, have facilitated reverse genetics in Xenopus tropicalis. To establish a practical workflow for analyzing genes of interest using CRISPR-Cas9, we examined various experimental procedures and conditions. We first compared the efficiency of gene disruption between Cas9 protein and mRNA injection by analyzing genotype and phenotype frequency, and toxicity. Injection of X. tropicalis embryos with Cas9 mRNA resulted in high gene-disrupting efficiency comparable with that produced by Cas9 protein injection. To exactly evaluate the somatic mutation rates of on-target sites, amplicon sequencing and restriction fragment length polymorphism analysis using a restriction enzyme or recombinant Cas9 were performed. Mutation rates of two target genes (slc45a2 and ltk) required for pigmentation were estimated to be over 90% by both methods in animals exhibiting severe phenotypes, suggesting that targeted somatic mutations were biallelically introduced in almost all somatic cells of founder animals. Using a heteroduplex mobility assay, we also showed that off-target mutations were induced at a low rate. Based on our results, we propose a CRISPR-Cas9-mediated gene disruption workflow for a rapid and efficient analysis of gene function using X. tropicalis founders. PMID:27219625

  4. Intrinsic sequence specificity of the Cas1 integrase directs new spacer acquisition

    PubMed Central

    Rollie, Clare; Schneider, Stefanie; Brinkmann, Anna Sophie; Bolt, Edward L; White, Malcolm F

    2015-01-01

    The adaptive prokaryotic immune system CRISPR-Cas provides RNA-mediated protection from invading genetic elements. The fundamental basis of the system is the ability to capture small pieces of foreign DNA for incorporation into the genome at the CRISPR locus, a process known as Adaptation, which is dependent on the Cas1 and Cas2 proteins. We demonstrate that Cas1 catalyses an efficient trans-esterification reaction on branched DNA substrates, which represents the reverse- or disintegration reaction. Cas1 from both Escherichia coli and Sulfolobus solfataricus display sequence specific activity, with a clear preference for the nucleotides flanking the integration site at the leader-repeat 1 boundary of the CRISPR locus. Cas2 is not required for this activity and does not influence the specificity. This suggests that the inherent sequence specificity of Cas1 is a major determinant of the adaptation process. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.08716.001 PMID:26284603

  5. Streptococcus thermophilus CRISPR-Cas9 Systems Enable Specific Editing of the Human Genome.

    PubMed

    Müller, Maximilian; Lee, Ciaran M; Gasiunas, Giedrius; Davis, Timothy H; Cradick, Thomas J; Siksnys, Virginijus; Bao, Gang; Cathomen, Toni; Mussolino, Claudio

    2016-03-01

    RNA-guided nucleases (RGNs) based on the type II CRISPR-Cas9 system of Streptococcus pyogenes (Sp) have been widely used for genome editing in experimental models. However, the nontrivial level of off-target activity reported in several human cells may hamper clinical translation. RGN specificity depends on both the guide RNA (gRNA) and the protospacer adjacent motif (PAM) recognized by the Cas9 protein. We hypothesized that more stringent PAM requirements reduce the occurrence of off-target mutagenesis. To test this postulation, we generated RGNs based on two Streptococcus thermophilus (St) Cas9 proteins, which recognize longer PAMs, and performed a side-by-side comparison of the three RGN systems targeted to matching sites in two endogenous human loci, PRKDC and CARD11. Our results demonstrate that in samples with comparable on-target cleavage activities, significantly lower off-target mutagenesis was detected using St-based RGNs as compared to the standard Sp-RGNs. Moreover, similarly to SpCas9, the StCas9 proteins accepted truncated gRNAs, suggesting that the specificities of St-based RGNs can be further improved. In conclusion, our results show that Cas9 proteins with longer or more restrictive PAM requirements provide a safe alternative to SpCas9-based RGNs and hence a valuable option for future human gene therapy applications. PMID:26658966

  6. Maladie d'Aïnhum (dactylolyse spontanée) : à propos d'un cas Clinique

    PubMed Central

    Maruis, Kitembo Feruzi; Cédrick, Sangwa Milindi; Mireille, Kakinga Zabibu; Felix, Mutomb Jean

    2014-01-01

    La vraie maladie d'Aïnhum est est une pathologie d’étiologie inconnue, associée à une bande de constriction autour du cinquième orteil, principalement chez les adultes de peau noire en milieu tropical. Le terme Pseudoaïnhum désigne les autres formes de constriction des doigts et orteils. Les cas de Pseudoaïnhum sont de plus en plus décrits dans la littérature. Nous présentons ici un cas de la maladie d'Aïnhum reçu au stade III de la pathologie et qui a bénéficié d'une amputation du cinquième orteil. PMID:25667722

  7. A propos d'un cas de grossesse abdominale très prolongée

    PubMed Central

    Kangulu, Ignace Bwana; Umba, Elie Kilolo Ngoy; Cibuabua, Deddy Kalonji; Ilunga, Clovis Mwamba; Ndolo, Adellard Umba; Nzaji, Michel Kabamba; Kayamba, Prosper Kalenga Mwenze

    2013-01-01

    Un cas de grossesse abdominale prolongée d'environ 18 mois avec mort fœtale, vécu à l'hôpital général de référence de Mulongo dans la province du Katanga, en République Démocratique du Congo, est rapporté dans ce papier. Ce cas clinique d’évolution étonnante permet de faire la revue de la littérature, de rappeler l'importance d'un bon suivi clinique et échographique de la grossesse et de s'interroger sur le niveau d’éducation de la femme ainsi que la qualité des soins prénataux en milieu rural congolais. PMID:24570787

  8. Le médulloblastome chez l'adulte: à propos de 13 cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Drissi, Jamal; Affane, Mariam; Elomrani, Abdelhamid; Khouchani, Mouna

    2015-01-01

    Le médulloblastome est une tumeur neuro-ectodermique primitive maligne. Il s'agit d'une tumeur rare chez l'adulte, représentant moins de 1% des tumeurs cérébrales. Nous proposons une étude rétrospective réalisée au sein du service d'Oncologie-Radiothérapie du CHU Mohamed VI de Marrakech sur une période de 13 ans. Le but de notre travail est de déterminer le profil épidémioclinique, thérapeutique, évolutif ainsi que les facteurs pronostiques de cette entité pathologique avec une revue de la littérature. Notre série comportait 13 patients, 10 hommes et 3 femmes, l’âge médian a été 20,8 ans. Le tableau clinique a été révélé par un syndrome d'hypertension intracrânienne (100%), associée à un syndrome cérébelleux (84%). La localisation était hémisphérique (31%) et vermio-hémisphérique (54%). 31% des patients ont bénéficié d'une exérèse chirurgicale totale. 85% des cas avaient une variante classique et 15% une variante desmoplasique. 30% des cas avaient été classés à «risque standard» et 70% à «haut risque». La chirurgie avait été complétée d'une radiothérapie de l'ensemble du névraxe selon la technique de «jonctions mobiles» dans tous les cas. Le délai moyen était de 73 jours. Une chimiothérapie adjuvante avait été réalisée chez 9 cas. Avec un recul moyen de 21.3 mois, l’évolution a été marquée par une récidive tumorale (4 cas), une toxicité auditive (6 cas) et des troubles cognitifs chez un cas. La prise en charge du médulloblastome doit être multidisciplinaire associant neurochirurgiens et oncologues radiothérapeutes. Cette collaboration est le seul garant d'une amélioration de son pronostic. PMID:26889307

  9. Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan for Corrective Action Unit 107: Low Impact Soil Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2009-03-31

    This Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan covers activities associated with Corrective Action Unit (CAU) 107 of the Federal Facility Agreement and Consent Order (1996 [as amended February 2008]). CAU 107 consists of the following Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 1, 2, 3, 4, 5, 9, 10, and 18 of the Nevada Test Site. {sm_bullet} CAS 01-23-02, Atmospheric Test Site - High Alt{sm_bullet} CAS 02-23-02, Contaminated Areas (2){sm_bullet} CAS 02-23-03, Contaminated Berm{sm_bullet} CAS 02-23-10, Gourd-Amber Contamination Area{sm_bullet} CAS 02-23-11, Sappho Contamination Area{sm_bullet} CAS 02-23-12, Scuttle Contamination Area{sm_bullet} CAS 03-23-24, Seaweed B Contamination Area{sm_bullet} CAS 03-23-27, Adze Contamination Area{sm_bullet} CAS 03-23-28, Manzanas Contamination Area{sm_bullet} CAS 03-23-29, Truchas-Chamisal Contamination Area{sm_bullet} CAS 04-23-02, Atmospheric Test Site T4-a{sm_bullet} CAS 05-23-06, Atmospheric Test Site{sm_bullet} CAS 09-23-06, Mound of Contaminated Soil{sm_bullet} CAS 10-23-04, Atmospheric Test Site M-10{sm_bullet} CAS 18-23-02, U-18d Crater (Sulky) Based on historical documentation, personnel interviews, site process knowledge, site visits, photographs, engineering drawings, field screening, analytical results, and the results of data quality objectives process (Section 3.0), closure in place with administrative controls or no further action will be implemented for CAU 107.

  10. Les Cicatrices Retractiles Post-Brulures Du Membre Inferieur Chez L’Enfant

    PubMed Central

    Sankale, A.A.; Manyacka Ma Nyemb, P.; Coulibaly, N.F.; Ndiaye, A.; Ndoye, M.

    2010-01-01

    Summary Il s'agit d'une étude faisant ressortir les aspects épidémiologiques, cliniques et thérapeutiques des séquelles de brûlures du membre inférieur chez l'enfant, à propos de 42 cas colligés au service de chirurgie infantile de l'Hôpital Aristide Le Dantec (Sénégal). L'âge moyen retrouvé est de 5 ans et 3 mois, et le sex-ratio garçons/filles de 1,8/1. La brûlure thermique est causée par une flamme dans 33% des cas, par un liquide chaud dans 21% des cas, et par des braises dans 21% des cas. Les cicatrices rétractiles intéressent le genou et le creux poplité dans 47% des cas et le pied dans 45% des cas. Elles sont bilatérales dans 21% des cas, et concernent une autre localisation associée dans 21% des cas. Quant aux brides, 21% ont bénéficié d'une chirurgie, avec un délai moyen de 3 ans et 2 mois après la brûlure. Cette procédure chirurgicale consiste en une plastie en Z dans 91% des cas, à laquelle est associée une greffe de peau dans 54% des cas. Une rééducation fonctionnelle est pratiquée chez 54% des opérés. Parallèlement aux données de la littérature, nos résultats montrent que l'optimisation de la prise en charge passe par une meilleure prévention des accidents domestiques et une bonne codification thérapeutique. PMID:21991202

  11. Syndrome de compression traumatique: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Boukatta, Brahim; El Bouazzaoui, Abderrahim; Houari, Nawfal; Jiber, Hamid; Sbai, Hicham; Kanjaa, Nabil

    2014-01-01

    Le crush syndrome correspond à l'ensemble des manifestations systémiques secondaire à une destruction des fibres musculaires striées. Il survient le plus souvent dans le cadre d'accidents graves tels que les catastrophes, accidents de travail et accidents de la voie publique. Il est responsable d'une hypovolémie, état de choc, hyperkaliémie, hypocalcémie, acidose métabolique et d'insuffisance rénale aigue. Le succès du traitement dépend largement de la rapidité de la prise en charge. Les principaux objectifs thérapeutiques sont la correction de l'hypovolémie, traitement de l'hyperkaliémie, l'alcalinisation et la prévention de l'insuffisance rénale. L'utilisation de garrots compressifs doit être réservée au seul contrôle d'hémorragies importantes. Dans cet article, nous rapportons le cas d'un jeune patient de 20 ans ayant présenté un crush syndrome à la suite d'un accident de la voie publique. L’évolution était favorable, mais une amputation du membre écrasé était nécessaire. PMID:25848457

  12. Les tumeurs conjonctives cutanées: à propos de 121 cas

    PubMed Central

    Hazmiri, Fatima Ezzahra; Fakhri, Anas; Rais, Hanane; Akhdari, Nadia; Amal, Said; Belaabidia, Badia

    2014-01-01

    Les tumeurs conjonctives cutanées sont des tumeurs dermiques et/ou hypodermiques relativement fréquentes. Elles sont dominées par les tumeurs bénignes. A travers une série de 121 cas, nous avons étudié le profil épidémiologique, anatomopathologique et évolutif de ces tumeurs. C'est une étude rétrospective réalisée au service d'anatomie pathologique du CHU Mohammed VI de Marrakech entre 2004 et 2012. Il s'agit de 121 patients. La moyenne d’âge était de 36 ans (1-80ans). Le sex-ratio H/F était de 1,12. La tumeur avait un aspect nodulaire dans 90% des cas. Le membre inférieur était la localisation la plus fréquente (30,5%). L’étude anatomopathologique a porté sur un matériel biopsique dans 100% des cas. Soixante-neuf pour cent de ces tumeurs étaient bénignes. Elles étaient représentées essentiellement par les tumeurs vasculaires, suivies par les tumeurs fibreuses et fibro-histiocytaires. Trente et un pour cent des tumeurs étaient malignes. Il s'agissait essentiellement de tumeurs fibreuses et fibro-histiocytaires, suivies de tumeurs vasculaires. L’étude immunohistochimique était réalisée dans 2cas. Le traitement chirurgical était entrepris dans 73% des cas. L’évolution était précisée dans 19% des cas avec une évolution favorable dans 13% des cas. Un cas de décès et 2 cas de récidive étaient notés. Les tumeurs conjonctives cutanées bénignes sont de bon pronostic, mais posent un problème majeur de nosologie et de classification. D'autre part, la prise en charge diagnostique et thérapeutique ainsi que l’évaluation pronostique des sarcomes cutanés restent difficiles. PMID:25379113

  13. Prise en charge des traumatismes graves du rein

    PubMed Central

    Lakmichi, Mohamed Amine; Jarir, Redouane; Sadiki, Bader; Zehraoui; Bentani; Wakrim, Bader; Dahami, Zakaria; Moudouni; Sarf, Ismail

    2015-01-01

    Les traumatismes graves du rein de grade III, IV et V selon la classification de l'Amercan Society for Surgery For Trauma (ASST) sont plus rares et se retrouvent dans 5% des cas en moyenne. Leur prise en charge est souvent délicate, nécessitant alors des centres expérimentés dotés de moyen adéquats d'imagerie (scanner spiralé). Cependant, durant ces dernières années, la prise en charge de ces traumatismes a évolué vers une attitude de moins en moins chirurgicale grâce à l’évolution des techniques de la radiologie interventionnelle, de l'endourologie et des moyens de surveillance aux urgences et de réanimation. L'objectif de cette étude est d’évaluer notre expérience dans la prise en charge des traumatismes rénaux de haut grade. Notre étude rétrospective porte sur 25 cas de traumatismes grave du rein de grade III, IV et V selon la classification de l'ASST, colligés entre Janvier 2002 et Juin 2009 au service d'urologie du centre Hospitalier Universitaire Mohammed VI, Université Cadi Ayyad de Marrakech, Maroc. Nous avons étudié les données épidémiologiques, les signes cliniques et biologiques à l'admission (état de choc hémorragique, taux d'hémoglobine), les données radiologiques (échographie et scanner), les lésions associées, la prise en charge thérapeutique et les complications. L’âge moyen de nos patients était de 24,9 ans 15 et 58 ans, avec une prédominance masculine (sex-ratio = 7, 3). Le rein droit était intéressé dans 15 cas (60%). Le traumatisme rénal était fermé dans 15 cas, et ouvert par arme blanche dans 10 cas. Huit patients se sont présentés en état de choc hémorragique (32%). Une anémie inférieur à 10g /100ml a été observée dans 10 cas (40%). L'uroscanner fait systématiquement à l'admission a retrouvé un grade III (10 cas), grade IV (13 cas) et grade V (2 cas). La prise en charge a consisté en une exploration chirurgicale avec néphrectomie chez 2 cas de Grade IV pour une instabilité h

  14. Les plaies du tendon patellaire

    PubMed Central

    Mechchat, Atif; Elidrissi, Mohammed; Mardy, Abdelhak; Elayoubi, Abdelghni; Shimi, Mohammed; Elibrahimi, Abdelhalim; Elmrini, Abdelmajid

    2014-01-01

    Les plaies du tendon patellaire sont peu fréquentes et sont peu rapportés dans la littérature, contrairement aux ruptures sous cutanées. Les sections du tendon patellaire nécessitent une réparation immédiate afin de rétablir l'appareil extenseur et de permettre une récupération fonctionnelle précoce. A travers ce travail rétrospectif sur 13 cas, nous analysons les aspects épidémiologiques, thérapeutiques et pronostiques de ce type de pathologie en comparant différents scores. L’âge moyen est de 25 ans avec une prédominance masculine. Les étiologies sont dominées par les accidents de la voie publique (68%) et les agressions par agent tranchant (26%) et contendant (6 %). Tous nos patients ont bénéficié d'un parage chirurgical avec suture tendineuse direct protégée par un laçage au fils d'aciers en légère flexion. La rééducation est débutée après sédation des phénomènes inflammatoires. Au dernier recul les résultats sont excellents et bon à 92%. Nous n'avons pas noté de différence de force musculaire et d'amplitude articulaire entre le genou sain et le genou lésé. Les lésions ouvertes du tendon patellaire est relativement rare. La prise en charge chirurgicale rapide donne des résultats assez satisfaisants. La réparation est généralement renforcée par un semi-tendineux, synthétique ou métallique en forme de cadre de renfort pour faciliter la réadaptation et réduire le risque de récidive après la fin de l'immobilisation. PMID:25170379

  15. Etiologies des hypertensions artérielles endocrines: à propos d'une série de cas

    PubMed Central

    Bouznad, Naima; El Mghari, Ghizlane; El Ansari, Nawal

    2016-01-01

    Les hypertensions artérielles (HTA) d'origine endocrine restent une cause rare d'HTA, sa prévalence globale n'excède pas 4% des hypertendus. L'intérêt de la recherche des HTA endocrines réside dans la gravité de certaines formes parfois mortelles et le caractère potentiellement curable et réversible de ces HTA. Le but du travail est de déterminer le profil clinique, para clinique, étiologique et thérapeutique des HTA secondaires d'origine endocrine chez les patients suivis au service d'endocrinologie au CHU Mohamed IV à Marrakech. Il s'agit d'une étude descriptive prospective s’étalant sur une période de 4 ans incluant 45 patients ayant une HTA endocrinienne. La moyenne d’âge est de 44,89 ans, avec une nette prédominance du sexe féminine (sexe ratio de 0,49). Les étiologies des HTA endocrines étaient dominées par le phéochromocytome (17 cas), l'hypercorticisme (11 cas) et l'acromégalie (8 cas). L'HTA était paroxystique dans 24,4%. Elle était d'emblée sevère classée grade 3 dans 40% des cas. L'HTA a été compliquée de cardiopathie dans 24% des cas et de néphropathie dans 20% des cas. Le traitement curatif a permis une guérison de l'HTA chez 60% (27 cas). Le diagnostic des HTA secondaires endocrines est parfois difficile du fait de l'absence de spécificité clinique. Il n'est pas exceptionnel que l'HTA soit l'unique manifestation de la maladie. Dans notre travail nous notons le caractère paroxystique et sévère de l'HTA. Le caractère éventuellement curable des HTA endocrines, dans plus des deux tiers des cas, fait qu'il est important de la dépister devant toute HTA sévère, résistante au traitement, ou en présence de signes cliniques, biologiques ou radiologiques évocateurs. PMID:27303586

  16. Exploiting CRISPR-Cas immune systems for genome editing in bacteria.

    PubMed

    Barrangou, Rodolphe; van Pijkeren, Jan-Peter

    2016-02-01

    The CRISPR-Cas immune system is a DNA-encoded, RNA-mediated, DNA-targeting defense mechanism, which provides sequence-specific targeting of DNA. This molecular machinery can be engineered into the sgRNA:Cas9 technology, for programmable cleavage of DNA. Following the genesis of double-stranded DNA breaks, the DNA repair machinery generates mutations at the cleavage site using various pathways. This technology has revolutionized eukaryotic genome editing, and we are at the cusp of full exploitation in bacteria. Here, we discuss the potential of CRISPR-based technologies for use in bacteria, and highlight the application of single stranded DNA recombineering combined with CRISPR-Cas selection to edit the genome of a probiotic organism. We envision that CRISPR-Cas technologies will play a key role in the development of next-generation industrial bacteria. PMID:26629846

  17. [Research progress in the third-generation genomic editing technology - CRISPR/Cas9].

    PubMed

    Zhou, Yalan; Zong, Yanan; Kong, Xiangdong

    2016-10-01

    CRISPR/Cas9 technology originated from type II CRISPR/Cas system, which is widely found in bacteria and equips them with acquired immunity against viruses and plasmids. CRISPR-associated protein Cas9 is a RNA-guided endonuclease, which can efficiently introduce double-strand breaks at specific sites and activate homologous recombination and/or non-homologous end joining mechanism for the repair of impaired DNA. Features such as easy-to-use, cost-effectiveness, multiple targeting ability have made it the third-generation genomic engineering tool following ZFNs and TALENs. Here the history of discovery and molecular mechanism of the CRISPR/Cas9 technology are reviewed. The rapid advance in its various applications, especially for the treatment of human genetic disorders, as well as some concomitant problems are discussed. PMID:27577230

  18. CRISPR-Cas9 Can Inhibit HIV-1 Replication but NHEJ Repair Facilitates Virus Escape

    PubMed Central

    Wang, Gang; Zhao, Na; Berkhout, Ben; Das, Atze T

    2016-01-01

    Several recent studies demonstrated that the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated endonuclease Cas9 can be used for guide RNA (gRNA)-directed, sequence-specific cleavage of HIV proviral DNA in infected cells. We here demonstrate profound inhibition of HIV-1 replication by harnessing T cells with Cas9 and antiviral gRNAs. However, the virus rapidly and consistently escaped from this inhibition. Sequencing of the HIV-1 escape variants revealed nucleotide insertions, deletions, and substitutions around the Cas9/gRNA cleavage site that are typical for DNA repair by the nonhomologous end-joining pathway. We thus demonstrate the potency of CRISPR-Cas9 as an antiviral approach, but any therapeutic strategy should consider the viral escape implications. PMID:26796669

  19. Multiplex CRISPR/Cas9-based genome engineering from a single lentiviral vector.

    PubMed

    Kabadi, Ami M; Ousterout, David G; Hilton, Isaac B; Gersbach, Charles A

    2014-10-29

    Engineered DNA-binding proteins that manipulate the human genome and transcriptome have enabled rapid advances in biomedical research. In particular, the RNA-guided CRISPR/Cas9 system has recently been engineered to create site-specific double-strand breaks for genome editing or to direct targeted transcriptional regulation. A unique capability of the CRISPR/Cas9 system is multiplex genome engineering by delivering a single Cas9 enzyme and two or more single guide RNAs (sgRNAs) targeted to distinct genomic sites. This approach can be used to simultaneously create multiple DNA breaks or to target multiple transcriptional activators to a single promoter for synergistic enhancement of gene induction. To address the need for uniform and sustained delivery of multiplex CRISPR/Cas9-based genome engineering tools, we developed a single lentiviral system to express a Cas9 variant, a reporter gene and up to four sgRNAs from independent RNA polymerase III promoters that are incorporated into the vector by a convenient Golden Gate cloning method. Each sgRNA is efficiently expressed and can mediate multiplex gene editing and sustained transcriptional activation in immortalized and primary human cells. This delivery system will be significant to enabling the potential of CRISPR/Cas9-based multiplex genome engineering in diverse cell types. PMID:25122746

  20. Cas6 is an endoribonuclease that generates guide RNAs for invader defense in prokaryotes

    SciTech Connect

    Carte, Jason; Wang, Ruiying; Li, Hong; Terns, Rebecca M.; Terns, Michael P.

    2010-11-09

    An RNA-based gene silencing pathway that protects bacteria and archaea from viruses and other genome invaders is hypothesized to arise from guide RNAs encoded by CRISPR loci and proteins encoded by the cas genes. CRISPR loci contain multiple short invader-derived sequences separated by short repeats. The presence of virus-specific sequences within CRISPR loci of prokaryotic genomes confers resistance against corresponding viruses. The CRISPR loci are transcribed as long RNAs that must be processed to smaller guide RNAs. Here we identified Pyrococcus furiosus Cas6 as a novel endoribonuclease that cleaves CRISPR RNAs within the repeat sequences to release individual invader targeting RNAs. Cas6 interacts with a specific sequence motif in the 5{prime} region of the CRISPR repeat element and cleaves at a defined site within the 3{prime} region of the repeat. The 1.8 angstrom crystal structure of the enzyme reveals two ferredoxin-like folds that are also found in other RNA-binding proteins. The predicted active site of the enzyme is similar to that of tRNA splicing endonucleases, and concordantly, Cas6 activity is metal-independent. cas6 is one of the most widely distributed CRISPR-associated genes. Our findings indicate that Cas6 functions in the generation of CRISPR-derived guide RNAs in numerous bacteria and archaea.

  1. CRISPR/Cas9-Mediated Genome Editing in Soybean Hairy Roots.

    PubMed

    Cai, Yupeng; Chen, Li; Liu, Xiujie; Sun, Shi; Wu, Cunxiang; Jiang, Bingjun; Han, Tianfu; Hou, Wensheng

    2015-01-01

    As a new technology for gene editing, the CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)/Cas (CRISPR-associated) system has been rapidly and widely used for genome engineering in various organisms. In the present study, we successfully applied type II CRISPR/Cas9 system to generate and estimate genome editing in the desired target genes in soybean (Glycine max (L.) Merrill.). The single-guide RNA (sgRNA) and Cas9 cassettes were assembled on one vector to improve transformation efficiency, and we designed a sgRNA that targeted a transgene (bar) and six sgRNAs that targeted different sites of two endogenous soybean genes (GmFEI2 and GmSHR). The targeted DNA mutations were detected in soybean hairy roots. The results demonstrated that this customized CRISPR/Cas9 system shared the same efficiency for both endogenous and exogenous genes in soybean hairy roots. We also performed experiments to detect the potential of CRISPR/Cas9 system to simultaneously edit two endogenous soybean genes using only one customized sgRNA. Overall, generating and detecting the CRISPR/Cas9-mediated genome modifications in target genes of soybean hairy roots could rapidly assess the efficiency of each target loci. The target sites with higher efficiencies can be used for regular soybean transformation. Furthermore, this method provides a powerful tool for root-specific functional genomics studies in soybean. PMID:26284791

  2. Môle hydatiforme partielle invasive et métastatique: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Lazrak, Ikram; Ihssane, Hakimi; Babahabib, Moulay Abdellah; Kouach, Jaouad; El Ochi, Mohamed Reda; Moussaoui, Moulay Driss; Dehayni, Mohamed

    2014-01-01

    Depuis plusieurs années, la môle hydatiforme partielle(MHP) a été considérée comme une entité bénigne qui ne nécessite pas une surveillance stricte comme celle de la môle complète(MC), mais l'apparition de quelques cas sporadiques de transformation de la môle partielle en maladie trophoblastique persistante que ça soit une môle invasive ou choriocarcinome ou voire même une tumeur du site d'implantation placentaire; a remis en question cette stratégie. A travers une observation d'une môle partielle invasive métastatique, et à travers une revue de la littérature, on a essayé d'appuyer cette conduite qui considère la môle partielle comme une pathologie potentiellement grave nécessitant une prise en charge adéquate et une surveillance assez rigoureuse. PMID:25815096

  3. Décompression chirurgicale du syndrome de défilé thoraco-brachial

    PubMed Central

    Lukulunga, Loubet Unyendje; Moussa, Abdou Kadri; Mahfoud, Mustapha; Ismael, Farid; Berrada, Mohamed Saleh; El Yaacoubi, Moradh

    2014-01-01

    Le syndrome de défilé thoraco-brachial est une pathologie souvent méconnue à cause de diagnostic difficile par manque des signes pathognomoniques conduisant souvent à des errances. Les manifestations cliniques dépendent selon qu'il s'agit d'une compression nerveuse, vasculaire ou vasculo-nerveuse. Le but de cette étude est de décrire certains aspects cliniques particuliers et évaluer le résultat fonctionnel après la décompression chirurgicale du paquet vasculo-nerveux. Notre étude rétrospective a porté sur l'analyse des données cliniques, radiologiques, IRM et EMG sur les patients opérés entre janvier 2010 et juillet 2013 du syndrome de défilé thoraco-brachial dans le service de traumatologie orthopédie de l'hôpital Ibn Sina de Rabat. 15 cas ont été colligés: 12 cas post traumatiques (fracture de la clavicule) et 3 cas d'origines congénitales, dont l’âge moyen était 35 ans (20 à 50 ans) avec 9 femmes et 6 hommes. A la fin du traitement, le score de Dash est passé de 109 (46% Normal=0) à 70 (20%), et le stress test de Roos était de 70/100 à 80/100. Le résultat était excellent dans 12 cas soit (80%) et moins bon dans dans 3 cas (20%). En définitive, la résection de malformations osseuses, l'excision des brides et la neurolyse du plexus brachial suivie de la rééducation a donné une bonne évolution fonctionnelle. PMID:25709735

  4. La tuberculose cutanée: observation de six cas confirmés au CHU Souro SANOU (CHUSS) de Bobo-Dioulasso (Burkina Faso)

    PubMed Central

    Andonaba, Jean Baptiste; Barro-Traoré, Fatou; Yaméogo, Téné; Diallo, Boukary; Korsaga-Somé, Nina; Traoré, Adama

    2013-01-01

    La localisation cutanée de la maladie tuberculeuse demeure une forme rare et représente seulement 2,1% des localisations. L'objet de cette étude est de rapporter le profil épidémiologique, anatomoclinique et évolutif des cas de tuberculose ganglio-cutanée diagnostiqués dans un CHU au Burkina Faso. La fréquence de la tuberculose cutanée est très faible au CHUSS. Six cas ont été diagnostiqués entre 2004 et 2010, soit une fréquence de un cas par an. La durée d’évolution des cas allait de deux jusqu’à dix ans avant leur diagnostic. Les lésions observées étaient: trois scrofulodermes, trois gommes, une tuberculose testiculaire associée à un mal de Pott, un cas de polyadénopathies et des cicatrices atropho-rétractiles dans la plupart des cas. Sur le plan anatomopathologique, des granulomes tuberculoïdes ont été mis en évidence dans tous les cas avec une forte réaction tuberculinique à l'IDR. Sous antituberculeux pendant six mois, l’évolution a été bonne dans tous les cas mais au prix de séquelles cutanées cicatricielles inesthétiques. Son ampleur reste peut-être encore méconnue. Le renforcement du plateau technique du CHU et une bonne collaboration interdisciplinaire contribuerait à un meilleur diagnostic et prise en charge de cette affection. PMID:24648863

  5. Second Line of Defense Virtual Private Network Guidance for Deployed and New CAS Systems

    SciTech Connect

    Singh, Surya V.; Thronas, Aaron I.

    2010-01-01

    This paper discusses the importance of remote access via virtual private network (VPN) for the Second Line of Defense (SLD) Central Alarm System (CAS) sites, the requirements for maintaining secure channels while using VPN and implementation requirements for current and future sites.

  6. The expanding footprint of CRISPR/Cas9 in the plant sciences

    Technology Transfer Automated Retrieval System (TEKTRAN)

    CRISPR/Cas9 has evolved and transformed the field of biology at an unprecedented pace. From the initial purpose of introducing a site specific mutation within a genome of choice, this technology has morphed into enabling a wide array of molecular applications, including site-specific transgene inser...

  7. Protospacer Adjacent Motif (PAM)-Distal Sequences Engage CRISPR Cas9 DNA Target Cleavage

    PubMed Central

    Ethier, Sylvain; Schmeing, T. Martin; Dostie, Josée; Pelletier, Jerry

    2014-01-01

    The clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated enzyme Cas9 is an RNA-guided nuclease that has been widely adapted for genome editing in eukaryotic cells. However, the in vivo target specificity of Cas9 is poorly understood and most studies rely on in silico predictions to define the potential off-target editing spectrum. Using chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq), we delineate the genome-wide binding panorama of catalytically inactive Cas9 directed by two different single guide (sg) RNAs targeting the Trp53 locus. Cas9:sgRNA complexes are able to load onto multiple sites with short seed regions adjacent to 5′NGG3′ protospacer adjacent motifs (PAM). Yet among 43 ChIP-seq sites harboring seed regions analyzed for mutational status, we find editing only at the intended on-target locus and one off-target site. In vitro analysis of target site recognition revealed that interactions between the 5′ end of the guide and PAM-distal target sequences are necessary to efficiently engage Cas9 nucleolytic activity, providing an explanation for why off-target editing is significantly lower than expected from ChIP-seq data. PMID:25275497

  8. CAS as Environments for Implementing Mathematical Microworlds.

    ERIC Educational Resources Information Center

    Alpers, Burkhard

    2002-01-01

    Investigates whether computer algebra systems (CAS) are suitable environments for implementing mathematical microworlds. Recalls what constitutes a microworld and explores how CAS can be used for implementation, stating potentials as well as limitations. Provides as an example the microworld "Formula 1", implemented in Maple Software. (Author/KHR)

  9. La pneumonie tuberculeuse: une nouvelle série de 27 cas

    PubMed Central

    Bakouh, Ouiam; Aniked, Sarra; Bourkadi, Jamaleddine

    2014-01-01

    Dans le but d’étudier les aspects cliniques, radiologiques et évolutifs de la pneumonie tuberculeuse (PT) au Maroc, pays à forte prévalence de tuberculose, une étude rétrospective s’étalant de Janvier au Septembre 2013 a été menée au service de phtisiologie femme de l'hôpital Moulay Youssef de Rabat. 27 cas de PT ont été diagnostiqués, dont 2 VIH séropositives. La fièvre et l'altération de l’état général étaient rapportées chez toutes les patientes, précédant les signes respiratoires comme La toux et la dyspnée. L'hémoptysie est rapportée chez 7 cas. Diagnostiquées souvent tardivement, du fait de la non spécificité de ses signes, 14 pneumonies sur 27 étaient excavées. Avec prédominance des lésions au lobe supérieur droit. Le traitement antituberculeux était efficace dans la majorité des cas. On a déploré 2 décès. La décision de mise en route du traitement antituberculeux même en l'absence de certitude bactériologique doit être prise dans un délai raisonnable de 15 jours vue la gravité du tableau et les séquelles persistantes. PMID:25745530

  10. Closure Report for Corrective Action Unit 540: Spill Sites, Nevada Test Site, Nevada, Rev. No.: 0

    SciTech Connect

    McClure, Lloyd

    2006-10-01

    This Closure Report (CR) presents information supporting the closure of Corrective Action Unit (CAU) 540: Spill Sites, Nevada Test Site, Nevada. This CR complies with the requirements of the 'Federal Facility Agreement and Consent Order' (1996) that was agreed to by the State of Nevada, the U.S. Department of Energy, and the U.S. Department of Defense. Corrective Action Unit 540 is located within Areas 12 and 19 of the Nevada Test Site and is comprised of the following Corrective Action Sites (CASs): CAS 12-44-01, ER 12-1 Well Site Release; CAS 12-99-01, Oil Stained Dirt; CAS 19-25-02, Oil Spill; CAS 19-25-04, Oil Spill; CAS 19-25-05, Oil Spill; CAS 19-25-06, Oil Spill; CAS 19-25-07, Oil Spill; CAS 19-25-08, Oil Spills (3); and CAS 19-44-03, U-19bf Drill Site Release. The purpose of this CR is to provide documentation supporting recommendations of no further action for the CASs within CAU 540. To achieve this, the following actions were performed: (1) Reviewed the current site conditions, including the concentration and extent of contamination; (2) Performed closure activities to address the presence of substances regulated by 'Nevada Administrative Code' 445A.2272 (NAC, 2002); and (3) Documented Notice of Completion and closure of CAU 540 issued by the Nevada Division of Environmental Protection.