Science.gov

Sample records for du site cas

  1. Rupture sous-cutanée du tendon long extenseur du pouce: à propos de 5 cas

    PubMed Central

    Abdelillah, Rachid; Abbassi, Najib; Erraji, Moncef; Abdeljawad, Najib; Yacoubi, Hicham; Daoudi, Abdelkrim

    2014-01-01

    La rupture spontanée du muscle long extenseur du pouce (EPL) du tendon au niveau du poignet est rare et principalement rapportés après fracture du radius distal à tubercule de Lister, dans la synovite, ténosynovite ou la polyarthrite rhumatoïde. Nous rapportons 5 cas de rupture spontanée du tendon long extenseur du pouce, traités par une greffe ou un transfert tendineux. PMID:25317233

  2. Preliminary Assessment for CAU 485: Cactus Spring Ranch Pu and Du Site, CAS No. TA-39-001-TAGR: Soil Contamination, Tonapah Test Range, Nevada

    SciTech Connect

    ITLV

    1998-07-01

    Corrective Action Unit 485, Corrective Action Site TA-39-001-TAGR, the Cactus Spring Ranch Soil Contamination Area, is located approximately six miles southwest of the Area 3 Compound at the eastern mouth of Sleeping Column Canyon in the Cactus Range on the Tonopah Test Range. This site was used in conjunction with animal studies involving the biological effects of radionuclides (specifically plutonium) associated with Operation Roller Coaster. According to field records, a hardened layer of livestock feces ranging from 2.54 centimeters (cm) (1 inch [in.]) to 10.2 cm (4 in.) thick is present in each of the main sheds. IT personnel conducted a field visit on December 3, 1997, and noted that the only visible feces were located within the east shed, the previously fenced area near the east shed, and a small area southwest of the west shed. Other historical records indicate that other areas may still be covered with animal feces, but heavy vegetation now covers it. It is possible that radionuclides are present in this layer, given the history of operations in this area. Chemicals of concern may include plutonium and depleted uranium. Surface soil sampling was conducted on February 18, 1998. An evaluation of historical documentation indicated that plutonium should not be and depleted uranium could not be present at levels significantly above background as the result of test animals being penned at the site. The samples were analyzed for isotopic plutonium using method NAS-NS-3058. The results of the analysis indicated that plutonium levels of the feces and surface soil were not significantly elevated above background.

  3. Preliminary Assessment for CAU 485: Cactus Spring Ranch Pu and DU Site CAS No. TA-39-001-TAGR: Soil Contamination, Tonopah Test Range, Nevada

    SciTech Connect

    1998-07-01

    Corrective Action Unit 485, Corrective Action Site TA-39-001-TAGR, the Cactus Spring Ranch Soil Contamination Area, is located approximately six miles southwest of the Area 3 Compound at the eastern mouth of Sleeping Column Canyon in the Cactus Range on the Tonopah Test Range. This site was used in conjunction with animal studies involving the biological effects of radionuclides (specifically plutonium) associated with Operation Roofer Coaster. The location had been used as a ranch by private citizens prior to government control of the area. According to historical records, Operation Roofer Coaster activities involved assessing the inhalation uptake of plutonium in animals from the nonnuclear detonation of nuclear weapons. Operation Roofer Coaster consisted of four nonnuclear destruction tests of a nuclear device. The four tests all took place during May and June 1963 and consisted of Double Tracks and Clean Slate 1, 11, and 111. Eighty-four dogs, 84 burros, and 136 sheep were used for the Double Tracks test, and ten sheep and ten dogs were used for Clean Slate 11. These animals were housed at Cactus Spring Ranch. Before detonation, all animals were placed in cages and transported to the field. After the shot, they were taken to the decontamination area where some may have been sacrificed immediately. All animals, including those sacrificed, were returned to Cactus Spring Ranch at this point to have autopsies performed or to await being sacrificed at a later date. A description of the Cactus Spring Ranch activities found in project files indicates the ranch was used solely for the purpose of the Roofer Coaster tests and bioaccumulation studies and was never used for any other project. No decontamination or cleanup had been conducted at Cactus Spring Ranch prior to the start of the project. When the project was complete, the pits at Cactus Spring Ranch were filled with soil, and trailers where dogs were housed and animal autopsies had been performed were removed

  4. Un cas de fracture luxation négligée du coude avec conservation de la fonction du coude

    PubMed Central

    Lahrach, Kamal; Ammoumri, Oussama; Mezzani, Amine; Benabid, Mounir; Marzouki, Amine; Boutayeb, Fawzi

    2015-01-01

    Les fractures luxations du coude sont rares et souvent mal tolérées chez les sujets jeunes actifs. Nous rapportons un cas de fracture-luxation du coude remontant à 20 ans. C'est un jeune de 35 ans, victime il y a 20 ans d'un traumatisme fermé, suite à une chute lors d'un match du football, de son coude gauche occasionnant une fracture-luxation du coude. Le patient a refusé une intervention chirurgicale avec une auto-rééducation. L'examen a mis en évidence une conservation de la fonction du coude. Un bilan radiologique a montré une fracture luxation du coude avec remaniement de la palette humérale. Une abstention thérapeutique a été décidée devant l'ancienneté de la fracture-luxation et la gêne fonctionnelle minime engendrée. Contrairement aux autres séries, la fracture-luxation dans notre cas était bien tolérée malgré le jeune âge du patient. PMID:26113930

  5. Tumeur du sac vitellin du testicule au stade IIIc métastatique : à propos d’un cas

    PubMed Central

    Zizi, Mohamed; Ziouziou, Imad; El Yacoubi, Souhail; Khmou, Mouna; Jahid, Ahmed; Mahassini, Najat; Karmouni, Tariq; El Khader, Khalid; Koutani, Abdellatif; Andaloussi, Ahmed Iben Attya

    2014-01-01

    Résumé Les tumeurs du sac vitellin du testicule sont rares chez l’adulte. Ces tumeurs se caractérisent par un mauvais pronostic à un stade métastatique avancé. Cependant, nous rapportons, dans le présent article, le cas clinique d’un adulte de 32 ans qui présentait une tumeur du sac vitellin du testicule au stade IIIc métastatique. Ce patient a subi une orchidectomie haute, accompagnée de quatre cycles de chimiothérapie à base de bléomycine, d’étoposide et de cisplatine. Il a répondu complètement au traitement, moyennant un recul de deux ans. PMID:25295144

  6. Cancer du sein historique à propos d'un cas!!! Comment réagir

    PubMed Central

    Laghzaoui, Omar

    2016-01-01

    Le cancer du sein localement avancé est une entité qui se fait rare dans les pays développés alors qu'on continue de recevoir des patientes à un stade avancé dans les pays africains. Nous proposant le cas d'une patiente intellectuelle prise en charge à l'hôpital militaire, Meknès, Maroc; qui a décelé la présence d'un nodule du sein droit par l'autopalpation mais elle n'a consulté le médecin que six mois après, dans un état historique de cancer du sein localement avancé. Le but de notre publication est donc de soulever les anomalies contemporaines aboutissant au retard diagnostic du cancer du sein et de proposer des solutions pour mieux sensibiliser la population. PMID:27642397

  7. Prise en charge du cancer du col utérin durant la grossesse: à propos de 05 cas

    PubMed Central

    El Mazghi, Abderrahman; Bouhafa, Touria; Loukili, Kaoutar; El Kacemi, Hanan; Lalya, Issam; Hassouni, Khalid

    2014-01-01

    L'association d'un cancer du col utérin avec une grossesse est une éventualité rare. Son incidence est assez mal évaluée, elle se situe selon les études entre 1 et 2/10 000. Lorsque la découverte en est faite, il faut conjuguer deux impératifs parfois totalement divergents: le traitement de la mère et la prise en charge du foetus. Cette association pose schématiquement quatre grands problèmes, qui sont: Celui du diagnostic, qui est loin d’être évident, compte tenu des remaniements cervicaux observés en début de gestation, le pronostic de l'affection, la date du traitement chirurgical et du délai entre le diagnostic et la prise en charge thérapeutique, enfin et de manière plus accessoire, le devenir de la grossesse et le mode d'accouchement. Nous rapportons une série de 5 cas de cancer du col utérin découverts au cours de la grossesse colligés dans notre service entre 2010 et 2013. La prise en charge thérapeutique est identique à celle des patientes en dehors de la grossesse même si quelques adaptations sont nécessaires du fait de l’état gravide, le pronostic du cancer ne semble pas être modifié par la grossesse. PMID:25852788

  8. Métastases gastro-intestinales du cancer du sein: à propos de 2 cas

    PubMed Central

    Loubna, Mezouar; Mohamed, El Hfid; Tijani, El Harroudi; Fouzia, Ghadouani; Hanane, Haj Kacem; Zouhour, Bourhaleb; Asmae, Ouabdelmoumen

    2013-01-01

    Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez la femme, notamment au Maroc, avec un taux de mortalité élevé. Les métastases gastro-intestinales d'un carcinome canalaire du sein sont rares. Leur diagnostic est difficile du fait de la nature non spécifique des symptômes. Nous rapportons deux observations originales de métastases gastroduodénales d'un cancer canalaire infiltrant du sein. Les métastases gastro-intestinales du cancer du sein sont très rares; la présence de symptômes gastro-intestinaux chez une malade ayant un antécédent de cancer du sein doit faire suspecter une atteinte métastatique gastro-intestinale. PMID:24198876

  9. Les ruptures traumatiques du tendon quadricipital: à propos de 3 cas

    PubMed Central

    Benyass, Youssef; Chafry, Bouchaib; Koufagued, Kaldadak; Bouabid, Salim; Chagar, Belkacem

    2015-01-01

    Les ruptures traumatiques du tendon quadricipital sont rares, elles surviennent préférentiellement après 40 ans, suite à un traumatisme indirect chez le sportif (flexion contrariée du genou) ou traumatisme banal chez le sédentaire. La tendinopathie préexistante est fréquente. La rupture est le plus souvent totale et siège au corps du tendon 60% des cas ou décallotement quadricipital au bord supérieur de la rotule (40% des cas). Le diagnostic est essentiellement clinique. Les examens complémentaires (échographie et imagerie par résonance magnétique) sont utiles et appuient le diagnostique, mais sont souvent faussement rassurants hormis la radiographie qui montre une rotule basse. Le traitement essentiellement chirurgical associé à la rééducation fonctionnelle donne des résultats largement meilleurs. Le délai d'intervention est un facteur pronostic très important. Les auteurs rapportent 03cas de rupture de tendon quadricipital. L’âge moyen est de 50ans. Ils ont été traités chirurgicalement et revus régulièrement, avec un recul de 16 mois pour apprécier l’évolution. Les résultats ont été très bons chez 02 cas et bon chez 01 cas. L'amélioration a été très nette selon les critères: marche, douleur et reprise d'activité physique. PMID:26985261

  10. Cancer du sein de l'homme: à propos de 6 cas

    PubMed Central

    Laabadi, Kamilia; Jayi, Sofia; Alaoui, Fatimazohra Fdili; Bouguern, Hakima; Chaara, Hikmat; Melhouf, My Abdelilah; Hassani, Karim Ibn Majdoub; Laalim, Said Ait; Anoun, Hicham; Toughrai, Imane; Mazaz, Khalid

    2013-01-01

    Le but de ce travail était d'analyser les caractéristiques cliniques, histologiques, thérapeutiques et pronostiques du cancer du sein chez l'homme. Il s'agissait d'une étude rétrospective portant sur six patients colligés au service de gynécologie obstétrique II, CHU Hassan II durant la période 2009-2012. L’âge moyen de nos patients est de 65.3 ans. Il s'agit dans 83.3% des cas, d'une tumeur rétroaréolaire dont la taille moyenne est de 44.16 mm. Nous avons retrouvé 4 (66.7%) T4, 1 (16.7%) T3 et dans un cas, une tumeur inclassable. Le type histologique le plus représenté est le carcinome canalaire infiltrant (66.7%). Le taux d'envahissement ganglionnaire axillaire est de 66.7%. L'hormonodépendance de ces tumeurs est prouvée dans 100% des cas. La survie à cinq ans est en cours d’évaluation. L'envahissement ganglionnaire, l'invasion du derme, le stade clinique TNM sont des facteurs qui influencent significativement la survenue de métastases. Aucun de ces facteurs de risque n'est apparu significatif en termes de survie globale. Le cancer du sein chez l'homme est une maladie rare (environ 1% des cancers du sein) au pronostic sombre. Le diagnostic est le plus souvent tardif et les lésions sont traitées à des stades avancés. PMID:24711870

  11. Le nodule nécrotique solitaire du foie: à propos de deux cas

    PubMed Central

    Mzoughi, Zeineb; Slama, Sana Ben; Bacha, Dhouha; Romdhane, Haifa; Bayar, Rached; Sassi, Asma; Lahmar, Ahlem

    2016-01-01

    Les lésions hépatiques nodulaires sont majoritairement tumorales. Le nodule nécrotique solitire du foie est rare. Le diagnostic preopératoire est difficile. Il s'agit d'une femme âgée de 43 ans qui était opérée d'un adénocarcinome du rectum métastatique au foie opéré. Le scanner abdominal de surveillance a révélé un nodule hépatique d'allure métastatique. Le second cas est celui d'un homme de 56 ans, admis pour cholécystectomie avec découverte per-opératoire d'un nodule hépatique. Dans les deux cas, le nodule hépatique était sous capsulaire et a été réséqué. L'examen anatomopathologique posait le diagnostic de nodule nécrotique solitaire du foie. Le nodule nécrotique non spécifique du foie est une lésion qui doit être évoquée, même dans un contexte néoplasique. Une caractérisation par l'imagerie et une ponction biopsie des lésions hépatiques peut être utile. PMID:28292145

  12. Volvulus du mesentere sur lipome mesenterique: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Dème, Hamidou; Badji, Nfally; Akpo, Léra Géraud; Touré, Mouhamed Hamine; Draha, Ronald; Niang, Fallou Gallas; Diop, Abdoulaye Dione; Niang, El Hadj

    2016-01-01

    Nous rapportons le cas d'une patiente de 7 ans qui a consulté pour une douleur abdominale aigue paroxystique siégeant au niveau de l'épigastre associée à des vomissements sans arrêt des matières et des gaz. L'examen clinique ainsi que le bilan biologique étaient sans particularité. L'échographie abdominale demandée en première intention a montré une masse du flanc et de la fosse iliaque droite échogène, homogène à contours réguliers sans signal vasculaire au Doppler associée à un signe du tourbillon des vaisseaux mésentériques. A la tomodensitométrie cette masse correspondait à une formation lipomateuse, bien limitée, exerçant un effet de masse sur le cœcum avec volvulus du mésentère au contact. La disposition des vaisseaux mésentériques à leur origine était normale. Le diagnostic de volvulus du mésentère sur lipome a été retenu. La prise en charge chirurgicale et l'analyse anatomopathologique de la pièce opératoire a confirmé le diagnostic. Nous allons à travers ce cas clinique revoir l'apport de l'échographie et du scanner dans le diagnostic de volvulus du mésentère. PMID:28250879

  13. Cancer du sein au Cameroun, profil histo-épidémiologique: à propos de 3044 cas

    PubMed Central

    Engbang, Jean Paul Ndamba; Essome, Henri; Koh, Valère Mve; Simo, Godefroy; Essam, Jean Daniel Sime; Mouelle, Albert Sone; Essame, Jean Louis Oyono

    2015-01-01

    Décrire les caractéristiques épidémiologiques et histo-pathologiques des tumeurs malignes du sein au Cameroun. Il s'agissait d'une étude rétrospective descriptive portant sur les tumeurs malignes du sein, colligées, dans les registres des différents laboratoires d'Anatomie Pathologique publiques et privés repartis dans cinq régions (centre, littoral, Ouest, Nord-ouest, Sud-ouest), pendant une période de 10 ans (2004-2013). Les paramètres étudiés étaient la fréquence, l’âge, le sexe, la localisation, le type et le grade histologique, et les récepteurs hormonaux. Un total de 3044 cas de cancers du sein a été recensé, soit une fréquence annuelle de 304,4 cas en moyenne. Le sexe féminin était le plus représenté avec 2971 cas (97,60%) et les hommes avec 73 cas (2,40%), soit un sexe ratio (H/F) de 0,02. L’âge moyen des patients était de 46±15,87 ans, avec des extrêmes de 13 et 95 ans. Selon la localisation, le sein gauche était atteint dans 1244 cas (52%) et le sein droit dans 1115 cas (47%). Au plan histologique, on retrouvait essentiellement des carcinomes avec 96,50% des cas, des sarcomes 1,39%, des lymphomes 1,07% et la maladie de Paget du mamelon, 1,03%. Les tumeurs épithéliales étaient infiltrantes dans 2049 cas (84,46%), avec une prédominance du carcinome canalaire infiltrant (1870 cas) et non infiltrantes dans 377 cas (15,54%). Le grade histo-pronostic de SBR avait révélé une prédominance du grade II dans 66% des cas. Les cancers du sein restent une pathologie fréquente au Cameroun et atteignent principalement la population féminine en âge de procréer. Ils sont caractérisés par la prédominance du carcinome canalaire infiltrant. PMID:26523182

  14. Carcinome neuroendocrine du sein: à propos d'un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Affane, Mariam; Elmorjani, Leila; El Omrani, Abdelhamid; Abbadi, Fayçal; Rais, Hanane; Khouchani, Mouna

    2016-01-01

    Les carcinomes neuroendocrines primitifs (CNEP) du sein sont des tumeurs rares. Ils sont actuellement inclus dans la dernière classification de l'OMS des tumeurs du sein. Nous rapportons un cas de localisation mammaire chez une patiente de 39 ans. Il s'agissait d'une tumeur localement avancée ayant nécessité une mastectomie et un curage ganglionnaire axillaire homolatérale. Une chimiothérapie adjuvante était indiquée. L’évolution était marquée par une poursuite évolutive locale. La patiente est décédée dans un tableau de pancytopénie fébrile après une survie d'un an. PMID:27642417

  15. Carcinome papillaire sur kyste du tractus thyréoglosse: à propos de deux cas

    PubMed Central

    Dbab, Lamia; Nouri, Hassan; Iguelouane, Nassim; Rochdi, Youssef; Aderdour, Lahcen; Raji, Abdelaziz

    2015-01-01

    L'objectif de ce travail est de présenté deux cas de carcinomes papillaire sur kystes du tractus thyréoglosse (KTT) et d'exposer notre attitude thérapeutique. Il s'agit de deux patientes, une âgée de 30 ans et l'autre de 45 ans, qui ont été opéré dans notre centre. Le diagnostic du carcinome papillaire sur KTT a été retenu après étude anatomopathologique du kyste après exérèse selon la technique de Sistrunk. Une thyroïdectomie totale suivie d'une irathérapie et d'une hormonothérapie freinatrice a été réalisé chez l'une des patientes, pour l'autre une thyroïdectomie totale associée à une hormonothérapie freinatrice a été préconisé. L'évolution été favorable après un recule de 4 ans pour la première patiente et de 2 ans pour la deuxième. La thyroïdectomie totale après exérèse complète du KTT est le traitement recommandé pour le carcinome papillaire sur KTT. Il a été démontré qu'un cancer latent de la thyroïde peut être développé même après des années après l'exérèse du KTT. Le traitement du carcinome papillaire sur KTT est bien codifié, permettant un excellent pronostic. PMID:26848352

  16. Oncoplastie avec conservation mammaire dans le traitement du cancer du sein: à propos de 16 cas

    PubMed Central

    Bouzoubaa, Wail; Laadioui, Meryam; Jayi, Sofia; Alaoui, Fatime Zahra Fdili; Bouguern, Hakima; Chaara, Hikmat; Melhouf, Moulay Abdelilah

    2015-01-01

    Le cancer du sein est actuellement le cancer le plus fréquent chez la femme, et pose un véritable problème diagnostique et thérapeutique. Le dépistage des lésions à un stade de plus en plus précoce, a permis une extension des indications du traitement conservateur radiochirurgical, qui était initialement limitées aux tumeurs de moins de 3 cm, unifocales, non inflammatoires. Par ailleurs, l'utilisation de traitements préopératoires permet d’étendre les indications du traitement conservateur à des tumeurs plus volumineuses. Parallèlement à cette extension des indications de conservation mammaire, on a observé le développement de nouvelles approches thérapeutiques notamment la chirurgie oncoplastique, technique du ganglion sentinelle et chirurgie stéréotaxique, dont les résultats initiaux sont très encouragent. A travers cette étude réalisée dans le service de gynécologie et obstétrique II du CHU HASSAN II de FES au MAROC, après l'analyse rétrospective de 16 patientes traitées par traitement conservateur et oncoplastie, nous avons voulus montrer notre aptitude a réalisé ses techniques chirurgicales et a bien prendre en charge ces patientes, mais aussi évaluer ces techniques en termes de résultat carcinologique et de résultat esthétique, aussi en terme de survie globale, survie sans métastase et en termes de récidive locale entre les plasties mammaires et les traitements usuels: mastectomie et traitement conservateur classique. PMID:26430477

  17. Rupture simultanée du ligament croisé antérieur et du ligament patellaire: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Achkoun, Abdessalam; Houjairi, Khalid; Quahtan, Omar; Hassoun, Jalal; Arssi, Mohamed; Rahmi, Mohamed; Garch, Abdelhak

    2016-01-01

    La rupture simultanée du tendon rotulien et du ligament croisé antérieur est une lésion relativement rare. Son diagnostic peut facilement manquer lors de l'examen initial. Les options de traitement incluent la réparation immédiate du tendon rotulien avec soit la reconstruction simultanée ou différée de ligament croisé antérieur. Nous rapportons le cas d'une rupture combinée du tendon rotulien et du ligament croisé antérieur chez un jeune footballeur de 22 ans. Une approche de traitement en deux temps a été effectuée avec un excellent résultat fonctionnel. PMID:27366288

  18. Diagnostic étiologique du diabète insipide central: à propos de 41 cas

    PubMed Central

    Chaker, Fatma; Chihaoui, Melika; Yazidi, Meriem; Slimane, Hedia

    2016-01-01

    La survenue d'un syndrome polyuro-polydipsiqueavec des urines hypotoniques nécessite une stratégie diagnostique rigoureuse. Le but de cette étude était d’étudier les modalités de diagnostic du diabète insipide central. A travers une étude rétrospective de 41 cas de diabète insipide central(DIC) colligés au service d'Endocrinologie à l'hôpital de la Rabta de Tunis, allant de l'année 1990 à l'an 2013, nous avons relevé les circonstances de découverte du DIC, les anomalies du bilan anté-hypophysaire etde l'imagerie hypophysaire. Le DIC était post opératoire chez 20 patients. La diurèse moyenne de 24 heures était significativement plus élevée chez les patients ayant un DIC en dehors d'un contexte chirurgical. L’épreuve de restriction hydrique était concluante chez tous les patients qui en ont bénéficié. En dehors d'un contexte neurochirurgical, les causes infiltratives étaient retrouvées chez 6 patientset les causes tumorales chez 6 patients. Le DIC était associé à une selle turcique vide dans 1 cas et idiopathique chez 3 malades. L'imagerie par résonnance magnétique hypothalamo-hypophysaire et le bilan anté-hypophysaire sont systématiques en dehors d'un contexte de chirurgie hypophysaire et d'une polydipsie primaire évidente. PMID:27642481

  19. SSFinder: high throughput CRISPR-Cas target sites prediction tool.

    PubMed

    Upadhyay, Santosh Kumar; Sharma, Shailesh

    2014-01-01

    Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated protein (Cas) system facilitates targeted genome editing in organisms. Despite high demand of this system, finding a reliable tool for the determination of specific target sites in large genomic data remained challenging. Here, we report SSFinder, a python script to perform high throughput detection of specific target sites in large nucleotide datasets. The SSFinder is a user-friendly tool, compatible with Windows, Mac OS, and Linux operating systems, and freely available online.

  20. La luxation chronique du coude chez l'enfant: à propos de 20 cas

    PubMed Central

    Atarraf, Karima; Arroud, Mounir; Chater, Lamiae; Afifi, My Abderrahmane

    2014-01-01

    La luxation négligée du coude chez l'enfant est peu fréquente dans les pays industrialisés, elle n'est pas en revanche rare dans notre contexte. Nous rapportons une série de 20 cas, colligée au service d'Orthopédie Pédiatrique du CHU HASSAN II de Fès, sur une période de 4 ans. En effet, 14 malades étaient de sexe masculin, avec un âge moyen de 8,5 ans. Le mécanisme principal était la chute d'olivier. Le délai de consultation était très variable. 19 enfants ont été traités traditionnellement. La raideur constituait le motif principal de consultation. Avec une flexion inférieure à 70°. Un seul malade avait présenté un syndrome de Volkmann. La luxation était isolée et postéro-externe dans la majorité des cas. La voie d'abord médiane postérieure était adoptée chez tous nos malades. 15 patients ont bénéficié d'une arthrolyse avec arthrodèse provisoire. La rééducation était systématique. Le résultat a été bon avec une flexion à 90° et un secteur de mobilité supérieur à 60° chez 9 de nos malades sur un recul de 3 ans. En définitive, la luxation invétérée du coude est une pathologie du milieu rural; la facilité d'accès au soin reste la meilleure prévention. PMID:25574324

  1. Schwannome bénin du nerf grand sciatique, à propos de 2 cas

    PubMed Central

    Chahbouni, Mohammed; Eloukili, Issam; Berrady, Mohamed Ali; Lamrani, Moulay Omar; Kharmaz, Mohamed; Ismail, Farid; Mahfoud, Mustapha; El Bardouni, Ahmed; Berrada, Mohamed Saleh; El Yaacoubi, Mouradh

    2014-01-01

    Les tumeurs primitives des nerfs périphériques représentent 1 à 2% des tumeurs des tissus mous. Les schwannomes sont en règle des tumeurs isolées de taille modérée et de croissance lente. Il convient de distinguer le schwannomes bénin et le neurofibrome des tumeurs malignes survenant généralement au cours d'une maladie de Recklinghausen. L'IRM permet d'orienter le diagnostic en mettant en évidence une tumeur de même signal que le tissu musculaire. Le traitement idéal de ces tumeurs consiste en une énucléation chirurgicale avec dissection soigneuse des faisceaux nerveux avoisinants. Nous rapportons deux cas d'un schwannome bénin développé aux dépens du nerf grand sciatique. PMID:25489357

  2. La myosite ossifiante circonscrite du coude: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Nhamoucha, Yassine; Alaoui, Othmane; Alaoui, Charifa; Abdellaoui, Hicham; Tazi, Mohammed; Oukhoya, Mohammed; Chater, Lamyae; Atarraf, Karima; Arroud, Mounir; Afifi, Abderahman

    2016-01-01

    La myosite ossifiante circonscrite (MOC) est une ossification hétérotopique des muscles striés. Sa localisation au niveau du coude est rare. Elle survient chez le sujet jeune, souvent suite à un traumatisme comme elle peut se développer également en dehors de tout traumatisme. Sa localisation prédominante est au niveau des muscles les plus volumineux de la racine des membres (fessiers, deltoïde) ou les plus exposés aux chocs direct (plus de 40 % des cas post-traumatiques sur le quadriceps). Nous proposons d’illustrer à partir d’une observation, les aspects que réalise la myosite ossifiante circonscrite en radiologie conventionnelle, en tomodensitométrie afin d’éviter la confusion diagnostique potentielle avec une tumeur osseuse maligne. PMID:28154675

  3. Autre cause de mort subite du nourrisson: à propos d'un cas clinique de syndrome du QT long congenital

    PubMed Central

    Seka, Zena; Mols, Pierre; Gobin, Eric; Ngatchou, William

    2014-01-01

    Le syndrome du QT long congénital est une maladie rythmique liée à une mutation génétique et caractérisée par un espace QT allongé sur l’électrocardiogramme, des arythmies malignes type torsade de pointe et fibrillation ventriculaire entraînant une mort subite. Les gènes impliqués dans ces mutations codent pour des sous unités des canaux ioniques responsables de l'activité électrique cardiaque. Le diagnostic est basé sur l’électrocardiogramme, une enquête familiale et l’étude génétique. Le traitement repose sur les bêtabloquants, la sympathectomie et le stimulateur cardiaque. Nous rapportons le cas d'un nourrisson de 2 ans retrouvé en état de mort apparente. Nous discutons de sa prise en charge initiale, de l'enquête familiale et de son suivi ultérieur. PMID:25667708

  4. Carcinome neuroendocrine du sein: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    El Fatemi, Hinde; Hammas, Nawal; Moumna, Kaoutar; Bedahou, Mouhcine; Mellas, Nawfel; Mesbahi, Omar

    2012-01-01

    Le carcinome neuroendocrine primitif du sein est une tumeur rare qui a été reconnue par la dernière édition de la classification OMS du cancer du sein publiée en 2003. Le diagnostic est évoqué sur des critères morphologiques et confirmé par l'expression des marqueurs neuroendocrines (chromogranine et synaptophysine) par plus de 50% des cellules tumorales. Nous rapportons un nouveau cas de carcinome neuroendocrine primitif du sein, et à travers une revue de la littérature, nous détaillons les aspects épidémiologiques, morphologiques et immuno-histochimiques de cette tumeur rare. PMID:23330031

  5. Particularités de la cardiomyopathie du péripartum en Afrique: le cas du Togo sur une étude prospective de 41 cas au Centre Hospitalier et Universitaire Sylvanus Olympio de Lomé

    PubMed Central

    Pio, Machihude; Afassinou, Yaovi; Baragou, Soodougoua; Akue, Edem Goeh; Péssinaba, Souleymane; Atta, Borgatia; Ehlan, Koffi; Alate, Amouzou; Damorou, Findibe

    2014-01-01

    Introduction La cardiomyopathie du péripartum (CMPP) est une défaillance cardiaque dont l’étiologie demeure encore méconnue. Méthodes Il s'agit d'une étude prospective descriptive réalisée dans le service de cardiologie du CHU Sylvanus olympio de Lomé du 1er janvier 2010 au 30 avril 2012. Elle a concerné 41 patientes ayant présenté une insuffisance cardiaque entre le 8eme mois de la grossesse et les 5 premiers mois du post-partum. Résultats L’âge moyen des patientes était de 31,47 ans (extrêmes 21 et 44ans). L'incidence de la CMPP était de 1/362 grossesses. La parité moyenne était de 3,07 (extrêmes 1 et 6). Les symptômes étaient apparus dans le post-partum dans 90,24% des cas. Un retard important de diagnostic était observé. L'insuffisance cardiaque globale était le mode de décompensation dans 65,85%. Les signes électrocardiographiques étaient essentiellement la tachycardie sinusale (97,56%) et l'hypertrophie ventriculaire gauche (97,56%). L’échographie cardiaque a montré dans tous les cas une cardiomyopathie dilatée. Quatre cas de thrombus intraventriculaire gauche étaient notés. La FEVG était sévèrement altérée. L'HTAP était importante dans 56,09%. Conclusion La cardiomyopathie du péripartum est une complication cardiaque grave de la grossesse de cause inconnue, fréquente dans la population africaine. PMID:25309645

  6. Examination of CRISPR/Cas9 design tools and the effect of target site accessibility on Cas9 activity.

    PubMed

    Lee, Ciaran M; Davis, Timothy H; Bao, Gang

    2017-03-16

    The recent adaptation of the CRISPR/Cas9 system for targeted genome engineering has led to its widespread applications in many fields worldwide. In order to better understand the design rules of CRISPR/Cas9 systems, several groups have carried out large library-based screens leading to some insight into sequence preferences among highly active target sites. To facilitate CRISPR/Cas9 design these studies have spawned a plethora of gRNA design tools with algorithms based solely on direct or indirect sequence features. Here we demonstrate that the predictive power of these tools is poor, suggesting that sequence features alone cannot accurately inform the cutting efficiency of a particular CRISPR/Cas9 gRNA design. Furthermore we demonstrate that DNA target site accessibility influences the activity of CRISPR/Cas9. With further optimisation we hypothesise that it will be possible to increase the predictive power of gRNA design tools by including both sequence and target site accessibility metrics. This article is protected by copyright. All rights reserved.

  7. Carcinome métaplasique du sein avec différenciation osseuse extensive: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Benlemlih, Amal; Bendahou, Mouhcine; Znati, Kaoutar; Sekkal, Mohamed; Chahbouni, Sanae; Mahmoud, Samia; Banani, Mohamed; Afaf, Amarti

    2013-01-01

    Le carcinome métaplasique du sein est une entité rare et bien individualisé par l'OMS. Il représente moins de 1% des cancers invasifs du sein et constitue un groupe tumoral hétérogène soit purement épithélial soit à doublecontingent épithélial et mésenchymateuse. Le carcinome métaplasique avec différenciation osseuse extensive est très rare. Il représente 0.2% des carcinomes du sein. Nous rapportant un cas exceptionnel d'un carcinome métaplasique du sein avec différenciation osseuse extensive chez une patiente de 53 ans. A travers ce cas et une revue de la littérature, les caractéristiques anatomo-cliniques, radiologique, thérapeutiques et évolutives seront discutées. PMID:24570796

  8. Carcinome épidermoïde du sein: à propos d’un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Ziyadi, Mounia; Boujoual, Majdouline; Raiteb, Hanane; Babahabib, My Abdellah; Kouach, Jawad; Moussaoui, Driss Rahali; Dehayni, Mohammed

    2016-01-01

    Le carcinome épidermoïde du sein est une tumeur rare, d'origine métaplasique l'ethiopathogénie est controversé, le diagnostic est histologique après avoir éliminé l'origine métastatique, la clinique et la radiologie ne sont pas spécifique le traitement rejoint celui du carcinome canalaire infiltrant, le pronostic est péjoratif liée à la taille tumorale et à l'envahissement ganglionnaire, on rapporte un cas de carcinome épidermoïde du sein chez une patiente de 39 ans ayant consulté au service de gynécologie obstétrique de hôpital militaire de Rabat, et à travers cette observation on va mettre le point sur les différentes caractéristiques de cette entité qui reste rare. PMID:27800068

  9. Schwannome étage du nerf médian: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Boukhris, Jalal; Boussouga, Mostapha; Jaafar, Abdelouahab; Chagar, Belkacem

    2014-01-01

    Les schwannomes bénins sont les plus fréquentes des tumeurs nerveuses. En règle isolées, le caractère étagé de ces tumeurs reste exceptionnel. Ces tumeurs surviennent avec prédilection chez l'adulte de 20 à 50 ans, et toujours indifféremment l'homme et la femme. Le délai d'apparition des premiers signes est généralement long. L'imagerie par résonance magnétique permet d'orienter le diagnostic mais c'est l'histologie qui le confirme. Le traitement repose essentiellement sur l’énucléation chirurgicale. L’évolution est généralement favorable. Nous rapportons un cas rare de schwanome étagé développé au dépend du nerf médian, en détaillant les aspects diagnostic, thérapeutiques et évolutifs à travers une revue de la littérature récente. PMID:25574332

  10. Volvulus du grêle sur paquet d’ascaris: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Diouf, Cheikh; Kane, Ahmed; Ndoye, Ndeye Aby; Ndour, Oumar; Faye-Fall, Aimé Lakh; Fall, Mbaye; Alumeti, Désiré Munyali; Ngom, Gabriel

    2016-01-01

    Nous rapportons un cas exceptionnel de volvulus nécrosé de l'intestin grêle dû à des ascaris adultes chez un enfant de 7 ans. A l'admission, l'enfant présentait le tableau d'occlusion intestinale qui évoluait depuis deux jours avec altération de l'état général. La radiographie de l'abdomen sans préparation retrouvait des niveaux hydroaériques de type grêlique et un aspect tigré évoquant le diagnostic d'une occlusion intestinale haute sur masse abdominale. Après la réanimation, le traitement chirurgical consistait en une laparotomie qui avait retrouvé un volvulus nécrosé de l'iléon terminale contenant des ascaris adultes. Une résection du grêle sur environ un mètre emportant le segment nécrosé suivie d'une iléostomie était réalisée. L'évolution a été favorable, l'anastomose iléo-colique fut réalisée quatre semaines plus tard. Au recul de deux ans l'enfant est indemne de tout symptôme. PMID:27795803

  11. Cavernome du quatrième ventricule: à propos d'un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Hassani, Fahd Derkaoui; Gana, Rachid; El Abbadi, Najia; El Fatemi, Nizare; Maaqili, Moulay Rachid

    2014-01-01

    Le siège intraventriculaire est une localisation rare des cavernomes de l'encéphale. Le quatrième ventricule est le moins concerné de toutes les localisations. Nous rapportons le cas d'une patiente âgée de 52 ans qui présente depuis 12 mois un syndrome d'hypertension intracrânienne et trouble de l’équilibre. Elle s'est présentée aux urgences avec un GCS à 14, nuque subraide, un syndrome cérébelleux statokinétique avec une acuité visuelle basse et un oedeme papillaire bilatéral. Une TDM cérébrale réalisée aux urgences a objectivé un hématome du 4ème ventricule avec hydrocéphalie active triventriculaire. Une dérivation ventriculaire interne a été réalisée en urgence avec une bonne évolution clinique post opératoire. Le bilan a été complété par une IRM cérébrale objectivant un processus du quatrième ventricule évoquant un cavernome. Un abord direct a été réalisé permettant une exérèse totale du cavernome siégeant au sein du quatrième ventricule. L'anatomo-pathologie a confirmée le diagnostic. A notre connaissance, il s'agit du 13ème cas rapporté dans la littérature. Les cavernomes intraventriculaires représentent 2,5-10% de tous les cavernomes dont 9% est au niveau 4ème ventricule. Les patients sont souvent admis aux urgences suite au saignement de cette malformation angiomateuse. Le diagnostic est rendu accessible par les différentes séquences de l'IRM. Le traitement est souvent chirurgical vu le risque de resaignement. Le pronostic dépend de l’état initial du patient et de l'infiltration du plancher du quatrième ventricule. PMID:25478052

  12. Cas rare d’un rhabdomyosarcome du col: à propos d’un cas avec revue de la littérature

    PubMed Central

    Samlali, Hamza; Jouhadi, Hassan; Attar, Hicham; Sahraoui, Souha; Benider, Abdellatif

    2016-01-01

    Le rhabdomyosarcome du col utérin fait partie des types histologiques rares des cancers du col, qu'on observe généralement chez la jeune fille ou la femme en période d'activité générale. La stratégie thérapeutique se base sur l'association des trois modalités thérapeutiques (chimiothérapie-radiothérapie-chirurgie) vu l'agressivité de la maladie. Nous rapporterons ainsi un cas de rhabdomyosarcome du col utérin chez une fille de 20 ans. Il s'agit d'une patiente âgée de 20 ans, rapportant comme antécédents pathologique particulier la notion d'infection génitale à répétition. Le premier signe rapporté était des métrorragies abondantes avec à l'examen la présence d'une masse cervicale en grappe de raisin. La biopsie était en faveur d'un rhabdomyosarcome du col. Le bilan d'extension montrait une masse localement avancée sans métastase. La patiente a reçu 5 cures de VAC avec une régression du processus tumoral de 90%. Patiente fut opérée et a bénéficié d'une hystérectomie sans conservation des annexes. Puis elle a bénéficié d'une radiothérapie postopératoire sur le pelvis. Le recul était de 13 mois, la patiente est toujours en rémission complète. Le RMS du col utérin est une tumeur rare qui survit essentiellement chez la jeune fille. L'extension est surtout locorégionale. Le traitement consiste en un geste chirurgical allant d'un éventuel traitement conservateur jusqu'au traitement radical associé à une chimiothérapie péri-opératoire. La place de la radiothérapie demeure imprécise. PMID:28292128

  13. Pancréatite aigüe du post-partum: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Boukatta, Brahim; Sbai, Hicham; Laalim, Said Ait; Toughrai, Iman; Houari, Nawfel; El Bouazzaoui, Abderrahim; Kanjaa, Nabil

    2013-01-01

    La pancréatite aigüe est une complication rare durant la grossesse. Son incidence est de 1 pour 1000 à 3000 grossesses. L'origine lithiasique est de loin la plus fréquente. Elle survient le plus souvent au cours du 3ème trimestre ou précocement dans le post-partum. Son pronostic dépend de la rapidité du diagnostic. Nous rapportons un cas de pancréatite aigüe grave d'origine biliaire survenant deux semaines après l'accouchement chez une patiente de 24 ans avec une bonne évolution. PMID:23847699

  14. Sarcome à cellules claires du rein : À propos d’un cas chez un jeune de 17 ans

    PubMed Central

    Mazdar, Adil; Sakel, Adil Ait; Essatara, Younes; Beddouche, Ali; Elsayegh, Hachem; Iken, Ali; Benslimane, Lounis; Nouini, Yassine

    2014-01-01

    Résumé Le sarcome à cellules claires du rein (SCCR) se voit très rarement chez les jeunes. Il est caractérisé par une évolution agressive marquée par un taux élevé de récidive et de mortalité. Nous rapportons le cas d’un SCCR chez un patient de 17 ans et nous discutons de son apport et de son intérêt médical en vue d’une bonne prise en charge thérapeutique. L’agressivité du SCCR et la prolifération de métastases surtout osseuses impliquent qu’il ne faut pas méconnaître ce diagnostic afin de mettre en place un traitement adapté. PMID:24940474

  15. PAM multiplicity marks genomic target sites as inhibitory to CRISPR-Cas9 editing

    PubMed Central

    Malina, Abba; Cameron, Christopher J. F.; Robert, Francis; Blanchette, Mathieu; Dostie, Josée; Pelletier, Jerry

    2015-01-01

    In CRISPR-Cas9 genome editing, the underlying principles for selecting guide RNA (gRNA) sequences that would ensure for efficient target site modification remain poorly understood. Here we show that target sites harbouring multiple protospacer adjacent motifs (PAMs) are refractory to Cas9-mediated repair in situ. Thus we refine which substrates should be avoided in gRNA design, implicating PAM density as a novel sequence-specific feature that inhibits in vivo Cas9-driven DNA modification. PMID:26644285

  16. Complications du diverticule de Meckel (DM) chez l'adulte: à propos de 11 cas au CHU-Yalgado Ouédraogo au Burkina Faso

    PubMed Central

    Ouangré, Edgar; Zida, Maurice; Bazongo, Moussa; Sanou, Adama; Bonkoungou, Gilbert Patindé; Doamba, Rodrigue Namékinsba; Sawadogo, Elie Yamba; Ouédraogo, Sidziguin; Zongo, Nayi; Traore, Si Simon

    2015-01-01

    Le diverticule de Meckel (DM) est la persistance partielle du canal omphalomésentérique. Ses complications sont rares. Le diagnostic est le plus souvent per opératoire. L'objectif a été de décrire les complications du diverticule de Meckel chez l'adulte dans le service de chirurgie générale et digestive du CHU Yalgado Ouédraogo. Il s'est agi d'une étude transversale descriptive sur 10 ans (janvier 2004-décembre 2013) portant sur les dossiers des patients âgés de plus de 15 ans ayant présenté un DM compliqué. Durant la période d’étude, 11 cas ont été colligés. L'incidence annuelle a été de 11 cas. Nous avons noté une prédominance masculine avec un sex-ratio de 4,5. L’âge moyen des patients était de 29,8 ans. Le diagnostic préopératoire a été dans huit cas une occlusion intestinale aiguë, une appendicite aiguë dans deux cas, une péritonite aiguë généralisée dans un cas. Il a été diagnostiqué en peropératoire une occlusion intestinale dans neuf cas; une diverticulite dans un cas et un cas de perforation du DM. Tous les DM avaient été réséqués dont huit résections segmentaires iléales emportant le DM et trois résections cunéiformes. Tous les DM étaient situés à moins d'un mètre de la jonction iléo-caecale. L'histologie réalisée dans deux cas avait conclu à une diverticulite. Les suites opératoires ont été simples dans neuf cas, compliquées dans deux cas dont une éventration et un décès. Les complications du diverticule de Meckel sont rares. Le diagnostic préopératoire est difficile. Le traitement est essentiellement chirurgical. PMID:26958137

  17. Ossification post-traumatique du ligament collatéral médial du genou: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Arabi, Hafid; Sellahi, Hicham

    2016-01-01

    L’ossification hétérotopique est une ossification pathologique des parties molles. C’est une affection bénigne, récidivante et de survenue imprévisible. On décrit le cas d’un patient, traité pour une fracture du plateau tibial gauche avec mise en place d’une plaque vissée. A deux mois de l’opération, le patient a présenté une raideur du genou gauche. Le bilan radiologique standard a révélé une ossification du ligament latéral interne (LLI), confirmée par la tomodensitométrie. On ne sait pas actuellement les facteurs déterminant l’ossification des ligaments et tendons. Bien que les cliniciens prescrivent souvent des médicaments prophylactiques tels que les anti-inflammatoires et des séances de radiothérapie pour prévenir l’ossification hétérotopique des parties molles; la physiopathologie de l’ossification hétérotopique est peu connue. PMID:27800107

  18. Casposon integration shows strong target site preference and recapitulates protospacer integration by CRISPR-Cas systems.

    PubMed

    Béguin, Pierre; Charpin, Nicole; Koonin, Eugene V; Forterre, Patrick; Krupovic, Mart

    2016-12-01

    Casposons are a recently discovered group of large DNA transposons present in diverse bacterial and archaeal genomes. For integration into the host chromosome, casposons employ an endonuclease that is homologous to the Cas1 protein involved in protospacer integration by the CRISPR-Cas adaptive immune system. Here we describe the site-preference of integration by the Cas1 integrase (casposase) encoded by the casposon of the archaeon Aciduliprofundum boonei Oligonucleotide duplexes derived from the terminal inverted repeats (TIR) of the A. boonei casposon as well as mini-casposons flanked by the TIR inserted preferentially at a site reconstituting the original A. boonei target site. As in the A. boonei genome, the insertion was accompanied by a 15-bp direct target site duplication (TSD). The minimal functional target consisted of the 15-bp TSD segment and the adjacent 18-bp sequence which comprises the 3' end of the tRNA-Pro gene corresponding to the TΨC loop. The functional casposase target site bears clear resemblance to the leader sequence-repeat junction which is the target for protospacer integration catalyzed by the Cas1-Cas2 adaptation module of CRISPR-Cas. These findings reinforce the mechanistic similarities and evolutionary connection between the casposons and the adaptation module of the prokaryotic adaptive immunity systems.

  19. Casposon integration shows strong target site preference and recapitulates protospacer integration by CRISPR-Cas systems

    PubMed Central

    Béguin, Pierre; Charpin, Nicole; Koonin, Eugene V.; Forterre, Patrick; Krupovic, Mart

    2016-01-01

    Casposons are a recently discovered group of large DNA transposons present in diverse bacterial and archaeal genomes. For integration into the host chromosome, casposons employ an endonuclease that is homologous to the Cas1 protein involved in protospacer integration by the CRISPR-Cas adaptive immune system. Here we describe the site-preference of integration by the Cas1 integrase (casposase) encoded by the casposon of the archaeon Aciduliprofundum boonei. Oligonucleotide duplexes derived from the terminal inverted repeats (TIR) of the A. boonei casposon as well as mini-casposons flanked by the TIR inserted preferentially at a site reconstituting the original A. boonei target site. As in the A. boonei genome, the insertion was accompanied by a 15-bp direct target site duplication (TSD). The minimal functional target consisted of the 15-bp TSD segment and the adjacent 18-bp sequence which comprises the 3′ end of the tRNA-Pro gene corresponding to the TΨC loop. The functional casposase target site bears clear resemblance to the leader sequence-repeat junction which is the target for protospacer integration catalyzed by the Cas1–Cas2 adaptation module of CRISPR-Cas. These findings reinforce the mechanistic similarities and evolutionary connection between the casposons and the adaptation module of the prokaryotic adaptive immunity systems. PMID:27655632

  20. Lymphome malin non hodgkinien primitif bilatéral du sein: à propos d'un cas

    PubMed Central

    El Mazghi, Abderrahman; Loukili, Kaoutar; Mesnaoui, Ayoub; Lalya, Issam; Bouhafa, Touria; El Kacemi, Hanan; Kebdani, Taieb; Hassouni, Khalid

    2015-01-01

    Les lymphomes malins non-hodgkiniens (LMNH) primitifs du sein sont des tumeurs rares. Leur symptomatologie clinique est polymorphe. L'imagerie médicale est non-spécifique. Le diagnostic peut être évoqué à l'examen cytologique, sa confirmation est toujours histologique. Il s'agit essentiellement de lymphomes de type B, ceux de type NK/T restant rares. Les plus fréquents sont les lymphomes diffus à grandes cellules présentant la particularité de donner des rechutes sous forme d'extension au système nerveux central. Nous rapportons un cas de LMNH primitif bilatéral du sein chez une patiente âgée de 33 ans, révélé par deux nodules mammaires bilatéraux. La mammographie et l'examen extemporané ont évoqué une tumeur phyllode. Le diagnostic du LMNH n'a été fait qu'après examen histologique définitif. Sous chimiothérapie, l’évolution était favorable avec un recul de 15 mois. PMID:27386030

  1. Kyste hydatique du foie compliqué d'un accident vasculaire cérébral ischémique: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Turki, Olfa; Bahloul, Mabrouk; Chtara, Kamilia; Regaieg, Kais; Haddar, Sondes; Bouaziz, Mounir

    2015-01-01

    Le kyste hydatique du foie (KHF) est une maladie assez répandue dans les pays nord-africains. La rupture post-traumatique ou spontanée du kyste compliquée d'un choc anaphylactique et d'un AVC ischémique a été exceptionnellement rapportée. Nous rapportons un cas d'un kyste hydatique du foie (KHF) fissuré et compliqué d'un choc anaphylactique et d'un AVC ischémique. PMID:26985273

  2. Intérêt du traitement chirurgical des fractures du massif trochantérien par clou gamma, à propos de 84 cas

    PubMed Central

    Boukhris, Jalal; Boussouga, Mostapha; Jaafar, Abdelouahab; Chagar, Belkacem

    2014-01-01

    La fracture trochantérienne est une urgence différée qui se voit essentiellement chez le sujet âgé, dont les processus physiologique sont en déclin progressif. Chez le sujet jeune, elle est rare et souvent consécutive à un traumatisme violent. Ces fractures ont bénéficié de l’évolution constante des moyens et des techniques thérapeutiques, visant à améliorer l'ostéosynthèse, assurant ainsi un lever et un appui précoces. Nous rapportons une série de 84 cas de fractures du massif trochantérien traités chirurgicalement par clou gamma. Les résultats fonctionnels sont très encourageants en les comparants à ceux rapportés dans la littérature. PMID:25574335

  3. Kyste hydatique du muscle psoas: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Alaoui, Imane; Hjoui, Fatimazahra; Doumbia, Meriem; Aoufi, Sarra; Lyagoubi, Mohammed

    2016-01-01

    Le muscle psoas est une localisation exceptionnelle du kyste hydatique. Le but de cette lettre est de rapporter l'observation d'un kyste hydatique localisé au niveau du muscle psoas gauche chez un patient âgé de 32 ans. L'échographie, la tomodensitométrie ainsi qu'une sérologie hydatique positive ont contribué au diagnostic préopératoire. Le patient a été opéré par incision para rectale gauche type Jalaguier. L'examen microscopique du culot de centrifugation du liquide hydatique a mis en évidence des scolex et de nombreux crochets confirmant ainsi le diagnostic. L'évolution était bonne sans récidive après le traitement chirurgical. PMID:28154657

  4. Méningite à streptocoque du groupe A chez le nouveau né: à propos d'un cas

    PubMed Central

    El Youssi, Hind; Touaoussa, Aziz; Deham, Hanouf; Yahyaoui, Ghita; Mahmoud, Mustapha

    2015-01-01

    Bien qu'une augmentation de l'incidence et de la sévérité des infections invasives au streptocoque du groupe A (SGA) durant ces dernières décades ait été constatée par plusieurs auteurs, les méningites dues à cette bactérie restent exceptionnelles chez le nouveau né et leur physiopathologie est encore mal connue. A travers ce travail nous allons rapporter le cas d'une méningite néonatale à SGA diagnostiquée au sein de notre formation, avec revue de la littérature s'intéressant à ces méningites. PMID:26185565

  5. Gliosarcome: tumeur rare du système nerveux central - présentation de deux cas

    PubMed Central

    Alami, Zenab; Bouhafa, Touria; Farhane, Fatimazahra; Elmazghi, Abderahmane; Hassouni, Khalid

    2015-01-01

    Le gliosarcome est une tumeur primitive mixte du système nerveux central, caractérisée par une prolifération biphasique associant un contingent glial de type glioblastome et un contingent sarcomateux. L’âge moyen de survenue de cette tumeur varie de 40 à 60 ans, avec un sex-ratio homme/femme de 1,8/1. Nous rapportons ici deux cas de gliosarcome traités dans notre service Le traitement standard consiste en une résection chirurgicale de la tumeur suivie d'une radiothérapie externe et parfois d'une chimiothérapie. PMID:26966501

  6. Nouvelles approches en theorie du champ moyen dynamique: le cas du pouvoir thermoelectrique et celui de l'effet orbital d'un champ magnetique

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Arsenault, Louis-Francois

    Les applications reliees a la generation d'energie motivent la recherche de materiaux ayant un fort pouvoir thermoelectrique (S). De plus, S nous renseigne sur certaines proprietes fondamentales des materiaux, comme, par exemple, la transition entre l'etat coherent et incoherent des quasi-particules lorsque la temperature augmente. Empiriquement, la presence de fortes interactions electron-electron peut mener a un pouvoir thermoelectrique geant. Nous avons donc etudie le modele le plus simple qui tient compte de ces fortes interactions, le modele de Hubbard. La theorie du champ moyen dynamique (DMFT) est tout indiquee dans ce cas. Nous nous sommes concentres sur un systeme tridimensionnel (3d) cubique a face centree (fcc), et ce, pour plusieurs raisons. A) Ce type de cristal est tres commun dans la nature. B) La DMFT donne de tres bons resultats en 3d et donc ce choix sert aussi de preuve de principe de la methode. C) Finalement, a cause de la frustration electronique intrinseque au fcc, celui-ci ne presente pas de symetrie particule-trou, ce qui est tres favorable a l'apparition d'une grande valeur de S. Ce travail demontre que lorsque le materiau est un isolant a demi-remplissage a cause des fortes interactions (isolant de Mott), il est possible d'obtenir de grands pouvoirs thermoelectriques en le dopant legerement. C'est un resultat pratique important. Du point de vue methodologique, nous avons montre comment la limite de frequence infinie de S et l'approche dite de Kelvin, qui considere la limite de frequence nulle avant la limite thermodynamique pour S, donnent des estimations fiables de la vraie limite continue (DC) dans les domaines de temperature appropriee. Ces deux approches facilitent grandement les calculs en court-circuit ant la necessite de recourir a de problematiques prolongements analytiques. Nous avons trouve que la methode de calcul a frequence infinie fonctionne bien lorsque les echelles d'energie sont relativement faibles. En d'autres termes

  7. Reflux gastro œsophagiens du prématuré: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Ndour, Daouda

    2016-01-01

    Le reflux gastro-œsophagien (RGO) est un problème fréquent en néonatologie. Le RGO est souvent incriminé dans diverses manifestations cliniques survenant chez le prématuré. Diverses réponses reflexes physiologiques fournissent un lien biologique possible entre le reflux gastro-œsophagien; l'apnée et les bradycardies du prématuré sans que lien de causalité ne soit clairement établi. En outre les explorations et le traitement proposés chez le prématuré présentant un reflux sont très discutés. Nous rapportons le cas d'un nouveau-né prématuré admis en soins intensifs néonatals et présentant des épisodes d'apnées et de bradycardies. L'examen clinique et les résultats des explorations étaient normaux. Le diagnostic de reflux gastro œsophagien compliqué d'apnée et de bradycardie a été retenu. Le diagnostic de RGO est difficile à confirmer malgré l'arsenal des examens complémentaires. Le traitement médicamenteux n'a pas montré de réel intérêt pour l'amélioration des symptômes et devrait être réservé aux formes sévères. Nous nous proposons à partir de ce cas clinique de faire une revue de la littérature pour une mise au point sur les différents aspects du problème. PMID:28293359

  8. Coinfection pulmonaire par pneumocystis jirovecii et pseudomonas aeruginosa au cours du SIDA: à propos de deux cas

    PubMed Central

    Mamoudou, Savadogo; Bellaud, Guillaume; Ana, Canestri; Gilles, Pialoux

    2015-01-01

    Rapporter deux cas cliniques de coinfections pulmonaires par Pneumocystis jirovecii et par Pseudomonas aeruginosa chez des patients vivant avec le VIH. Les deux patients étaient âgés respectivement de 32 ans et 46 ans. Un patient a été pris en charge à l'hôpital Yalgado Ouédraogo de Ouagadougou au Burkina Faso et l'autre a été pris en charge à l'hôpital Ténon de Paris, en France. Les deux souffraient de pneumopathie confirmée à la radiographie et à la tomodensitométrie. L'un des patients était sévèrement immuno déprimé, contrairement à l'autre. L'examen bactériologique dans les crachats avait permis d'isoler Pseudomonas aeruginosa et Pneumocystis jirovecii chez les deux patients. Sous traitement, l’évolution a été favorable. Les coinfections morbides sont relativement fréquentes chez les patients vivant avec le VIH. Devant une symptomatologie respiratoire du sujet vivant avec le VIH, il faut savoir rechercher en plus du Bacille de Koch, Pneumocystis jirovecii et Pseudomonas aeruginosa par un lavage broncho alvéolaire. PMID:26516396

  9. Léiomyosarcome gastrique simulant une tumeur du hile splénique: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Tarchouli, Mohamed; Bounaim, Ahmed; Ratbi, Moulay Brahim; Belhamidi, Mohamed Said; Bensal, Abdelhak; Aitidir, Badr; Boudhas, Adil; Ali, Abdelmounaim Ait; Sair, Khalid

    2015-01-01

    Depuis la découverte de leur phénotype particulier, les tumeurs stromales gastro-intestinales représentent les tumeurs mésenchymateuses les plus fréquentes du tractus digestif et ne sont plus confondues avec les vrais léiomyosarcomes gastriques devenant ainsi exceptionnellement rencontrés dans la pratique médicale. Nous rapportons le cas d'une jeune femme de 32 ans admise pour une masse douloureuse de l'hypochondre gauche et chez qui le bilan radiologique objectivait une volumineuse tumeur occupant le hile splénique. Une résection monobloc emportant la masse, la rate, le grand épiploon et une collerette de la paroi gastrique a été effectuée et l'examen histologique a confirmé le diagnostic d'un léiomyosarcome gastrique. Il est extrêmement important de différencier les autres tumeurs mésenchymateuses du tractus digestif des léiomyosarcomes gastriques dont l'exérèse chirurgicale complète reste, jusqu’à présent, le seul traitement à visée curative. PMID:26526400

  10. La ténorraphie percutanée dans les ruptures fraîches du tendon calcanéen: à propos de 67 cas

    PubMed Central

    Bessam, Aman; Hassani, Zouhir Ameziane; Kharmaz, Mohamed; Steinmetz, Alain

    2014-01-01

    La rupture du tendon calcanéen est une des lésions les plus fréquentes en pathologie du sport, les deux options thérapeutiques classiques sont le traitement orthopédique et la chirurgie à ciel ouvert. Dans le but de minimiser ces complications, des techniques mini-invasives de ténorraphie percutanée ont été proposées dont les résultats sont encourageants. Il s'agit d'une étude rétrospective d'une série de cas de rupture sous cutanée du tendon d'Achille s’étalant de Avril 2005 au Juin 2012 concernant 67 patients; 11 femmes et 56 hommes avec un âge moyen de 41 ans. La cause principale était un accident de sport dans 45 cas. Le diagnostic était évident à l'examen chez tous les patients. Dans deux cas il s'agissait d'une rerupture survenant à 1 et 5 ans d'un traitement orthopédique. Dans un cas il s'agissait d'une rerupture survenant après une ténorraphie percutanée. Dans deux cas il s'agissait d'une rupture sur tendinopathie chronique. Tous les patients avaient bénéficié d'une radio de la cheville qui avait montré une horizontalisation du calcanéum chez 5 patients et surtout elle n'avait pas montré de fracture associée, alors que 15 patients avaient bénéficié d'une échographie qui a confirmé le diagnostic. Tous les patients avaient été opérés dans un délai de moins de 48 heures Une ténorraphie percutanée a été pratiqué chez tous les patients. Le recul moyen est de 43 mois, trois patients ont été perdus de vue Nous avons noté une reprise des activités professionnelle effective en moyen 90 jours après l'intervention et celle des activités sportive à 6 mois en moyenne L’état cutané local a été jugée bon dans 63 cas. Par ailleurs les complications ont été marquées par un seul cas d'infection ayant nécessité une reprise chirurgical a été noté mise à plat, trois cas de rerupture repris par suture à ciel ouvert, un cas d'algodystrophie et un cas de tendinopathie Il n'y a eu aucune complication

  11. Diagnostic et prévalence du syndrome métabolique chez les diabétiques suivis dans un contexte de ressources limitées: cas du Burkina-Faso

    PubMed Central

    Marceline, Yaméogo Téné; Issiaka, Sombié; Gilberte, Kyélem Carole; Nadège, Rouamba; Macaire, Ouédraogo Sampawindé; Arsène, Yaméogo Aimé; Djingri, Lankoandé; Apollinaire, Sawadogo; Joseph, Drabo Youssouf

    2014-01-01

    Introduction Les conséquences du syndrome métabolique impliquent son diagnostic effectif pour une prise en charge globale des comorbidités dépistées. Objectif: Déterminer la capacité à diagnostiquer le syndrome métabolique en routine, sa prévalence chez les diabétiques, leurs connaissances et pratiques vis-à-vis du risque cardio-métabolique. Méthodes Il s'est agi d'une étude transversale auprès de 388 diabétiques au CHU de Bobo-Dioulasso. Les critères de la fédération internationale du diabète (2009) ont été utilisés. Résultats l’âge moyen était de 53,5±13,5 ans, le sex ratio de 0,7. L'obésité abdominale était présente dans 61,9% des cas; L'HTA l’était dans 56,4% des cas. La prescription du bilan lipidique a été documentée dans 55,4% des cas pour le HDL et 56,2% pour les triglycérides pour un taux de réalisation de 49,3% et 62,9%. Le taux de dépistage des critères lipidiques était de 26,8%. Un taux de HDL bas a été noté dans 46 cas (43,4%) et une hypertriglycéridémie dans 24 cas (17,6%). In fine, la prévalence du syndrome métabolique était de 48,9% (n = 190). Seuls 27,4% savaient que d'autres facteurs de risque cardiovasculaire pouvaient être associés au diabète et seulement 6,7% pratiquaient une activité physique régulière. Conclusion Malgré la faible contribution du laboratoire, le syndrome métabolique est fréquent parmi nos diabétiques. Les patients sont peu sensibilisés sur le risque vasculaire et la pratique d'une activité physique régulière reste faible. Un programme d’éducation adaptée contribuerait à un meilleur dépistage et à une prise en charge optimale des cas. PMID:25932077

  12. Instabilité post-traumatique du nerf ulnaire au coude: à propos de cinq cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Bennis, Azzelarab; Lamkhanter, Adil; Youssef, Jalal; Ouzaa, Mohammed Reda; Benchakroun, Mohammed; Jaafar, Abdelouahab

    2016-01-01

    Le nerf ulnaire au coude a une situation anatomique très particulière, qui explique son importante vulnérabilité. Les auteurs rapportent cinq cas, d'instabilité post-traumatique du nerf ulnaire avec luxation complète du nerf en avant de l'épitrochlée. A la lumière de notre expérience et d'une revue de la littérature, les aspects pathogéniques, diagnostiques et thérapeutiques de cette pathologie sont passés en revue. PMID:28154652

  13. La pubalgie du sportif de haut niveau: place du traitement chirurgical, à propos d'une série continue de 100 cas

    PubMed Central

    Boukhris, Jalal; Mojib, Rifi; Mezghani, Sami; Jaeger, Jean Henri

    2014-01-01

    Parmi tous les syndromes de surmenage liés à la pratique sportive, la pubalgie est certainement un des plus invalidants. C'est un syndrome douloureux de la région inguino-pubienne qui touche particulièrement le joueur du football. Les formes inguino-pariètales sont de loin les plus fréquentes. Le traitement médical est entrepris dans la majorité des cas, mais il semble être moins efficace dans ce sport en particulier. La chirurgie occupe une place prédominante dans la prise en charge. Nous rapportons l'expérience de la prise en charge chirurgicale de 100 sportifs de haut niveau au sein de notre établissement, selon la technique de Nesovic, ainsi que leurs devenirs sportifs et nous discutons nos résultats en se comparant aux données de la littérature récente. PMID:25574333

  14. Generation of site-specific mutant mice using the CRISPR/Cas9 system.

    PubMed

    Min, Bai; Qi, Li; Yanjiao, Shao; Yuanhua, Huang; Dali, Li; Yanlin, Ma

    2015-10-01

    The CRISPR/Cas9 system is a recently developed important technology for genome editing in cellular and animal models. Here we established a CRISPR/Cas9-based system of generating site-specific mutant mice using DNA double-strand breaks (DSBs) induced homologous recombination (HR)-dependent or independent repair mechanism. Through co-microinjection of Cas9 mRNA and single-guide RNA (sgRNA) targeting genomic DNA sequence corresponding to enzyme activity of lysine (K)-specific demethylase 2b (Kdm2b), both a frame-shifted Kdm2b null mutant and a Kdm2b enzyme activity disrupted mouse strain were obtained simultaneously. Moreover, sgRNA targeting flavin containing monooxygenases3 (Fmo3) gene and the corresponding single strand oligonucleotides (ssODN) donor template with point mutation were co-injected into the male pronucleus of one-cell mouse embryos stimulated HR-mediated repair mechanism. Genomic sequence analysis of F0 mice showed that frame-shifted Fmo3 knockout mouse and site-specific Fmo3 knock-in mouse with single base substitution were successfully generated, and these mutations could be stably transmitted to the next generation. Therefore, we successfully generated mouse strains containing site-specific mutations through HR-dependent and -independent DSB repair using the CRISPR/Cas9 system.

  15. Nucleosomes Selectively Inhibit Cas9 Off-target Activity at a Site Located at the Nucleosome Edge.

    PubMed

    Hinz, John M; Laughery, Marian F; Wyrick, John J

    2016-11-25

    Nucleosomes affect Cas9 binding and activity at on-target sites, but their impact at off-target sites is unknown. To investigate how nucleosomes affect Cas9 cleavage at off-target sites in vitro, we used a single guide RNA (sgRNA) that has been previously shown to efficiently direct Cas9 cleavage at the edge of the strongly positioned 601 nucleosome. Our data indicate that single mismatches between the sgRNA and DNA target have relatively little effect on Cas9 cleavage of naked DNA substrates, but strongly inhibit cleavage of nucleosome substrates, particularly when the mismatch is in the sgRNA "seed" region. These findings indicate that nucleosomes may enhance Cas9 specificity by inhibiting cleavage of off-target sites at the nucleosome edge.

  16. Maternal Supply of Cas9 to Zygotes Facilitates the Efficient Generation of Site-Specific Mutant Mouse Models

    PubMed Central

    Cebrian-Serrano, Alberto; Zha, Shijun; Hanssen, Lars; Biggs, Daniel; Preece, Christopher

    2017-01-01

    Genome manipulation in the mouse via microinjection of CRISPR/Cas9 site-specific nucleases has allowed the production time for genetically modified mouse models to be significantly reduced. Successful genome manipulation in the mouse has already been reported using Cas9 supplied by microinjection of a DNA construct, in vitro transcribed mRNA and recombinant protein. Recently the use of transgenic strains of mice overexpressing Cas9 has been shown to facilitate site-specific mutagenesis via maternal supply to zygotes and this route may provide an alternative to exogenous supply. We have investigated the feasibility of supplying Cas9 genetically in more detail and for this purpose we report the generation of a transgenic mice which overexpress Cas9 ubiquitously, via a CAG-Cas9 transgene targeted to the Gt(ROSA26)Sor locus. We show that zygotes prepared from female mice harbouring this transgene are sufficiently loaded with maternally contributed Cas9 for efficient production of embryos and mice harbouring indel, genomic deletion and knock-in alleles by microinjection of guide RNAs and templates alone. We compare the mutagenesis rates and efficacy of mutagenesis using this genetic supply with exogenous Cas9 supply by either mRNA or protein microinjection. In general, we report increased generation rates of knock-in alleles and show that the levels of mutagenesis at certain genome target sites are significantly higher and more consistent when Cas9 is supplied genetically relative to exogenous supply. PMID:28081254

  17. Syndrome coronaire aigu du sujet jeune caucasien: à propos de 62 cas

    PubMed Central

    Hamadou, Bâ; Thuaire, Christophe; Range, Grégoire; Demicheli, Thibaud; Kane, Abdoul; Albert, Franck

    2013-01-01

    Chez les sujets jeunes, la survenue d'un syndrome coronaire aigu (SCA) est souvent la première manifestation de la maladie coronaire. Les objectifs de notre travail étaient de caractériser les données coronarographiques, d'étudier la survie moyenne, et la qualité de vie chez les sujets jeunes caucasiens. C'est une étude rétrospective (2000-2007) descriptive et analytique qui incluaient 62 patients d'âge inférieur ou égal à 40 ans et hospitalisés pour SCA dans le service de cardiologie de l'hôpital Louis Pasteur. Nous avons étudié les paramètres épidémiologiques, coronarographiques et le suivi évolutif moyen de 3 ans. Le sex-ratio des patients étudiés était de 7,8. La moyenne d'âge était de 34,14 ± 2,96 ans chez les femmes et de 35,02 ± 4,41ans chez les hommes. Dans 60% des cas il s'agissait d'un SCA ST-, et dans 40% des cas d'un SCA ST+. Chez 64% de nos patients, on retrouve à la coronarographie des lésions coronaires supérieures à 50% avec une prédominance des lésions coronaires monotronculaires (34%). 97% des patients ayant été traités par angioplastie ont bénéficié d'une implantation d'endoprothèses. Pendant la période de suivi 7% des patients traités médicalement, ont présenté un angor résiduel et 34% de ceux traités par angioplastie. La plupart des sujets jeunes caucasiens atteints de syndrome coronaire aigu sont de sexe masculin avec des lésions monotronculaires (type B1). Tous étaient survivants et asymptomatiques dans 2/3 des cas lors de la période de suivi. PMID:23717729

  18. La gigantomastie gravidique à l'Institut du Cancer de Dakar: à propos de 2 cas

    PubMed Central

    Ka, Sidy; Thiam, Jaafar; Mane, Maimouna; Some, Rolland; Niang, Rokhaya; Goudiaby, Céline; Dem, Ahmadou

    2015-01-01

    La gigantomastie gravidique est une augmentation exagérée et invalidante de la taille des seins survenant pendant la grossesse chez une patiente aux seins préalablement normaux. Sa physiopathologie est mal cernée. Elle pose localement des problèmes trophiques et rend difficile la grossesse. Le traitement est médical anti hormonal et chirurgical sur la base d'une réduction mammaire. Il est difficile et peut compromettre l'avenir esthétique et fonctionnel de la glande mammaire. Nous rapportons 2 cas de gigantomasties gravidiques suivies et traitées à l'Institut Joliot Curie de Dakar. PMID:26977223

  19. Place de la chirurgie dans la prise en charge des cancers du sein chez la femme au Centre Hospitalier Universitaire Yalgado Ouedraogo: à propos de 81 cas

    PubMed Central

    Zongo, Nayi; Millogo-Traore, Timonga Françoise Danielle; Bagre, Sidpawalmdé Carine; Bagué, Abdoul-Halim; Ouangre, Edgar; Zida, Maurice; Bambara, Aboubacar; Bambara, Tozoula Augustin; Traoré, Si Simon

    2015-01-01

    Etudier la place de la chirurgie dans la prise en charge des cancers du sein au centre hospitalier universitaire Yalgado Ouédraogo. Nous avons réalisé une étude prospective et descriptive sur dix (10) mois portant sur la place de la chirurgie dans le cancer du sein. Elle a eu pour cadre les services de gynécologie-obstétrique et de chirurgie viscérale et digestive du centre hospitalier universitaire Yalgado Ouédraogo. Ont été pris en compte les indications, les gestes et les résultats de la chirurgie. Nous avons colligé 81 cancers mammaires. Le délai moyen de consultation a été de 14,26 mois. Les tumeurs T3 à T4 représentaient 82,71% des cas. Trente-huit patientes (46,91%) ont été opérées. La chimiothérapie néo adjuvante a été réalisée dans 29,63% des cas. Trente-quatre patientes (41,97%) étaient opérables d'emblée. Il s'agissait de mastectomie selon Madden dans 94,74% des cas et de chirurgie de propreté dans 2 cas (5,26% des cas). Une chimiothérapie adjuvante a été réalisée chez 52,63% des patientes opérées. Des complications à type de lymphocèle ont été notées dans 23,68% des cas. Leur traitement a consisté en des ponctions évacuatrices. Les indications de la chirurgie sont limitées par le retard diagnostique corollaire de stades avancés des cancers du sein. L'absence de la radiothérapie rend délicate la pratique de la chirurgie conservatrice et la mastectomie occupe toujours une place importante. Un diagnostic précoce permettrait d'augmenter les indications chirurgicales. PMID:26848364

  20. Barotraumatisme du sinus frontal à propos d’un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Lachkar, Azeddine; Aabach, Ahmed; Elayoubi, Fahd; Ghailan, Rachid

    2016-01-01

    Le barotraumatisme sinusien est le deuxième en fréquence après celui de l'oreille moyenne. Le sinus frontal est le plus touché. C'est une pathologie rare et spécifique. Nous rapportons le cas d'un patient de 26 ans présentant suite à une plongée des douleurs frontales gauche intense avec épistaxis homolatérale. Le scanner a montré un hémosinus frontal gauche. L'évolution était bonne après traitement. Les barotraumatismes du sinus frontal sont des accidents liés aux variations de la pression ambiante. L'épistaxis est un signe de gravité. Le scanner a un intérêt dans la recherche des facteurs favorisants et la surveillance. Le traitement vise à supprimer la symptomatologie et la cause favorisante. Les barotraumatismes sinusiens constituent un accident rare, les complications orbitaires et encéphaliques sont exceptionnelles. Leur traitement curatif se confond avec celui de la pathologie causale. PMID:28154627

  1. An alternative for cost-effective remediation of depleted uranium (DU) at certain environmental restoration sites

    SciTech Connect

    Miller, M.; Galloway, B.; VanDerpoel, G.; Johnson, E.; Copland, J.; Salazar, M.

    2000-02-01

    Numerous sites in the United States and around the world are contaminated with depleted uranium (DU) in various forms. A prevalent form is fragmented DU originating from various scientific tests involving high explosives and DU during weapon development programs, at firing practice ranges, or war theaters where DU was used in armor-piercing projectiles. The contamination at these sites is typically very heterogeneous, with discreet, visually identifiable DU fragments mixed with native soil. That is, the bulk-averaged DU activity is quite low, while specific DU fragments, which are distinct from the soil matrix, have much higher specific activity. DU is best known as a dark, black metal that is nearly twice as dense as lead, but DU in the environment readily weathers to a distinctive bright yellow color that is readily visible. While the specific activity of DU is relatively low and presents only a minor radiological hazard, the fact that it is radioactive and visually identifiable makes it desirable to remove the DU contamination from the environment.

  2. Cost-Effective Remediation of Depleted Uranium (DU) at Environmental Restoration Sites

    SciTech Connect

    MILLER,MARK; GALLOWAY,ROBERT B.; VANDERPOEL,GLENN; JOHNSON,ED; COPLAND,JOHN; SALAZAR,MICHAEL

    1999-11-03

    Numerous sites in the United States and around the world are contaminated with depleted uranium (DU) in various forms. A prevalent form is fragmented DU originating from various scientific tests involving high explosives and DU during weapon-development programs, at firing practice ranges, or in war theaters where DU was used in armor-piercing projectiles. The contamination at these sites is typically very heterogeneous, with discrete, visually identifiable DU fragments mixed with native soil. The bulk-averaged DU activity is quite low, whereas DU fragments, which are distinct from the soil matrix, have much higher specific activity. DU is best known as a dark metal that is nearly twice as dense as lead, but DU in the environment readily weathers (oxidizes) to a distinctive bright yellow color that is quite visible. While the specific activity (amount of radioactivity per mass of soil) of DU is relatively low and presents only a minor radiological hazard, the fact that DU is radioactive and visually identifiable makes it desirable to remove the DU ''contamination'' from the environment. The typical approach to conducting this DU remediation is to use radiation-detection instruments to identify the contaminant and then to separate it from the adjacent soil, packaging it for disposal as radioactive waste. This process can be performed manually or by specialized, automated equipment. Alternatively, a more cost-effective approach might be simple mechanical or gravimetric separation of the DU fragments from the host soil matrix. At SNL/NM, both the automated and simple mechanical approaches have recently been employed. This paper discusses the pros/cons of the two approaches.

  3. Cancer métaplasique du sein: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Babahabib, Moulay Abdellah; Chennana, Adil; Hachi, Aymen; Kouach, Jaoud; Moussaoui, Driss; Dhayni, Mohammed

    2014-01-01

    Les carcinomes métaplasiques du sein sont des tumeurs rares. Ils constituent un groupe hétérogène de tumeurs définis selon l'organisation mondiale de la santé comme étant un carcinome canalaire infiltrant mais comportant des zones de remaniements métaplasiques (de type épidermoïde, à cellules fusiformes, chondroïde et osseux ou mixte), qui varient de quelques foyers microscopiques à un remplacement glandulaire complet. Les aspects cliniques et radiologiques ne sont pas spécifiques. Le traitement associe la chirurgie, la radiothérapie et la chimiothérapie. L'hormonothérapie n'a pas de place. Le pronostic est sombre. L'histopathologie combinée à l'immunohistochimie permet de poser un diagnostic sure. Etant donné que la prise en charge thérapeutique est limitée, une nouvelle approche moléculaire pourrait modifier cette contribution faible et mal cernée des traitements systémiques classiques. Les patientes atteintes de carcinome métaplasique mammaire pourraient bénéficier de traitements ciblés, ce qui reste à confirmer par des essais cliniques. PMID:25870723

  4. Hématome vulvaire massif du post-partum: à propos d'un cas à l'Hôpital Central de Yaoundé (Cameroun)

    PubMed Central

    Fouelifack, Florent Ymele; Fouogue, Jovanny Tsuala; Fouedjio, Jeanne Hortence; Sando, Zacharie; Mbu, Robinson Enow

    2014-01-01

    Les hématomes puerpéraux sont une cause rare d'hémorragie du post partum. Leur prise en charge adéquate nécessite une compétence et un plateau technique particulier. A notre connaissance, aucun cas n'a été publié au Cameroun. Nous rapportons le cas d'une femme de 37 ans, G3P2013, référée d'un dispensaire vers la maternité de l'hôpital Central de Yaoundé, en état de choc hémorragique survenu une heure après un accouchement facilité par des manœuvres digitales de dilatation vaginale. Elle a été prise en charge chirurgicalement pour un hématome vulvaire expansif. Ce cas nous permet d'attirer l'attention des praticiens sur la gravité et la singularité de cette pathologie hautement morbide qui pourrait être due à des manœuvres de dilatation digitale du vagin pendant le travail. PMID:25810803

  5. Radionécrose cérébrale chez des patients irradiés pour cancers du nasopharynx: à propos de 3 cas

    PubMed Central

    El Mazghi, Abderrahman; Lalya, Issam; Loukili, Kaoutar; El Kacemi, Hanan; Kebdani, Taieb; Hassouni, Khalid

    2014-01-01

    La radionécrose cérébrale est une complication tardive, iatrogène, relativement rare de la radiothérapie qui survient après plus de six mois suivant le début du traitement. Elle pourrait s'expliquer par la conjonction de lésions vasculaires, gliales et d'ordre immunologiques. Elle peut mettre en jeu le pronostic fonctionnel et vital du malade. La prévention de cette affection redoutable est fondamentale vu l'absence de traitement potentiellement efficace. Nous rapportons 03 nouveaux cas, chez des patients traités par chimiothérapie d'induction puis radio- chimiothérapie concomitante pour des cancers localement avancés du nasopharynx. Le diagnostic a été orienté par l'IRM spectroscopique et l’évolution était favorable sous corticothérapie dans les 03 cas. PMID:25722784

  6. Le méningiome du sinus maxillaire: à propos d'un cas avec revue de la littérature

    PubMed Central

    Mezouri, Imane; Bellefqih, Sara; Chenna, Hanane; El Kacemi, Hanan; Kebdani, Tayeb; Benjaafar, Noureddine

    2014-01-01

    Les méningiomes extracrâniens sont rares, leur localisation au niveau du sinus maxillaire est exceptionnelle. Nous rapportons le cas d'une patiente âgée de 41 ans, ayant présenté une exophtalmie avec des céphalées intermittentes évoluant depuis 8 ans. Le diagnostic a été retenu à partir de la biopsie et du scanner cérébral et du massif facial. Le traitement a consisté en une irradiation exclusive à la dose de 54 Gray (Gy). La patiente est restée en bon contrôle locorégional, après un recul de 18 mois. A travers ce cas clinique on a démontré que le sinus maxillaire peut être touché par le méningiome, et qu'il doit être inclus dans le diagnostic différentiel des tumeurs des tissus mous. PMID:25419275

  7. La dermatomyosite paranéoplasique révélant un carcinome indifférencié du nasopharynx: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Ziani, Fatima Zahra; Brahmi, Sami Aziz; Najib, Rajae; Kanab, Rajae; Arifi, Samia; Mernissi, Fatima Zahra; Mellas, Nawfal

    2016-01-01

    La dermatomyosite (DM) est une maladie inflammatoire d'origine inconnue qui se manifeste sous forme de myopathie associée à lésions cutanées typiques. L'association DM et cancer est fréquente (18 a 32% selon les séries). Décrite pour la première fois par Stertz en 1916 en association avec un cancer gastrique. Tous les types histologiques et toutes les localisations de cancers observés danss la population générale peuvent être associés à la DM. Son association avec le carcinome nasopharyngé (NPC) est peu décrite et de l'ordre d'un cas pour 1000 cas de cancer nasopharyngé. Nous rapportons une observation de dermatomyosite révélant un cancer du nasopharynx localement avance. PMID:27583093

  8. CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites

    PubMed Central

    Naito, Yuki; Hino, Kimihiro; Bono, Hidemasa; Ui-Tei, Kumiko

    2015-01-01

    Summary: CRISPRdirect is a simple and functional web server for selecting rational CRISPR/Cas targets from an input sequence. The CRISPR/Cas system is a promising technique for genome engineering which allows target-specific cleavage of genomic DNA guided by Cas9 nuclease in complex with a guide RNA (gRNA), that complementarily binds to a ∼20 nt targeted sequence. The target sequence requirements are twofold. First, the 5′-NGG protospacer adjacent motif (PAM) sequence must be located adjacent to the target sequence. Second, the target sequence should be specific within the entire genome in order to avoid off-target editing. CRISPRdirect enables users to easily select rational target sequences with minimized off-target sites by performing exhaustive searches against genomic sequences. The server currently incorporates the genomic sequences of human, mouse, rat, marmoset, pig, chicken, frog, zebrafish, Ciona, fruit fly, silkworm, Caenorhabditis elegans, Arabidopsis, rice, Sorghum and budding yeast. Availability: Freely available at http://crispr.dbcls.jp/. Contact: y-naito@dbcls.rois.ac.jp Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online. PMID:25414360

  9. Technique de Blount dans le traitement des fractures supra condyliennes du coude chez l'enfant: à propos de 68 cas

    PubMed Central

    Chagou, Aniss; Rhanim, Abdelkarim; Zanati, Rachid; Kharmaz, Mohammed; Lamrani, Moulay Omar; Berrada, Mohammed Saleh; El Yaacoubi, Moradh; Ettaybi, Fouad

    2014-01-01

    La fracture de la palette humérale est la plus fréquente des fractures du coude de l'enfant. La méthode de BLOUNT, constitue une perspective thérapeutique longtemps connue. Elle consiste en une réduction sous contrôle scopique de la fracture et une contention en hyper flexion du coude. Notre série a porté sur l’étude de 68 cas de fractures supra condyliennes chez des enfants traités dans le service des urgences chirurgicales pédiatriques de l'hôpital d'enfant de Rabat entre janvier 2009 et janvier 2012. Nous comparons nos résultats avec les données de la littérature. PMID:25667714

  10. Association synchrone d'un cancer du sein bilatéral et d'une tumeur stromale gastro-intestinale: à propos d'un rare cas

    PubMed Central

    Afif, Mohammed; Ouziane, Imane; Kouhen, Fadila; Khalil, Jihane; Elomrani, Fedwa; Elkacemi, Hanan; Kebdani, Tayeb; Errihani, Hassan; Benjaafar, Noureddine

    2015-01-01

    Les tumeurs stromales gastro-intestinales sont les tumeurs mésenchymateuses les plus fréquentes, pourtant, leur association avec les tumeurs du sein sont rares, seulement quelques cas cliniques sont rapportés dans la littérature. Nous rapportons l'observation d'une jeune femme de 41 ans, suivie à l'institut national d'oncologie de Rabat, pour un carcinome canalaire du sein, bilatéral, chez qui le bilan d'extension a objectivé une tumeur stromale de type gastro-intestinale aux dépens de l'estomac. Nous décrivons à travers cette observation les aspects épidémiologiques, cliniques, et les particularités de la prise en charge de cette association rare. PMID:26090003

  11. Genome-Wide Assessment of Efficiency and Specificity in CRISPR/Cas9 Mediated Multiple Site Targeting in Arabidopsis

    PubMed Central

    Peterson, Brenda A.; Haak, David C.; Nishimura, Marc T.; Teixeira, Paulo J. P. L.; James, Sean R.; Dangl, Jeffery L.; Nimchuk, Zachary L.

    2016-01-01

    Simultaneous multiplex mutation of large gene families using Cas9 has the potential to revolutionize agriculture and plant sciences. The targeting of multiple genomic sites at once raises concerns about the efficiency and specificity in targeting. The model Arabidopsis thaliana is widely used in basic plant research. Previous work has suggested that the Cas9 off-target rate in Arabidopsis is undetectable. Here we use deep sequencing on pooled plants simultaneously targeting 14 distinct genomic loci to demonstrate that multiplex targeting in Arabidopsis is highly specific to on-target sites with no detectable off-target events. In addition, chromosomal translocations are extremely rare. The high specificity of Cas9 in Arabidopsis makes this a reliable method for clean mutant generation with no need to enhance specificity or adopt alternate Cas9 variants. PMID:27622539

  12. Rupture traumatique du tendon tibial postérieur survenue lors d'une fracture fermée de la cheville: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Karabila, Mohamed Amine; Azouz, Mohamed; Mhamdi, Younes; Hmouri, Ismail; Kharmaz, Mohamed; Bardouni, Ahmed; Lahlou, Abdou; Mahfoud, Mustapha; Berrada, Mohamed Saleh

    2015-01-01

    Nous rapportons le cas d'une rupture post-traumatique du tendon tibial postérieur survenue lors d'une fracture bimalléolaire de la cheville. Le diagnostic a été posé lors de l'intervention chirurgicale. La réparation du tendon, non dégénératif, a été réalisée en même temps que l'ostéosynthèse. Bien que rare, cette possibilité de lésion tendineuse lors des fractures de la cheville ne doit pas êtreoubliée. Des douleurs résiduelles, un déficit de l'inversion active du pied, une modification de l'arche médiane du pied et à terme une évolution vers un pied plat valgus doivent faire évoquer rétrospectivement le diagnostic. PMID:27022431

  13. La perforation stercorale du côlon: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Mahmoudi, Ammar; Maâtouk, Mezri; Noomen, Faouzi; Nasr, Mohamed; Zouari, Khadija; Hamdi, Abdelaziz

    2015-01-01

    Affection rare, la perforation stercorale du côlon touche des malades âgés souvent fragiles ayant une longue histoire de constipation chronique et sévère. Elle constitue une urgence chirurgicale dont le pronostic, souvent sombre, dépend du terrain et de la rapidité de la prise en charge. Nous rapportons le cas d'une perforation stercorale du côlon survenu chez une patiente âgée de 74 ans. La symptomatologie clinique était celle d'une péritonite aiguë évoluant depuis quatre jours. Le diagnostic n’était posé qu'en peropératoire. Le geste avait consisté en une intervention de Hartmann. Les suites étaient malheureusement marquées par un état de choc septique résistant aboutissant au décès de la patiente à J 2 postopératoire. Le diagnostic de perforation stercorale du côlon, souvent difficile et retardé, doit être connu par tous les médecins qui prennent en charge une population de patients de plus en plus âgés. PMID:26958112

  14. Lymphome B à grandes cellules primitif du médiastin chez la femme: à propos de cinq cas

    PubMed Central

    Ouassou, Safaa; Herrak, Laila; Achachi, Leila; Nachite, Fatima; Znati, Kaoutar; Ftouh, Mustapha El

    2016-01-01

    Le lymphome médiastinal primitif à grandes cellules B (LBPM) est un lymphome survenant dans le médiastin antérieur à partir des cellules B de la zone médullaire thymique. Il s’agit d’une entité rare qui présente des particularités tant sur le plan épidémiologique, clinique et évolutif, que sur le plan anatomo-pathologique et immuno-histochimique. Nous rapportons une série de 5 patientes hospitalisées au service de pneumologie de l’hôpital Ibn Sina entre Janvier 2012 et Mai 2016, et chez qui on a retenu le diagnostic de LBPM. L’âge moyen était de 34 ans, le délai moyen de consultation était de 2 mois. Les symptômes rapportés étaient la dyspnée, la douleur thoracique, la toux sèche; deux patientes présentaient un syndrome cave supérieur. Le taux de LDH était élevé chez 4 patientes. L’imagerie thoracique montrait chez les 5 patientes un processus tissulaire médiastinal antérieur. Le diagnostic histologique était posé sur ponction biopsie transpariétale scanno-guidée chez les 5 patientes, et l’apport de l’immunohistochimie était déterminant dans tous les cas. Les patientes ont été adressées à l’institut national d’oncologie pour prise en charge thérapeutique. Le pronostic du LBPM est réservé, il survient volontiers chez des femmes jeunes, ce qui rend d’autant plus nécessaire une thérapeutique agressive afin d’améliorer le taux de survie. PMID:27795778

  15. Stratégie transfusionnelle des hémorragies graves du post-partum: étude rétrospective à propos de 47 cas

    PubMed Central

    Khouadja, Hosni; Rouissi, Wissem; Mahjoub, Mohamed; Sakhri, Jaballah; Beletaifa, Dhafer; Jazia, Khaled Ben

    2016-01-01

    Introduction L’hémorragie du post-partum est la principale cause de morbi-mortalité maternelle dans le monde. La prise en charge est multidisciplinaire. La stratégie transfusionnelle est capitale jouant un rôle majeur dans le pronostic maternel. L’objectif de ce travail a été de déterminer le rapport PFC/CGR lors de la prise en charge des hémorragies graves du post-partum. Méthodes Une étude Etude rétrospective sur une période de 4 ans (2009-2012) a été réalisée dans un centre de maternité de référence de niveau III du centre-Est tunisien. Elle a inclut les parturientes admises pour une hémorragie sévère du post-partum définit par la nécessité d’une transfusion de plus de 04 CGR durant les 3 premières heures ou de plus de 10 CGR durant les 24 premières heures de prise en charge. Résultats Notre étude a inclut 47 parturientes. Le diagnostic de l’HPP a été fait devant un saignement vaginal dans 28 cas et suite à une césarienne dans 19 cas. En préopératoire le taux d’Hb a été de 6.3 g/dl. Le rapport transfusionnel (PFC/CGR) a été de 1/0.7. Conclusion Au cours de notre prise en charge, le rapport transfusionnel a été plus élevé que les recommandations récentes de la littérature stipulant une administration précoce et massive de PFC avec un ratio PFC/CGR compris entre 1/2 et 1/1. L’administration du fibrinogène (Fbg) et de l’acide tranexamique doit être précoce. L’emploi du facteur VII activé recombinant (rFVIIa) doit rester une solution ultime de prise en charge. PMID:28292131

  16. Hématome post traumatique du muscle iléopsoas avec paralysie du nerf fémoral: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Sallahi, Hicham; Margad, Omar; Lamkhantar, Adil; idrissi, Khalid Koulali

    2015-01-01

    L'hématome compressif du muscle iliopsoas dans le petit bassin est une complication connue des traitements anticoagulants, mais reste rare en post-traumatique. La présente observation illustre un cas de cet hématome chez un adolescent de 14 ans qui s'est présenté avec une douleur post-traumatique de la cuisse et un déficit actif d'extension de la jambe évoluant depuis plus de 3 mois. Un examen clinique a montré l'existence d'une paralysie complète du quadriceps. Une IRM du petit bassin a retrouvé un volumineux hématome du muscle iliopsoas comprimant le nerf fémoral. Un drainage chirurgical de l'hématome a été réalisé. La récupération musculaire était partielle après six mois de recul. PMID:26113929

  17. Hématome spontané du méso de l'angle colique droit et du colon transverse compliquant un traitement par anti vitamine K: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Traoré, Ibrahim Alain; Zaré, Cyprien; Barro, Sié Drissa; Guibla, Ismaël

    2016-01-01

    L'hématome spontané du méso de l'angle colique droit et du transverse est une complication rare du traitement anticoagulant par antivitamine K. Nous rapportons un cas d'hématome spontané du méso de l'angle colique droit et du transverse associé à un hémopéritoine de grande abondance chez un patient traité par antivitamine K pour embolie pulmonaire consécutive à une fracture des plateaux tibiaux droits. Le diagnostic doit être fait en urgence. L’échographie abdominale et la tomodensitométrie confirment le diagnostic. Le traitement non opératoire est la règle. Le traitement chirurgical est indiqué en cas de complications telles que la rupture de l'hématome. PMID:27217878

  18. Tumeur stromale du mésentère: à propos d'un cas rare et revue de la littérature

    PubMed Central

    Seck, Mamadou; Ka, Ibrahima; Cissé, Mamadou; Touré, Alpha Oumar; Thiam, Ousmane; Gueye, Mohamadou Lamine; Dieng, Madieng; Touré, Cheikh Tidiane

    2015-01-01

    Les tumeurs stromales du mésentère sont des sarcomes rares du tube digestif. Nous rapportons un cas rare de tumeur stromale dans sa localisation mésentérique. Il s'agit d'un patient admis aux urgences pour abdomen aigu. La tomodensitométrie a objectivé un kyste abcédé du mésentère. L'exploration chirurgicale a retrouvé une tumeur du mésentère. Une exérèse monobloc de la tumeur a été réalisée. L'histologie avec immunohistochimie de la pièce opératoire a mis en évidence une tumeur stromale à risque intermédiaire de malignité. Un traitement adjuvant à base d'imatinib a été ensuite instauré. L’évolution a été simple, sans récidive, avec un recul de 8 mois. Au plan pronostique, selon les critères de Fletcher et de l'AFIP (Armed Forces Institute of Pathology), la tumeur était classée à un risque élevé de récidive. Les tumeurs stromales du mésentère sont exceptionnelles surtout dans leur présentation clinique d'abdomen aigu. Le diagnostic repose sur l'immunohistochimie et le traitement des formes localisées sur la chirurgie, associée à l'imatinib en traitement adjuvant. PMID:26587154

  19. COSMID: A Web-based Tool for Identifying and Validating CRISPR/Cas Off-target Sites

    PubMed Central

    Cradick, Thomas J; Qiu, Peng; Lee, Ciaran M; Fine, Eli J; Bao, Gang

    2014-01-01

    Precise genome editing using engineered nucleases can significantly facilitate biological studies and disease treatment. In particular, clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) with CRISPR-associated (Cas) proteins are a potentially powerful tool for modifying a genome by targeted cleavage of DNA sequences complementary to designed guide strand RNAs. Although CRISPR/Cas systems can have on-target cleavage rates close to the transfection rates, they may also have relatively high off-target cleavage at similar genomic sites that contain one or more base pair mismatches, and insertions or deletions relative to the guide strand. We have developed a bioinformatics-based tool, COSMID (CRISPR Off-target Sites with Mismatches, Insertions, and Deletions) that searches genomes for potential off-target sites (http://crispr.bme.gatech.edu). Based on the user-supplied guide strand and input parameters, COSMID identifies potential off-target sites with the specified number of mismatched bases and insertions or deletions when compared with the guide strand. For each site, amplification primers optimal for the chosen application are also given as output. This ranked-list of potential off-target sites assists the choice and evaluation of intended target sites, thus helping the design of CRISPR/Cas systems with minimal off-target effects, as well as the identification and quantification of CRISPR/Cas induced off-target cleavage in cells. PMID:25462530

  20. Traitement orthopédique d'une fracture pathologique du fémur sur malformation veineuse: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Guelzim, Soufiane; Lamrani, Omar; Kharmaz, Mohammed; Lahlou, Abdo; Elouadghiri, Mohammed; El Bardouni, Ahmed; Mahfoud, Mustapha; Berrada, Mohammed Saleh; El Yaccoubi, Mouradh

    2015-01-01

    Les malformations vasculaires artérioveineuse, veineuse ou lymphatique représentent des défects localisés dans la morphogénèse vasculaire. Elles peuvent survenir dans tous les organes, mais prédominent au niveau de membres, plus souvent dans la peau, les espaces celluleux ou les muscles. Le bilan de nombreuses malformations a été transformé par l'utilisation de l'angioscanner avec reconstruction ou de l'IRM. Les auteurs rapportent un cas de fracture pathologique du fémur proximal gauche sur malformation veineuse, chez une patiente de 35 ans. Le diagnostic a été porté sur un faisceau d'arguments cliniques et paracliniques. La radiographie standard a montré une fracture diaphysaire du tiers supérieur du fémur gauche sur os pathologique. L'IRM de la cuisse gauche ainsi qu'un phléboscanner des membres inférieurs ont objectivé un aspect en faveur d'une malformation veineuse. Vu le déplacement minime de la fracture et le risque très important de saignement peropératoire, la patiente a bénéficié d'un traitement orthopédique; l’évolution a été simple, marquée par une consolidation au sixième mois. PMID:26600903

  1. Arthroplastie totale du coude sur séquelles d'ostéoarthrite négligée-à propos d'un cas

    PubMed Central

    El Ibrahimi, Abdelhalim; Elidrissi, Mohammed; Shimi, Mohammed; Elmrini, Abdelmajid

    2011-01-01

    L'arthroplastie totale au cours des séquelles d'infection ostéo-articulaire a été destinée surtout pour la hanche et le genou. Cependant, peu de travaux ont étaient consacrée pour l'articulation du coude. Nous rapportons le cas d'une patiente, âgée de 26 ans, ayant présentée dans l'enfance une ostéoarthrite du coude traitée traditionnellement, mais qui a développé progressivement une instabilité sévère du coude. Après l'implantation d'une prothèse semi-contrainte de Coonrad-Morrey non cimentée, le résultat est très satisfaisant jusqu’à deux ans de recul, avec un gain de la mobilité en flexion de 110 degrés et en extension de 5 degrés, l'index de performance pour le coude selon la Mayo Clinic de 80/100. Nous n'avons pas de complication à déplorer. PMID:22355439

  2. La pseudarthrose du col fémoral traitée par prothèse totale de la hanche: à propos de 15 cas

    PubMed Central

    Chagou, Aniss; Bassir, Réda Allah; Rhanim, Abdelkarim; Lahlou, Abdou; Bardouni, Ahmed; Mahfoud, Moustapha; Saleh Berrada, Mohammed; El Yaacoubi, Moradh

    2014-01-01

    La pseudarthrose du col fémoral est une complication redoutée de la facture du col fémoral, elle est due soit à une négligence thérapeutique, soit à une ostéosynthèse imparfaite. Plusieurs facteurs sont incriminés dans sa genèse, l’âge, les caractéristiques de la fracture, l’état de la tête fémorale, et une ostéosynthèse non solide. Le diagnostic des pseudarthroses est essentiellement radiologique. Le traitement reste encore difficile et mal codifié, les limites entre traitement conservateur et arthroplastie de la hanche ne sont pas encore bien définies. Nous rapportons une série de 15 cas de pseudarthrose du col fémoral traités par arthroplastie de la hanche au service de traumato-orthopédie du Centre Hospitalier Universitaire de Rabat de 2008 à 2014 soit un recul de 40 mois en moyenne. Nos patients ont bénéficié d'une évaluation clinique et radiologique. L’âge de nos patients varie entre 48 et 81 ans, avec une moyenne de 69,2 ans. 85% d'entre eux sont âgés de plus de 60 ans. Nous avons dans notre série une prédominance féminine, soit 8 femmes pour 7 hommes. La négligence thérapeutique est la cause de la majorité des pseudarthroses du col du fémur traitées dans notre série. Par ailleurs, nous avons utilisé exclusivement la voie d'abord postéro externe de Moore. Nous avons mis en place une prothèse totale de couple polyéthylène-métal chez tous les patients, ces prothèses étaient cimentées chez 12 patients. Le résultat fonctionnel a été coté selon la classification de Merle d'Aubigné. Nos résultats ont été jugés bons selon cette cotation. L'arthroplastie totale de la hanche a une place importante dans le traitement des pseudarthroses du col fémoral et peut donner des résultats satisfaisants en permettant de récupérer une hanche mobile et indolore. PMID:25667720

  3. Targeted Mutagenesis, Precise Gene Editing, and Site-Specific Gene Insertion in Maize Using Cas9 and Guide RNA.

    PubMed

    Svitashev, Sergei; Young, Joshua K; Schwartz, Christine; Gao, Huirong; Falco, S Carl; Cigan, A Mark

    2015-10-01

    Targeted mutagenesis, editing of endogenous maize (Zea mays) genes, and site-specific insertion of a trait gene using clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated (Cas)-guide RNA technology are reported in maize. DNA vectors expressing maize codon-optimized Streptococcus pyogenes Cas9 endonuclease and single guide RNAs were cointroduced with or without DNA repair templates into maize immature embryos by biolistic transformation targeting five different genomic regions: upstream of the liguleless1 (LIG1) gene, male fertility genes (Ms26 and Ms45), and acetolactate synthase (ALS) genes (ALS1 and ALS2). Mutations were subsequently identified at all sites targeted, and plants containing biallelic multiplex mutations at LIG1, Ms26, and Ms45 were recovered. Biolistic delivery of guide RNAs (as RNA molecules) directly into immature embryo cells containing preintegrated Cas9 also resulted in targeted mutations. Editing the ALS2 gene using either single-stranded oligonucleotides or double-stranded DNA vectors as repair templates yielded chlorsulfuron-resistant plants. Double-strand breaks generated by RNA-guided Cas9 endonuclease also stimulated insertion of a trait gene at a site near LIG1 by homology-directed repair. Progeny showed expected Mendelian segregation of mutations, edits, and targeted gene insertions. The examples reported in this study demonstrate the utility of Cas9-guide RNA technology as a plant genome editing tool to enhance plant breeding and crop research needed to meet growing agriculture demands of the future.

  4. La Greffe de Peau dans le Traitement des Sequelles de la Main Brulee. A Propos de 152 Cas - Experience du Service de Chirurgie Plastique du Centre Hospitalier Universitaire Ibn-Sina, Rabat, Maroc

    PubMed Central

    El Mazouz, S.; Fejjal, N.; Hafidi, J.; Cherkab, L.; Mejjati, H.; Belfqih, R.; Gharib, N.; Abbassi, A.

    2010-01-01

    Summary La main est fréquemment exposée aux brûlures, entraînant des séquelles esthétiques et fonctionnelles. Le traitement de ces séquelles est surtout chirurgical et consiste en la greffe de peau, dont le type dépend de la localisation de la brûlure et du type des séquelles. Dans ce travail rétrospectif, nous rapportons une série de 152 cas de brûlures des mains colligés au service de chirurgie plastique du Centre Hospitalier Universitaire Ibn-Sina de Rabat sur une période de dix ans, allant de 1998 à 2007. Les indications thérapeutiques dépendent du type de séquelles et de la localisation de la brûlure. En tout, 97 patients ont bénéficié d'une greffe cutanée, dont 76% par greffe de peau totale, 21% par greffe de peau demi-épaisse et 3% par peau fine. Les séquelles des brûlures des mains posent un problème thérapeutique majeur, malgré la diversité des procédés chirurgicaux, d'où l'intérêt de la prévention. PMID:21991196

  5. Les infections à Pseudomonas aeruginosa au service des maladies infectieuses du CHU YO, Burkina Faso: à propos deux cas

    PubMed Central

    Mamoudou, Savadogo; Lassina, Dao; Fla, Koueta

    2015-01-01

    Nous rapportons deux cas d'infection à Pseudomonas aeruginosa: un cas de méningite et un cas d'infection urinaire. Les auteurs rappellent qu’à côté des étiologies classiques des méningites et des infections urinaires, des germes résistants comme Pseudomonas aeruginosa peuvent être responsables d'infections à localisation méningées et urinaires et dont il faut connaître pour une bonne prise en charge. Le traitement de ces infections requiert un antibiogramme au regard de la grande capacité de résistance de Pseudomonas aeruginosa en milieu hospitalier. La limitation des gestes invasifs et l'application rigoureuse des mesures de prévention des infections en milieu hospitalier contribueront à lutter efficacement contre ces infections en milieu de soins. PMID:26491521

  6. Signe de Mont Fuji en postopératoire d’un épendymome du V3: cas clinique et revue de la literature

    PubMed Central

    Boumadiane, Abderrahmane; Derkaoui, Ali; Shimi, Abdelkarim; Khatouf, Mohamed

    2016-01-01

    Le signe de « Mont Fuji » appelé autrement une pneumocéphalie compressive constitue une complication post-operatoire redoutable en neurochirurgie. Nous rapportons le cas clinique d'un patient de 10 mois, hospitalisé en réanimation pour prise en charge post-operatoire d'une chirurgie pour épendymome du troisième ventricule, dont l'evolution a été marquait par la survenue d'une pneumocéphalie compressive post-operatoire précoce, responsable d'une aggravation neurologique et hemodynamique. A travers cette observation, on met en évidence la possibilité de survenue d'un tel événement indésirable, Ainsi que des moyens thérapeutiques et surtout préventifs de cette complication. PMID:27795788

  7. Identification of genomic sites for CRISPR/Cas9-based genome editing in the Vitis vinifera genome

    Technology Transfer Automated Retrieval System (TEKTRAN)

    CRISPR/Cas9 has been recently demonstrated as an effective and popular genome editing tool for modifying genomes of human, animals, microorganisms, and plants. Success of such genome editing is highly dependent on the availability of suitable target sites in the genomes to be edited. Many specific t...

  8. Formes hémorragiques graves de la fièvre de la vallée du Rift: à propos de 5 cas

    PubMed Central

    Salem, Mohamed Lemine Ould; Baba, Sidi El Wafi Ould; Fall-Malick, Fatimetou Zahra; Boushab, Boushab Mohamed; Ghaber, Sidi Mohamed; Mokhtar, Abdelwedoud

    2016-01-01

    La fièvre de la vallée du Rift (FVR) est une arbovirose due à un virus à ARN appartenant à la famille de Bunyaviridae (genre phlebovirus). C'est une zoonose touchant principalement les animaux mais pouvant aussi contaminer l'homme, soit directement par la manipulation des viandes ou avortons d'animaux malades ou indirectement par la piqure de moustiques infectées (Aèdes sp, anophèles sp, Culex sp). Dans la majorité des cas, l'infection humaine à FVR est asymptomatique, mais elle peut également se manifester par un syndrome fébrile modérée d’évolution favorable. Néanmoins, certains patients peuvent développer un syndrome hémorragique et/ou des lésions neurologiques d’évolution mortelle. Nous décrivons l’évolution de cinq cas de patients atteints de la FVR, admis dans le service de médecine interne du Centre Hospitalier National de Nouakchott (Mauritanie), le mois d'Octobre 2015 et présentant tous, un syndrome hémorragique dans un contexte fébrile. L’évolution n’était favorable que pour 2 des cinq patients. Les 3 autres sont décédés, deux dans un tableau de choc hémorragique et dans un état de choc septique. PMID:27642413

  9. Une tumeur du vagin à ne pas méconnaitre, l'adénocarcinome mésonephrique: à propos d'un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Amal, Bennani; Hind, El Fatemi; Hanane, Saadi; Hayat, Rabhi; Kaoutar, Moumna; Abdelaziz, Banani; Taoufik, Harmouch; Affaf, Amarti

    2015-01-01

    L'adénocarcinome mésonéphrique du vagin est une tumeur maligne extrêmement rare avec uniquement trois cas publiés dans la littérature jusqu’à maintenant. Il dérive des reliquats embryonnaires des canaux mésonéphriques au niveau du vagin. Nous rapportons un cas d'adénocarcinome mésonéphrique du vagin survenant chez une femme de 50 ans, et révélé par une masse polyploïde du vagin. L'IRM a montré un envahissement du périnée et de la branche inférieure du pubis. L’étude anatomo-pathologique était en faveur d'un adénocarcinome mésonéphrique dont les cellules tumorales expriment la pancytokératine et le CD10. Elles ne sont pas marquées par les anticorps anti récepteurs ostrogéniques et progestatifs. La patiente a été adressée pour radiothérapie avant la prise en charge chirurgicale. Les auteurs soulignent à travers cette observation les aspects étiopathogéniques, histologiques et thérapeutiques de cette tumeur rare. PMID:26327963

  10. Ossification du ligament de Hoffa: évolution finale de la maladie de Hoffa (à propos d'un cas avec revue de la littérature)

    PubMed Central

    Boukhris, Jalal; Boussouga, Mostapha; Benchakroune, Mohammed; Jaafar, Abdelouahab; Chagar, Belkacem

    2014-01-01

    La responsabilité de la bourse graisseuse sous rotulienne dans certains dérangements internes du genou est connue depuis les observations originales rapportées par Hoffa en 1904. En peropératoire, Hoffa retrouvait une frange graisseuse qui occupait l'interligne articulaire, dont l'ablation faisait disparaître les symptômes. Depuis cette date, peu de publications ont été consacrées à la maladie de Hoffa, et à notre connaissance, aucune grande série n'a été publiée récemment dans la littérature. Ce travail comprend une revue bibliographiqe associée à l’étude des différents aspects sémiologiques, étiopathogéniques et thérapeutiques de ce type d'affection, en rapportant un cas d'ossification du ligament de Hoffa qui ne serait en fait que l’évolution finale de la maladie. PMID:25852801

  11. Les traumatismes de l’étage antérieur de la base du crane: à propos d'une série de 136 cas

    PubMed Central

    Bouchaouch, Abdelali; Hassani, Fahd Derkaoui; Abboud, Hilal; Mukengeshay, Jeff Ntalaja; El Fatemi, Nizare; Gana, Rachid; El Maaqili, Moulay Rchid; El Abbadi, Najia; Bellakhdar, Fouad

    2015-01-01

    Les traumatismes de l’étage antérieur de la base du crâne représentent 15 à 20% des traumatismes crâniens en général. Ils menacent les structures neuro-encéphaliques sus jacentes et sont très souvent responsables de brèches ostéo-méningées exposant au risque infectieux. Notre travail a concerné 136 dossiers exploitables de traumatisme de l’étage antérieur de la base du crâne colligés sur une période de 10 ans entre janvier 2003 et décembre 2012. Le diagnostic a été suspecté devant les signes cliniques évocateurs (ecchymose péri-orbitaire, rhinorrhée…) et a été confirmé dans la plupart des cas par la TDM. Le traitement idéal est la fermeture chirurgicale de la brèche en association aux moyens médicaux (vaccination, anti-épileptiques, mesures de réanimation…) Le moment idéal de la réparation est au-delà de la 72ème heure après la diminution de l'oedème cérébral en cas d'absence d'une lésion intracrânienne nécessitant une intervention en urgence. Notre équipe ne pratiquant pas la voie endoscopique, l'abord frontal est souvent indiqué. Le pronostic dépend des lésions cérébrales associées et surtout de la présence d'une brèche dont le diagnostic et la réparation doivent être les plus rapides et les plus précis possibles. Ainsi toute rhinorrhée post-traumatique nécessite une exploration systématique, le timing idéal: c'est la disparition de l'oedème cérébral pour faciliter l'exploration, ceci est en général possible à partir de la 72ème heure sauf dans les cas associés à une autre lésion intra crânienne nécessitant une exploration en urgence. PMID:26327992

  12. Les fractures luxations du cotyle: prise en charge et pronostic à long terme; étude rétrospective portant sur 40 cas

    PubMed Central

    Chagou, Aniss; Hmouri, Ismail; Rhanim, Abdelkarim; Lahlou, Abdou; Berrada, Mohammed Saleh; Yaacoubi, Moradh

    2014-01-01

    Les fractures luxations du cotyle sont le plus souvent dues à des traumatismes de haute énergie. Elles constituent une urgence thérapeutique, l'association de la luxation à une fracture du cotyle fait apparaître la question du choix thérapeutique entre traitement orthopédique et traitement médical. L'objectif de l’étude est de mettre le point sur l'aspect thérapeutique dans ces lésions mais aussi leurs pronostics à long terme. Nous rapportons une étude rétrospective portant sur 40 cas colligés au service d'orthopédie du centre hospitalier universitaire de Rabat. Nous avons évalué les résultats de notre prise en charge mais aussi le pronostic à court et à long terme. Dans notre série, vingt cinq patients ont bénéficié d'un traitement orthopédique alors que les quinze restants ont été opérés, la voie d'abord la plus utilisée est la voie postérieure. Les résultats fonctionnels ont été évalués, après un recul de 3 à 8 ans, selon la cotation de Merle d'Aubigné. Nous avons obtenu 90% de résultats satisfaisants. La comparaison de nos résultats à ceux de la littérature montre que le résultat des traitements orthopédiques et chirurgicaux dépend essentiellement du type de fracture. Le pronostic à long terme reste imprévisible. La survenue des complications tardives telle que la nécrose céphalique et de l'arthrose reste toujours imprévisible, ce qui impose un suivi régulier et prolongé des patients. PMID:25722763

  13. A Kinase-Independent Function of c-Src Mediates p130Cas Phosphorylation at the Serine-639 Site in Pressure Overloaded Myocardium.

    PubMed

    Palanisamy, Arun P; Suryakumar, Geetha; Panneerselvam, Kavin; Willey, Christopher D; Kuppuswamy, Dhandapani

    2015-12-01

    Early work in pressure overloaded (PO) myocardium shows that integrins mediate focal adhesion complex formation by recruiting the adaptor protein p130Cas (Cas) and nonreceptor tyrosine kinase c-Src. To explore c-Src role in Cas-associated changes during PO, we used a feline right ventricular in vivo PO model and a three-dimensional (3D) collagen-embedded adult cardiomyocyte in vitro model that utilizes a Gly-Arg-Gly-Asp-Ser (RGD) peptide for integrin stimulation. Cas showed slow electrophoretic mobility (band-shifting), recruitment to the cytoskeleton, and tyrosine phosphorylation at 165, 249, and 410 sites in both 48 h PO myocardium and 1 h RGD-stimulated cardiomyocytes. Adenoviral mediated expression of kinase inactive (negative) c-Src mutant with intact scaffold domains (KN-Src) in cardiomyocytes did not block the RGD stimulated changes in Cas. Furthermore, expression of KN-Src or kinase active c-Src mutant with intact scaffold function (A-Src) in two-dimensionally (2D) cultured cardiomyocytes was sufficient to cause Cas band-shifting, although tyrosine phosphorylation required A-Src. These data indicate that c-Src's adaptor function, but not its kinase function, is required for a serine/threonine specific phosphorylation(s) responsible for Cas band-shifting. To explore this possibility, Chinese hamster ovary cells that stably express Cas were infected with either β-gal or KN-Src adenoviruses and used for Cas immunoprecipitation combined with mass spectrometry analysis. In the KN-Src expressing cells, Cas showed phosphorylation at the serine-639 (human numbering) site. A polyclonal antibody raised against phospho-serine-639 detected Cas phosphorylation in 24-48 h PO myocardium. Our studies indicate that c-Src's adaptor function mediates serine-639 phosphorylation of Cas during integrin activation in PO myocardium.

  14. Aspects cliniques et thérapeutiques du priapisme au CHU Gabriel Touré: étude de 36 cas

    PubMed Central

    Kassogué, Amadou; Coulibaly, Mamadou; Ouattara, Zanafon; Diarra, Alkadri; Tembely, Aly; El Fassi, Mohamed Jamal; Farih, Moulay Hassan; Ouattara, Kalilou

    2014-01-01

    Le priapisme est une érection prolongée douloureuse et irréductible survenant en dehors de toute stimulation sexuelle et n'aboutissant pas à une éjaculation. C'est une urgence urologique. Au Mali, la drépanocytose, une pathologie endémique joue un rôle de premier plan parmi les étiologies. L'objectif de cette étude est d'analyser les aspects cliniques et thérapeutiques du priapisme. Nous avons réalisé une étude rétrospective de type descriptive portant sur 36 cas de priapisme colligés au service d'urologie du CHU Gabriel Touré sur une période de 6 ans et 4 mois. L’âge moyen de nos patients était de 17 ans. Les tranches d’âge les plus représentées étaient comprises entre (11-20 ans) et (21-30 ans) soit 58%. 11 patients soit 31 % avaient eu un antécédent d’érection prolongée; le délai de consultation à partir du premier signe du priapisme était retardé, 31 % des patients étaient venus dans les 24-72h. Sur les 34 patients qui avaient fait l’électrophorèse de l'hémoglobine, 31 patients soit 91 % étaient porteurs d'hémoglobine anormale S et ou C. 32 patients soit 89% de nos patients avaient eu une ponction des corps caverneux. La détumescence a été obtenue le même jour chez 61 % des patients. Chez 11 patients soit 31 %, l’érection était bonne. Le priapisme est une urgence urologique, dont la fréquence est élevée dans la population drépanocytaire. La drépanocytose était la principale cause dans notre pays, tout praticien doit systématiquement y penser avant toute autre étiologie. PMID:25317234

  15. An Effective Molecular Target Site in Hepatitis B Virus S Gene for Cas9 Cleavage and Mutational Inactivation

    PubMed Central

    Li, Hao; Sheng, Chunyu; Liu, Hongbo; Liu, Guangze; Du, Xinying; Du, Juan; Zhan, Linsheng; Li, Peng; Yang, Chaojie; Qi, Lihua; Wang, Jian; Yang, Xiaoxia; Jia, Leili; Xie, Jing; Wang, Ligui; Hao, Rongzhang; Xu, Dongping; Tong, Yigang; Zhou, Yusen; Zhou, Jianjun; Sun, Yansong; Li, Qiao; Qiu, Shaofu; Song, Hongbin

    2016-01-01

    Chronic hepatitis B infection remains incurable because HBV cccDNA can persist indefinitely in patients recovering from acute HBV infection. Given the incidence of HBV infection and the shortcomings of current therapeutic options, a novel antiviral strategy is urgently needed. To inactivate HBV replication and destroy the HBV genome, we employed genome editing tool CRISPR/Cas9. Specifically, we found a CRISPR/Cas9 system (gRNA-S4) that effectively targeted the HBsAg region and could suppress efficiently viral replication with minimal off-target effects and impact on cell viability. The mutation mediated by CRISPR/Cas9 in HBV DNA both in a stable HBV-producing cell line and in HBV transgenic mice had been confirmed and evaluated using deep sequencing. In addition, we demonstrated the reduction of HBV replication was caused by the mutation of S4 site through three S4 region-mutated monoclonal cells. Besides, the gRNA-S4 system could also reduce serum surface-antigen levels by 99.91 ± 0.05% and lowered serum HBV DNA level below the negative threshold in the HBV hydrodynamics mouse model. Together, these findings indicate that the S4 region may be an ideal target for the development of innovative therapies against HBV infection using CRISPR/Cas9. PMID:27570484

  16. L'ostéome ostéoïde de l'extrémité inférieur du radius: à propos d'un cas, localisation rare et revue de la littérature

    PubMed Central

    Abdelhafid, Derfoufi; Moncef, Erraji; Abdessamad, Kharraji; Najib, Abdeljaouad; Hicham, Yacoubi

    2016-01-01

    L'ostéome ostéoïde est une tumeur osseuse bénigne, mais douloureuse et dont le traitement consiste en l'exérèse chirurgicale totale. Nous rapportons, dans ce travail le cas d'une jeune patiente présentant un ostéome ostéoïde de l'extrémité inférieur du radius. PMID:27642387

  17. Place du traitement chirurgical sous circulation extracorporelle à cœur battant dans les cancers du rein avec envahissement cave supra-diaphragmatique: à propos de sept cas

    PubMed Central

    Lahyani, Mounir; Karmouni, Tarik; Elkhader, Khalid; Koutani, Abdellatif; Andaloussi, Ahmed Ibn Attya

    2014-01-01

    Ce travail vise à analyser les résultats de la néphrectomie avec thrombectomie atrio-cave sous circulation extracorporelle (CEC) chez sept patients ayant un cancer du rein avec envahissement cave supra-diaphragmatique et de discuter les indications opératoires. Sept patients, six hommes et une femme dont l’âge varie entre 46ans et 65ans, ont été opérés d'un cancer du rein avec extension atrio-cave. L’écho-doppler a toujours permis la mise en évidence de l'extension veineuse mais la limite supérieure du thrombus était formellement identifiée par l'examen tomodensitométrique quatre fois, et par la résonance magnétique nucléaire dans tous les cas. Tous les patients ont été opérés sous CEC à cœur battant en normothermie. Un seul décès postopératoire est survenu. La durée du séjour en réanimation a été de 4,5 jours. Cinq patients ont eu à distance une dissémination métastatique. Cinq malades ont eu une médiane de survie de 11,5 mois (de 7 à16). Un malade a subi une métastasectomie pulmonaire 6 mois après la néphrectomie. L'exérèse des thrombi atrio-caves a été facilitée par la CEC avec une mortalité et une morbidité postopératoires acceptables mais les résultats à distance ont été décevants. Cette intervention ne peut être proposée qu'aux patients n'ayant aucune extension locorégionale et générale décelable, ce qui souligne l'importance des examens morphologiques préopératoires. PMID:25995777

  18. Les carcinomes epidermoïdes du scrotum: à propos de 7 cas avec revue de la litterature

    PubMed Central

    Halfya, Ayoub; Elmortaji, Khalid; Redouane, Rabii; fethi, Meziane; Rafik, Amine; Mohamed, Ezzoubi; Abdessamad, Chlihi

    2015-01-01

    Quoique rare le carcinome épidermoïde du scrotum a un mauvais pronostic. Les Carcinomes du scrotum induite et - liées au travail sont moins fréquentes en raison d'une meilleure hygiène, vêtements de protection, et la sensibilisation de la cancérogénicité des huiles industrielles. L’épidémie à l'HPV a induit une augmentation de l'incidence. Le traitement de dépend toujours exérèse locale de la lésion primaire. La radiothérapie a peu de bénéfice thérapeutique dans le traitement d'un carcinome épidermoïde du scrotum. La bléomycine peut être utile comme traitement adjuvant pour les maladies ilio-inguinal généralisée avant la tentative exérèse, même si cela n'a pas encore été prouvé. Entre janvier 2011 au 1er janvier 2013, 7 patients atteints de carcinome épidermoïde ont été pris en charge, Trois patients ont présenté une localisation ganglionnaire. Les sept patients ont eu un traitement chirurgical par exérèse large avec reconstruction, Deux patients ont été adressé pour chimiothérapie.2 patients ont présenté une récidive, dont un est décédé. PMID:26113906

  19. Tumeur pseudopapillaire et solide du pancréas: à propos d'un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Jakhlal, Nabil; Njoumi, Noureddine; Hachi, Hafid; Bougtab, Abdesslam

    2016-01-01

    Les tumeurs pseudopapillaires et solides du pancréas sont des tumeurs rares, d’étiopathogénie encore incertaine, et surviennent surtout chez la jeune femme. Leur pronostic reste bon surtout après exérèse complète. Nous rapportons une nouvelle observation d'une jeune femme, révélée par des douleurs abdominales. Le diagnostic est porté sur l’étude histologique associée à l'immuno-histochimie de la pièce de spléno-pancréatectomie caudale. PMID:27642443

  20. Le naevus bleu cellulaire atypique du poignet: à propos d'un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Boussakri, Hassan; Roux, Jean Luc; Durand, Luc; Elibrahimi, Abdelhalim; Elmrini, Abdelmajid

    2014-01-01

    Le naevus bleu cellulaire atypique est une entité pathologique rare et sa localisation au niveau du poignet est exceptionnelle. Il est Considéré comme une Variante à des caractéristiques intermédiaires entre le naevus bleu cellulaire typique et le naevus bleu malin, dont l’évolution est incertaine. Le but de notre travail est d'attirer l'attention sur cette variété lésionnelle rare et de discuter les diagnostiques différentiels, ainsi que décrire les aspects histologique et les options thérapeutiques possibles. PMID:25426206

  1. Accouchement gémellaire différé: à propos de deux cas observés à la maternité du Centre Hospitalier de Creil

    PubMed Central

    Ndoua, Claude Cyrille Noa; Fattouh, Meyssam; Mirdat, Shamsa; Kemfang, Jean Dupont; Kasia, Jean Marie; Pace, Christophe Di

    2014-01-01

    L'accouchement gémellaire différé définit un accouchement en deux ou plusieurs temps, avec l'expulsion spontanée d'un premier fœtus au deuxième ou au troisième trimestre, et un prolongement de la grossesse pour obtenir un accouchement du ou des fœtus restants en gestation le plus proche possible du terme. Cette technique est mise en œuvre, en cas de grossesse gémellaire pour prévenir la prématurité du fœtus restant après l'expulsion très prématurée d'un premier fœtus. Nous rapportons deux cas observés à la maternité du Centre Hospitalier de Creil avec des latences respectives de 3 et 52 jours pour lesquels nous discutons la prise en charge. PMID:25722777

  2. Résultats radio-anatomiques des prothèses totales du genou (à propos de 30 cas)

    PubMed Central

    El Abdi, Monsef; Ouedraogo, Sidi Lamine; Bassinga, Jonathan; Jaafar, Abdelouahab

    2015-01-01

    La prothèse totale du genou correspond au remplacement prothétique de l'ensemble des compartiments fémoro-tibiaux et fémoro-patellaires. Ce travail est une étude rétrospective portant sur 26 patients pour un total de 30 PTG réalisées dans le service de chirurgie traumatologique et orthopédique de l'hôpital militaire d'instruction Mohammed V de janvier 2010 à décembre 2013 afin d’évaluer les résultats radio-anatomiques à l'aide d'un bilan radiologique « conventionnel » explorant le genou prothèsé dans les trois plans de l'espace et ainsi faire une comparaison avec les séries de la littérature. PMID:26301018

  3. Cas1-Cas2 complex formation mediates spacer acquisition during CRISPR-Cas adaptive immunity.

    PubMed

    Nuñez, James K; Kranzusch, Philip J; Noeske, Jonas; Wright, Addison V; Davies, Christopher W; Doudna, Jennifer A

    2014-06-01

    The initial stage of CRISPR-Cas immunity involves the integration of foreign DNA spacer segments into the host genomic CRISPR locus. The nucleases Cas1 and Cas2 are the only proteins conserved among all CRISPR-Cas systems, yet the molecular functions of these proteins during immunity are unknown. Here we show that Cas1 and Cas2 from Escherichia coli form a stable complex that is essential for spacer acquisition and determine the 2.3-Å-resolution crystal structure of the Cas1-Cas2 complex. Mutations that perturb Cas1-Cas2 complex formation disrupt CRISPR DNA recognition and spacer acquisition in vivo. Active site mutants of Cas2, unlike those of Cas1, can still acquire new spacers, thus indicating a nonenzymatic role of Cas2 during immunity. These results reveal the universal roles of Cas1 and Cas2 and suggest a mechanism by which Cas1-Cas2 complexes specify sites of CRISPR spacer integration.

  4. Une étude cas-témoins pour déterminer les facteurs de non-observance du suivi médical chez les patients diabétiques à Kinshasa, en 2010

    PubMed Central

    Mense, Kennedy; Mapatano, Mala Ali; Mutombo, Paulin Beya; Muyer, Marie Claire

    2014-01-01

    Introduction Le diabète est un problème majeur de santé publique et un fardeau économique mondial qui n’épargne pas la RD-Congo. Bien que sa prise en charge soit codifiée, la plupart des diabétiques n'arrivent pas à respecter les rendez-vous de suivi. Cette étude vise principalement à identifier les déterminants de la non-observance du suivi médical chez les diabétiques à Kinshasa. Méthodes Il s'agit d'une étude cas-témoins où les cas sont les patients diabétiques non observant le suivi médical et les témoins, ceux répondant régulièrement au suivi médical. Couvrant la période du 1erjanvier au 31 décembre 2010, l’étude a porté sur un échantillon aléatoire de 154 sujets répartis entre 77 cas et 77 témoins. Résultats Les données indiquent une association entre la non-observance du suivi médical et le revenu (niveau de vie) des ménages. Les cas provenant des ménages à faible revenu courent six fois plus le risque d’être non-observants. Par contre, entre le niveau de connaissance et la non-observance l'association notée n’était pas statistiquement significative. Le respect des rendez-vous pourrait être amélioré de 77% si le revenu des ménages des diabétiques était augmenté. Le coût total mensuel du suivi médical est estimé à 27,2 USD, alors que le revenu permanant des ménages se situe à 306,6 USD. Conclusion Le bas niveau de vie mais pas celui de l'ignorance est un déterminant de la non-observance des visites de suivi du malade diabétique. PMID:25309658

  5. World heritage site - Bien du Patrimoine Mondial - Kluane/Wrangell-St. Elias/Glacier Bay/Tatshenshini-Alsek

    USGS Publications Warehouse

    Labay, Keith A.; Wilson, Frederic H.

    2004-01-01

    The four parks depicted on this map make up a single World Heritage Site that covers 24.3 million acres. Together, they comprise the largest internationally protected land-based ecosystem on the planet. The United Nations Educational, Scientific and Cultural Organization (UNESCO) established the World Heritage Program in 1972 for the identification and protection of the world?s irreplaceable natural and cultural resources. World Heritage Sites are important as storehouses of memory and evolution, as anchors for sustainable tourism and community, and as laboratories for the study and understanding of the earth and culture. This World Heritage Site protects the prominent mountain ranges of Kluane, Wrangell, Saint Elias, and Chugach. It includes many of the tallest peaks on the continent, the world's largest non-polar icefield, extensive glaciers, vital watersheds, and expanses of dramatic wilderness. [Les quatre parcs figurant sur cette carte ne constituent qu?un seul site du patrimoine mondial recouvrant plus de 99 millions de km2, ce qui en fait le plus grand ecosysteme terrestre protege par loi internationale. En 1972, L?UNESCO (l?organisation des Nations Unies pour les sciences, l'education et la culture) a etabli le programme du patrimoine mondial afin d?identifier et de proteger les ressources naturelles et culturelles irremplacables de notre plan?te. Si les sites du patrimoine mondial sont si importants c'est parce qu'ils representent a la fois des livres ouverts sur l?histoire de la Terre, le point de depart du tourisme durable et du developpement des collectivites, des laboratoires pour etudier et comprendre la nature et la culture. Ce site du patrimoine mondial assure la protection des chaines de montagnes de Kluane, Wrangell, Saint Elias, et Chugach. On y trouve plusieurs des plus hauts sommets du continent, le plus grand champ de glace non-polaire du monde, d?immenses glaciers, des bassins hydrologiques essentiels, et de la nature sauvage a perte de vue.

  6. Engineering herpes simplex viruses by infection-transfection methods including recombination site targeting by CRISPR/Cas9 nucleases.

    PubMed

    Russell, Tiffany A; Stefanovic, Tijana; Tscharke, David C

    2015-03-01

    Herpes simplex viruses (HSVs) are frequent human pathogens and the ability to engineer these viruses underpins much research into their biology and pathogenesis. Often the ultimate aim is to produce a virus that has the desired phenotypic change and no additional alterations in characteristics. This requires methods that minimally disrupt the genome and, for insertions of foreign DNA, sites must be found that can be engineered without disrupting HSV gene function or expression. This study advances both of these requirements. Firstly, the use of homologous recombination between the virus genome and plasmids in mammalian cells is a reliable way to engineer HSV such that minimal genome changes are made. This has most frequently been achieved by cotransfection of plasmid and isolated viral genomic DNA, but an alternative is to supply the virus genome by infection in a transfection-infection method. Such approaches can also incorporate CRISPR/Cas9 genome engineering methods. Current descriptions of infection-transfection methods, either with or without the addition of CRISPR/Cas9 targeting, are limited in detail and the extent of optimization. In this study it was found that transfection efficiency and the length of homologous sequences improve the efficiency of recombination in these methods, but the targeting of the locus to be engineered by CRISPR/Cas9 nucleases has an overriding positive impact. Secondly, the intergenic space between UL26 and UL27 was reexamined as a site for the addition of foreign DNA and a position identified that allows insertions without compromising HSV growth in vitro or in vivo.

  7. Corrective Action Decision Document/Closure Report for Corrective Action Unit 485: Cactus Spring Ranch Pu and DU Site, Tonopah Test Range, Nevada

    SciTech Connect

    US Department of Energy Nevada Operations Office

    1998-09-18

    This Corrective Action Decision Document/Closure Report (CADD/CR) has been prepared for Corrective Action Unit (CAU) 485: Cactus Spring Ranch Plutonium (Pu) and Depleted Uranium (DU) Site, in accordance with the Federal Facility Agreement and Consent Order. Located at the Cactus Spring Ranch on the Tonopah Test Range, Nevada, CAU 485 consists of Corrective Action Site (CAS) TA-39-001-TAGR. This CADD/CR identifies and rationalizes the U.S. Department of Energy, Nevada Operations Office's recommendation that no corrective action is deemed necessary for CAU 485. The Corrective Action Decision Document and Closure Report have been combined into one report because sample data collected during the preliminary assessment investigation (PAI) performed in January and February 1998 showed no evidence of contamination at the site. In the past, this CAU included holding pens which housed sheep and burros used to test inhalation uptake from atmospheric releases of Pu and DU, and the animals were sacrificed after the tests. Specifically, the investigation focused on data to determine: if surface activities of alpha, beta, and gamma-emitting radionuclides were present; if potential contaminants of concern (COCs) such as Pu and DU were present; and if plutonium was present in the soil and dung at levels significantly above background levels. Investigation results concluded that surface radiological activities of alpha, beta, and gamma-emitting radionuclides were within range of typical background levels. Evaluation of process knowledge determined plutonium to be the only potential COC, but soil and dung samples tested were not positive for plutonium-238 and only two samples had positive concentrations of plutonium 239/240 (subsequent plutonium alpha spectroscopy results demonstrated that there was no plutonium contamination in the Cactus Spring surface soil or dung). Therefore, the DOE/NV recommended that no corrective action was required at CAU 485; further, no Corrective Action

  8. Site-specific integration in CHO cells mediated by CRISPR/Cas9 and homology-directed DNA repair pathway

    PubMed Central

    Lee, Jae Seong; Kallehauge, Thomas Beuchert; Pedersen, Lasse Ebdrup; Kildegaard, Helene Faustrup

    2015-01-01

    Chinese hamster ovary (CHO) cells are the most widely used mammalian hosts for production of therapeutic proteins. However, development of recombinant CHO cell lines has been hampered by unstable and variable transgene expression caused by random integration. Here we demonstrate efficient targeted gene integration into site-specific loci in CHO cells using CRISPR/Cas9 genome editing system and compatible donor plasmid harboring a gene of interest (GOI) and short homology arms. This strategy has enabled precise insertion of a 3.7-kb gene expression cassette at defined loci in CHO cells following a simple drug-selection, resulting in homogeneous transgene expression. Taken together, the results displayed here can help pave the way for the targeting of GOI to specific loci in CHO cells, increasing the likelihood of generating isogenic cell lines with consistent protein production. PMID:25712033

  9. Granulomatose avec polyangéite du sujet âgé: à propos de deux cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Berriche, Olfa; Hammami, Sonia; ammari, Fatma Larbi; Alaya, Wafa; kessomtini, Wassia; Chebbi, Wafa

    2015-01-01

    La granulomatose avec polyangéite (GPA) est une vascularite nécrosante des vaisseaux de petit calibre. L’âge moyen d'entrée dans la GPA est entre 35 et 55 ans, les formes gériatriques sont cependant rares, Nous rapportons deux cas de GPA révélés après 60 ans, le mode de révélation était inhabituel, ophtalmologique dans le premier cas et cutané dans le deuxième cas. PMID:26175831

  10. La radiothérapie du cancer de l'endomètre: expérience de l'institut national d'oncologie à propos de 52 cas

    PubMed Central

    Mezouri, Imane; Berhili, Soufiane; Mouhajir, Nawal; Bellefqih, Sara; Elkacemi, Hanan; Kebdani, Tayeb; Benjaafar, Noureddine

    2016-01-01

    Le cancer de l'endomètre est le cancer gynécologique le plus fréquent en occident. Il concerne principalement les femmes ménopausées. L'objectif de notre travail est de rapporter l'expérience du service de radiothérapie à l'Institut National d'Oncologie (INO) dans la prise en charge du cancer de l'endomètre. Nous avons analysé rétrospectivement 52 cas de cancer de l'endomètre traités dans le service de radiothérapie de l'INO entre 2007 à 2009. Les données collectées à partir des dossiers médicaux de nos patientes concernaient les aspects épidémiologiques, cliniques, thérapeutiques et évolutifs de ce cancer. La médiane d’âge des patientes était de 57 ans, 87% étaient ménopausées. Le délai moyen de consultation était de six mois. Le maitre symptôme était des métrorragies chez 51 patientes. Le diagnostic histologique a été porté sur un curetage biopsique de l'endomètre dans 51% des cas. L'examen anatomopathologique a montré un adénocarcinome endométrioïde dans 92% des cas. Après le bilan, 27% des patientes étaient stade I, 30% stade II, 20% stade III et 1% stade IVA selon la classification de la Fédération Internationale de Gynécologie Obstétrique (FIGO). Après la chirurgie, 51% des patientes ont reçu une radiothérapie externe. La dose délivrée était de 46 Gray (Gy). Une curiethérapie du fond vaginal a été délivrée chez toutes les patientes. Sur le plan évolutif, 83% des patientes étaient toujours suivies en situation de bon contrôle de leur maladie, 8% ont eu une récidive locorégionale et 4% avaient des métastases à distance. Ainsi, le cancer de l'endomètre est un cancer dont le traitement repose sur la chirurgie. La radiothérapie est le traitement adjuvant principal. PMID:27279969

  11. Integrative Analysis of CRISPR/Cas9 Target Sites in the Human HBB Gene.

    PubMed

    Luo, Yumei; Zhu, Detu; Zhang, Zhizhuo; Chen, Yaoyong; Sun, Xiaofang

    2015-01-01

    Recently, the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) system has emerged as a powerful customizable artificial nuclease to facilitate precise genetic correction for tissue regeneration and isogenic disease modeling. However, previous studies reported substantial off-target activities of CRISPR system in human cells, and the enormous putative off-target sites are labor-intensive to be validated experimentally, thus motivating bioinformatics methods for rational design of CRISPR system and prediction of its potential off-target effects. Here, we describe an integrative analytical process to identify specific CRISPR target sites in the human β-globin gene (HBB) and predict their off-target effects. Our method includes off-target analysis in both coding and noncoding regions, which was neglected by previous studies. It was found that the CRISPR target sites in the introns have fewer off-target sites in the coding regions than those in the exons. Remarkably, target sites containing certain transcriptional factor motif have enriched binding sites of relevant transcriptional factor in their off-target sets. We also found that the intron sites have fewer SNPs, which leads to less variation of CRISPR efficiency in different individuals during clinical applications. Our studies provide a standard analytical procedure to select specific CRISPR targets for genetic correction.

  12. Traumatismes iatrogènes de l'artère fémorale secondaire à la pose du cathéter d'hémodialyse à propos de 4 cas

    PubMed Central

    Zaghloul, Rachid; Naouli, Hamza; Hamid, Jiber; Bouarhroum, Abdelatif

    2015-01-01

    Le recours aux cathéters veineux centraux (CVC) est incontournable en hémodialyse. Comparé aux autres abords vasculaires, il est pourtant associé à une morbidité et une mortalité plus élevées. Selon une étude menée par El Minshawy et coll, l'atteinte de l'artère fémorale représente 5% de ces complications. Nous en rapportons 4 cas ayant été pris en charge au sein du service de chirurgie vasculaire. L'objectif de ce travail est d’élucider les aspects cliniques, anatomopathologiques et les modalités thérapeutiques. PMID:26175820

  13. Diagnostics différentiels d'images d'hypofixations sur une scintigraphie du squelette: à propos d'un cas de leucémie aigue lymphoblastique

    PubMed Central

    Bahadi, Nisrine; Biyi, Abdelhamid; Oueriagli, Salah Nabih; Doudouh, Abderrahim

    2016-01-01

    Si les hyperfixations sont la traduction scintigraphique habituelle de nombreuses pathologies osseuses, les hypofixations sont un événement rare et suscitent souvent analyse minutieuse afin d’éviter des interprétations erronés. Nous rapportons ici l'observation d'un adolescent de 17 ans admis pour douleurs osseuses diffuses, une hypercalcémie et une thrombopénie. La scintigraphie du squelette a montré des foyers d'hypofixations. L’étude de la moelle osseuse a conclu au diagnostic de leucémie aigue lymphoblastique. A travers ce cas clinique, nous discutons les principaux diagnostics différentiels soulevés par de telles anomalies scintigraphiques. PMID:27642484

  14. Scalable and versatile genome editing using linear DNAs with microhomology to Cas9 Sites in Caenorhabditis elegans.

    PubMed

    Paix, Alexandre; Wang, Yuemeng; Smith, Harold E; Lee, Chih-Yung S; Calidas, Deepika; Lu, Tu; Smith, Jarrett; Schmidt, Helen; Krause, Michael W; Seydoux, Geraldine

    2014-12-01

    Homology-directed repair (HDR) of double-strand DNA breaks is a promising method for genome editing, but is thought to be less efficient than error-prone nonhomologous end joining in most cell types. We have investigated HDR of double-strand breaks induced by CRISPR-associated protein 9 (Cas9) in Caenorhabditis elegans. We find that HDR is very robust in the C. elegans germline. Linear repair templates with short (∼30-60 bases) homology arms support the integration of base and gene-sized edits with high efficiency, bypassing the need for selection. Based on these findings, we developed a systematic method to mutate, tag, or delete any gene in the C. elegans genome without the use of co-integrated markers or long homology arms. We generated 23 unique edits at 11 genes, including premature stops, whole-gene deletions, and protein fusions to antigenic peptides and GFP. Whole-genome sequencing of five edited strains revealed the presence of passenger variants, but no mutations at predicted off-target sites. The method is scalable for multi-gene editing projects and could be applied to other animals with an accessible germline.

  15. Ostéochondrome de fémur révélé par une lésion itérative du muscle vaste latéral: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Sonia, Jemni; Samia, Frioui; Sahbi, Elmtawa; Walid, Osman; Fayçal, Khachnaoui

    2015-01-01

    Nous rapportons le cas d'un jeune homme de 32 ans présentant un ostéochondrome de fémur droit révélé par une lésion itérative du vaste externe. Le patient consulte pour des épisodes récidivants de douleur de la cuisse droite avec impotence fonctionnelle, survenant lors d'une activité sportive et imposant son arrêt. L’échographie a montré une déchirure du vaste latéral, avec un hématome témoignant d'une lésion récente et présence de fragments osseux à proximité évoquant un arrachement osseux. Un bilan radiologique standard a montré une exostose pédiculaire à la partie supérieure de la diaphyse fémorale compliquée d'une fracture. La tomodensitométrie était en faveur d'une exostose fémorale antérieure dont les limites étaient régulières et bien corticalisées. La résection chirurgicale de la tumeur et l'examen anatomo-pathologique ont permis de confirmer le diagnostic d'un ostéochondrome. PMID:26309461

  16. Carcinome à cellule vitreuse du col de l'utérus: à propos d'un cas et revue de littérature

    PubMed Central

    Hakimi, Ihssane; Zazi, Abdelghani; Chahdi, Hafsa; Guelzim, Khalid; Kouach, Jaouad; Babahabib, Myabdellah; Elhassani, Myehdi; Rahali, Driss Moussaoui; Dehayni, Mohammed

    2015-01-01

    Le carcinome à cellule vitreuse du col de l'utérus est un type de histologique rare de cancer du col de l'utérus qui survient à un âge plus jeune, et s'associe au risque élevé d’échec thérapeutique et le pronostic est plus mauvais en comparaison au type cellulaire squameux. La radiothérapie est associée au risque diminué de récidive. Le but de cette étude est de récapituler à travers d'une observation et une revue de littérature les données sur l'incidence, le comportement clinique et la survie globale de patients avec le carcinome à cellule vitreuse du col de l'utérus. PMID:26664556

  17. Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan for Corrective Action Unit 484: Surface Debris, Waste Sites, and Burn Area, Tonopah Test Range, Nevada

    SciTech Connect

    Bechel Nevada

    2004-05-01

    This Streamlined Approach for Environmental Restoration plan details the activities necessary to close Corrective Action Unit (CAU) 484: Surface Debris, Waste Sites, and Burn Area (Tonopah Test Range). CAU 484 consists of sites located at the Tonopah Test Range, Nevada, and is currently listed in Appendix III of the Federal Facility Agreement and Consent Order. CAU 484 consists of the following six Corrective Action Sites: (1) CAS RG-52-007-TAML, Davis Gun Penetrator Test; (2) CAS TA-52-001-TANL, NEDS Detonation Area; (3) CAS TA-52-004-TAAL, Metal Particle Dispersion Test; (4) CAS TA-52-005-TAAL, Joint Test Assembly DU Sites; (5) CAS TA-52-006-TAPL, Depleted Uranium Site; and (6) CAS TA-54-001-TANL, Containment Tank and Steel Structure

  18. Communication interventriculaire ischémique: à propos d'un cas observé dans le service de cardiologie du CHU-Yalgado Ouedraogo de Ouagadougou (Burkina Faso)

    PubMed Central

    Yaméogo, Nobila Valentin; Ilboudo, Maurice; Seghda, Arthur; Kologo, Jonas; Millogo, Georges; Toguyéni, Boubakar Jean Yves; Samadoulougou, André; Zabsonré, Patrice

    2014-01-01

    La rupture myocardique est une complication rare mais souvent fatale de l'infarctus du myocarde aigu récent. Une patiente âgée de 72 ans, présentant une douleur thoracique typiquement angineuse évoluant depuis 34 jours, en insuffisance cardiaque globale était reçue pour une exploration cardio-vasculaire. L'examen physique retrouvait un souffle holosystolique endapexien d'intensité 3/6, irradiant en rayon de roue. La troponine T était élevée à quatre fois la normale et l'ECG objectivait une lésion sous épicardique en antéroseptoapical et une nécrose dans le même territoire. L’échodoppler cardiaque retrouvait un anévrisme septoapicolatéral avec une solution de continuité dans le segment apical du septum interventriculaire (CIV). Traitée par énoxaparine, antiagrégant plaquettaire, diurétique de l'anse, dérivés morphiniques et oxygène, la patiente présente au deuxième jour de son hospitalisation un collapsus cardio-vasculaire et décède dans un tableau de choc cardiogénique malgré l'administration des amines vasopressives à forte dose. La coronarographie n'a pu être réalisée. Ce cas illustre la gravité des complications mécaniques de l'infarctus du myocarde. L'absence de chirurgie cardiaque dans notre pays explique en grande partie l’évolution fatale de cette CIV ischémique. PMID:25922631

  19. Forme précoce du syndrome de Wilkie: complication rare de la chirurgie pour scoliose à propos d’un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Traore, Mamadou Mour; Leye, Pape Alassane; Bah, Mamadou Diawo; Kinkpe, Charles Valérie Alain; Ndiaye, Pape Ibrahima; Daffe, Mohamed; Toure, Alpha Omar; Kane, Oumar

    2016-01-01

    Le syndrome de la pince aorto-mésentérique est une complication rare pouvant survenir après une correction chirurgicale de scoliose. Les phénomènes de traction verticale de l’artère mésentérique et le rétrécissement de l’angle aorto-mésentérique lors de la correction sont à l’origine de ce syndrome par compression du troisième duodénum. Nous rapportons ici l’observation d’un cas précoce de syndrome de la pince aorto-mésentérique secondaire à une correction chirurgicale d’une scoliose idiopathique chez une fille. Une jeune fille opérée d’une arthrodèse vertébrale postérieure pour une scoliose idiopathique avait présenté au troisième jour postopératoire des vomissements incoercibles avec arrêt des matières et des gaz. Le scanner abdominal réalisé en urgence avait permis le diagnostic d’un syndrome de l’artère mésentérique supérieure. La prise en charge consistait à une mise au repos du tube digestif associé à une nutrition parentérale précoce et une correction des déséquilibres hydroélectrolytiques. Devant l’absence d’amélioration clinique, l’indication opératoire fut posée. L’évolution a été favorable avec des suites opératoires simples et une reprise alimentaire orale à quatrième jour, une sortie à domicile au septième jour postopératoire.Les facteurs favorisants sont les sujets jeunes, de morphotype longiligne avec un faible IMC inférieur à 18.Les signes scannographiques sont une dilatation gastrique importante avec un arrêt net au niveau de 3ème duodénum. La prise en charge est multidisciplinaire étant médicale d’abord et chirurgicale en cas d’échec. Une meilleure connaissance des facteurs prédictifs d’échec du traitement médical permettrait de réduire la durée de séjour hospitalier. PMID:28292053

  20. Volvulus du grêle sur mésentère commun incomplet - une redoutable complication rare chez l'adulte: à propos de 1 cas

    PubMed Central

    Coulibaly, Mahamadoun; Boukatta, Brahim; Derkaoui, Ali; Sbai, Hicham; Ousadden, Abdelmalek; Kanjaa, Nabil

    2015-01-01

    Le mésentère commun résulte d'une anomalie de rotation du tube digestif. Il est caractérisé par la persistance d'une disposition anatomique embryonnaire secondaire à une anomalie de rotation de l'anse ombilicale primitive, constituant ainsi un méso commun à toute l'anse intestinale et une racine du mésentère extrêmement courte. Cette insuffisance de rotation est le plus souvent associée à un défaut d'accolement. Ces anomalies de rotation intestinale peuvent aboutir à des complications redoutables parfois mortelles, qui surviennent généralement au cours de la période néonatale où à l’âge pédiatrique. On estime que la prévalence de ces malformations congénitales à l’âge adulte est de l'ordre de 0,2% à 0,5% âge auquel elles demeurent très souvent asymptomatiques et donc non diagnostiquées. Le diagnostic de volvulus total du grêle peut se faire dans des circonstances très variées: en urgence devant un tableau d'occlusion intestinale aiguë, voire un état de choc pouvant conduire au décès, devant un tableau de douleurs abdominales répétées plus ou moins associées à des troubles du transit. Nous rapportons l'observation d'un patient de 18 ans admis pour volvulus total du grêle sur mésentère commun incomplet chez qui l’évolution était favorable. PMID:26113900

  1. Profil de l'hémogramme chez les enfants paludéens de 0 à 5 ans sous quinine, cas de la République Démocratique du Congo

    PubMed Central

    Kabamba, Arsène Tshikongo; Lukumwena, Zet Kalala; Longanga, Albert Otshudi

    2014-01-01

    Le paludisme constitue un des problèmes de santé publique majeur en République Démocratique du Congo (RDC) à cause d'une part des risques d’épidémies dans certaines zones du pays et d'autre part à cause du nombre des malades et des décès qu'il provoque. Cette étude expose les aspects hématologiques liés à la prise de la quinine au cours du paludisme grave chez l'enfant. Pour ce faire, les prises de sang ont été effectuées à deux groupes d'enfants, dans différents centres hospitaliers de Lubumbashi: le premier groupe est constitué d'enfants gravement impaludés et sous traitement à la quinine; tandis que le second groupe, composé d'enfants impaludés aussi mais sans traitement à la quinine et sert de groupe témoin. Ces prélèvements ont été analysés pour une exploration de l'hémogramme par un dosage sérique des paramètres hématologiques ci-après: les globules rouges, l'hémoglobine, l'hématocrite et le volume globulaire moyen. Les résultats obtenus montrent une différence statistiquement significative entre les deux groupes d'enfants examinés. En effet, dans la majorité des cas, une augmentation des taux plasmatiques des paramètres hématologiques analysés a été observée dans le groupe d'enfants impaludés sous traitement à la quinine, traduisant ainsi l'apport de la quinine sur la stabilisation de l'hémogramme au cours d'un paludisme grave chez l'enfant de moins de cinq ans. PMID:25722768

  2. Fréquence, implication clinique et valeur pronostique de la lymphopénie au cours du lupus érythémateux systémique: étude cas témoin

    PubMed Central

    Ha-ou-nou, Fatima Zahra; Essaadouni, Lamiaa

    2015-01-01

    Le lupus érythémateux systémique (LES) est une maladie auto-immune dotée d'un grand polymorphisme clinique et caractérisée par la production d'une grande variété d'autoanticorps. Sa définition repose sur les critères de l'ACR dont fait partie la lymphopénie. Afin de déterminer s'il existe une corrélation entre la présence de la lymphopénie d'une part et les manifestations cliniques, immunologiques et l'activité du lupus érythémateux systémique d'autre part, nous avons réalisé une étude rétrospective, comparative portant sur 148 cas de LES colligés dans un service de médecine interne entre 2006 et 2012. Ces patients ont été subdivisés en 2 groupes: Groupe 1 avec lymphopénie (taux de lymphocytes < 1500/mm3) et groupe 2 sans lymphopénie (taux de lymphocytes ≥ 1500/mm3). Les 2 groupes ont été comparés en fonction de la présentation clinique et immunologique et l'activité de la maladie mesurée par le SLEDAI (Systemic Lupus Erythematosus Disease Activity Index). L’âge moyen des patients (134 femmes et 14 hommes) était de 35,64 ans. L'atteinte hématologique était présente dans 81,1% des cas avec une lymphopénie dans 69,2% des cas. Une association statistiquement significative était notée entre la lymphopénie et l'atteinte rénale (p = 0,025), l'atteinte cardiaque (p = 0,004), l'anémie hémolytique (p = 0,020), la présence d'anticorps anti DNA (p = 0,046), le traitement par cyclophosphamide (p = 0.035) et l'activité de la maladie (p < 0,01). En revanche il n'y avait pas de corrélation entre la présence de lymphopénie et les atteintes cutanées, articulaires et neuropsychiatriques. La lymphopénie est une manifestation fréquente du lupus systémique. Notre étude a démontré que sa présence est associée à plusieurs manifestations cliniques graves dont les atteintes cardiaque et rénale. Ceci pourrait faire d'elle un outil utile dans l’évaluation du pronostic de la maladie. PMID:26401197

  3. Pathologie cutanée du sujet âgé en dermatologie à Lomé, Togo: étude de 325 cas

    PubMed Central

    Kombaté, Koussake; Saka, Bayaki; Mouhari-Toure, Abas; Barruet, Raymond Kossi; Gnassingbé, Waguena; Akakpo, Séfako; Maboudou, Akouavi; Landoh, Dadja Essoya; Tchangaï-Walla, Kissem; Pitché, Palokinam

    2014-01-01

    Introduction Les pathologies cutanées du sujet âgé ont des manifestations cliniques qui diffèrent de celles du sujet jeune. Le but de cette étude était de déterminer les pathologies cutanées motivant une consultation du sujet âgé en dermatologie à Lomé (Togo). Méthodes Il s'agissait d'une étude transversale descriptive portant sur les nouveaux diagnostics d'affections cutanées colligés entre le 1er janvier 2010 et le 31 décembre 2011 chez les sujets âgés de 65 ans et plus en dermatologie à Lomé. Résultats Durant la période d’étude, 325 patients âgés de 65 ans et plus (2,4%) ont été examinés sur l'ensemble des 13440 patients ayant consulté en dermatologie. Ces 325 patients ont consulté pour 375 nouveaux diagnostics. L’âge moyen des patients était de 72,8 et le sex-ratio (H/F) de 0,8. Les mycoses représentaient le principal motif de consultation (18,7%), suivies par l'eczéma (17,9%), le prurit (13,1%), les tumeurs (9,0%) dont 76,5% de tumeurs bénignes et les troubles de la kératinisation (5,1%). Les ulcères de jambe étaient observés chez 2,1% des patients. Les mycoses étaient essentiellement représentées par les intertrigos (52,9%) et les dermatophyties de la peau glabre (25,7%). La maladie de Kaposi et les chéloïdes représentaient respectivement les tumeurs malignes et bénignes les plus fréquentes. Conclusion Cette étude montre une fréquence élevée des mycoses, de l'eczéma et du prurit chez les sujets âgés à Lomé. La fréquence élevée des mycoses pourrait s'expliquer par les conditions climatiques (chaleur, humidité) et celle du prurit par le vieillissement de la peau. PMID:25419289

  4. Ectopia cordis thoracique sporadique: description clinique d'un cas

    PubMed Central

    Lubala, Toni Kasole; Mutombo, Augustin Mulangu; Katamea, Tina; Lubala, Nina; Munkana, Arthur Ndundula; Kabuya, Maguy Sangaji; Monga, Joséphine Kalenga; Luboya, Oscar Numbi

    2012-01-01

    Nous décrivons un cas d'ectopia cordis, une malformation cardiaque congénitale extrêmement rare dans laquelle le coeur est partiellement ou complètement situé en dehors des limites de la cage thoracique. Dans le cas que nous décrivons, elle est thoracique et isolée. Ce cas a été diagnostiqué en salle de naissance au Katanga, au sud de la République Démocratique du Congo. Il s'agit du premier cas documenté chez un nouveau-né Congolais. PMID:23346276

  5. A genomic island in Vibrio cholerae with VPI-1 site-specific recombination characteristics contains CRISPR-Cas and type VI secretion modules

    PubMed Central

    Labbate, Maurizio; Orata, Fabini D.; Petty, Nicola K.; Jayatilleke, Nathasha D.; King, William L.; Kirchberger, Paul C.; Allen, Chris; Mann, Gulay; Mutreja, Ankur; Thomson, Nicholas R.; Boucher, Yan; Charles, Ian G.

    2016-01-01

    Cholera is a devastating diarrhoeal disease caused by certain strains of serogroup O1/O139 Vibrio cholerae. Mobile genetic elements such as genomic islands (GIs) have been pivotal in the evolution of O1/O139 V. cholerae. Perhaps the most important GI involved in cholera disease is the V. cholerae pathogenicity island 1 (VPI-1). This GI contains the toxin-coregulated pilus (TCP) gene cluster that is necessary for colonization of the human intestine as well as being the receptor for infection by the cholera-toxin bearing CTX phage. In this study, we report a GI (designated GIVchS12) from a non-O1/O139 strain of V. cholerae that is present in the same chromosomal location as VPI-1, contains an integrase gene with 94% nucleotide and 100% protein identity to the VPI-1 integrase, and attachment (att) sites 100% identical to those found in VPI-1. However, instead of TCP and the other accessory genes present in VPI-1, GIVchS12 contains a CRISPR-Cas element and a type VI secretion system (T6SS). GIs similar to GIVchS12 were identified in other V. cholerae genomes, also containing CRISPR-Cas elements and/or T6SS’s. This study highlights the diversity of GIs circulating in natural V. cholerae populations and identifies GIs with VPI-1 recombination characteristics as a propagator of CRISPR-Cas and T6SS modules. PMID:27845364

  6. Quantification des besoins en intrants antipaludiques: contribution à l'actualisation des hypothèses pour la quantification des intrants de prise en charge des cas de paludisme grave en République Démocratique du Congo

    PubMed Central

    Likwela, Joris Losimba; Otokoye, John Otshudiema

    2015-01-01

    Les formes graves de paludisme à Plasmodium falciparum sont une cause majeure de décès des enfants de moins de 5 ans en Afrique Sub-saharienne. Un traitement rapide dépend de la disponibilité de médicaments appropriés au niveau des points de prestation de service. La fréquence des ruptures de stock des commodités antipaludiques, en particuliers celles utilisées pour le paludisme grave, avait nécessité une mise à jour des hypothèses de quantification. Les données issues de la collecte de routine du PNLP de 2007 à 2012 ont été comparées à celles rapportés par d'autres pays africains et utilisées pour orienter les discussions au cours d'un atelier organisé par le PNLP et ses partenaires techniques et financiers afin de dégager un consensus national. La proportion des cas de paludisme rapportés comme grave en RDC est resté autour d'une médiane de 7% avec un domaine de variation de 6 à 9%. Hormis la proportion rapportée au Kenya (2%), les pays africains ont rapporté une proportion de cas grave variant entre 5 et 7%. Il apparaît que la proportion de 1% précédemment utilisée pour la quantification en RDC a été sous-estimée dans le contexte de la gestion des cas graves sur terrain. Un consensus s'est dégagé autour de la proportion de 5% étant entendu que des efforts de renforcement des capacités seraient déployés afin d'améliorer le diagnostic au niveau des points de prestation des services. PMID:26213595

  7. Tumeur brune du maxillaire révélatrice d'hyperparathyroidie primaire: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Malika, Fassih; Taali, Loubna; Akssim, Mohamed; Reda, Abada; Rouadi, Sami; Mahtar, Mohamed; Roubal, Mohamed; Essaadi, Mustapha; Kadiri, Mohamed Fatmi El

    2013-01-01

    Les tumeurs brunes sont des lésions ostéolytiques rarement révélatrices des hyperparathyroïdies. Elles surviennent habituellement au stade terminal de l'hyperparathyroïdie primaire ou secondaire. Durant les 3 dernières décennies, le diagnostic des hyperparathyroïdies est le plus souvent fait à la phase asymptomatique grâce aux dosages systématiques du calcium et l'avènement des nouvelles techniques, de dosage de la parathormone. Nous rapportons l'observation d'une patiente avec hyperparathyroïdie primaire révélée par une tumeur du maxillaire, dont la TDM avait mis en évidence un processus ostéolytique agressif. L'intervention chirurgicale a consisté en une maxillectomie droite avec reconstruction. Le résultat anatomo-pathologique a conclu en une tumeur à cellule géantes bénigne du maxillaire. Le diagnostic de tumeur brune a été évoqué et confirmé après la réalisation d'un bilan phosphocalcique qui a mis en évidence une hypercalcémie, avec une hypophosphorémie. La recherche étiologique a objectivé à la TDM cervicale un processus en situation rétro et infra thyroïdienne droite en faveur d'un adénome parathyroïdien. Le dosage de la parathormone: 322 pmol/L a confirmé le diagnostic. Nous rappelons à travers cette observation la difficulté d’établir un diagnostic correct chez les patients avec un processus ostéolytique du maxillaire et la nécessité de rechercher une hyperparathyroïdie devant une lésion à cellules géantes vue le caractère insidieux de cette endocrinopathie. PMID:23503933

  8. Nucleosomes Inhibit Cas9 Endonuclease Activity in Vitro.

    PubMed

    Hinz, John M; Laughery, Marian F; Wyrick, John J

    2015-12-08

    During Cas9 genome editing in eukaryotic cells, the bacterial Cas9 enzyme cleaves DNA targets within chromatin. To understand how chromatin affects Cas9 targeting, we characterized Cas9 activity on nucleosome substrates in vitro. We find that Cas9 endonuclease activity is strongly inhibited when its target site is located within the nucleosome core. In contrast, the nucleosome structure does not affect Cas9 activity at a target site within the adjacent linker DNA. Analysis of target sites that partially overlap with the nucleosome edge indicates that the accessibility of the protospacer-adjacent motif (PAM) is the critical determinant of Cas9 activity on a nucleosome.

  9. Visage sacro-iliaque percutané pour fracture instable du bassin de type C 1-2: à propos d'un cas au CHU de Yaoundé

    PubMed Central

    Guifo, Marc Leroy; Farikou, Ibrahima; Pisoh, Christopher Tagnyin; Ndoumbé, Aurélien; Emaleu, Serge Blaise; Takongmo, Samuel

    2014-01-01

    Les ruptures instables de l'anneau pelvien nécessitent une prise en charge chirurgicale. Elles ont traditionnellement été traitées par des ostéosynthèses à foyer ouvert ou par une prise en charge non opératoire lorsque les compétences n’étaient pas disponibles. Il en découlait des séquelles douloureuses et gênantes pour les patients. En 1993 Routt et coll ont rapporté la technique du vissage sacro-iliaque percutané basée sur l'utilisation de la fluoroscopie. Cette technique a été adoptée dans les pays avancés, mais aucune publication ou utilisation n'a été faite à notre connaissance dans notre milieu. Nous rapportons ici un cas réalisé au CHU de Yaoundé et discutons des considérations médicales et techniques qui en découlent. PMID:25883720

  10. Characterization of CRISPR-Cas system in clinical Staphylococcus epidermidis strains revealed its potential association with bacterial infection sites.

    PubMed

    Li, Qiuchun; Xie, Xiaolei; Yin, Kequan; Tang, Yueyuan; Zhou, Xiaohui; Chen, Yun; Xia, Jie; Hu, Yachen; Ingmer, Hanne; Li, Yang; Jiao, Xinan

    2016-12-01

    Staphylococcus epidermidis is considered as a major cause of nosocomial infections, bringing an immense burden to healthcare systems. Virulent phages have been confirmed to be efficient in combating the pathogen, but the prensence of CRISPR-Cas system, which is a bacterial immune system eliminating phages was reported in few S. epidermidis strains. In this study, the CRISPR-Cas system was detected in 12 from almost 300 published genomes in GenBank and by PCR of cas6 gene in 18 strains out of 130 clinical isolates obtained in Copenhagen. Four strains isolated in 1965-1966 harboured CRISPR elements confirming that this immunity system was not recently acquired by S. epidermidis. In these CRISPR-positive strains, 44 and 12 spacers were found to belong to CRISPR1 and CRISPR2 elements, respectively. However, only 15 spacers displayed homology to reported phages and plasmids DNA. Interestingly, 5 different spacers located in the CRISPR1 locus with homolgy to virulent phage 6ec DNA sequences, and 19 strains each carrying 2 or 3 different spacers recognizing this phage, implied that the CRISPR-Cas immunity could be abrogated by nucleotide mismatch between the spacer and its target phage sequence, while new spacers obtained from the evolved phage could recover the CRISPR interference. In addition, phylogenetic analysis of the 29 CRISPR-positive isolates divided them into four lineages, with 81% human blood isolates as a distinct sub-lineage, suggesting that the CRISPR difference is closely related to diverse habitats. Knowledge of CRISPR and its prevalence may ultimately be applied in the understanding of origin and evolution of CRISPR-positive S. epidermidis strains.

  11. Diagnostic et traitement de la Maladie du charbon à localisation palpébrale: à propos d'un cas et revue de littérature

    PubMed Central

    Hafidi, Zouheir; Handor, Hanan; Laghmari, Mina; Handor, Najat; Cherkaoui, Lalla Ouafae; Tachfouti, Samira; Seffar, Myriame; Daoudi, Rajae

    2013-01-01

    L′anthrax est une zoonose causée par le Bacillus anthracis. les humains contractent généralement cette maladie dans des régions endémiques, par contact direct avec des animaux infectés ou avec leurs produits contaminés. Les localisations palpébrales sont rares dans la pratique clinique et posent des problèmes de diagnostic différentiel. Les auteurs rapportent l'observation d'un patient admis dans un tableau de cellulite préseptale, avec escarre noirâtre étendue de la paupière supérieure et œdème extensif de l′hémiface, faisant suspecter une localisation palpébrale de la maladie du charbon. L'examen bactériologique a permis de confirmer le diagnostic. Le patient a bénéficié d′une antibiothérapie à base de pénicilline G avec une bonne évolution. PMID:24171070

  12. Analyse des facteurs histo-pronostiques du cancer du rectum non métastatique dans une série ouest Algérienne de 58 cas au CHU-Tlemcen

    PubMed Central

    Mesli, Smain Nabil; Regagba, Derbali; Tidjane, Anisse; Benkalfat, Mokhtar; Abi-Ayad, Chakib

    2016-01-01

    Introduction L'objectif de notre travail est d'analyser les facteurs histo-pronostiques des cancers du rectum non métastatique opérés au service de chirurgie «A» de Tlemcen à ouest Algérien durant une période de six ans. Méthodes Etude rétrospective de 58 patients qui avait un adénocarcinome rectal. Le critère de jugement était la survie. Les paramètres étudiés, le sexe, l’âge, stade tumoral, et les récidives tumorales. Résultats L’âge moyen était de 58 ans. Avec 52% d'hommes contre 48% femmes avec sex-ratio (1,08). Le siège tumoral était: moyen rectum avec 41,37%, 34,48% au bas rectum et dans 24,13% au haut rectum. La classification TNM avec 17,65% au stade I, 18,61% au stade II, 53, 44% au stade III et 7,84% au stade IV. La survie médiane globale était de 40 mois ±2,937 mois. La survie en fonction du stade tumoral, le stade III et IV avait un faible taux de survie (19%) a 3 ans contre le stade I, II avait un taux de survie de (75%) (P = 0,000) (IC 95%). Les patients avec récidives tumorales avaient un taux de survie faible à 3 ans par rapport à ceux n'ayant pas eu de récidive (30,85% Vs 64,30% P = 0,043). Conclusion Dans cette série, l’étude uni varié des différents facteurs pronostiques conditionnant la survie n'a permis de retenir que trois facteurs influençant la survie, à savoir la taille tumorale, le stade, et les récidives tumorales. En analyse multi variée en utilisant le modèle Cox un seul facteur été retenu la récidive tumorale. PMID:27583069

  13. CRISPR/Cas9-Mediated Insertion of loxP Sites in the Mouse Dock7 Gene Provides an Effective Alternative to Use of Targeted Embryonic Stem Cells

    PubMed Central

    Bishop, Kathleen A.; Harrington, Anne; Kouranova, Evguenia; Weinstein, Edward J.; Rosen, Clifford J.; Cui, Xiaoxia; Liaw, Lucy

    2016-01-01

    Targeted gene mutation in the mouse is a primary strategy to understand gene function and relation to phenotype. The Knockout Mouse Project (KOMP) had an initial goal to develop a public resource of mouse embryonic stem (ES) cell clones that carry null mutations in all genes. Indeed, many useful novel mouse models have been generated from publically accessible targeted mouse ES cell lines. However, there are limitations, including incorrect targeting or cassette structure, and difficulties with germline transmission of the allele from chimeric mice. In our experience, using a small sample of targeted ES cell clones, we were successful ∼50% of the time in generating germline transmission of a correctly targeted allele. With the advent of CRISPR/Cas9 as a mouse genome modification tool, we assessed the efficiency of creating a conditional targeted allele in one gene, dedicator of cytokinesis 7 (Dock7), for which we were unsuccessful in generating a null allele using a KOMP targeted ES cell clone. The strategy was to insert loxP sites to flank either exons 3 and 4, or exons 3 through 7. By coinjecting Cas9 mRNA, validated sgRNAs, and oligonucleotide donors into fertilized eggs from C57BL/6J mice, we obtained a variety of alleles, including mice homozygous for the null alleles mediated by nonhomologous end joining, alleles with one of the two desired loxP sites, and correctly targeted alleles with both loxP sites. We also found frequent mutations in the inserted loxP sequence, which is partly attributable to the heterogeneity in the original oligonucleotide preparation. PMID:27175020

  14. Cultural Resources Mitigation Along Ditch 19, Site 23DU227, Dunklin County, Missouri

    DTIC Science & Technology

    1984-06-01

    methodology has been divided into three stages. Stage I provides for a refined definition of the site and determination of the site’s existence beneath the...and Datum Rod C, labeled " oIl ", was placed at 358.660, 129.8 m from this marker. All datum rods are indicated on the site map. All boundary marks...define and refine the existing site information including site vertical and horizontal boundaries. No distinct component beyond a mixed cultural

  15. Expanding CRISPR/Cas9 Genome Editing Capacity in Zebrafish Using SaCas9

    PubMed Central

    Feng, Yan; Chen, Cheng; Han, Yuxiang; Chen, Zelin; Lu, Xiaochan; Liang, Fang; Li, Song; Qin, Wei; Lin, Shuo

    2016-01-01

    The type II CRISPR/Cas9 system has been used widely for genome editing in zebrafish. However, the requirement for the 5′-NGG-3′ protospacer-adjacent motif (PAM) of Cas9 from Streptococcus pyogenes (SpCas9) limits its targeting sequences. Here, we report that a Cas9 ortholog from Staphylococcus aureus (SaCas9), and its KKH variant, successfully induced targeted mutagenesis with high frequency in zebrafish. Confirming previous findings, the SpCas9 variant, VQR, can also induce targeted mutations in zebrafish. Bioinformatics analysis of these new Cas targets suggests that the number of available target sites in the zebrafish genome can be greatly expanded. Collectively, the expanded target repertoire of Cas9 in zebrafish should further facilitate the utility of this organism for genetic studies of vertebrate biology. PMID:27317783

  16. Cliff stability assessment using electrical resistivity tomography at the historic WWII D-Day invasion site, Pointe du Hoc, France

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Everett, M. E.; Udphuay, S.; Warden, R.

    2007-05-01

    The 1944 D-Day invasion site at Pointe du Hoc, Normandy, France is an important WWII battlefield and cultural resource but is at risk from chalk cliff collapse. The American Battle Monuments Commission tasked us to evaluate the geohazard to the observation post and other cliff-side buildings of historical significance. Geophysical multi-electrode resistivity profiling is used to study cliff stability and the condition of the observation- post foundations. Preliminary 2-D geological interpretations are provided of individual profiles. The copious steel, concrete and void spaces at the site renders hydrogeological interpretation challenging but tractable. The cliff face appears to be relatively intact and well-drained. Several routes taken by groundwater into fractures within the chalk were identified mainly on the western side of the site. The eastern side is drier and somewhat sheltered from the Atlantic storms but may contain large void spaces that could efficiently transmit groundwater flow during heavy precipitation events, thereby imperiling the major antiaircraft gun emplacement occupied by Col. Rudder in the early days of the Allied invasion. The forward German observation post perched close to the sea stack, which now hosts the U.S. Ranger memorial, may be moving with the soil and not securely anchored to bedrock. A complex failure mechanism is identified as a combination of groundwater dissolution of the fractured chalk and sea wave attack at the cliff base.

  17. Poumon du puisatier

    PubMed Central

    Elidrissi, Amal Moustarhfir; Zaghba, Nahid; Benjelloun, Hanane; Yassine, Najiba

    2016-01-01

    Le puisatier a pour profession le creusement et l'entretien des puits pour fournir de l'eau. Il est au contact de divers minerais, particulièrement la silice, particule qui présente un risque certain de développement des maladies pulmonaires connues sous le nom de silicose. Le but de notre travail est de préciser le profil épidémiologique, clinique, radiologique et évolutif des patients puisatiers silicotiques. C'est une étude rétrospective concernant 54 cas de puisatiers ayant une silicose, colligés au service des maladies respiratoires du CHU Ibn Rochd de Casablanca, de Mars 1997 à Janvier 2016. Tous les malades étaient des puisatiers, de sexe masculin, avec une moyenne d'âge de 50 ans. Le tabagisme était retrouvé dans 36 cas et un antécédent de tuberculose était noté dans huit cas. La radiographie thoracique retrouvait des grandes opacités dans 39 cas, des petites opacités dans 15 cas, et un épaississement des septats dans 11 cas. Ce tableau de silicose s'était compliqué d'une surinfection bactérienne dans 37% des cas, d' un pneumothorax dans 4% des cas et d'une tuberculose dans 20% des cas. La prise en charge thérapeutique était celle des complications. La déclaration de la maladie professionnelle et de l'indemnisation était faite. L'évolution était bonne dans 12 cas, stationnaire dans 17 cas et mauvaise dans 16 cas. La silicose est une pneumoconiose fréquente chez les puisatiers. Elle retentit sur la fonction respiratoire. Nous soulignons l'association fréquente de tuberculose et nous insistons sur la prévention qui reste le meilleur traitement. PMID:28292119

  18. Functional assessment of CTCF sites at cytokine-sensing mammary enhancers using CRISPR/Cas9 gene editing in mice.

    PubMed

    Lee, Hye Kyung; Willi, Michaela; Wang, Chaochen; Yang, Chul Min; Smith, Harold E; Liu, Chengyu; Hennighausen, Lothar

    2017-03-16

    The zinc finger protein CTCF has been invoked in establishing boundaries between genes, thereby controlling spatial and temporal enhancer activities. However, there is limited genetic evidence to support the concept that these boundaries restrict the search space of enhancers. We have addressed this question in the casein locus containing five mammary and two non-mammary genes under the control of at least seven putative enhancers. We have identified two CTCF binding sites flanking the locus and two associated with a super-enhancer. Individual deletion of these sites from the mouse genome did not alter expression of any of the genes. However, deletion of the border CTCF site separating the Csn1s1 mammary enhancer from neighboring genes resulted in the activation of Sult1d1 at a distance of more than 95 kb but not the more proximal and silent Sult1e1 gene. Loss of this CTCF site led to de novo interactions between the Sult1d1 promoter and several enhancers in the casein locus. Our study demonstrates that only one out of the four CTCF sites in the casein locus had a measurable in vivo activity. Studies on additional loci are needed to determine the biological role of CTCF sites associated with enhancers.

  19. CasA mediates Cas3-catalyzed target degradation during CRISPR RNA-guided interference.

    PubMed

    Hochstrasser, Megan L; Taylor, David W; Bhat, Prashant; Guegler, Chantal K; Sternberg, Samuel H; Nogales, Eva; Doudna, Jennifer A

    2014-05-06

    In bacteria, the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated (Cas) DNA-targeting complex Cascade (CRISPR-associated complex for antiviral defense) uses CRISPR RNA (crRNA) guides to bind complementary DNA targets at sites adjacent to a trinucleotide signature sequence called the protospacer adjacent motif (PAM). The Cascade complex then recruits Cas3, a nuclease-helicase that catalyzes unwinding and cleavage of foreign double-stranded DNA (dsDNA) bearing a sequence matching that of the crRNA. Cascade comprises the CasA-E proteins and one crRNA, forming a structure that binds and unwinds dsDNA to form an R loop in which the target strand of the DNA base pairs with the 32-nt RNA guide sequence. Single-particle electron microscopy reconstructions of dsDNA-bound Cascade with and without Cas3 reveal that Cascade positions the PAM-proximal end of the DNA duplex at the CasA subunit and near the site of Cas3 association. The finding that the DNA target and Cas3 colocalize with CasA implicates this subunit in a key target-validation step during DNA interference. We show biochemically that base pairing of the PAM region is unnecessary for target binding but critical for Cas3-mediated degradation. In addition, the L1 loop of CasA, previously implicated in PAM recognition, is essential for Cas3 activation following target binding by Cascade. Together, these data show that the CasA subunit of Cascade functions as an essential partner of Cas3 by recognizing DNA target sites and positioning Cas3 adjacent to the PAM to ensure cleavage.

  20. Méningiome intracrânien multiple: expérience du service de neurochirurgie CHU Avicenne Rabat - Salé, à propos de 4 cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Djoubairou, Ben Ousmanou; Karekezi, Claire; Moussé, Nabil; Doleagbenou, Agbéko Komlan; Gana, Rachid; El Abbadi, Najia; El Maaqili, Moulay Rachid

    2014-01-01

    Les méningiomes intracrâniennes multiples sont définies comme la présence d'au moins deux méningiomes sur des sites intracrâniens différents et ceci en absence de neurofibromatose. C'est une tumeur rare dont la prévalence varie entre 1-10%. Le but de notre travail était de décrire les caractéristiques cliniques, radiologiques, histologiques d'une série de 4 patients porteurs de méningiome multiple et en déduire les facteurs de risques de survenue de cette pathologie. Préciser la qualité d'exérèse chirurgicale de la lésion selon la classification de Simpson. Rapporter les suites postopératoires ainsi que le suivie à long termes des patients afin de préciser leur qualité de vie. Il s'agit d'une étude rétrospective portant sur 4 cas de Méningiomes intracrâniens multiples sur 174 patients opérés pour méningiome au CHU Avicenne entre Janvier 2000 à Décembre 2013. En s'aidant des données cliniques, imageries, chirurgicales, histologiques mentionnée dans le dossier médical de chaque patient. Notre série est constitué de 4 patients (3 femmes pour 1 homme), d'un âge allant de 42-50 ans (moyenne d’âge= 45,5 ans). Nous avons identifié 21 méningiomes (17 en sus tentoriel et 4 en sous tentoriel), aucun cas de décès ni d'infection postopératoire dans notre échantillon. Le pronostic reste bon malgré le nombre de lésion nécessitant parfois plusieurs interventions chirurgicales. PMID:25419331

  1. Geophysical investigation of the June 6, 1944 D-Day invasion site at Pointe du Hoc, Normandy, France

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Everett, M. E.; Pierce, C. J.; Warden, R. R.; Burt, R. A.

    2005-05-01

    A near-surface geophysical survey at the D-Day invasion site atop the cliffs at Pointe du Hoc, Normandy, France was carried out using ground-penetrating radar, electromagnetic induction, and magnetic gradiometry equipment. The subsurface targets of investigation are predominantly buried concrete and steel structures and earthworks associated with the German coastal fortifications at this stronpoint of Hitler's Atlantic Wall. The targets are readily detectable embedded within the vadose zone of a weakly magnetic, electrically resistive loess soil cover. The radar and electromagnetic induction responses lend themselves to plan-view imaging of the subsurface, while the magnetics data reveal the presence of buried magnetic bodies in a more subtle fashion. Several intriguing geophysical signatures were discovered, including what may be the buried remains of a railway turntable, ordnance fragments in the bomb craters, a buried steel-reinforced concrete trench, and a linear chain of machine gun firing positins. Geophysical prospecting is shown to be a very powerful tool for historical battlefield characterization.

  2. Un carcinome épidermoïde du col utérin récidivant sous forme d'une métastase pulmonaire isolée: à propos d'un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Kanab, Rajae; El M'rabet, Fazoumed; Ameuraoui, Taoufiq; Sidibé, Fatoumata; Tizniti, Siham; Amarti, Afaf; Arifi, Samia; Mellas, Nawfal

    2015-01-01

    Les métastases pulmonaires du carcinome épidermoïde (CE) du col utérin sont rares. C'est un cancer à évolution locorégionale, rarement extra pelvienne, et qui est intimement lié à l'infection par HPV (humain papilloma virus). Nous rapportons un nouveau cas d'une patiente âgée de 40 ans, traitée pour CE du col utérin il y a 3 ans, traitées par RTH externe, curiethérapie et chirurgie et qui présente une récidive de sa maladie sous forme d'une masse pulmonaire isolée mimant un primitif pulmonaire. Le diagnostic a été posé par génotypage HPV sur le prélèvement biopsique de la masse pulmonaire. La patiente a été mise sous chimiothérapie type col utérin, avec une bonne réponse clinique et biologique. PMID:27022429

  3. Kyste hydatique du pancréas révélé par une pancréatite aigüe: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Mohamed, Hedfi; Azza, Sridi; Chrif, Abdelhedi; Karim, Sassi; Adnen, Chouchen

    2015-01-01

    La localisation pancréatique du kyste hydatique est exceptionnelle, même dans les pays où la maladie hydatique sévit à l’état endémique. Nous rapportons une observation de kyste hydatique du pancréas révélée par une pancréatite aigue. Le diagnostic était porté sur les données du scanner abdominal qui objectivait une masse kystique de la queue du pancréas adhérente au hile splénique. Le traitement chirurgical avait consisté en une splénopancréatectomie gauche. A travers cette observation et une revue de la littérature, nous discutons les difficultés diagnostiques et thérapeutiques de cette localisation rare du kyste hydatique. PMID:26893800

  4. The Aiguille du Midi (Mont Blanc massif): a unique high-Alpine site to study bedrock permafrost

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Deline, P.; Coviello, V.; Cremonese, E.; Gruber, S.; Krautblatter, M.; Malet, S. Jaillet (1), E.; Morra di Cella, U.; Noetzli, J.; Pogliotti, P.; Verleysdonk, S.

    2009-04-01

    Permafrost and its change in steep high-Alpine rock walls remain insufficiently understood because of the difficulties of in situ measurements. A large proportion of permafrost studies is mainly based on modelling, with a few existing instrumented sites and a resulting lack of process understanding. Yet, a number of rockfalls that occurred in the last decade in the Alps are likely related to climatically-driven permafrost degradation, as indicated by ice in starting zones, increased air temperature, and modelling studies. Starting off in the framework of the French-Italian PERMAdataROC project and presently under development within the EU co-funded project PermaNET (Permafrost long-term monitoring network: www.permanet-alpinespace.eu), our investigations at the Aiguille du Midi begin in 2005. The summit (3842 m a.s.l) is accessible from Chamonix by a cable car which was built at the end of the 1950s. Half a million tourists visit the site each year. Because of its elevation, geometry, and year-round accessibility to rock slopes of diverse aspects and to galleries, the site was chosen for: - Monitoring of the thermal regime in steep rock walls. Thermistors were installed at depths of 2, 10, 30 and 55 cm, at all aspects and with slope angles in the range 60-90° (determining e.g. the presence and influence of snow). - Measurements of high altitude climatic data (air temperature and humidity, incoming and outgoing solar radiation, wind speed and direction) perpendicular to the rockwall surface, by movable automatic weather stations. Together with the rock temperature measurements, these data (see Morra et al., poster in session CR4.1) can be used for physically-based model validation (see Pogliotti et al., oral presentation in session CR4.1) or statistical models construction of rock temperature distribution and variability in the rock walls. - Making a 3D-high-resolution DEM by long-range (rock walls) and short-range (galleries) terrestrial laser scanning

  5. La place du clou Telegraph court dans le traitement des fractures de l'extrémité supérieure de l'humérus: à propos de 19 cas

    PubMed Central

    karabila, Mohamed Amine; Hmouri, Ismail; Mhamdi, Younes; Azouz, Mohamed; Madani, Tarik; Kharmaz, Mohamed; Ouadaghiri, Mohamed; Lamrani, Moulay Omar; Bardouni, Ahmed; Lahlou, Abdou; Mahfoud, Mustapha; Berrada, Mohamed Saleh; Montbarbon, Éric; Beaudouin, Emmanuel

    2016-01-01

    La fracture de l'extrémité supérieure de l'humérus est la troisième fracture en fréquence chez les sujets âgés et leur répartition est bimodale touchant préférentiellement le sujet âgé ostéoporotique après un traumatisme à faible énergie ou plus rarement le sujet jeune par mécanisme à forte cinétique. Le traitement des fractures complexes de l'humérus proximal est le sujet de nombreuses controverses Le clou Telegraph constitue une approche thérapeutique très efficace pour les fractures déplacées de l'extrémité supérieure de l'humérus, de technique chirurgicale facile mais avec une courbe d'apprentissage et permettant un protocole de rééducation dans l'immédiat de l'intervention. C'est un matériel d'enclouage antérograde de 15 cm de long, plein verrouillé en proximal et en distal, le verrouillage proximal est assuré par 4 vis spongieuses, de filetage long, stables dans le clou et cela confère une solidité tout-à-fait remarquable à ce montage alors que le verrouillage distal est assuré au niveau du V deltoïdien en zone avasculaire et là où il n'y a pas de passage nerveux. L’étude présentée concerne 19 patients traités par un clou Telegraph court dans le traitement des fractures de l'extrémité supérieure de l'humérus entre 2013 et 2015 et elle a pour but d'analyser les résultats radio-cliniques et d’évaluer la répercussion de cette technique sur la fonction de l’épaule. Le clou Telegraph proposé depuis plus de 12 ans à peu près, a rencontré et continue de rencontrer un réel succès. Il permet de traiter très efficacement les fractures simples type 2 et 3, mais aussi les fractures impactées en valgus à 4 fragments. L'ostéosynthèse par clou Telegraph est une solution efficace, rapide et reproductible dans le traitement chirurgical des fractures de l'extrémité supérieur de l'humérus même en cas des fractures complexes et permet une reprise rapide de la mobilité de l’épaule. PMID:27583100

  6. Consequences experimentales des effets des fluctuations du vide sur la fluorescence parametrique et la generation du second harmonique en milieu confine

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Robichaud, Luc

    Les fluctuations du vide, qui consistent en l'apparition momentanee de particules, ce qui est permit par le principe d'incertitude de Heisenberg, joue un role primordial dans les processus photoniques, en particulier les processus non-lineaires. Par la manipulation de ces fluctuations du vide a l'aide de confinement optique, on retrouve deux phenomenes particuliers : l'intensification de la fluorescence parametrique (Walker, 2008) et l'inhibition de la generation du second harmonique (Collette, 2013). Dans ce travail, on presente les resultats dans le cas classique ; c'est-a-dire sans fluctuations du vide et confinement. Par la suite, on presente les effets des fluctuations du vide et du confinement, ce qui mene aux deux effets mentionnes. Dans le cas de la fluorescence parametrique, le bruit quantique sur le champ interne et externe est calcule, le role du desaccord de phase dans le modele est expose et une generalisation tridimensionnelle est etudiee afin de generaliser la conception du modele d'un cas unidimensionnel a un cas tridimensionnel planaire. Dans le cas de la generation du second harmonique, les difficultes d'un modele purement tridimensionnel sont exposees et ensuite le cas limite planaire est etudie.

  7. Kyste synovial intraosseux du scaphoïde carpien bilatéral révélé par une fracture pathologique: à propos d'un cas et revu de la littérature

    PubMed Central

    Abouchane, Merouane; Belmoubarik, Amine; Benameur, Hamza; Nechad, Mohammed

    2015-01-01

    Nous rapportons l'observation d'un jeune patient qui présente un kyste synovial intraosseux (KSIO) du scaphoïde révélé par une fracture pathologique. Le kyste synovial intraosseux du scaphoïde constitue une étiologie très rare des douleurs du poignet encore plus des fractures et la forme bilatérale associe à une fracture demeure une entité exceptionnelle, non décrite dans la littérature. PMID:26587163

  8. Etude des magnétites dopéesa`la chaux: Substitution du fer par le calcium en site tétraédrique

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    G´rardin, R.; Bonazebi, A.; Millon, E.; Brice, J. F.; Evrard, O.; Sanchez, J. P.

    1989-01-01

    A 1200°C, par réaction entre solides, il est possible de dissoudre partiellement le ferrite monocalcique CaFe 2O 4 dans la magnétite Fe 3O 4. Le taux maximum de substitution du cation Fe 2+ par le cation Ca 2+ est de 20% atomique. Dans la solution solide de type spinelle, les ions Ca 2+ se placent presque exclusivement en site tétraédrique. Cette distribution cationique est confirmée par l'analyse des propriétés radiocristallographiques, spectrométrie Mössbauer du 57Fe et des propriétés magnétiques.

  9. Sacroillite tuberculeuse: à propos de deux cas

    PubMed Central

    Diallo, Ismaël; Zabsonré, Joëlle Tiendrébéogo; Kambou, Bénilde Marie Ange Tiemtoré; Sondo, Apoline Kongnimissom; Sagna, Yempabou; Ouédraogo, Dieu-Donné

    2016-01-01

    La sacroiliite tuberculeuse est rare et de diagnostic difficile. Les auteurs rapportent deux cas. Il s'agissait dans le premier cas d'une patiente de 40 ans ayant une infection à VIH ; le diagnostic a été histologique après une biopsie chirurgicale. Le second cas a concerné un patient de 25 ans vivant en milieu carcéral chez qui le diagnostic a été établi sur la base des arguments cliniques, biologiques, radiologiques et l'efficacité du traitement ; l'intradermoréaction à la tuberculine était phlycténulaire. Le scanner a été indispensable au diagnostic lésionnel en montrant une érosion des berges et des abcès des parties molles. Le traitement a été médical et a fait appel aux antituberculeux. PMID:28292032

  10. Lignes directrices sur l’aiguillage des cas soupçonnés de cancer du poumon par un médecin de famille ou autre professionnel des soins primaires

    PubMed Central

    Del Giudice, M. Elisabeth; Young, Sheila-Mae; Vella, Emily T.; Ash, Marla; Bansal, Praveen; Robinson, Andrew; Skrastins, Roland; Ung, Yee; Zeldin, Robert; Levitt, Cheryl

    2014-01-01

    Résumé Objectif Les présentes lignes directrices visent à aider les médecins de famille et autres généralistes à reconnaître les manifestations cliniques devant éveiller les soupçons quant à la présence d’un cancer du poumon chez les patients. Composition du comité Les membres du comité ont été choisis parmi les leaders régionaux en soins primaires du Réseau provincial des soins primaires et de la lutte contre le cancer d’Action Cancer Ontario et parmi les membres du Groupe sur le siège de la maladie, Cancer du poumon d’Action Cancer Ontario. Méthodes Les présentes lignes directrices sont le fruit d’une revue systématique des données probantes, d’une synthèse des données et d’un examen externe formel effectué par des intervenants canadiens qui ont validé la pertinence des recommandations. Rapport Ces lignes directrices fondées sur des données probantes ont été formulées pour améliorer la prise en charge en contexte canadien des patients qui présentent des manifestations cliniques du cancer du poumon. Conclusion Le dépistage et l’aiguillage précoces des patients atteints de cancer du poumon pourraient en fin de compte aider à réduire les morbidités et mortalités liées au cancer. Ces lignes directrices pourraient aussi s’avérer utiles dans la mise sur pied de programmes de diagnostic du cancer du poumon et pour aider les décideurs à veiller à ce que les ressources appropriées soient en place.

  11. Grossesse intra murale à propos d'un cas

    PubMed Central

    de Tové, Kofi-Mensa Savi; Salifou, Kabibou; Imorou, Rachidi Sidi; Biaou, Olivier; Boco, Vicentia

    2015-01-01

    La grossesse intra-murale est la variété la plus rare de grossesse extra-utérine. Il s'agit de la localisation de l’œuf dans l’épaisseur du myomètre. En cas de retard diagnostic, l’évolution peut être catastrophique avec rupture utérine et hémorragie cataclysmique. L’échographie permet dans certains cas un diagnostic pré opératoire. Les auteurs rapportent un cas survenu chez une patiente aux antécédents de curetage. PMID:26448812

  12. Quantifying Contaminant Mass for the Feasibility Study of the DuPont Chambers Works FUSRAP Site - 13510

    SciTech Connect

    Young, Carl; Rahman, Mahmudur; Johnson, Ann; Owe, Stephan

    2013-07-01

    The U.S. Army Corps of Engineers (USACE) - Philadelphia District is conducting an environmental restoration at the DuPont Chambers Works in Deepwater, New Jersey under the Formerly Utilized Sites Remedial Action Program (FUSRAP). Discrete locations are contaminated with natural uranium, thorium-230 and radium-226. The USACE is proposing a preferred remedial alternative consisting of excavation and offsite disposal to address soil contamination followed by monitored natural attenuation to address residual groundwater contamination. Methods were developed to quantify the error associated with contaminant volume estimates and use mass balance calculations of the uranium plume to estimate the removal efficiency of the proposed alternative. During the remedial investigation, the USACE collected approximately 500 soil samples at various depths. As the first step of contaminant mass estimation, soil analytical data was segmented into several depth intervals. Second, using contouring software, analytical data for each depth interval was contoured to determine lateral extent of contamination. Six different contouring algorithms were used to generate alternative interpretations of the lateral extent of the soil contamination. Finally, geographical information system software was used to produce a three dimensional model in order to present both lateral and vertical extent of the soil contamination and to estimate the volume of impacted soil for each depth interval. The average soil volume from all six contouring methods was used to determine the estimated volume of impacted soil. This method also allowed an estimate of a standard deviation of the waste volume estimate. It was determined that the margin of error for the method was plus or minus 17% of the waste volume, which is within the acceptable construction contingency for cost estimation. USACE collected approximately 190 groundwater samples from 40 monitor wells. It is expected that excavation and disposal of

  13. CAS77 and CAS7276: A Review.

    ERIC Educational Resources Information Center

    Harrison, Isom, Jr.

    This paper describes the content, organization, specifications, and methods of use of the CAS77 and CAS7276 online files of worldwide chemical literature, databases produced by Chemical Abstracts Service and available from System Development Corporation (SDC). The scope of the databases, their unit record, their data elements, their modes of…

  14. Aspects epidemiologiques, cliniques et therapeutiques des otites externes: à propos de 801 cas

    PubMed Central

    Bathokedeou, Amana; Essobozou, Pegbessou; Akouda, Patassi; Essohanam, Boko; Eyawelohn, Kpémissi

    2014-01-01

    L'objectif de ce travail etait de déterminer l’épidémiologie, la clinique et la thérapeutique des otites externes (OE). Il s'agissait d'une étude rétrospective d'une année menée du 1er janvier au 31 décembre 2006 dans le service ORL du CHU-Tokoin. Huit cent un cas d'otite externe (OE) soit 11,9% des consultations étaient recensés. Le sexe féminin représentait 476 cas (59,42%). Le sex ratio était de 0,68. L’âge moyen des patients était de 25,4 ans avec des extrêmes de 05 mois et 81 ans. La tranche d’âge de 0-15 ans était la plus fréquente avec 360 cas (45%). L'allergie dans 74 cas (60,66%), la lésion de grattage dans 24 cas (19,67%), les corps étrangers du conduit auditif externe dans 18 cas (14,75%) et la natation dans 6 cas (4,92%) étaient les facteurs favorisants. L'otalgie dans 638 cas (79,65%) était le symptôme le plus fréquent. Les différentes formes cliniques des otites externes se répartissaient comme suit: otite externe diffuse dans 612 cas (76,40%), furoncle du CAE 126 dans cas (15,73%), otomycose dans 58 cas (7,24%), zona du conduit auditif externe dans 3 cas (0,37%) et otite externe nécrosante dans 2 cas (0,25%). Les gouttes auriculaires étaient administrées à tous les patients. L’évolution avait noté 799 patients (99,75%) guéris sans complication, un cas de décès et un cas de guérison avec séquelle. Traitée correctement, l'otite externe guérit sans complication. Son éviction passe par une sensibilisation des populations sur l'entretien du conduit auditif externe. PMID:25379111

  15. Voie antérieure transversale dans l'ostéosynthèse d'une fracture type III du processus coronoïde chez un adolescent: à propos d'un cas et revue de literature

    PubMed Central

    Belmoubarik, Amine; Ahed, Karim; Abouchane, Marouane; Mahraoui, Mohamed Amine; Elandaloussi, Yassir; Haddoun, Ahmed Reda; Nechad, Mohamed

    2015-01-01

    Les auteurs rapportent une observation rare d'un jeune adolescent de 17 ans qui a présenté une fracture du processus coronoïde du coude survenue suite à un accident de sport. Il s'agit d'une observation décrivant un abord particulier par voie antérieure transversale permettant un contrôle direct et vissage en compression du fragment déplacé; l’évolution radio clinique était satisfaisante. Nous discuterons à la lumière de la littérature, notre attitude thérapeutique, et l’évolution de ce cadre nosologique à travers l'analyse de cette observation. PMID:26113908

  16. L’érysipèle sur cicatrice post opératoire en traumatologie: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Abid, Hatim; El Idrissi, Mohamed; Shimi, Mohamed; El Ibrahimi, Abdelhalim; El Mrini, Abdelmajid; Amraoui, Nissrine; Mernissi, Fatima Zohra

    2015-01-01

    L’érysipèle sur cicatrice post opératoire est une entité rare, décrite principalement chez des patients présentant les facteurs de risque classiques de la maladie au niveau des sites de veinectomie pour pontage coronarien. En traumatologie orthopédie, nous n'avons que les 3 cas rapportés dans le travail de Dhrif survenus au décours d'une implantation prothétique chez des malades à risque. Nous présentons à travers cet article, le cas d'un érysipèle post opératoire sur une cicatrice d'ostéosynthèse d'une fracture fermée du pilon tibial, ayant la particularité du terrain et des circonstances de survenues, pour enfin conclure aux principes de la prévention primaire à adopter. PMID:26401204

  17. Les chambres à cathéters implantables: à propos d’une série de 970 cas

    PubMed Central

    El Kabiri, Hassane; El Hammoumi, Massine; Traibi, Akram; El Oueriachi, Faycal; Arsalane, Adil

    2012-01-01

    Notre étude a pour but d’évaluer les indications, les techniques, ainsi que les complications de la pose des chambres à cathéters implantables et leur utilisation à long terme. Il s’agit d’une étude rétrospective sur une période de 8 ans (Septembre 2002-Septembre 2010); 970 patients ont bénéficié de la pose d’une chambre à cathéter implantable, avec 405 hommes et 565 femmes, d’âge moyen de 46,8 ans. La pose a été réalisée par voie chirurgicale, ou par voie percutanée. Les indications étaient celles d’une chimiothérapie ou d’une antibiothérapie (10 cas), tous les patients ont eu un contrôle radioscopique dans la salle d’intervention et d’un document radiographique post-opératoire. La voie d’abord a été chirurgicale dans 352 cas et par voie percutanée dans 618 des cas dont 533 par ponctions de la veine sous-clavière. Le côté droit a été utilisé de préférence dans 843 cas et 127 poses à gauche. Les incidents per opératoires ont été sous formes des difficultés de pose (34 cas) d’hématome sous-cutanée (17 cas) et un cas pneumothorax. Les complications à court ou à long terme ont été présente dans 5,25% des cas avec 15 cas d’infection du site opératoire, 3 sepsis, 19 cas de thromboses veineuses, 5 cas d’obturation, 5 cas de nécrose cutanée et 4 migrations du cathéter dans la veine jugulaire (n=1) et la veine cave supérieure (n=1) et les cavités cardiaques (2 cas). La pose d’une chambre implantable est souvent réalisé pour une chimiothérapie anticancéreuse rarement pour une antibiothérapie au long court; le choix d’une technique, le maniement des chambres doit répondre à une certaines rigueur dans le respect des règles de l’asepsie et une bonne prise en charge diagnostic des anomalies survenant lors de l’utilisation des dispositifs. PMID:23024831

  18. Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9

    PubMed Central

    Hirano, Hisato; Gootenberg, Jonathan S.; Horii, Takuro; Abudayyeh, Omar O.; Kimura, Mika; Hsu, Patrick D.; Nakane, Takanori; Ishitani, Ryuichiro; Hatada, Izuho; Zhang, Feng; Nishimasu, Hiroshi; Nureki, Osamu

    2016-01-01

    Summary The RNA-guided endonuclease Cas9 cleaves double-stranded DNA targets complementary to the guide RNA, and has been applied to programmable genome editing. Cas9-mediated cleavage requires a protospacer adjacent motif (PAM) juxtaposed with the DNA target sequence, thus constricting the range of targetable sites. Here, we report the 1.7 Å resolution crystal structures of Cas9 from Francisella novicida (FnCas9), one of the largest Cas9 orthologs, in complex with a guide RNA and its PAM-containing DNA targets. A structural comparison of FnCas9 with other Cas9 orthologs revealed striking conserved and divergent features among distantly related CRISPR-Cas9 systems. We found that FnCas9 recognizes the 5′-NGG-3′ PAM, and used the structural information to create a variant that can recognize the more relaxed 5′-YG-3′ PAM. Furthermore, we demonstrated that pre-assembled FnCas9 ribonucleoprotein complexes can be microinjected into mouse zygotes to edit endogenous sites with the 5′-YG-3′ PAMs, thus expanding the target space of the CRISPR-Cas9 toolbox. PMID:26875867

  19. Histoire d’un itinéraire épidémiologique entre le Burkina Faso et la Côte d’Ivoire : le cas des foyers de maladie du sommeil de Koudougou

    PubMed Central

    Kiendrébéogo, D.; Kambiré, R.; Jamonneau, V.; Lingué, K.; Solano, P.; Courtin, F.

    2012-01-01

    Dans la première moitié du XXème siècle, alors que la Haute-Volta (actuel Burkina Faso) subissait une terrible épidémie de maladie du sommeil, l’administration coloniale française a orchestré des déplacements massifs de populations de la Haute-Volta vers la Côte d’Ivoire, pour exploiter le territoire. Cela a conduit à la mise en place de villages de colonisation Mossi en zone forestière ivoirienne, comme ceux de Koudougou, issus de l’une des régions les plus peuplées de Haute-Volta, mais aussi l’une des plus touchées par la maladie du sommeil. Depuis 2000, au Burkina Faso, c’est dans le district sanitaire de Koudougou que sont dépistés passivement le plus grand nombre de trypanosomés en provenance de Côte d’Ivoire. Qui sont-ils ? Où habitent-ils au Burkina Faso ? D’où viennent-ils de Côte d’Ivoire ? Après avoir retracé l’histoire épidémiologique des villages de Koudougou au Burkina Faso et en Côte d’Ivoire, nous avons recherché les trypanosomés dépistés passivement depuis 2000 dans le district sanitaire de Koudougou au Burkina Faso. Au total, dix trypanosomés ont été enquêtés. Le processus de propagation de la maladie du sommeil dans l’espace ivoiro-burkinabé a été mis en évidence et des zones à risque de la maladie identifiées dans ce même espace. PMID:23193525

  20. La teneur en iode du sel de cuisine consommé à Lubumbashi et le statut iode des personnes vulnérables: cas de femmes enceintes de milieux défavorisés

    PubMed Central

    Banza, Bienvenue Ilunga; Lumbu, Jean Baptiste Simbi; Donnen, Philippe; Twite, Eugène Kabange; Kwete, Daniel Mikobi; Kazadi, Costa Mwadianvita; Ozoza, Jean Okolonken; Habimana, Laurence; Kalenga, Prosper Muenze Kayamba; Robert, Annie

    2016-01-01

    Introduction La consommation du sel faiblement iodé peut engendrer des troubles divers liés à la carence iodée Ce travail a pour objectif d’évaluer la teneur en iode du sel consommé à Lubumbashi et de déterminer le statut iodé des femmes enceintes, cible privilégiée de la carence iodée. Méthodes Une étude transversale descriptive a été consacrée à une analyse iodométrique d'iode dans 739 échantillons de sel collectés dans les ménages et marchés de Lubumbashi en 2014. Précédemment, l'iode urinaire a été déterminé par la technique de minéralisation au persulfate d'ammonium chez 225 femmes enceintes reçues en consultation du 15 mars 2009 au 25 avril 2011. Résultats Notre enquête a révélé 47,5% des échantillons de sels de cuisine adéquatement iodés (15 à 40 ppm), 36,9% d’échantillons faiblement iodés, 7,4% d’échantillons trop riches en iode et 8,1% des échantillons non iodés. La disponibilité en iode du sel de cuisine analysé était globalement de 54,9%, se trouvant nettement en dessous des normes OMS (90%). En mesurant l'iode urinaire chez la femme enceinte, la carence iodée (iode urinaire <150 µg/l) a été observée dans une proportion de 52%. Conclusion La faible disponibilité en iode du sel consommé à Lubumbashi pourrait être responsable d'une grande proportion de la carence iodée observée chez la femme enceinte, ce qui expose celle-ci aux risques majeurs des troubles dus à la carence en iode. PMID:27279956

  1. Crystal Structure of Streptococcus pyogenes Cas1 and Its Interaction with Csn2 in the Type II CRISPR-Cas System.

    PubMed

    Ka, Donghyun; Lee, Hasup; Jung, Yi-Deun; Kim, Kyunggon; Seok, Chaok; Suh, Nayoung; Bae, Euiyoung

    2016-01-05

    CRISPRs and Cas proteins constitute an RNA-guided microbial immune system against invading nucleic acids. Cas1 is a universal Cas protein found in all three types of CRISPR-Cas systems, and its role is implicated in new spacer acquisition during CRISPR-mediated adaptive immunity. Here, we report the crystal structure of Streptococcus pyogenes Cas1 (SpCas1) in a type II CRISPR-Cas system and characterize its interaction with S. pyogenes Csn2 (SpCsn2). The SpCas1 structure reveals a unique conformational state distinct from type I Cas1 structures, resulting in a more extensive dimerization interface, a more globular overall structure, and a disruption of potential metal-binding sites for catalysis. We demonstrate that SpCas1 directly interacts with SpCsn2, and identify the binding interface and key residues for Cas complex formation. These results provide structural information for a type II Cas1 protein, and lay a foundation for studying multiprotein Cas complexes functioning in type II CRISPR-Cas systems.

  2. [CAS General Standards 2012

    ERIC Educational Resources Information Center

    Council for the Advancement of Standards in Higher Education, 2011

    2011-01-01

    The mission of the Council for the Advancement of Standards in Higher Education (CAS) is to promote the improvement of programs and services to enhance the quality of student learning and development. CAS is a consortium of professional associations who work collaboratively to develop and promulgate standards and guidelines and to encourage…

  3. Une angiocholite secondaire à un thrombus tumoral d'une tumeur neuroendocrine primitive du foie

    PubMed Central

    Baba, Hicham; Allaoui, Mohamed; Elfahssi, Mohammed; Bounaim, Ahmed; Ali, Abdelmounaim Ait; Oukabli, Mohamed; Sair, Khalid; Zentar, Aziz

    2015-01-01

    Nous rapportons le cas exceptionnel d'une patiente de 54 ans prise en charge pour une angiocholite due à un thrombus tumoral, d'une tumeur neuroendocrine primitive (TNE Ive) du foie, dans la voie biliaire principale. PMID:26966504

  4. Harnessing CRISPR-Cas9 immunity for genetic engineering.

    PubMed

    Charpentier, Emmanuelle; Marraffini, Luciano A

    2014-06-01

    CRISPR-Cas encodes an adaptive immune system that defends prokaryotes against infectious viruses and plasmids. Immunity is mediated by Cas nucleases, which use small RNA guides (the crRNAs) to specify a cleavage site within the genome of invading nucleic acids. In type II CRISPR-Cas systems, the DNA-cleaving activity is performed by a single enzyme Cas9 guided by an RNA duplex. Using synthetic single RNA guides, Cas9 can be reprogrammed to create specific double-stranded DNA breaks in the genomes of a variety of organisms, ranging from human cells to bacteria, and thus constitutes a powerful tool for genetic engineering. Here we describe recent advancements in our understanding of type II CRISPR-Cas immunity and how these studies led to revolutionary genome editing applications.

  5. La préservation du capital vasculaire au CHU Ibn Sina de Rabat-Maroc: rôle de l’infirmier

    PubMed Central

    Bouattar, Tarik; Bezzaz, Aicha; Abdellaoui, Khalil; Lamchahab, Fatima Ezzahra; Benamar, Loubna; Ezaitouni, Fatima; Hassam, Badredine; Bayahia, Rabia; Ouzeddoun, Naima

    2012-01-01

    Introduction Tout patient ayant une maladie chronique nécessitant des prélèvements sanguins répétés ou des traitements par voie veineuse ou susceptible d’évoluer vers l’insuffisance rénale chronique, doit bénéficier d’une stratégie de préservation de son réseau veineux. Le but de ce travail etait de déterminer le rôle de l’infirmier dans la protection du réseau veineux superficiel. Méthodes Etude transversale réalisée au mois d’Avril 2010 à l’hôpital Ibn Sina de Rabat ayant intéressée les infirmiers exerçant dans différents services prenant en charge des patients ayant des pathologies rénales chroniques ou une maladie générale susceptible de se compliquer d’atteinte rénale. Résultats Parmi les 80 infirmiers sollicités, 66 ont complété le questionnaire avec un âge moyen de 42,7 ±11ans et un sex-ratio à 0,7. L’ancienneté moyenne en soins était de 227,7 ± 116,7 mois. 37 % des infirmiers n’étaient pas informés sur la préservation du capital veineux. Le membre supérieur droit était ponctionné dans 92,3% des cas. Le site de ponction le plus utilisé était le dos de la main dans 84,6 % des cas. La dilatation des veines par le réchauffement était notée dans 63,3% des cas, par passage d’alcool dans 54,5% des cas et l’emploi du garrot était retrouvé dans 95,5% des cas. Les venojects étaient de 18 gauge dans 18,2 % des cas et de 21 gauge dans 81,8% des cas. Les intranules étaient de 18 gauge dans 78,8% des cas et de 20 gauge dans 21,2 % des cas. Durant les six derniers mois avant l’étude, les complications au niveau du site de ponction étaient notées dans 41 % des cas. Conclusion L’information et l’éducation du personnel paramédical sont obligatoires ainsi que l’utilisation des cathéters veineux de petit calibre afin d’assurer cette protection. PMID:22593793

  6. Spectroscopie Raman Anti-Stokes Cohérente femtoseconde (DRASC fs) : expériences et modélisation dans le cas du mélange H{2} N{2} à basse pression

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Chaussard, F.; Le Cong, N.; Lavorel, B.; Renard, V.; Faucher, O.; Tran, H.; Joubert, P.; Bonamy, L.

    2006-10-01

    Dans l'objectif du diagnostic de la température dans les milieux en combustion, la Diffusion Raman Anti-Stokes Cohérente résolue en temps (DRASC fs) est utilisée pour sonder H{2} dans les mélanges H{2}-N{2} à basse pression. Le dispositif DRASC mis en place est décrit en détail. Un nouveau modèle de la réponse DRASC temporelle, prenant en compte tous les effets collisionnels spécifiques à l'hydrogène (effets dits ”de vitesse") est présentée, ainsi que la comparaison avec l'expérience, l'accord se révélant très satisfaisant.

  7. Infection respiratoire aigüe et statut nutritionnel chez les enfants de 0-5 ans: cas des cliniques universitaires de Lubumbashi, République Démocratique du Congo

    PubMed Central

    Ngombe, Léon Kabamba; Mbombo-Ditunga; Kameya, Nduwa; Malingo, Aimé Abasiko; Kayomb, Nathalie Kaj; ea Ngolomba, Jean Ngolomba; Nday, David Kakez; Numbi, Luboya

    2014-01-01

    Les auteurs rapportent les données d'une étude rétrospective de 153 dossiers d'enfants hospitalisés dans le service de pédiatrie des Cliniques Universitaires de Lubumbashi/RD Congo pour IRA. En ce qui nous concerne, les IRA chez les enfants de moins de 5 ans représentent 26,11% de l'effectif, dont 17,75% âgés de moins d'un an. Le sexe masculin est légèrement prédominant (85 contre 68) et près de 70% des enfants ont un statut nutritionnel précaire. La répartition mensuelle connaît des pics en mars et octobre. Les diagnostiques notifiés sont: rhinite(16,3%),Amygdalite(5,9%),Otite Moyenne Aigue(0,7%),Laryngite (3,3%), Rhinopharyngite (39,2%), Pharyngite (6,5%), Bronchite (7,2%), Bronchopneumonie (5,9%), Pneumonie(2,6%) et Bronchiolite (12,4%).Tous les cas ont bien évolués sous traitement. Le but de ce travail est de déterminer la fréquence des IRA et le statut nutritionnel des enfants ayant été admis dans le service des pédiatries aux C.U.L. PMID:25995789

  8. Tyrosine phosphorylation within the SH3 domain regulates CAS subcellular localization, cell migration, and invasiveness.

    PubMed

    Janoštiak, Radoslav; Tolde, Ondřej; Brůhová, Zuzana; Novotný, Marian; Hanks, Steven K; Rösel, Daniel; Brábek, Jan

    2011-11-01

    Crk-associated substrate (CAS) is a major tyrosine-phosphorylated protein in cells transformed by v-crk and v-src oncogenes and plays an important role in invasiveness of Src-transformed cells. A novel phosphorylation site on CAS, Tyr-12 (Y12) within the ligand-binding hydrophobic pocket of the CAS SH3 domain, was identified and found to be enriched in Src-transformed cells and invasive human carcinoma cells. To study the biological significance of CAS Y12 phosphorylation, phosphomimicking Y12E and nonphosphorylatable Y12F mutants of CAS were studied. The phosphomimicking mutation decreased interaction of the CAS SH3 domain with focal adhesion kinase (FAK) and PTP-PEST and reduced tyrosine phosphorylation of FAK. Live-cell imaging showed that green fluorescent protein-tagged CAS Y12E mutant is, in contrast to wild-type or Y12F CAS, excluded from focal adhesions but retains its localization to podosome-type adhesions. Expression of CAS-Y12F in cas-/- mouse embryonic fibroblasts resulted in hyperphosphorylation of the CAS substrate domain, and this was associated with slower turnover of focal adhesions and decreased cell migration. Moreover, expression of CAS Y12F in Src-transformed cells greatly decreased invasiveness when compared to wild-type CAS expression. These findings reveal an important role of CAS Y12 phosphorylation in the regulation of focal adhesion assembly, cell migration, and invasiveness of Src-transformed cells.

  9. Evaluation des résultats après traitement des lésions intra épithéliales du col utérin par la cryothérapie: étude préliminaire au Centre Hospitalier Universitaire de Yaoundé: A propos de 21 cas

    PubMed Central

    Ndoua, Claude Cyrille Noa; Tebeu, Pierre Marie; Kemfang, Jean Dupont; Kasia, Jean Marie

    2015-01-01

    Nous rapportons les résultats d'une série de 21 cas de prise en charge par cryothérapie de lésions intra-épithéliales cervicales au Centre Hospitalier et Universitaire (CHU) de Yaoundé. Notre objectif principal était d’évaluer les résultats préliminaires de la prise en charge des lésions précancéreuses éligibles pour la cryothérapie. Il s'agissait d'une étude transversale descriptive qui s'est étalée sur 24 mois. Etaient inclus dans l’étude toutes les femmes traitées par cryothérapie. Nous avons exclu les patientes traitées par une autre méthode, les patientes perdues de vue et les dossiers incomplets. Le statut cervical a été déterminé à 6 semaines, 6 mois et 12 mois. Les complications précoces et tardives ont également été répertoriées. Au total 95.2% des lésions étaient cicatrisées à 6 semaines. A 6 mois, toutes les lésions avaient disparu et au 12ème mois, la guérison était effective chez 95.2% des patientes. Les saignements et l'hydrorrhée étaient les principales complications tardives avec des fréquences respectives de 66.7% et 95.2%. Aucun cas de sténose cervicale n'a été répertorié. La cryothérapie peut être utilisée comme méthode de traitement pour des lésions précancéreuses du col. PMID:26140068

  10. Foreign DNA capture during CRISPR–Cas adaptive immunity

    PubMed Central

    Nuñez, James K.; Harrington, Lucas B.; Kranzusch, Philip J.; Engelman, Alan N.; Doudna, Jennifer A.

    2015-01-01

    Bacteria and archaea generate adaptive immunity against phages and plasmids by integrating foreign DNA of specific 30–40 base pair (bp) lengths into clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) loci as spacer segments1–6. The universally conserved Cas1–Cas2 integrase complex catalyzes spacer acquisition using a direct nucleophilic integration mechanism similar to retroviral integrases and transposases7–13. How the Cas1–Cas2 complex selects foreign DNA substrates for integration remains unknown. Here we present X-ray crystal structures of the Escherichia coli Cas1–Cas2 complex bound to cognate 33 nucleotide (nt) protospacer DNA substrates. The protein complex creates a curved binding surface spanning the length of the DNA and splays the ends of the protospacer to allow each terminal nucleophilic 3′–OH to enter a channel leading into the Cas1 active sites. Phosphodiester backbone interactions between the protospacer and the proteins explain the sequence-nonspecific substrate selection observed in vivo2–4. Our results uncover the structural basis for foreign DNA capture and the mechanism by which Cas1–Cas2 functions as a molecular ruler to dictate the sequence architecture of CRISPR loci. PMID:26503043

  11. Foreign DNA capture during CRISPR-Cas adaptive immunity.

    PubMed

    Nuñez, James K; Harrington, Lucas B; Kranzusch, Philip J; Engelman, Alan N; Doudna, Jennifer A

    2015-11-26

    Bacteria and archaea generate adaptive immunity against phages and plasmids by integrating foreign DNA of specific 30-40-base-pair lengths into clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) loci as spacer segments. The universally conserved Cas1-Cas2 integrase complex catalyses spacer acquisition using a direct nucleophilic integration mechanism similar to retroviral integrases and transposases. How the Cas1-Cas2 complex selects foreign DNA substrates for integration remains unknown. Here we present X-ray crystal structures of the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to cognate 33-nucleotide protospacer DNA substrates. The protein complex creates a curved binding surface spanning the length of the DNA and splays the ends of the protospacer to allow each terminal nucleophilic 3'-OH to enter a channel leading into the Cas1 active sites. Phosphodiester backbone interactions between the protospacer and the proteins explain the sequence-nonspecific substrate selection observed in vivo. Our results uncover the structural basis for foreign DNA capture and the mechanism by which Cas1-Cas2 functions as a molecular ruler to dictate the sequence architecture of CRISPR loci.

  12. A simplified and efficient germline-specific CRISPR/Cas9 system for Drosophila genomic engineering.

    PubMed

    Sebo, Zachary L; Lee, Han B; Peng, Ying; Guo, Yi

    2014-01-01

    The type II CRISPR/Cas9 system (clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated) has recently emerged as an efficient and simple tool for site-specific engineering of eukaryotic genomes. To improve its applications in Drosophila genome engineering, we simplified the standard two-component CRISPR/Cas9 system by generating a stable transgenic fly line expressing the Cas9 endonuclease in the germline (Vasa-Cas9 line). By injecting vectors expressing engineered target-specific guide RNAs into Vasa-Cas9 fly embryos, mutations were generated from site-specific DNA cleavages and efficiently transmitted into progenies. Because Cas9 endonuclease is the universal component of the type II CRISPR/Cas9 system, site-specific genomic engineering based on this improved platform can be achieved with lower complexity and toxicity, greater consistency, and excellent versatility.

  13. Optimization of genome editing through CRISPR-Cas9 engineering.

    PubMed

    Zhang, Jian-Hua; Adikaram, Poorni; Pandey, Mritunjay; Genis, Allison; Simonds, William F

    2016-04-01

    CRISPR (Clustered Regularly-Interspaced Short Palindromic Repeats)-Cas9 (CRISPR associated protein 9) has rapidly become the most promising genome editing tool with great potential to revolutionize medicine. Through guidance of a 20 nucleotide RNA (gRNA), CRISPR-Cas9 finds and cuts target protospacer DNA precisely 3 base pairs upstream of a PAM (Protospacer Adjacent Motif). The broken DNA ends are repaired by either NHEJ (Non-Homologous End Joining) resulting in small indels, or by HDR (Homology Directed Repair) for precise gene or nucleotide replacement. Theoretically, CRISPR-Cas9 could be used to modify any genomic sequences, thereby providing a simple, easy, and cost effective means of genome wide gene editing. However, the off-target activity of CRISPR-Cas9 that cuts DNA sites with imperfect matches with gRNA have been of significant concern because clinical applications require 100% accuracy. Additionally, CRISPR-Cas9 has unpredictable efficiency among different DNA target sites and the PAM requirements greatly restrict its genome editing frequency. A large number of efforts have been made to address these impeding issues, but much more is needed to fully realize the medical potential of CRISPR-Cas9. In this article, we summarize the existing problems and current advances of the CRISPR-Cas9 technology and provide perspectives for the ultimate perfection of Cas9-mediated genome editing.

  14. Closure Report for Corrective Action Unit 107: Low Impact Soil Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2009-06-01

    Corrective Action Unit (CAU) 107 is identified in the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) as 'Low Impact Soil Sites' and consists of the following 15 Corrective Action Sites (CASs), located in Areas 1, 2, 3, 4, 5, 9, 10, and 18 of the Nevada Test Site: CAS 01-23-02, Atmospheric Test Site - High Alt; CAS 02-23-02, Contaminated Areas (2); CAS 02-23-03, Contaminated Berm; CAS 02-23-10, Gourd-Amber Contamination Area; CAS 02-23-11, Sappho Contamination Area; CAS 02-23-12, Scuttle Contamination Area; CAS 03-23-24, Seaweed B Contamination Area; CAS 03-23-27, Adze Contamination Area; CAS 03-23-28, Manzanas Contamination Area; CAS 03-23-29, Truchas-Chamisal Contamination Area; CAS 04-23-02, Atmospheric Test Site T4-a; CAS 05-23-06, Atmospheric Test Site; CAS 09-23-06, Mound of Contaminated Soil; CAS 10-23-04, Atmospheric Test Site M-10; and CAS 18-23-02, U-18d Crater (Sulky). Closure activities were conducted from February through April 2009 according to the FFACO (1996; as amended February 2008) and Revision 1 of the Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan for CAU 107 (U.S. Department of Energy, National Nuclear Security Administration Nevada Site Office, 2009). The corrective action alternatives included No Further Action and Closure in Place with Administrative Controls. Closure activities are summarized.

  15. Syndrome de Chilaiditi chez un nouveau-né, à propos d'un cas

    PubMed Central

    Cedrick, Sangwa Milindi; Maruis, Kitembo Feruzi; Mireille, Kakinga Zabibu; Nelly, Mukonda Sompo; Patience, Muhau Pfutila; Shem, Mapatano; Chamy, Cham Lubamba; Josephine, Monga Kalenga

    2014-01-01

    L'interposition du colon ou du grêle dans l'espace interhepatodiagramatique est une affection rare. Souvent asymptomatique et de découverte fortuite à la radiographie de l'abdomen, elle est plus rencontrée chez l'adulte de sexe masculin. Dans cet article, les auteurs présentent un cas exceptionnel d'un nouveau- né de sexe féminin porteur de cette anomalie. PMID:25848454

  16. Incidence des infections du site opératoire en Afrique sub-saharienne: revue systématique et méta-analyse

    PubMed Central

    Ngaroua; Ngah, Joseph Eloundou; Bénet, Thomas; Djibrilla, Yaouba

    2016-01-01

    Introduction Les Infections du Sites Opératoire (ISO) sont à l’origine de morbi-mortalité et des dépenses supplémentaires en santé. Les pays en développement en sont les plus touchés. L’objectif était d’estimer l’incidence poolée des ISO en Afrique Sub-saharienne et décrire ses principaux facteurs de risque. Méthodes Une revue systématique et une méta-analyse ont été effectuées à partir des bases de données de l’Organisation Mondiale de la Santé pour la Région Afrique, de PubMed et par recherche standard afin de sélectionner des articles électroniquespubliés entre 2006 et 2015. Seuls les articlestraitants de l’incidence et desfacteurs de risque des ISOdans les pays del’Afrique subsaharienneétaient retenus. Résultats Sur 95 articles trouvés, 11 ont répondu aux critères d’inclusion. Seulement 9 pays sur les 45 y ont contribués avec une grandereprésentation du Nigéria (5 articles sur 11). L’incidence des ISO variaient de 6,8% à 26% avec une prédominance en chirurgie générale. L’incidence poolée des ISO était de 14.8% (IC à 95%: 15,5-16,2%), avec une importante hétérogénéité selon la spécialité et le mode de surveillance. Les facteurs de risque les plus citésétaient la longue durée d’intervention et la classe de contamination d’Altemeir 3 et 4. Les autres facteurs concernaient l’environnement hospitalier, les pratiques de soins inadéquats et les pathologies sous-jacentes. Conclusion L’incidence des ISO est élevée en Afrique subsaharienne, des études dans cette région pourrait améliorer la connaissance, laprévention et la maitrise deces multiples facteurs de risques. PMID:27795768

  17. Variete Technique du Lambeau Sural dans les Brulures Profondes du Pied

    PubMed Central

    Ezzoubi, M.; Ettalbi, S.; Elmounjid, S.; Fassi, J.; Benchamckha, F.J.; Sakhi, M.; Boukind, E.

    2005-01-01

    Summary Les couvertures des pertes de substance de la jambe, du talon et du pied font souvent appel au lambeau sural, qui reste, de part ses dimensions, une indication limitée. Les Auteurs présentent, à travers deux cas cliniques, une variété technique pour la levée du lambeau sural, permettant d'obtenir des palettes cutanées de grande surface avec une bonne sécurité vasculaire. C'est un lambeau fasciocutané remontant jusqu'à un centimètre du creux poplité et incluant, lors de la levée, l'aponévrose, le nerf sural, la petite veine saphène et le nerf sural latéral. PMID:21990988

  18. Chemical and Biophysical Modulation of Cas9 for Tunable Genome Engineering.

    PubMed

    Nuñez, James K; Harrington, Lucas B; Doudna, Jennifer A

    2016-03-18

    The application of the CRISPR-Cas9 system for genome engineering has revolutionized the ability to interrogate genomes of mammalian cells. Programming the Cas9 endonuclease to induce DNA breaks at specified sites is achieved by simply modifying the sequence of its cognate guide RNA. Although Cas9-mediated genome editing has been shown to be highly specific, cleavage events at off-target sites have also been reported. Minimizing, and eventually abolishing, unwanted off-target cleavage remains a major goal of the CRISPR-Cas9 technology before its implementation for therapeutic use. Recent efforts have turned to chemical biology and biophysical approaches to engineer inducible genome editing systems for controlling Cas9 activity at the transcriptional and protein levels. Here, we review recent advancements to modulate Cas9-mediated genome editing by engineering split-Cas9 constructs, inteins, small molecules, protein-based dimerizing domains, and light-inducible systems.

  19. Cas9 Functionally Opens Chromatin

    PubMed Central

    Barkal, Amira A.; Srinivasan, Sharanya; Hashimoto, Tatsunori; Gifford, David K.; Sherwood, Richard I.

    2016-01-01

    Using a nuclease-dead Cas9 mutant, we show that Cas9 reproducibly induces chromatin accessibility at previously inaccessible genomic loci. Cas9 chromatin opening is sufficient to enable adjacent binding and transcriptional activation by the settler transcription factor retinoic acid receptor at previously unbound motifs. Thus, we demonstrate a new use for Cas9 in increasing surrounding chromatin accessibility to alter local transcription factor binding. PMID:27031353

  20. Closure Report for Corrective Action Unit 398: Area 25 Spill Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    K. B. Campbell

    2003-04-01

    This Closure Report (CR) documents the activities performed to close Corrective Action Unit (CAU) 398: Area 25 Spill Sites, in accordance with the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) of 1996, and the Nevada Division of Environmental Protection (NDEP)-approved Streamlined Approach for Environmental Restoration (SA4FER) Plan for CAU 398: Area 25 Spill Sites, Nevada Test Site, Nevada (U.S. Department of Energy, Nevada Operations Office [DOEN], 2001). CAU 398 consists of the following thirteen Corrective Action Sites (CASs) all located in Area 25 of the Nevada Test Site (NTS) (Figure 1): CAS 25-25-02, Oil Spills, CAS 25-25-03, Oil Spills, CAS 25-25-04, Oil Spills, CAS 25-25-05, Oil Spills, CAS 25-25-06, Oil Spills, CAS 25-25-07, Hydraulic Oil Spill(s), CAS 25-25-08, Hydraulic Oil Spill(s), CAS 25-25-16, Diesel Spill (from CAS 25-01-02), CAS 25-25-17, Subsurface Hydraulic Oil Spill, CAS 25-44-0 1, Fuel Spill, CAS 25-44-04, Acid Spill (from CAS 25-01-01), CAS 25-44-02, Spill, and CAS 25-44-03, Spill. Copies of the analytical results for the site verification samples are included in Appendix B. Copies of the CAU Use Restriction Information forms are included in Appendix C.

  1. Evaluation du traitement antirétroviral chez les femmes enceintes VIH-1 positif, sur la transmission de l'infection de la mère à l'enfant: cas du Centre Médical Saint Camille de Ouagadougou, au Burkina Faso

    PubMed Central

    Soubeiga, Serge Theophile; Compaore, Rebecca; Djigma, Florencia; Zagre, Nicaise; Assengone, Elsa; Traore, Lassina; Diarra, Birama; Bisseye, Cyrille; Ouermi, Djeneba; Sagna, Tani; Karou, Simplice; Pietra, Virginio; Simpore, Jacques

    2015-01-01

    Introduction L'infection au VIH chez les nouveau-nés par leur mère peut être réduite grâce à des programmes de prévention de transmission mère-enfant du VIH (PTME). L'objectif dans cette étude était d’évaluer le traitement antirétroviral chez les femmes enceintes VIH-1 positif sur la transmission mère-enfant de l'infection au Centre Médical Saint Camille de Ouagadougou, Burkina Faso. Méthodes Des échantillons de spot de sang total ont été collectés chez 160 enfants âgés de 6 semaines, nés de mères VIH-1 positif et chez 40 enfants âgés de 2 à 13 mois provenant d'orphelinats et dont les mères étaient inconnues. Ces échantillons ont été testés avec le kit Abbott Real Time HIV-1 Qualitative. Un questionnaire a permis de connaitre les âges et les fonctions des femmes enceintes. Résultats Les femmes enceintes avaient un âge moyen global de 29,50±5,19 ans. Au total, 50,5% (101/200) ont été mises sous combinaison AZT/3TC/NVP et 29,5% (59/200) étaient sous prophylaxie (AZT/3TC). Le taux de transmission verticale du VIH-1 était de 0,0% (0/160) (p < 0,001) chez les enfants dont les mères étaient sous combinaison AZT/3TC/NVP ou sous prophylaxie AZT/3TC et de 15,0% (6/40) chez les enfants orphelins qui n’étaient pas inclus dans le protocole de la PTME. Conclusion Selon les résultats, le protocole de la PTME est efficace et réduit très significativement le risque de transmission du VIH-1 de la mère à l'enfant. De plus, le dépistage par PCR, des enfants orphelins infectés verticalement par le VIH, permet leur prise en charge thérapeutique précoce. PMID:26301003

  2. Programmable RNA recognition and cleavage by CRISPR/Cas9.

    PubMed

    O'Connell, Mitchell R; Oakes, Benjamin L; Sternberg, Samuel H; East-Seletsky, Alexandra; Kaplan, Matias; Doudna, Jennifer A

    2014-12-11

    The CRISPR-associated protein Cas9 is an RNA-guided DNA endonuclease that uses RNA-DNA complementarity to identify target sites for sequence-specific double-stranded DNA (dsDNA) cleavage. In its native context, Cas9 acts on DNA substrates exclusively because both binding and catalysis require recognition of a short DNA sequence, known as the protospacer adjacent motif (PAM), next to and on the strand opposite the twenty-nucleotide target site in dsDNA. Cas9 has proven to be a versatile tool for genome engineering and gene regulation in a large range of prokaryotic and eukaryotic cell types, and in whole organisms, but it has been thought to be incapable of targeting RNA. Here we show that Cas9 binds with high affinity to single-stranded RNA (ssRNA) targets matching the Cas9-associated guide RNA sequence when the PAM is presented in trans as a separate DNA oligonucleotide. Furthermore, PAM-presenting oligonucleotides (PAMmers) stimulate site-specific endonucleolytic cleavage of ssRNA targets, similar to PAM-mediated stimulation of Cas9-catalysed DNA cleavage. Using specially designed PAMmers, Cas9 can be specifically directed to bind or cut RNA targets while avoiding corresponding DNA sequences, and we demonstrate that this strategy enables the isolation of a specific endogenous messenger RNA from cells. These results reveal a fundamental connection between PAM binding and substrate selection by Cas9, and highlight the utility of Cas9 for programmable transcript recognition without the need for tags.

  3. Grossesse hétérotopique à la clinique Universitaire de Gynécologies et d'Obstétrique du Centre National Hospitalier et Universitaire Hubert Koutoukou Maga du Bénin: à propos d'un cas de grossesse quadruple; 3 fœtus intra utérins et 1 fœtus abdominal

    PubMed Central

    Aguemon, Christiane Tshabu; Denakpo, Justin; Hounkpatin, Benjamin; Tossa, Lehila Bagnan; Adisso, Sosthène; Sacca, Jeanne; de Souza, José

    2015-01-01

    La grossesse quadruple hétérotopique est exceptionnelle. La revue de la littérature en parle très peu. Les auteurs rapportent 1 cas de grossesse hétérotopique quadruple développée jusqu’à 34 semaines d'aménorrhée (3 fœtus intra utérins et 1 fœtus abdominal). Les fœtus intra utérins étaient diagnostiqués à l’échographie alors que le fœtus intra abdominal était de découverte opératoire. 3 jumeaux vont décéder en post-partum immédiat et un jumeau va survivre avec un bon développement psychomoteur. Le suivi médical de la mère en post partum a vu se développer une insuffisance cardiaque globale secondairement maitrisée avec un traitement médical. PMID:26185584

  4. Closure Report for Corrective Action Unit 350: Miscellaneous Housekeeping Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    R. B. Jackson

    2003-05-01

    This Closure Report documents the closure activities conducted for Corrective Action Unit (CAU) 350: Miscellaneous Housekeeping sites. CAU 350 is listed in Appendix III of the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) (FFACO, 1996) and consists of the following eight Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 12 and 15 of the Nevada Test Site (NTS): CAS 12-26-01, Lead Shot; CAS 15-22-04, Drums(2); CAS 15-22-06, Drums(10); CAS 15-22-16, Drums(3); CAS 15-22-22, Hydrocarbon Impacted Soil; CAS 15-22-29, Drums(2); CAS 15-24-07, Batteries; and CAS 15-99-02, Gas Cylinder. Closure activities consisted of closing each CAS by removing debris and/or material, disposing of the generated waste, and verifying that each site was clean-closed by visual inspection and/or laboratory analysis of soil samples.

  5. CRISPR-Cas9-Mediated Genome Editing in Leishmania donovani

    PubMed Central

    Zhang, Wen-Wei

    2015-01-01

    ABSTRACT The prokaryotic CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)-Cas9, an RNA-guided endonuclease, has been shown to mediate efficient genome editing in a wide variety of organisms. In the present study, the CRISPR-Cas9 system has been adapted to Leishmania donovani, a protozoan parasite that causes fatal human visceral leishmaniasis. We introduced the Cas9 nuclease into L. donovani and generated guide RNA (gRNA) expression vectors by using the L. donovani rRNA promoter and the hepatitis delta virus (HDV) ribozyme. It is demonstrated within that L. donovani mainly used homology-directed repair (HDR) and microhomology-mediated end joining (MMEJ) to repair the Cas9 nuclease-created double-strand DNA break (DSB). The nonhomologous end-joining (NHEJ) pathway appears to be absent in L. donovani. With this CRISPR-Cas9 system, it was possible to generate knockouts without selection by insertion of an oligonucleotide donor with stop codons and 25-nucleotide homology arms into the Cas9 cleavage site. Likewise, we disrupted and precisely tagged endogenous genes by inserting a bleomycin drug selection marker and GFP gene into the Cas9 cleavage site. With the use of Hammerhead and HDV ribozymes, a double-gRNA expression vector that further improved gene-targeting efficiency was developed, and it was used to make precise deletion of the 3-kb miltefosine transporter gene (LdMT). In addition, this study identified a novel single point mutation caused by CRISPR-Cas9 in LdMT (M381T) that led to miltefosine resistance, a concern for the only available oral antileishmanial drug. Together, these results demonstrate that the CRISPR-Cas9 system represents an effective genome engineering tool for L. donovani. PMID:26199327

  6. Closure Report for Corrective Action Unit 346: Areas 8, 10 Housekeeping Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    K. B. Campbell

    2003-08-01

    This Closure Report documents the closure activities conducted for Corrective Action Unit (CAU) 346: Areas 8, 10 Housekeeping Sites. CAU 346 is listed in Appendix III of the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO, 1996) and consists of the following 14 Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 8 and 10 of the Nevada Test Site (NTS): (1) CAS 08-22-04: Drums (2); (2) CAS 08-22-11: Drums; Bucket; (3) CAS 08-24-02: Battery; (4) CAS 10-14-01: Transformer; (5) CAS 10-22-06: Drum (Gas Block); (6) CAS 10-22-10: Drum (Gas Block); (7) CAS 10-22-12: Drum (Gas Block); (8) CAS 10-22-13: Drum (Gas Block); (9) CAS 10-22-16: Drum (Gas Block); (10) CAS 10-22-22: Drum; (11) CAS 10-22-25: Drum; (12) CAS 10-22-36: Paint Can; (13) CAS 10-22-37: Gas Block; and (14) CAS 10-24-11: Battery. Closure activities consisted of closing each CAS by removing debris and/or material, disposing of the generated waste, and verifying that each site was clean-closed by visual inspection and/or laboratory analysis of soil verification samples.

  7. Embolie de liquide amniotique: à propos de deux cas

    PubMed Central

    Elbahraoui, Houda; Bouziane, Hanane; Elghanmi, Adil; Lakhdar, Amina; Elhanchi, Zaki; Ferhati, Driss

    2012-01-01

    L’embolie de liquide amniotique (ELA) est une complication imprévisible de l’accouchement, souvent fatale, associant un collapsus cardiovasculaire sévère, un syndrome de détresse respiratoire aiguë et une hémorragie avec coagulation intra vasculaire disséminée (CIVD). Dès l’évocation du diagnostic, la prise en charge doit être multidisciplinaire et intensive. ELA est responsable d’une mortalité maternelle et néonatale importante, son incidence est extrêmement variable selon les études et le taux de mortalité maternelle varie entre 26 et 86 % selon les études. Ces dix dernières années, le pronostic materno-fœtal semble en amélioration grâce aux progrès de prise en charge standardisée multidisciplinaire sur les lieux d’accouchement. Nous rapportons deux cas d’embolie de liquide amniotique. Le premier cas s’est manifesté au cours du travail et le deuxième cas est survenu dans les suites immédiates de l’accouchement. PMID:22655108

  8. Le fibromatosis colli ou torticolis congénital: son diagnostic et sa prise en charge à propos de deux cas

    PubMed Central

    Tchaou, Mazamaesso; Pegbessou, Plaodezina Essobozou; Sonhaye, Lantam; Ahouanssou, Patricia Yékpé; Amadou, Abdoulatif; Kolou, Beresa; Kama, Lidi Bessi; Garba, Nouhou Mahamadou; Koussema, Lama Kegdigoma Agoda; N'dakéna, Koffi

    2015-01-01

    Le fibromatosis colli (FC) est pseudotumeur rare du muscle sterno-cléido-mastoïdien (SCM), à l'origine d'un torticolis dit congénital chez le nouveau-né ou le nourrisson. Le mécanisme étio-pathogénique de sa survenue est sujet à controverse. Son diagnostic fait appel à l’échographie qui permet de mettre en évidence un épaississement caractéristique du muscle. Nous rapportons deux cas diagnostiqués par l’échographie avec pour un cas une notion de malposition intra-utérine et pour l'autre cas une absence totale de malposition et de traumatisme obstétrical qui pourtant est évoqué comme élément du mécanisme de survenue du FC. PMID:26834927

  9. L'utilisation de la polarimetrie radar et de la decomposition de Touzi pour la caracterisation et la classification des physionomies vegetales des milieux humides : le cas du lac Saint-Pierre

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Gosselin, Gabriel

    Wetlands fill many important ecological functions and contribute to the biodiversity of fauna and flora. Although there is a growing recognition of the importance to protect these areas, it remains that their integrity is still threatened by the pressure of human activities. The inventory and the systematic monitoring of wetlands are a necessity and remote sensing is the only realistic way to achieve this goal. The primary objective of this thesis is to contribute and improve the wetland characterization using satellite polarimetric data acquired in L (ALOS-PALSAR) and C (RADARSAT-2) band. This thesis is based on two hypotheses (Ch. 1). The first hypothesis stipulate that classes of plant physiognomies, based on plant structure, are more appropriate than classes of plant species because they are best adapted to the information content of polarimetric radar data. The second hypothesis states that polarimetric decomposition algorithms allow an optimal extraction of polarimetric information compared to a multi-polarized approach based on the HH, HV and VV channels (Ch. 3). In particular, the contribution of the incoherent Touzi decomposition for the inventory and monitoring of wetlands is examined in detail. This decomposition allows the characterization of the scattering type, its phase, orientation, symmetry, degree of polarization and the backscattered power of a target with a series of parameters extracted from an analysis of the coherency matrix eigenvectors and eigenvalues. The lake Saint-Pierre region was chosen as the study site because of the great diversity of its wetlands that are covering more than 20 000 ha. One of the challenges posed by this thesis is that there is neither a standard system enumerating all the possible physiognomic classes nor an accurate description of their characteristics and dimensions. Special attention was given to the creation of these classes by combining several data sources and more than 50 plant species were grouped into nine

  10. Nucleosome breathing and remodeling constrain CRISPR-Cas9 function

    PubMed Central

    Isaac, R Stefan; Jiang, Fuguo; Doudna, Jennifer A; Lim, Wendell A; Narlikar, Geeta J; Almeida, Ricardo

    2016-01-01

    The CRISPR-Cas9 bacterial surveillance system has become a versatile tool for genome editing and gene regulation in eukaryotic cells, yet how CRISPR-Cas9 contends with the barriers presented by eukaryotic chromatin is poorly understood. Here we investigate how the smallest unit of chromatin, a nucleosome, constrains the activity of the CRISPR-Cas9 system. We find that nucleosomes assembled on native DNA sequences are permissive to Cas9 action. However, the accessibility of nucleosomal DNA to Cas9 is variable over several orders of magnitude depending on dynamic properties of the DNA sequence and the distance of the PAM site from the nucleosome dyad. We further find that chromatin remodeling enzymes stimulate Cas9 activity on nucleosomal templates. Our findings imply that the spontaneous breathing of nucleosomal DNA together with the action of chromatin remodelers allow Cas9 to effectively act on chromatin in vivo. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.13450.001 PMID:27130520

  11. Fusion of SpCas9 to E. coli Rec A protein enhances CRISPR-Cas9 mediated gene knockout in mammalian cells.

    PubMed

    Lin, Lin; Petersen, Trine Skov; Jensen, Kristopher Torp; Bolund, Lars; Kühn, Ralf; Luo, Yonglun

    2017-03-01

    Mammalian cells repair double-strand DNA breaks (DSB) by a range of different pathways following DSB induction by the engineered clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated protein Cas9. While CRISPR-Cas9 thus enables predesigned modifications of the genome, applications of CRISPR-Cas9-mediated genome-editing are frequently hampered by the unpredictable and varying pathways for DSB repair in mammalian cells. Here we present a strategy of fusing Cas9 to recombinant proteins for fine-tuning of the DSB repair preferences in mammalian cells. By fusing Streptococcus Pyogenes Cas9 (SpCas9) to the recombinant protein A (Rec A, NP_417179.1) from Escherichia coli, we create a recombinant Cas9 protein (rSpCas9) which enhances the generation of indel mutations at DSB sites in mammalian cells, increases the frequency of DSB repair by homology-directed single-strand annealing (SSA), and represses homology-directed gene conversion by approximately 33%. Our study thus proves for the first time that fusing SpCas9 to recombinant proteins can influence the balance between DSB repair pathways in mammalian cells. This approach may form the basis for further investigations of the applications of recombinant Cas9 proteins to fine-tuning DSB repair pathways in eukaryotic cells.

  12. Pilomatricome: étude de 22 cas

    PubMed Central

    Nasreddine, Fatima Zahra; Hali, Fouzia; Chiheb, Soumiya

    2016-01-01

    Le pilomatricome est une tumeur cutanée fréquente et bénigne du follicule pileux chez l'enfant. C'est une tumeur annexielle souvent méconnue et confondue avec d'autres lésions cutanées. Les localisations habituelles sont la tête et le cou. Le but de ce travail est de rapporter une série de 22 cas comportant des formes inhabituelles colligées au service de dermatologie sur une période allant de Janvier 2006 jusqu'au Mai 2015. L’étude a concerné 16 femmes et 6 hommes. La moyenne d’âge était de 23,3 ans (4-80 ans). La localisation cervico faciale a été observée dans 12 cas, 2 patients avaient des localisations multiples, un garçon de 4ans avait une localisation au niveau fronto-temporal et une fillette de 14 ans avait une localisation au niveau du visage et de l'avant-bras, et un patient de 48 ans avait une localisation sous unguéale. L'aspect clinique était typique dans tous les cas avec des nodules sous cutanés de consistance pierreuse. Tous les patients ont bénéficié d'une exérèse des nodules sous anesthésie locale. L’étude histologique était en faveur d'un épithélioma momifié de Malherbe d'exérèse complète sans signes de malignité. Aucun patient n'a présenté de rechute. L'originalité de notre étude réside dans la présence de localisations exceptionnelles au niveau latéro-vertébral, des membres et sous-unguéale, l’âge de survenue inhabituel à 80 ans et la présence de localisations multiples signalées chez 2 enfants. PMID:27516819

  13. Méthotrexate et psoriasis: à propos de 46 cas

    PubMed Central

    Inani, Kawtar; Meziane, Mariame; Mernissi, Fatimazahra

    2014-01-01

    Le psoriasis est une maladie inflammatoire chronique, son traitement peut être local ou général. Le méthotrexate (MTX) est parmi les traitements systémiques du psoriasis modéré à sévère. Le but de notre étude est d’évaluer la place du MTX dans le traitement du psoriasis dans notre contexte marocain. C'est une étude rétrospective menée au service de dermatologie du CHU HASSAN II FES de 2010 à 2013. 46 patients ont répondus aux critères d'inclusions. Il s'agissait de patients de sexe masculin dans 58,7% des cas, de sujets âgés entre 18 et 45 ans dans 45,7% des cas. Le psoriasis vulgaire était la forme la plus répondue (76,1%), 56,5% avaient une surface corporelle(SC) atteinte comprise entre 25 et 50%, L’évolution était marquée par une rémission complète dans 50% des cas. Le MTX a été utilisé depuis plus de 40 ans dans le traitement du psoriasis modéré à sévère. Dans notre série le recours au MTX était nécessaire et ceci après échec d'autres thérapeutiques. Son efficacité a été constatée chez 50% des patients, avec peu d'effets secondaires. Le MTX est une molécule de référence dans le traitement du psoriasis modéré à sévère, avec un meilleur rapport coût/bénéfice/risque. PMID:25709742

  14. Pyo-pneumothorax tuberculeux: à propos de 18 cas

    PubMed Central

    Hicham, Souhi; Hanane, El Ouazzani; Hicham, Janah; Ismaïl, Rhorfi; Ahmed, Abid

    2016-01-01

    Le pyo-pneumothorax tuberculeux est une complication rare mais grave de la tuberculose pulmonaire évolutive. Nous rapportons une série de 18 cas de pyo-pneumothorax tuberculeux colligés au service de Pneumo-Phtisiologie de l'Hôpital Militaire d'Instruction Mohammed V de Rabat entre janvier 2005 et décembre 2009. Il s'agit de 15 hommes et 3 femmes d’âge moyen de 35 ans ±7 ans. 4 patients étaient diabétiques. Le tabagisme était retrouvé chez 9 cas. Le pyo-pneumothorax était du coté droit dans 13 cas. La radiographie thoracique avait montré des lésions cavitaires chez 15 patients et des lésions étendues et bilatérales chez 8 cas. La recherche de BK dans le liquide de tubage gastrique était positive chez 16 cas. Un drainage thoracique associé à un traitement antituberculeux selon le régime 2SRHZ/7RH et une kinésithérapie respiratoire ont été instaurés chez tous les cas. La durée moyenne de drainage pleural était de 4 semaines. Chez 3 cas on avait noté la persistance de la suppuration pleurale ayant nécessité une toilette pleurale sous thoracoscopie avec pleurectomie et exérèse pulmonaire limitée emportant la lésion parenchymateuse tuberculeuse et la persistance d'une volumineuse poche pleurale avec trouble ventilatoire restrictif ayant nécessité une décortication pleurale chirurgicale chez deux cas. L’évolution était favorable avec pachypleurite séquellaire minime chez le reste des cas. Le pyo-pneumothorax tuberculeux est une forme grave, qui est souvent en rapport avec une tuberculose cavitaire active. L’évolution est généralement trainante malgré le traitement antituberculeux et le drainage thoracique, d'où la nécessité d'un diagnostic et un traitement précoce de toute forme de tuberculose. PMID:27583090

  15. Application of CRISPR/Cas9 for biomedical discoveries.

    PubMed

    Riordan, Sean M; Heruth, Daniel P; Zhang, Li Q; Ye, Shui Qing

    2015-01-01

    The Clustered Regions of Interspersed Palindromic Repeats-Cas9 (CRISPR/Cas9), a viral defense system found in bacteria and archaea, has emerged as a tour de force genome editing tool. The CRISPR/Cas9 system is much easier to customize and optimize because the site selection for DNA cleavage is guided by a short sequence of RNA rather than an engineered protein as in the systems of zinc finger nucleases (ZFN), transcription activator-like effector nucleases (TALEN), and meganucleases. Although it still suffers from some off-target effects, the CRISPR/Cas9 system has been broadly and successfully applied for biomedical discoveries in a number of areas. In this review, we present a brief history and development of the CRISPR system and focus on the application of this genome editing technology for biomedical discoveries. We then present concise concluding remarks and future directions for this fast moving field.

  16. The structural biology of CRISPR-Cas systems.

    PubMed

    Jiang, Fuguo; Doudna, Jennifer A

    2015-02-01

    Prokaryotic CRISPR-Cas genomic loci encode RNA-mediated adaptive immune systems that bear some functional similarities with eukaryotic RNA interference. Acquired and heritable immunity against bacteriophage and plasmids begins with integration of ∼30 base pair foreign DNA sequences into the host genome. CRISPR-derived transcripts assemble with CRISPR-associated (Cas) proteins to target complementary nucleic acids for degradation. Here we review recent advances in the structural biology of these targeting complexes, with a focus on structural studies of the multisubunit Type I CRISPR RNA-guided surveillance and the Cas9 DNA endonuclease found in Type II CRISPR-Cas systems. These complexes have distinct structures that are each capable of site-specific double-stranded DNA binding and local helix unwinding.

  17. Les visages du cas (The Faces of Case)

    ERIC Educational Resources Information Center

    Starosta, Stanley

    1975-01-01

    It is argued that too much attention to deep structure has led to neglect of surface realizations. Case relations and case forms are studied as well as the relationships between the two. (Text is in French.) (AM)

  18. WITHDRAWN: Cas radiologique du mois Radiological quiz of the month.

    PubMed

    Lacroix, D; Soldaini, A; Lehmann, C; Leflot, L

    2009-03-10

    This article has been withdrawn at the request of the author(s) and/or editor. The Publisher apologizes for any inconvenience this may cause. The full Elsevier Policy on Article Withdrawal can be found at http://www.elsevier.com/locate/withdrawalpolicy.

  19. Potential pitfalls of CRISPR/Cas9-mediated genome editing.

    PubMed

    Peng, Rongxue; Lin, Guigao; Li, Jinming

    2016-04-01

    Recently, a novel technique named the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated protein (Cas)9 system has been rapidly developed. This genome editing tool has improved our ability tremendously with respect to exploring the pathogenesis of diseases and correcting disease mutations, as well as phenotypes. With a short guide RNA, Cas9 can be precisely directed to target sites, and functions as an endonuclease to efficiently produce breaks in DNA double strands. Over the past 30 years, CRISPR has evolved from the 'curious sequences of unknown biological function' into a promising genome editing tool. As a result of the incessant development in the CRISPR/Cas9 system, Cas9 co-expressed with custom guide RNAs has been successfully used in a variety of cells and organisms. This genome editing technology can also be applied to synthetic biology, functional genomic screening, transcriptional modulation and gene therapy. However, although CRISPR/Cas9 has a broad range of action in science, there are several aspects that affect its efficiency and specificity, including Cas9 activity, target site selection and short guide RNA design, delivery methods, off-target effects and the incidence of homology-directed repair. In the present review, we highlight the factors that affect the utilization of CRISPR/Cas9, as well as possible strategies for handling any problems. Addressing these issues will allow us to take better advantage of this technique. In addition, we also review the history and rapid development of the CRISPR/Cas system from the time of its initial discovery in 2012.

  20. Le cancer en Mauritanie : résultats sur 10 ans du registre hospitalier de Nouakchott

    PubMed Central

    Baba, Nacer Dine Ould Mohamed; Sauvaget, Catherine

    2013-01-01

    Le fardeau du cancer reste mal connu en Mauritanie. Il n'est basé que sur des extrapolations de l'incidence des cancers des pays avoisinants. Les données du registre de l'hôpital national permettent de décrire les cas avec un diagnostic histologique. Tous les cas de cancers enregistrés par le service d'anatomo-pathologie de l'hôpital national de Nouakchott de 2000 à 2009 ont été analysés. En 10 ans, 3305 prélèvements histologiques ont été analysés (hommes:42%, femmes:58%). Chez l'homme, le cancer le plus fréquemment analysé était le cancer de la peau (218 cas au total, 189 cas en excluant mélanome), suivi de la prostate (203), des cancers digestifs (179, colorectal et ‘sophage), et des lymphomes (151). Chez la femme, un quart des biopsies était des cancers du sein (485), suivi du col utérin (344), de la sphère gynécologique (218, ovaire et corps utérin), et de la peau (114). Les cancers du foie, du poumon ou de la vessie étaient peu fréquents. Ces résultats ne reflètent pas l'incidence ni l'actuel fardeau du cancer en Mauritanie puisque de nombreux patients diagnostiqués avec un cancer ne reçoivent pas d'examen anatomopathologique. Si, comme dans les pays avoisinants du Maroc et du Mali, les cancers du col et du sein sont les pathologies les plus fréquentes chez la femme, la distribution des cancers chez l'homme dans ce registre hospitalier diffère des résultats des registres de population du Maroc et du Mali où les cancers du poumon, du foie, de la prostate et de la vessie dominent. PMID:23785554

  1. Pontage fémoro-fémoral croisé avec tunnulisation périnéale sous-scrotale pour une infection grave du triangle de scarpa

    PubMed Central

    Mrad, Melek Ben; Miri, Rim; Kaouel, Karim; Derbel, Bilel; Tarzi, Mariem; Ghedira, Faker; Kalfat, Tawfik; Mizouni, Hbiba; Khayati, Adel

    2015-01-01

    Nous décrivons dans cet article une technique de revascularisation des patients ayant une infection de prothèse vasculaire sus-crurale au niveau dutriangle de scarpa, et qui minimise le risque d'infection récurrente du greffon. Cette technique consiste en un pontage fémoro-fémoral croisé avec un tunnel périnéal sous-cutané loin du scarpa infecté que le tunnel classique sus-pubiensous-cutané ne permet pas. Nous rapportons le cas d'un patient âgé de 52 ans, artéritique, multi-opérés, admis pour infection du scarpa droit sur un pontage fémoro-fémoral prothétique perméable, le patient a eu une explantation de ce pontage et une revascularisation par un pontage périnéal sous-scrotal veineux loin du site infectieux; l’évolution a été excellente et le pontage est encore perméable après deux ans de suivi. Le pontage fémoro-fémoral périnéal est une procédure exceptionnellement réalisée, mais qui peut constituer une vraie option thérapeutique de revascularisation chez les patients avec une infection du scarpa. PMID:26955419

  2. An Effective Strategy for Reliably Isolating Heritable and Cas9-Free Arabidopsis Mutants Generated by CRISPR/Cas9-Mediated Genome Editing.

    PubMed

    Gao, Xiuhua; Chen, Jilin; Dai, Xinhua; Zhang, Da; Zhao, Yunde

    2016-07-01

    Mutations generated by CRISPR/Cas9 in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) are often somatic and are rarely heritable. Isolation of mutations in Cas9-free Arabidopsis plants can ensure the stable transmission of the identified mutations to next generations, but the process is laborious and inefficient. Here, we present a simple visual screen for Cas9-free T2 seeds, allowing us to quickly obtain Cas9-free Arabidopsis mutants in the T2 generation. To demonstrate this in principle, we targeted two sites in the AUXIN-BINDING PROTEIN1 (ABP1) gene, whose function as a membrane-associated auxin receptor has been challenged recently. We obtained many T1 plants with detectable mutations near the target sites, but only a small fraction of T1 plants yielded Cas9-free abp1 mutations in the T2 generation. Moreover, the mutations did not segregate in Mendelian fashion in the T2 generation. However, mutations identified in the Cas9-free T2 plants were stably transmitted to the T3 generation following Mendelian genetics. To further simplify the screening procedure, we simultaneously targeted two sites in ABP1 to generate large deletions, which can be easily identified by PCR. We successfully generated two abp1 alleles that contained 1,141- and 711-bp deletions in the ABP1 gene. All of the Cas9-free abp1 alleles we generated were stable and heritable. The method described here allows for effectively isolating Cas9-free heritable CRISPR mutants in Arabidopsis.

  3. A propos d’un cas de grossesse ovarienne

    PubMed Central

    Nday, David Kakez; Kangulu, Ignace Bwana; Ngombe, Léon Kabamba; Nfundi, Jimmy Ngoie; Salumu, Gabriel; Kameya, Patrick Nduwa; Nzaji, Michel Kabamba; Tshamba, Henry Mundongo

    2016-01-01

    Nous rapportons un cas de grossesse ovarienne gauche découverte de manière passive en consultation externe à l'hôpital général de référence de Dilolo en République Démocratique du Congo. Le diagnostic a été confirmé à l'échographie, la prise en charge chirurgicale et les suites opératoires bonnes. La femme enceinte et le personnel médical devront être conscients de l'importance du bon suivi clinique et échographique de la grossesse pour le diagnostic précoce des implantations anormales. PMID:28292137

  4. CRISPR/Cas9-induced knockout and knock-in mutations in Chlamydomonas reinhardtii.

    PubMed

    Shin, Sung-Eun; Lim, Jong-Min; Koh, Hyun Gi; Kim, Eun Kyung; Kang, Nam Kyu; Jeon, Seungjib; Kwon, Sohee; Shin, Won-Sub; Lee, Bongsoo; Hwangbo, Kwon; Kim, Jungeun; Ye, Sung Hyeok; Yun, Jae-Young; Seo, Hogyun; Oh, Hee-Mock; Kim, Kyung-Jin; Kim, Jin-Soo; Jeong, Won-Joong; Chang, Yong Keun; Jeong, Byeong-Ryool

    2016-06-13

    Genome editing is crucial for genetic engineering of organisms for improved traits, particularly in microalgae due to the urgent necessity for the next generation biofuel production. The most advanced CRISPR/Cas9 system is simple, efficient and accurate in some organisms; however, it has proven extremely difficult in microalgae including the model alga Chlamydomonas. We solved this problem by delivering Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) comprising the Cas9 protein and sgRNAs to avoid cytotoxicity and off-targeting associated with vector-driven expression of Cas9. We obtained CRISPR/Cas9-induced mutations at three loci including MAA7, CpSRP43 and ChlM, and targeted mutagenic efficiency was improved up to 100 fold compared to the first report of transgenic Cas9-induced mutagenesis. Interestingly, we found that unrelated vectors used for the selection purpose were predominantly integrated at the Cas9 cut site, indicative of NHEJ-mediated knock-in events. As expected with Cas9 RNPs, no off-targeting was found in one of the mutagenic screens. In conclusion, we improved the knockout efficiency by using Cas9 RNPs, which opens great opportunities not only for biological research but also industrial applications in Chlamydomonas and other microalgae. Findings of the NHEJ-mediated knock-in events will allow applications of the CRISPR/Cas9 system in microalgae, including "safe harboring" techniques shown in other organisms.

  5. CRISPR/Cas9-induced knockout and knock-in mutations in Chlamydomonas reinhardtii

    PubMed Central

    Shin, Sung-Eun; Lim, Jong-Min; Koh, Hyun Gi; Kim, Eun Kyung; Kang, Nam Kyu; Jeon, Seungjib; Kwon, Sohee; Shin, Won-Sub; Lee, Bongsoo; Hwangbo, Kwon; Kim, Jungeun; Ye, Sung Hyeok; Yun, Jae-Young; Seo, Hogyun; Oh, Hee-Mock; Kim, Kyung-Jin; Kim, Jin-Soo; Jeong, Won-Joong; Chang, Yong Keun; Jeong, Byeong-ryool

    2016-01-01

    Genome editing is crucial for genetic engineering of organisms for improved traits, particularly in microalgae due to the urgent necessity for the next generation biofuel production. The most advanced CRISPR/Cas9 system is simple, efficient and accurate in some organisms; however, it has proven extremely difficult in microalgae including the model alga Chlamydomonas. We solved this problem by delivering Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) comprising the Cas9 protein and sgRNAs to avoid cytotoxicity and off-targeting associated with vector-driven expression of Cas9. We obtained CRISPR/Cas9-induced mutations at three loci including MAA7, CpSRP43 and ChlM, and targeted mutagenic efficiency was improved up to 100 fold compared to the first report of transgenic Cas9-induced mutagenesis. Interestingly, we found that unrelated vectors used for the selection purpose were predominantly integrated at the Cas9 cut site, indicative of NHEJ-mediated knock-in events. As expected with Cas9 RNPs, no off-targeting was found in one of the mutagenic screens. In conclusion, we improved the knockout efficiency by using Cas9 RNPs, which opens great opportunities not only for biological research but also industrial applications in Chlamydomonas and other microalgae. Findings of the NHEJ-mediated knock-in events will allow applications of the CRISPR/Cas9 system in microalgae, including “safe harboring” techniques shown in other organisms. PMID:27291619

  6. Nucleosomes impede Cas9 access to DNA in vivo and in vitro

    PubMed Central

    Horlbeck, Max A; Witkowsky, Lea B; Guglielmi, Benjamin; Replogle, Joseph M; Gilbert, Luke A; Villalta, Jacqueline E; Torigoe, Sharon E; Tjian, Robert; Weissman, Jonathan S

    2016-01-01

    The prokaryotic CRISPR (clustered regularly interspaced palindromic repeats)-associated protein, Cas9, has been widely adopted as a tool for editing, imaging, and regulating eukaryotic genomes. However, our understanding of how to select single-guide RNAs (sgRNAs) that mediate efficient Cas9 activity is incomplete, as we lack insight into how chromatin impacts Cas9 targeting. To address this gap, we analyzed large-scale genetic screens performed in human cell lines using either nuclease-active or nuclease-dead Cas9 (dCas9). We observed that highly active sgRNAs for Cas9 and dCas9 were found almost exclusively in regions of low nucleosome occupancy. In vitro experiments demonstrated that nucleosomes in fact directly impede Cas9 binding and cleavage, while chromatin remodeling can restore Cas9 access. Our results reveal a critical role of eukaryotic chromatin in dictating the targeting specificity of this transplanted bacterial enzyme, and provide rules for selecting Cas9 target sites distinct from and complementary to those based on sequence properties. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.12677.001 PMID:26987018

  7. Generating Mouse Models Using CRISPR-Cas9 Mediated Genome Editing

    PubMed Central

    Qin, Wenning; Kutny, Peter M.; Maser, Richard S.; Dion, Stephanie L.; Lamont, Jeffrey D.; Zhang, Yingfan; Perry, Greggory A.; Wang, Haoyi

    2016-01-01

    The CRISPR-Cas9 system in bacteria and archaea has recently been exploited for genome editing in various model organisms, including mice. The CRISPR-Cas9 reagents can be delivered directly into the mouse zygote to derive a mutant animal carrying targeted genetic modifications. The major components of the system include the guide RNA which provides target specificity, the Cas9 nuclease that creates the DNA double-strand break, and the donor oligonucleotide or plasmid carrying the intended mutation flanked by sequences homologous to the target site. Here we describe the general considerations and experimental protocols for creating genetically modified mice using the CRISPR-Cas9 system. PMID:26928663

  8. Rational design of a split-Cas9 enzyme complex

    SciTech Connect

    Wright, Addison V.; Sternberg, Samuel H.; Taylor, David W.; Staahl, Brett T.; Bardales, Jorge A.; Kornfeld, Jack E.; Doudna, Jennifer A.

    2015-02-23

    Cas9, an RNA-guided DNA endonuclease found in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bacterial immune systems, is a versatile tool for genome editing, transcriptional regulation, and cellular imaging applications. Structures of Streptococcus pyogenes Cas9 alone or bound to single-guide RNA (sgRNA) and target DNA revealed a bilobed protein architecture that undergoes major conformational changes upon guide RNA and DNA binding. To investigate the molecular determinants and relevance of the interlobe rearrangement for target recognition and cleavage, we designed a split-Cas9 enzyme in which the nuclease lobe and α-helical lobe are expressed as separate polypeptides. The lobes do not interact on their own, the sgRNA recruits them into a ternary complex that recapitulates the activity of full-length Cas9 and catalyzes site-specific DNA cleavage. The use of a modified sgRNA abrogates split-Cas9 activity by preventing dimerization, allowing for the development of an inducible dimerization system. We propose that split-Cas9 can act as a highly regulatable platform for genome-engineering applications.

  9. Rational design of a split-Cas9 enzyme complex

    DOE PAGES

    Wright, Addison V.; Sternberg, Samuel H.; Taylor, David W.; ...

    2015-02-23

    Cas9, an RNA-guided DNA endonuclease found in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bacterial immune systems, is a versatile tool for genome editing, transcriptional regulation, and cellular imaging applications. Structures of Streptococcus pyogenes Cas9 alone or bound to single-guide RNA (sgRNA) and target DNA revealed a bilobed protein architecture that undergoes major conformational changes upon guide RNA and DNA binding. To investigate the molecular determinants and relevance of the interlobe rearrangement for target recognition and cleavage, we designed a split-Cas9 enzyme in which the nuclease lobe and α-helical lobe are expressed as separate polypeptides. The lobes do not interactmore » on their own, the sgRNA recruits them into a ternary complex that recapitulates the activity of full-length Cas9 and catalyzes site-specific DNA cleavage. The use of a modified sgRNA abrogates split-Cas9 activity by preventing dimerization, allowing for the development of an inducible dimerization system. We propose that split-Cas9 can act as a highly regulatable platform for genome-engineering applications.« less

  10. Rational design of a split-Cas9 enzyme complex.

    PubMed

    Wright, Addison V; Sternberg, Samuel H; Taylor, David W; Staahl, Brett T; Bardales, Jorge A; Kornfeld, Jack E; Doudna, Jennifer A

    2015-03-10

    Cas9, an RNA-guided DNA endonuclease found in clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bacterial immune systems, is a versatile tool for genome editing, transcriptional regulation, and cellular imaging applications. Structures of Streptococcus pyogenes Cas9 alone or bound to single-guide RNA (sgRNA) and target DNA revealed a bilobed protein architecture that undergoes major conformational changes upon guide RNA and DNA binding. To investigate the molecular determinants and relevance of the interlobe rearrangement for target recognition and cleavage, we designed a split-Cas9 enzyme in which the nuclease lobe and α-helical lobe are expressed as separate polypeptides. Although the lobes do not interact on their own, the sgRNA recruits them into a ternary complex that recapitulates the activity of full-length Cas9 and catalyzes site-specific DNA cleavage. The use of a modified sgRNA abrogates split-Cas9 activity by preventing dimerization, allowing for the development of an inducible dimerization system. We propose that split-Cas9 can act as a highly regulatable platform for genome-engineering applications.

  11. Host Double Strand Break Repair Generates HIV-1 Strains Resistant to CRISPR/Cas9.

    PubMed

    Yoder, Kristine E; Bundschuh, Ralf

    2016-07-12

    CRISPR/Cas9 genome editing has been proposed as a therapeutic treatment for HIV-1 infection. CRISPR/Cas9 induced double strand breaks (DSBs) targeted to the integrated viral genome have been shown to decrease production of progeny virus. Unfortunately HIV-1 evolves rapidly and may readily produce CRISPR/Cas9 resistant strains. Here we used next-generation sequencing to characterize HIV-1 strains that developed resistance to six different CRISPR/Cas9 guide RNAs (gRNAs). Reverse transcriptase (RT) derived base substitution mutations were commonly found at sites encoding unpaired bases of RNA stem-loop structures. In addition to RT mutations, insertion and/or deletion (indel) mutations were common. Indels localized to the CRISPR/Cas9 cleavage site were major contributors to CRISPR gRNA resistance. While most indels at non-coding regions were a single base pair, 3 base pair indels were observed when a coding region of HIV-1 was targeted. The DSB repair event may preserve the HIV-1 reading frame, while destroying CRISPR gRNA homology. HIV-1 may be successfully edited by CRISPR/Cas9, but the virus remains competent for replication and resistant to further CRISPR/Cas9 targeting at that site. These observations strongly suggest that host DSB repair at CRISPR/Cas9 cleavage sites is a novel and important pathway that may contribute to HIV-1 therapeutic resistance.

  12. Host Double Strand Break Repair Generates HIV-1 Strains Resistant to CRISPR/Cas9

    PubMed Central

    Yoder, Kristine E.; Bundschuh, Ralf

    2016-01-01

    CRISPR/Cas9 genome editing has been proposed as a therapeutic treatment for HIV-1 infection. CRISPR/Cas9 induced double strand breaks (DSBs) targeted to the integrated viral genome have been shown to decrease production of progeny virus. Unfortunately HIV-1 evolves rapidly and may readily produce CRISPR/Cas9 resistant strains. Here we used next-generation sequencing to characterize HIV-1 strains that developed resistance to six different CRISPR/Cas9 guide RNAs (gRNAs). Reverse transcriptase (RT) derived base substitution mutations were commonly found at sites encoding unpaired bases of RNA stem-loop structures. In addition to RT mutations, insertion and/or deletion (indel) mutations were common. Indels localized to the CRISPR/Cas9 cleavage site were major contributors to CRISPR gRNA resistance. While most indels at non-coding regions were a single base pair, 3 base pair indels were observed when a coding region of HIV-1 was targeted. The DSB repair event may preserve the HIV-1 reading frame, while destroying CRISPR gRNA homology. HIV-1 may be successfully edited by CRISPR/Cas9, but the virus remains competent for replication and resistant to further CRISPR/Cas9 targeting at that site. These observations strongly suggest that host DSB repair at CRISPR/Cas9 cleavage sites is a novel and important pathway that may contribute to HIV-1 therapeutic resistance. PMID:27404981

  13. Single-Stranded DNA Cleavage by Divergent CRISPR-Cas9 Enzymes.

    PubMed

    Ma, Enbo; Harrington, Lucas B; O'Connell, Mitchell R; Zhou, Kaihong; Doudna, Jennifer A

    2015-11-05

    Double-stranded DNA (dsDNA) cleavage by Cas9 is a hallmark of type II CRISPR-Cas immune systems. Cas9-guide RNA complexes recognize 20-base-pair sequences in DNA and generate a site-specific double-strand break, a robust activity harnessed for genome editing. DNA recognition by all studied Cas9 enzymes requires a protospacer adjacent motif (PAM) next to the target site. We show that Cas9 enzymes from evolutionarily divergent bacteria can recognize and cleave single-stranded DNA (ssDNA) by an RNA-guided, PAM-independent recognition mechanism. Comparative analysis shows that in contrast to the type II-A S. pyogenes Cas9 that is widely used for genome engineering, the smaller type II-C Cas9 proteins have limited dsDNA binding and unwinding activity and promiscuous guide RNA specificity. These results indicate that inefficiency of type II-C Cas9 enzymes for genome editing results from a limited ability to cleave dsDNA and suggest that ssDNA cleavage was an ancestral function of the Cas9 enzyme family.

  14. Single-stranded DNA cleavage by divergent CRISPR-Cas9 enzymes

    PubMed Central

    Ma, Enbo; Harrington, Lucas B.; O’Connell, Mitchell R.; Zhou, Kaihong; Doudna, Jennifer A.

    2015-01-01

    Summary Double-stranded DNA (dsDNA) cleavage by Cas9 is a hallmark of type II CRISPR-Cas immune systems. Cas9–guide RNA complexes recognize 20-base-pair sequences in DNA and generate a site-specific double-strand break, a robust activity harnessed for genome editing. DNA recognition by all studied Cas9 enzymes requires a protospacer adjacent motif (PAM) next to the target site. We show that Cas9 enzymes from evolutionarily divergent bacteria can recognize and cleave single-stranded DNA (ssDNA) by an RNA-guided, PAM-independent recognition mechanism. Comparative analysis shows that in contrast to the type II-A S. pyogenes Cas9 that is widely used for genome engineering, the smaller type II-C Cas9 proteins have limited dsDNA binding and unwinding activity and promiscuous guide-RNA specificity. These results indicate that inefficiency of type II-C Cas9 enzymes for genome editing results from a limited ability to cleave dsDNA, and suggest that ssDNA cleavage was an ancestral function of the Cas9 enzyme family. PMID:26545076

  15. Migration pelvienne de broche guide dans la chirurgie des fractures de hanche: à propos de 3 cas

    PubMed Central

    Guèye, Mohamadou Lamine; Thiam, Ousmane; Touré, Alpha Oumar; Seck, Mamadou; Cissé, Mamadou; Kâ, Ousmane; Dieng, Madieng; Dia, Abderahmane; Touré, Cheikh Tidiane

    2015-01-01

    La migration de matériel d'ostéosynthèse est une complication bien connue du traitement chirurgical des fractures. Toutefois, la migration pelvienne de broche guide dans la chirurgie des fractures de la hanche est un incident rare et potentiellement grave. Nous rapportons 3 observations dans lesquelles on notait une migration de broche guide dans le pelvis lors d'une ostéosynthèse dela hanche de type DHS. L'indication chirurgicale était une fracture per-trochantérienne dans 2 cas et une fracture du col fémoral type 4 de Garden dans 1 cas. Une minilaparotomie permettait d'objectiver une plaie du ligament large gauche et un hématome ligamentaire dans 1 cas, tandis que dans les 2 autres cas, il n'y avait pas de lésion viscérale. L'extraction de la broche a été effectuée dans les 3 cas. Les suites opératoires ont été simples chez tous les patients. PMID:26327949

  16. Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan for Corrective Action Unit 107: Low Impact Soil Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2008-09-30

    This Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan covers activities associated with Corrective Action Unit (CAU) 107 of the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO, 1996 [as amended February 2008]). CAU 107 consists of the following Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 1, 2, 3, 4, 5, 9, 10, and 18 of the Nevada Test Site. (1) CAS 01-23-02, Atmospheric Test Site - High Alt; (2) CAS 02-23-02, Contaminated Areas (2); (3) CAS 02-23-03, Contaminated Berm; (4) CAS 02-23-10, Gourd-Amber Contamination Area; (5) CAS 02-23-11, Sappho Contamination Area; (6) CAS 02-23-12, Scuttle Contamination Area; (7) CAS 03-23-24, Seaweed B Contamination Area; (8) CAS 03-23-27, Adze Contamination Area; (9) CAS 03-23-28, Manzanas Contamination Area; (10) CAS 03-23-29, Truchas-Chamisal Contamination Area; (11) CAS 04-23-02, Atmospheric Test Site T4-a; (12) CAS 05-23-06, Atmospheric Test Site; (13) CAS 09-23-06, Mound of Contaminated Soil; (14) CAS 10-23-04, Atmospheric Test Site M-10; and (15) CAS 18-23-02, U-18d Crater (Sulky). Based on historical documentation, personnel interviews, site process knowledge, site visits, photographs, engineering drawings, field screening, analytical results, and the results of data quality objectives process (Section 3.0), closure in place with administrative controls or no further action will be implemented for CAU 107. CAU 107 closure activities will consist of verifying that the current postings required under Title 10 Code of Federal Regulations (CFR) Part 835 are in place and implementing use restrictions (URs) at two sites, CAS 03-23-29 and CAS 18-23-02. The current radiological postings combined with the URs are adequate administrative controls to limit site access and worker dose.

  17. Dual nuclease activity of a Cas2 protein in CRISPR-Cas subtype I-B of Leptospira interrogans.

    PubMed

    Dixit, Bhuvan; Ghosh, Karukriti Kaushik; Fernandes, Gary; Kumar, Pankaj; Gogoi, Prerana; Kumar, Manish

    2016-04-01

    Leptospira interrogans serovar Copenhageni strain Fiocruz L1-130 carries a set of cas genes associated with CRISPR-Cas subtype I-B. Herein, we report for the first time active transcription of a set of cas genes (cas1 to cas8) of L. interrogans where cas4, cas1, cas2 and cas6, cas3, cas8, cas7, cas5 are clustered together in two independent operons. As an initial step toward comprehensive understanding of CRISPR-Cas system in spirochete, the biochemical study of one of the core Leptospira Cas2 proteins (Lep_Cas2) showed nuclease activity on both DNA and RNA in a nonspecific manner. Additionally, unlike other known Cas2 proteins, Lep_Cas2 showed metal-independent RNase activity and preferential activity on RNA over DNA. These results provide insight for understanding Cas2 diversity existing in the prokaryotic adaptive immune system.

  18. Etude de la prévalence des infections nosocomiales et des facteurs associes dans les deux hopitaux universitaires de Lubumbashi, République Démocratique du Congo: cas des Cliniques Universitaires de Lubumbashi et l’Hôpital Janson Sendwe

    PubMed Central

    Kakupa, Danny Kasongo; Muenze, Prosper Kalenga; Byl, Baudouin; Wilmet, Michèle Dramaix

    2016-01-01

    Introduction Estimer la prévalence « un jour donné » des infections nosocomiales et déterminer leurs facteurs associés, ensuite estimer la prévalence des micro-organismes responsables des infections nosocomiales de Lubumbashi, République Démocratique du Congo. Méthodes Une étude transversale descriptive a été menée dans les deux hôpitaux de Lubumbashi au sein de cinq services d’hospitalisation (Chirurgie, Gynéco-Obstétrique, Médecine interne, Pédiatrie et Réanimation). L’échantillon était constitué de 171 patients hospitalisés et qui ont été interrogés à l’aide d’un questionnaire standardisé. La fiche médicale nous a permit de connaitre le type d’antibiotique administré au patient 48 heures après d’admission. Notre étude s’est déroulée durant le mois de février 2010 dans le cadre de la première enquête locale de prévalence des infections nosocomiales. Résultats Notre étude a permis de recenser 59 patients atteints d’une infection nosocomiale. La prévalence globale est de 34,5% (dont 17,0% pour une infection nosocomiale acquise et 17,5% pour une infection importée). L’infection nosocomiale a été définie selon l’Organisation Mondiale de la Santé comme toute infection acquise pendant un séjour à l’hôpital et qui n’était ni présente ni en incubation au moment de l’admission du patient. Les facteurs de risque suivants ont été associés aux infections nosocomiales acquises: durée d’hospitalisation (les patients admis en long séjour, séjour de plus de sept jours d’hospitalisation avaient un risque plus élevé que ceux admis en séjour court, séjour inférieur ou égal à sept jours d’hospitalisation (Ratio de prévalence: RP =3,6 [IC a 95% 1,4-8,9]). Parmi les infections nosocomiales, les infections du site opératoire étaient les plus fréquentes (27,1%), suivies des infections pulmonaires (22,0%) et des infections urinaires (17,0%). L’examen microbiologique a permis de mettre

  19. Lymphangiome kystique cervico-thoracique: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Nadour, Karim; Moujahid, Mountassir

    2016-01-01

    Les lymphangiomes kystiques cervico-thoraciques sont des tumeurs bénignes rares, ils proviendraient d'une séquestration du sac lymphatique embryonnaire qui se remplirait progressivement de liquide lymphatique. Le diagnostic est évoqué par la clinique (tuméfaction latéro-cervicale) et l'imagerie (échographie et tomodensitométrie), puis confirmé par l'histologie après la chirurgie qui constitue la base du traitement. Nous rapportons un cas de lymphangiome kystique cervico-thoracique avec une revue de la littérature. PMID:28292151

  20. Rhabdomyosarcome paratesticulaire (RMSP) multimétastatique : à propos d’un cas

    PubMed Central

    Bennani, Hassan; Ziouziou, Imad; El Ghanmi, Jihad; Karmouni, Tarik; El Khader, Khalid; Koutani, Abdellatif; Andaloussi, Ahmed Iben Attya

    2014-01-01

    Résumé Nous rapportons, dans le présent article, le cas clinique d’un RMSP découvert à un stade tardif chez un adolescent, dans le but de confirmer l’évolution fatale de cette pathologie au potentiel métastatique « affreux ». Nous discutons aussi les causes du retard diagnostique, l’implication du sous-type histologique comme facteur pronostique et la place de la chimiothérapie dans le traitement des formes évoluées de la maladie. PMID:25295143

  1. Biokinetics and dosimetry of depleted uranium (DU) in rats implanted with DU fragments.

    SciTech Connect

    Guilmette, Ray A.; Hahn, Fletcher F.; Durbin, P. W.

    2004-01-01

    A number of U. S. veterans of the Persian Gulf War were wounded with depleted uranium (DU) metal fragments as a result of 'friendly fire' incidents, in which Abrams tanks and Bradley fighting vehicles were struck by DU anti-armor munitions. Some of the crew members who survived were left with multiple small fragments of DU in their muscles and soft tissues. The number, size and location of the fragments made them inoperable in general, and therefore subject to long-term retention. Because there was inadequate data to predict the potential carcinogenicity of DU fragments in soft tissues, Hahn et al. (2003) conducted a lifespan cancer study in rats. As part of that study, a number of rats were maintained to study the biokinetics and dosimetry of DU implanted intramuscularly in male Wistar rats. Typically, four metal fragments, either as cylindrical pellets or square wafers were implanted into the biceps femoris muscles of the rats. Urine samples were collected periodically during their lifespans, and DU was analyzed in kidneys and eviscerated carcass (minus the implant sites) at death. The daily DU urinary excretion rate increased steeply during the first 30 d after implantation peaking at about 90 d at 3-10 x 10{sup -3}%/d. During the first 150 d, the average excretion rate was 2.4 x 10{sup -3}%/d, decreasing thereafter to about 1 x 10{sup -3}%/d. Serial radiographs were made of the wound sites to monitor gross morphologic changes in the DU implant and the surrounding tissue. As early as 1 w after implantation, radiographs showed the presence of surface corrosion and small, dense bodies near the original implant, presumably DU. This corrosion from the surface of the implant continued with time, but did not result in an increasing amount of DU reaching the blood and urine after the first 3 mo. During this 3-mo period, connective tissue capsules formed around the implants, and are hypothesized to have reduced the access of DU to tissue fluids by limiting the diffusion

  2. RNA-dependent DNA endonuclease Cas9 of the CRISPR system: Holy Grail of genome editing?

    PubMed

    Gasiunas, Giedrius; Siksnys, Virginijus

    2013-11-01

    Tailor-made nucleases for precise genome modification, such as zinc finger or TALE nucleases, currently represent the state-of-the-art for genome editing. These nucleases combine a programmable protein module which guides the enzyme to the target site with a nuclease domain which cuts DNA at the addressed site. Reprogramming of these nucleases to cut genomes at specific locations requires major protein engineering efforts. RNA-guided DNA endonuclease Cas9 of the type II (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) CRISPR-Cas system uses CRISPR RNA (crRNA) as a guide to locate the DNA target and the Cas9 protein to cut DNA. Easy programmability of the Cas9 endonuclease using customizable RNAs brings unprecedented flexibility and versatility for targeted genome modification. We highlight the potential of the Cas9 RNA-guided DNA endonuclease as a novel tool for genome surgery, and discuss possible constraints and future prospects.

  3. Structures of a CRISPR-Cas9 R-loop complex primed for DNA cleavage

    PubMed Central

    Jiang, Fuguo; Taylor, David W.; Chen, Janice S.; Kornfeld, Jack E.; Zhou, Kaihong; Thompson, Aubri J.; Nogales, Eva; Doudna, Jennifer A.

    2016-01-01

    Bacterial adaptive immunity and genome engineering involving the CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)–associated (Cas) protein Cas9 begin with RNA-guided DNA unwinding to form an RNA-DNA hybrid and a displaced DNA strand inside the protein. The role of this R-loop structure in positioning each DNA strand for cleavage by the two Cas9 nuclease domains is unknown. We determine molecular structures of the catalytically active Streptococcus pyogenes Cas9 R-loop that show the displaced DNA strand located near the RuvC nuclease domain active site. These protein-DNA interactions, in turn, position the HNH nuclease domain adjacent to the target DNA strand cleavage site in a conformation essential for concerted DNA cutting. Cas9 bends the DNA helix by 30°, providing the structural distortion needed for R-loop formation. PMID:26841432

  4. Structures of a CRISPR-Cas9 R-loop complex primed for DNA cleavage.

    PubMed

    Jiang, Fuguo; Taylor, David W; Chen, Janice S; Kornfeld, Jack E; Zhou, Kaihong; Thompson, Aubri J; Nogales, Eva; Doudna, Jennifer A

    2016-02-19

    Bacterial adaptive immunity and genome engineering involving the CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-associated (Cas) protein Cas9 begin with RNA-guided DNA unwinding to form an RNA-DNA hybrid and a displaced DNA strand inside the protein. The role of this R-loop structure in positioning each DNA strand for cleavage by the two Cas9 nuclease domains is unknown. We determine molecular structures of the catalytically active Streptococcus pyogenes Cas9 R-loop that show the displaced DNA strand located near the RuvC nuclease domain active site. These protein-DNA interactions, in turn, position the HNH nuclease domain adjacent to the target DNA strand cleavage site in a conformation essential for concerted DNA cutting. Cas9 bends the DNA helix by 30°, providing the structural distortion needed for R-loop formation.

  5. Trans-spliced Cas9 allows cleavage of HBB and CCR5 genes in human cells using compact expression cassettes

    PubMed Central

    Fine, Eli J.; Appleton, Caleb M.; White, Douglas E.; Brown, Matthew T.; Deshmukh, Harshavardhan; Kemp, Melissa L.; Bao, Gang

    2015-01-01

    CRISPR/Cas9 systems have been used in a wide variety of biological studies; however, the large size of CRISPR/Cas9 presents challenges in packaging it within adeno-associated viruses (AAVs) for clinical applications. We identified a two-cassette system expressing pieces of the S. pyogenes Cas9 (SpCas9) protein which splice together in cellula to form a functional protein capable of site-specific DNA cleavage. With specific CRISPR guide strands, we demonstrated the efficacy of this system in cleaving the HBB and CCR5 genes in human HEK-293T cells as a single Cas9 and as a pair of Cas9 nickases. The trans-spliced SpCas9 (tsSpCas9) displayed ~35% of the nuclease activity compared with the wild-type SpCas9 (wtSpCas9) at standard transfection doses, but had substantially decreased activity at lower dosing levels. The greatly reduced open reading frame length of the tsSpCas9 relative to wtSpCas9 potentially allows for more complex and longer genetic elements to be packaged into an AAV vector including tissue-specific promoters, multiplexed guide RNA expression, and effector domain fusions to SpCas9. For unknown reasons, the tsSpCas9 system did not work in all cell types tested. The use of protein trans-splicing may help facilitate exciting new avenues of research and therapeutic applications through AAV-based delivery of CRISPR/Cas9 systems. PMID:26126518

  6. Cancers du sein bilatéraux synchrones et grossesse a l'institut Joliot Curie de Dakar (Sénégal)

    PubMed Central

    Zongo, Nayi; Sawadogo, Yobi Alexis; Some, Some Ollo Roland; Bagre, Sidpawalmdé Carine; Ka, Sidy; Diouf, Doudou; Dieng, Mamadou Moustapha; Gaye, Papa Macoumba; Dem, Ahmadou

    2016-01-01

    Décrire notre stratégie diagnostique et thérapeutique dans les cancers du sein bilatéraux synchrones pendant la grossesse. L’âge gestationnel au moment du diagnostic du cancer était respectivement de 7; 21 et 25 semaines. Il s'agissait de stade IV et IIIA respectivement dans deux et un cas. Elles ont toutes bénéficié d'une chimiothérapie dans deux cas pendant la grossesse (6TEC et 3AC) et dans un cas après l'accouchement. Une mastectomie bilatérale a été réalisée dans un cas. Une patiente est décédée. Les autres étaient vivantes mais toutes métastatiques. Une hypotrophie fœtale a été notée dans un cas. Le diagnostic du cancer est tardif dans cette association. La chirurgie est faisable et le type de chirurgie serait seulement fonction du stade du cancer. La chimiothérapie est possible avec moins de complications fœtales aux deux derniers trimestres. PMID:27279967

  7. Harnessing heterologous and endogenous CRISPR-Cas machineries for efficient markerless genome editing in Clostridium.

    PubMed

    Pyne, Michael E; Bruder, Mark R; Moo-Young, Murray; Chung, Duane A; Chou, C Perry

    2016-05-09

    Application of CRISPR-Cas9 systems has revolutionized genome editing across all domains of life. Here we report implementation of the heterologous Type II CRISPR-Cas9 system in Clostridium pasteurianum for markerless genome editing. Since 74% of species harbor CRISPR-Cas loci in Clostridium, we also explored the prospect of co-opting host-encoded CRISPR-Cas machinery for genome editing. Motivation for this work was bolstered from the observation that plasmids expressing heterologous cas9 result in poor transformation of Clostridium. To address this barrier and establish proof-of-concept, we focus on characterization and exploitation of the C. pasteurianum Type I-B CRISPR-Cas system. In silico spacer analysis and in vivo interference assays revealed three protospacer adjacent motif (PAM) sequences required for site-specific nucleolytic attack. Introduction of a synthetic CRISPR array and cpaAIR gene deletion template yielded an editing efficiency of 100%. In contrast, the heterologous Type II CRISPR-Cas9 system generated only 25% of the total yield of edited cells, suggesting that native machinery provides a superior foundation for genome editing by precluding expression of cas9 in trans. To broaden our approach, we also identified putative PAM sequences in three key species of Clostridium. This is the first report of genome editing through harnessing native CRISPR-Cas machinery in Clostridium.

  8. Modulating the Cascade architecture of a minimal Type I-F CRISPR-Cas system

    PubMed Central

    Gleditzsch, Daniel; Müller-Esparza, Hanna; Pausch, Patrick; Sharma, Kundan; Dwarakanath, Srivatsa; Urlaub, Henning; Bange, Gert; Randau, Lennart

    2016-01-01

    Shewanella putrefaciens CN-32 contains a single Type I-Fv CRISPR-Cas system which confers adaptive immunity against bacteriophage infection. Three Cas proteins (Cas6f, Cas7fv, Cas5fv) and mature CRISPR RNAs were shown to be required for the assembly of an interference complex termed Cascade. The Cas protein-CRISPR RNA interaction sites within this complex were identified via mass spectrometry. Additional Cas proteins, commonly described as large and small subunits, that are present in all other investigated Cascade structures, were not detected. We introduced this minimal Type I system in Escherichia coli and show that it provides heterologous protection against lambda phage. The absence of a large subunit suggests that the length of the crRNA might not be fixed and recombinant Cascade complexes with drastically shortened and elongated crRNAs were engineered. Size-exclusion chromatography and small-angle X-ray scattering analyses revealed that the number of Cas7fv backbone subunits is adjusted in these shortened and extended Cascade variants. Larger Cascade complexes can still confer immunity against lambda phage infection in E. coli. Minimized Type I CRISPR-Cas systems expand our understanding of the evolution of Cascade assembly and diversity. Their adjustable crRNA length opens the possibility for customizing target DNA specificity. PMID:27216815

  9. Harnessing heterologous and endogenous CRISPR-Cas machineries for efficient markerless genome editing in Clostridium

    PubMed Central

    Pyne, Michael E.; Bruder, Mark R.; Moo-Young, Murray; Chung, Duane A.; Chou, C. Perry

    2016-01-01

    Application of CRISPR-Cas9 systems has revolutionized genome editing across all domains of life. Here we report implementation of the heterologous Type II CRISPR-Cas9 system in Clostridium pasteurianum for markerless genome editing. Since 74% of species harbor CRISPR-Cas loci in Clostridium, we also explored the prospect of co-opting host-encoded CRISPR-Cas machinery for genome editing. Motivation for this work was bolstered from the observation that plasmids expressing heterologous cas9 result in poor transformation of Clostridium. To address this barrier and establish proof-of-concept, we focus on characterization and exploitation of the C. pasteurianum Type I-B CRISPR-Cas system. In silico spacer analysis and in vivo interference assays revealed three protospacer adjacent motif (PAM) sequences required for site-specific nucleolytic attack. Introduction of a synthetic CRISPR array and cpaAIR gene deletion template yielded an editing efficiency of 100%. In contrast, the heterologous Type II CRISPR-Cas9 system generated only 25% of the total yield of edited cells, suggesting that native machinery provides a superior foundation for genome editing by precluding expression of cas9 in trans. To broaden our approach, we also identified putative PAM sequences in three key species of Clostridium. This is the first report of genome editing through harnessing native CRISPR-Cas machinery in Clostridium. PMID:27157668

  10. Efficient Production of Gene-Modified Mice using Staphylococcus aureus Cas9

    PubMed Central

    Zhang, Xiya; Liang, Puping; Ding, Chenhui; Zhang, Zhen; Zhou, Jianwen; Xie, Xiaowei; Huang, Rui; Sun, Ying; Sun, Hongwei; Zhang, Jinran; Xu, Yanwen; Songyang, Zhou; Huang, Junjiu

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas system is an efficient genome-editing tool to modify genes in mouse zygotes. However, only the Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) has been systematically tested for generating gene-modified mice. The protospacer adjacent motif (PAM, 5′-NGG-3′) recognized by SpCas9 limits the number of potential target sites for this system. Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9), with its smaller size and unique PAM (5′-NNGRRT-3′) preferences, presents an alternative for genome editing in zygotes. Here, we showed that SaCas9 could efficiently and specifically edit the X-linked gene Slx2 and the autosomal gene Zp1 in mouse zygotes. SaCas9-mediated disruption of the tyrosinase (Tyr) gene led to C57BL/6J mice with mosaic coat color. Furthermore, multiplex targeting proved efficient multiple genes disruption when we co-injected gRNAs targeting Slx2, Zp1, and Tyr together with SaCas9 mRNA. We were also able to insert a Flag tag at the C-terminus of histone H1c, when a Flag-encoding single-stranded DNA oligo was co-introduced into mouse zygotes with SaCas9 mRNA and the gRNA. These results indicate that SaCas9 can specifically cleave the target gene locus, leading to successful gene knock-out and precise knock-in in mouse zygotes, and highlight the potential of using SaCas9 for genome editing in preimplantation embryos and producing gene-modified animal models. PMID:27586692

  11. Prolongation anormale d'un bloc fémoral analgésique: cas Clinique

    PubMed Central

    Koné, Joseph; Bensghir, Mustapha; Boutayeb, El Houcine; Haimeur, Charki

    2015-01-01

    La prolongation anormale d'un bloc nerveux peut être définie comme un dépassement du délai habituel de récupération sensitive ou motrice. A travers un cas clinique d'une prolongation anormale d'un bloc analgésique et une revue de la littérature, les auteurs discutent les facteurs de risque et les moyens de prévention de cette complication. PMID:26918085

  12. Analyse factorielle discriminante appliquée à la description des familles de discontinuités et à la recherche des directions préférentielles : cas du site de Chantène

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Pineau, Annye

    1998-06-01

    Granitic rock masses contain fracture systems that consist of a number of fracture sets. Within a fracture set, variability in orientation is defined by strike and dip. Orientation data have been studied by discriminant analysis for the accurate determination of the fracture set. This method yields a function for classifying multivariate observations into groups. Particular discontinuities named 'individuals' are assigned to a population, based on the proximity relations between individual and most likely clusters initially defined. For each cluster recognized, the preferential direction is determined by means of elementary matrix calculation. The preferred orientations are finally connected to the major features of brittle tectonics.

  13. [CRISPR-Cas system as molecular scissors for gene therapy].

    PubMed

    Heinz, G A; Mashreghi, M-F

    2017-02-01

    Since the discovery of the CRISPR-Cas system as the adaptive immune system of prokaryotes, the underlying mechanism has proven to be a precise molecular tool for the targeted editing of genetic information in various cell types. By using the CRISPR-Cas9 system DNA sequences can be cut out at any site in the genome and changed in a sequence-specific manner. In the long term this provides the opportunity to cure diseases caused by gene mutations.

  14. Carcinome basocellulaire de la face: à propos de quatre cas rapportés à Madagascar

    PubMed Central

    Razafindrakoto, Rex Mario; Razafindranaivo, Mananjara Nandrianina; Schammirah, Mahamad Rojovolaarivony; Randriamboavonjy, Rado

    2015-01-01

    Les carcinomes basocellulaires, fréquemment rencontrés dans la race blanche, sont plus rares chez les sujets de race noire. Les zones exposées de la tête sont des sites préférentiels, et une intense exposition aux rayons solaires ultraviolets a été évoquée dans leur étiopathogénie. Les métastases sont exceptionnelles. Les objectifs ont été de démontrer l'existence de carcinomes basocellulaires à Madagascar et d'en évaluer la prise en charge. Les auteurs ont rapporté quatre cas de carcinomes basocellulaires faciaux vus au service d'Oto-rhino-laryngologie du Centre Hospitalier Universitaire d'Antananarivo, avec deux hommes et deux femmes, âgés entre 46 et 70 ans (âge moyen= 53,5 ans). Une exérèse chirurgicale a été pratiquée chez trois patients tandis qu'un patient albinos a été traité par radiothérapie. L’épidémiologie, l’étiologie, l'anatomie pathologique et le traitement des carcinomes basocellulaires de la face ont été discutées à travers une revue de la littérature. PMID:26848344

  15. Paralysie néonatal unilatérale du nerf radial

    PubMed Central

    Benemmane, Halima; Hali, Fouzia; Marnissi, Farida; Benchikhi, Hakima

    2015-01-01

    La paralysie néonatale unilatérale du nerf radial est rare, son diagnostic est essentiellement clinique, elle peut-être diagnostiquée à tort en tant que paralysie du plexus brachial. Nous rapportons un cas clinique. A l'examen clinique du nouveau-né; l'extension du poignet, du pouce et des articulations métacarpo-phalangiennes était impossible, alors qu'il y avait une conservation de la prono-supination et la flexion du poignet et des mouvements de l’épaule et du coude. Le diagnostic de la paralysie du plexus brachial était écarté cliniquement devant la mobilisation active de l’épaule et la flexion du coude. Notre patient a bénéficié de kinésithérapie pour éviter l'apparition d'attitudes vicieuses et d'amyotrophie. L'extension active du poignet était obtenue après deux mois. PMID:26587133

  16. Anchoring the Distance Scale via X-Ray/Infrared Data for Cepheid Clusters: SU Cas

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Majaess, D.; Turner, D. G.; Gallo, L.; Gieren, W.; Bonatto, C.; Lane, D. J.; Balam, D.; Berdnikov, L.

    2012-07-01

    New X-ray (XMM-Newton) and JHKs (Observatoire du Mont-Mégantic) observations for members of the star cluster Alessi 95, which Turner et al. discovered hosts the classical Cepheid SU Cas, were used in tandem with UCAC3 (proper motion) and Two Micron All Sky Survey observations to determine precise cluster parameters: E(J - H) = 0.08 ± 0.02 and d = 405 ± 15 pc. The ensuing consensus among cluster, pulsation, and trigonometric distances (d=414+/- 5(\\sigma _{\\bar{x}}) +/- 10 (\\sigma) pc) places SU Cas in a select group of nearby fundamental Cepheid calibrators (δ Cep, ζ Gem). High-resolution X-ray observations may be employed to expand that sample as the data proved pertinent for identifying numerous stars associated with SU Cas. Acquiring X-ray observations of additional fields may foster efforts to refine Cepheid calibrations used to constrain H 0.

  17. Lentivirus pre-packed with Cas9 protein for safer gene editing.

    PubMed

    Choi, J G; Dang, Y; Abraham, S; Ma, H; Zhang, J; Guo, H; Cai, Y; Mikkelsen, J G; Wu, H; Shankar, P; Manjunath, N

    2016-07-01

    The CRISPR/Cas9 system provides an easy way to edit specific site/s in the genome and thus offers tremendous opportunity for human gene therapy for a wide range of diseases. However, one major concern is off-target effects, particularly with long-term expression of Cas9 nuclease when traditional expression methods such as via plasmid/viral vectors are used. To overcome this limitation, we pre-packaged Cas9 protein (Cas9P LV) in lentiviral particles for transient exposure and showed its effectiveness for gene disruption in cells, including primary T cells expressing specific single guide RNAs (sgRNAs). We then constructed an 'all in one virus' to express sgRNAs in association with pre-packaged Cas9 protein (sgRNA/Cas9P LV). We successfully edited CCR5 in TZM-bl cells by this approach. Using an sgRNA-targeting HIV long terminal repeat, we also were able to disrupt HIV provirus in the J-LAT model of viral latency. Moreover, we also found that pre-packaging Cas9 protein in LV particle reduced off-target editing of chromosome 4:-29134166 locus by CCR5 sgRNA, compared with continued expression from the vector. These results show that sgRNA/Cas9P LV can be used as a safer approach for human gene therapy applications.

  18. Relationship between drug resistance and the clustered, regularly interspaced, short, palindromic repeat-associated protein genes cas1 and cas2 in Shigella from giant panda dung

    PubMed Central

    Ren, Lu; Deng, Lin-Hua; Zhang, Ri-Peng; Wang, Cheng-Dong; Li, De-Sheng; Xi, Li-Xin; Chen, Zhen-rong; Yang, Rui; Huang, Jie; Zeng, Yang-ru; Wu, Hong-Lin; Cao, San-Jie; Wu, Rui; Huang, Yong; Yan, Qi-Gui

    2017-01-01

    Abstract Background: To detect drug resistance in Shigella obtained from the dung of the giant panda, explore the factors leading to drug resistance in Shigella, understand the characteristics of clustered, regularly interspaced, short, palindromic repeats (CRISPR), and assess the relationship between CRISPR and drug resistance. Methods: We collected fresh feces from 27 healthy giant pandas in the Giant Panda Conservation base (Wolong, China). We identified the strains of Shigella in the samples by using nucleotide sequence analysis. Further, the Kirby-Bauer paper method was used to determine drug sensitivity of the Shigella strains. CRISPR-associated protein genes cas1 and cas2 in Shigella were detected by polymerase chain reaction (PCR), and the PCR products were sequenced and compared. Results: We isolated and identified 17 strains of Shigella from 27 samples, including 14 strains of Shigella flexneri, 2 strains of Shigella sonnei, and 1 strain of Shigella dysenteriae. Further, drug resistance to cefazolin, imipenem, and amoxicillin–clavulanic acid was identified as a serious problem, as multidrug-resistant strains were detected. Further, cas1 and cas2 showed different degrees of point mutations. Conclusion: The CRISPR system widely exists in Shigella and shares homology with that in Escherichia coli. The cas1 and cas 2 mutations contribute to the different levels of resistance. Point mutations at sites 3176455, 3176590, and 3176465 in cas1 (a); sites 3176989, 3176992, and 3176995 in cas1 (b); sites 3176156 and 3176236 in cas2 may affect the resistance of bacteria, cause emergence of multidrug resistance, and increase the types of drug resistance. PMID:28207509

  19. A programmable Cas9-serine recombinase fusion protein that operates on DNA sequences in mammalian cells

    PubMed Central

    Chaikind, Brian; Bessen, Jeffrey L.; Thompson, David B.; Hu, Johnny H.; Liu, David R.

    2016-01-01

    We describe the development of ‘recCas9’, an RNA-programmed small serine recombinase that functions in mammalian cells. We fused a catalytically inactive dCas9 to the catalytic domain of Gin recombinase using an optimized fusion architecture. The resulting recCas9 system recombines DNA sites containing a minimal recombinase core site flanked by guide RNA-specified sequences. We show that these recombinases can operate on DNA sites in mammalian cells identical to genomic loci naturally found in the human genome in a manner that is dependent on the guide RNA sequences. DNA sequencing reveals that recCas9 catalyzes guide RNA-dependent recombination in human cells with an efficiency as high as 32% on plasmid substrates. Finally, we demonstrate that recCas9 expressed in human cells can catalyze in situ deletion between two genomic sites. Because recCas9 directly catalyzes recombination, it generates virtually no detectable indels or other stochastic DNA modification products. This work represents a step toward programmable, scarless genome editing in unmodified cells that is independent of endogenous cellular machinery or cell state. Current and future generations of recCas9 may facilitate targeted agricultural breeding, or the study and treatment of human genetic diseases. PMID:27515511

  20. Structure and activity of the Cas3 HD nuclease MJ0384, an effector enzyme of the CRISPR interference

    SciTech Connect

    Beloglazova, Natalia; Petit, Pierre; Flick, Robert; Brown, Greg; Savchenko, Alexei; Yakunin, Alexander F.

    2012-03-15

    Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) and Cas proteins represent an adaptive microbial immunity system against viruses and plasmids. Cas3 proteins have been proposed to play a key role in the CRISPR mechanism through the direct cleavage of invasive DNA. Here, we show that the Cas3 HD domain protein MJ0384 from Methanocaldococcus jannaschii cleaves endonucleolytically and exonucleolytically (3'-5') single-stranded DNAs and RNAs, as well as 3'-flaps, splayed arms, and R-loops. The degradation of branched DNA substrates by MJ0384 is stimulated by the Cas3 helicase MJ0383 and ATP. The crystal structure of MJ0384 revealed the active site with two bound metal cations and together with site-directed mutagenesis suggested a catalytic mechanism. Our studies suggest that the Cas3 HD nucleases working together with the Cas3 helicases can completely degrade invasive DNAs through the combination of endo- and exonuclease activities.

  1. Cancer du sein au Maroc: profil phénotypique des tumeurs

    PubMed Central

    Khalil, Ahmadaye Ibrahim; Bendahhou, Karima; Mestaghanmi, Houriya; Saile, Rachid; Benider, Abdellatif

    2016-01-01

    Le cancer du sein est le plus fréquent chez la femme et figure parmi les principales causes de mortalité liées au cancer. La curabilité de ce type tumoral est en augmentation, grâce aux programmes de dépistage et aux progrès thérapeutiques, qui ont certes augmenté la survie des patients. Mais des défis restent à relever en rapport avec l’instabilité phénotypique des cellules cancéreuses. L’objectif de ce travail est d’étudier le profil phénotypique du cancer du sein chez les patients pris en charge au Centre Mohammed VI pour le traitement des Cancers, durant les années 2013-2014. Il s’agit d’une étude transversale sur deux années, incluant les cas du cancer du sein pris en charge au Centre. Le recueil des données était fait à partir des dossiers des patients et analysés par le logiciel Epi Info. 1277 patients ont été pris en charge au sein de notre centre. 99,5% des cas de sexe féminin, l’âge moyen était 50,20 ± 11,34 ans. Le type histologique le plus fréquent était le carcinome canalaire infiltrant (80,7% des cas). Le stade diagnostic était précoce (56,9%). Le phénotype moléculaire le plus fréquent était le luminal A (41,4% des cas). Le luminal B, le HER2 et les triples négatifs étaient dans respectivement 10,4%, 6,3%, 11,2% des cas. L’étude du phénotype tumoral des patients atteints du cancer du sein permet l’orientation du clinicien dans le choix du traitement, et des décideurs dans la planification de programmes de lutte contre cette pathologie. PMID:28292037

  2. Closure Report for Corrective Action Unit 166: Storage Yards and Contaminated Materials, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2009-08-01

    Corrective Action Unit (CAU) 166 is identified in the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) as 'Storage Yards and Contaminated Materials' and consists of the following seven Corrective Action Sites (CASs), located in Areas 2, 3, 5, and 18 of the Nevada Test Site: CAS 02-42-01, Condo Release Storage Yd - North; CAS 02-42-02, Condo Release Storage Yd - South; CAS 02-99-10, D-38 Storage Area; CAS 03-42-01, Conditional Release Storage Yard; CAS 05-19-02, Contaminated Soil and Drum; CAS 18-01-01, Aboveground Storage Tank; and CAS 18-99-03, Wax Piles/Oil Stain. Closure activities were conducted from March to July 2009 according to the FF ACO (1996, as amended February 2008) and the Corrective Action Plan for CAU 166 (U.S. Department of Energy, National Nuclear Security Administration Nevada Site Office, 2007b). The corrective action alternatives included No Further Action and Clean Closure. Closure activities are summarized. CAU 166, Storage Yards and Contaminated Materials, consists of seven CASs in Areas 2, 3, 5, and 18 of the NTS. The closure alternatives included No Further Action and Clean Closure. This CR provides a summary of completed closure activities, documentation of waste disposal, and confirmation that remediation goals were met. The following site closure activities were performed at CAU 166 as documented in this CR: (1) At CAS 02-99-10, D-38 Storage Area, approximately 40 gal of lead shot were removed and are currently pending treatment and disposal as MW, and approximately 50 small pieces of DU were removed and disposed as LLW. (2) At CAS 03-42-01, Conditional Release Storage Yard, approximately 7.5 yd{sup 3} of soil impacted with lead and Am-241 were removed and disposed as LLW. As a BMP, approximately 22 ft{sup 3} of asbestos tile were removed from a portable building and disposed as ALLW, approximately 55 gal of oil were drained from accumulators and are currently pending disposal as HW, the portable building was removed and disposed as

  3. CRISPR/Cas mutagenesis of soybean and Medicago truncatula using a new web-tool and a modified Cas9 enzyme

    PubMed Central

    Michno, Jean-Michel; Wang, Xiaobo; Liu, Junqi; Curtin, Shaun J; Kono, Thomas JY; Stupar, Robert M

    2015-01-01

    ABSTRACT. The CRISPR/Cas9 system is rapidly becoming the reagent of choice for targeted mutagenesis and gene editing in crop species. There are currently intense research efforts in the crop sciences to identify efficient CRISPR/Cas9 platforms to carry out targeted mutagenesis and gene editing projects. These efforts typically result in the incremental tweaking of various platform components including the identification of crop-specific promoters and terminators for optimal expression of the Cas9 enzyme and identification of promoters for expression of the CRISPR guide RNA. In this report, we demonstrate the development of an online web tool for fast identification of CRISPR/Cas9 target loci within soybean gene models, and generic DNA sequences. The web-tool described in this work can quickly identify a high number of potential CRISPR/Cas9 target sites, including restriction enzyme sites that can facilitate the detection of new mutations. In conjunction with the web tool, a soybean codon-optimized CRISPR/Cas9 platform was designed to direct double-stranded breaks to the targeted loci in hairy root transformed cells. The modified Cas9 enzyme was shown to successfully mutate target genes in somatic cells of 2 legume species, soybean and Medicago truncatula. These new tools may help facilitate targeted mutagenesis in legume and other plant species. PMID:26479970

  4. CRISPR/Cas mutagenesis of soybean and Medicago truncatula using a new web-tool and a modified Cas9 enzyme.

    PubMed

    Michno, Jean-Michel; Wang, Xiaobo; Liu, Junqi; Curtin, Shaun J; Kono, Thomas Jy; Stupar, Robert M

    2015-01-01

    The CRISPR/Cas9 system is rapidly becoming the reagent of choice for targeted mutagenesis and gene editing in crop species. There are currently intense research efforts in the crop sciences to identify efficient CRISPR/Cas9 platforms to carry out targeted mutagenesis and gene editing projects. These efforts typically result in the incremental tweaking of various platform components including the identification of crop-specific promoters and terminators for optimal expression of the Cas9 enzyme and identification of promoters for expression of the CRISPR guide RNA. In this report, we demonstrate the development of an online web tool for fast identification of CRISPR/Cas9 target loci within soybean gene models, and generic DNA sequences. The web-tool described in this work can quickly identify a high number of potential CRISPR/Cas9 target sites, including restriction enzyme sites that can facilitate the detection of new mutations. In conjunction with the web tool, a soybean codon-optimized CRISPR/Cas9 platform was designed to direct double-stranded breaks to the targeted loci in hairy root transformed cells. The modified Cas9 enzyme was shown to successfully mutate target genes in somatic cells of 2 legume species, soybean and Medicago truncatula. These new tools may help facilitate targeted mutagenesis in legume and other plant species.

  5. A Biophysical Model of CRISPR/Cas9 Activity for Rational Design of Genome Editing and Gene Regulation

    PubMed Central

    Farasat, Iman; Salis, Howard M.

    2016-01-01

    The ability to precisely modify genomes and regulate specific genes will greatly accelerate several medical and engineering applications. The CRISPR/Cas9 (Type II) system binds and cuts DNA using guide RNAs, though the variables that control its on-target and off-target activity remain poorly characterized. Here, we develop and parameterize a system-wide biophysical model of Cas9-based genome editing and gene regulation to predict how changing guide RNA sequences, DNA superhelical densities, Cas9 and crRNA expression levels, organisms and growth conditions, and experimental conditions collectively control the dynamics of dCas9-based binding and Cas9-based cleavage at all DNA sites with both canonical and non-canonical PAMs. We combine statistical thermodynamics and kinetics to model Cas9:crRNA complex formation, diffusion, site selection, reversible R-loop formation, and cleavage, using large amounts of structural, biochemical, expression, and next-generation sequencing data to determine kinetic parameters and develop free energy models. Our results identify DNA supercoiling as a novel mechanism controlling Cas9 binding. Using the model, we predict Cas9 off-target binding frequencies across the lambdaphage and human genomes, and explain why Cas9’s off-target activity can be so high. With this improved understanding, we propose several rules for designing experiments for minimizing off-target activity. We also discuss the implications for engineering dCas9-based genetic circuits. PMID:26824432

  6. Genome engineering using CRISPR-Cas9 system.

    PubMed

    Cong, Le; Zhang, Feng

    2015-01-01

    The Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-Cas9 system is an adaptive immune system that exists in a variety of microbes. It could be engineered to function in eukaryotic cells as a fast, low-cost, efficient, and scalable tool for manipulating genomic sequences. In this chapter, detailed protocols are described for harnessing the CRISPR-Cas9 system from Streptococcus pyogenes to enable RNA-guided genome engineering applications in mammalian cells. We present all relevant methods including the initial site selection, molecular cloning, delivery of guide RNAs (gRNAs) and Cas9 into mammalian cells, verification of target cleavage, and assays for detecting genomic modification including indels and homologous recombination. These tools provide researchers with new instruments that accelerate both forward and reverse genetics efforts.

  7. The radii of SU Cas and TU Cas

    NASA Technical Reports Server (NTRS)

    Niva, G. D.; Schmidt, E. G.

    1980-01-01

    It is possible to obtain the masses of Cepheid variables by several methods involving the pulsation theory. However, these masses are frequently smaller than those indicated by the theory of stellar evolution. The cause of this discrepancy is not fully understood. Since the pulsation theory indicates that there is a relation among the mass, the radius and the period, the discrepancy also manifests itself in the radii of these stars. With this in mind, radius determinations for two Cepheids, SU Cas and TU Cas, were undertaken. It is concluded that because of the agreement between the present radius and the beat radius of TU Cas, the pulsation theory is giving correct information about the radii of beat Cepheids. This implies that the luminosities of short period Cepheids have been overestimated. Thus, the solution to the mass discrepancy should perhaps be sought in the theory of stellar evolution or in the possibility of mass loss.

  8. Effet paradoxal du type d’excision sur la prise et le délai de cicatrisation des greffes expansées pour le traitement des brûlures aiguës: a propos de 1129 cas

    PubMed Central

    Guibert, M.; Chaouat, M.; Boccara, D.; Marco, O.; Lavocat, R.; Alameri, O.; Deslandes, E.; Montlahuc, C.; Mimoun, M.

    2016-01-01

    Summary La greffe de peau mince expansée est très employée dans le traitement des brûlures aiguës. Nous avons étudié l’influence de la préparation du sous-sol sur le taux de prise et le délai de cicatrisation des greffes expansées. Nous avons analysé rétrospectivement les 1 129 greffes expansées réalisées dans notre service entre 1995 et 2005 pour le traitement des brûlures aiguës. Leur taux de prise a été significativement meilleur après une préparation du sous-sol par avulsion (82%) par rapport à une préparation du sous-sol par excision tangentielle (75%). Ce taux était meilleur lorsque l’avulsion était pratiquée dans les 7 jours suivant la brûlure (83% vs 73%). Pour une prise en charge entre 7 et 21 jours, ce taux a semblé être meilleur après excision tangentielle, mais de façon non significative. La durée d’évolution jusqu’à cicatrisation était significativement raccourcie pour une préparation du sous-sol par excision tangentielle par rapport à une préparation du sous-sol par avulsion. Ces résultats montrent, paradoxalement, qu’une préparation du sous-sol par avulsion favorise la prise des greffes expansées mais rallonge leur délai de cicatrisation au contraire de l’excision tangentielle. PMID:28149235

  9. Facteurs de risque cardiovasculaires au cours du lupus systémique

    PubMed Central

    Harzallah, Amel; Hajji, Mariem; Kaaroud, Hayet; Hamida, Fethi Ben; Abdallah, Taieb Ben

    2015-01-01

    Cette étude a pour objectif d’évaluer la fréquence des facteurs de risque cardiovasculaires au cours du lupus et de préciser leur prévalence. Etude rétrospective portant sur 250 patients ayant un lupus, diagnostiqué selon les critères de l'ACR, hospitalisés entre 1970 et 2013. Les données cliniques et para cliniques ont été recueillies à partir des observations médicales. Il s'agit de 228 femmes et 22 hommes d’âge moyen au diagnostic du lupus de 30, 32 ans (extrêmes: 16-69). La durée moyenne du suivi des patients était de 64 mois (extrêmes: 7 jours- 382mois). Quatre vingt dix patients (36%) étaient hypertendus, 74% avaient une hypercholestérolémie et 22% étaient diabétiques. Pour les autres facteurs de risque cardiovasculaire traditionnels, un âge > 50 ans a été retrouvé dans 40% des cas, le sexe masculin dans 8% des cas, l'obésité dans 76% des cas et le tabagisme dans 11% des cas. Les facteurs de risque surajoutés sont représentés par la présence des anticorps antiphospholipides (47% des cas), la néphropathie lupique (49% des cas), l'insuffisance rénale (42% des cas), la corticothérapie au long cours (74% des cas) et la chronicité de la maladie dans 35% des cas. Les complications cardiovasculaires retrouvées dans notre série étaient: les accidents vasculaires cérébraux (2%) et l'insuffisance coronarienne (5,6%). Devant l'importance du risque cardiovasculaire au cours du lupus, une surveillance rapprochée des facteurs de risque cardio-vasculaires semble primordiale chez les lupiques. PMID:27022427

  10. Les garrots de prélèvement, un drame chez le nourrisson: à propos de 3 cas

    PubMed Central

    Ouangré, Edgar; Bazongo, Moussa; Ouédraogo, Isso; Zida, Maurice; Ouedraogo, Daouda; Sanou, Adama; Bonkoungou, Gilbert Patindé; Doamba, Rodrigue Namékinsba; Zongo, Nayi; Traore, Si Simon

    2016-01-01

    Le délai pour la levée d'un garrot sur un membre est limité, tout retard, surtout après la 3ème heure expose à un risque d'amputation de celui-ci. Notre objectif a été de rapporter trois cas de gangrène ischémique de membre par oubli d'un garrot après un prélèvement sanguin, afin d'interpeler le personnel soignant sur ses dangers. Il s'est agi de trois nourrissons dont deux de 3 mois et un de 5 mois, reçus aux urgences viscérales du CHU-Yalgado Ouédraogo pour tuméfaction du membre thoracique gauche. Dans leurs antécédents, on a noté une pose de garrot pour prélèvement de sang qui a été oublié pendant 24 heures dans deux cas et 48 heures dans un cas. L'examen avait retrouvé un œdème diffus associé à un sphacèle du membre supérieur remontant jusqu'au 1/3 moyen du bras; une abolition des pouls ulnaire et radial ainsi que de la sensibilité de la main dans 2 cas. Dans un cas les signes étaient atténués. Le diagnostic de gangrène ischémique de membre a été retenu dans tous les cas. La biologie réalisée était normale. En urgence, il a été réalisé une amputation trans-humérale dans 2 cas et un débridement associé à une amputation de quatre doigts dans un cas. L’évolution a été simple dans tous les cas. La gangrène sèche iatrogène de membre par garrot en milieu hospitalier ne devrait pas se concevoir. Cela passe par la rigueur dans l'administration des soins et une surveillance régulière et attentive des patients. PMID:27217892

  11. Cancer du sein bilatéral synchrone: expériences du centre Mohammed VI pour le traitement des cancers CHU Ibn Rochd Casablanca

    PubMed Central

    Khalil, Ahmadaye Ibrahim; Bendahhou, Karima; Mestaghanmi, Houriya; Saile, Rachid; Benider, Abdellatif

    2016-01-01

    Les cancers du sein bilatéraux synchrones (CSBS) sont des maladies qui se caractérisent par une importante hétérogénéité clinique et morphologique avec une fréquence entre 1,5 et 3,2%. Les femmes traitées pour un cancer du sein unilatéral sont à haut risque de développer un cancer au niveau controlatéral. Le dépistage et les progrès de l’imagerie mammaire ont permis une augmentation de découverte des CSBS. L’objectif de notre travail est d’étudier les caractéristiques épidémiologiques, cliniques, histologiques, et thérapeutiques du cancer du sein bilatéral. Il s’agit d’une étude transversale étalée sur deux années des patientes prise en charge au centre Mohammed VI pour le traitement des cancers. L’analyse statistique des résultats a été réalisée par le logiciel R. 31 patientes ont présenté un CSBS, représentant 2,4% des cas du cancer du sein dans notre Centre. L’âge moyen était 47,8 ± 8,4 ans, 22,6% utilisaient des contraceptifs oraux. Une histoire familiale de cancer du sein était observée dans 22,6% des cas. Le type histologique le plus fréquent était le carcinome canalaire infiltrant (58,1%), Le grade SBR II et III étaient fréquents (38,7%). Les récepteurs hormonaux entaient positifs, aux progestérones (38,7%) et aux œstrogènes (41,9%). Le récepteur HER2 était surexprimé dans 20,0% des cas. 29,0% des cas ont bénéficié d’une hormonothérapie et 3,2% de thérapies ciblées. Notre étude a montré que le cancer du sein bilatéral représente une proportion faible, mais avec certaines particularités cliniques, différant du cancer du sein unilatéral. PMID:28292084

  12. CRISPR-Cas immunity and mobile DNA: a new superfamily of DNA transposons encoding a Cas1 endonuclease.

    PubMed

    Hickman, Alison B; Dyda, Fred

    2014-01-01

    Mobile genetic elements such as DNA transposons are a feature of most genomes. The existence of novel DNA transposons can be inferred when whole genome sequencing reveals the presence of hallmarks of mobile elements such as terminal inverted repeats (TIRs) flanked by target site duplications (TSDs). A recent report describes a new superfamily of DNA transposons in the genomes of a few bacteria and archaea that possess TIRs and TSDs, and encode several conserved genes including a cas1 endonuclease gene, previously associated only with CRISPR-Cas adaptive immune systems. The data strongly suggests that these elements, designated 'casposons', are likely to be bona fide DNA transposons and that their Cas1 nucleases act as transposases and are possibly still active.

  13. Chemically modified guide RNAs enhance CRISPR-Cas genome editing in human primary cells

    PubMed Central

    Clark, Joseph T; Kennedy, Andrew B; Ryan, Daniel E; Roy, Subhadeep; Steinfeld, Israel; Lunstad, Benjamin D; Kaiser, Robert J; Wilkens, Alec B; Bacchetta, Rosa; Tsalenko, Anya; Dellinger, Douglas; Bruhn, Laurakay; Porteus, Matthew H

    2016-01-01

    CRISPR-Cas-mediated genome editing relies on guide RNAs that direct site-specific DNA cleavage facilitated by the Cas endonuclease. Here we report that chemical alterations to synthesized single guide RNAs (sgRNAs) enhance genome editing efficiency in human primary T cells and CD34+ hematopoietic stem and progenitor cells. Co-delivering chemically modified sgRNAs with Cas9 mRNA or protein is an efficient RNA- or ribonucleoprotein (RNP)-based delivery method for the CRISPR-Cas system, without the toxicity associated with DNA delivery. This approach is a simple and effective way to streamline the development of genome editing with the potential to accelerate a wide array of biotechnological and therapeutic applications of the CRISPR-Cas technology. PMID:26121415

  14. Mise à jour sur le nouveau vaccin 9-valent pour la prévention du virus du papillome humain

    PubMed Central

    Yang, David Yi; Bracken, Keyna

    2016-01-01

    Résumé Objectif Informer les médecins de famille quant à l’efficacité, à l’innocuité, aux effets sur la santé publique et à la rentabilité du vaccin 9-valent contre le virus du papillome humain (VPH). Qualité des données Des articles pertinents publiés dans PubMed jusqu’en mai 2015 ont été examinés et analysés. La plupart des données citées sont de niveau I (essais randomisés et contrôlés et méta-analyses) ou de niveau II (études transversales, cas-témoins et épidémiologiques). Des rapports et recommandations du gouvernement sont aussi cités en référence. Message principal Le vaccin 9-valent contre le VPH, qui offre une protection contre les types 6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52 et 58 du VPH, est sûr et efficace et réduira encore plus l’incidence des infections à VPH, de même que les cas de cancer lié au VPH. Il peut également protéger indirectement les personnes non immunisées par l’entremise du phénomène d’immunité collective. Un programme d’immunisation efficace peut prévenir la plupart des cancers du col de l’utérus. Les analyses montrent que la rentabilité du vaccin 9-valent chez les femmes est comparable à celle du vaccin quadrivalent original contre le VPH (qui protège contre les types 6, 11, 16 et 18 du VPH) en usage à l’heure actuelle. Toutefois, il faut investiguer plus en profondeur l’utilité d’immuniser les garçons avec le vaccin 9-valent contre le VPH. Conclusion en plus d’être sûr, le vaccin 9-valent protège mieux contre le VPH que le vaccin quadrivalent. Une analyse coûtefficacité en favorise l’emploi, du moins chez les adolescentes. Ainsi, les médecins devraient recommander le vaccin 9-valent à leurs patients plutôt que le vaccin quadrivalent contre le VPH.

  15. The Neisseria meningitidis CRISPR-Cas9 System Enables Specific Genome Editing in Mammalian Cells

    PubMed Central

    Lee, Ciaran M; Cradick, Thomas J; Bao, Gang

    2016-01-01

    The clustered regularly-interspaced short palindromic repeats (CRISPR)—CRISPR-associated (Cas) system from Streptococcus pyogenes (Spy) has been successfully adapted for RNA-guided genome editing in a wide range of organisms. However, numerous reports have indicated that Spy CRISPR-Cas9 systems may have significant off-target cleavage of genomic DNA sequences differing from the intended on-target site. Here, we report the performance of the Neisseria meningitidis (Nme) CRISPR-Cas9 system that requires a longer protospacer-adjacent motif for site-specific cleavage, and present a comparison between the Spy and Nme CRISPR-Cas9 systems targeting the same protospacer sequence. The results with the native crRNA and tracrRNA as well as a chimeric single guide RNA for the Nme CRISPR-Cas9 system were also compared. Our results suggest that, compared with the Spy system, the Nme CRISPR-Cas9 system has similar or lower on-target cleavage activity but a reduced overall off-target effect on a genomic level when sites containing three or fewer mismatches are considered. Thus, the Nme CRISPR-Cas9 system may represent a safer alternative for precision genome engineering applications. PMID:26782639

  16. The Neisseria meningitidis CRISPR-Cas9 System Enables Specific Genome Editing in Mammalian Cells.

    PubMed

    Lee, Ciaran M; Cradick, Thomas J; Bao, Gang

    2016-03-01

    The clustered regularly-interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated (Cas) system from Streptococcus pyogenes (Spy) has been successfully adapted for RNA-guided genome editing in a wide range of organisms. However, numerous reports have indicated that Spy CRISPR-Cas9 systems may have significant off-target cleavage of genomic DNA sequences differing from the intended on-target site. Here, we report the performance of the Neisseria meningitidis (Nme) CRISPR-Cas9 system that requires a longer protospacer-adjacent motif for site-specific cleavage, and present a comparison between the Spy and Nme CRISPR-Cas9 systems targeting the same protospacer sequence. The results with the native crRNA and tracrRNA as well as a chimeric single guide RNA for the Nme CRISPR-Cas9 system were also compared. Our results suggest that, compared with the Spy system, the Nme CRISPR-Cas9 system has similar or lower on-target cleavage activity but a reduced overall off-target effect on a genomic level when sites containing three or fewer mismatches are considered. Thus, the Nme CRISPR-Cas9 system may represent a safer alternative for precision genome engineering applications.

  17. Evolution of CRISPR RNA recognition and processing by Cas6 endonucleases.

    PubMed

    Niewoehner, Ole; Jinek, Martin; Doudna, Jennifer A

    2014-01-01

    In many bacteria and archaea, small RNAs derived from clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) associate with CRISPR-associated (Cas) proteins to target foreign DNA for destruction. In Type I and III CRISPR/Cas systems, the Cas6 family of endoribonucleases generates functional CRISPR-derived RNAs by site-specific cleavage of repeat sequences in precursor transcripts. CRISPR repeats differ widely in both sequence and structure, with varying propensity to form hairpin folds immediately preceding the cleavage site. To investigate the evolution of distinct mechanisms for the recognition of diverse CRISPR repeats by Cas6 enzymes, we determined crystal structures of two Thermus thermophilus Cas6 enzymes both alone and bound to substrate and product RNAs. These structures show how the scaffold common to all Cas6 endonucleases has evolved two binding sites with distinct modes of RNA recognition: one specific for a hairpin fold and the other for a single-stranded 5'-terminal segment preceding the hairpin. These findings explain how divergent Cas6 enzymes have emerged to mediate highly selective pre-CRISPR-derived RNA processing across diverse CRISPR systems.

  18. Tuberculose ganglionnaire: aspects épidémiologiques, diagnostiques et thérapeutiques, à propos de 357 cas

    PubMed Central

    Hamzaoui, Ghizlane; Amro, Lamyae; Sajiai, Hafsa; Serhane, Hind; Moumen, Nezha; Ennezari, Abdellah; Yazidi, Abdelhaq Alaoui

    2014-01-01

    La tuberculose ganglionnaire (TG) est la localisation extrapulmonaire la plus fréquente au Maroc. Elle pose encore un problème diagnostique et thérapeutique. Le but du travail est d’ étudier le profil épidémiologique, diagnostique et thérapeutique de la tuberculose ganglionnaire. Il s'agit d'une étude rétrospective portant sur les nouveaux cas de TG suivis au centre spécialisé de tuberculose de Marrakech, entre Janvier 2011 et Décembre 2012. Trois cents cinquante sept cas de TG ont été inclus sur l'ensemble de 1717 cas de tuberculose toute forme confondue, soit une incidence de 20,8%. La moyenne d’âge était de 29,1 ans avec un sex ratio de 0,6 (62,5% de femmes). Le diabète, le contage tuberculeux et l'infection VIH ont été retrouvés respectivement dans 9%, 14,6% et 3,6% des cas. Les adénopathies étaient cervicales dans 95%, médiastinales dans 5,1%, abdominales dans 3,7%, axillaires dans 2,8% et inguinales dans 0,3% des cas. La radiographie du thorax (faite dans 96,4% des cas) a été anormale dans 8,1%. Le diagnostic a été confirmé dans 97,2% des cas. Le régime thérapeutique était 2 RHZE/4RH dans 88% des cas. Dans les cas suivis, l’évolution a été marquée par la disparition des adénopathies dans 95,2% et par l'augmentation du volume ganglionnaire dans 4,8%. 1,4% des cas ont été perdus de vue. La rechute de TG a été notée dans 3,1%. La TG reste fréquente et occupe la 2ème place après l'atteinte pulmonaire et pose un problème diagnostique et thérapeutique. PMID:25767675

  19. [CRISPR/Cas system for genome editing in pluripotent stem cells].

    PubMed

    Vasil'eva, E A; Melino, D; Barlev, N A

    2015-01-01

    Genome editing systems based on site-specific nucleases became very popular for genome editing in modern bioengineering. Human pluripotent stem cells provide a unique platform for genes function study, disease modeling, and drugs testing. Consequently, technology for fast, accurate and well controlled genome manipulation is required. CRISPR/Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeat/CRISPR-associated) system could be employed for these purposes. This system is based on site-specific programmable nuclease Cas9. Numerous advantages of the CRISPR/Cas system and its successful application to human stem cells provide wide opportunities for genome therapy and regeneration medicine. In this publication, we describe and compare the main genome editing systems based on site-specific programmable nucleases and discuss opportunities and perspectives of the CRISPR/Cas system for application to pluripotent stem cells.

  20. Étude expérimentale de l'interaction laser-matière dans le cas du soudage d'un acier inoxydable austénitique par laser Nd:YAG continu de 2 kW

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Dumord, E.; Jouvard, J. M.; Grevey, D.; Druetta, M.; Ottavi, P.

    1997-05-01

    The laser-matter interaction acting during cw 2 kW Nd:YAG laser welding of an austenitic stainless steel is studied and particulary the effects linked to the presence of a keyhole in the liquid bath. This is done in order to define parameters useful to the process modelling. The absorption factor of target has been measured in order to better understand the Nd:YAG laser/stainless steel 304 interaction. Then an experimental approach of the keyhole angle value determination is proposed. Values are presented showing the important keyhole angle at the bottom of the bead. Finally a study relative to the plume above the keyhole shows that it is responsible for the formation of the nail-head part, observed on the experimental melting zone, by laser beam scattering. L'interaction laser-matière se produisant lors du soudage par laser Nd:YAG continu de 2kW d'un acier inoxydable austénitique est étudiée, et notamment les effets liés à la présence du capillaire dans le bain liquide, de façon à définir les paramètres utiles à la modélisation du processus. Le facteur d'absorption des cibles utilisées a été mesuré afin de mieux appréhender l'interaction laser Nd:YAG/acier inoxydable austénitique 304. Puis une approche expérimentale de détermination de l'angle d'inclinaison du capillaire est proposée. Des valeurs sont présentées montrant la forte inclinaison du capillaire en fond de cordon. Finalement une étude relative au panache présent audessus du capillaire met en évidence qu'il est responsable de la formation de la partie en tête de clou observée sur les zones fondues expérimentales par diffusion du faisceau laser

  1. Participation des médecins généralistes de la province de Benimellal (Maroc) dans le dépistage du cancer du col

    PubMed Central

    Nani, Samira; Benallal, Mohamed; Hassoune, Samira; Kissi, Dounia; Maaroufi, Abderrahmane

    2013-01-01

    Introduction Au Maroc, chaque année il y aurait environ 2000 nouveaux cas de cancer du col et les 2/3 des cas sont pris en charge à un stade très avancé. Nous avons mené une étude transversale, exhaustive incluant les 71 médecins généralistes exerçant dans les établissements de soins de santé de base du secteur public et privé de la province de Benimellal. Le but était d’évaluer leurs connaissances et leur participation au dépistage du cancer du col. Méthodes Nous avons mené une étude transversale, exhaustive incluant les 71 médecins généralistes exerçant dans les établissements de soins de santé de base du secteur public et privé de la province de Benimellal. Le but était d’évaluer leurs connaissances et leur participation au dépistage du cancer du col. Résultats Le niveau de connaissance était relativement modeste, 22 médecins généraliste avaient répondu à la question sur l'incidence du cancer du col au Maroc, Parmi eux (81,8%) avaient donné une réponse incorrecte. L'Herpes Papilloma virus comme facteur de risque du cancer du col a été identifié par seulement 21% des médecins généralistes. La participation au dépistage était également défaillante, 92,8% n'avaient jamais pratiqué le FCV chez leurs patientes à cause principalement du manque de formation (95,5%). Conclusion Les résultats montrent la nécessité d'améliorer les connaissances théoriques et pratique des médecins généralistes concernant le dépistage du cancer du col. PMID:23785557

  2. New CRISPR-Cas systems discovered.

    PubMed

    Yang, Hui; Patel, Dinshaw J

    2017-03-01

    In bacteria and archaea, CRISPR-Cas adaptive immune systems utilize RNA-guided endonucleases to defend against invasion by foreign nucleic acids of bacteriophage, virus and plasmid origin. In a recent paper published in Nature, Burstein et al. identified the first Cas9 protein in uncultivated archaea and two novel CRISPR-CasX and CRISPR-CasY systems in uncultivated bacteria by capitalizing on analysis of terabase-scale metagenomic datasets from natural uncultivated organisms.

  3. Efficient fdCas9 Synthetic Endonuclease with Improved Specificity for Precise Genome Engineering

    PubMed Central

    Aouida, Mustapha; Eid, Ayman; Ali, Zahir; Cradick, Thomas; Lee, Ciaran; Deshmukh, Harshavardhan; Atef, Ahmed; AbuSamra, Dina; Gadhoum, Samah Zeineb; Merzaban, Jasmeen; Bao, Gang; Mahfouz, Magdy

    2015-01-01

    The Cas9 endonuclease is used for genome editing applications in diverse eukaryotic species. A high frequency of off-target activity has been reported in many cell types, limiting its applications to genome engineering, especially in genomic medicine. Here, we generated a synthetic chimeric protein between the catalytic domain of the FokI endonuclease and the catalytically inactive Cas9 protein (fdCas9). A pair of guide RNAs (gRNAs) that bind to sense and antisense strands with a defined spacer sequence range can be used to form a catalytically active dimeric fdCas9 protein and generate double-strand breaks (DSBs) within the spacer sequence. Our data demonstrate an improved catalytic activity of the fdCas9 endonuclease, with a spacer range of 15–39 nucleotides, on surrogate reporters and genomic targets. Furthermore, we observed no detectable fdCas9 activity at known Cas9 off-target sites. Taken together, our data suggest that the fdCas9 endonuclease variant is a superior platform for genome editing applications in eukaryotic systems including mammalian cells. PMID:26225561

  4. CAS-Induced Difficulties in Learning Mathematics?

    ERIC Educational Resources Information Center

    Jankvist, Uffe Thomas; Misfeldt, Morten

    2015-01-01

    In recent years computer algebra systems (CAS) have become an integrated part of the upper secondary school mathematics program. Despite the many positive possibilities of CAS, there also seems to be a flip side of the coin in relation to actual difficulties in learning mathematics, not least because a strong dependence on CAS for mathematical…

  5. Angiomyolipome rénale: à propos de huit cas

    PubMed Central

    Statoua, Mouad; El Ghanmi, Jihad; Karmouni, Tarik; El Khader, Khalid; Koutani, Abdellatif; Attya, Ahmed Iben

    2014-01-01

    L'angiomyolipome est la tumeur bénigne la plus fréquente des masses dolides du rein, elle représente un cadre de fréquence de 1 à 3% des tumeurs du rein, sa composition histologique est faite de trois contingents: graisseux, fibres musculaires lisses et vasculaires a des proportions variables, elle sévit sur un cadre sporadique et peut s'exprimer dans un cadre congénitale comme manifestation de la sclérose tubéreuse de Bourneville. Nous rapportons l'expérience du service d'Urologie B du CHU IBN Sina de Rabat dans la prise en charge de huit cas d'angiomyolipome sur une période s’étalant sur six ans en précisant les manifestations cliniques, données de l'imagerie, le résultat histologique et la conduite thérapeutique. Les manifestations cliniques ne lui sont pas spécifiques, elle peut se manifester par des lombalgies, crise de colique néphritiques, hématurie, masse palpable dans le flanc. La TDM reste l'examen radiologique le plus sensible en mettant en évidence la présence de graisse au sein de la masse, l'histologie confirme le diagnostic et il n'y a aucun consensus qui régit la prise en charge de ce type de tumeur, on peut admettre une surveillance pour les petites masses de moins de 4 cm et traité les formes symptomatiques ou qui dépasse les 4 cm par embolisation ou chirurgie partielle ou totale. Les nouvelles thérapeutiques focales peuvent révolutionner la prise en charge de ce type de tumeur bénigne, mais les études sont toujours en cours. PMID:25767658

  6. Les plaies du tendon patellaire

    PubMed Central

    Mechchat, Atif; Elidrissi, Mohammed; Mardy, Abdelhak; Elayoubi, Abdelghni; Shimi, Mohammed; Elibrahimi, Abdelhalim; Elmrini, Abdelmajid

    2014-01-01

    Les plaies du tendon patellaire sont peu fréquentes et sont peu rapportés dans la littérature, contrairement aux ruptures sous cutanées. Les sections du tendon patellaire nécessitent une réparation immédiate afin de rétablir l'appareil extenseur et de permettre une récupération fonctionnelle précoce. A travers ce travail rétrospectif sur 13 cas, nous analysons les aspects épidémiologiques, thérapeutiques et pronostiques de ce type de pathologie en comparant différents scores. L’âge moyen est de 25 ans avec une prédominance masculine. Les étiologies sont dominées par les accidents de la voie publique (68%) et les agressions par agent tranchant (26%) et contendant (6 %). Tous nos patients ont bénéficié d'un parage chirurgical avec suture tendineuse direct protégée par un laçage au fils d'aciers en légère flexion. La rééducation est débutée après sédation des phénomènes inflammatoires. Au dernier recul les résultats sont excellents et bon à 92%. Nous n'avons pas noté de différence de force musculaire et d'amplitude articulaire entre le genou sain et le genou lésé. Les lésions ouvertes du tendon patellaire est relativement rare. La prise en charge chirurgicale rapide donne des résultats assez satisfaisants. La réparation est généralement renforcée par un semi-tendineux, synthétique ou métallique en forme de cadre de renfort pour faciliter la réadaptation et réduire le risque de récidive après la fin de l'immobilisation. PMID:25170379

  7. Mechanism of spacer integration links the CRISPR/Cas system to transposition as a form of mobile DNA.

    PubMed

    Dyda, Fred; Hickman, Alison B

    2015-01-01

    It has recently become clear that many bacterial and archaeal species possess adaptive immune systems. These are typified by multiple copies of DNA sequences known as clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs). These CRISPR repeats are the sites at which short spacers containing sequences of previously encountered foreign DNA are integrated, and the spacers serve as the molecular memory of previous invaders. In vivo work has demonstrated that two CRISPR-associated proteins - Cas1 and Cas2 - are required for spacer integration, but the mechanism by which this is accomplished remained unclear. Here we review a recent paper describing the in vitro reconstitution of CRISPR spacer integration using purified Cas1 and Cas2 and place the results in context of similar DNA transposition reactions and the crystal structure of the Cas1/Cas2 complex.

  8. Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan for Corrective Action Unit 107: Low Impact Soil Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2009-03-31

    This Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan covers activities associated with Corrective Action Unit (CAU) 107 of the Federal Facility Agreement and Consent Order (1996 [as amended February 2008]). CAU 107 consists of the following Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 1, 2, 3, 4, 5, 9, 10, and 18 of the Nevada Test Site. {sm_bullet} CAS 01-23-02, Atmospheric Test Site - High Alt{sm_bullet} CAS 02-23-02, Contaminated Areas (2){sm_bullet} CAS 02-23-03, Contaminated Berm{sm_bullet} CAS 02-23-10, Gourd-Amber Contamination Area{sm_bullet} CAS 02-23-11, Sappho Contamination Area{sm_bullet} CAS 02-23-12, Scuttle Contamination Area{sm_bullet} CAS 03-23-24, Seaweed B Contamination Area{sm_bullet} CAS 03-23-27, Adze Contamination Area{sm_bullet} CAS 03-23-28, Manzanas Contamination Area{sm_bullet} CAS 03-23-29, Truchas-Chamisal Contamination Area{sm_bullet} CAS 04-23-02, Atmospheric Test Site T4-a{sm_bullet} CAS 05-23-06, Atmospheric Test Site{sm_bullet} CAS 09-23-06, Mound of Contaminated Soil{sm_bullet} CAS 10-23-04, Atmospheric Test Site M-10{sm_bullet} CAS 18-23-02, U-18d Crater (Sulky) Based on historical documentation, personnel interviews, site process knowledge, site visits, photographs, engineering drawings, field screening, analytical results, and the results of data quality objectives process (Section 3.0), closure in place with administrative controls or no further action will be implemented for CAU 107.

  9. DNA interrogation by the CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Sternberg, Samuel H.; Redding, Sy; Jinek, Martin; Greene, Eric C.; Doudna, Jennifer A.

    2014-03-01

    The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated enzyme Cas9 is an RNA-guided endonuclease that uses RNA-DNA base-pairing to target foreign DNA in bacteria. Cas9-guide RNA complexes are also effective genome engineering agents in animals and plants. Here we use single-molecule and bulk biochemical experiments to determine how Cas9-RNA interrogates DNA to find specific cleavage sites. We show that both binding and cleavage of DNA by Cas9-RNA require recognition of a short trinucleotide protospacer adjacent motif (PAM). Non-target DNA binding affinity scales with PAM density, and sequences fully complementary to the guide RNA but lacking a nearby PAM are ignored by Cas9-RNA. Competition assays provide evidence that DNA strand separation and RNA-DNA heteroduplex formation initiate at the PAM and proceed directionally towards the distal end of the target sequence. Furthermore, PAM interactions trigger Cas9 catalytic activity. These results reveal how Cas9 uses PAM recognition to quickly identify potential target sites while scanning large DNA molecules, and to regulate scission of double-stranded DNA.

  10. Conditional targeting of Ispd using paired Cas9 nickase and a single DNA template in mice.

    PubMed

    Lee, Angus Yiu-Fai; Lloyd, Kevin C Kent

    2014-01-01

    CRISPR/Cas9 technology is a highly promising genome editing tool in the mouse, potentially overcoming the costs and time required for more traditional gene targeting methods in embryonic stem (ES) cells. Recently, compared to the wildtype nuclease, paired Cas9 nickase (Cas9n) combined with single guide RNA (sgRNA) molecules has been found to enhance the specificity of genome editing while reducing off-target effects. Paired Cas9n has been shown to be as efficient as Cas9 for generating insertion and deletion (indel) mutations by non-homologous end joining and targeted deletion in the genome. However, an efficient and reliable approach to the insertion of loxP sites flanking critical exon(s) to create a conditional allele of a target gene remains an elusive goal. In this study, we microinjected Cas9n RNA with sgRNAs together with a single DNA template encoding two loxP sites flanking (floxing) exon 2 of the isoprenoid synthase containing domain (Ispd) into the pronucleus and cytoplasm of C57BL/6NCr one-cell stage zygotes. After surgical transfer, one F0 mouse expressing a conditional allele was produced (at a frequency of ∼8% of live pups born). The floxed allele was transmitted through the germline to F1 progeny, and could be successfully recombined using Cre recombinase. This study indicates that conditional targeting can be accomplished effectively using paired Cas9n and a single DNA template.

  11. Profiling of engineering hotspots identifies an allosteric CRISPR-Cas9 switch

    PubMed Central

    Oakes, Benjamin L; Nadler, Dana C.; Flamholz, Avi; Fellmann, Christof; Staahl, Brett T.; Doudna, Jennifer A.; Savage, David F.

    2016-01-01

    The CRISPR-associated protein Cas9 from Streptococcus pyogenes is an RNA-guided DNA endonuclease with widespread utility for genome modification. However, the structural constraints limiting the engineering of Cas9 have not been determined. Here we experimentally profile Cas9 using randomized insertional mutagenesis and delineate hotspots in the structure capable of tolerating insertions of a PDZ domain without disrupting the enzyme’s binding and cleavage functions. Orthogonal domains or combinations of domains can be inserted into the identified sites with minimal functional consequence. To illustrate the utility of the identified sites, we construct an allosterically regulated Cas9 by insertion of the Estrogen Receptor α Ligand Binding Domain. This protein displayed robust, ligand-dependent activation in prokaryotic and eukaryotic cells, establishing a versatile one-component system for inducible and reversible Cas9 activation. Thus, domain insertion profiling facilitates the rapid generation of new Cas9 functionalities and provides useful data for future engineering of Cas9. PMID:27136077

  12. DNA interrogation by the CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9.

    PubMed

    Sternberg, Samuel H; Redding, Sy; Jinek, Martin; Greene, Eric C; Doudna, Jennifer A

    2014-03-06

    The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated enzyme Cas9 is an RNA-guided endonuclease that uses RNA-DNA base-pairing to target foreign DNA in bacteria. Cas9-guide RNA complexes are also effective genome engineering agents in animals and plants. Here we use single-molecule and bulk biochemical experiments to determine how Cas9-RNA interrogates DNA to find specific cleavage sites. We show that both binding and cleavage of DNA by Cas9-RNA require recognition of a short trinucleotide protospacer adjacent motif (PAM). Non-target DNA binding affinity scales with PAM density, and sequences fully complementary to the guide RNA but lacking a nearby PAM are ignored by Cas9-RNA. Competition assays provide evidence that DNA strand separation and RNA-DNA heteroduplex formation initiate at the PAM and proceed directionally towards the distal end of the target sequence. Furthermore, PAM interactions trigger Cas9 catalytic activity. These results reveal how Cas9 uses PAM recognition to quickly identify potential target sites while scanning large DNA molecules, and to regulate scission of double-stranded DNA.

  13. [The application of CRISPR/Cas9 genome editing technology in cancer research].

    PubMed

    Wang, Dayong; Ma, Ning; Hui, Yang; Gao, Xu

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas9 (clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein-9 nuclease) genome editing technology has become more and more popular in gene editing because of its simple design and easy operation. Using the CRISPR/Cas9 system, researchers can perform site-directed genome modification at the base level. Moreover, it has been widely used in genome editing in multiple species and related cancer research. In this review, we summarize the application of the CRISPR/Cas9 system in cancer research based on the latest research progresses as well as our understanding of cancer research and genome editing techniques.

  14. Influence du traitement thermique sur l'usinabilite du laiton monophase

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Cholley, Airy

    La connaissance des proprietes et du comportement d'un materiau en usinage est primordiale pour optimiser son utilisation et obtenir une usinabilite maximale. Dans ce but, l'etude de la modification de la ductilite par traitement thermiques sur plusieurs criteres d'usinabilite tels que les efforts de coupe, la rugosite, les bavures et la formation du copeau a ete menee sur le laiton monophase. A cette fin, l'influence du traitement thermique sur la microstructure du laiton a d'abord ete etudiee. La taille des grains et la durete ont permis de determiner les proprietes mecaniques des etats metallurgiques. Des essais de percage ont ensuite ete effectues sur les etats metallurgiques H01 (99HV), OS100 (88HV) et OS250 (47HV) pour regarder l'influence du traitement thermique sur l'usinabilite. Cette etude experimentale a permis de comprendre l'influence du taux de laminage et de la temperature de recuit sur les proprietes mecaniques. Les essais d'usinabilite ont ensuite permis de prouver que les efforts de coupe sont dependants des conditions de coupe mais pas de la ductilite dans les etats metallurgiques testes. La taille des bavures augmente avec la ductilite et la vitesse de coupe, et diminue avec l'avance. La rugosite de la surface des trous apres l'usinage a egalement ete etudiee. Il a aussi ete prouve par une etude sur les copeaux que la temperature croit avec la vitesse de coupe. L'analyse de la segmentation des copeaux n'a en revanche pas permis de trouver une correlation significative avec les traitements thermiques testes. Enfin, le revetement de l'outil a montre une grande importance sur l'usinabilite du materiau. Il a ete conclu que l'usinabilite du laiton C26000 (CuZn30) est meilleure lorsqu'on travaille dans un etat metallurgique dur. Ces conclusions sont valables pour le laiton monophase etudie, il serait interessant d'examiner aussi le cas des laitons biphases.

  15. Prise en charge des traumatismes graves du rein

    PubMed Central

    Lakmichi, Mohamed Amine; Jarir, Redouane; Sadiki, Bader; Zehraoui; Bentani; Wakrim, Bader; Dahami, Zakaria; Moudouni; Sarf, Ismail

    2015-01-01

    Les traumatismes graves du rein de grade III, IV et V selon la classification de l'Amercan Society for Surgery For Trauma (ASST) sont plus rares et se retrouvent dans 5% des cas en moyenne. Leur prise en charge est souvent délicate, nécessitant alors des centres expérimentés dotés de moyen adéquats d'imagerie (scanner spiralé). Cependant, durant ces dernières années, la prise en charge de ces traumatismes a évolué vers une attitude de moins en moins chirurgicale grâce à l’évolution des techniques de la radiologie interventionnelle, de l'endourologie et des moyens de surveillance aux urgences et de réanimation. L'objectif de cette étude est d’évaluer notre expérience dans la prise en charge des traumatismes rénaux de haut grade. Notre étude rétrospective porte sur 25 cas de traumatismes grave du rein de grade III, IV et V selon la classification de l'ASST, colligés entre Janvier 2002 et Juin 2009 au service d'urologie du centre Hospitalier Universitaire Mohammed VI, Université Cadi Ayyad de Marrakech, Maroc. Nous avons étudié les données épidémiologiques, les signes cliniques et biologiques à l'admission (état de choc hémorragique, taux d'hémoglobine), les données radiologiques (échographie et scanner), les lésions associées, la prise en charge thérapeutique et les complications. L’âge moyen de nos patients était de 24,9 ans 15 et 58 ans, avec une prédominance masculine (sex-ratio = 7, 3). Le rein droit était intéressé dans 15 cas (60%). Le traumatisme rénal était fermé dans 15 cas, et ouvert par arme blanche dans 10 cas. Huit patients se sont présentés en état de choc hémorragique (32%). Une anémie inférieur à 10g /100ml a été observée dans 10 cas (40%). L'uroscanner fait systématiquement à l'admission a retrouvé un grade III (10 cas), grade IV (13 cas) et grade V (2 cas). La prise en charge a consisté en une exploration chirurgicale avec néphrectomie chez 2 cas de Grade IV pour une instabilité h

  16. CRISPR/Cas9-mediated targeted mutagenesis in Nicotiana tabacum.

    PubMed

    Gao, Junping; Wang, Genhong; Ma, Sanyuan; Xie, Xiaodong; Wu, Xiangwei; Zhang, Xingtan; Wu, Yuqian; Zhao, Ping; Xia, Qingyou

    2015-01-01

    Genome editing is one of the most powerful tools for revealing gene function and improving crop plants. Recently, RNA-guided genome editing using the type II clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated protein (Cas) system has been used as a powerful and efficient tool for genome editing in various organisms. Here, we report genome editing in tobacco (Nicotiana tabacum) mediated by the CRISPR/Cas9 system. Two genes, NtPDS and NtPDR6, were used for targeted mutagenesis. First, we examined the transient genome editing activity of this system in tobacco protoplasts, insertion and deletion (indel) mutations were observed with frequencies of 16.2-20.3% after transfecting guide RNA (gRNA) and the nuclease Cas9 in tobacco protoplasts. The two genes were also mutated using multiplexing gRNA at a time. Additionally, targeted deletions and inversions of a 1.8-kb fragment between two target sites in the NtPDS locus were demonstrated, while indel mutations were also detected at both the sites. Second, we obtained transgenic tobacco plants with NtPDS and NtPDR6 mutations induced by Cas9/gRNA. The mutation percentage was 81.8% for NtPDS gRNA4 and 87.5% for NtPDR6 gRNA2. Obvious phenotypes were observed, etiolated leaves for the psd mutant and more branches for the pdr6 mutant, indicating that highly efficient biallelic mutations occurred in both transgenic lines. No significant off-target mutations were obtained. Our results show that the CRISPR/Cas9 system is a useful tool for targeted mutagenesis of the tobacco genome.

  17. Les masques trompeurs de la bipolarité: étude de 100 cas

    PubMed Central

    Nabih, Fadoua Oueriagli; Benali, Abdesslam; Adali, Imane; Manoudi, Fatiha; Asri, Fatima

    2015-01-01

    Le trouble bipolaire (TB) est une pathologie dont la prévalence est estimée à 1-2%. Le diagnostic précoce du trouble constitue un enjeu thérapeutique majeur. L'objectif de ce travail est de déterminer les différents diagnostiques attribués aux patients bipolaires avant de recevoir le diagnostic adéquat et de préciser le délai moyen du retard diagnostique. C'est une étude descriptive transversale portant sur 100 patients atteints de TB, inclus selon les critères du DSM V, qui ont été vus en consultation ou bien hospitalisés dans le service de psychiatrie de l'hôpital Militaire Avicenne de Marrakech, durant une période de deux ans. L’âge moyen des patients était de 29,5 ans avec une prédominance masculine (80%). 40% de nos patients ont reçu au début un autre diagnostic que celui du TB et le premier diagnostic retenu était celui de l’épisode dépressif majeur dans 36% des cas, suivi de l'accès psychotique aigu dans 28% des cas, la schizophrénie dans 16,8% et le trouble de personnalité dans 10,2%. Le délai moyen du retard diagnostic était de 64 mois. 50% des patients ayant reçu un autre diagnostic avaient consulté au moins un psychiatre et 60% des patients avaient été hospitalisés au moins une fois avant le diagnostic du TB. Les errances diagnostiques du TB sont bien établies, conduisant forcément à un retard de prise en charge adéquate. Ces données devraient alerter les psychiatres pour favoriser un meilleur dépistage de la manie et de l'hypomanie qui restent les éléments clé du diagnostic du TB. PMID:26587161

  18. Les Cicatrices Retractiles Post-Brulures Du Membre Inferieur Chez L’Enfant

    PubMed Central

    Sankale, A.A.; Manyacka Ma Nyemb, P.; Coulibaly, N.F.; Ndiaye, A.; Ndoye, M.

    2010-01-01

    Summary Il s'agit d'une étude faisant ressortir les aspects épidémiologiques, cliniques et thérapeutiques des séquelles de brûlures du membre inférieur chez l'enfant, à propos de 42 cas colligés au service de chirurgie infantile de l'Hôpital Aristide Le Dantec (Sénégal). L'âge moyen retrouvé est de 5 ans et 3 mois, et le sex-ratio garçons/filles de 1,8/1. La brûlure thermique est causée par une flamme dans 33% des cas, par un liquide chaud dans 21% des cas, et par des braises dans 21% des cas. Les cicatrices rétractiles intéressent le genou et le creux poplité dans 47% des cas et le pied dans 45% des cas. Elles sont bilatérales dans 21% des cas, et concernent une autre localisation associée dans 21% des cas. Quant aux brides, 21% ont bénéficié d'une chirurgie, avec un délai moyen de 3 ans et 2 mois après la brûlure. Cette procédure chirurgicale consiste en une plastie en Z dans 91% des cas, à laquelle est associée une greffe de peau dans 54% des cas. Une rééducation fonctionnelle est pratiquée chez 54% des opérés. Parallèlement aux données de la littérature, nos résultats montrent que l'optimisation de la prise en charge passe par une meilleure prévention des accidents domestiques et une bonne codification thérapeutique. PMID:21991202

  19. "Cirque du Freak."

    ERIC Educational Resources Information Center

    Rivett, Miriam

    2002-01-01

    Considers the marketing strategies that underpin the success of the "Cirque du Freak" series. Describes how "Cirque du Freak" is an account of events in the life of schoolboy Darren Shan. Notes that it is another reworking of the vampire narrative, a sub-genre of horror writing that has proved highly popular with both adult and…

  20. Délais de prise en charge des syndromes coronariens aigus avec sus-décalage du segment ST à Ouagadougou et facteurs associés à un allongement de ces délais: étude transversale à propos de 43 cas colligés au CHU-Yalgado Ouédraogo

    PubMed Central

    Yameogo, Nobila Valentin; Samadoulougou, André; Millogo, Georges; Kologo, Koudougou Jonas; Kombassere, Karim; Toguyeni, Boubacar Jean Yves; Zabsonre, Patrice

    2012-01-01

    La prise en charge de l'infarctus du myocarde est une course contre la montre et les trois premières heures constituent les « golden hours ». Les objectifs de ce travail étaient de déterminer le délai de prise en charge des infarctus du myocarde du myocarde au Burkina Faso, les facteurs liés à un allongement du délai et le pronostic des patients. Il s'agit d'une étude transversale descriptive menée de Septembre 2010 à Août 2011. Le critère d'inclusion était l'infarctus du myocarde dont le diagnostic était basé sur des critères clinique (douleur angineuse), électrocardiographique (sus-décalage persistant du segment ST dans au moins deux dérivations contiguës du même territoire coronaire, onde Q de nécrose) et biologique (élévation de la troponine). Les informations relatives au délai de prise en charge ont été recueillies: début du premier symptôme, contact avec le premier agent de santé et le cardiologue, nombre de centre de santé consulté avant le transfert en cardiologie, situation géographique des patients, moyen de transport utilisé. Les données ont été analysées grâce au logiciel SPSS version 17. Durant la période d’étude, 43 patients d’âge moyen de 56,51 ± 12,91 ans ont été admis pour infarctus du myocarde. Plus de la moitié des patients (72,0%) habitait Ouagadougou et sa banlieue. Le délai moyen entre le début de la douleur et la consultation dans la première structure sanitaire était de 48 ± 20,8 heures; celui entre le début de la douleur et la réalisation du premier ECG était en moyenne de 8,6 ±4,5 jours. Le délai entre la réalisation de l'ECG et l'admission dans le service de cardiologie était de 4,35 ±4,0 jours [00 heure et 13 jours]. Le délai entre l'admission dans le service de cardiologie et la thrombolyse était de 34 minutes. Enfin le délai entre le début de la douleur et le contact avec le cardiologue était de 9,6±3,5 jours. Il n'y avait pas de différence statiquement

  1. Kyste de la vésicule séminale: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Bakloul, Fouad; Jakhlal, Nabil; Elghazoui, Anouar; Karmouni, Tarik; El Khader, Khalid; Koutani, Abdellatif; Ibnattya, Ahmed Andaloussi

    2016-01-01

    Nous rapportons le cas d’un patient présentant un kyste de la vésicule séminale droite symptomatique. Au terme du bilan (échographie pelvienne et endo-rectale, tomodensitométrie abdomino-pelvienne et l’imagerie par résonance magnétique), le patient était opéré et bénéficiait d’une ablation du kyste. A la lumière de cette observation, l’épidémiologie, le diagnostic et les options thérapeutiques sont discutés. PMID:28292031

  2. Structure and specificity of the RNA-guided endonuclease Cas9 during DNA interrogation, target binding and cleavage

    PubMed Central

    Josephs, Eric A.; Kocak, D. Dewran; Fitzgibbon, Christopher J.; McMenemy, Joshua; Gersbach, Charles A.; Marszalek, Piotr E.

    2015-01-01

    CRISPR-associated endonuclease Cas9 cuts DNA at variable target sites designated by a Cas9-bound RNA molecule. Cas9's ability to be directed by single ‘guide RNA’ molecules to target nearly any sequence has been recently exploited for a number of emerging biological and medical applications. Therefore, understanding the nature of Cas9's off-target activity is of paramount importance for its practical use. Using atomic force microscopy (AFM), we directly resolve individual Cas9 and nuclease-inactive dCas9 proteins as they bind along engineered DNA substrates. High-resolution imaging allows us to determine their relative propensities to bind with different guide RNA variants to targeted or off-target sequences. Mapping the structural properties of Cas9 and dCas9 to their respective binding sites reveals a progressive conformational transformation at DNA sites with increasing sequence similarity to its target. With kinetic Monte Carlo (KMC) simulations, these results provide evidence of a ‘conformational gating’ mechanism driven by the interactions between the guide RNA and the 14th–17th nucleotide region of the targeted DNA, the stabilities of which we find correlate significantly with reported off-target cleavage rates. KMC simulations also reveal potential methodologies to engineer guide RNA sequences with improved specificity by considering the invasion of guide RNAs into targeted DNA duplex. PMID:26384421

  3. CRISPR-Cas9 genome editing in Drosophila

    PubMed Central

    Gratz, Scott J.; Rubinstein, C. Dustin; Harrison, Melissa M.; Wildonger, Jill; O’Connor-Giles, Kate M.

    2015-01-01

    The CRISPR-Cas9 system has transformed genome engineering of model organisms from possible to practical. CRISPR-Cas9 can be readily programmed to generate sequence-specific double-strand breaks that disrupt targeted loci when repaired by error-prone non-homologous end joining or to catalyze precise genome modification through homology-directed repair (HDR). Here we describe a streamlined approach for rapid and highly efficient engineering of the Drosophila genome via CRISPR-Cas9-mediated HDR. In this approach, transgenic flies expressing Cas9 are injected with plasmids to express guide RNAs (gRNAs) and positively marked donor templates. We detail target site selection; gRNA plasmid generation; donor template design and construction; and the generation, identification and molecular confirmation of engineered lines. We also present alternative approaches and highlight key considerations for experimental design. The approach outlined here can be used to rapidly and reliably generate a variety of engineered modifications, including genomic deletions and replacements, precise sequence edits, and incorporation of protein tags. PMID:26131852

  4. Implantation des sites de soins communautaires en République Démocratique du Congo: consécration d'un double standard dans l'accès aux soins

    PubMed Central

    Dunia, Gisèle Mawazo Binti

    2013-01-01

    Depuis 2005, la République Démocratique du Congo a amorcé l'implantation des sites de soins communautaires. Cette stratégie a pour objectif de rapprocher les services de santé des populations éloignées. Bien que cela parte d'une bonne intention, elle résulte, à notre sens, en une consécration d'un système de santé à deux vitesses. En effet, les populations vivant en ville ont accès à des soins prestés par des agents de santé formés alors que celles vivant en milieu rural reculé ont pour prestataires de soins des relais communautaires. Cette situation marginalise encore plus des populations dont la situation géographique est déjà préoccupante. Pourtant, la population est prête à parcourir des kilomètres en échange d'un service qu'elle estime de qualité. PMID:23785563

  5. Closure Report for Corrective Action Unit 540: Spill Sites, Nevada Test Site, Nevada, Rev. No.: 0

    SciTech Connect

    McClure, Lloyd

    2006-10-01

    This Closure Report (CR) presents information supporting the closure of Corrective Action Unit (CAU) 540: Spill Sites, Nevada Test Site, Nevada. This CR complies with the requirements of the 'Federal Facility Agreement and Consent Order' (1996) that was agreed to by the State of Nevada, the U.S. Department of Energy, and the U.S. Department of Defense. Corrective Action Unit 540 is located within Areas 12 and 19 of the Nevada Test Site and is comprised of the following Corrective Action Sites (CASs): CAS 12-44-01, ER 12-1 Well Site Release; CAS 12-99-01, Oil Stained Dirt; CAS 19-25-02, Oil Spill; CAS 19-25-04, Oil Spill; CAS 19-25-05, Oil Spill; CAS 19-25-06, Oil Spill; CAS 19-25-07, Oil Spill; CAS 19-25-08, Oil Spills (3); and CAS 19-44-03, U-19bf Drill Site Release. The purpose of this CR is to provide documentation supporting recommendations of no further action for the CASs within CAU 540. To achieve this, the following actions were performed: (1) Reviewed the current site conditions, including the concentration and extent of contamination; (2) Performed closure activities to address the presence of substances regulated by 'Nevada Administrative Code' 445A.2272 (NAC, 2002); and (3) Documented Notice of Completion and closure of CAU 540 issued by the Nevada Division of Environmental Protection.

  6. Maladie de Haglund: à propos de trois cas

    PubMed Central

    Adigo, Amégninou Mawuko Yao; Gnakadja, Néille Gbèssi; Dellanh, Yaovi Yanick; Adambounou, Kokou; Djagnikpo, Oni; Agoda-Kousséma, Lama Kegdigoma; Adoko, Abikou Léon; Adjénou, Komlanvi Victor

    2015-01-01

    La maladie de Haglund est une pathologie relativement sous évaluée. Elle est liée à un conflit calcanéo-achilléen. Nous rapportons les cas de patients âgés de 40, 42 et 37 ans, révélés par des œdèmes douloureux de la cheville. Le diagnostic a été confirmé à la radiographie standard de la cheville en charge et à l’échographie chez tous les patients. Un seul patient avait bénéficié d'une exploration IRM. Le traitement, initialement médical dans tous les cas, s'est soldé par une chirurgie de résection de l'angle postéro-supérieur du calcanéum chez un patient. L’évolution a été favorable chez tous les patients. PMID:26664538

  7. Décompression chirurgicale du syndrome de défilé thoraco-brachial

    PubMed Central

    Lukulunga, Loubet Unyendje; Moussa, Abdou Kadri; Mahfoud, Mustapha; Ismael, Farid; Berrada, Mohamed Saleh; El Yaacoubi, Moradh

    2014-01-01

    Le syndrome de défilé thoraco-brachial est une pathologie souvent méconnue à cause de diagnostic difficile par manque des signes pathognomoniques conduisant souvent à des errances. Les manifestations cliniques dépendent selon qu'il s'agit d'une compression nerveuse, vasculaire ou vasculo-nerveuse. Le but de cette étude est de décrire certains aspects cliniques particuliers et évaluer le résultat fonctionnel après la décompression chirurgicale du paquet vasculo-nerveux. Notre étude rétrospective a porté sur l'analyse des données cliniques, radiologiques, IRM et EMG sur les patients opérés entre janvier 2010 et juillet 2013 du syndrome de défilé thoraco-brachial dans le service de traumatologie orthopédie de l'hôpital Ibn Sina de Rabat. 15 cas ont été colligés: 12 cas post traumatiques (fracture de la clavicule) et 3 cas d'origines congénitales, dont l’âge moyen était 35 ans (20 à 50 ans) avec 9 femmes et 6 hommes. A la fin du traitement, le score de Dash est passé de 109 (46% Normal=0) à 70 (20%), et le stress test de Roos était de 70/100 à 80/100. Le résultat était excellent dans 12 cas soit (80%) et moins bon dans dans 3 cas (20%). En définitive, la résection de malformations osseuses, l'excision des brides et la neurolyse du plexus brachial suivie de la rééducation a donné une bonne évolution fonctionnelle. PMID:25709735

  8. Textilome abdominal, à propos d'un cas

    PubMed Central

    Erguibi, Driss; Hassan, Robleh; Ajbal, Mohamed; Kadiri, Bouchaib

    2015-01-01

    Le textilome, également appelé gossybipomas, est une complication postopératoire très rare. Il peut s'agir d'un corps étranger composé de compresse(s) ou champ(s) chirurgicaux oubliés au niveau d'un foyer opératoire. Ils sont plus souvent asymptomatiques, et difficile à diagnostiquer. En particulier, les cas chroniques ne présentent pas de signes cliniques et radiologiques spécifiques pour le diagnostic différentiel. L'anamnèse est donc indispensable pour le diagnostic vu que les signes cliniques ne sont pas concluants. Le cliché d'abdomen sans préparation est peu contributif, l’échographie est fiable. La tomodensitométrie permet un diagnostic topographique précis, mais ce n'est pas toujours le cas. Certaines équipes proposent des explorations par IRM. Nous rapportons un cas de textilome intra abdominal, chez une patiente de 31 ans opérée il y a 8 ans pour grossesse extra-utérine, chez qui la TDM abdomino-pelvienne a évoqué un kyste hydatique péritonéale sans localisation du foie. Traitée par extrait d'un petit champ de 25x15cm et adhérant au sigmoïde. Le but de ce travail est de mettre en évidence le problème de diagnostic de cette pathologie et l'importance de la laparotomie exploratrice. PMID:26523184

  9. CRISPR/Cas9 Technologies.

    PubMed

    Williams, Bart O; Warman, Matthew L

    2017-02-23

    The Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats (CRISPR)/CRISPR-associated protein (Cas) pathway is revolutionizing biological research. Modifications to this primitive prokaryotic immune system now enable scientists to efficiently edit DNA or modulate gene expression in living eukaryotic cells and organisms. Thus, many laboratories can now perform important experiments that previously were considered scientifically risky or too costly. Here, we describe the components of the CRISPR/Cas system that have been engineered for use in eukaryotes. We also explain how this system can be used to genetically modify cell lines and model organisms, or regulate gene expression in order to search for new participants in biological pathways. © 2017 American Society for Bone and Mineral Research.

  10. A propos d'un cas de grossesse abdominale très prolongée

    PubMed Central

    Kangulu, Ignace Bwana; Umba, Elie Kilolo Ngoy; Cibuabua, Deddy Kalonji; Ilunga, Clovis Mwamba; Ndolo, Adellard Umba; Nzaji, Michel Kabamba; Kayamba, Prosper Kalenga Mwenze

    2013-01-01

    Un cas de grossesse abdominale prolongée d'environ 18 mois avec mort fœtale, vécu à l'hôpital général de référence de Mulongo dans la province du Katanga, en République Démocratique du Congo, est rapporté dans ce papier. Ce cas clinique d’évolution étonnante permet de faire la revue de la littérature, de rappeler l'importance d'un bon suivi clinique et échographique de la grossesse et de s'interroger sur le niveau d’éducation de la femme ainsi que la qualité des soins prénataux en milieu rural congolais. PMID:24570787

  11. Pneumopathie interstitielle aiguë fatale sous docetaxel: à propos d'un cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Brahmi, Sami Aziz; Youssef, Seddik; Ziani, Fatima Zahra; Afqir, Said

    2016-01-01

    Le docetaxel est un agent de chimiothérapie appartenant à la famille des taxanes. Ce médicament est largement utilisé dans le traitement des cancers. La pneumopathie intestitielle est une toxicité rare mais redoutable du fait d'un risque de mortalité élevé. On rapporte un cas d'une patiente atteinte d'un cancer du sein qui a présenté une pneumopathie interstitielle aigue fatale à la suite d'une chimiothérapie adjuvante par docetaxel. Le clinicien doit être conscient de ce risque et doit le considérer comme un diagnostique différentiel en cas de symptômes respiratoire chez un patient recevant du docetaxel. PMID:27642457

  12. Le traitement conservateur du cancer du sein: expérience d'une équipe tunisienne

    PubMed Central

    Dimassi, Kaouther; Gharsa, Anissa; Chanoufi, Mohammed Badis; Sfar, Ezzeddine; Chelli, Dalenda

    2014-01-01

    En Tunisie, le cancer du sein touche des femmes jeunes avec une taille moyenne au moment du diagnostic à 5 cm. Ces particularités font que la chirurgie radicale reste prédominante. Nous présentons dans ce travail l'expérience de notre équipe en matière de chirurgie conservatrice du cancer du sein. Le but de ce travail est d’évaluer les résultats de ce traitement. Etude rétrospective longitudinale, sur une période de 75 mois. Nous avons inclus toutes les patientes ayant bénéficié d'un traitement conservateur pour une tumeur maligne du sein. Ont été analysés: les caractéristiques épidémiologiques, les aspects radiologiques et histologiques. Le suivi des malades s'est basé sur la détection des récidives. Nous avons évalué le résultat esthétique à la fin de la radiothérapie. Le traitement conservateur a été réalisé dans 23.8% des cas. Le taux de récidives locales était de 6.8% avec une corrélation significative pour une taille tumorale > 30 mm (p= 0.009), l'association d'une composante intracanalaire (p= 0.035), le statut triple négatif (p= 0.003) et des marges d'exérèse < 5mm sans recoupes per-opératoires (p = 0.045). Les facteurs suivants étaient significativement liés au risque de survenue de métastases à distance: le statut triple négatif (p= 0.003), taille tumorale > 30mm (p = 0.006) et l'atteinte ganglionnaire (p = 0.001). Le résultat esthétique était satisfaisant dans 90% des cas. L'augmentation du nombre de patientes pouvant bénéficier d'une chirurgie conservatrice, doit passer impérativement par le développement et la promotion du diagnostic précoce et du dépistage par la mammographie. PMID:25810795

  13. Streptococcus thermophilus CRISPR-Cas9 Systems Enable Specific Editing of the Human Genome

    PubMed Central

    Müller, Maximilian; Lee, Ciaran M; Gasiunas, Giedrius; Davis, Timothy H; Cradick, Thomas J; Siksnys, Virginijus; Bao, Gang; Cathomen, Toni; Mussolino, Claudio

    2016-01-01

    RNA-guided nucleases (RGNs) based on the type II CRISPR-Cas9 system of Streptococcus pyogenes (Sp) have been widely used for genome editing in experimental models. However, the nontrivial level of off-target activity reported in several human cells may hamper clinical translation. RGN specificity depends on both the guide RNA (gRNA) and the protospacer adjacent motif (PAM) recognized by the Cas9 protein. We hypothesized that more stringent PAM requirements reduce the occurrence of off-target mutagenesis. To test this postulation, we generated RGNs based on two Streptococcus thermophilus (St) Cas9 proteins, which recognize longer PAMs, and performed a side-by-side comparison of the three RGN systems targeted to matching sites in two endogenous human loci, PRKDC and CARD11. Our results demonstrate that in samples with comparable on-target cleavage activities, significantly lower off-target mutagenesis was detected using St-based RGNs as compared to the standard Sp-RGNs. Moreover, similarly to SpCas9, the StCas9 proteins accepted truncated gRNAs, suggesting that the specificities of St-based RGNs can be further improved. In conclusion, our results show that Cas9 proteins with longer or more restrictive PAM requirements provide a safe alternative to SpCas9-based RGNs and hence a valuable option for future human gene therapy applications. PMID:26658966

  14. DNA-binding domain fusions enhance the targeting range and precision of Cas9

    PubMed Central

    Bolukbasi, Mehmet Fatih; Gupta, Ankit; Oikemus, Sarah; Derr, Alan G.; Garber, Manuel; Brodsky, Michael H.; Zhu, Lihua Julie; Wolfe, Scot A.

    2015-01-01

    The CRISPR-Cas9 system is commonly employed in biomedical research; however, the precision of Cas9 is sub-optimal for gene therapy applications that involve editing a large population of cells. Variations on the standard Cas9 system have yielded improvements in the precision of targeted DNA cleavage, but often restrict the range of targetable sequences. It remains unclear whether these variants can limit lesions to a single site within the human genome over a large cohort of treated cells. Here, we demonstrate that fusing a programmable DNA-binding domain (pDBD) to Cas9 combined with the attenuation of Cas9’s inherent DNA binding affinity produces a Cas9-pDBD chimera with dramatically improved precision and increased targeting range. Because the specificity and affinity of this framework is easily tuned, Cas9-pDBDs provide a flexible system that can be tailored to achieve extremely precise genome editing at nearly any genomic locus – characteristics that are ideal for gene therapy applications. PMID:26480473

  15. Intrinsic sequence specificity of the Cas1 integrase directs new spacer acquisition

    PubMed Central

    Rollie, Clare; Schneider, Stefanie; Brinkmann, Anna Sophie; Bolt, Edward L; White, Malcolm F

    2015-01-01

    The adaptive prokaryotic immune system CRISPR-Cas provides RNA-mediated protection from invading genetic elements. The fundamental basis of the system is the ability to capture small pieces of foreign DNA for incorporation into the genome at the CRISPR locus, a process known as Adaptation, which is dependent on the Cas1 and Cas2 proteins. We demonstrate that Cas1 catalyses an efficient trans-esterification reaction on branched DNA substrates, which represents the reverse- or disintegration reaction. Cas1 from both Escherichia coli and Sulfolobus solfataricus display sequence specific activity, with a clear preference for the nucleotides flanking the integration site at the leader-repeat 1 boundary of the CRISPR locus. Cas2 is not required for this activity and does not influence the specificity. This suggests that the inherent sequence specificity of Cas1 is a major determinant of the adaptation process. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.08716.001 PMID:26284603

  16. Le médulloblastome chez l'adulte: à propos de 13 cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Drissi, Jamal; Affane, Mariam; Elomrani, Abdelhamid; Khouchani, Mouna

    2015-01-01

    Le médulloblastome est une tumeur neuro-ectodermique primitive maligne. Il s'agit d'une tumeur rare chez l'adulte, représentant moins de 1% des tumeurs cérébrales. Nous proposons une étude rétrospective réalisée au sein du service d'Oncologie-Radiothérapie du CHU Mohamed VI de Marrakech sur une période de 13 ans. Le but de notre travail est de déterminer le profil épidémioclinique, thérapeutique, évolutif ainsi que les facteurs pronostiques de cette entité pathologique avec une revue de la littérature. Notre série comportait 13 patients, 10 hommes et 3 femmes, l’âge médian a été 20,8 ans. Le tableau clinique a été révélé par un syndrome d'hypertension intracrânienne (100%), associée à un syndrome cérébelleux (84%). La localisation était hémisphérique (31%) et vermio-hémisphérique (54%). 31% des patients ont bénéficié d'une exérèse chirurgicale totale. 85% des cas avaient une variante classique et 15% une variante desmoplasique. 30% des cas avaient été classés à «risque standard» et 70% à «haut risque». La chirurgie avait été complétée d'une radiothérapie de l'ensemble du névraxe selon la technique de «jonctions mobiles» dans tous les cas. Le délai moyen était de 73 jours. Une chimiothérapie adjuvante avait été réalisée chez 9 cas. Avec un recul moyen de 21.3 mois, l’évolution a été marquée par une récidive tumorale (4 cas), une toxicité auditive (6 cas) et des troubles cognitifs chez un cas. La prise en charge du médulloblastome doit être multidisciplinaire associant neurochirurgiens et oncologues radiothérapeutes. Cette collaboration est le seul garant d'une amélioration de son pronostic. PMID:26889307

  17. Syndrome de compression traumatique: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Boukatta, Brahim; El Bouazzaoui, Abderrahim; Houari, Nawfal; Jiber, Hamid; Sbai, Hicham; Kanjaa, Nabil

    2014-01-01

    Le crush syndrome correspond à l'ensemble des manifestations systémiques secondaire à une destruction des fibres musculaires striées. Il survient le plus souvent dans le cadre d'accidents graves tels que les catastrophes, accidents de travail et accidents de la voie publique. Il est responsable d'une hypovolémie, état de choc, hyperkaliémie, hypocalcémie, acidose métabolique et d'insuffisance rénale aigue. Le succès du traitement dépend largement de la rapidité de la prise en charge. Les principaux objectifs thérapeutiques sont la correction de l'hypovolémie, traitement de l'hyperkaliémie, l'alcalinisation et la prévention de l'insuffisance rénale. L'utilisation de garrots compressifs doit être réservée au seul contrôle d'hémorragies importantes. Dans cet article, nous rapportons le cas d'un jeune patient de 20 ans ayant présenté un crush syndrome à la suite d'un accident de la voie publique. L’évolution était favorable, mais une amputation du membre écrasé était nécessaire. PMID:25848457

  18. Un cas d’angiosarcome de l’oreille externe

    PubMed Central

    Issara, Karima; Boughaleb, Zouhour; Tawfiq, Nezha; Bouchbika, Zineb; Benchakroun, Nadia; Jouhadi, Hassan; Sahraoui, Souha; Benider, Abdellatif

    2016-01-01

    L’angiosarcome de l’oreille est une tumeur maligne très rare, et localement très agressive. Elle représente 4-5% des sarcomes cutanés et moins de 1% de tous les sarcomes. Notre objectif est de décrire et de discuter les modalités diagnostiques et thérapeutiques de cette tumeur maligne. A travers le cas clinique d’une patiente âgée de 31 ans reçue pour une masse bourgeonnante du pavillon de l’oreille gauche. Le scanner était en faveur d’une tumeur du pavillon d’oreille avec envahissement de la parotide homolatérale. Le diagnostic histologique était en faveur d’un angiosarcome. Le traitement a consisté en une chirurgie d’exérèse complète suivie d’une radiothérapie adjuvante. Elle est en rémission compléte avec un recul d’une année. PMID:27795774

  19. Lymphome malin non hodgkinien du cavum: protocoles thérapeutiques et facteurs pronostiques

    PubMed Central

    Ouraini, Saloua; Nakkabi, Ismail; Benariba, Fouad

    2015-01-01

    Le lymphome malin non hodgkinien est une entité histologique rare parmi les cancers du cavum, la plupart des tumeurs du nasopharynx étant des carcinomes indifférenciés ou Undifferencied Carcinoma of Nasopharyngeal Type (UCNT); Il pose souvent un problème de diagnostic positif clinique et histologique. La symptomatologie est généralement peu spécifique et la démarche étiologique repose sur la biopsie du cavum faite à l'examen endoscopique avec examen immuno-histochimique. Nous rapportons le cas d'un lymphome non hodgkinien avec atteinte du nasopharynx, l'analyse anatomopathologique est en faveur d'un lymphome malin non hodgkinien de phénotype B. Les aspects cliniques, radiologiques, histologiques et thérapeutiques sont décrits. PMID:26889334

  20. Kyste hydatique sous cutané isolé: à propos d’un cas et revue de la literature

    PubMed Central

    Lemrhari, Bahija; Baha, Hasna; Azzouzi, Soufia; Chiheb, Soumyia

    2016-01-01

    La localisation sous cutanée, primitive et isolée, du kyste hydatique est exceptionnelle, même dans les pays où la maladie hydatique est endémique. Nous rapportons le cas d’une jeune patiente présentant un kyste hydatique sous cutané sans atteintes viscérales associées. PMID:27800067

  1. Kyste hydatique pulmonaire: double localisation pulmonaire apicale inhabituelle. A propos d’un cas

    PubMed Central

    Sajiai, Hafsa; Rachidi, Mariam; Aitbatahar, Salma; Serhane, Hind; Amro, Lamyae

    2016-01-01

    Le kyste hydatique (KH) est une pathologie encore endémique dans plusieurs pays notamment dans notre contexte marocain. L’atteinte pulmonaire vient au second plan après l’atteinte hépatique. Elle se caractérise par la richesse des tableaux anotomo-cliniques et la possibilité de localisations multiples dans le parenchyme pulmonaire, prédominant essentiellement aux bases. Nous rapportons le cas de Mr J.M, âgé de 54 ans, admis pour suspicion de kyste hydatique pulmonaire devant une douleur thoracique évoluant depuis 6 mois et un épisode d’hydatidoptysie. La radiographie thoracique a objectivé une image particulière de double localisation apicale illustrant en un même cliché des différents stades évolutifs du kyste hydatique pulmonaire. Le diagnostic était confirmé par la TDM thoracique et la sérologie hydatique. La localisation multiple du kyste hydatique pulmonaire n’est pas une situation rare dans les pays à forte endémie hydatique. Notre cas clinique rapporte une double localisation apicale inhabituelle du kyste hydatique et à des stades évolutifs différents. PMID:28292121

  2. Genome modification by CRISPR/Cas9.

    PubMed

    Ma, Yuanwu; Zhang, Lianfeng; Huang, Xingxu

    2014-12-01

    Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated protein (Cas)9-mediated genome modification enables us to edit the genomes of a variety of organisms rapidly and efficiently. The advantages of the CRISPR-Cas9 system have made it an increasingly popular genetic engineering tool for biological and therapeutic applications. Moreover, CRISPR-Cas9 has been employed to recruit functional domains that repress/activate gene expression or label specific genomic loci in living cells or organisms, in order to explore developmental mechanisms, gene expression regulation, and animal behavior. One major concern about this system is its specificity; although CRISPR-Cas9-mediated off-target mutation has been broadly studied, more efforts are required to further improve the specificity of CRISPR-Cas9. We will also discuss the potential applications of CRISPR-Cas9.

  3. Môle hydatiforme partielle invasive et métastatique: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Lazrak, Ikram; Ihssane, Hakimi; Babahabib, Moulay Abdellah; Kouach, Jaouad; El Ochi, Mohamed Reda; Moussaoui, Moulay Driss; Dehayni, Mohamed

    2014-01-01

    Depuis plusieurs années, la môle hydatiforme partielle(MHP) a été considérée comme une entité bénigne qui ne nécessite pas une surveillance stricte comme celle de la môle complète(MC), mais l'apparition de quelques cas sporadiques de transformation de la môle partielle en maladie trophoblastique persistante que ça soit une môle invasive ou choriocarcinome ou voire même une tumeur du site d'implantation placentaire; a remis en question cette stratégie. A travers une observation d'une môle partielle invasive métastatique, et à travers une revue de la littérature, on a essayé d'appuyer cette conduite qui considère la môle partielle comme une pathologie potentiellement grave nécessitant une prise en charge adéquate et une surveillance assez rigoureuse. PMID:25815096

  4. Etiologies des hypertensions artérielles endocrines: à propos d'une série de cas

    PubMed Central

    Bouznad, Naima; El Mghari, Ghizlane; El Ansari, Nawal

    2016-01-01

    Les hypertensions artérielles (HTA) d'origine endocrine restent une cause rare d'HTA, sa prévalence globale n'excède pas 4% des hypertendus. L'intérêt de la recherche des HTA endocrines réside dans la gravité de certaines formes parfois mortelles et le caractère potentiellement curable et réversible de ces HTA. Le but du travail est de déterminer le profil clinique, para clinique, étiologique et thérapeutique des HTA secondaires d'origine endocrine chez les patients suivis au service d'endocrinologie au CHU Mohamed IV à Marrakech. Il s'agit d'une étude descriptive prospective s’étalant sur une période de 4 ans incluant 45 patients ayant une HTA endocrinienne. La moyenne d’âge est de 44,89 ans, avec une nette prédominance du sexe féminine (sexe ratio de 0,49). Les étiologies des HTA endocrines étaient dominées par le phéochromocytome (17 cas), l'hypercorticisme (11 cas) et l'acromégalie (8 cas). L'HTA était paroxystique dans 24,4%. Elle était d'emblée sevère classée grade 3 dans 40% des cas. L'HTA a été compliquée de cardiopathie dans 24% des cas et de néphropathie dans 20% des cas. Le traitement curatif a permis une guérison de l'HTA chez 60% (27 cas). Le diagnostic des HTA secondaires endocrines est parfois difficile du fait de l'absence de spécificité clinique. Il n'est pas exceptionnel que l'HTA soit l'unique manifestation de la maladie. Dans notre travail nous notons le caractère paroxystique et sévère de l'HTA. Le caractère éventuellement curable des HTA endocrines, dans plus des deux tiers des cas, fait qu'il est important de la dépister devant toute HTA sévère, résistante au traitement, ou en présence de signes cliniques, biologiques ou radiologiques évocateurs. PMID:27303586

  5. CRISPR/Cas9-mediated gene knockout in the ascidian Ciona intestinalis.

    PubMed

    Sasaki, Haruka; Yoshida, Keita; Hozumi, Akiko; Sasakura, Yasunori

    2014-09-01

    Knockout of genes with CRISPR/Cas9 is a newly emerged approach to investigate functions of genes in various organisms. We demonstrate that CRISPR/Cas9 can mutate endogenous genes of the ascidian Ciona intestinalis, a splendid model for elucidating molecular mechanisms for constructing the chordate body plan. Short guide RNA (sgRNA) and Cas9 mRNA, when they are expressed in Ciona embryos by means of microinjection or electroporation of their expression vectors, introduced mutations in the target genes. The specificity of target choice by sgRNA is relatively high compared to the reports from some other organisms, and a single nucleotide mutation at the sgRNA dramatically reduced mutation efficiency at the on-target site. CRISPR/Cas9-mediated mutagenesis will be a powerful method to study gene functions in Ciona along with another genome editing approach using TALE nucleases.

  6. Combining CRISPR/Cas9 and rAAV Templates for Efficient Gene Editing.

    PubMed

    Kaulich, Manuel; Dowdy, Steven F

    2015-12-01

    Altering endogenous genes in cells is an integral tool of modern cell biology. The ease-of-use of the CRISPR/Cas9 system to introduce genomic DNA breaks at specific sites in vivo has led to its rapid and wide adoption. In the absence of a DNA template, the lesion is repaired by nonhomologous end joining resolving as internal deletions. However, in the presence of a homologous DNA template, homology-directed repair occurs with variable efficiencies. Recent work has demonstrated that highly efficient gene targeting can be induced by combining CRISPR/Cas9 targeting of genomic loci with recombinant adeno-associated virus (rAAV) to provide a single-stranded homologous DNA template. Here we review the current state of CRISPR/Cas-based gene editing and provide a practical guide to applying the CRISPR/Cas and rAAV system for highly efficient, time- and cost-effective gene targeting.

  7. CRISPR-Cas9 Can Inhibit HIV-1 Replication but NHEJ Repair Facilitates Virus Escape.

    PubMed

    Wang, Gang; Zhao, Na; Berkhout, Ben; Das, Atze T

    2016-03-01

    Several recent studies demonstrated that the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated endonuclease Cas9 can be used for guide RNA (gRNA)-directed, sequence-specific cleavage of HIV proviral DNA in infected cells. We here demonstrate profound inhibition of HIV-1 replication by harnessing T cells with Cas9 and antiviral gRNAs. However, the virus rapidly and consistently escaped from this inhibition. Sequencing of the HIV-1 escape variants revealed nucleotide insertions, deletions, and substitutions around the Cas9/gRNA cleavage site that are typical for DNA repair by the nonhomologous end-joining pathway. We thus demonstrate the potency of CRISPR-Cas9 as an antiviral approach, but any therapeutic strategy should consider the viral escape implications.

  8. Combining CRISPR/Cas9 and rAAV Templates for Efficient Gene Editing

    PubMed Central

    Kaulich, Manuel

    2015-01-01

    Altering endogenous genes in cells is an integral tool of modern cell biology. The ease-of-use of the CRISPR/Cas9 system to introduce genomic DNA breaks at specific sites in vivo has led to its rapid and wide adoption. In the absence of a DNA template, the lesion is repaired by nonhomologous end joining resolving as internal deletions. However, in the presence of a homologous DNA template, homology-directed repair occurs with variable efficiencies. Recent work has demonstrated that highly efficient gene targeting can be induced by combining CRISPR/Cas9 targeting of genomic loci with recombinant adeno-associated virus (rAAV) to provide a single-stranded homologous DNA template. Here we review the current state of CRISPR/Cas-based gene editing and provide a practical guide to applying the CRISPR/Cas and rAAV system for highly efficient, time- and cost-effective gene targeting. PMID:26540648

  9. CRISPR/Cas9-Mediated Genome Editing in Soybean Hairy Roots.

    PubMed

    Cai, Yupeng; Chen, Li; Liu, Xiujie; Sun, Shi; Wu, Cunxiang; Jiang, Bingjun; Han, Tianfu; Hou, Wensheng

    2015-01-01

    As a new technology for gene editing, the CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)/Cas (CRISPR-associated) system has been rapidly and widely used for genome engineering in various organisms. In the present study, we successfully applied type II CRISPR/Cas9 system to generate and estimate genome editing in the desired target genes in soybean (Glycine max (L.) Merrill.). The single-guide RNA (sgRNA) and Cas9 cassettes were assembled on one vector to improve transformation efficiency, and we designed a sgRNA that targeted a transgene (bar) and six sgRNAs that targeted different sites of two endogenous soybean genes (GmFEI2 and GmSHR). The targeted DNA mutations were detected in soybean hairy roots. The results demonstrated that this customized CRISPR/Cas9 system shared the same efficiency for both endogenous and exogenous genes in soybean hairy roots. We also performed experiments to detect the potential of CRISPR/Cas9 system to simultaneously edit two endogenous soybean genes using only one customized sgRNA. Overall, generating and detecting the CRISPR/Cas9-mediated genome modifications in target genes of soybean hairy roots could rapidly assess the efficiency of each target loci. The target sites with higher efficiencies can be used for regular soybean transformation. Furthermore, this method provides a powerful tool for root-specific functional genomics studies in soybean.

  10. Cas6 is an endoribonuclease that generates guide RNAs for invader defense in prokaryotes

    SciTech Connect

    Carte, Jason; Wang, Ruiying; Li, Hong; Terns, Rebecca M.; Terns, Michael P.

    2010-11-09

    An RNA-based gene silencing pathway that protects bacteria and archaea from viruses and other genome invaders is hypothesized to arise from guide RNAs encoded by CRISPR loci and proteins encoded by the cas genes. CRISPR loci contain multiple short invader-derived sequences separated by short repeats. The presence of virus-specific sequences within CRISPR loci of prokaryotic genomes confers resistance against corresponding viruses. The CRISPR loci are transcribed as long RNAs that must be processed to smaller guide RNAs. Here we identified Pyrococcus furiosus Cas6 as a novel endoribonuclease that cleaves CRISPR RNAs within the repeat sequences to release individual invader targeting RNAs. Cas6 interacts with a specific sequence motif in the 5{prime} region of the CRISPR repeat element and cleaves at a defined site within the 3{prime} region of the repeat. The 1.8 angstrom crystal structure of the enzyme reveals two ferredoxin-like folds that are also found in other RNA-binding proteins. The predicted active site of the enzyme is similar to that of tRNA splicing endonucleases, and concordantly, Cas6 activity is metal-independent. cas6 is one of the most widely distributed CRISPR-associated genes. Our findings indicate that Cas6 functions in the generation of CRISPR-derived guide RNAs in numerous bacteria and archaea.

  11. Vinculin-p130Cas interaction is critical for focal adhesion dynamics and mechano-transduction.

    PubMed

    Goldmann, Wolfgang H

    2014-03-01

    Adherent cells, when mechanically stressed, show a wide range of responses including large-scale changes in their mechanical behaviour and gene expression pattern. This is in part facilitated by activating the focal adhesion (FA) protein p130Cas through force-induced conformational changes that lead to the phosphorylation by src family kinases. Janostiak et al. [Janostiak et al. Cell Mol Life Sci (2013) DOI 10.1007/s00018-013-1450-x] have reported that the phosphorylation site Y12 on the SH3 domain of p130Cas modulates the binding with vinculin, a prominent mechano-coupling protein in FAs. Tension changes in FAs (due to the anchorage of the SH3 domain and C-terminal) bring about an extension of the substrate domain of p130Cas by unmasking the phosphorylation sites. These observations demonstrate that vinculin is an important modulator of the p130Cas-mediated mechano-transduction pathway in cells. The central aim should be now to test that vinculin is critical for p130Cas incorporation into the focal adhesion complex and for transmitting forces to the p130Cas molecule.

  12. Multiplex CRISPR/Cas9-based genome engineering from a single lentiviral vector.

    PubMed

    Kabadi, Ami M; Ousterout, David G; Hilton, Isaac B; Gersbach, Charles A

    2014-10-29

    Engineered DNA-binding proteins that manipulate the human genome and transcriptome have enabled rapid advances in biomedical research. In particular, the RNA-guided CRISPR/Cas9 system has recently been engineered to create site-specific double-strand breaks for genome editing or to direct targeted transcriptional regulation. A unique capability of the CRISPR/Cas9 system is multiplex genome engineering by delivering a single Cas9 enzyme and two or more single guide RNAs (sgRNAs) targeted to distinct genomic sites. This approach can be used to simultaneously create multiple DNA breaks or to target multiple transcriptional activators to a single promoter for synergistic enhancement of gene induction. To address the need for uniform and sustained delivery of multiplex CRISPR/Cas9-based genome engineering tools, we developed a single lentiviral system to express a Cas9 variant, a reporter gene and up to four sgRNAs from independent RNA polymerase III promoters that are incorporated into the vector by a convenient Golden Gate cloning method. Each sgRNA is efficiently expressed and can mediate multiplex gene editing and sustained transcriptional activation in immortalized and primary human cells. This delivery system will be significant to enabling the potential of CRISPR/Cas9-based multiplex genome engineering in diverse cell types.

  13. Carcinoïde primitif du rein métastasant après 12 ans

    PubMed Central

    Bacha, Dhouha; Lahmar, Ahlem; Gharbi, Lassad; Slama, Sana Ben; Bouraoui, Saadia; Chatti, Samia; Regaya, Sabeh Mzabi

    2016-01-01

    Les carcinoïdes primitifs du rein sont rares avec une centaine de cas rapportés dans la littérature. Sur le plan histologique, il s'agit d'une tumeur bien différenciée dont la morphologie rejoint souvent celle des carcinoïdes dans les autres localisations. Nous rapportons un cas de carcinoïde primitif du rein survenant chez un homme de 41 ans, découvert à la suite de métastases hépatiques. La tumeur était particulière par son architecture tubulo-papillaire, suggérant à tort le diagnostic de carcinome papillaire du rein. Ce diagnostic a été redressé 12 ans après, à la suite de l'apparition d'autres métastases hépatiques, osseuses et pulmonaires. PMID:27217899

  14. La naissance du parsec

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Arenou, F.

    2010-01-01

    Les définitions du parsec et de la magnitude absolue sont le fruit de compromis pour régler trois problèmes entremêlés au début du XXème siècle: quelle unité de distance stellaire adopter? Quel nom lui donner? Comment comparer les luminosités intrinsèques des différentes étoiles?

  15. Closure Report for Corrective Action Unit 134: Aboveground Storage Tanks, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2009-06-30

    Corrective Action Unit (CAU) 134 is identified in the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) as “Aboveground Storage Tanks” and consists of the following four Corrective Action Sites (CASs), located in Areas 3, 15, and 29 of the Nevada Test Site: · CAS 03-01-03, Aboveground Storage Tank · CAS 03-01-04, Tank · CAS 15-01-05, Aboveground Storage Tank · CAS 29-01-01, Hydrocarbon Stain

  16. La tuberculose cutanée: observation de six cas confirmés au CHU Souro SANOU (CHUSS) de Bobo-Dioulasso (Burkina Faso)

    PubMed Central

    Andonaba, Jean Baptiste; Barro-Traoré, Fatou; Yaméogo, Téné; Diallo, Boukary; Korsaga-Somé, Nina; Traoré, Adama

    2013-01-01

    La localisation cutanée de la maladie tuberculeuse demeure une forme rare et représente seulement 2,1% des localisations. L'objet de cette étude est de rapporter le profil épidémiologique, anatomoclinique et évolutif des cas de tuberculose ganglio-cutanée diagnostiqués dans un CHU au Burkina Faso. La fréquence de la tuberculose cutanée est très faible au CHUSS. Six cas ont été diagnostiqués entre 2004 et 2010, soit une fréquence de un cas par an. La durée d’évolution des cas allait de deux jusqu’à dix ans avant leur diagnostic. Les lésions observées étaient: trois scrofulodermes, trois gommes, une tuberculose testiculaire associée à un mal de Pott, un cas de polyadénopathies et des cicatrices atropho-rétractiles dans la plupart des cas. Sur le plan anatomopathologique, des granulomes tuberculoïdes ont été mis en évidence dans tous les cas avec une forte réaction tuberculinique à l'IDR. Sous antituberculeux pendant six mois, l’évolution a été bonne dans tous les cas mais au prix de séquelles cutanées cicatricielles inesthétiques. Son ampleur reste peut-être encore méconnue. Le renforcement du plateau technique du CHU et une bonne collaboration interdisciplinaire contribuerait à un meilleur diagnostic et prise en charge de cette affection. PMID:24648863

  17. Second Line of Defense Virtual Private Network Guidance for Deployed and New CAS Systems

    SciTech Connect

    Singh, Surya V.; Thronas, Aaron I.

    2010-01-01

    This paper discusses the importance of remote access via virtual private network (VPN) for the Second Line of Defense (SLD) Central Alarm System (CAS) sites, the requirements for maintaining secure channels while using VPN and implementation requirements for current and future sites.

  18. The expanding footprint of CRISPR/Cas9 in the plant sciences

    Technology Transfer Automated Retrieval System (TEKTRAN)

    CRISPR/Cas9 has evolved and transformed the field of biology at an unprecedented pace. From the initial purpose of introducing a site specific mutation within a genome of choice, this technology has morphed into enabling a wide array of molecular applications, including site-specific transgene inser...

  19. Enhanced homology-directed human genome engineering by controlled timing of CRISPR/Cas9 delivery

    PubMed Central

    Lin, Steven; Staahl, Brett T; Alla, Ravi K; Doudna, Jennifer A

    2014-01-01

    The CRISPR/Cas9 system is a robust genome editing technology that works in human cells, animals and plants based on the RNA-programmed DNA cleaving activity of the Cas9 enzyme. Building on previous work (Jinek et al., 2013), we show here that new genetic information can be introduced site-specifically and with high efficiency by homology-directed repair (HDR) of Cas9-induced site-specific double-strand DNA breaks using timed delivery of Cas9-guide RNA ribonucleoprotein (RNP) complexes. Cas9 RNP-mediated HDR in HEK293T, human primary neonatal fibroblast and human embryonic stem cells was increased dramatically relative to experiments in unsynchronized cells, with rates of HDR up to 38% observed in HEK293T cells. Sequencing of on- and potential off-target sites showed that editing occurred with high fidelity, while cell mortality was minimized. This approach provides a simple and highly effective strategy for enhancing site-specific genome engineering in both transformed and primary human cells. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.04766.001 PMID:25497837

  20. Enhanced homology-directed human genome engineering by controlled timing of CRISPR/Cas9 delivery.

    PubMed

    Lin, Steven; Staahl, Brett T; Alla, Ravi K; Doudna, Jennifer A

    2014-12-15

    The CRISPR/Cas9 system is a robust genome editing technology that works in human cells, animals and plants based on the RNA-programmed DNA cleaving activity of the Cas9 enzyme. Building on previous work (Jinek et al., 2013), we show here that new genetic information can be introduced site-specifically and with high efficiency by homology-directed repair (HDR) of Cas9-induced site-specific double-strand DNA breaks using timed delivery of Cas9-guide RNA ribonucleoprotein (RNP) complexes. Cas9 RNP-mediated HDR in HEK293T, human primary neonatal fibroblast and human embryonic stem cells was increased dramatically relative to experiments in unsynchronized cells, with rates of HDR up to 38% observed in HEK293T cells. Sequencing of on- and potential off-target sites showed that editing occurred with high fidelity, while cell mortality was minimized. This approach provides a simple and highly effective strategy for enhancing site-specific genome engineering in both transformed and primary human cells.

  1. CRISPR/Cas9 mediated genome engineering in Drosophila.

    PubMed

    Bassett, Andrew; Liu, Ji-Long

    2014-09-01

    Genome engineering has revolutionised genetic analysis in many organisms. Here we describe a simple and efficient technique to generate and detect novel mutations in desired target genes in Drosophila melanogaster. We target double strand breaks to specific sites within the genome by injecting mRNA encoding the Cas9 endonuclease and in vitro transcribed synthetic guide RNA into Drosophila embryos. The small insertion and deletion mutations that result from inefficient non-homologous end joining at this site are detected by high resolution melt analysis of whole flies and individual wings, allowing stable lines to be made within 1 month.

  2. Digenome-seq: genome-wide profiling of CRISPR-Cas9 off-target effects in human cells.

    PubMed

    Kim, Daesik; Bae, Sangsu; Park, Jeongbin; Kim, Eunji; Kim, Seokjoong; Yu, Hye Ryeong; Hwang, Jinha; Kim, Jong-Il; Kim, Jin-Soo

    2015-03-01

    Although RNA-guided genome editing via the CRISPR-Cas9 system is now widely used in biomedical research, genome-wide target specificities of Cas9 nucleases remain controversial. Here we present Digenome-seq, in vitro Cas9-digested whole-genome sequencing, to profile genome-wide Cas9 off-target effects in human cells. This in vitro digest yields sequence reads with the same 5' ends at cleavage sites that can be computationally identified. We validated off-target sites at which insertions or deletions were induced with frequencies below 0.1%, near the detection limit of targeted deep sequencing. We also showed that Cas9 nucleases can be highly specific, inducing off-target mutations at merely several, rather than thousands of, sites in the entire genome and that Cas9 off-target effects can be avoided by replacing 'promiscuous' single guide RNAs (sgRNAs) with modified sgRNAs. Digenome-seq is a robust, sensitive, unbiased and cost-effective method for profiling genome-wide off-target effects of programmable nucleases including Cas9.

  3. Epidémiologie et facteurs de risque des anomalies de fermeture du tube neural: données marocaines

    PubMed Central

    Radouani, Mohammed Amine; Chahid, Naima; Benmiloud, Loubna; Elammari, Laila; Lahlou, Khalid; Barkat, Amina

    2015-01-01

    Introduction Les anomalies de fermeture du tube neural sont des défauts congénitaux de la formation du système nerveux central. L'incidence varie entre 3 et 40 cas pour 10000 dans le monde. Il existe des facteurs de risque de survenue de cette affection. La prévention reste un élément important dans la prise en charge. L'objectif de ceete étude est d’étudier les paramètres sociodémographiques, maternels, obstétricaux et néonatals des anomalies de fermeture du tube neural et analyser les facteurs de risque responsables dans notre contexte. Méthodes Etude prospective cas-témoin sur 4 ans. Ont été recrutés tous les cas portant une malformation du tube neural isolée ou associée à d'autres malformations. Les données maternelles, obstétricales et néonatales ont été enregistrées. L'analyse statistique était réalisée par le biais d'un logiciel de statistiques SPSS version 17.0 pour Windows. Résultats Soixante huit cas ont été inclus. Quatre-vingts cinq pour cent des malformations étaient isolées. L'anencéphalie était l'anomalie la plus retrouvée (67%). L’âge maternel moyen était 31,03±7,50 ans. La consanguinité parentale était notée dans 9 cas. Un niveau socio-économique bas et un non suivi des grossesses ont été rapportés dans 29% des cas. L’étude a retrouvé des antécédents de mort-nés et de morts néonatales dans 4% des cas. La consommation de Fenugrec était significativement associée aux malformations du tube neural et a été retrouvée dans 8 cas contre 1 cas dans le groupe sain. La voie haute d'accouchement était utilisée dans 29% des cas. L’âge gestationnel moyen était de 35,55±4,16 semaines d'aménorrhée. Il n'y avait pas de prédominance de sexe. On avait noté une relation significative entre les malformations du tube neural et l'avènement d'une asphyxie périnatale, 15 cas présentaient un apgar à 0 à la première minute et 12 cas un apgar inférieur à 7 à la cinquième minute. Conclusion

  4. Closure Report for Corrective Action Unit 104: Area 7 Yucca Flat Atmospheric Test Sites, Nevada National Security Site, Nevada

    SciTech Connect

    2013-06-27

    This Closure Report (CR) presents information supporting closure of Corrective Action Unit (CAU) 104, Area 7 Yucca Flat Atmospheric Test Sites, and provides documentation supporting the completed corrective actions and confirmation that closure objectives for CAU 104 were met. This CR complies with the requirements of the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) that was agreed to by the State of Nevada; the U.S. Department of Energy (DOE), Environmental Management; the U.S. Department of Defense; and DOE, Legacy Management. CAU 104 consists of the following 15 Corrective Action Sites (CASs), located in Area 7 of the Nevada National Security Site: · CAS 07-23-03, Atmospheric Test Site T-7C · CAS 07-23-04, Atmospheric Test Site T7-1 · CAS 07-23-05, Atmospheric Test Site · CAS 07-23-06, Atmospheric Test Site T7-5a · CAS 07-23-07, Atmospheric Test Site - Dog (T-S) · CAS 07-23-08, Atmospheric Test Site - Baker (T-S) · CAS 07-23-09, Atmospheric Test Site - Charlie (T-S) · CAS 07-23-10, Atmospheric Test Site - Dixie · CAS 07-23-11, Atmospheric Test Site - Dixie · CAS 07-23-12, Atmospheric Test Site - Charlie (Bus) · CAS 07-23-13, Atmospheric Test Site - Baker (Buster) · CAS 07-23-14, Atmospheric Test Site - Ruth · CAS 07-23-15, Atmospheric Test Site T7-4 · CAS 07-23-16, Atmospheric Test Site B7-b · CAS 07-23-17, Atmospheric Test Site - Climax Closure activities began in October 2012 and were completed in April 2013. Activities were conducted according to the Corrective Action Decision Document/Corrective Action Plan for CAU 104. The corrective actions included No Further Action and Clean Closure. Closure activities generated sanitary waste, mixed waste, and recyclable material. Some wastes exceeded land disposal limits and required treatment prior to disposal. Other wastes met land disposal restrictions and were disposed in appropriate onsite landfills. The U.S. Department of Energy, National Nuclear Security Administration Nevada Field Office

  5. Cas6 specificity and CRISPR RNA loading in a complex CRISPR-Cas system.

    PubMed

    Sokolowski, Richard D; Graham, Shirley; White, Malcolm F

    2014-06-01

    CRISPR-Cas is an adaptive prokaryotic immune system, providing protection against viruses and other mobile genetic elements. In type I and type III CRISPR-Cas systems, CRISPR RNA (crRNA) is generated by cleavage of a primary transcript by the Cas6 endonuclease and loaded into multisubunit surveillance/effector complexes, allowing homology-directed detection and cleavage of invading elements. Highly studied CRISPR-Cas systems such as those in Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa have a single Cas6 enzyme that is an integral subunit of the surveillance complex. By contrast, Sulfolobus solfataricus has a complex CRISPR-Cas system with three types of surveillance complexes (Cascade/type I-A, CSM/type III-A and CMR/type III-B), five Cas6 paralogues and two different CRISPR-repeat families (AB and CD). Here, we investigate the kinetic properties of two different Cas6 paralogues from S. solfataricus. The Cas6-1 subtype is specific for CD-family CRISPR repeats, generating crRNA by multiple turnover catalysis whilst Cas6-3 has a broader specificity and also processes a non-coding RNA with a CRISPR repeat-related sequence. Deep sequencing of crRNA in surveillance complexes reveals a biased distribution of spacers derived from AB and CD loci, suggesting functional coupling between Cas6 paralogues and their downstream effector complexes.

  6. Syndrome CHARGE avec tétralogie de Fallot: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Wahid, Fouad Amal; Seghrouchni, Aniss; Hatim, Abdedaim Elghadbane; Atmani, Noureddine; Abdou, Abdessamad; Bouzerda, Abdelmajid; Mouram, Sahar; Drissi, Mohamed; Houssa, Mahdi Ait; Boulahya, Abdelatif

    2014-01-01

    Le syndrome CHARGE est caractérisé par un large polymorphisme clinique associant colobome, anomalies cardiaques, atrésie de choanes, retard staturo-pondéral et de développement, anomalies génitales, anomalies des oreilles ainsi que d'autres anomalies. Les auteurs rapportent le cas d'un syndrome CHARGE diagnostiqué lors du bilan d'une tétralogie de Fallot chez un nourrisson de 22 mois. Les différentes manifestations cliniques de ce syndrome sont rapportées ainsi que les critères diagnostiques. PMID:25883746

  7. Anévrysme ventriculaire gauche et communication interventriculaire compliquant un infarctus du myocarde

    PubMed Central

    Belkhadir, Mohammed; MoutakiAllah, Younes; Raissouni, Zainab; Abdou, Abdessamad; Bamous, Mehdi; Nya, Fouad; Atmani, Noureddine; Houssa, Mahdi Ait; El Bekkali, Youssef; Boulahya, Abdellatif

    2014-01-01

    L'association d'une communication interventriculaire post infarctus du myocarde et d'un anévrysme du ventricule gauche chez un même patient est extrêmement rare et survient habituellement durant la première semaine qui suit un infarctus du myocarde. Nous rapportons le cas insolite d'un patient âgé de 63 ans, admis pour choc cardiogénique en rapport avec une communication inter ventriculaire apicale et un anévrysme ventriculaire gauche causés par un infarctus du myocarde antérieur. La correction chirurgicale a consisté en une fermeture du défect septal par un patch en dacron via une ventriculotomie gauche associée à une anévrysectomie et un mono pontage coronaire. Cette observation illustre d'une part la rareté de l'association communication inter ventriculaire-anévrysme ventriculaire gauche post infarctus du myocarde, et d'autre part l'efficacité du traitement chirurgical qui reste la seule option salvatrice pour cette pathologie. PMID:25328617

  8. Biased and Unbiased Methods for the Detection of Off-Target Cleavage by CRISPR/Cas9: An Overview.

    PubMed

    Martin, Francisco; Sánchez-Hernández, Sabina; Gutiérrez-Guerrero, Alejandra; Pinedo-Gomez, Javier; Benabdellah, Karim

    2016-09-08

    The clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated protein 9 endonuclease (Cas9) derived from bacterial adaptive immune systems is a revolutionary tool used in both basic and applied science. It is a versatile system that enables the genome of different species to be modified by generating double strand breaks (DSBs) at specific locations. However, all of the CRISPR/Cas9 systems can also produce DSBs at off-target sites that differ substantially from on-target sites. The generation of DSBs in locations outside the intended site can produce mutations that need to be carefully monitored, especially when using these tools for therapeutic purposes. However, off-target analyses of the CRISPR/Cas9 system have been very challenging, particularly when performed directly in cells. In this manuscript, we review the different strategies developed to identify off-targets generated by CRISPR/cas9 systems and other specific nucleases (ZFNs, TALENs) in real target cells.

  9. CAS as Environments for Implementing Mathematical Microworlds.

    ERIC Educational Resources Information Center

    Alpers, Burkhard

    2002-01-01

    Investigates whether computer algebra systems (CAS) are suitable environments for implementing mathematical microworlds. Recalls what constitutes a microworld and explores how CAS can be used for implementation, stating potentials as well as limitations. Provides as an example the microworld "Formula 1", implemented in Maple Software. (Author/KHR)

  10. In vitro enzymology of Cas9.

    PubMed

    Anders, Carolin; Jinek, Martin

    2014-01-01

    Cas9 is a bacterial RNA-guided endonuclease that uses base pairing to recognize and cleave target DNAs with complementarity to the guide RNA. The programmable sequence specificity of Cas9 has been harnessed for genome editing and gene expression control in many organisms. Here, we describe protocols for the heterologous expression and purification of recombinant Cas9 protein and for in vitro transcription of guide RNAs. We describe in vitro reconstitution of the Cas9-guide RNA ribonucleoprotein complex and its use in endonuclease activity assays. The methods outlined here enable mechanistic characterization of the RNA-guided DNA cleavage activity of Cas9 and may assist in further development of the enzyme for genetic engineering applications.

  11. CAS

    SciTech Connect

    Martinez, B.; Pomeroy, G. )

    1989-12-02

    The Security Alarm System is a data acquisition and control system which collects data from intrusion sensors and displays the information in a real-time environment for operators. The Access Control System monitors and controls the movement of personnel with the use of card readers and biometrics hand readers.

  12. Foreign DNA acquisition by the I-F CRISPR–Cas system requires all components of the interference machinery

    PubMed Central

    Vorontsova, Daria; Datsenko, Kirill A.; Medvedeva, Sofia; Bondy-Denomy, Joseph; Savitskaya, Ekaterina E.; Pougach, Ksenia; Logacheva, Maria; Wiedenheft, Blake; Davidson, Alan R.; Severinov, Konstantin; Semenova, Ekaterina

    2015-01-01

    CRISPR immunity depends on acquisition of fragments of foreign DNA into CRISPR arrays. For type I-E CRISPR–Cas systems two modes of spacer acquisition, naïve and primed adaptation, were described. Naïve adaptation requires just two most conserved Cas1 and Cas2 proteins; it leads to spacer acquisition from both foreign and bacterial DNA and results in multiple spacers incapable of immune response. Primed adaptation requires all Cas proteins and a CRISPR RNA recognizing a partially matching target. It leads to selective acquisition of spacers from DNA molecules recognized by priming CRISPR RNA, with most spacers capable of protecting the host. Here, we studied spacer acquisition by a type I-F CRISPR–Cas system. We observe both naïve and primed adaptation. Both processes require not just Cas1 and Cas2, but also intact Csy complex and CRISPR RNA. Primed adaptation shows a gradient of acquisition efficiency as a function of distance from the priming site and a strand bias that is consistent with existence of single-stranded adaption intermediates. The results provide new insights into the mechanism of spacer acquisition and illustrate surprising mechanistic diversity of related CRISPR–Cas systems. PMID:26586803

  13. CRISPR/Cas9-mediated genome editing and gene replacement in plants: Transitioning from lab to field.

    PubMed

    Schaeffer, Scott M; Nakata, Paul A

    2015-11-01

    The CRISPR/Cas9 genome engineering system has ignited and swept through the scientific community like wildfire. Owing largely to its efficiency, specificity, and flexibility, the CRISPR/Cas9 system has quickly become the preferred genome-editing tool of plant scientists. In plants, much of the early CRISPR/Cas9 work has been limited to proof of concept and functional studies in model systems. These studies, along with those in other fields of biology, have led to the development of several utilities of CRISPR/Cas9 beyond single gene editing. Such utilities include multiplexing for inducing multiple cleavage events, controlling gene expression, and site specific transgene insertion. With much of the conceptual CRISPR/Cas9 work nearly complete, plant researchers are beginning to apply this gene editing technology for crop trait improvement. Before rational strategies can be designed to implement this technology to engineer a wide array of crops there is a need to expand the availability of crop-specific vectors, genome resources, and transformation protocols. We anticipate that these challenges will be met along with the continued evolution of the CRISPR/Cas9 system particularly in the areas of manipulation of large genomic regions, transgene-free genetic modification, development of breeding resources, discovery of gene function, and improvements upon CRISPR/Cas9 components. The CRISPR/Cas9 editing system appears poised to transform crop trait improvement.

  14. Foreign DNA acquisition by the I-F CRISPR-Cas system requires all components of the interference machinery.

    PubMed

    Vorontsova, Daria; Datsenko, Kirill A; Medvedeva, Sofia; Bondy-Denomy, Joseph; Savitskaya, Ekaterina E; Pougach, Ksenia; Logacheva, Maria; Wiedenheft, Blake; Davidson, Alan R; Severinov, Konstantin; Semenova, Ekaterina

    2015-12-15

    CRISPR immunity depends on acquisition of fragments of foreign DNA into CRISPR arrays. For type I-E CRISPR-Cas systems two modes of spacer acquisition, naïve and primed adaptation, were described. Naïve adaptation requires just two most conserved Cas1 and Cas2 proteins; it leads to spacer acquisition from both foreign and bacterial DNA and results in multiple spacers incapable of immune response. Primed adaptation requires all Cas proteins and a CRISPR RNA recognizing a partially matching target. It leads to selective acquisition of spacers from DNA molecules recognized by priming CRISPR RNA, with most spacers capable of protecting the host. Here, we studied spacer acquisition by a type I-F CRISPR-Cas system. We observe both naïve and primed adaptation. Both processes require not just Cas1 and Cas2, but also intact Csy complex and CRISPR RNA. Primed adaptation shows a gradient of acquisition efficiency as a function of distance from the priming site and a strand bias that is consistent with existence of single-stranded adaption intermediates. The results provide new insights into the mechanism of spacer acquisition and illustrate surprising mechanistic diversity of related CRISPR-Cas systems.

  15. La tuberculose extra-ganglionnaire primitive de la sphère ORL: à propos de 15 cas

    PubMed Central

    Touati, Mohamed Mliha; Darouassi, Youssef; Chihani, Mehdi; Lakouichmi, Mohammed; Tourabi, Khalid; Ammar, Haddou; Bouaity, Brahim

    2014-01-01

    Les localisations ORL extra ganglionnaires de la tuberculose sont rares. La symptomatologie clinique ainsi que les examens paracliniques sont souvent trompeurs,posant ainsi le problème de diagnostic différentiel avec la pathologie tumorale. Nous rapportons 15 cas de localisations extra ganglionnaires de tuberculose, colligés au service ORL et CCF de l'Hopital Militaire Avicenne de Marrakech colligés entre 2009 et 2013. L’âge moyen de nos patients est de 33 ans. L’étude topographique a montré 6 cas au niveau du cavum, un cas de miliaire tuberculeuse pharyngée, 4 cas laryngés; 2 localisations auriculaires; 1 parotidienne et 1 localisation sous maxillaire. Le diagnostic était anatomopathologiquedans tous les cas. Tous nos patients ont reçu un traitement antituberculeux avec une bonne évolution. Mots-clés: Tuberculose, amygdale, rhinopharynx, larynx, glandes salivaires,Oreille moyenne. PMID:25815100

  16. Use or Reduction of Propagation and Noise Effects in Distributed Military Systems: Electromagnetic Wave Propagation Panel Symposium Held in Rethymno, Crete, Greece on 15-18 October 1990 (Utilisation ou Reduction des Effets de la Propagation et du Bruit dans les Systemes Militaires Distribues)

    DTIC Science & Technology

    1991-06-01

    6liminables est une fonction croissante du nombre de capteurs du reseau, les systtmes La Direction des Recherches, Etudes et Techniques ’basses...cozmmo cola oat naturel dana le cas AVAReat ~temin6A patirde toisoi lVon traite un prof il do liaison parambtros qui d~finissent les types be...varitiondesm~dineshoraresdirect., cosine cola oat naturel locales sur un profil do liaison loraque Vlon consid~ro des probl&Mes donn6, au cours du temnps

  17. Cas9-catalyzed DNA Cleavage Generates Staggered Ends: Evidence from Molecular Dynamics Simulations

    PubMed Central

    Zuo, Zhicheng; Liu, Jin

    2016-01-01

    The CRISPR-associated endonuclease Cas9 from Streptococcus pyogenes (spCas9) along with a single guide RNA (sgRNA) has emerged as a versatile toolbox for genome editing. Despite recent advances in the mechanism studies on spCas9-sgRNA-mediated double-stranded DNA (dsDNA) recognition and cleavage, it is still unclear how the catalytic Mg2+ ions induce the conformation changes toward the catalytic active state. It also remains controversial whether Cas9 generates blunt-ended or staggered-ended breaks with overhangs in the DNA. To investigate these issues, here we performed the first all-atom molecular dynamics simulations of the spCas9-sgRNA-dsDNA system with and without Mg2+ bound. The simulation results showed that binding of two Mg2+ ions at the RuvC domain active site could lead to structurally and energetically favorable coordination ready for the non-target DNA strand cleavage. Importantly, we demonstrated with our simulations that Cas9-catalyzed DNA cleavage produces 1-bp staggered ends rather than generally assumed blunt ends. PMID:27874072

  18. CRISPR/Cas9-Mediated Genome Editing as a Therapeutic Approach for Leber Congenital Amaurosis 10.

    PubMed

    Ruan, Guo-Xiang; Barry, Elizabeth; Yu, Dan; Lukason, Michael; Cheng, Seng H; Scaria, Abraham

    2017-02-01

    As the most common subtype of Leber congenital amaurosis (LCA), LCA10 is a severe retinal dystrophy caused by mutations in the CEP290 gene. The most frequent mutation found in patients with LCA10 is a deep intronic mutation in CEP290 that generates a cryptic splice donor site. The large size of the CEP290 gene prevents its use in adeno-associated virus (AAV)-mediated gene augmentation therapy. Here, we show that targeted genomic deletion using the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 system represents a promising therapeutic approach for the treatment of patients with LCA10 bearing the CEP290 splice mutation. We generated a cellular model of LCA10 by introducing the CEP290 splice mutation into 293FT cells and we showed that guide RNA pairs coupled with SpCas9 were highly efficient at removing the intronic splice mutation and restoring the expression of wild-type CEP290. In addition, we demonstrated that a dual AAV system could effectively delete an intronic fragment of the Cep290 gene in the mouse retina. To minimize the immune response to prolonged expression of SpCas9, we developed a self-limiting CRISPR/Cas9 system that minimizes the duration of SpCas9 expression. These results support further studies to determine the therapeutic potential of CRISPR/Cas9-based strategies for the treatment of patients with LCA10.

  19. Genome surgery using Cas9 ribonucleoproteins for the treatment of age-related macular degeneration

    PubMed Central

    Kim, Kyoungmi; Park, Sung Wook; Kim, Jin Hyoung; Lee, Seung Hwan; Kim, Daesik; Koo, Taeyoung; Kim, Kwang-eun; Kim, Jeong Hun; Kim, Jin-Soo

    2017-01-01

    RNA-guided genome surgery using CRISPR-Cas9 nucleases has shown promise for the treatment of diverse genetic diseases. Yet, the potential of such nucleases for therapeutic applications in nongenetic diseases is largely unexplored. Here, we focus on age-related macular degeneration (AMD), a leading cause of blindness in adults, which is associated with retinal overexpression of, rather than mutations in, the VEGFA gene. Subretinal injection of preassembled, Vegfa gene–specific Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) into the adult mouse eye gave rise to mutagenesis at the target site in the retinal pigment epithelium. Furthermore, Cas9 RNPs effectively reduced the area of laser-induced choroidal neovascularization (CNV) in a mouse model of AMD. Genome-wide profiling of Cas9 off-target effects via Digenome-seq showed that off-target mutations were rarely induced in the human genome. Because Cas9 RNPs can function immediately after in vivo delivery and are rapidly degraded by endogenous proteases, their activities are unlikely to be hampered by antibody- and cell-mediated adaptive immune systems. Our results demonstrate that in vivo genome editing with Cas9 RNPs has the potential for the local treatment for nongenetic degenerative diseases, expanding the scope of RNA-guided genome surgery to a new dimension. PMID:28209587

  20. CRISPR-Cas9 technology and its application in haematological disorders.

    PubMed

    Zhang, Han; McCarty, Nami

    2016-10-01

    The recent advent of the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-CRISPR associated protein 9 (Cas9) system for precise genome editing has revolutionized methodologies in haematology and oncology studies. CRISPR-Cas9 technology can be used to remove and correct genes or mutations, and to introduce site-specific therapeutic genes in human cells. Inherited haematological disorders represent ideal targets for CRISPR-Cas9-mediated gene therapy. Correcting disease-causing mutations could alleviate disease-related symptoms in the near future. The CRISPR-Cas9 system is also a useful tool for delineating molecular mechanisms involving haematological malignancies. Prior to the use of CRISPR-Cas9-mediated gene correction in humans, appropriate delivery systems with higher efficiency and specificity must be identified, and ethical guidelines for applying the technology with controllable safety must be established. Here, the latest applications of CRISPR-Cas9 technology in haematological disorders, current challenges and future directions are reviewed and discussed.

  1. Cas9-catalyzed DNA Cleavage Generates Staggered Ends: Evidence from Molecular Dynamics Simulations

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Zuo, Zhicheng; Liu, Jin

    2016-11-01

    The CRISPR-associated endonuclease Cas9 from Streptococcus pyogenes (spCas9) along with a single guide RNA (sgRNA) has emerged as a versatile toolbox for genome editing. Despite recent advances in the mechanism studies on spCas9-sgRNA-mediated double-stranded DNA (dsDNA) recognition and cleavage, it is still unclear how the catalytic Mg2+ ions induce the conformation changes toward the catalytic active state. It also remains controversial whether Cas9 generates blunt-ended or staggered-ended breaks with overhangs in the DNA. To investigate these issues, here we performed the first all-atom molecular dynamics simulations of the spCas9-sgRNA-dsDNA system with and without Mg2+ bound. The simulation results showed that binding of two Mg2+ ions at the RuvC domain active site could lead to structurally and energetically favorable coordination ready for the non-target DNA strand cleavage. Importantly, we demonstrated with our simulations that Cas9-catalyzed DNA cleavage produces 1-bp staggered ends rather than generally assumed blunt ends.

  2. CRISPR/Cas9-mediated genome engineering and the promise of designer flies on demand.

    PubMed

    Gratz, Scott J; Wildonger, Jill; Harrison, Melissa M; O'Connor-Giles, Kate M

    2013-01-01

    The CRISPR/Cas9 system has attracted significant attention for its potential to transform genome engineering. We and others have recently shown that the RNA-guided Cas9 nuclease can be employed to engineer the Drosophila genome, and that these modifications are efficiently transmitted through the germline. A single targeting RNA can guide Cas9 to a specific genomic sequence where it induces double-strand breaks that, when imperfectly repaired, yield mutations. We have also demonstrated that 2 targeting RNAs can be used to generate large defined deletions and that Cas9 can catalyze gene replacement by homologous recombination. Zinc-finger nucleases (ZFNs) and transcription activator-like effector nucleases (TALENs) have shown similar promise in Drosophila. However, the ease of producing targeting RNAs over the generation of unique sequence-directed nucleases to guide site-specific modifications makes the CRISPR/Cas9 system an appealingly accessible method for genome editing. From the initial planning stages, engineered flies can be obtained within a month. Here we highlight the variety of genome modifications facilitated by the CRISPR/Cas9 system along with key considerations for starting your own CRISPR genome engineering project.

  3. Le schwannome pénien: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Essatara, Younes; Benazzouz, Mohammed Hicham; Sami, Rekik; Bondil, Pierre

    2014-01-01

    Le Schwannome, ou neurinome, du pénis est une tumeur extrêmement rare. Il s'agit d'une tumeur de la gaine des nerfs péniens. Un homme de 29 ans opéré pour un neurinome du pénis. La tumeur fut réséquée avec succès tout en préservant la fonction érectile du patient. La résection tumorale est le traitement de choix dans les schwannomes localisés, un suivi régulier est conseillé. Le taux de récidive locale est extrêmement faible après résection complète. A travers cet article, nous allons présenter un nouveau cas de neurinome du pénis et nous allons faire une brève revue de la littérature sur cette pathologie rare. PMID:25368711

  4. New vectors for simple and streamlined CRISPR-Cas9 genome editing in Saccharomyces cerevisiae.

    PubMed

    Laughery, Marian F; Hunter, Tierra; Brown, Alexander; Hoopes, James; Ostbye, Travis; Shumaker, Taven; Wyrick, John J

    2015-12-01

    Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas9 technology is an important tool for genome editing because the Cas9 endonuclease can induce targeted DNA double-strand breaks. Targeting of the DNA break is typically controlled by a single-guide RNA (sgRNA), a chimeric RNA containing a structural segment important for Cas9 binding and a 20mer guide sequence that hybridizes to the genomic DNA target. Previous studies have demonstrated that CRISPR-Cas9 technology can be used for efficient, marker-free genome editing in Saccharomyces cerevisiae. However, introducing the 20mer guide sequence into yeast sgRNA expression vectors often requires cloning procedures that are complex, time-consuming and/or expensive. To simplify this process, we have developed a new sgRNA expression cassette with internal restriction enzyme sites that permit rapid, directional cloning of 20mer guide sequences. Here we describe a flexible set of vectors based on this design for cloning and expressing sgRNAs (and Cas9) in yeast using different selectable markers. We anticipate that the Cas9-sgRNA expression vector with the URA3 selectable marker (pML104) will be particularly useful for genome editing in yeast, since the Cas9 machinery can be easily removed by counter-selection using 5-fluoro-orotic acid (5-FOA) following successful genome editing. The availability of new vectors that simplify and streamline the technical steps required for guide sequence cloning should help accelerate the use of CRISPR-Cas9 technology in yeast genome editing.

  5. CRISPR-Cas9 systems: versatile cancer modelling platforms and promising therapeutic strategies.

    PubMed

    Wen, Wan-Shun; Yuan, Zhi-Min; Ma, Shi-Jie; Xu, Jiang; Yuan, Dong-Tang

    2016-03-15

    The RNA-guided nuclease CRISPR-Cas9 (clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR associated nuclease 9) and its variants such as nickase Cas9, dead Cas9, guide RNA scaffolds and RNA-targeting Cas9 are convenient and versatile platforms for site-specific genome editing and epigenome modulation. They are easy-to-use, simple-to-design and capable of targeting multiple loci simultaneously. Given that cancer develops from cumulative genetic and epigenetic alterations, CRISPR-Cas9 and its variants (hereafter referred to as CRISPR-Cas9 systems) hold extensive application potentials in cancer modeling and therapy. To date, they have already been applied to model oncogenic mutations in cell lines (e.g., Choi and Meyerson, Nat Commun 2014;5:3728) and in adult animals (e.g., Xue et al., Nature 2014;514:380-4), as well as to combat cancer by disabling oncogenic viruses (e.g., Hu et al., Biomed Res Int 2014;2014:612823) or by manipulating cancer genome (e.g., Liu et al., Nat Commun 2014;5:5393). Given the importance of epigenome and transcriptome in tumourigenesis, manipulation of cancer epigenome and transcriptome for cancer modeling and therapy is a promising area in the future. Whereas (epi)genetic modifications of cancer microenvironment with CRISPR-Cas9 systems for therapeutic purposes represent another promising area in cancer research. Herein, we introduce the functions and mechanisms of CRISPR-Cas9 systems in genome editing and epigenome modulation, retrospect their applications in cancer modelling and therapy, discuss limitations and possible solutions and propose future directions, in hope of providing concise and enlightening information for readers interested in this area.

  6. Generation of knock-in primary human T cells using Cas9 ribonucleoproteins.

    PubMed

    Schumann, Kathrin; Lin, Steven; Boyer, Eric; Simeonov, Dimitre R; Subramaniam, Meena; Gate, Rachel E; Haliburton, Genevieve E; Ye, Chun J; Bluestone, Jeffrey A; Doudna, Jennifer A; Marson, Alexander

    2015-08-18

    T-cell genome engineering holds great promise for cell-based therapies for cancer, HIV, primary immune deficiencies, and autoimmune diseases, but genetic manipulation of human T cells has been challenging. Improved tools are needed to efficiently "knock out" genes and "knock in" targeted genome modifications to modulate T-cell function and correct disease-associated mutations. CRISPR/Cas9 technology is facilitating genome engineering in many cell types, but in human T cells its efficiency has been limited and it has not yet proven useful for targeted nucleotide replacements. Here we report efficient genome engineering in human CD4(+) T cells using Cas9:single-guide RNA ribonucleoproteins (Cas9 RNPs). Cas9 RNPs allowed ablation of CXCR4, a coreceptor for HIV entry. Cas9 RNP electroporation caused up to ∼40% of cells to lose high-level cell-surface expression of CXCR4, and edited cells could be enriched by sorting based on low CXCR4 expression. Importantly, Cas9 RNPs paired with homology-directed repair template oligonucleotides generated a high frequency of targeted genome modifications in primary T cells. Targeted nucleotide replacement was achieved in CXCR4 and PD-1 (PDCD1), a regulator of T-cell exhaustion that is a validated target for tumor immunotherapy. Deep sequencing of a target site confirmed that Cas9 RNPs generated knock-in genome modifications with up to ∼20% efficiency, which accounted for up to approximately one-third of total editing events. These results establish Cas9 RNP technology for diverse experimental and therapeutic genome engineering applications in primary human T cells.

  7. Generation of knock-in primary human T cells using Cas9 ribonucleoproteins

    DOE PAGES

    Schumann, Kathrin; Lin, Steven; Boyer, Eric; ...

    2015-07-27

    T-cell genome engineering holds great promise for cell-based therapies for cancer, HIV, primary immune deficiencies, and autoimmune diseases, but genetic manipulation of human T cells has been challenging. Improved tools are needed to efficiently “knock out” genes and “knock in” targeted genome modifications to modulate T-cell function and correct disease-associated mutations. CRISPR/Cas9 technology is facilitating genome engineering in many cell types, but in human T cells its efficiency has been limited and it has not yet proven useful for targeted nucleotide replacements. Here we report efficient genome engineering in human CD4+ T cells using Cas9:single-guide RNA ribonucleoproteins (Cas9 RNPs). Cas9more » RNPs allowed ablation of CXCR4, a coreceptor for HIV entry. Cas9 RNP electroporation caused up to ~40% of cells to lose high-level cell-surface expression of CXCR4, and edited cells could be enriched by sorting based on low CXCR4 expression. Importantly, Cas9 RNPs paired with homology-directed repair template oligonucleotides generated a high frequency of targeted genome modifications in primary T cells. Targeted nucleotide replacement was achieved in CXCR4 and PD-1 (PDCD1), a regulator of T-cell exhaustion that is a validated target for tumor immunotherapy. Deep sequencing of a target site confirmed that Cas9 RNPs generated knock-in genome modifications with up to ~20% efficiency, which accounted for up to approximately one-third of total editing events. These results establish Cas9 RNP technology for diverse experimental and therapeutic genome engineering applications in primary human T cells.« less

  8. Generation of knock-in primary human T cells using Cas9 ribonucleoproteins

    SciTech Connect

    Schumann, Kathrin; Lin, Steven; Boyer, Eric; Simeonov, Dimitre R.; Subramaniam, Meena; Gate, Rachel E.; Haliburton, Genevieve E.; Ye, Chun J.; Bluestone, Jeffrey A.; Doudna, Jennifer A.; Marson, Alexander

    2015-07-27

    T-cell genome engineering holds great promise for cell-based therapies for cancer, HIV, primary immune deficiencies, and autoimmune diseases, but genetic manipulation of human T cells has been challenging. Improved tools are needed to efficiently “knock out” genes and “knock in” targeted genome modifications to modulate T-cell function and correct disease-associated mutations. CRISPR/Cas9 technology is facilitating genome engineering in many cell types, but in human T cells its efficiency has been limited and it has not yet proven useful for targeted nucleotide replacements. Here we report efficient genome engineering in human CD4+ T cells using Cas9:single-guide RNA ribonucleoproteins (Cas9 RNPs). Cas9 RNPs allowed ablation of CXCR4, a coreceptor for HIV entry. Cas9 RNP electroporation caused up to ~40% of cells to lose high-level cell-surface expression of CXCR4, and edited cells could be enriched by sorting based on low CXCR4 expression. Importantly, Cas9 RNPs paired with homology-directed repair template oligonucleotides generated a high frequency of targeted genome modifications in primary T cells. Targeted nucleotide replacement was achieved in CXCR4 and PD-1 (PDCD1), a regulator of T-cell exhaustion that is a validated target for tumor immunotherapy. Deep sequencing of a target site confirmed that Cas9 RNPs generated knock-in genome modifications with up to ~20% efficiency, which accounted for up to approximately one-third of total editing events. These results establish Cas9 RNP technology for diverse experimental and therapeutic genome engineering applications in primary human T cells.

  9. Generation of knock-in primary human T cells using Cas9 ribonucleoproteins

    PubMed Central

    Schumann, Kathrin; Lin, Steven; Boyer, Eric; Simeonov, Dimitre R.; Subramaniam, Meena; Gate, Rachel E.; Haliburton, Genevieve E.; Ye, Chun J.; Bluestone, Jeffrey A.; Doudna, Jennifer A.; Marson, Alexander

    2015-01-01

    T-cell genome engineering holds great promise for cell-based therapies for cancer, HIV, primary immune deficiencies, and autoimmune diseases, but genetic manipulation of human T cells has been challenging. Improved tools are needed to efficiently “knock out” genes and “knock in” targeted genome modifications to modulate T-cell function and correct disease-associated mutations. CRISPR/Cas9 technology is facilitating genome engineering in many cell types, but in human T cells its efficiency has been limited and it has not yet proven useful for targeted nucleotide replacements. Here we report efficient genome engineering in human CD4+ T cells using Cas9:single-guide RNA ribonucleoproteins (Cas9 RNPs). Cas9 RNPs allowed ablation of CXCR4, a coreceptor for HIV entry. Cas9 RNP electroporation caused up to ∼40% of cells to lose high-level cell-surface expression of CXCR4, and edited cells could be enriched by sorting based on low CXCR4 expression. Importantly, Cas9 RNPs paired with homology-directed repair template oligonucleotides generated a high frequency of targeted genome modifications in primary T cells. Targeted nucleotide replacement was achieved in CXCR4 and PD-1 (PDCD1), a regulator of T-cell exhaustion that is a validated target for tumor immunotherapy. Deep sequencing of a target site confirmed that Cas9 RNPs generated knock-in genome modifications with up to ∼20% efficiency, which accounted for up to approximately one-third of total editing events. These results establish Cas9 RNP technology for diverse experimental and therapeutic genome engineering applications in primary human T cells. PMID:26216948

  10. RNA-guided genome editing in plants using a CRISPR-Cas system.

    PubMed

    Xie, Kabin; Yang, Yinong

    2013-11-01

    Precise and straightforward methods to edit the plant genome are much needed for functional genomics and crop improvement. Recently, RNA-guided genome editing using bacterial Type II cluster regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated nuclease (Cas) is emerging as an efficient tool for genome editing in microbial and animal systems. Here, we report the genome editing and targeted gene mutation in plants via the CRISPR-Cas9 system. Three guide RNAs (gRNAs) with a 20-22-nt seed region were designed to pair with distinct rice genomic sites which are followed by the protospacer-adjacent motif (PAM). The engineered gRNAs were shown to direct the Cas9 nuclease for precise cleavage at the desired sites and introduce mutation (insertion or deletion) by error-prone non-homologous end joining DNA repairing. By analyzing the RNA-guided genome-editing events, the mutation efficiency at these target sites was estimated to be 3-8%. In addition, the off-target effect of an engineered gRNA-Cas9 was found on an imperfectly paired genomic site, but it had lower genome-editing efficiency than the perfectly matched site. Further analysis suggests that mismatch position between gRNA seed and target DNA is an important determinant of the gRNA-Cas9 targeting specificity, and specific gRNAs could be designed to target more than 90% of rice genes. Our results demonstrate that the CRISPR-Cas system can be exploited as a powerful tool for gene targeting and precise genome editing in plants.

  11. Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system.

    PubMed

    Ran, F Ann; Hsu, Patrick D; Wright, Jason; Agarwala, Vineeta; Scott, David A; Zhang, Feng

    2013-11-01

    Targeted nucleases are powerful tools for mediating genome alteration with high precision. The RNA-guided Cas9 nuclease from the microbial clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) adaptive immune system can be used to facilitate efficient genome engineering in eukaryotic cells by simply specifying a 20-nt targeting sequence within its guide RNA. Here we describe a set of tools for Cas9-mediated genome editing via nonhomologous end joining (NHEJ) or homology-directed repair (HDR) in mammalian cells, as well as generation of modified cell lines for downstream functional studies. To minimize off-target cleavage, we further describe a double-nicking strategy using the Cas9 nickase mutant with paired guide RNAs. This protocol provides experimentally derived guidelines for the selection of target sites, evaluation of cleavage efficiency and analysis of off-target activity. Beginning with target design, gene modifications can be achieved within as little as 1-2 weeks, and modified clonal cell lines can be derived within 2-3 weeks.

  12. Etude des facteurs de risque du retard de croissance intra-utérin à Lubumbashi

    PubMed Central

    Moyambe, Jules Ngwe Thaba; Bernard, Pierre; Khang'Mate, Faustin; Nkoy, Albert Mwembo Tambwe A; Mukalenge, Faustin Chenge; Makanda, Daudet; Twite, Eugene; Ndudula, Arthur Munkana; Lubamba, Cham; Kadingi, Arnauld Kabulu; Kayomb, Mutach; Kayamba, Prosper Kalenga Muenze

    2013-01-01

    Introduction Dans notre milieu, il n'existe aucune politique de prévention du Retard de Croissance Intra-Utérin (RCIU) clairement défini. L'objectif de ce travail était d'identifier les facteurs de risque de RCIU afin de proposer une stratégie de lutte contre cette pathologie en agissant surtout sur des facteurs pouvant faire l'objet d'une action préventive. Méthodes Une étude cas-témoins a été menée dans 11 centres hospitaliers de Lubumbashi en République Démocratique du Congo, de Janvier 2010 à Juin 2011, dans le but d'identifier les facteurs de risque du retard de croissance intra-utérin (RCIU). Au total 420 gestantes (cas et témoins) avec grossesse monofoetale d'au moins 24 semaines d'aménorrhée ont été inclues dans l'étude. Les cas correspondaient aux gestantes dont le poids du fœtus était resté inférieur au 10 eme percentile des courbes de référence d'Alexander, après 2 échographies successives réalisées à intervalle de 4 semaines. Les témoins correspondaient aux gestantes dont le poids du fœtus était supérieur ou égal au 10 eme percentile de mêmes courbes. A chaque cas a été apparié un témoin de même parité porteur d'une grossesse de même âge. Résultats L'analyse univariée a identifié comme facteurs de risque: la taille maternelle. Conclusion L'amélioration du niveau socio-économique des populations, la lutte contre le paludisme et les consultations prénatales mieux organisées couplées à une meilleure éducation sanitaire et nutritionnelle peuvent contribuer sensiblement à la réduction de la fréquence du RCIU à Lubumbashi. PMID:23504392

  13. RXTE Observations of Cas A

    NASA Technical Reports Server (NTRS)

    Rothschild, R. E.; Lingenfelter, R. E.; Heindl, W. A.; Blanco, P. R.; Pelling, M. R.; Gruber, D. E.; Allen, G. E.; Jahoda, K.; Swank, J. H.; Woosley, S. E.; Nomoto, K.; Higdon, J. C.; Dermer, Charles D. (Editor); Strickman, Mark S. (Editor); Kurfess, James D. (Editor)

    1997-01-01

    The exciting detection by the COMPTEL instrument of the 1157 keV Ti-44 line from the supernova remnant Cas A sets important new constraints on supernova dynamics and nucleosynthesis. The Ti-44 decay also produces x-ray lines at 68 and 78 keV, whose flux should be essentially the same as that of the gamma ray line. The revised COMPTEL flux of 4 x l0(exp -5) cm(exp -2)s(exp -1) is very near the sensitivity limit for line detection by the HEXTE instrument on RXTE. We report on the results from two RXTE observations - 20 ks during In Orbit Checkout in January 1996 and 200 ks in April 1996. We also find a strong continuum emission suggesting cosmic ray electron acceleration in the remnant.

  14. Closure Report for Corrective Action Unit 139: Waste Disposal Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2009-07-31

    Corrective Action Unit (CAU) 139 is identified in the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) as 'Waste Disposal Sites' and consists of the following seven Corrective Action Sites (CASs), located in Areas 3, 4, 6, and 9 of the Nevada Test Site: CAS 03-35-01, Burn Pit; CAS 04-08-02, Waste Disposal Site; CAS 04-99-01, Contaminated Surface Debris; CAS 06-19-02, Waste Disposal Site/Burn Pit; CAS 06-19-03, Waste Disposal Trenches; CAS 09-23-01, Area 9 Gravel Gertie; and CAS 09-34-01, Underground Detection Station. Closure activities were conducted from December 2008 to April 2009 according to the FFACO (1996, as amended February 2008) and the Corrective Action Plan for CAU 139 (U.S. Department of Energy, National Nuclear Security Administration Nevada Site Office, 2007b). The corrective action alternatives included No Further Action, Clean Closure, and Closure in Place with Administrative Controls. Closure activities are summarized. CAU 139, 'Waste Disposal Sites,' consists of seven CASs in Areas 3, 4, 6, and 9 of the NTS. The closure alternatives included No Further Action, Clean Closure, and Closure in Place with Administrative Controls. This CR provides a summary of completed closure activities, documentation of waste disposal, and confirmation that remediation goals were met. The following site closure activities were performed at CAU 139 as documented in this CR: (1) At CAS 03-35-01, Burn Pit, soil and debris were removed and disposed as LLW, and debris was removed and disposed as sanitary waste. (2) At CAS 04-08-02, Waste Disposal Site, an administrative UR was implemented. No postings or post-closure monitoring are required. (3) At CAS 04-99-01, Contaminated Surface Debris, soil and debris were removed and disposed as LLW, and debris was removed and disposed as sanitary waste. (4) At CAS 06-19-02, Waste Disposal Site/Burn Pit, no work was performed. (5) At CAS 06-19-03, Waste Disposal Trenches, a native soil cover was installed, and a UR was

  15. Les abcès orbitaires: à propos de 7 cas

    PubMed Central

    Ouaissi, Laila; El Khiati, Rhizlane; Serghini, Salma; Abada, Redallah; Rouadi, Sami; Mahtar, Mohamed; Roubal, Mohamed; Essaadi, Mustapha; Kadiri, Fatmi

    2014-01-01

    L'abcès orbitaire correspond à une infection collectée bien limitée située dans l'orbite, généralement due à une cellulite orbitaire. Nous rapportons notre expérience à propos de 7 cas d'abcès orbitaires opérés dans le service d'ORL est de chirurgie cervico-faciale de l'hôpital 20 aout de Casablanca entre juin 2007 et juin 2008. L’âge moyen est de 11 ans avec des extrêmes de 5 et 22 ans. On note une prédominance masculine avec un sex-ratio de 3. On retrouve une exophtalmie inflammatoire, avec tuméfaction palpébrale et une porte d'entrée sinusienne chez tous nos patients. L'ophtalmoplégie est notée dans 5 cas, la baisse de l'acuité visuelle dans 4 cas, et la cécité dans 2 cas. La tomodensitométrie a été réalisée chez tous nos patients. Elle a permit de confirmer l'abcès et sa localisation: interne (4 cas), supéro-interne (2 cas), et inférieure (1 cas). L'imagerie par résonnance magnétique a été faite dans 3 cas, et a permis de préciser les limites de l'infection. Le traitement médical a été instauré d'emblée, associant une triple antibiothérapie par voie parentérale. Le traitement chirurgical a été réalisé chez 5 patients devant la non amélioration clinique. Un drainage externe a été pratiqué et la cure de la sinusite était différée. On note une évolution défavorable dans 3 cas: cécité par névrite optique (2 cas) et ophtalmoplégie (1 cas). Elle a été favorable dans les autres cas. En conclusion, l'abcès orbitaire est une affection rare et grave du sujet jeune, engageant le pronostic visuel voire même le pronostic vital, et constitue de ce fait une urgence ophtalmologique et ORL. Le traitement se base sur une poly-antibiothérapie avec des drainages de la collection le plus rapidement possible. La prévention passe par un diagnostic et un traitement appropriés des sinusites. PMID:25722783

  16. Influence des interactions du couple ciment/adjuvant dispersant sur les proprietes des betons: Importance du mode d'introduction des adjuvants

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Baalbaki, Moussa

    1998-12-01

    Les travaux de recherche de cette these de doctorat ont porte sur les phenomenes d'incompatibilite (ou de compatibilite) ciment/adjuvant dispersant en mettant l'accent sur l'influence du mode d'introduction des adjuvants sur les proprietes des betons frais et durcis. Les aspects physiques et chimiques de l'interaction ciment/adjuvant a ete relies aux proprietes des betons en tenant compte du rapport E/C, de la teneur en C3A du ciment ainsi que du type d'adjuvant dispersant. Le programme experimental propose debute par une etude rheologique et mecanique sur pate et sur beton. Le comportement du superplastifiant a base de polynaphtalene (PNS) depend surtout de son interaction avec les premiers produits d'hydratation du ciment. Cette interaction du superplastifiant PNS avec le ciment est remarquablement differente dans le cas ou l'ajout du PNS est differe de quelques minutes. Lorsque le superplastifiant PNS est introduit directement avec l'eau de gachage, on remarque la formation d'un gel blanc compose d'ettringite, de CaCO 3 et de polynaphtalene et ce compose organo-mineral est presque inexistant lorsque le superplastifiant PNS est ajoute en mode differe. Ce gel organo-mineral se forme a partir de la solution entre les aluminates de calcium hydrates, les sulfates et le PNS, et est responsable de la perte d'affaissement du beton. Les analyses au microscope electronique a balayage montrent que l'introduction du superplastifiant PNS en mode S1 (ajout direct) engendre la precipitation d'une plus grande quantite d'ettringite et de produit organo-mineral. Cette ettringite finement cristallisee, abondante et enchevetree aura pour consequence de diminuer les proprietes rheologiques des betons et des pates. Ce phenomene ne s'observe pas lorsque le superplastifiant PNS est introduit en mode differe. Le mode d'introduction du superplastifiant a base de polyacrylate (PAE) n'affecte nullement le comportement rheologique du beton. Par ailleurs, le gel organo-mineral n'apparait pas

  17. The CRISPR-Cas system - from bacterial immunity to genome engineering.

    PubMed

    Czarnek, Maria; Bereta, Joanna

    2016-09-01

    Precise and efficient genome modifications present a great value in attempts to comprehend the roles of particular genes and other genetic elements in biological processes as well as in various pathologies. In recent years novel methods of genome modification known as genome editing, which utilize so called "programmable" nucleases, came into use. A true revolution in genome editing has been brought about by the introduction of the CRISP-Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR associated) system, in which one of such nucleases, i.e. Cas9, plays a major role. This system is based on the elements of the bacterial and archaeal mechanism responsible for acquired immunity against phage infections and transfer of foreign genetic material. Microorganisms incorporate fragments of foreign DNA into CRISPR loci present in their genomes, which enables fast recognition and elimination of future infections. There are several types of CRISPR-Cas systems among prokaryotes but only elements of CRISPR type II are employed in genome engineering. CRISPR-Cas type II utilizes small RNA molecules (crRNA and tracrRNA) to precisely direct the effector nuclease - Cas9 - to a specific site in the genome, i.e. to the sequence complementary to crRNA. Cas9 may be used to: (i) introduce stable changes into genomes e.g. in the process of generation of knock-out and knock-in animals and cell lines, (ii) activate or silence the expression of a gene of interest, and (iii) visualize specific sites in genomes of living cells. The CRISPR-Cas-based tools have been successfully employed for generation of animal and cell models of a number of diseases, e.g. specific types of cancer. In the future, the genome editing by programmable nucleases may find wide application in medicine e.g. in the therapies of certain diseases of genetic origin and in the therapy of HIV-infected patients.

  18. Leiomyosarcome de la langue: à propos d'un cas

    PubMed Central

    El jahd, Lahcen; Barhmi, Ismail; Tazi, Nabil; Rouadi, Sami; Abada, Reda; Roubal, Mohammed; janah, Abdelaziz; Mahtar, Mohammed

    2015-01-01

    Le léiomyosarcome primitif de la langue est une tumeur rare qui se développe aux dépens des fibres musculaires lisses. Le diagnostic est souvent difficile, fondé sur des caractéristiques immuno-histologiques particulières. L'objectif de ce travail est de décrire le profil épidémiologique, clinique, thérapeutique et évolutif du léiomyosarcome à travers un cas et une revue de la littérature. Nous rapportons le cas d'un homme âgé de 26 ans, sans antécédents pathologique particuliers, consultant pour une tuméfaction de la langue mobile évoluant depuis 2 ans. Une biopsie de la masse a été réalisée. L’étude anatomopathologique et immunohistochimique a confirmé le diagnostic d'un léiomyosarcome de la langue. L'IRM de la langue a objectivé un processus lesionnel intéressant la portion mobile et antérieur de la langue. Une exérèse de la masse a été réalisée. L'examen histologique a montré la présence d'un large néoplasme de 6 cm compatible à un léiomyosarcome peu différencié de la langue, de garde II selon la Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer (FNCLCC). Une radiothérapie externe sur la cavité buccale avec une dose de 65 Gy a été réalisée. Le patient a présenté 2 mois après la fin du traitement une adénopathie latéro-cervicale haute gauche (territoire II), il a bénéficié d'un curage ganglionnaire fonctionnel intéressant les territoires I, II et III puis réadressé en radiothérapie. Le léiomyosarcome de la langue est très rare surtout chez le sujet jeune. La chirurgie et la radiothérapie sont les armes thérapeutiques majeures. Le pronostic est très mauvais, Les facteurs les plus importants sont les marges d'exérèse et le grade. PMID:26600908

  19. Bacterial CRISPR/Cas DNA endonucleases: A revolutionary technology that could dramatically impact viral research and treatment

    SciTech Connect

    Kennedy, Edward M.; Cullen, Bryan R.

    2015-05-15

    CRISPR/Cas systems mediate bacterial adaptive immune responses that evolved to protect bacteria from bacteriophage and other horizontally transmitted genetic elements. Several CRISPR/Cas systems exist but the simplest variant, referred to as Type II, has a single effector DNA endonuclease, called Cas9, which is guided to its viral DNA target by two small RNAs, the crRNA and the tracrRNA. Initial efforts to adapt the CRISPR/Cas system for DNA editing in mammalian cells, which focused on the Cas9 protein from Streptococcus pyogenes (Spy), demonstrated that Spy Cas9 can be directed to DNA targets in mammalian cells by tracrRNA:crRNA fusion transcripts called single guide RNAs (sgRNA). Upon binding, Cas9 induces DNA cleavage leading to mutagenesis as a result of error prone non-homologous end joining (NHEJ). Recently, the Spy Cas9 system has been adapted for high throughput screening of genes in human cells for their relevance to a particular phenotype and, more generally, for the targeted inactivation of specific genes, in cell lines and in vivo in a number of model organisms. The latter aim seems likely to be greatly enhanced by the recent development of Cas9 proteins from bacterial species such as Neisseria meningitidis and Staphyloccus aureus that are small enough to be expressed using adeno-associated (AAV)-based vectors that can be readily prepared at very high titers. The evolving Cas9-based DNA editing systems therefore appear likely to not only impact virology by allowing researchers to screen for human genes that affect the replication of pathogenic human viruses of all types but also to derive clonal human cell lines that lack individual gene products that either facilitate or restrict viral replication. Moreover, high titer AAV-based vectors offer the possibility of directly targeting DNA viruses that infect discrete sites in the human body, such as herpes simplex virus and hepatitis B virus, with the hope that the entire population of viral DNA genomes

  20. Versatile in vivo regulation of tumor phenotypes by dCas9-mediated transcriptional perturbation

    PubMed Central

    Braun, Christian J.; Bruno, Peter M.; Horlbeck, Max A.; Gilbert, Luke A.; Weissman, Jonathan S.; Hemann, Michael T.

    2016-01-01

    Targeted transcriptional regulation is a powerful tool to study genetic mediators of cellular behavior. Here, we show that catalytically dead Cas9 (dCas9) targeted to genomic regions upstream or downstream of the transcription start site allows for specific and sustainable gene-expression level alterations in tumor cells in vitro and in syngeneic immune-competent mouse models. We used this approach for a high-coverage pooled gene-activation screen in vivo and discovered previously unidentified modulators of tumor growth and therapeutic response. Moreover, by using dCas9 linked to an activation domain, we can either enhance or suppress target gene expression simply by changing the genetic location of dCas9 binding relative to the transcription start site. We demonstrate that these directed changes in gene-transcription levels occur with minimal off-target effects. Our findings highlight the use of dCas9-mediated transcriptional regulation as a versatile tool to reproducibly interrogate tumor phenotypes in vivo. PMID:27325776

  1. Etude du strabisme chez des enfants de 0 à 15 ans suivis a Lubumbashi, République Démocratique du Congo: analyse des aspects épidémiologiques et cliniques

    PubMed Central

    Bienvenu, Yogolelo Asani; Angel, Musau Nkola; Sebastien, Mbuyi Musanzayi; Philippe, Cilundika Mulenga; Léon, Kabamba Ngombe; Eugene, Twite Kabange; Chami, Cham Lubamba; Prosper, Kalenga Muenze Kayamba; Claude, Speeg-Schatz; Gaby, Chenge Borasisi

    2015-01-01

    Introduction Le strabisme est défini comme un syndrome à double composante: motrice et sensorielle. Le but de ce travail est de décrire les aspects épidémiologiques et cliniques du strabisme chez l'enfant congolais de 0 à 15 ans dans la ville de Lubumbashi. Méthodes Il s'agit d'une étude descriptive longitudinale sur les aspects épidémiologiques et cliniques du strabisme chez l'enfant congolais de 0 à 15 ans dans la ville de Lubumbashi entre Décembre 2012 à Décembre 2013. Nous avons recueilli l’âge des patients, leur sexe, leur provenance, le type de strabisme, la réfraction, le fond d'oeil, les antécédents (hérédité) ainsi que le type de la déviation strabique observé sur 70 patients. Résultats Nous avons observé 70 cas de strabisme manifeste dont 31 cas (44,28%) étaient dans la tranche d’âge comprise entre 0 et 5 ans. L’âge moyen de nos patients était de 6,7 ans avec une prédominance du sexe féminin, soit 51,42%. Le strabisme était convergent dans 65,71%, divergent dans 30%, et vertical dans 4,28%. Les ésotropies représentaient 65 cas (92,85%), quatre cas (5,71%) avaient un antécédent familial de strabisme au premier degré de parenté, 21 cas (30%) au second degré de parenté, 45 cas (64,28%) n'avaient pas cet antécédent. L'oeil gauche était le plus dominé dans 30% des cas. Les facteurs favorisant le strabisme étaient inconnus dans 54 cas (77,14%). Le strabisme était secondaire à l'hypermétropie chez 32 patients (42,71%). Conclusion La fréquence du strabisme dans la ville de Lubumbashi chez les enfants âgés de 0 à 15 ans est de 0,50%. Comme dans la plupart des études sur le strabisme de l'enfant, c'est l’ésotropie qui est la déviation la plus commune. PMID:26834919

  2. A newly discovered Bordetella species carries a transcriptionally active CRISPR-Cas with a small Cas9 endonuclease

    Technology Transfer Automated Retrieval System (TEKTRAN)

    The Cas9 endonuclease of the Type II-a clustered regularly interspersed short palindromic repeats (CRISPR), of Streptococcus pyogenes (SpCas9) has been adapted as a widely used tool for genome editing and genome engineering. Herein, we describe a gene encoding a novel Cas9 ortholog (BpsuCas9) and th...

  3. Le synovialosarcome de la sphère oto-rhino-laryngée: une localisation rare: à propos de deux cas

    PubMed Central

    Kouhen, Fadila; Afif, Mohammed; Benhmidou, Naoual; Rais, Fadoua; El kabous, Mustapha; Khmou, Mouna; Cherradi, Nadia; Majjaoui, Sanaa; Elkacemi, Hanan; Kebdani, Tayeb; Benjaafar, Noureddine

    2015-01-01

    La localisation ORL du synovialosarcome est rare représentant moins de 5% des tumeurs de la région. Sa prise en charge est multidisciplinaire reposant sur une chirurgie large et complète suivie d'une radiothérapie externe. Nous rapportons deux cas de synovialosarcome de l'oropharynx et du sinus maxillaire chez deux adultes jeunes traités par une chirurgie et une radiothérapie externe avec une bonne réponse locorégionale. PMID:26140075

  4. Cri du chat syndrome

    MedlinePlus

    ... the infant's cry, which is high-pitched and sounds like a cat. Causes Cri du chat syndrome is rare. It is caused by a missing piece of chromosome 5. Most cases are believed to occur during the development of ... Cry that is high-pitched and may sound like a cat Downward slant to the eyes ...

  5. Cas9 specifies functional viral targets during CRISPR-Cas adaptation.

    PubMed

    Heler, Robert; Samai, Poulami; Modell, Joshua W; Weiner, Catherine; Goldberg, Gregory W; Bikard, David; Marraffini, Luciano A

    2015-03-12

    Clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) loci and their associated (Cas) proteins provide adaptive immunity against viral infection in prokaryotes. Upon infection, short phage sequences known as spacers integrate between CRISPR repeats and are transcribed into small RNA molecules that guide the Cas9 nuclease to the viral targets (protospacers). Streptococcus pyogenes Cas9 cleavage of the viral genome requires the presence of a 5'-NGG-3' protospacer adjacent motif (PAM) sequence immediately downstream of the viral target. It is not known whether and how viral sequences flanked by the correct PAM are chosen as new spacers. Here we show that Cas9 selects functional spacers by recognizing their PAM during spacer acquisition. The replacement of cas9 with alleles that lack the PAM recognition motif or recognize an NGGNG PAM eliminated or changed PAM specificity during spacer acquisition, respectively. Cas9 associates with other proteins of the acquisition machinery (Cas1, Cas2 and Csn2), presumably to provide PAM-specificity to this process. These results establish a new function for Cas9 in the genesis of prokaryotic immunological memory.

  6. Marqueurs chromosomiques: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Samri, Imane; Bouguenouch, Laila; Hamdaoui, Hasna; El Otmani, Ihsan; El Omairi, Nissrine; Chaouki, Sana; Hida, Moustapha; Ouldim, Karim

    2013-01-01

    Les marqueurs chromosomiques peuvent être définis comme des petits chromosomes de structure anormale présents en addition aux 46 chromosomes humains connus. C'est un groupe hétérogène d'anomalies de structure chromosomique pouvant être avec ou sans conséquence phénotypique. Plusieurs tentatives sont réalisées afin de retrouver une corrélation génotype-phénotype lors de la présence d'un marqueur chromosomique. L'identification du marqueur, son origine et sa structure suit une stratégie bien codifiée actuellement allant d'abord de l'orientation clinique suivie des techniques de cytogénétique conventionnelle (caryotype métaphasique standard, bandes C, NOR) et de cytogénétique moléculaire (M-FISH, CGH, CGH array) puis une détection par des techniques plus ciblées (painting, sondes locus spécifique). Cet ensemble permet une meilleure analyse et correspondance clinico-génétique. Nous rapportons le cas d'un nourrisson présentant une dysmorphie faciale avec un retard psychomoteur dont l'analyse cytogénétique a révélé la présence d'un marqueur chromosomique avec un caryotype métaphasique 47,XX,+mar. A travers cette observation, nous mettons en valeur le rôle de la cytogénétique conventionnelle et moléculaire dans le diagnostic des syndromes dysmorphiques permettant une meilleure prise en charge du patient et un conseil génétique adéquat pour sa famille PMID:24244790

  7. Hématome sous capsulaire de foie compliquant une pré-éclampsie: à propos de 6 cas

    PubMed Central

    Mamouni, Nisrine; Derkaoui, Ali; Bougern, Hakima; Bouchikhi, Chehrazad; Chaara, Hikmat; Banani, Abdelaziz; Abdelilah, Melhouf Moulay

    2011-01-01

    L'hématome sous capsulaire du foie (HSCF) est une complication rare mais gravissime de la grossesse. Devant une symptomatologie clinique souvent non spécifique et un tableau biologique retardé, son diagnostic est basé essentiellement sur les moyens de l'imagerie (échographie, TDM, IRM). Son traitement est fonction de l'intégrité ou non de la capsule de Glisson. Nous rapportons les observations de 6 patientes, à travers une étude rétrospective s’étalant sur la période du Janvier 2005 à Octobre 2008, incluant tous les cas de preeclampsie colligés au service de gynécologie obstétrique du CHU Hassan II. Durant la période d’étude, L'incidence de l'hématome sous capsulaire de foie chez les patientes préeclamptiques admises durant la période d’étude est de 1,49 %. Aucune des patientes n'a benificié d'un suivi prénatal au sein de notre formation. La moyenne d’âge des patientes est de 37,6 ans avec des extrêmes allant de 33 à 45 ans. La gestité moyenne était de 4,8 avec une parité moyenne de 4,5.l'hematome sous capsulaire est survenu en post partum chez tous nos cas avec un délai moyen de 4 jours et des extrêmes allant de J0 et J10 du post partum .Toutes les patientes ont présenté un HELLP syndrome concomitant à la survenue de cette complication gravissime.Le diagnostic positif s'est basé sur les données échographiques dans 5 cas (hemoperitoine –HSCF).l’équipe a opté pour une abstention thérapeutique avec surveillance armée chez 2 cas et l'exploration chirurgicale a été indiquée chez quatre patientes en instabilité hemodynamique.Nous avons déploré deux cas de décès maternel. PMID:22145072

  8. Le schwannome malin du nerf grand sciatique chez l'enfant

    PubMed Central

    Lechqar, Maryem; Elbiache, Imad; Atarraf, Karima; Bouabdellah, Youssef; Afifi, My Abderahman

    2012-01-01

    Le schwannome malin est une tumeur très rare chez l'enfant (1 à 2% des tumeurs des tissus mous), elle se développe au dépend des cellules de schwanne. Dans ce travail, les auteurs rapportent un cas de schwannome malin développé au dépend du nerf grand sciatique. La radiographie de la cuisse de face et de profil était normale. L'imagerie par résonance magnétique a identifié une lésion le long du trajet du nerf grand sciatique. La tumeur a été réséquée en totalité emportant le nerf grand sciatique. L'examen anatomo-pathologique a confirmé le diagnostic. PMID:23133710

  9. Rupture diaphragmatique droite avec passage total et isolé du foie en intra-thoracique

    PubMed Central

    Turki, Mohamed; Barhoumi, Mohamed Hafed; Hajji, Hassen; Chemchik, Heithem; M'barek, Bechir

    2011-01-01

    La rupture traumatique de la coupole diaphragmatique droite avec hernie du foie dans le thorax est une lésion rare. Elle est souvent intégrée dans le cadre d'un poly-traumatisme, dont elle est un critère de gravité. Elle expose, précocement ou tardivement, à des complications cardio-pulmonaires par compression. Le diagnostic d'une rupture diaphragmatique droite est difficile à établir. En effet, ses signes cliniques sont peu spécifiques et l'imagerie peut être prise en défaut du faite qu'elle visualise les organes ascensionnés mais plus difficilement la rupture elle-même. La voie d'abord thoracique est souvent préférée du fait des difficultés de l'exposition du diaphragme en présence du foie. Nous rapportons un cas d'une rupture diaphragmatique droite avec passage isolé et total du foie en intra-thoracique diagnostiquée au cinquième jour d'hospitalisation chez un polytraumatisé. PMID:22187610

  10. Phylogeny of Cas9 determines functional exchangeability of dual-RNA and Cas9 among orthologous type II CRISPR-Cas systems

    PubMed Central

    Fonfara, Ines; Le Rhun, Anaïs; Chylinski, Krzysztof; Makarova, Kira S.; Lécrivain, Anne-Laure; Bzdrenga, Janek; Koonin, Eugene V.; Charpentier, Emmanuelle

    2014-01-01

    The CRISPR-Cas-derived RNA-guided Cas9 endonuclease is the key element of an emerging promising technology for genome engineering in a broad range of cells and organisms. The DNA-targeting mechanism of the type II CRISPR-Cas system involves maturation of tracrRNA:crRNA duplex (dual-RNA), which directs Cas9 to cleave invading DNA in a sequence-specific manner, dependent on the presence of a Protospacer Adjacent Motif (PAM) on the target. We show that evolution of dual-RNA and Cas9 in bacteria produced remarkable sequence diversity. We selected eight representatives of phylogenetically defined type II CRISPR-Cas groups to analyze possible coevolution of Cas9 and dual-RNA. We demonstrate that these two components are interchangeable only between closely related type II systems when the PAM sequence is adjusted to the investigated Cas9 protein. Comparison of the taxonomy of bacterial species that harbor type II CRISPR-Cas systems with the Cas9 phylogeny corroborates horizontal transfer of the CRISPR-Cas loci. The reported collection of dual-RNA:Cas9 with associated PAMs expands the possibilities for multiplex genome editing and could provide means to improve the specificity of the RNA-programmable Cas9 tool. PMID:24270795

  11. Le cavernome porte chez l'enfant: a propos de 11 cas

    PubMed Central

    Ilham, Tadmori; Mounia, Lakhdar Idrissi; Moustapha, Hida

    2014-01-01

    Le cavernome portal est la conséquence d'une occlusion chronique, du système porte extra-hépatique formé d'un réseau de veines dont le calibre est augmenté et au sein desquelles chemine un sang portal hépatopéte. Chez l'enfant, est une cause majeure d'hypertension portale dite «pré ou infra-hépatique» ou encore «extra-hépatique». Onze cas de cavernome porte parmi 78 cas d'hypertension portale ont été colligés au service sur une période allant du Janvier 2003 au Septembre 2012. L’âge de nos patients variait entre 2 et 15 ans et le sexe ratio est de 1,75. Tous nos patients étaient admis au stade d'hypertension portale avec la splénomégalie SMG (100% des cas); hémorragies digestives (63%); ascite (36%); la circulation veineuse collatérale CVC et l'hépatomégalie HMG (27%). L'exploration endoscopique a objectivé la présence de varices ‘sophagiennes dans tous les cas avec une gastropathie hypertensive dans 27% et des varices ectopiques chez 36%. Les perturbations biologiques étaient dominées par la pancytopénie. Le bilan de thrombophilie était demandé pour tous les malades mais réalisé mais n'est réalisé que chez trois revenus normaux chez deux et a objectivé une baisse de protéine S chez le troisième. L’échographie abdominale était le moyen de diagnostic positif et l’écho-doppler a confirmé l'HTP chez tous nos patients. Aucun de nos malades n'a pu être opéré pour le moment. La ligature a été réalisée chez 54,5%. Dix patients ont nécessité une transfusion sanguine. L’évolution globale de nos patients est favorable. La durée moyenne d’évolution du cavernome porte chez nos patients est de quatre ans. PMID:25870732

  12. Highly efficient Cas9-mediated transcriptional programming.

    PubMed

    Chavez, Alejandro; Scheiman, Jonathan; Vora, Suhani; Pruitt, Benjamin W; Tuttle, Marcelle; P R Iyer, Eswar; Lin, Shuailiang; Kiani, Samira; Guzman, Christopher D; Wiegand, Daniel J; Ter-Ovanesyan, Dmitry; Braff, Jonathan L; Davidsohn, Noah; Housden, Benjamin E; Perrimon, Norbert; Weiss, Ron; Aach, John; Collins, James J; Church, George M

    2015-04-01

    The RNA-guided nuclease Cas9 can be reengineered as a programmable transcription factor. However, modest levels of gene activation have limited potential applications. We describe an improved transcriptional regulator obtained through the rational design of a tripartite activator, VP64-p65-Rta (VPR), fused to nuclease-null Cas9. We demonstrate its utility in activating endogenous coding and noncoding genes, targeting several genes simultaneously and stimulating neuronal differentiation of human induced pluripotent stem cells (iPSCs).

  13. High-throughput profiling of off-target DNA cleavage reveals RNA-programmed Cas9 nuclease specificity.

    PubMed

    Pattanayak, Vikram; Lin, Steven; Guilinger, John P; Ma, Enbo; Doudna, Jennifer A; Liu, David R

    2013-09-01

    The RNA-programmable Cas9 endonuclease cleaves double-stranded DNA at sites complementary to a 20-base-pair guide RNA. The Cas9 system has been used to modify genomes in multiple cells and organisms, demonstrating its potential as a facile genome-engineering tool. We used in vitro selection and high-throughput sequencing to determine the propensity of eight guide-RNA:Cas9 complexes to cleave each of 10(12) potential off-target DNA sequences. The selection results predicted five off-target sites in the human genome that were confirmed to undergo genome cleavage in HEK293T cells upon expression of one of two guide-RNA:Cas9 complexes. In contrast to previous models, our results show that guide-RNA:Cas9 specificity extends past a 7- to 12-base-pair seed sequence. Our results also suggest a tradeoff between activity and specificity both in vitro and in cells as a shorter, less-active guide RNA is more specific than a longer, more-active guide RNA. High concentrations of guide-RNA:Cas9 complexes can cleave off-target sites containing mutations near or within the PAM that are not cleaved when enzyme concentrations are limiting.

  14. Asymmetric positioning of Cas1–2 complex and Integration Host Factor induced DNA bending guide the unidirectional homing of protospacer in CRISPR-Cas type I-E system

    PubMed Central

    Yoganand, K.N.R.; Sivathanu, R.; Nimkar, Siddharth; Anand, B.

    2017-01-01

    CRISPR–Cas system epitomizes prokaryote-specific quintessential adaptive defense machinery that limits the genome invasion of mobile genetic elements. It confers adaptive immunity to bacteria by capturing a protospacer fragment from invading foreign DNA, which is later inserted into the leader proximal end of CRIPSR array and serves as immunological memory to recognize recurrent invasions. The universally conserved Cas1 and Cas2 form an integration complex that is known to mediate the protospacer invasion into the CRISPR array. However, the mechanism by which this protospacer fragment gets integrated in a directional fashion into the leader proximal end is elusive. Here, we employ CRISPR/dCas9 mediated immunoprecipitation and genetic analysis to identify Integration Host Factor (IHF) as an indispensable accessory factor for spacer acquisition in Escherichia coli. Further, we show that the leader region abutting the first CRISPR repeat localizes IHF and Cas1–2 complex. IHF binding to the leader region induces bending by about 120° that in turn engenders the regeneration of the cognate binding site for protospacer bound Cas1–2 complex and brings it in proximity with the first CRISPR repeat. This appears to guide Cas1–2 complex to orient the protospacer invasion towards the leader-repeat junction thus driving the integration in a polarized fashion. PMID:27899566

  15. CRISPR-Cas: biology, mechanisms and relevance

    PubMed Central

    Hille, Frank

    2016-01-01

    Prokaryotes have evolved several defence mechanisms to protect themselves from viral predators. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their associated proteins (Cas) display a prokaryotic adaptive immune system that memorizes previous infections by integrating short sequences of invading genomes—termed spacers—into the CRISPR locus. The spacers interspaced with repeats are expressed as small guide CRISPR RNAs (crRNAs) that are employed by Cas proteins to target invaders sequence-specifically upon a reoccurring infection. The ability of the minimal CRISPR-Cas9 system to target DNA sequences using programmable RNAs has opened new avenues in genome editing in a broad range of cells and organisms with high potential in therapeutical applications. While numerous scientific studies have shed light on the biochemical processes behind CRISPR-Cas systems, several aspects of the immunity steps, however, still lack sufficient understanding. This review summarizes major discoveries in the CRISPR-Cas field, discusses the role of CRISPR-Cas in prokaryotic immunity and other physiological properties, and describes applications of the system as a DNA editing technology and antimicrobial agent. This article is part of the themed issue ‘The new bacteriology’. PMID:27672148

  16. Cutis verticis gyrata primitif essentiel, une affection cutanée rare: cas clinique et revue de la littérature

    PubMed Central

    Samira, Boukind; Meriem, Dlimi; Oumkeltoum, Elatiqi; Driss, Elamrani; Yassine, Benchamkha; Saloua, Ettalbi

    2014-01-01

    Le cutis verticis gyrata (CVG), du cuir chevelu, est une maladie rare et évolutive de la peau du scalp. Elle est caractérisée par une hypertrophie et une hyperlaxité cutanée formant des plis semblables aux gyri du cortex cérébral. Nous présentons le cas d'une patiente de 21 ans atteinte de CVG primitif essentiel, ayant débuté à l’âge de 8 ans, au niveau du scalp et était d'aggravation progressive. La malade présentait une déformation du scalp avec de nombreux plis longitudinaux et transversaux. Sa demande était motivée par une gêne sociale et esthétique. Une résection chirurgicale de l'excédent cutané dans un plan transversal et longitudinal était réalisée. Le traitement de cette maladie est chirurgical, par l'excision des plis cutanés et remise en tension du scalp. Le nombre et la localisation des incisions doivent préserver la vascularisation des lambeaux de scalp et tenir compte du caractère évolutif de cette pathologie. PMID:25922634

  17. Les luxations bilatérales antérieures pures des épaules à mécanisme particulier: à propos de deux cas

    PubMed Central

    Koufagued, Kaldadak; Chafry, Bouchaib; Bouabid, Salim; Chagar, Belkacem

    2015-01-01

    Les luxations bilatérales antérieures pures des épaules sont des entités cliniques rares. Une trentaine de cas sont décrits dans la littérature. Le mécanisme varie d'un cas à l'autre, les épaules en abduction et en rétro-pulsion, coudes en extention et en supination a été décrite une seule fois dans la littérature. A ce propos, les auteurs rapportent ce même mécanisme particulier de luxation antérieure bilatérale pure des épaules chez deux jeunes patients, et discutent des circonstances, mécanisme de survenue, du traitement et du pronostique. PMID:26918074

  18. Cas9-Guide RNA Directed Genome Editing in Soybean[OPEN

    PubMed Central

    Li, Zhongsen; Liu, Zhan-Bin; Xing, Aiqiu; Moon, Bryan P.; Koellhoffer, Jessica P.; Huang, Lingxia; Ward, R. Timothy; Clifton, Elizabeth; Falco, S. Carl; Cigan, A. Mark

    2015-01-01

    Recently discovered bacteria and archaea adaptive immune system consisting of clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated (Cas) endonuclease has been explored in targeted genome editing in different species. Streptococcus pyogenes Cas9-guide RNA (gRNA) was successfully applied to generate targeted mutagenesis, gene integration, and gene editing in soybean (Glycine max). Two genomic sites, DD20 and DD43 on chromosome 4, were mutagenized with frequencies of 59% and 76%, respectively. Sequencing randomly selected transgenic events confirmed that the genome modifications were specific to the Cas9-gRNA cleavage sites and consisted of small deletions or insertions. Targeted gene integrations through homology-directed recombination were detected by border-specific polymerase chain reaction analysis for both sites at callus stage, and one DD43 homology-directed recombination event was transmitted to T1 generation. T1 progenies of the integration event segregated according to Mendelian laws and clean homozygous T1 plants with the donor gene precisely inserted at the DD43 target site were obtained. The Cas9-gRNA system was also successfully applied to make a directed P178S mutation of acetolactate synthase1 gene through in planta gene editing. PMID:26294043

  19. Syndrome de larva migrans cutanée sur pied malformé (à propos d'un cas)

    PubMed Central

    Benbella, Imane; Khalki, Hanane; Lahmadi, Khalid; Kouara, Sara; Abbadi, Abderrahim; Er-rami, Mohammed

    2016-01-01

    Le syndrome de larva migrans cutanée est une dermite sous cutanée causée par des larves d'ankylostomes d'animaux en impasse parasitaire chez l'homme. L'infestation transcutanée est favorisée par le contact avec le sol contaminé par les larves du parasite. Nous rapportons le cas d'un nourrisson de 15 mois, originaire de Guinée-Bissau, atteint d'un syndrome de larva migrans cutanée sur un pied malformé. Cette malformation sous forme d'une syndactylie associée à une tuméfaction du pied, était à l'origine d'un retard d'acquisition de la station debout. De même, on a rapporté une notion de pieds nus, vue la difficulté de chausser le pied malformé du patient. Tous ces facteurs auraient contribués à favoriser l'infestation du malade par les larves du nématode. PMID:27217876

  20. Cellulite orbitaire compliquant une pansinusite aigue: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Serghini, Issam; El Moqqadem, Amine; Bellasri, Salah; Laayoune, Jaouad; Hamama, Jalal; Boughalem, Mohamed

    2015-01-01

    Les cellulites orbitaires sont des affections peu fréquentes. Ces infections peuvent être secondaire à une infection oculaire, péri oculaire ou à une septicémie. L'origine sinusienne reste la plus fréquente. Le risque de graves complications mettant en jeu le pronostic fonctionnel et vital nécessite un diagnostic rapide et une prise en charge précoce. Nous rapportons le cas clinique d'une femme de 70 ans connue diabétique, qui a présenté une cellulite orbitaire secondaire à une pansinusite négligée. Le traitement était à la fois médical et chirurgical: antibiothérapie et drainage. L’évolution a été favorable au bout du septième jour. Nous essayons à travers ce cas clinique de souligner la gravité des infections orbitaires et leurs conséquences dramatiques en cas de retard de prise en charge. PMID:26977230

  1. Chemours Pompton Lakes Works Site, Pompton Lakes, NJ

    EPA Pesticide Factsheets

    E.I. DuPont De Nemours & Company is located at 2000 Cannonball Road, Pompton Lakes, New Jersey. The DuPont Pompton Lakes Works site (DuPont) occupies approximately 570 acres of land in Pompton Lakes and Wanaque.

  2. Torsion chronique d'une rate baladeuse chez un adolescent: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Dème, Hamidou; Akpo, Léra Géraud; Fall, Seynabou; Badji, Nfally; Ka, Ibrahima; Guèye, Mohamadou Lamine; Touré, Mouhamed Hamine; Niang, El Hadj

    2016-01-01

    La rate baladeuse ou errante est une anomalie rare, qui est le plus souvent décrite chez l'enfant. Ses complications parmi lesquelles figure la torsion de son pédicule sont fréquentes et peuvent engager le pronostic vital du patient. Nous rapportons un cas de torsion chronique du pédicule d'une rate baladeuse chez un patient de 17 ans, au long passé de douleurs épigastriques. Le tableau clinique était marqué par une masse épigastrique spontanément douloureuse, évoluant depuis 48 heures. L’échographie abdominale objectivait une rate ectopique hétérogène, hypertrophiée, en position épigastrique et un hématome sous capsulaire. Au doppler, on notait une torsion du pédicule splénique à deux tours de spires et un petit flux sur l'artère splénique. La tomodensitométrie abdominale avec injection de produit de contraste montrait un défaut de rehaussement parenchymateux d'une grosse rate ectopique épigastrique et un hématome sous capsulaire. Le diagnostic de torsion chronique du pédicule d'une rate baladeuse, compliquée de nécrose et d'hématome sous capsulaire était retenu. Il a été réalisé une splénectomie. Les suites opératoires étaient simples. Nous discutons l'apport de l’échographie et de la TDM dans le diagnostic de la torsion chronique du pédicule d'une rate baladeuse. PMID:27583079

  3. Molecular insights into DNA interference by CRISPR-associated nuclease-helicase Cas3.

    PubMed

    Gong, Bei; Shin, Minsang; Sun, Jiali; Jung, Che-Hun; Bolt, Edward L; van der Oost, John; Kim, Jeong-Sun

    2014-11-18

    Mobile genetic elements in bacteria are neutralized by a system based on clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) and CRISPR-associated (Cas) proteins. Type I CRISPR-Cas systems use a "Cascade" ribonucleoprotein complex to guide RNA specifically to complementary sequence in invader double-stranded DNA (dsDNA), a process called "interference." After target recognition by Cascade, formation of an R-loop triggers recruitment of a Cas3 nuclease-helicase, completing the interference process by destroying the invader dsDNA. To elucidate the molecular mechanism of CRISPR interference, we analyzed crystal structures of Cas3 from the bacterium Thermobaculum terrenum, with and without a bound ATP analog. The structures reveal a histidine-aspartate (HD)-type nuclease domain fused to superfamily-2 (SF2) helicase domains and a distinct C-terminal domain. Binding of ATP analog at the interface of the SF2 helicase RecA-like domains rearranges a motif V with implications for the enzyme mechanism. The HD-nucleolytic site contains two metal ions that are positioned at the end of a proposed nucleic acid-binding tunnel running through the SF2 helicase structure. This structural alignment suggests a mechanism for 3' to 5' nucleolytic processing of the displaced strand of invader DNA that is coordinated with ATP-dependent 3' to 5' translocation of Cas3 along DNA. In agreement with biochemical studies, the presented Cas3 structures reveal important mechanistic details on the neutralization of genetic invaders by type I CRISPR-Cas systems.

  4. Anomalie d’émergence radiculaire par racine conjointe S1: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Kessely, Yannick Canton; Sakho, Maguette Gaye; Fondo, Alidji; Daisy, Akerey Diop; Thiam, Aley; Sakho, Youssoupha

    2015-01-01

    De découverte per-opératoire pour hernie discale, les anomalies d’émergence radiculaires constituent une entité rare. La présentation clinique est généralement identique à celle d'une radiculopathie. Nous rapportons le cas d'un patient âgé de 35 ans présentant une sciatique droite S1 hyperalgique rebelle aux multiples médications. L'IRM du rachis lombo-sacré avait mis en évidence une discopathie protrusive de petit volume en L5 S1 droite et un aspect de grosse racine ou de kyste de Tarlov au niveau de l’émergence droite de S1. Une fenestration inter lamaire L5-S1 droite avec une ablation du ligament jaune a montré une émergence radiculaire double au niveau de l'espace retro-discal. Un geste de foraminostomie a été réalisé sans discectomie. L’évolution a très favorable avec une rétrocession dès le lendemain. L'analyse pré-opératoire fine et rigoureuse de l'imagerie est indispensable. Une bonne libération améliore l’état clinique du patient. Y penser en cas de sciatique hyperalgique sans Lasègue. PMID:26113909

  5. The Power of CRISPR-Cas9-Induced Genome Editing to Speed Up Plant Breeding

    PubMed Central

    Wang, Wenqin; Le, Hien T. T.

    2016-01-01

    Genome editing with engineered nucleases enabling site-directed sequence modifications bears a great potential for advanced plant breeding and crop protection. Remarkably, the RNA-guided endonuclease technology (RGEN) based on the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated protein 9 (Cas9) is an extremely powerful and easy tool that revolutionizes both basic research and plant breeding. Here, we review the major technical advances and recent applications of the CRISPR-Cas9 system for manipulation of model and crop plant genomes. We also discuss the future prospects of this technology in molecular plant breeding. PMID:28097123

  6. Les cellulites cervico-faciales à propos de 130 cas

    PubMed Central

    Rouadi, Sami; Ouaissi, Laila; El Khiati, Rhizlane; Abada, Redallah; Mahtar, Mohamed; Roubal, Mohamed; Janah, Abdellah; Essaadi, Mustapha; Kadiri, Fatmi

    2013-01-01

    Le but de cette étude était d’étudier le profil épidémioclinique et paraclinique de nos patients, d’évaluer leur prise en charge thérapeutique et leur évolution. Nous avons inclus 130 patients pris en charge entre janvier 2007 et novembre 2009. Nous avons relevé de manière rétrospective les données épidémiologiques, les données cliniques, la prise en charge thérapeutique médico-chirurgicale et l’évolution. Notre série retrouve une prédominance masculine avec un âge moyen de 31 ans. L’origine dentaire est l’étiologie la plus fréquente. La tomodensitométrie avec injection de produit de contraste est l’examen clé du bilan initial. L’antibiothérapie et la chirurgie ont permis une bonne évolution dans 74% des cas. Le taux de mortalité est de 0%. Les cellulites cervico-faciales sont des pathologies potentiellement graves touchant souvent des adultes jeunes dont la mortalité hospitalière doit être réduite à la condition d’un diagnostic précoce et une prise en charge médico-chirurgicale immédiate. PMID:23646224

  7. Investigation of brightness changes of MZ Cas and TZ Cas in B- and V-light

    NASA Technical Reports Server (NTRS)

    Lukatskaya, F. I.; Kheylo, E. S.

    1973-01-01

    The results are presented concerning statistical processing of two-color observations of MZ Cas and TZ Cas. Light histograms, dispersion and statistical amplitudes are given. Light variations of the variables are represented by normal stochastic processes. Observational data are tabulated.

  8. Putting the CAS Standards to Work. Training Manual for the CAS Self Assessment Guides.

    ERIC Educational Resources Information Center

    Yerian, Jean M.; Miller, Theodore K., Ed.

    These 18 self-assessment guides and training manual from the Council for the Advancement of Standards (CAS) for Student Services/Development Programs translate the CAS Standards and Guidelines of 1986 into a format for self-study purposes. These self-study guides allow an institution to assure compliance with minimally-acceptable practice, gain an…

  9. Corrective Action Plan for Corrective Action Unit 139: Waste Disposal Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2007-07-01

    Corrective Action Unit (CAU) 139, Waste Disposal Sites, is listed in the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) of 1996 (FFACO, 1996). CAU 139 consists of seven Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 3, 4, 6, and 9 of the Nevada Test Site (NTS), which is located approximately 65 miles (mi) northwest of Las Vegas, Nevada (Figure 1). CAU 139 consists of the following CASs: CAS 03-35-01, Burn Pit; CAS 04-08-02, Waste Disposal Site; CAS 04-99-01, Contaminated Surface Debris; CAS 06-19-02, Waste Disposal Site/Burn Pit; CAS 06-19-03, Waste Disposal Trenches; CAS 09-23-01, Area 9 Gravel Gertie; and CAS 09-34-01, Underground Detection Station. Details of the site history and site characterization results for CAU 139 are provided in the approved Corrective Action Investigation Plan (CAIP) (U.S. Department of Energy, National Nuclear Security Administration Nevada Site Office [NNSA/NSO], 2006) and in the approved Corrective Action Decision Document (CADD) (NNSA/NSO, 2007). The purpose of this Corrective Action Plan (CAP) is to present the detailed scope of work required to implement the recommended corrective actions as specified in Section 4.0 of the approved CADD (NNSA/NSO, 2007). The approved closure activities for CAU 139 include removal of soil and debris contaminated with plutonium (Pu)-239, excavation of geophysical anomalies, removal of surface debris, construction of an engineered soil cover, and implementation of use restrictions (URs). Table 1 presents a summary of CAS-specific closure activities and contaminants of concern (COCs). Specific details of the corrective actions to be performed at each CAS are presented in Section 2.0 of this report.

  10. Les hémorragies post coïtales: à propos de 68 cas et revue de literature

    PubMed Central

    Boukhanni, Lahssen; Dhibou, Hanane; Zilfi, Wafaa; Housseini, Kawtar Iraki; Benkeddour, Yasser Ait; Aboulfalah, Abderrahim; Asmouki, Hamid; Soummani, Abderraouf

    2016-01-01

    L'acte sexuel consenti ou imposé, peut être à l'origine des traumatismes. L'hémorragie post coïtale est un symptôme gynécologique commun. Elle peut révéler de sérieux problèmes. Le but de notre travail est d’étudier le profil épidémiologique, diagnostique et thérapeutique ainsi que les moyens préventifs en cas de déchirure post coïtale. Il s'agit d'une étude prospective, étalée sur deux ans, mené au service de gynécologie obstétrique du CHU Med VI de Marrakech. Nous avons colligé 68 patientes. L’âge moyen est de 27 ans, la majorité des patientes étaient des nullipares soit 89,7% des cas. La moitié des patientes avaient un mariage traditionnel. Le rapport était consentent dans 74% des cas. L'hémorragie génitale a constitue le motif de consultation le plus fréquent soit 98% des cas. Les lésions hyménales ont été retrouvées dans 39% des cas et la lésion siégeait dans le cul de sac postérieur chez 35% des cas. La prise en charge thérapeutique a consisté en une suture chirurgicale chez 97% des cas, associé à une transfusion sanguine chez deux patientes et une abstinence sexuelle pendant minimum deux semaines chez toutes nous patientes. Le contexte social ainsi que le manque d’éducation sexuelle sont souvent incriminé d'où l'intérêt d'une prise en charge psychologique pour prévenir aussi bien le retentissement du traumatisme sur la sexualité que les récidives. PMID:27279958

  11. Closure Report for Corrective Action Unit 548: Areas 9, 10, 18, 19, and 20 Housekeeping Sites, Nevada National Security Site, Nevada

    SciTech Connect

    NSTec Environmental Restoration

    2012-08-27

    This Closure Report (CR) documents closure activities for Corrective Action Unit (CAU) 548, Areas 9, 10, 18, 19, and 20 Housekeeping Sites, and complies with the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) that was agreed to by the State of Nevada; the U.S. Department of Energy (DOE), Environmental Management; the U.S. Department of Defense; and DOE, Legacy Management (FFACO, 1996 as amended). CAU 548 consists of the following Corrective Action Sites (CASs), located in Areas 9, 10, 12, 18, 19, and 20 of the Nevada National Security Site: · CAS 09-99-02, Material Piles (2) · CAS 09-99-04, Wax, Paraffin · CAS 09-99-05, Asbestos, Vermiculite · CAS 09-99-07, Tar Spill · CAS 10-22-02, Drums · CAS 10-22-05, Gas Block · CAS 10-22-07, Gas Block · CAS 10-22-34, Drum · CAS 10-22-38, Drum; Cable · CAS 12-99-04, Epoxy Tar Spill · CAS 12-99-08, Cement Spill · CAS 18-14-01, Transformers (3) · CAS 19-22-01, Drums · CAS 19-22-11, Gas Block (2) · CAS 19-44-01, Fuel Spill · CAS 20-22-07, Drums (2) · CAS 20-22-09, Drums (3) · CAS 20-22-14, Drums (2) · CAS 20-22-16, Drums (2) · CAS 20-24-09, Battery Closure activities began in July 2011 and were completed in December 2011 and included removal and disposal of material piles, spills, sanitary debris, a lead acid battery, lead and steel shot, and stained soil. Activities were conducted according to the Sectored Clean-up Work Plan for Housekeeping Category Waste Sites (U.S. Department of Energy, National Nuclear Security Administration Nevada Site Office [NNSA/NSO], 2003). Closure activities generated sanitary waste, hydrocarbon waste, low-level waste, hazardous waste, and mixed waste. Some wastes exceeded land disposal limits and required offsite treatment prior to disposal. Other wastes met land disposal restrictions and were disposed in appropriate onsite or offsite landfills. NNSA/NSO requests the following: · A Notice of Completion from the Nevada Division of Environmental Protection to NNSA/NSO for

  12. Baisse du HDL-cholestérol indicateur du stress oxydatif dans le diabète de type 2

    PubMed Central

    Kabamba, Arsène Tshikongo; Bakari, Salvius Amuri; Longanga, Albert Otshudi; Lukumwena, Zet Kalala

    2014-01-01

    L'hypercholestérolémie est étroitement liée au stress oxydatif. Lorsqu'il y a trop de cholestérol qui circule dans le sang, il n'est pas utilisé en totalité par les cellules et il risque de s'accumuler dans les vaisseaux sanguins. Cela peut entrainer la formation des plaques d'athérosclérose qui gênent la circulation sanguine et provoquent des accidents cardiovasculaires. Le stress oxydatif apparait très tôt dans l'histoire des complications du diabète de type 2, et est lié à l'oxydation du glucose mais aussi à la peroxydation lipidique. Le cholestérol-HDL est un marqueur important du stress oxydatif par sa capacité à faciliter la métabolisation du cholestérol, sa baisse est souvent considérée comme la source de beaucoup d'inquiétudes. L'objectif est l’évaluation de la variation du taux de cholestérol-HDL, marqueur du stress oxydatif, chez les patients diabétiques de type 2 dans la population congolaise. Nous avons inclus dans cette étude prospective des cas témoins des patients diabétiques de type 2 reconnus et diagnostiqués, et des témoins non diabétiques appariés selon l’âge et le sexe. Parallèlement au bilan biologique classique, une analyse d'un des facteurs de risque du stress oxydatif a été réalisée: baisse de HDL-Cholestérol. L’âge moyen des 30 patients diabétiques (47,77±10,78 ans) était comparable à celui des 30 témoins (48,83±10,73 ans). Une baisse significative du cholestérol-HDL dans le sang était observée chez 100% des diabétiques et 50% des témoins (p=0,0000). L'augmentation du HDL cholestérol permet d’éliminer le mauvais cholestérol en excès en nettoyant les tissus et en ramenant le cholestérol vers le foie. Lors du diabète de type 2 on constate une baisse sanguine sensible du taux de HDL-cholestérol, qui est signe indicateur du stress oxydatif. PMID:25767660

  13. CRISPR-Cas and restriction-modification systems are compatible and increase phage resistance.

    PubMed

    Dupuis, Marie-Ève; Villion, Manuela; Magadán, Alfonso H; Moineau, Sylvain

    2013-01-01

    Bacteria have developed a set of barriers to protect themselves against invaders such as phage and plasmid nucleic acids. Different prokaryotic defence systems exist and at least two of them directly target the incoming DNA: restriction-modification (R-M) and CRISPR-Cas systems. On their own, they are imperfect barriers to invasion by foreign DNA. Here, we show that R-M and CRISPR-Cas systems are compatible and act together to increase the overall phage resistance of a bacterial cell by cleaving their respective target sites. Furthermore, we show that the specific methylation of phage DNA does not impair CRISPR-Cas acquisition or interference activities. Taken altogether, both mechanisms can be leveraged to decrease phage contaminations in processes relying on bacterial growth and/or fermentation.

  14. Establishing targeted carp TLR22 gene disruption via homologous recombination using CRISPR/Cas9.

    PubMed

    Chakrapani, Vemulawada; Patra, Swagat Kumar; Panda, Rudra Prasanna; Rasal, Kiran Dashrath; Jayasankar, Pallipuram; Barman, Hirak Kumar

    2016-08-01

    Recent advances in gene editing techniques have not been exploited in farmed fishes. We established a gene targeting technique, using the CRISPR/Cas9 system in Labeo rohita, a farmed carp (known as rohu). We demonstrated that donor DNA was integrated via homologous recombination (HR) at the site of targeted double-stranded nicks created by CRISPR/Cas9 nuclease. This resulted in the successful disruption of rohu Toll-like receptor 22 (TLR22) gene, involved in innate immunity and exclusively present in teleost fishes and amphibians. The null mutant, thus, generated lacked TLR22 mRNA expression. Altogether, this is the first evidence that the CRISPR/Cas9 system is a highly efficient tool for targeted gene disruption via HR in teleosts for generating model large-bodied farmed fishes.

  15. Efficient gene knock-out and knock-in with transgenic Cas9 in Drosophila.

    PubMed

    Xue, Zhaoyu; Ren, Mengda; Wu, Menghua; Dai, Junbiao; Rong, Yikang S; Gao, Guanjun

    2014-03-21

    Bacterial Cas9 nuclease induces site-specific DNA breaks using small gRNA as guides. Cas9 has been successfully introduced into Drosophila for genome editing. Here, we improve the versatility of this method by developing a transgenic system that expresses Cas9 in the Drosophila germline. Using this system, we induced inheritable knock-out mutations by injecting only the gRNA into embryos, achieved highly efficient mutagenesis by expressing gRNA from the promoter of a novel non-coding RNA gene, and recovered homologous recombination-based knock-in of a fluorescent marker at a rate of 4.5% by co-injecting gRNA with a circular DNA donor.

  16. Off-target Effects in CRISPR/Cas9-mediated Genome Engineering

    PubMed Central

    Zhang, Xiao-Hui; Tee, Louis Y; Wang, Xiao-Gang; Huang, Qun-Shan; Yang, Shi-Hua

    2015-01-01

    CRISPR/Cas9 is a versatile genome-editing technology that is widely used for studying the functionality of genetic elements, creating genetically modified organisms as well as preclinical research of genetic disorders. However, the high frequency of off-target activity (≥50%)—RGEN (RNA-guided endonuclease)-induced mutations at sites other than the intended on-target site—is one major concern, especially for therapeutic and clinical applications. Here, we review the basic mechanisms underlying off-target cutting in the CRISPR/Cas9 system, methods for detecting off-target mutations, and strategies for minimizing off-target cleavage. The improvement off-target specificity in the CRISPR/Cas9 system will provide solid genotype–phenotype correlations, and thus enable faithful interpretation of genome-editing data, which will certainly facilitate the basic and clinical application of this technology. PMID:26575098

  17. Evaluation du niveau de connaissance des patients sur la gestion du traitement par les antis vitamines K dans le service de cardiologie de Ouagadougou

    PubMed Central

    Samadoulougou, André; Temoua Naibe, Dangwé; Mandi, Germain; Yameogo, Relwendé Aristide; Kabore, Elisé; Millogo, Georges; Yameogo, Nobila Valentin; Kologo, Jonas Koudougou; Thiam/Tall, Anna; Toguyeni, Boubacar Jean Yves; Zabsonre, Patrice

    2014-01-01

    Introduction Les antivitamines K (AVK), traitement anticoagulant oral le plus largement prescrit, posent un réel problème de santé publique du fait de leur risque iatrogène. L'objectif de cette étude était de préciser le niveau de connaissance des patients sur la gestion de leur traitement par les AVK. Méthodes Il s'est agi d'une enquête transversale descriptive réalisée au CHU-Yalgado Ouédraogo, sur une période de 03 mois : du 1er mars au 31 mai 2012. Un questionnaire a été administré aux patients bénéficiant d'un traitement AVK depuis au moins un mois. Résultats Soixante-dix patients ont été inclus dans l'étude dont 30 hommes. L'âge moyen était de 49 ans ± 16 ans. Les cardiopathies et la maladie thromboembolique veineuse justifiant l'institution du traitement AVK étaient retrouvées respectivement dans 58,6% et 41,4% des cas. Le nom de l'AVK et la raison exacte du traitement étaient connus respectivement dans 91,4% et 67,1% des cas. Plus de la moitié des patients (68,6%) savaient que les AVK rendaient le sang plus fluide. Quarante-six patients (65,7%) citaient l'INR comme examen biologique de surveillance du traitement et seulement 28 patients (40%) connaissaient les valeurs cibles. La majorité des patients ne connaissait pas les risques encourus en cas de surdosage (72,8%) et de sous-dosage (71,4%). Une automédication par anti-inflammatoire non stéroïdien était signalée par 18 patients (25,7%). Les choux (74,3%) et la laitue (62,9%), aliments à consommer avec modération, étaient les plus cités. Conclusion Les connaissances des patients sur la gestion des AVK étaient fragmentaires et insuffisantes pour assurer la sécurité et l'efficacité du traitement. La création d'un programme d'éducation thérapeutique sur les AVK s'avère alors nécessaire. PMID:25870741

  18. Multiple genome modifications by the CRISPR/Cas9 system in zebrafish.

    PubMed

    Ota, Satoshi; Hisano, Yu; Ikawa, Yoshiya; Kawahara, Atsuo

    2014-07-01

    The type II clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) system, which is an adaptive immune system of bacteria, has become a powerful tool for genome editing in various model organisms. Here, we demonstrate multiple genome modifications mediated by CRISPR/Cas9 in zebrafish (Danio rerio). Multiple genes including golden/gol and tyrosinase/tyr, which are involved in pigment formation, and s1pr2 and spns2, which are involved in cardiac development, were disrupted with insertion and/or deletion (indel) mutations introduced by the co-injection of multiple guide RNAs (gRNAs) and the nuclease Cas9 mRNA. We simultaneously observed two distinct phenotypes, such as, the two hearts phenotype and the hypopigmentation of skin melanophores and the retinal pigment epithelium, in the injected F0 embryos. Additionally, we detected the targeted deletion and inversion genes as a 7.1-kb fragment between the two distinct spns2 targeted sites together with indel mutations. Conversely, chromosomal translocations among five target loci were not detected. Therefore, we confirmed that the CRISPR/Cas9-induced indel mutations and a locus-specific deletion were heritable in F1 embryos. To screen founders, we improved heteroduplex mobility assay (HMA) for simultaneously detecting indel mutations in different target loci. The results suggest that the multi-locus HMA is a powerful tool for identification of multiple genome modifications mediated by the CRISPR/Cas9 system.

  19. Boosting CRISPR/Cas9 multiplex editing capability with the endogenous tRNA-processing system.

    PubMed

    Xie, Kabin; Minkenberg, Bastian; Yang, Yinong

    2015-03-17

    The clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 nuclease (Cas9) system is being harnessed as a powerful tool for genome engineering in basic research, molecular therapy, and crop improvement. This system uses a small guide RNA (gRNA) to direct Cas9 endonuclease to a specific DNA site; thus, its targeting capability is largely constrained by the gRNA-expressing device. In this study, we developed a general strategy to produce numerous gRNAs from a single polycistronic gene. The endogenous tRNA-processing system, which precisely cleaves both ends of the tRNA precursor, was engineered as a simple and robust platform to boost the targeting and multiplex editing capability of the CRISPR/Cas9 system. We demonstrated that synthetic genes with tandemly arrayed tRNA-gRNA architecture were efficiently and precisely processed into gRNAs with desired 5' targeting sequences in vivo, which directed Cas9 to edit multiple chromosomal targets. Using this strategy, multiplex genome editing and chromosomal-fragment deletion were readily achieved in stable transgenic rice plants with a high efficiency (up to 100%). Because tRNA and its processing system are virtually conserved in all living organisms, this method could be broadly used to boost the targeting capability and editing efficiency of CRISPR/Cas9 toolkits.

  20. Efficient ablation of genes in human hematopoietic stem and effector cells using CRISPR/Cas9

    PubMed Central

    Mandal, Pankaj K.; Ferreira, Leonardo M. R.; Collins, Ryan; Meissner, Torsten B.; Boutwell, Christian L.; Friesen, Max; Vrbanac, Vladimir; Garrison, Brian S.; Stortchevoi, Alexei; Bryder, David; Musunuru, Kiran; Brand, Harrison; Tager, Andrew M.; Allen, Todd M.; Talkowski, Michael E.; Rossi, Derrick J.; Cowan, Chad A.

    2014-01-01

    SUMMARY Genome editing via CRISPR/Cas9 has rapidly become the tool of choice by virtue of its efficacy and ease of use. However, CRISPR/Cas9 mediated genome editing in clinically relevant human somatic cells remains untested. Here, we report CRISPR/Cas9 targeting of two clinically relevant genes, B2M and CCR5, in primary human CD4+ T cells and CD34+ hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs). Use of single RNA guides led to highly efficient mutagenesis in HSPCs but not in T cells. A dual guide approach improved gene deletion efficacy in both cell types. HSPCs that had undergone genome editing with CRISPR/Cas9 retained multi-lineage potential. We examined predicted on- and off-target mutations via target capture sequencing in HSPCs and observed low levels of off-target mutagenesis at only one site. These results demonstrate that CRISPR/Cas9 can efficiently ablate genes in HSPCs with minimal off-target mutagenesis, which could have broad applicability for hematopoietic cell-based therapy. PMID:25517468

  1. Efficient genome editing in filamentous fungus Trichoderma reesei using the CRISPR/Cas9 system.

    PubMed

    Liu, Rui; Chen, Ling; Jiang, Yanping; Zhou, Zhihua; Zou, Gen

    2015-01-01

    Filamentous fungi have wide applications in biotechnology. The CRISPR/Cas9 system is a powerful genome-editing method that facilitates genetic alterations of genomes in a variety of organisms. However, a genome-editing approach has not been reported in filamentous fungi. Here, we demonstrated the establishment of a CRISPR/Cas9 system in the filamentous fungus Trichoderma reesei by specific codon optimization and in vitro RNA transcription. It was shown that the CRISPR/Cas9 system was controllable and conditional through inducible Cas9 expression. This system generated site-specific mutations in target genes through efficient homologous recombination, even using short homology arms. This system also provided an applicable and promising approach to targeting multiple genes simultaneously. Our results illustrate that the CRISPR/Cas9 system is a powerful genome-manipulating tool for T. reesei and most likely for other filamentous fungal species, which may accelerate studies on functional genomics and strain improvement in these filamentous fungi.

  2. Enhancement of single guide RNA transcription for efficient CRISPR/Cas-based genomic engineering.

    PubMed

    Ui-Tei, Kumiko; Maruyama, Shohei; Nakano, Yuko

    2017-01-26

    Genomic engineering using clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated (Cas) protein is a promising approach for targeting the genomic DNA of virtually any organism in a sequence-specific manner. Recent remarkable advances in CRISPR/Cas technology have made it a feasible system for use in therapeutic applications and biotechnology. In the CRISPR/Cas system, a guide RNA (gRNA), interacting with the Cas protein, recognizes a genomic region with sequence complementarity, and the double-stranded DNA at the target site is cleaved by the Cas protein. A widely used gRNA is an RNA polymerase III (pol III)-driven single gRNA (sgRNA), which is produced by artificial fusion of CRISPR RNA (crRNA) and trans-activation crRNA (tracrRNA). However, we identified a TTTT stretch, known as a termination signal of RNA pol III, in the scaffold region of the sgRNA. Here, we revealed that sgRNA carrying a TTTT stretch reduces the efficiency of sgRNA transcription due to premature transcriptional termination, and decreases the efficiency of genome editing. Unexpectedly, it was also shown that the premature terminated sgRNA may have an adverse effect of inducing RNA interference. Such disadvantageous effects were avoided by substituting one base in the TTTT stretch.

  3. Efficient RNA/Cas9-mediated genome editing in Xenopus tropicalis.

    PubMed

    Guo, Xiaogang; Zhang, Tiejun; Hu, Zheng; Zhang, Yanqi; Shi, Zhaoying; Wang, Qinhu; Cui, Yan; Wang, Fengqin; Zhao, Hui; Chen, Yonglong

    2014-02-01

    For the emerging amphibian genetic model Xenopus tropicalis targeted gene disruption is dependent on zinc-finger nucleases (ZFNs) or transcription activator-like effector nucleases (TALENs), which require either complex design and selection or laborious construction. Thus, easy and efficient genome editing tools are still highly desirable for this species. Here, we report that RNA-guided Cas9 nuclease resulted in precise targeted gene disruption in all ten X. tropicalis genes that we analyzed, with efficiencies above 45% and readily up to 100%. Systematic point mutation analyses in two loci revealed that perfect matches between the spacer and the protospacer sequences proximal to the protospacer adjacent motif (PAM) were essential for Cas9 to cleave the target sites in the X. tropicalis genome. Further study showed that the Cas9 system could serve as an efficient tool for multiplexed genome engineering in Xenopus embryos. Analysis of the disruption of two genes, ptf1a/p48 and tyrosinase, indicated that Cas9-mediated gene targeting can facilitate direct phenotypic assessment in X. tropicalis embryos. Finally, five founder frogs from targeting of either elastase-T1, elastase-T2 or tyrosinase showed highly efficient transmission of targeted mutations into F1 embryos. Together, our data demonstrate that the Cas9 system is an easy, efficient and reliable tool for multiplex genome editing in X. tropicalis.

  4. Breaking-Cas—interactive design of guide RNAs for CRISPR-Cas experiments for ENSEMBL genomes

    PubMed Central

    Oliveros, Juan C.; Franch, Mònica; Tabas-Madrid, Daniel; San-León, David; Montoliu, Lluis; Cubas, Pilar; Pazos, Florencio

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas technology is enabling targeted genome editing in multiple organisms with unprecedented accuracy and specificity by using RNA-guided nucleases. A critical point when planning a CRISPR/Cas experiment is the design of the guide RNA (gRNA), which directs the nuclease and associated machinery to the desired genomic location. This gRNA has to fulfil the requirements of the nuclease and lack homology with other genome sites that could lead to off-target effects. Here we introduce the Breaking-Cas system for the design of gRNAs for CRISPR/Cas experiments, including those based in the Cas9 nuclease as well as others recently introduced. The server has unique features not available in other tools, including the possibility of using all eukaryotic genomes available in ENSEMBL (currently around 700), placing variable PAM sequences at 5′ or 3′ and setting the guide RNA length and the scores per nucleotides. It can be freely accessed at: http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/breakingcas, and the code is available upon request. PMID:27166368

  5. CRISPR/Cas9-mediated efficient targeted mutagenesis in Chardonnay (Vitis vinifera L.)

    PubMed Central

    Ren, Chong; Liu, Xianju; Zhang, Zhan; Wang, Yi; Duan, Wei; Li, Shaohua; Liang, Zhenchang

    2016-01-01

    The type II clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9 system (CRISPR/Cas9) has been successfully applied to edit target genes in multiple plant species. However, it remains unknown whether this system can be used for genome editing in grape. In this study, we described genome editing and targeted gene mutation in ‘Chardonnay’ suspension cells and plants via the CRISPR/Cas9 system. Two single guide RNAs (sgRNAs) were designed to target distinct sites of the L-idonate dehydrogenase gene (IdnDH). CEL I endonuclease assay and sequencing results revealed the expected indel mutations at the target site, and a mutation frequency of 100% was observed in the transgenic cell mass (CM) as well as corresponding regenerated plants with expression of sgRNA1/Cas9. The majority of the detected mutations in transgenic CM were 1-bp insertions, followed by 1- to 3-nucleotide deletions. Off-target activities were also evaluated by sequencing the potential off-target sites, and no obvious off-target events were detected. Our results demonstrated that the CRISPR/Cas9 system is an efficient and specific tool for precise genome editing in grape. PMID:27576893

  6. Cas9-chromatin binding information enables more accurate CRISPR off-target prediction

    PubMed Central

    Singh, Ritambhara; Kuscu, Cem; Quinlan, Aaron; Qi, Yanjun; Adli, Mazhar

    2015-01-01

    The CRISPR system has become a powerful biological tool with a wide range of applications. However, improving targeting specificity and accurately predicting potential off-targets remains a significant goal. Here, we introduce a web-based CRISPR/Cas9 Off-target Prediction and Identification Tool (CROP-IT) that performs improved off-target binding and cleavage site predictions. Unlike existing prediction programs that solely use DNA sequence information; CROP-IT integrates whole genome level biological information from existing Cas9 binding and cleavage data sets. Utilizing whole-genome chromatin state information from 125 human cell types further enhances its computational prediction power. Comparative analyses on experimentally validated datasets show that CROP-IT outperforms existing computational algorithms in predicting both Cas9 binding as well as cleavage sites. With a user-friendly web-interface, CROP-IT outputs scored and ranked list of potential off-targets that enables improved guide RNA design and more accurate prediction of Cas9 binding or cleavage sites. PMID:26032770

  7. Closure Report for Corrective Action Unit 392: Spill Sites and Construction Materials, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    R. B. Jackson

    2002-02-01

    This Closure Report documents the closure activities that were conducted to close Corrective Action Unit (CAU) 392--Spill Sites and Construction Materials located on the Nevada Test Site (NTS). CAU 392 is listed on in Appendix III of the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO) (FFACO, 1996) and consists of the following six Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 5 and 6 of the NTS: CAS 05-17-02 Construction Materials/Lead Bricks; CAS 06-17-03 Cement Mud Pit; CAS 06-1 9-01 Cable Pile; Powder Piles (3); CAS 06-44-02 Paint Spill; CAS 06-44-03 Plaster Spill; CAS 06-44-04 Cutting Fluid Discharge Ditch. Closure activities were performed in two phases. Phase 1 activities consisted of collecting waste characterization samples of soil and material present on-site, and where appropriate, performing radiological screening of debris at the six CASs. Results were used to determine how waste generated during closure activities would be handled and disposed of, i.e., as nonhazardous sanitary or hazardous waste, etc. Phase 2 activities consisted of closing each CAS by removing debris and/or soil, disposing of the generated waste, and verifying that each CAS was clean closed by visual inspection and/or by the collecting soil verification samples for laboratory analysis. Copies of the analytical results for the site verification samples are included in Appendix A. Copies of the Sectored Housekeeping Site Closure Verification Form for each of the six CASs are included in Appendix 8. Appendix C contains a copy of the Bechtel Nevada (BN) On-site Waste Transport Manifest for the hazardous waste generated during closure of CAS 06-44-02.

  8. Hyperemesis gravidarum avec troubles ioniques sévères: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Jarraya, Anouar; Elleuch, Sahar; Zouari, Jawhar; Trigui, Khaled; Sofiene, Abidi; Smaoui, Mohamed; Kolsi, Kamel

    2015-01-01

    L'hyperemesis gravidarum s'accompagne habituellement d'une perte de poids, d'une acétonurie et de troubles hydro-électrolytiques comme il peut également s'accompagner d'anomalies du bilan hépatique. Nous rapportons un cas de vomissements gravidiques à 10 semaines d'aménorrhée non traité et vu tardivement avec des troubles ioniques sévères associés à des répercussions cliniques dans un contexte de cytolyse, de cholestase et d'insuffisance rénale aigue. Ce cas a bien répondu au traitement médical. PMID:26161187

  9. Overview of CRISPR-Cas9 Biology.

    PubMed

    Ratner, Hannah K; Sampson, Timothy R; Weiss, David S

    2016-12-01

    Prokaryotes use diverse strategies to improve fitness in the face of different environmental threats and stresses, including those posed by mobile genetic elements (e.g., bacteriophages and plasmids). To defend against these elements, many bacteria and archaea use elegant, RNA-directed, nucleic acid-targeting adaptive restriction machineries called CRISPR -: Cas (CRISPR-associated) systems. While providing an effective defense against foreign genetic elements, these systems have also been observed to play critical roles in regulating bacterial physiology during environmental stress. Increasingly, CRISPR-Cas systems, in particular the Type II systems containing the Cas9 endonuclease, have been exploited for their ability to bind desired nucleic acid sequences, as well as direct sequence-specific cleavage of their targets. Cas9-mediated genome engineering is transcending biological research as a versatile and portable platform for manipulating genetic content in myriad systems. Here, we present a systematic overview of CRISPR-Cas history and biology, highlighting the revolutionary tools derived from these systems, which greatly expand the molecular biologists' toolkit.

  10. Analyse du comportement thermique du sol d'une serre agricole par simulation dynamique

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Monteil, C.; Amouroux, M.

    1997-02-01

    The overall energetical behaviour of a greenhouse is significantly affected by diurnal storage and nocturnal release of energy inside the soil, which is the only element with high thermal capacitance. Its specific part is analysed with a pre-existing dynamic simulation model. The first part of this paper studies the effects of 4kinds of heating exchangers along each month of an entire cultivation period: hot air convector, aerial metallic pipes with hot water circulation, radiant mulch or buried pipes with warm water circulation. The second part develops the hourly behaviour of both greenhouse and soil during a cold standard-day with each of the 4exchangers. The third part is a sensibility study to various classes of factors in the case of hot air convector exchanger: climatic environment, control policy, intrinsic properties of the greenhouse (soil characteristics, crop density, cover transparency). Le comportement énergétique global d'une serre agricole est influencé de manière parfois importante par le stockage diurne et la restitution nocturne d'énergie au sein de son sol, seul élément à grande capacité thermique. Le rôle spécifique joué par le sol est analysé en appliquant un modèle de simulation dynamique déjà existant. Une première partie compare les effets de 4types d'échangeurs de chauffage sur chaque mois d'une période de culture : aérotherme, tubes aériens à circulation d'eau chaude, paillage radiant ou tubes enterrés à circulation d'eau tiède. Une seconde partie développe le comportement horaire de la serre et du sol pour une journée-type froide en présence de chacun des échangeurs. Une troisième partie précise la sensibilité du bilan thermique de la serre et du sol à différents types de facteurs dans le cas d'un échangeur par aérotherme: environnement climatique, politique de contrôle de la serre, propriétés intrinsèques de la serre (caractéristiques du sol, densité de culture, transparence de la couverture).

  11. Aspects histo-épidémiologiques des cancers génitaux de la femme dans la région du Littoral, Cameroun

    PubMed Central

    Engbang, Jean Paul Ndamba; Koh, Valère Mve; Tchente, Charlotte Nguefack; Fewou, Amadou

    2015-01-01

    Décrire les caractéristiques épidémiologiques et histopathologiques des tumeurs malignes génitales de la femme dans la région du littoral du Cameroun. Il s'agissait d'une étude rétrospective descriptive et analytique portant sur les cancers des organes génitaux de la femme, histologiquement prouvés pendant une période de 10 ans (2004-2013), répertoriés dans les registres des trois laboratoires d'anatomopathologie de la région (Hôpital Laquintinie de Douala, Hôpital Général de Douala, laboratoire Anapathos) et des services d'oncologie de ces hôpitaux. Les variables étudiées étaient: la fréquence, l’âge, le sexe, la localisation de la tumeur et le type histopathologique. Au total, 802 cas de cancers génitaux de la femme ont été recensés, soit une fréquence annuelle de 80,2 cas en moyenne. Le col utérin avec 580 cas (72,32%) a été la localisation la plus fréquente; suivi de l'endomètre (corps utérin) avec 93 cas (11,60%), puis des ovaires 91 cas (11,35%). L’âge moyen des patientes était de 50, 30±12,67 ans, avec les extrêmes allant de 14 à 85 ans. Selon le type histologique, les tumeurs épithéliales ont été les plus fréquemment rencontrées, soit 758 patientes (94,51%), les lymphomes venaient en seconde position avec 29 cas (3, 62%), les autres variétés histologiques (sarcomes, tumeurs germinales, tumeurs du mésenchyme et du cordon) représentant moins chacune de 1%. Les tumeurs malignes des organes génitaux féminins sont fréquentes dans la région du littoral du Cameroun, elles sont dominées essentiellement par le cancer du col utérin. Les tumeurs épithéliales sont le type histologique le plus fréquent. PMID:26327953

  12. Tuberculose ostéoarticulaire (mal de Pott exclu): à propos de 120 cas à Abidjan

    PubMed Central

    Gbané-Koné, Mariam; Koné, Samba; Ouali, Boubacar; Djaha, Kouassi Jean -Mermoz; Akoli, Ekoya Ondzala; Nseng, Ingrid Nseng; Eti, Edmond; Daboiko, Jean Claude; Touré, Stanislas André; Kouakou, N'zué Marcel

    2015-01-01

    Introduction La tuberculose ostéoarticulaire (TOA) représente 2 à 5% de l'ensemble des tuberculoses. Elle demeure d'actualité surtout dans les pays à forte endémicité tuberculeuse. L'objectif était de déterminer la prévalence, les aspects topographiques, radiologiques de la TOA en milieu hospitalier ivoirien. Méthodes Les auteurs rapportent une expérience de 11 ans, à travers une étude rétrospective de 120 dossiers de patients atteints de la tuberculose ostéoarticulaire (le mal de Pott est exclu de cette étude). N'ont pas été inclus dans l’étude les dossiers ne comportant pas d'imagerie. Résultats L'atteinte extra vertébrale représentait 09,2% de la tuberculose ostéoarticulaire. Il s'agissait de 54 hommes et 66 femmes, l’âge moyen était de 43,13 ans. On notait 123 cas d'ostéoarthrites, et 8 cas d'ostéites des os plats. L'atteinte des membres inférieurs prédominait dans 91,87% des cas. La hanche était la première localisation (45,04%), suivie du genou (25,19%). Les atteintes étaient multifocales dans 20% des cas. L'atteinte osseuse était associée à une tuberculose pulmonaire dans 05,83% des cas. Des localisations inhabituelles ont été rapportées: poignet (n = 2), branches ischiopubiennes (n = 4), atteinte sternoclaviculaire (n = 4), médiopieds (n = 2). Les lésions radiologiques étaient avancées (stades III et IV) dans 55,73% des cas. A la TDM, la prévalence des abcès était de 77%. Un geste chirurgical a été réalisé sur 16 articulations (2 épaules, 13 genoux, une cheville). Conclusion La TOA des membres est peu fréquente contrairement à l'atteinte vertébrale. La hanche est la principale localisation. Le retard au diagnostic explique l’étendue des lésions anatomoradiologiques. PMID:26587129

  13. Engineering of temperature- and light-switchable Cas9 variants

    PubMed Central

    Richter, Florian; Fonfara, Ines; Bouazza, Boris; Schumacher, Charlotte Helene; Bratovič, Majda; Charpentier, Emmanuelle; Möglich, Andreas

    2016-01-01

    Sensory photoreceptors have enabled non-invasive and spatiotemporal control of numerous biological processes. Photoreceptor engineering has expanded the repertoire beyond natural receptors, but to date no generally applicable strategy exists towards constructing light-regulated protein actuators of arbitrary function. We hence explored whether the homodimeric Rhodobacter sphaeroides light-oxygen-voltage (LOV) domain (RsLOV) that dissociates upon blue-light exposure can confer light sensitivity onto effector proteins, via a mechanism of light-induced functional site release. We chose the RNA-guided programmable DNA endonuclease Cas9 as proof-of-principle effector, and constructed a comprehensive library of RsLOV inserted throughout the Cas9 protein. Screening with a high-throughput assay based on transcriptional repression in Escherichia coli yielded paRC9, a moderately light-activatable variant. As domain insertion can lead to protein destabilization, we also screened the library for temperature-sensitive variants and isolated tsRC9, a variant with robust activity at 29°C but negligible activity at 37°C. Biochemical assays confirmed temperature-dependent DNA cleavage and binding for tsRC9, but indicated that the light sensitivity of paRC9 is specific to the cellular setting. Using tsRC9, the first temperature-sensitive Cas9 variant, we demonstrate temperature-dependent transcriptional control over ectopic and endogenous genetic loci. Taken together, RsLOV can confer light sensitivity onto an unrelated effector; unexpectedly, the same LOV domain can also impart strong temperature sensitivity. PMID:27744350

  14. La maladie de Wilson chez l'enfant: à propos de 20 cas

    PubMed Central

    Idrissi, Mounia Lakhdar; Babakhoya, Abdeladim; Khabbache, Kawtar; Souilmi, Fatimzohra; Benmiloud, Sara; Abourrazak, Sanae; Chaouki, Sanae; Atmani, Samir; Bouharrou, Abdelhak; Hida, Moustapha

    2013-01-01

    La maladie de Wilson ou dégénérescence hépato-lenticulaire est une affection génétique autosomique récessive caractérisée par une accumulation toxique de cuivre dans l'organisme, essentiellement dans le foie, le système nerveux central et la cornée. L'objectif de ce travail était de soulever les difficultés diagnostiques et thérapeutiques dans la prise en charge de la maladie de Wilson dans notre contexte. Nous avons réalisé une étude rétrospective portant sur 20 cas de maladie de Wilson colligés au sein du service de pédiatrie du CHU HASSAN II de Fès sur une période de 7 ans et demi. Il s'agit de 13 garçons et 7 filles dont l’âge moyen est de 9 ans avec des extrêmes allant de 5 à 13 ans. La consanguinité est retrouvée chez 13 malades. Sur le plan clinique, l'ictère est noté dans 13 cas, un syndrome oedémateux est retrouvé dans 13 cas aussi et un syndrome hémorragique dans 6 cas. Les signes neurologiques sont présents dans 7cas. Trois enfants étaient asymptomatiques diagnostiqués à l'occasion d'un dépistage. Sur le plan biologique les signes d'insuffisance hépatocellulaire sont retrouvés chez 17 malades avec une cytolyse dans 8 cas. Une anémie hémolytique est retrouvée chez 8 malades (soit 40%). La céruléoplasminémie est abaissée chez 17 malades, la cuprurie réalisée chez 19 malades s'est révélée augmentée chez 17 soit 89,4%. L'anneau de Kayser- Fleischer est retrouvé chez 14 patients. L’échographie abdominale a montré des signes d'hypertension portale (HTP) sur foie de cirrhose chez 16 malades soit 80%. La D pénicillamine est instaurée chez 17 patients et trois sont mis sous sulfate de zinc. Trois malades ont bénéficié de la vitamine B6. L’évolution est favorable chez 11 malades avec un recul moyen de 3 ans. Nous déplorons 4 décès chez des malades ayant consulté au stade de cirrhose décompensé. Le pronostic de la maladie de Wilson dépend de la précocité du traitement. Le dépistage chez

  15. Technology Demonstration Summary. DuPont/Oberlin Microfiltration System. Palmerton, Pennsylvania (EPA/540/S5-90/007)

    EPA Science Inventory

    In April and May 1990, the U.S. Environmental Protection Agency (EPA), under the Superfund Innovative Technology Evaluation (SITE) program, demonstrated DuPont/Oberlin's microfiltration system at the Palmerton Zinc Superfund (PZS) site In Palmerton, Pennsylvania. The microfiltr...

  16. Evolution and classification of the CRISPR-Cas systems

    PubMed Central

    S. Makarova, Kira; H. Haft, Daniel; Barrangou, Rodolphe; J. J. Brouns, Stan; Charpentier, Emmanuelle; Horvath, Philippe; Moineau, Sylvain; J. M. Mojica, Francisco; I. Wolf, Yuri; Yakunin, Alexander F.; van der Oost, John; V. Koonin, Eugene

    2012-01-01

    The CRISPR–Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats–CRISPR-associated proteins) modules are adaptive immunity systems that are present in many archaea and bacteria. These defence systems are encoded by operons that have an extraordinarily diverse architecture and a high rate of evolution for both the cas genes and the unique spacer content. Here, we provide an updated analysis of the evolutionary relationships between CRISPR–Cas systems and Cas proteins. Three major types of CRISPR–Cas system are delineated, with a further division into several subtypes and a few chimeric variants. Given the complexity of the genomic architectures and the extremely dynamic evolution of the CRISPR–Cas systems, a unified classification of these systems should be based on multiple criteria. Accordingly, we propose a `polythetic' classification that integrates the phylogenies of the most common cas genes, the sequence and organization of the CRISPR repeats and the architecture of the CRISPR–cas loci. PMID:21552286

  17. SnapShot: Class 1 CRISPR-Cas Systems.

    PubMed

    Makarova, Kira S; Zhang, Feng; Koonin, Eugene V

    2017-02-23

    Class 1 CRISPR-Cas systems are characterized by effector modules consisting of multiple subunits. Class 1 systems comprise about 90% of all CRISPR-Cas loci identified in bacteria and archaea and can target both DNA and RNA.

  18. Traitement chirurgical d'une luxation palmaire carpo-métacarpienne à propos d'un cas

    PubMed Central

    El Alaoui, Adil; Sbiyaa, Mouhcine; Alami, Badr; Mezzani, Amine; Marzouki, Amine; Boutayeb, Fawzi

    2015-01-01

    Les luxations carpo-métacarpiennes sont des lésions rares, les auteurs rapportent un cas de luxation carpo-métacarpienne palmaire du cinquième doigt, traité en urgence par réduction et stabilisation par embrochage à foyer fermé. Une immobilisation postopératoire par une attelle intrinsèque plus a été réalisée pendant six semaines, avec une rééducation à partir de la quatrième semaine. Le résultat fonctionnel était satisfaisant. PMID:26889341

  19. Probing the structural dynamics of the CRISPR-Cas9 RNA-guided DNA-cleavage system by coarse-grained modeling.

    PubMed

    Zheng, Wenjun

    2017-02-01

    In the adaptive immune systems of many bacteria and archaea, the Cas9 endonuclease forms a complex with specific guide/scaffold RNA to identify and cleave complementary target sequences in foreign DNA. This DNA targeting machinery has been exploited in numerous applications of genome editing and transcription control. However, the molecular mechanism of the Cas9 system is still obscure. Recently, high-resolution structures have been solved for Cas9 in different structural forms (e.g., unbound forms, RNA-bound binary complexes, and RNA-DNA-bound tertiary complexes, corresponding to an inactive state, a pre-target-bound state, and a cleavage-competent or product state), which offered key structural insights to the Cas9 mechanism. To further probe the structural dynamics of Cas9 interacting with RNA and DNA at the amino-acid level of details, we have performed systematic coarse-grained modeling using an elastic network model and related analyses. Our normal mode analysis predicted a few key modes of collective motions that capture the observed conformational changes featuring large domain motions triggered by binding of RNA and DNA. Our flexibility analysis identified specific regions with high or low flexibility that coincide with key functional sites (such as DNA/RNA-binding sites, nuclease cleavage sites, and key hinges). We also identified a small set of hotspot residues that control the energetics of functional motions, which overlap with known functional sites and offer promising targets for future mutagenesis efforts to improve the specificity of Cas9. Finally, we modeled the conformational transitions of Cas9 from the unbound form to the binary complex and then the tertiary complex, and predicted a distinct sequence of domain motions. In sum, our findings have offered rich structural and dynamic details relevant to the Cas9 machinery, and will guide future investigation and engineering of the Cas9 systems. Proteins 2017; 85:342-353. © 2016 Wiley Periodicals

  20. CRISPR-Cas immunity in prokaryotes.

    PubMed

    Marraffini, Luciano A

    2015-10-01

    Prokaryotic organisms are threatened by a large array of viruses and have developed numerous defence strategies. Among these, only clustered, regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-Cas systems provide adaptive immunity against foreign elements. Upon viral injection, a small sequence of the viral genome, known as a spacer, is integrated into the CRISPR locus to immunize the host cell. Spacers are transcribed into small RNA guides that direct the cleavage of the viral DNA by Cas nucleases. Immunization through spacer acquisition enables a unique form of evolution whereby a population not only rapidly acquires resistance to its predators but also passes this resistance mechanism vertically to its progeny.

  1. Highly efficient Cas9-mediated transcriptional programming

    DOE PAGES

    Chavez, Alejandro; Scheiman, Jonathan; Vora, Suhani; ...

    2015-03-02

    The RNA-guided nuclease Cas9 can be reengineered as a programmable transcription factor. However, modest levels of gene activation have limited potential applications. Here we describe an improved transcriptional regulator through the rational design of a tripartite activator, VP64-p65-Rta (VPR), fused to nuclease-null Cas9. Here, we demonstrate its utility in activating endogenous coding and non-coding genes, targeting several genes simultaneously and stimulating neuronal differentiation of human induced pluripotent stem cells (iPSCs).

  2. Reconnaissance des Formes a L'aide du Filtre de Phase D'harmoniques Circulaires

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Leclerc, Luc

    Cette these porte sur l'etude d'une nouvelle generation de filtres fabriques a partir de la phase du filtre d'harmoniques circulaires (FHC). Il s'agit du FHC de phase (FHCP), du FHC de phase binaire (FHCPB) et du FHC binaire (FHCB) qui, tout en etant invariants par rapport a la position et a l'orientation des cibles, offrent une meilleure capacite de discrimination que le FHC. Nous presentons egalement le FHC de covariance (FHCC) et ses derives de phase, lesquels permettent d'accroi tre davantage la capacite de discrimination du FHC dans les cas ou les objets composants la scene sont tres semblables. La performance de chacun des filtres est evaluee au moyen de simulations sur ordinateur avant d'etre mesuree sur un correlateur optique. Le FHC, FHCP, FHCC et FHCCP sont encodes dans un hologramme genere par ordinateur tandis que les filtres binaires sont affiches sur un televiseur a cristaux liquides. Enfin, nous termions ce manuscrit en presentant le FHCB multiplexe qui permet de correler, en une seule operation, un objet et plusieurs FHC de differents ordres.

  3. Closure Report for Corrective Action Unit 396: Area 20 Spill Sites, Nevada Test Site, Nevada

    SciTech Connect

    U.S. Department of Energy, National Nuclear Security Administration Nevada Site Office; Bechtel Nevada

    2004-06-01

    Corrective Action Unit (CAU) 396, Area 20 Spill Sites, is located on the Nevada Test Site approximately 105 kilometers (65 miles) northwest of Las Vegas, Nevada. CAU 396 is listed in Appendix II of the Federal Facility Agreement and Consent Order of 1996 and consists of the following four Corrective Action Sites (CASs) located in Area 20 of the Nevada Test Site: CAS 20-25-01, Oil Spills (2); CAS 20-25-02, Oil Spills; CAS 20-25-03, Oil Spill; CAS 20-99-08, Spill. Closure activities for CAU 396 were conducted in accordance with the Federal Facility Agreement and Consent Order and the Nevada Division of Environmental Protection-approved Streamlined Approach for Environmental Restoration Plan for CAU 396.

  4. Le HELLP syndrome: à propos de 61 cas et revue de la littérature

    PubMed Central

    Mamouni, Nisrine; Bougern, Hakima; Derkaoui, Ali; Bendahou, Karima; Fakir, Samira; Bouchikhi, Chehrazad; Chaara, Hikmat; Banani, Abdelaziz; Abdelilah, Moulay Melhouf

    2012-01-01

    Introduction L’objectif de ce travail etait d’étudier et comparer les paramètres épidémiologiques, cliniques, paracliniques et évolutifs des patientes présentant un HELLP syndrome complet et incomplet. (Hemolysis, Elevated Liver enzymes, Low Platelets count). Méthodes Une enquête rétrospective sur la période du 1er janvier 2005 au 31octobre 2008 et incluant tous les cas de HELLP syndrome colligés au service de Gynécologie obstétrique du CHU HASSAN II de Fès, incluant toutes les patientes ayant présenté un HELLP syndrome. Les patientes ont été classées en deux groupes en fonction de la forme du HELLP syndrome (complète ou incomplète). Résultats 61 patientes ont été incluses, dont 29 ont présenté un HELLP syndrome complet (groupe 1) et 32 ont présenté une forme incomplète de ce syndrome (groupe 2). La moyenne d’âge était de 29,7 ± 7 ans pour le groupe 1 et de 28,5 ± 7 ans pour le groupe 2.La gestité moyenne était de 2,8, Pour le groupe 1et de 2,5 pour le groupe 2.Les complications maternelles ont été notées chez 68,9% des patientes avec HELLP complet et 53% avec HELLP incomplet. On a recensés trois cas de décès maternel dans le groupe HELLP complet contre aucun cas dans la forme incomplète. Conclusion D’après les résultats de notre étude, le HELLP complet n’expose pas les patientes à un risque plus élevé de complications maternelles que dans la forme incomplète. PMID:22514764

  5. Efficient Genome Editing in Clostridium cellulolyticum via CRISPR-Cas9 Nickase

    PubMed Central

    Xu, Tao; Li, Yongchao; Shi, Zhou; Hemme, Christopher L.; Li, Yuan; Zhu, Yonghua; Van Nostrand, Joy D.; He, Zhili

    2015-01-01

    The CRISPR-Cas9 system is a powerful and revolutionary genome-editing tool for eukaryotic genomes, but its use in bacterial genomes is very limited. Here, we investigated the use of the Streptococcus pyogenes CRISPR-Cas9 system in editing the genome of Clostridium cellulolyticum, a model microorganism for bioenergy research. Wild-type Cas9-induced double-strand breaks were lethal to C. cellulolyticum due to the minimal expression of nonhomologous end joining (NHEJ) components in this strain. To circumvent this lethality, Cas9 nickase was applied to develop a single-nick-triggered homologous recombination strategy, which allows precise one-step editing at intended genomic loci by transforming a single vector. This strategy has a high editing efficiency (>95%) even using short homologous arms (0.2 kb), is able to deliver foreign genes into the genome in a single step without a marker, enables precise editing even at two very similar target sites differing by two bases preceding the seed region, and has a very high target site density (median interval distance of 9 bp and 95.7% gene coverage in C. cellulolyticum). Together, these results establish a simple and robust methodology for genome editing in NHEJ-ineffective prokaryotes. PMID:25911483

  6. A dual function of the CRISPR-Cas system in bacterial antivirus immunity and DNA repair.

    PubMed

    Babu, Mohan; Beloglazova, Natalia; Flick, Robert; Graham, Chris; Skarina, Tatiana; Nocek, Boguslaw; Gagarinova, Alla; Pogoutse, Oxana; Brown, Greg; Binkowski, Andrew; Phanse, Sadhna; Joachimiak, Andrzej; Koonin, Eugene V; Savchenko, Alexei; Emili, Andrew; Greenblatt, Jack; Edwards, Aled M; Yakunin, Alexander F

    2011-01-01

    Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) and the associated proteins (Cas) comprise a system of adaptive immunity against viruses and plasmids in prokaryotes. Cas1 is a CRISPR-associated protein that is common to all CRISPR-containing prokaryotes but its function remains obscure. Here we show that the purified Cas1 protein of Escherichia coli (YgbT) exhibits nuclease activity against single-stranded and branched DNAs including Holliday junctions, replication forks and 5'-flaps. The crystal structure of YgbT and site-directed mutagenesis have revealed the potential active site. Genome-wide screens show that YgbT physically and genetically interacts with key components of DNA repair systems, including recB, recC and ruvB. Consistent with these findings, the ygbT deletion strain showed increased sensitivity to DNA damage and impaired chromosomal segregation. Similar phenotypes were observed in strains with deletion of CRISPR clusters, suggesting that the function of YgbT in repair involves interaction with the CRISPRs. These results show that YgbT belongs to a novel, structurally distinct family of nucleases acting on branched DNAs and suggest that, in addition to antiviral immunity, at least some components of the CRISPR-Cas system have a function in DNA repair.

  7. Genome editing in rice and wheat using the CRISPR/Cas system.

    PubMed

    Shan, Qiwei; Wang, Yanpeng; Li, Jun; Gao, Caixia

    2014-10-01

    Targeted genome editing nucleases, such as zinc-finger nucleases (ZFNs) and transcription activator-like effector nucleases (TALENs), are powerful tools for understanding gene function and for developing valuable new traits in plants. The clustered regularly interspersed short palindromic repeats (CRISPR)/Cas system has recently emerged as an alternative nuclease-based method for efficient and versatile genome engineering. In this system, only the 20-nt targeting sequence within the single-guide RNA (sgRNA) needs to be changed to target different genes. The simplicity of the cloning strategy and the few limitations on potential target sites make the CRISPR/Cas system very appealing. Here we describe a stepwise protocol for the selection of target sites, as well as the design, construction, verification and use of sgRNAs for sequence-specific CRISPR/Cas-mediated mutagenesis and gene targeting in rice and wheat. The CRISPR/Cas system provides a straightforward method for rapid gene targeting within 1-2 weeks in protoplasts, and mutated rice plants can be generated within 13-17 weeks.

  8. Les retractions cervicales post-brulure - a propos de 49 cas et revue de la litterature

    PubMed Central

    Elamrani, D.; Zahid, A.; Aboujaafr, N.; Diouri, M.; Bahechar, N.; Boukind, E.H.

    2011-01-01

    Summary Les brides cervicales post-brûlure sont la conséquence de brûlures profondes, souvent négligées ou mal prises en charge. Elles affectent la fonction, l’esthétique et l’état psychologique des patients et peuvent être de traitement difficile. A partir d’une étude rétrospective étalée sur une période de six ans (janvier 2002-janvier 2008), nous avons analysé les caractéristiques épidémiologiques et cliniques ainsi que les indications et les résultats thérapeutiques chez 49 patients présentant des brides cervicales post-brûlure, suivis au Centre National des Brûlés et de Chirurgie Plastique de Casablanca. L’enfant et l’adulte jeune sont les plus touchés, avec une légère prédominance féminine (59,2%). Les brûlures domestiques sont les plus fréquentes (93,9%) et l’étiologie de l’accident est dominée par la brûlure thermique (98,0%). Les brides cervicales modérées et sévères (selon la classification d’Achauer) sont les plus fréquentes et représentent respectivement 30,6% et 38,8% des cas. Le traitement chirurgical a fait appel aux greffes cutanées dans 67,3% des cas, aux plasties locales dans 24,5% des cas et aux lambeaux dans 8,2% des cas. Chez les 47 patients suivis à long terme, les résultats fonctionnels et esthétiques sont jugés bons dans 83,0% des cas et moyens dans 8,5% des cas, tandis que les cas restants (8,5%) ont nécessité une reprise chirurgicale. Sur le plan épidémiologique (âge, sexe, caractéristiques de la brûlure) et clinique (localisation des séquelles, formes cliniques), les résultats de notre série sont comparables aux données de la littérature. Le rôle de la prise en charge initiale (excision-greffe précoce, pressothérapie et immobilisation par minerve) dans la réduction de l’incidence et de la sévérité des séquelles de brûlures cervicales est prouvé. Lorsqu’un traitement chirurgical est indiqué, le choix du procédé de réparation dépend essentiellement de

  9. A Robust CRISPR/Cas9 System for Convenient, High-Efficiency Multiplex Genome Editing in Monocot and Dicot Plants.

    PubMed

    Ma, Xingliang; Zhang, Qunyu; Zhu, Qinlong; Liu, Wei; Chen, Yan; Qiu, Rong; Wang, Bin; Yang, Zhongfang; Li, Heying; Lin, Yuru; Xie, Yongyao; Shen, Rongxin; Chen, Shuifu; Wang, Zhi; Chen, Yuanling; Guo, Jingxin; Chen, Letian; Zhao, Xiucai; Dong, Zhicheng; Liu, Yao-Guang

    2015-08-01

    CRISPR/Cas9 genome targeting systems have been applied to a variety of species. However, most CRISPR/Cas9 systems reported for plants can only modify one or a few target sites. Here, we report a robust CRISPR/Cas9 vector system, utilizing a plant codon optimized Cas9 gene, for convenient and high-efficiency multiplex genome editing in monocot and dicot plants. We designed PCR-based procedures to rapidly generate multiple sgRNA expression cassettes, which can be assembled into the binary CRISPR/Cas9 vectors in one round of cloning by Golden Gate ligation or Gibson Assembly. With this system, we edited 46 target sites in rice with an average 85.4% rate of mutation, mostly in biallelic and homozygous status. We reasoned that about 16% of the homozygous mutations in rice were generated through the non-homologous end-joining mechanism followed by homologous recombination-based repair. We also obtained uniform biallelic, heterozygous, homozygous, and chimeric mutations in Arabidopsis T1 plants. The targeted mutations in both rice and Arabidopsis were heritable. We provide examples of loss-of-function gene mutations in T0 rice and T1 Arabidopsis plants by simultaneous targeting of multiple (up to eight) members of a gene family, multiple genes in a biosynthetic pathway, or multiple sites in a single gene. This system has provided a versatile toolbox for studying functions of multiple genes and gene families in plants for basic research and genetic improvement.

  10. The CRISPR/Cas9 system for gene editing and its potential application in pain research

    PubMed Central

    Sun, Linlin; Lutz, Brianna Marie; Tao, Yuan-Xiang

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas9 system is a research hotspot in genome editing and regulation. Currently, it is used in genomic silencing and knock-in experiments as well as transcriptional activation and repression. This versatile system consists of two components: a guide RNA (gRNA) and a Cas9 nuclease. Recognition of a genomic DNA target is mediated through base pairing with a 20-base gRNA. The latter further recruits the Cas9 endonuclease protein to the target site and creates double-stranded breaks in the target DNA. Compared with traditional genome editing directed by DNA-binding protein domains, this short RNA-directed Cas9 endonuclease system is simple and easily programmable. Although this system may have off-target effects and in vivo delivery and immune challenges, researchers have employed this system in vivo to establish disease models, study specific gene functions under certain disease conditions, and correct genomic information for disease treatment. In regards to pain research, the CRISPR/Cas9 system may act as a novel tool in gene correction therapy for pain-associated hereditary diseases and may be a new approach for RNA-guided transcriptional activation or repression of pain-related genes. In addition, this system is also applied to loss-of-function mutations in pain-related genes and knockin of reporter genes or loxP tags at pain-related genomic loci. The CRISPR/Cas9 system will likely be carried out widely in both bench work and clinical settings in the pain field. PMID:27500183

  11. Malakoplakie pseudotumorale du sein

    PubMed Central

    Elktaibi, Abderrahim; Elochi, Mohamed Reda; Sinaa, Mohamed; Allaoui, Mohamed; Alami, Yassir; Amrani, Mariam

    2015-01-01

    La malakoplakie est une maladie inflammatoire granulomateuse chronique, qui affecte généralement le tractus génito-urinaire et exceptionnellement la glande mammaire. Il faut savoir évoquer ce diagnostic devant une mastite pseudotumorale. Sa définition est anatomopathologique. Nous rapportons un cas inhabituel de malakoplakie mammaire chez une patiente ayant des antécédents de tuberculose. L'imagerie était en faveur d'une mastite carcinomateuse. L'analyse histologique de la biopsie mammaire révélait une inflammation granulomateuse faite d'histiocytes renfermant des granulations pathognomoniques de Michaelis-Gutmann. La patiente était mise sous traitement médical à base de ciprofloxacine avec bonne évolution clinique et radiologique après un recul d'un mois. PMID:26491530

  12. Kyste hydatique de la rate: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Oumar, Touré Alpha; Ibrahima, Kâ; Sitor, Sarr Ibrahima; Mamadou, Cissé; Ibrahima, Konaté; Ousmane, Kâ; Madieng, Dieng; Abdarahmane, Dia; Tidiane, Touré Cheikh

    2013-01-01

    Le kyste hydatique de la rate est une affection rare en Afrique sub-saharienne. Il arrive en 3ème position après celui du foie et du poumon. Le traitement est essentiellement chirurgical en dehors d'un traitement médical ayant prouvé son efficacité. Nous rapportons le 1er cas pris en charge au Service de Chirurgie Générale du CHU Le Dantec à Dakar. Il s'agit d'un patient de 33 ans, originaire de Mauritanie, sans antécédent particulier qui nous a été adressé pour prise en charge d'un kyste splénique de découverte fortuite à l’échographie lors d'un bilan de routine avec sérologie hydatique positive à Eccinochoccus granulosa. L'examen clinique était sans particularité. La biologie retrouvait une thrombopénie à 88000 plaquettes/mm3. Le scanner montrait des kystes spléniques avec calcifications occupant plus de la moitié du parenchyme splénique. Il a bénéficié d'une splénectomie totale dont les suites ont été simples. Aucune particularité n’était notée après un suivi d'un an. Le kyste hydatique splénique est rare. Le traitement est chirurgical qu'il soit radical ou conservateur avec de bons résultats. PMID:23717708

  13. MISSA 2.0: an updated synthetic biology toolbox for assembly of orthogonal CRISPR/Cas systems.

    PubMed

    Zhang, Hai-Yan; Wang, Xing-Hui; Dong, Li; Wang, Zhi-Ping; Liu, Bing; Lv, Jie; Xing, Hui-Li; Han, Chun-Yan; Wang, Xue-Chen; Chen, Qi-Jun

    2017-02-03

    Efficient generation of plants carrying mutations in multiple genes remains a challenge. Using two or more orthogonal CRISPR/Cas systems can generate plants with multi-gene mutations, but assembly of these systems requires a robust, high-capacity toolkit. Here, we describe MISSA 2.0 (multiple-round in vivo site-specific assembly 2.0), an extensively updated toolkit for assembly of two or more CRISPR/Cas systems. We developed a novel suicide donor vector system based on plasmid RK2, which has much higher cloning capacity than the original, plasmid R6K-based system. We validated the utility of MISSA 2.0 by assembling multiple DNA fragments into the E. coli chromosome, and by creating transgenic Arabidopsis thaliana that constitutively or inducibly overexpress multiple genes. We then demonstrated that the higher cloning capacity of the RK2-derived MISSA 2.0 donor vectors facilitated the assembly of two orthogonal CRISPR/Cas systems including SpCas9 and SaCas9, and thus facilitated the creation of transgenic lines harboring these systems. We anticipate that MISSA 2.0 will enable substantial advancements in multiplex genome editing based on two or more orthogonal CRISPR/Cas9 systems, as well as in plant synthetic biology.

  14. Non-Mendelian Dominant Maternal Effects Caused by CRISPR/Cas9 Transgenic Components in Drosophila melanogaster

    PubMed Central

    Lin, Chun-Chieh; Potter, Christopher J.

    2016-01-01

    The CRISPR/Cas9 system has revolutionized genomic editing. The Cas9 endonuclease targets DNA via an experimentally determined guide RNA (gRNA). This results in a double-strand break at the target site . We generated transgenic Drosophila melanogaster in which the CRISPR/Cas9 system was used to target a GAL4 transgene in vivo. To our surprise, progeny whose genomes did not contain CRISPR/Cas9 components were still capable of mutating GAL4 sequences. We demonstrate this effect was caused by maternal deposition of Cas9 and gRNAs into the embryo, leading to extensive GAL4 mutations in both somatic and germline tissues. This serves as a cautionary observation on the effects of maternal contributions when conducting experiments using genomically encoded CRISPR/Cas9 components. These results also highlight a mode of artificial inheritance in which maternal contributions of DNA editing components lead to transmissible mutant defects even in animals whose genomes lack the editing components. We suggest calling this a dominant maternal effect to reflect it is caused by the gain of maternally contributed products. Models of CRISPR-mediated gene drive will need to incorporate dominant maternal effects in order to accurately predict the efficiency and dynamics of gene drive in a population. PMID:27638686

  15. Use of the CRISPR/Cas9 system as an intracellular defense against HIV-1 infection in human cells.

    PubMed

    Liao, Hsin-Kai; Gu, Ying; Diaz, Arturo; Marlett, John; Takahashi, Yuta; Li, Mo; Suzuki, Keiichiro; Xu, Ruo; Hishida, Tomoaki; Chang, Chan-Jung; Esteban, Concepcion Rodriguez; Young, John; Izpisua Belmonte, Juan Carlos

    2015-03-10

    To combat hostile viruses, bacteria and archaea have evolved a unique antiviral defense system composed of clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs), together with CRISPR-associated genes (Cas). The CRISPR/Cas9 system develops an adaptive immune resistance to foreign plasmids and viruses by creating site-specific DNA double-stranded breaks (DSBs). Here we adapt the CRISPR/Cas9 system to human cells for intracellular defense against foreign DNA and viruses. Using HIV-1 infection as a model, our results demonstrate that the CRISPR/Cas9 system disrupts latently integrated viral genome and provides long-term adaptive defense against new viral infection, expression and replication in human cells. We show that engineered human-induced pluripotent stem cells stably expressing HIV-targeted CRISPR/Cas9 can be efficiently differentiated into HIV reservoir cell types and maintain their resistance to HIV-1 challenge. These results unveil the potential of the CRISPR/Cas9 system as a new therapeutic strategy against viral infections.

  16. MISSA 2.0: an updated synthetic biology toolbox for assembly of orthogonal CRISPR/Cas systems

    PubMed Central

    Zhang, Hai-Yan; Wang, Xing-Hui; Dong, Li; Wang, Zhi-Ping; Liu, Bing; Lv, Jie; Xing, Hui-Li; Han, Chun-Yan; Wang, Xue-Chen; Chen, Qi-Jun

    2017-01-01

    Efficient generation of plants carrying mutations in multiple genes remains a challenge. Using two or more orthogonal CRISPR/Cas systems can generate plants with multi-gene mutations, but assembly of these systems requires a robust, high-capacity toolkit. Here, we describe MISSA 2.0 (multiple-round in vivo site-specific assembly 2.0), an extensively updated toolkit for assembly of two or more CRISPR/Cas systems. We developed a novel suicide donor vector system based on plasmid RK2, which has much higher cloning capacity than the original, plasmid R6K-based system. We validated the utility of MISSA 2.0 by assembling multiple DNA fragments into the E. coli chromosome, and by creating transgenic Arabidopsis thaliana that constitutively or inducibly overexpress multiple genes. We then demonstrated that the higher cloning capacity of the RK2-derived MISSA 2.0 donor vectors facilitated the assembly of two orthogonal CRISPR/Cas systems including SpCas9 and SaCas9, and thus facilitated the creation of transgenic lines harboring these systems. We anticipate that MISSA 2.0 will enable substantial advancements in multiplex genome editing based on two or more orthogonal CRISPR/Cas9 systems, as well as in plant synthetic biology. PMID:28155921

  17. Interference-driven spacer acquisition is dominant over naive and primed adaptation in a native CRISPR–Cas system

    PubMed Central

    Staals, Raymond H. J.; Jackson, Simon A.; Biswas, Ambarish; Brouns, Stan J. J.; Brown, Chris M.; Fineran, Peter C.

    2016-01-01

    CRISPR–Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against foreign nucleic acids by acquiring short, invader-derived sequences called spacers. Here, we use high-throughput sequencing to analyse millions of spacer acquisition events in wild-type populations of Pectobacterium atrosepticum. Plasmids not previously encountered, or plasmids that had escaped CRISPR–Cas targeting via point mutation, are used to provoke naive or primed spacer acquisition, respectively. The origin, location and order of spacer acquisition show that spacer selection through priming initiates near the site of CRISPR–Cas recognition (the protospacer), but on the displaced strand, and is consistent with 3′–5′ translocation of the Cas1:Cas2-3 acquisition machinery. Newly acquired spacers determine the location and strand specificity of subsequent spacers and demonstrate that interference-driven spacer acquisition (‘targeted acquisition') is a major contributor to adaptation in type I-F CRISPR–Cas systems. Finally, we show that acquisition of self-targeting spacers is occurring at a constant rate in wild-type cells and can be triggered by foreign DNA with similarity to the bacterial chromosome. PMID:27694798

  18. L'ostéome ostéoïde: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Wakrim, Soukaina; Siwane, Abdellatif; Traore, Ousmane; Lezar, Samira; Essodegui, Fatiha

    2016-01-01

    L'ostéome ostéoïde est une tumeur osseuse primitive bénigne. Cette tumeur est relativement fréquente, représente 12% de l'ensemble des tumeurs osseuses bénignes et environ 2 à 3% de l'ensemble des tumeurs osseuses. Nous rapportons un nouveau cas d'ostéome ostéoïde confirmé histologiquement. Il s'agissait d'une patiente âgée de 30 ans adressé pour des douleurs chroniques de la cheville. Les radiographies de la cheville face et profil mettent en évidence une plage hétérogène en regard du col du talus sans anomalies des parties molles. La TDM de la cheville a montré la présence d'une lésion nodulaire hypodense au niveau du col du talus avec une réaction ostéosclérotique peu importante. PMID:27642470

  19. CLOSURE REPORT FOR CORRECTIVE ACTION UNIT 204: STORAGE BUNKERS, NEVADA TEST SITE, NEVADA

    SciTech Connect

    2006-04-01

    Corrective Action Unit (CAU) 330 consists of four Corrective Action Sites (CASs) located in Areas 6, 22, and 23 of the Nevada Test Site (NTS). The unit is listed in the Federal Facility Agreement and Consent Order (FFACO, 1996) as CAU 330: Areas 6, 22, and 23 Tanks and Spill Sites. CAU 330 consists of the following CASs: CAS 06-02-04, Underground Storage Tank (UST) and Piping CAS 22-99-06, Fuel Spill CAS 23-01-02, Large Aboveground Storage Tank (AST) Farm CAS 23-25-05, Asphalt Oil Spill/Tar Release

  20. Boosting plant immunity with CRISPR/Cas.

    PubMed

    Chaparro-Garcia, Angela; Kamoun, Sophien; Nekrasov, Vladimir

    2015-11-19

    CRISPR/Cas has recently been transferred to plants to make them resistant to geminiviruses, a damaging family of DNA viruses. We discuss the potential and the limitations of this method.See related Research: http://www.genomebiology.com/2015/16/1/238.

  1. Using the CAS Standards in Assessment Projects

    ERIC Educational Resources Information Center

    Dean, Laura A.

    2013-01-01

    This chapter provides an overview of the use of professional standards of practice in assessment and of the Council for the Advancement of Standards in Higher Education (CAS). It outlines a model for conducting program self-studies and discusses the importance of implementing change based on assessment results.

  2. Effects of Using a Computer Algebra System (CAS) on Junior College Students' Attitudes towards CAS and Achievement in Mathematics

    ERIC Educational Resources Information Center

    Leng, Ng Wee; Choo, Kwee Tiow; Soon, Lau Hock; Yi-Huak, Koh; Sun, Yap Yew

    2005-01-01

    This study examines the effects of using Texas Instruments' Voyage 200 calculator (V200), a graphing calculator with a built-in computer algebra system (CAS), on attitudes towards CAS and achievement in mathematics of junior college students (17 year olds). Students' attitudes towards CAS were examined using a 40-item Likert-type instrument…

  3. Structural plasticity and in vivo activity of Cas1 from the type I-F CRISPR-Cas system.

    PubMed

    Wilkinson, Max E; Nakatani, Yoshio; Staals, Raymond H J; Kieper, Sebastian N; Opel-Reading, Helen K; McKenzie, Rebecca E; Fineran, Peter C; Krause, Kurt L

    2016-04-15

    CRISPR-Cas systems are adaptive immune systems in prokaryotes that provide protection against viruses and other foreign DNA. In the adaptation stage, foreign DNA is integrated into CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) arrays as new spacers. These spacers are used in the interference stage to guide effector CRISPR associated (Cas) protein(s) to target complementary foreign invading DNA. Cas1 is the integrase enzyme that is central to the catalysis of spacer integration. There are many diverse types of CRISPR-Cas systems, including type I-F systems, which are typified by a unique Cas1-Cas2-3 adaptation complex. In the present study we characterize the Cas1 protein of the potato phytopathogen Pectobacterium atrosepticum, an important model organism for understanding spacer acquisition in type I-F CRISPR-Cas systems. We demonstrate by mutagenesis that Cas1 is essential for adaptation in vivo and requires a conserved aspartic acid residue. By X-ray crystallography, we show that although P. atrosepticum Cas1 adopts a fold conserved among other Cas1 proteins, it possesses remarkable asymmetry as a result of structural plasticity. In particular, we resolve for the first time a flexible, asymmetric loop that may be unique to type I-F Cas1 proteins, and we discuss the implications of these structural features for DNA binding and enzymatic activity.

  4. CasHRA (Cas9-facilitated Homologous Recombination Assembly) method of constructing megabase-sized DNA

    PubMed Central

    Zhou, Jianting; Wu, Ronghai; Xue, Xiaoli; Qin, Zhongjun

    2016-01-01

    Current DNA assembly methods for preparing highly purified linear subassemblies require complex and time-consuming in vitro manipulations that hinder their ability to construct megabase-sized DNAs (e.g. synthetic genomes). We have developed a new method designated ‘CasHRA (Cas9-facilitated Homologous Recombination Assembly)’ that directly uses large circular DNAs in a one-step in vivo assembly process. The large circular DNAs are co-introduced into Saccharomyces cerevisiae by protoplast fusion, and they are cleaved by RNA-guided Cas9 nuclease to release the linear DNA segments for subsequent assembly by the endogenous homologous recombination system. The CasHRA method allows efficient assembly of multiple large DNA segments in vivo; thus, this approach should be useful in the last stage of genome construction. As a proof of concept, we combined CasHRA with an upstream assembly method (Gibson procedure of genome assembly) and successfully constructed a 1.03 Mb MGE-syn1.0 (Minimal Genome of Escherichia coli) that contained 449 essential genes and 267 important growth genes. We expect that CasHRA will be widely used in megabase-sized genome constructions. PMID:27220470

  5. Corrective Action Investigation Plan for Corrective Action Unit 137: Waste Disposal Sites, Nevada Test Site, Nevada, Rev. No.:0

    SciTech Connect

    Wickline, Alfred

    2005-12-01

    This Corrective Action Investigation Plan (CAIP) contains project-specific information including facility descriptions, environmental sample collection objectives, and criteria for conducting site investigation activities at Corrective Action Unit (CAU) 137: Waste Disposal Sites. This CAIP has been developed in accordance with the ''Federal Facility Agreement and Consent Order'' (FFACO) (1996) that was agreed to by the State of Nevada, the U.S. Department of Energy (DOE), and the U.S. Department of Defense. Corrective Action Unit 137 contains sites that are located in Areas 1, 3, 7, 9, and 12 of the Nevada Test Site (NTS), which is approximately 65 miles (mi) northwest of Las Vegas, Nevada (Figure 1-1). Corrective Action Unit 137 is comprised of the eight corrective action sites (CASs) shown on Figure 1-1 and listed below: (1) CAS 01-08-01, Waste Disposal Site; (2) CAS 03-23-01, Waste Disposal Site; (3) CAS 03-23-07, Radioactive Waste Disposal Site; (4) CAS 03-99-15, Waste Disposal Site; (5) CAS 07-23-02, Radioactive Waste Disposal Site; (6) CAS 09-23-07, Radioactive Waste Disposal Site; (7) CAS 12-08-01, Waste Disposal Site; and (8) CAS 12-23-07, Waste Disposal Site. The Corrective Action Investigation (CAI) will include field inspections, radiological surveys, geophysical surveys, sampling of environmental media, analysis of samples, and assessment of investigation results, where appropriate. Data will be obtained to support corrective action alternative evaluations and waste management decisions. The CASs in CAU 137 are being investigated because hazardous and/or radioactive constituents may be present in concentrations that could potentially pose a threat to human health and the environment. Existing information on the nature and extent of potential contamination is insufficient to evaluate and recommend corrective action alternatives for the CASs. Additional information will be generated by conducting a CAI before evaluating and selecting corrective action

  6. Controlling UCAVs by JTACs in CAS missions

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Kumaş, A. E.

    2014-06-01

    By means of evolving technology, capabilities of UAVs (Unmanned Aerial Vehicle)s are increasing rapidly. This development provides UAVs to be used in many different areas. One of these areas is CAS (Close Air Support) mission. UAVs have several advantages compared to manned aircraft, however there are also some problematic areas. The remote controlling of these vehicles from thousands of nautical miles away via satellite may lead to various problems both ethical and tactical aspects. Therefore, CAS missions require a good level of ALI (Air-Land Integration), a high SA (situational awareness) and precision engagement. In fact, there is an aware friendly element in the target area in CAS missions, unlike the other UAV operations. This element is an Airman called JTAC (Joint Terminal Attack Controller). Unlike the JTAC, UAV operators are too far away from target area and use the limited FOV (Field of View) provided by camera and some other sensor data. In this study, target area situational awareness of a UAV operator and a JTAC, in a high-risk mission for friendly ground forces and civilians such as CAS, are compared. As a result of this comparison, answer to the question who should control the UCAV (Unmanned Combat Aerial Vehicle) in which circumstances is sought. A literature review is made in UAV and CAS fields and recent air operations are examined. The control of UCAV by the JTAC is assessed by SWOT analysis and as a result it is deduced that both control methods can be used in different situations within the framework of the ROE (Rules Of Engagement) is reached.

  7. Quels agents incriminés dans les mycoses du pied ? Enquête auprès des diabétiques consultant au CHU Mohammed VI de Marrakech

    PubMed Central

    Chegour, Hakima; El Ansari, Nawal; El Mghari, Ghizlane; Tali, Abdelali; Zoughaghi, Laila; Sebbani, Majda; Amine, Mohamed

    2014-01-01

    Les infections mycosiques du pied constituent un motif fréquent de consultation chez les diabétiques, le diabète constituant à la fois un facteur favorisant et aggravant les lésions cutanéomuqueuses. L'objectif de ce travail était d'identifier la flore mycologique locale responsable des lésions du pied chez le diabétique et déterminer les facteurs favorisant la survenue de mycoses. Il s'agissait d'une étude transversale intéressant des diabétiques suivis en consultation; un prélèvement mycologique, avec examen direct et culture, a été réalisé devant toute suspicion clinique de lésion mycosique. Quatre-vingt-deux patients ont été inclus. L'hémoglobine glycosylée moyenne a été de9,2% ± 2,23. Un intertrigo inter orteil a été noté dans 90,2% des cas; l'examen mycologique était positif dans 64,8% des cas, avec 18 cas de Trichophyton rubrum et 11 cas de Candida albicans. Une atteinte unguéale a été suspectée chez 65,9% patients; la culture a mis en évidence un Trichosporon pathogène chez sept patients, un Candida albicansdans six cas, un Trichophyton rubrum dans quatre cas, avec trois cas de Trichophyton mentagrophytes et deux cas de Scytalidium dimidiatum. L’étude analytique, après confirmation mycologique, en fonction des principales caractéristiques des patients a montré que l'atteinte mycosique du pied est significativement corrélée au déséquilibre glycémique. Ce travail a montré la prédominance du Trichophyton rubrum dans les lésions d'intertrigo inter orteil et du Trichosporon dans les onychomycoses, avec une prédominance globale plus globale plus élevée du TR. PMID:25170372

  8. Bacterial CRISPR/Cas DNA endonucleases: A revolutionary technology that could dramatically impact viral research and treatment.

    PubMed

    Kennedy, Edward M; Cullen, Bryan R

    2015-05-01

    CRISPR/Cas systems mediate bacterial adaptive immune responses that evolved to protect bacteria from bacteriophage and other horizontally transmitted genetic elements. Several CRISPR/Cas systems exist but the simplest variant, referred to as Type II, has a single effector DNA endonuclease, called Cas9, which is guided to its viral DNA target by two small RNAs, the crRNA and the tracrRNA. Initial efforts to adapt the CRISPR/Cas system for DNA editing in mammalian cells, which focused on the Cas9 protein from Streptococcus pyogenes (Spy), demonstrated that Spy Cas9 can be directed to DNA targets in mammalian cells by tracrRNA:crRNA fusion transcripts called single guide RNAs (sgRNA). Upon binding, Cas9 induces DNA cleavage leading to mutagenesis as a result of error prone non-homologous end joining (NHEJ). Recently, the Spy Cas9 system has been adapted for high throughput screening of genes in human cells for their relevance to a particular phenotype and, more generally, for the targeted inactivation of specific genes, in cell lines and in vivo in a number of model organisms. The latter aim seems likely to be greatly enhanced by the recent development of Cas9 proteins from bacterial species such as Neisseria meningitidis and Staphyloccus aureus that are small enough to be expressed using adeno-associated (AAV)-based vectors that can be readily prepared at very high titers. The evolving Cas9-based DNA editing systems therefore appear likely to not only impact virology by allowing researchers to screen for human genes that affect the replication of pathogenic human viruses of all types but also to derive clonal human cell lines that lack individual gene products that either facilitate or restrict viral replication. Moreover, high titer AAV-based vectors offer the possibility of directly targeting DNA viruses that infect discrete sites in the human body, such as herpes simplex virus and hepatitis B virus, with the hope that the entire population of viral DNA genomes

  9. Bacterial CRISPR/Cas DNA endonucleases: A revolutionary technology that could dramatically impact viral research and treatment

    PubMed Central

    Kennedy, Edward M.; Cullen, Bryan R.

    2015-01-01

    CRISPR/Cas systems mediate bacterial adaptive immune responses that evolved to protect bacteria from bacteriophage and other horizontally transmitted genetic elements. Several CRISPR/Cas systems exist but the simplest variant, referred to as Type II, has a single effector DNA endonuclease, called Cas9, which is guided to its viral DNA target by two small RNAs, the crRNA and the tracrRNA. Initial efforts to adapt the CRISPR/Cas system for DNA editing in mammalian cells, which focused on the Cas9 protein from Streptococcus pyogenes (Spy), demonstrated that Spy Cas9 can be directed to DNA targets in mammalian cells by tracrRNA:crRNA fusion transcripts called single guide RNAs (sgRNA). Upon binding, Cas9 induces DNA cleavage leading to mutagenesis as a result of error prone non-homologous end joining (NHEJ). Recently, the Spy Cas9 system has been adapted for high throughput screening of genes in human cells for their relevance to a particular phenotype and, more generally, for the targeted inactivation of specific genes, in cell lines and in vivo in a number of model organisms. The latter aim seems likely to be greatly enhanced by the recent development of Cas9 proteins from bacterial species such as Neisseria meningitidis and Staphyloccus aureus that are small enough to be expressed using adeno-associated (AAV)-based vectors that can be readily prepared at very high titers. The evolving Cas9-based DNA editing systems therefore appear likely to not only impact virology by allowing researchers to screen for human genes that affect the replication of pathogenic human viruses of all types but also to derive clonal human cell lines that lack individual gene products that either facilitate or restrict viral replication. Moreover, high titer AAV-based vectors offer the possibility of directly targeting DNA viruses that infect discrete sites in the human body, such as herpes simplex virus and hepatitis B virus, with the hope that the entire population of viral DNA genomes

  10. In vivo genome editing using Staphylococcus aureus Cas9

    PubMed Central

    Ran, F. Ann; Cong, Le; Yan, Winston X.; Scott, David A.; Gootenberg, Jonathan S.; Kriz, Andrea J.; Zetsche, Bernd; Shalem, Ophir; Wu, Xuebing; Makarova, Kira S.; Koonin, Eugene; Sharp, Phillip A.; Zhang, Feng

    2015-01-01

    The RNA-guided endonuclease Cas9 has emerged as a versatile genome-editing platform. However, the size of the commonly used Cas9 from Streptococcus pyogenes (SpCas9) limits its utility for basic research and therapeutic applications that employ the highly versatile adeno-associated virus (AAV) delivery vehicle. Here, we characterize six smaller Cas9 orthologs and show that Cas9 from Staphylococcus aureus (SaCas9) can edit the genome with efficiencies similar to those of SpCas9, while being >1kb shorter. We packaged SaCas9 and its sgRNA expression cassette into a single AAV vector and targeted the cholesterol regulatory gene Pcsk9 in the mouse liver. Within one week of injection, we observed >40% gene modification, accompanied by significant reductions in serum Pcsk9 and total cholesterol levels. We further demonstrate the power of using BLESS to assess the genome-wide targeting specificity of SaCas9 and SpCas9, and show that SaCas9 can mediate genome editing in vivo with high specificity. PMID:25830891

  11. Dacryoadenite tuberculeuse bilatérale: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Rezzoug, Bekkay; Tzili, Nazih; Ali, Hassan; Elyamouni, Oubaida; El Khaoua, Mahfoud; Elorch, Hamza; El Hlimi, Redouane; El Hassan, Abdallah; Berraho, Amina

    2015-01-01

    La dacryoadénite tuberculeuse est une inflammation rare de la glande lacrymale causé par le bacille Mycobacterium tuberculosis. Elle pose un problème étiopathogénique et diagnostique. Nous rapportons dans cette observation le cas d'une dacryoadénite tuberculeuse bilatérale chez un jeune homme Marocain de 34 ans ayant présenté une tuberculose ganglionnaire et du cavum il y à 14 ans, ayant été confirmé par l'examen anatomopathologique. La tuberculose reste un diagnostic qui doit être toujours évoqué même dans les atteinte bilatérale surtout si il y a un antécédent personnel ou familiale positif de tuberculose. Le pronostic de cette affection est devenu favorable grâce au traitement antibacillaire précoce. PMID:26015846

  12. Tumeur fibreuse solitaire parautérine: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Slimani, Olfa; Belghith, Cyrine; Saoudi, Sarrah; Tahar, Makhlouf; Temim, Riadh Ben; Mathlouthi, Nabil; Attia, Leila

    2016-01-01

    Les tumeurs fibreuses solitaires du tractus génital féminin sont extrêmement rares. Nous rapportons le cas d’une patiente âgée de 78 ans qui a présenté une masse pelvienne. L’exploration chirurgicale a montré une tumeur parautérine. L’examen anatomopathologique a conclu à une tumeur fibreuse solitaire avec des signes de malignité. Les suites ont été marquées par le décès de la patiente. Il est important de connaître ces tumeurs dont l’évolution peut être péjorative. Un suivi au long cours doit être recommandé pour les tumeurs résécables. PMID:28292142

  13. La néphrotoxicite secondaire à l'hyperbilribinemie: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Jomni, Med Taieb; Largueche, Mouna; Kaab, Badreddine Ben; Abdelaal, Imen; Bellakhal, Syrine; Douggui, Med Hédi

    2015-01-01

    L'hyperbilirubinémie à des taux élevés est nephrotoxique par divers mécanismes allant de la tubulopathie proximale aux dépôts massifs de bilirubine. Cette entité bien que décrite depuis le début du vingtième siècle est souvent méconnue dans la littérature moderne. Nous rapportons le cas d'un patient présentant une cirrhose probablement d'origine médicamenteuse (Amiodarone*), dont la fonction rénale s'est altérée parallèlement à la majoration de l'hyperbilirubinémie. Aucune autre cause de l'insuffisance rénale aigue n'a été retrouvée. PMID:26977222

  14. Syndrome de Meckel Gruber: à propos d’un cas rare

    PubMed Central

    Itchimouh, Sanaa; Khabtou, Karima; Mahdaoui, Sakher; Boufettal, Houssine; Samouh, Naima

    2016-01-01

    Le syndrome de Meckel Gruber est un syndrome poly malformatif rare, de transmission autosomique récessive, défini par d'encéphalocèle occipital, polydactylie et dysplasie kystique rénale. L'échographie constitue, à l'heure actuelle, le meilleur moyen de dépistage anténatal de cette poly malformation létale et sa confirmation se fait par l'étude du caryotype. Nous rapportons un cas de syndrome de Meckel découvert par échographie. La grossesse a été interrompue à 25 semaines d'aménorrhée. PMID:28154732

  15. Ostéogenèse imparfaite: à propos de quatre cas à Ouagadougou (Burkina Faso)

    PubMed Central

    Kaboré, Aïssata; Cissé, Aissata; Yonaba, Caroline; Savadogo, Hamidou; Ouédraogo, Sylvie Armelle; Dao, Lassina; Kaboret, Sonia; Nagalo, Kisito; Koueta, Fla; Bandré, Emile; Yé, Diarra; Kam, Ludovic

    2015-01-01

    L'ostéogenèse imparfaite (OI) regroupe un ensemble d'affections constitutionnelles de gravité variable dû à une anomalie de la production du collagène et de la matrice de l'os entraînant une fragilité osseuse. La présente étude rapporte quatre cas d'ostéogenèse imparfaite suivis aux Centres Hospitaliers Universitaires Charles de Gaulle et Yalgado Ouédraogo. Le but de ce travail était d'analyser les aspects cliniques, thérapeutiques et évolutifs de la maladie. Cette étude souligne la nécessité d'améliorer la prise en charge de cette maladie rare mais non exceptionnelle et handicapante. PMID:26834922

  16. Syndrome de régression embryonnaire des testicules: à propos de 6 cas

    PubMed Central

    Latrech, Hanane; Gharbi, Mohammed El Hassan; Chraïbi, Abdelmjid; Gaouzi, Ahmed

    2014-01-01

    Le syndrome de régression embryonnaire des testicules ou anorchidie bilatérale congénitale (ABC) est un syndrome très rare défini par l'absence complète de tissu testiculaire chez un patient présentant un caryotype masculin normal. Le phénotype est variable en fonction du moment où la régression gonadique survient in utero. Actuellement, son déterminisme reste encore mystérieux mais sa survenue familiale est un argument pour suggérer une étiologie génétique. Nous en rapportons six cas, illustrant la variabilité phénotypique et décrivant la démarche et les nouveaux marqueurs diagnostiques ainsi que la conduite à tenir thérapeutique. PMID:25489355

  17. VizieR Online Data Catalog: ubvyHβ photometry of AB Cas (Rodriguez+ 1998)

    NASA Astrophysics Data System (ADS)

    Rodriguez, E.; Claret, A.; Sedano, J. L.; Garcia, J. M.; Garrido, R.

    1998-09-01

    Table 1 contents 471 simultaneous measurements collected in each of the four uvby colours of the Stroemgren photometric system for the eclipsing binary system AB Cas. Because of an instrumental problem, 82 points in the b channel (during the last observational night) had to be rejected (the corresponding magnitudes are listed as 0.0000). The data are magnitude differences (Du,Dv,Db,Dy) of the variable star minus comparison star in the instrumental system versus Heliocentric Julian Day. Table 2 is the same, but for Hβ (80 points). The comparison star is BD+70 0188. The origin in time is the Julian Day 2447117. The observations were carried out (by E. Rodriguez, A. Claret, J.L. Sedano, J.M. Garcia and R. Garrido) during 1987 and 1988 using the 0.90m telescope at the Sierra Nevada Observatory, Spain. (2 data files).

  18. Insuffisance aortique syphilitique: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Yaméogo, Aimé Arsène; Andonaba, Jean-Baptiste; Nikiéma, Zakari; Zabsonré, Patrice

    2012-01-01

    La syphilis tertiaire et ses complications cardiovasculaires sont devenues rares dans les pays développés mais restent encore préoccupante dans nos pays. Les atteintes cardiovasculaires portent fréquemment sur la racine et l’arche aortique. Nous rapportons ici un cas d’insuffisance aortique syphilitique chez un patient de 70 ans admis dans le service de cardiologie du centre hospitalier universitaire de Bobo-Dioulasso. L’examen clinique retrouvait une insuffisance cardiaque globale stade III, un frémissement et un souffle diastolique d’insuffisance aortique importante confirmé à l’échocardiographie Doppler, associés à des douleurs précordiales angineuses. L’examen cutané montrait des lésions à type de gommes syphilitiques à localisations multiples. L’électrocardiogramme objectivait une hypertrophie ventriculaire gauche avec un indice de Sokolov à 49 millimètre et le télécoeur une cardiomégalie avec un index cardio-thoracique à 0,70. La sérologie était positive pour le RPR à 1/8 et le TPHA à 1/640. L’évolution clinique sous la pénicillino-thérapie surveillée et le traitement spécifique de l’insuffisance cardiaque a été favorable. La découverte d’une insuffisance aortique chez les sujets de plus de 60 ans dans nos pays devrait faire rechercher une syphilis tertiaire par une sérologie pour une prise en charge adéquate. PMID:23024828

  19. Highly specific and efficient CRISPR/Cas9-catalyzed homology-directed repair in Drosophila.

    PubMed

    Gratz, Scott J; Ukken, Fiona P; Rubinstein, C Dustin; Thiede, Gene; Donohue, Laura K; Cummings, Alexander M; O'Connor-Giles, Kate M

    2014-04-01

    We and others recently demonstrated that the readily programmable CRISPR/Cas9 system can be used to edit the Drosophila genome. However, most applications to date have relied on aberrant DNA repair to stochastically generate frameshifting indels and adoption has been limited by a lack of tools for efficient identification of targeted events. Here we report optimized tools and techniques for expanded application of the CRISPR/Cas9 system in Drosophila through homology-directed repair (HDR) with double-stranded DNA (dsDNA) donor templates that facilitate complex genome engineering through the precise incorporation of large DNA sequences, including screenable markers. Using these donors, we demonstrate the replacement of a gene with exogenous sequences and the generation of a conditional allele. To optimize efficiency and specificity, we generated transgenic flies that express Cas9 in the germline and directly compared HDR and off-target cleavage rates of different approaches for delivering CRISPR components. We also investigated HDR efficiency in a mutant background previously demonstrated to bias DNA repair toward HDR. Finally, we developed a web-based tool that identifies CRISPR target sites and evaluates their potential for off-target cleavage using empirically rooted rules. Overall, we have found that injection of a dsDNA donor and guide RNA-encoding plasmids into vasa-Cas9 flies yields the highest efficiency HDR and that target sites can be selected to avoid off-target mutations. Efficient and specific CRISPR/Cas9-mediated HDR opens the door to a broad array of complex genome modifications and greatly expands the utility of CRISPR technology for Drosophila research.

  20. [CRISPR/Cas9-based genome editing systems and the analysis of targeted genome mutations in plants].

    PubMed

    Xingliang, Ma; Yaoguang, Liu

    2016-02-01

    Targeted genomic editing technologies use programmable DNA nucleases to cleave genomic target sites, thus inducing targeted mutations in the genomes. The newly prevailed clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9 (CRISPR/Cas9) system that consists of the Cas9 nuclease and single guide RNA (sgRNA) has the advantages of simplicity and high efficiency as compared to other programmable DNA nuclease systems such as zinc finger nucleases (ZFNs) and transcription activator like effector nucleases (TALENs). Currently, a number of cases have been reported on the application of the CRISPR/Cas9 genomic editing technology in plants. In this review, we summarize the strategies for preparing the Cas9 and sgRNA expression constructs, the transformation method for obtaining targeted mutations, the efficiency and features of the resulting mutations and the methods for detecting or genotyping of the mutation sites. We also discuss the existing problems and perspectives of CRISPR/Cas9-based genomic editing in plants.

  1. CRISPR-Cas9D10A nickase-based genotypic and phenotypic screening to enhance genome editing

    PubMed Central

    Chiang, Ting-Wei Will; le Sage, Carlos; Larrieu, Delphine; Demir, Mukerrem; Jackson, Stephen P.

    2016-01-01

    The RNA-guided Cas9 nuclease is being widely employed to engineer the genomes of various cells and organisms. Despite the efficient mutagenesis induced by Cas9, off-target effects have raised concerns over the system’s specificity. Recently a “double-nicking” strategy using catalytic mutant Cas9D10A nickase has been developed to minimise off-target effects. Here, we describe a Cas9D10A-based screening approach that combines an All-in-One Cas9D10A nickase vector with fluorescence-activated cell sorting enrichment followed by high-throughput genotypic and phenotypic clonal screening strategies to generate isogenic knockouts and knock-ins highly efficiently, with minimal off-target effects. We validated this approach by targeting genes for the DNA-damage response (DDR) proteins MDC1, 53BP1, RIF1 and P53, plus the nuclear architecture proteins Lamin A/C, in three different human cell lines. We also efficiently obtained biallelic knock-in clones, using single-stranded oligodeoxynucleotides as homologous templates, for insertion of an EcoRI recognition site at the RIF1 locus and introduction of a point mutation at the histone H2AFX locus to abolish assembly of DDR factors at sites of DNA double-strand breaks. This versatile screening approach should facilitate research aimed at defining gene functions, modelling of cancers and other diseases underpinned by genetic factors, and exploring new therapeutic opportunities. PMID:27079678

  2. Grossesse et transplantation rénale: à propos de 10 cas

    PubMed Central

    Boubaker, Karima; Mahfoudhi, Madiha; Abderrahim, Ezzeddine; Abdallah, Taieb Ben; Kheder, Adel

    2015-01-01

    La grossesse chez les patientes transplantées rénales est à risque de complications maternelles mais surtout fœtales. Le risque de survenue de rejet aigue ou chronique inhérent à la grossesse est faible. L'objectif de notre étude était de rapporter les grossesses survenues chez nos transplantées rénales, leurs aspects évolutifs et une revue de la littérature. L’âge moyen des patientes au moment de la transplantation rénale était de 28,5 ans. Le traitement immunosuppresseur d'entretien a associé une corticothérapie, l'azathioprine et/ou la ciclosporine A. Le délai moyen entre la transplantation rénale et la découverte de la grossesse était de 6,5 ans. L’âge moyen au moment de la conception était de 33,8 ans. Il n'ya pas eu de modifications du traitement immunosuppresseur au cours de la grossesse. La créatininémie moyenne au cours de la grossesse était stable à 104,8 µmol/l avec une créatininémie supérieure à 150 µmol/l dans 2 cas. Les complications maternelles au cours de la grossesse étaient une hypertension artérielle gravidique dans 3 cas, une protéinurie dans 3 cas, une ascension de la créatininémie au 7ème mois dans 2 cas, une cholestase hépatique gravidique dans 2 cas et une hyperuricémie dans 4 cas. Une prématurité était observée dans 3 cas en rapport avec une rupture prématurée des membranes, des contractions utérines sur utérus cicatriciel et des signes de prééclampsie dans le troisième cas. Après l'accouchement, Une hypertension artérielle était observée chez 3 patientes. On n'a pas noté de rejet aigu chez nos patientes. La créatininémie moyenne était de 195,3 µmol/l (74- 553 µmol/l). Le développement statural et psychomoteur était normal pour 9 enfants. La bonne évolution des grossesses chez les patientes transplantées rénales une planification et un suivi régulier. PMID:26161215

  3. Facteurs de risque de la tuberculose multi-résistante dans la ville de Kinshasa en République Démocratique du Congo

    PubMed Central

    Misombo-Kalabela, André; Nguefack-Tsague, Georges; Kalla, Ginette Claude Mireille; Ze, Emmanuel Afane; Diangs, Kimpanga; Panda, Tshapenda; Kebela, Ilunga; Fueza, Serge Bisuta; Magazani, Nzanzu; Mbopi-Kéou, François-Xavier

    2016-01-01

    Introduction L'objectif de cette étude était de déterminer les facteurs de risque associés à la tuberculose multi résistance à Kinshasa en République Démocratique du Congo. Méthodes Il s'agissait d'une étude cas témoins. Les cas comprenaient tous les patients tuberculeux résistants à la rifampicine et à l'isoniazide notifiés à Kinshasa de janvier 2012 à juin 2013. Les témoins étaient les patients tuberculeux traités durant la même période que les cas et qui à la fin du traitement étaient déclarés guéris. Pour cette étude, nous avons obtenu une clairance éthique. Résultats L’échantillon était constitué de 213 participants dont 132 hommes (62%) et 81 femmes (38%). L’âge médian était de 31ans (16-73 ans). Les facteurs associés significatifs (p< 0,05) à la tuberculose multi résistante étaient le non-respect des heures de prise de médicaments (0R = 111) (80% chez les cas et 4% chez les témoins), l’échec au traitement (0R = 20) (76% chez les cas et 13% chez les témoins); la notion de tuberculose multi résistante dans la famille (0R = 6.4) (28% chez les cas et 6% chez les témoins); la méconnaissance de la tuberculose multi résistante (0R = 3.2) (31% chez les cas et 59% chez les témoins); un séjour en prison (0R = 7.6) (10% chez les cas et 1% chez les témoins) et l'interruption du traitement (0R = 6.1) ( 59% chez les cas et 19% chez les témoins). Conclusion L’émergence de la tuberculose multi résistante peut être évitée par la mise en place des stratégies de diagnostic et de traitement appropriées. PMID:27516818

  4. Genome editing: the road of CRISPR/Cas9 from bench to clinic

    PubMed Central

    Eid, Ayman; Mahfouz, Magdy M

    2016-01-01

    Molecular scissors engineered for site-specific modification of the genome hold great promise for effective functional analyses of genes, genomes and epigenomes and could improve our understanding of the molecular underpinnings of disease states and facilitate novel therapeutic applications. Several platforms for molecular scissors that enable targeted genome engineering have been developed, including zinc-finger nucleases (ZFNs), transcription activator-like effector nucleases (TALENs) and, most recently, clustered regularly interspaced palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated-9 (Cas9). The CRISPR/Cas9 system's simplicity, facile engineering and amenability to multiplexing make it the system of choice for many applications. CRISPR/Cas9 has been used to generate disease models to study genetic diseases. Improvements are urgently needed for various aspects of the CRISPR/Cas9 system, including the system's precision, delivery and control over the outcome of the repair process. Here, we discuss the current status of genome engineering and its implications for the future of biological research and gene therapy. PMID:27741224

  5. CRISPRtools: a flexible computational platform for performing CRISPR/Cas9 experiments in the mouse.

    PubMed

    Peterson, Kevin A; Beane, Glen L; Goodwin, Leslie O; Kutny, Peter M; Reinholdt, Laura G; Murray, Stephen A

    2017-03-09

    Genome editing using the CRISPR/Cas9 RNA-guided endonuclease system has rapidly become a driving force for discovery in modern biomedical research. This simple yet elegant system has been widely used to generate both loss-of-function alleles and precision knock-in mutations using single-stranded donor oligonucleotides. Our CRISPRtools platform supports both of these applications in order to facilitate the use of CRISPR/Cas9. While there are several tools that facilitate CRISPR/Cas9 design and screen for potential off-target sites, the process is typically performed sequentially on single genes, limiting scalability for large-scale programs. Here, the design principle underlying gene ablation is based upon using paired guides flanking a critical region/exon of interest to create deletions. Guide pairs are rank ordered based upon published efficiency scores and off-target analyses, and reported in a concise format for downstream implementation. The exon deletion strategy simplifies characterization of founder animals and is the strategy employed for the majority of knockouts in the mouse. In proof-of-principle experiments, the effectiveness of this approach is demonstrated using microinjection and electroporation to introduce CRISPR/Cas9 components into mouse zygotes to delete critical exons.

  6. Repurposing the CRISPR-Cas9 system for targeted DNA methylation

    PubMed Central

    Vojta, Aleksandar; Dobrinić, Paula; Tadić, Vanja; Bočkor, Luka; Korać, Petra; Julg, Boris; Klasić, Marija; Zoldoš, Vlatka

    2016-01-01

    Epigenetic studies relied so far on correlations between epigenetic marks and gene expression pattern. Technologies developed for epigenome editing now enable direct study of functional relevance of precise epigenetic modifications and gene regulation. The reversible nature of epigenetic modifications, including DNA methylation, has been already exploited in cancer therapy for remodeling the aberrant epigenetic landscape. However, this was achieved non-selectively using epigenetic inhibitors. Epigenetic editing at specific loci represents a novel approach that might selectively and heritably alter gene expression. Here, we developed a CRISPR-Cas9-based tool for specific DNA methylation consisting of deactivated Cas9 (dCas9) nuclease and catalytic domain of the DNA methyltransferase DNMT3A targeted by co–expression of a guide RNA to any 20 bp DNA sequence followed by the NGG trinucleotide. We demonstrated targeted CpG methylation in a ∼35 bp wide region by the fusion protein. We also showed that multiple guide RNAs could target the dCas9-DNMT3A construct to multiple adjacent sites, which enabled methylation of a larger part of the promoter. DNA methylation activity was specific for the targeted region and heritable across mitotic divisions. Finally, we demonstrated that directed DNA methylation of a wider promoter region of the target loci IL6ST and BACH2 decreased their expression. PMID:26969735

  7. Repurposing the CRISPR-Cas9 system for targeted DNA methylation.

    PubMed

    Vojta, Aleksandar; Dobrinić, Paula; Tadić, Vanja; Bočkor, Luka; Korać, Petra; Julg, Boris; Klasić, Marija; Zoldoš, Vlatka

    2016-07-08

    Epigenetic studies relied so far on correlations between epigenetic marks and gene expression pattern. Technologies developed for epigenome editing now enable direct study of functional relevance of precise epigenetic modifications and gene regulation. The reversible nature of epigenetic modifications, including DNA methylation, has been already exploited in cancer therapy for remodeling the aberrant epigenetic landscape. However, this was achieved non-selectively using epigenetic inhibitors. Epigenetic editing at specific loci represents a novel approach that might selectively and heritably alter gene expression. Here, we developed a CRISPR-Cas9-based tool for specific DNA methylation consisting of deactivated Cas9 (dCas9) nuclease and catalytic domain of the DNA methyltransferase DNMT3A targeted by co-expression of a guide RNA to any 20 bp DNA sequence followed by the NGG trinucleotide. We demonstrated targeted CpG methylation in a ∼35 bp wide region by the fusion protein. We also showed that multiple guide RNAs could target the dCas9-DNMT3A construct to multiple adjacent sites, which enabled methylation of a larger part of the promoter. DNA methylation activity was specific for the targeted region and heritable across mitotic divisions. Finally, we demonstrated that directed DNA methylation of a wider promoter region of the target loci IL6ST and BACH2 decreased their expression.

  8. Harnessing the CRISPR/Cas9 system to disrupt latent HIV-1 provirus.

    PubMed

    Ebina, Hirotaka; Misawa, Naoko; Kanemura, Yuka; Koyanagi, Yoshio

    2013-01-01

    Even though highly active anti-retroviral therapy is able to keep HIV-1 replication under control, the virus can lie in a dormant state within the host genome, known as a latent reservoir, and poses a threat to re-emerge at any time. However, novel technologies aimed at disrupting HIV-1 provirus may be capable of eradicating viral genomes from infected individuals. In this study, we showed the potential of the CRISPR/Cas9 system to edit the HIV-1 genome and block its expression. When LTR-targeting CRISPR/Cas9 components were transfected into HIV-1 LTR expression-dormant and -inducible T cells, a significant loss of LTR-driven expression was observed after stimulation. Sequence analysis confirmed that this CRISPR/Cas9 system efficiently cleaved and mutated LTR target sites. More importantly, this system was also able to remove internal viral genes from the host cell chromosome. Our results suggest that the CRISPR/Cas9 system may be a useful tool for curing HIV-1 infection.

  9. Targeted mutagenesis in cotton (Gossypium hirsutum L.) using the CRISPR/Cas9 system

    PubMed Central

    Chen, Xiugui; Lu, Xuke; Shu, Na; Wang, Shuai; Wang, Junjuan; Wang, Delong; Guo, Lixue; Ye, Wuwei

    2017-01-01

    The CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)/Cas9 system has been widely used for genome editing in various plants because of its simplicity, high efficiency and design flexibility. However, to our knowledge, there is no report on the application of CRISPR/Cas9-mediated targeted mutagenesis in cotton. Here, we report the genome editing and targeted mutagenesis in upland cotton (Gossypium hirsutum L., hereafter cotton) using the CRISPR/Cas9 system. We designed two guide RNAs to target distinct sites of the cotton Cloroplastos alterados 1 (GhCLA1) and vacuolar H+-pyrophosphatase (GhVP) genes. Mutations in these two genes were detected in cotton protoplasts. Most of the mutations were nucleotide substitutions, with one nucleotide insertion and one substitution found in GhCLA1 and one deletion found in GhVP in cotton protoplasts. Subsequently, the two vectors were transformed into cotton shoot apexes through Agrobacterium-mediated transformation, resulting in efficient target gene editing. Most of the mutations were nucleotide deletions, and the mutation efficiencies were 47.6–81.8% in transgenic cotton plants. Evaluation using restriction-enzyme-PCR assay and sequence analysis detected no off-target mutations. Our results indicated that the CRISPR/Cas9 system was an efficient and specific tool for targeted mutagenesis of the cotton genome. PMID:28287154

  10. CRISPR-Cas9 as a Powerful Tool for Efficient Creation of Oncolytic Viruses.

    PubMed

    Yuan, Ming; Webb, Eika; Lemoine, Nicholas Robert; Wang, Yaohe

    2016-03-07

    The development of oncolytic viruses has led to an emerging new class of cancer therapeutics. Although the safety profile has been encouraging, the transition of oncolytic viruses to the clinical setting has been a slow process due to modifications. Therefore, a new generation of more potent oncolytic viruses needs to be exploited, following our better understanding of the complex interactions between the tumor, its microenvironment, the virus, and the host immune response. The conventional method for creation of tumor-targeted oncolytic viruses is based on homologous recombination. However, the creation of new mutant oncolytic viruses with large genomes remains a challenge due to the multi-step process and low efficiency of homologous recombination. The CRISPR-associated endonuclease Cas9 has hugely advanced the potential to edit the genomes of various organisms due to the ability of Cas9 to target a specific genomic site by a single guide RNA. In this review, we discuss the CRISPR-Cas9 system as an efficient viral editing method for the creation of new oncolytic viruses, as well as its potential future applications in the development of oncolytic viruses. Further, this review discusses the potential of off-target effects as well as CRISPR-Cas9 as a tool for basic research into viral biology.

  11. Selection of highly efficient sgRNAs for CRISPR/Cas9-based plant genome editing.

    PubMed

    Liang, Gang; Zhang, Huimin; Lou, Dengji; Yu, Diqiu

    2016-02-19

    The CRISPR/Cas9-sgRNA system has been developed to mediate genome editing and become a powerful tool for biological research. Employing the CRISPR/Cas9-sgRNA system for genome editing and manipulation has accelerated research and expanded researchers' ability to generate genetic models. However, the method evaluating the efficiency of sgRNAs is lacking in plants. Based on the nucleotide compositions and secondary structures of sgRNAs which have been experimentally validated in plants, we instituted criteria to design efficient sgRNAs. To facilitate the assembly of multiple sgRNA cassettes, we also developed a new strategy to rapidly construct CRISPR/Cas9-sgRNA system for multiplex editing in plants. In theory, up to ten single guide RNA (sgRNA) cassettes can be simultaneously assembled into the final binary vectors. As a proof of concept, 21 sgRNAs complying with the criteria were designed and the corresponding Cas9/sgRNAs expression vectors were constructed. Sequencing analysis of transgenic rice plants suggested that 82% of the desired target sites were edited with deletion, insertion, substitution, and inversion, displaying high editing efficiency. This work provides a convenient approach to select efficient sgRNAs for target editing.

  12. Dual sgRNA-directed gene knockout using CRISPR/Cas9 technology in Caenorhabditis elegans

    PubMed Central

    Chen, Xiangyang; Xu, Fei; Zhu, Chengming; Ji, Jiaojiao; Zhou, Xufei; Feng, Xuezhu; Guang, Shouhong

    2014-01-01

    The CRISPR RNA-guided Cas9 nuclease gene-targeting system has been successfully used for genome editing in a variety of organisms. Here, we report the use of dual sgRNA-guided Cas9 nuclease to generate knockout mutants of protein coding genes, noncoding genes, and repetitive sequences in C. elegans. Co-injection of C. elegans with dual sgRNAs results in the removal of the interval between two sgRNAs and the loss-of-function phenotype of targeted genes. We sought to determine how large an interval can be eliminated and found that at least a 24 kb chromosome segment can be deleted using this dual sgRNA/Cas9 strategy. The deletion of large chromosome segments facilitates mutant screening by PCR and agarose electrophoresis. Thus, the use of the CRISPR/Cas9 system in combination with dual sgRNAs provides a powerful platform with which to easily generate gene knockout mutants in C. elegans. Our data also suggest that encoding multiple sgRNA sequences into a single CRISPR array to simultaneously edit several sites within the genome may cause the off-target deletion of chromosome sequences. PMID:25531445

  13. Landscape of target:guide homology effects on Cas9-mediated cleavage.

    PubMed

    Fu, Becky Xu Hua; Hansen, Loren L; Artiles, Karen L; Nonet, Michael L; Fire, Andrew Z

    2014-12-16

    To study target sequence specificity, selectivity, and reaction kinetics of Streptococcus pyogenes Cas9 activity, we challenged libraries of random variant targets with purified Cas9::guide RNA complexes in vitro. Cleavage kinetics were nonlinear, with a burst of initial activity followed by slower sustained cleavage. Consistent with other recent analyses of Cas9 sequence specificity, we observe considerable (albeit incomplete) impairment of cleavage for targets mutated in the PAM sequence or in 'seed' sequences matching the proximal 8 bp of the guide. A second target region requiring close homology was located at the other end of the guide::target duplex (positions 13-18 relative to the PAM). Sequences flanking the guide+PAM region had measurable (albeit modest) effects on cleavage. In addition, the first-base Guanine constraint commonly imposed by gRNA expression systems has little effect on overall cleavage efficiency. Taken together, these studies provide an in vitro understanding of the complexities of Cas9-gRNA interaction and cleavage beyond the general paradigm of site determination based on the 'seed' sequence and PAM.

  14. CRISPR-Cas9, the new kid on the block of fungal molecular biology.

    PubMed

    Krappmann, Sven

    2017-01-01

    Research on fungal pathogens with the aim to identify virulence determinants strictly relies on the generation of defined, recombinant strains, a task that is executed by means of a sophisticated molecular biology toolbox. Recent developments in fungal genome engineering have opened a new frontier by implementing the CRISPR-Cas9 technology, based on expression of the Cas9 endonuclease that is loaded by a single guiding RNA (sgRNA) molecule to target a defined site in the recipient genome. This novel approach has been adapted successfully to engineer fungal genomes, among them the one of the human-pathogenic mould Aspergillus fumigatus Implementation of the required components was achieved by various means that differ with respect to expression of the Cas9 enzyme and sgRNA delivery. Validation of CRISPR-Cas9-mediated mutagenesis could be executed by targeting selected candidate genes of A. fumigatus to provide a promising perspective for screening and multiplexing approaches to scrutinize the virulome of this opportunistic fungal pathogen in a comprehensive manner, such as by analyzing genetic polymorphisms or the function of gene families.

  15. CRISPR-Cas9 as a Powerful Tool for Efficient Creation of Oncolytic Viruses

    PubMed Central

    Yuan, Ming; Webb, Eika; Lemoine, Nicholas Robert; Wang, Yaohe

    2016-01-01

    The development of oncolytic viruses has led to an emerging new class of cancer therapeutics. Although the safety profile has been encouraging, the transition of oncolytic viruses to the clinical setting has been a slow process due to modifications. Therefore, a new generation of more potent oncolytic viruses needs to be exploited, following our better understanding of the complex interactions between the tumor, its microenvironment, the virus, and the host immune response. The conventional method for creation of tumor-targeted oncolytic viruses is based on homologous recombination. However, the creation of new mutant oncolytic viruses with large genomes remains a challenge due to the multi-step process and low efficiency of homologous recombination. The CRISPR-associated endonuclease Cas9 has hugely advanced the potential to edit the genomes of various organisms due to the ability of Cas9 to target a specific genomic site by a single guide RNA. In this review, we discuss the CRISPR-Cas9 system as an efficient viral editing method for the creation of new oncolytic viruses, as well as its potential future applications in the development of oncolytic viruses. Further, this review discusses the potential of off-target effects as well as CRISPR-Cas9 as a tool for basic research into viral biology. PMID:26959050

  16. Liposarcome hépatique dédifférencié: à propos d’un cas

    PubMed Central

    Benzaid, Hanane; Elhankari, Ahmed; Jroundi, Leila

    2016-01-01

    Le liposarcome est une tumeur mésenchymateuse maligne rare, qui siège plus fréquemment au niveau du retro péritoine. La localisation hépatique est extrêmement rare, quelques cas ont été rapportés dans la littérature. Nous présentons le cas d'un un patient de 58 ans, qui se présente pour douleurs abdominales avec à la palpation une masse de hypochondre droit, ayant progressivement augmenté de taille. L'échographie abdominale a montré une masse arrondie, hyper échogène bien limitée. La tomodensitométrie(TDM) abdominale et l'imagerie par résonnance magnétique(IRM) ont confirmé la présence d'une masse qui occupe presque la totalité du foie droit, avec une composante graisseuse. Le patient a bénéficié d'une hépatectomie droite et l'analyse histologique a montrée qu'il s'agissait d'un liposarcome hépatique primitif dédifférencié. PMID:28292082

  17. Récidive de mélanome malin unguéal achromique: à propos d'un cas

    PubMed Central

    Benyass, Youssef; Chafry, Bouchaib; Koufagued, Kaldadak; Bouabid, Salim; Benchebba, Driss; Chagar, Belkacem

    2015-01-01

    Le mélanome malin unguéal représente 1,8 à 8,1% des mélanomes malins cutanés. Sa prise en charge s'adresse aujourd'hui aux praticiens de différentes spécialités. L'acte chirurgical initial est une étape incontournable du traitement curatif. La biopsie de la lésion doit être complète, afin de déterminer de façon exacte la profondeur de l'envahissement en cas de malignité. Nous rapportons un cas de mélanome malin achromique à localisation unguéal chez une femme. La chirurgie initiale consistait en une amputation transphalangienne proximale. L’évolution après deux ans était marquée par une récidive avec extension vers le carpe. Ayant subie une reprise chirurgicale avec une exérèse large. Le traitement des récidives est palliatif et vise à apporter un confort de vie au patient. Le principe du traitement fait appel à l'exérèse chirurgicale des lésions. Des alternatives thérapeutiques sont à l’étude. PMID:26977229

  18. Dysplasie fibreuse polyostotique unilatérale du membre supérieur

    PubMed Central

    Boufettal, Monsef; Azouz, Mohamed; Mahfoud, Mustapha; El Bardouni, Ahmed; Berrada, Mohamed Saleh; El Yaacoubi, Moradh

    2014-01-01

    La dysplasie fibreuse est une maladie osseuse sporadique rare d’étiologie inconnue qui représente environ 2,5% des maladies osseuses et 7% des tumeurs osseuses bénignes. Cette lésion bénigne pseudotumorale se caractérise par la présence dans l'os d'une prolifération de tissu fibreux et de tissu osseux immature dépourvu de couronne ostéoblastique. Elle peut atteindre un ou plusieurs os; l'atteinte du membre supérieur est rarement décrite, nous rapportons ici un cas rare de dysplasie fibreuse polyostotique unilatérale du membre supérieure. PMID:25709739

  19. Les tumeurs malignes naso-sinusiennes: à propos de 32 cas et revues de la littérature

    PubMed Central

    Darouassi, Youssef; Touati, Mohamed Mliha; Chihani, Mehdi; El Alami, Jihane; Bouaity, Brahim; Ammar, Haddou

    2015-01-01

    Sous l’appellation tumeurs malignes naso-sinusiennes est regroupé un vaste éventail de tumeurs, aux histologies et localisations variées, mais aux tableaux cliniques souvent similaires. Le diagnostic de ces tumeurs est difficile, nécessitant une approche multidisciplinaire, à savoir oto-rhino-laryngologique, radiologique et anatomopathologique. Notre étude rétrospective concerne 32 cas de tumeurs malignes naso-sinusiennes, colligées au service d’ORL de l’hôpital militaire Avicenne de Marrakech, entre Janvier 2004 et Décembre 2014. L’analyse des données a noté que la fréquence des tumeurs épithéliales (75% des cas) était supérieure à celle des tumeurs non épithéliales (25% des cas), avec en tête de file l’adénocarcinome de l’ethmoïde (31,25%) et le carcinome épidermoïde du sinus maxillaire (18,75%). Ces tumeurs surviennent le plus souvent chez le sujet âgé avec une moyenne d’âge de 52 ans et une répartition équitable entre les deux sexes. Le délai de consultation moyen était de 12 mois avec une symptomatologie dominée par un syndrome nasosinusien (71,8%), associé dans certains cas à des signes ophtalmologiques (12,5%) ou neurologiques (15,6%). Tous nos patients ont bénéficié d’un examen clinique notamment endoscopique, d’une exploration radiologique des tumeurs et de leurs extensions, et d’une confirmation diagnostique par un examen anatomopathologique. Le traitement a consisté en une exérèse chirurgicale de la tumeur dès que cela était possible, soit dans 81,3% des cas (26 patients), généralement complété par un traitement adjuvant radio-chimiothérapique (77%). Le suivi à un an de nos patients a permis de noter une bonne évolution pour 08 d’entre eux (25%), une récidive dans 6 cas (18,75%), le décès de neuf patients (28,1%), et l’absence d’information concernant les autres cas (28,1%). PMID:26985260

  20. La chirurgie du diaphragme sous aortique

    PubMed Central

    Moutakiallah, Younes; Maaroufi, Ilham; Aithoussa, Mahdi; Bamous, Mehdi; Abdou, Abdessamad; Atmani, Noureddine; Hatim, Abdedaïm; Amahzoune, Brahim; Bekkali, Youssef El; Boulahya, Abdelatif

    2016-01-01

    Le diaphragme sous aortique se caractérise par une certaine latence clinique et une faible morbi-mortalité. La chirurgie reste le traitement de choix malgré un réel risque de récurrence à long terme. Nous rapportons 18 patients opérés entre Avril 1994 et Mars 2011 pour diaphragme sous aortique d’âge moyen de 18,1±9,7 ans avec 11 patients de sexe masculin. Le diaphragme était de nature fibreuse chez 13 patients et fibro-musculaire chez 5 patients. Tous les patients ont été opérés par résection de diaphragme associée à une myectomie, une plastie aortique, une fermeture de communication interventriculaire et une ligature de canal artériel perméable respectivement chez 3, 3, 2 et 2 patients. La Mortalité opératoire était nulle et sans aucun cas de trouble de conduction postopératoire. Le suivi a duré en moyenne 44,3±36,8 mois sans aucun décès tardif. Deux patients ont présenté une récidive de diaphragme qui a nécessité une réopération avec bonne évolution. La tendance actuelle dans la chirurgie du diaphragme se fait vers des interventions précoces et des résections plus extensives. Cependant, le risque de récidive impose une surveillance échographique systématique et rapprochée. PMID:27516830

  1. Protein engineering of Cas9 for enhanced function.

    PubMed

    Oakes, Benjamin L; Nadler, Dana C; Savage, David F

    2014-01-01

    CRISPR/Cas systems act to protect the cell from invading nucleic acids in many bacteria and archaea. The bacterial immune protein Cas9 is a component of one of these CRISPR/Cas systems and has recently been adapted as a tool for genome editing. Cas9 is easily targeted to bind and cleave a DNA sequence via a complementary RNA; this straightforward programmability has gained Cas9 rapid acceptance in the field of genetic engineering. While this technology has developed quickly, a number of challenges regarding Cas9 specificity, efficiency, fusion protein function, and spatiotemporal control within the cell remain. In this work, we develop a platform for constructing novel proteins to address these open questions. We demonstrate methods to either screen or select active Cas9 mutants and use the screening technique to isolate functional Cas9 variants with a heterologous PDZ domain inserted within the protein. As a proof of concept, these methods lay the groundwork for the future construction of diverse Cas9 proteins. Straightforward and accessible techniques for genetic editing are helping to elucidate biology in new and exciting ways; a platform to engineer new functionalities into Cas9 will help forge the next generation of genome-modifying tools.

  2. Inhibition of CRISPR-Cas9 with Bacteriophage Proteins.

    PubMed

    Rauch, Benjamin J; Silvis, Melanie R; Hultquist, Judd F; Waters, Christopher S; McGregor, Michael J; Krogan, Nevan J; Bondy-Denomy, Joseph

    2017-01-12

    Bacterial CRISPR-Cas systems utilize sequence-specific RNA-guided nucleases to defend against bacteriophage infection. As a countermeasure, numerous phages are known that produce proteins to block the function of class 1 CRISPR-Cas systems. However, currently no proteins are known to inhibit the widely used class 2 CRISPR-Cas9 system. To find these inhibitors, we searched cas9-containing bacterial genomes for the co-existence of a CRISPR spacer and its target, a potential indicator for CRISPR inhibition. This analysis led to the discovery of four unique type II-A CRISPR-Cas9 inhibitor proteins encoded by Listeria monocytogenes prophages. More than half of L. monocytogenes strains with cas9 contain at least one prophage-encoded inhibitor, suggesting widespread CRISPR-Cas9 inactivation. Two of these inhibitors also blocked the widely used Streptococcus pyogenes Cas9 when assayed in Escherichia coli and human cells. These natural Cas9-specific "anti-CRISPRs" present tools that can be used to regulate the genome engineering activities of CRISPR-Cas9.

  3. Precision Targeted Mutagenesis via Cas9 Paired Nickases in Rice

    PubMed Central

    Mikami, Masafumi; Toki, Seiichi; Endo, Masaki

    2016-01-01

    Recent reports of CRISPR- (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/Cas9 (CRISPR-associated protein 9) mediated heritable mutagenesis in plants highlight the need for accuracy of the mutagenesis directed by this system. Off-target mutations are an important issue when considering functional gene analysis, as well as the molecular breeding of crop plants with large genome size, i.e. with many duplicated genes, and where the whole-genome sequence is still lacking. In mammals, off-target mutations can be suppressed by using Cas9 paired nickases together with paired guide RNAs (gRNAs). However, the performance of Cas9 paired nickases has not yet been fully assessed in plants. Here, we analyzed on- and off-target mutation frequency in rice calli and regenerated plants using Cas9 nuclease or Cas9 nickase with paired gRNAs. When Cas9 paired nickases were used, off-target mutations were fully suppressed in rice calli and regenerated plants. However, on-target mutation frequency also decreased compared with that induced by the Cas9 paired nucleases system. Since the gRNA sequence determines specific binding of Cas9 protein–gRNA ribonucleoproteins at the targeted sequence, the on-target mutation frequency of Cas9 paired nickases depends on the design of paired gRNAs. Our results suggest that a combination of gRNAs that can induce mutations at high efficiency with Cas9 nuclease should be used together with Cas9 nickase. Furthermore, we confirmed that a combination of gRNAs containing a one nucleotide (1 nt) mismatch toward the target sequence could not induce mutations when expressed with Cas9 nickase. Our results clearly show the effectiveness of Cas9 paired nickases in delivering on-target specific mutations. PMID:26936792

  4. Annotation and Classification of CRISPR-Cas Systems.

    PubMed

    Makarova, Kira S; Koonin, Eugene V

    2015-01-01

    The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas (CRISPR-associated proteins) is a prokaryotic adaptive immune system that is represented in most archaea and many bacteria. Among the currently known prokaryotic defense systems, the CRISPR-Cas genomic loci show unprecedented complexity and diversity. Classification of CRISPR-Cas variants that would capture their evolutionary relationships to the maximum possible extent is essential for comparative genomic and functional characterization of this theoretically and practically important system of adaptive immunity. To this end, a multipronged approach has been developed that combines phylogenetic analysis of the conserved Cas proteins with comparison of gene repertoires and arrangements in CRISPR-Cas loci. This approach led to the current classification of CRISPR-Cas systems into three distinct types and ten subtypes for each of which signature genes have been identified. Comparative genomic analysis of the CRISPR-Cas systems in new archaeal and bacterial genomes performed over the 3 years elapsed since the development of this classification makes it clear that new types and subtypes of CRISPR-Cas need to be introduced. Moreover, this classification system captures only part of the complexity of CRISPR-Cas organization and evolution, due to the intrinsic modularity and evolutionary mobility of these immunity systems, resulting in numerous recombinant variants. Moreover, most of the cas genes evolve rapidly, complicating the family assignment for many Cas proteins and the use of family profiles for the recognition of CRISPR-Cas subtype signatures. Further progress in the comparative analysis of CRISPR-Cas systems requires integration of the most sensitive sequence comparison tools, protein structure comparison, and refined approaches for comparison of gene neighborhoods.

  5. Alacrymie congénitale révélant un syndrome d'Allgrove: à propos de trois cas

    PubMed Central

    Derrar, Rajae; Boutimzine, Nourredinne; Laghmari, Amina; Alouane, Amal; Daoudi, Rajae

    2015-01-01

    Le syndrome d'Allgrove ou triple A syndrome est une affection autosomique récessive constatée chez la population pédiatrique, associant dans sa forme complète: Achalasie œsophagienne, Alacrymie, maladie d'Addison (insuffisance surrénale), une dégénérescence neurologique et occasionnellement une instabilité du système autonome. Nous rapportons les cas de 3 enfants issus de mariages consanguins, chez qui l'examen ophtalmologique a révélé une sécheresse sévère avec dans deux cas une kératite envahissant l'axe visuel, ainsi qu'une paresse du reflexe photomoteur. Le bilan radiologique: transit œsogastroduodénal (TOGD) et fibroscopie œsogastroduodénale (FOGD) a révélé un mégaoesophage associé dans un cas à une œsophagite. Un traitement à base de larmes artificielles est instauré aussitôt, ainsi qu'un traitement chirurgical par voie laparoscopique. La connaissance de cette pathologie permettra une prise de conscience de la gravité de cette maladie en plus de suggérer sa prise en charge. PMID:26185551

  6. Le paludisme grave d’importation chez l’adulte: étude rétrospective de treize cas admis en réanimation à Marrakech

    PubMed Central

    El Mezouari, El Mostafa; Belhadj, Ayoub; Ziani, Mohamed; Boughanem, Mohamed; Moutaj, Redouane

    2016-01-01

    Le paludisme d’importation est une affection de plus en plus fréquente en zone non endémique. Les formes graves représentent 10 % des cas de paludisme à Plasmodium falciparum. Au Maroc, plus de 50 cas de paludisme sont enregistrés chaque année dont 83 % à P. falciparum. Ont été inclus dans l’étude tous les patients ayant développé un paludisme grave, admis au service de réanimation durant la période comprise entre le 1er Novembre 2009 et le 31 décembre 2015. Les principales données épidémiologiques, les motifs d’admission, la prise en charge et l’évolution ont été étudiés. Treize patients sont retenus. L’âge moyen est de 31 ans. Tous les patients ont séjourné en afrique subsaharienne et étaient non-immuns. La chimioprophylaxie était adéquate dans 33% des cas. Le délai moyen entre le début des symptômes et l’instauration du traitement était de six jours. La parasitémie moyenne initiale était de 12 %. Les motifs d’adm